4CJSA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjsA00
3RR7A 4FK4A 1S5JA 1L3SA 2HVHA 4CGJA 4PWDA 3K2PA 3PUFA 4KHYA 1X9MA 3H08A 1UWBA 5EU7A 1ZBLA 4CJFA 1K6YA 1KLMA 3IRXA 1VSDA 3ITHA 1TL1A 3MXJA 4I7FA 2QKBA 2HVIA 1TGOA 4CK1A 1VSKA 3QEWA 1ASUA 1KFSA 3DOLA 4NYNA 3HXMA 4I2QA 5DK5A 4CHOA 1IO2A 1LWCA 2KQ2A 1LV5A 2B4JA 2F96A 1ASWA 2DFFA 4DTNA 3L8BA 1VRUA 3ZSQA 1JLAA 2HB5A 2Y1IA 1RDCA 3IS9A 4KRFA 4CJRA 1EX4A 2ZD1A 3L3UA 4CGDA 1L3UA 4FVMA 3T19A 3SZ2A 2FC0A 2GBZA 3QNOA 3SV3A 3ZSVA 5J2PA 3QNNA 2O4IA 1VSMA 2R7YA 1RT4A 3AO5A 1NKCA 3NF8A 1JLEA 2EHGA 4FW1A 2D5RA 4RG8A 5CYMA 4CJ3A 4DTSA 3RR8A 2BANA 4FK0A 5D3GA 2B5JA 4JRQA 1L5UA 4CGIA 5KRSA 2VWKA 4ZHRA 3OYJA 2HHVA 4M45A 5CY4A 3VQQA 4RW7A 1QSYA 4NCBA 3WNHA 3NGZA 3CFRA 4DTJA 3A2FA 3CFPA 3LZJA 3MXMA 2A1RA 4CJEA 3KLEA 1WSGA 4RW9A 4E89A 1LAVA 2BGGA 4N76A 4E7IA 4FLTA 4DSJA 3SQ2A 5HRRA 4NCAA 1NKBA 1NJYA 3NH1A 4O44A 1RBSA 2OPSA 1UAXA 1S6QA 3VQCA 1HNIA 3SYZA 1BCOA 4BWMA 1RDDA 3TAEA 4HCBA 1Q9YA 4FJXA 3C95A 2OZSA 2HHUA 1HYSA 4DTMA 4DS4A 3TAQA 1A5VA 3AO1A 2RKIA 4O0JA 4HVJA 1IKWA 4DU4A 2X78A 2XY8A 1NJZA 3AVLA 3G10A 1ITGA 2DFEA 1SKRA 4MFBA 1U49A 2OYQA 1SUQA 3VQDA 3AVFA 3ZSOA 3HL8A 1UA0A 1RTJA 3E01A 1CLQA 3L2QA 3ZT0A 4KREA 3SQ1A 4FJ9A 1TK8A 3L2VA 4DTXA 4EP4A 4Q0BA 3HSTB 4DG1A 5JS1A 2VG7A 3V9ZA 3S9HA 1CZBA 4CHQA 4OJRA 4W5QA 4CJSA 1XHZA 4CJLA 3SPYA 2WONA 2G8HA 3M8RA 5HLFA 1RILA 3DMJA 4F4KA 4FJ8A 4PUOA 4KO0A 4LY7A 4C8LA 2GUIA 4CJ5A 3ZSXA 3CQ8A 3HT3A 1N5YA 4DTRA 3QLHA 4C8MA 1KVCA 3L2WA 4CGHA 4CK2A 3LALA 3F9KA 4OKKA 3O3HA 4B9NA 4L8RB 2HHTA 1S1UA 4FXDA 2IGIA 3V1QA 2XO7A 1NK7A 1S6PA 1BI4A 2D0AA 2RPIA 3VN5A 1BHLA 2YHBA 4H4OA 4KPYA 3EY1A 2W42A 3PO5A 4FJGA 3LP0A 4DMNA 3OS1A 4FYDA 1CXQA 1S9GA 3PX0A 3DRRA 3KKSA 1TK5A 1NK6A 4DQRA 2BE2A 3ISNC 4BE0A 1C0MA 3PX6A 3DRPA 2X74A 1S1TA 3WNEA 4F2RA 4E19A 3QERA 5KRTA 5E41A 4DF8A 1R0AA 4JS4A 1RCHA 4WE1A 2D0CA 3D0PA 1YTAA 4CJPA 4Z4FA 4IG0A 5J1EA 3RMDA 4CEQA 4EZ6A 1WN7A 5J2QA 3M8SA 5KGWA 4DSFA 3QEXA 3MAQA 2YKNA 3AA3A 4DLGA 4GVMA 4DTOA 3I8DA 2PYJA 1NK5A 3OY9A 1XC9A 1CXUA 5CYQA 4HHTA 4KI4A 2YNGA 4DS5A 5KI6A 3NE6A 4KHWA 1EP4A 1NKEA 1QSSA 1YTUA 1J5OA 3RWUA 3DLHA 3KK2A 1J53A 4DQSA 1HRHA 4CERA 4QAGA 4CGFA 4DLEA 2VG6A 4CESA 3JYTA 4AHTA 1DLOA 4DSIA 3U6FA 1JXEA 4W5NA 4DQPA 3KLGA 5C24A 2D0BA 1LW0A 1RTIA 4J2EA 2ETJA 3MEGA 3ZT4A 3LP3A 4RW6A 4N5SA 4CEOA 1HYZA 4DSLA 2FBXA 3OYEA 3S3NA 1TL3A 1WLJA 2Z1IA 4IKFA 3V1RA 2ATQA 4GMJB 3NHGA 3RRHA 1JLCA 1GOAA 1TAQA 2OPQA 3DLKA 3HVTA 4CFAA 1RNHA 4M3XA 3KD1E 4F8RA 3OYMA 2KTQA 3OYFA 2HNZA 1QE1A 4AH9A 5KTQA 4RW4A 2DY4A 1Q9XA 4BE1A 2I5JA 3PV8A 4PA1A 1IG9A 3ULDA 1HYVA 1WSIA 4YFUA 4B9VA 2F8SA 4CJVA 4I9LA 4KHSA 3ZCMA 2Q3SA 1L3TA 4JRPA 2OPRA 1KSPA 3M8QA 1S1XA 4YNQA 2E6MA 3DI6A 3IAYA 2X6SA 4CHYA 4BDYA 3QIOA 4B9LA 2Z1GA 3SUQA 5HRSA 2QXFA 2HHSA 3B6PA 3NGIA 3LP1A 3QESA 4J2BA 3K5OA 4K8ZA 3LZIA 4I9QA 1FXXA 3SJJA 3G0ZA 2KFZA 3L2UA 2HNYA 4Y1DA 4DWIA 2O4GA 5FDLA 3D45A 3V81A 2JLEA 1UA1A 1HNVA 1IKXA 4DSEA 4IFYA 4O0IA 2ITGA 1TK0A 4Z4EA 4PQUA 2XRIA 4GW6A 4KHUA 3VQ9A 3TAFA 4DFMA 1RT7A 3V9WA 4DTUA 3O4NA 4DFJA 4E0DA 4H4MA 3P83D 5I3UA 1VSIA 1QHTA 4CECA 4CGGA 2G8UA 3OYHA 3NH0A 4LD0A 3TI0A 4B8AB 3LWMA 1QQCA 1VK0A 3THVA 5C25A 2VG5A 2P5OA 4M3ZA 4PY5A 4N41A 4I2PA 3V1OA 4CEBA 4G1QA 1ASVA 2FBYA 1NJXA 3OYCA 4ID5A 3TAMA 4Z4HA 1WNSA 1JLQA 3P5JA 3I0SA 3V9UA 4M41A 2Z1HA 5KGXA 4DQIA 1JKHA 2E4LA 3SUOA 4J2DA 1UOCA 3CYMA 3MXIA 1QSLA 3ZT1A 4DU1A 5C42A 4CE9A 2FBTA 3O3GA 3U3YA 3HPOA 2XHBA 3QO9A 1NK8A 3LDSA 3HK2A 4O4GA 3MEEA 3OYBA 3FFIA 1XI1A 3QIPA 3AVKA 5FROA 1C0TA 5HROA 1JLBA 2DTUA 3TARA 3DM2A 1BCMA 3B6OA 3HPHA 3NFAA 2F8TA 4B8CA 4W5RA 1C6VA 3WNGA 3ZSWA 1NK9A 4BDZA 3NGYA 1WAJA 4CF8A 3DYAA 3V6DA 1ZYQA 1TKDA 3KTQA 1LW2A 3DLEA 4M3YA 1LWFA 1YVUA 1Q8IA 4ID1A 3HVRA 1BL3A 4CEZA 2QK9A 1U4BA 1Y97A 1BGXT 1FK9A 1ZBUA 4E7LA 4FZXC 4FJIA 3ZSYA 2KW4A 4MQ3A 1BQMA 4HUFA 4IFVA 1S1WA 1BI4B 3CFOA 3AA4A 4H8KA 3CG7A 3OYAA 1NK4A 1D5AA 3K58A 4FZZA 3LPUA 1I39A 3AVHA 4HTUA 3MEDA 3DRSA 4DTPA 4KI6A 4RW8A 5J2MA 4KHQA 2YV0X 1REVA 3AVAA 4AHVA 4AHCA 4KFBA 4CJWA 3O4QA 3VA3A 4K8XA 4LH4A 3EYZA 3WNFA 3RMAA 4F2SA 1RBVA 1RBRA 1RT3A 1WSJA 3NF6A 2X6NA 3BGRA 4B3OA 1C1CA 1DTQA 1HPZA 3AA5X 5K14A 4Z4IA 2G8WA 4E7KA 4CFCA 4KTQA 1A5XA 1C0UA 3VQ5A 3NDKA 3T3FA 3TAPA 3K5MA 1NK0A 2G8KA 2BDPA 2KFNA 3K59A 5SWMA 2HHXA 1FKOA 3AV9A 1TKTA 1WSEA 4N56A 1IKVA 1C1BA 3VQPA 4E3SA 4KB0A 3QEIA 3VQ4A 1RT2A 1SV5A 2NUBA 4B08A 4FJ7A 1BIZA 1LWEA 3DLGA 4ELUA 4FJNA 4CIGA 2RF2A 4KB1A 1J9AA 3LP2A 3PX4A 1XHXA 4BACA 1D9FA 1T8EA 3I0RA 4M42A 2A1SA 2AJQA 1B9DA 1S9EA 3JSMA 4FLYA 1Z25A 4CJKA 3OJUA 4NYFA 4M3WA 4UQGA 4ELVA 4LH5A 3KIOA 3RTVA 3SNNA 5HP1A 4DSKA 3OJSA 4FLVA 1A5WA 1T03A 1D9DA 4CJ4A 5SZTA 1TKZA 1EETA 1W0HA 4EP5A 3KLFA 3VQBA 1RDBA 4IG3A 4FJMA 1ZBFA 4CJUA 1Z26A 4QOZB 3OYNA 5HRPA 4CJTA 1VSEA 2IOCA 3AO3A 3PO4A 4Z0UA 4E1MA 3KLIA 4LSLA 1NOZA 3VQ6A 3VQAA 4CHZA 1O1WA 4FJJA 1TVRA 3DOKA 2ZE2A 3ZSZA 4E7HA 1X9WA 2G8FA 1U48A 1C1AA 2P51A 2B6AA 1ZBIA 1IH7A 4KV8A 4B9TA 3HM9A 4FJ5A 3OYLA 4Z4CA 1NOYA 2HW3A 1WAFA 2IC3A 1B9FA 1JXBA 2DFHA 1RT6A 1GOCA 3AVIA 4C8OA 4FW2A 3KK1A 4DF4A 3SUNA 3RRGA 3OYIA 4CEEA 4OLBA 3TAGA 5FRMA 1EKEA 4FLXA 5FRNA 1HJRA 4CF0A 3OYGA 3KKRA 3S3MA 1T7PA 3SQ0A 3CM6A 3L3VA 1KVAA 1RBUA 1TKXA 4M3TA 1N6QA 3VQ8A 3OS2A 3HJFA 2RN2A 1DTTA 4OGCA 2YKMA 3O3FA 2IAJA 3P1GA 3M8PA 4W5TA 3DLBA 3DLRA 4CFBA 3NF7A 4C8KA 3LAKA 3U3GA 3ZT2A 1L3VA 3ZSRA 3OYKA 1KTQA 4FLUA 4B9MA 2WOMA 5DMRA 4KKOA 5HBMA 3C94A 3QETA 4FZYA 1I3AA 3ASMA 4OGEA 4F3OA 3T1AA 4AHRA 3UIQA 4CF2A 4Z4GA 4FJKA 1IKYA 3AVNA 1W9HA 3NCIA 3LWLA 3QEPA 3VQEA 1EXQA 2QKKA 4EZ9A 3AVJA 5HRNA 3RMBA 3LANA 2XY5A 4Y1CA 4O5BA 4XIUA 1KCFA 3LPTA 3AVBA 4FLWA 4KHNA 1QTMA 3S3OA 2Y1JA 3ALYA 1VSJA 4NCGA 1RDAA 2G8IA 4C8NA 2G8VA 4FJHA 2YNIA 1U04A 1T05A 2PY5A 4FK2A 2KZMA 4CJQA 4FLZA 5I42A 1CZ9A 3QINA 1VSLA 4HUGA 4CIEA 4BWJA 1VSFA 3KJVA 1RTDA 1KVBA 3F73A 1GOBA 3K5LA 4F3TA 1RT1A 4OVLA 3MECA 2VWJA 1TAUA 1SKSA 3CM5A 3HP9A 4KTZA 1U47A 2GV9A 2E6LA 1JL2A 2Z1JA 4CEDA 4J2AA 1VSHA 2YHAA 2PZSA 2OA8A 4ELTA 3AVGA 3ZT3A 1KLNA 4OKJA 3V4IA 1RT5A 1RTHA 3VA0A 2OPPA 3PY8A 3AO2A 2KZZA 2ZQBA 4CIFA 3BDPA 4B9UA 1G15A 4TSXA 3QEVA 1J54A 4CCHA 1TV6A 3KLHA 1MU2A 4AHUA 3NH2A 4E1NA 4CEFA 2HNDA 5J2NA 4QCLA 4ZTFA 3NBPA 2XY6A 4N47A 4AHSA 4R5PA 2OZMA 1X1PA 3NF9A 3SV4A 4CFDA 1HMVA 4IDKA 1JL1A 1X9SA 1ZBHA 4JS5A 3OYDA 3HPGA 2FBVA 4DU3A 4DFPA 4FJLA 3SCXA 4HCCA 1WSHA 3AVMA 3OS0A 5CZ2A 4CF1A 4Q5VA 4FCYA 3EZ5A 4CK3A 4AILC 3HYFA 1U45A 4IBNA 4OPJA 3SUPA 2HHWA 2IS3A 4KAZA 1D8YA 1S1VA 3TWHA 4CHPA 3TR8A 2HMIA 4E7JA 3SQ4A 3RMCA 1VRTA 2XY7A 1SKWA 1KRPA 4KTWA 4OLAA 4FM0A 1KFDA 1XWLA 3C6TA 3AO4A 4LSNA 3AA2A 4O55A 3VQ7A 4CF9A 2P5GA 1B92A 2EX3A 4M3RA 4BE2A 1WSFA 5T7BA 3HP6A 3TANA 3SI6A 4CHNA 1BQNA 3TABA 2LSNA 4DQQA 1SL1A 4FM1A 1BIUA 3KD5E 2YNHA 4W5OA 1JLFA 3HO1A 3L2RA 4JLHA 4OPKA 4BDPA 4ZTJA 4M3UA 4B9SA 1QS4A 5CZ1A 2PYLA 3KK3A 4CEAA 3AVCA 3LAMA 2JGUA 4ICLA 3OVNA 4OKEA 1NJWA 2HHQA 2YNFA 1SL2A 1FKPA 3C6UA 4FM2A 2IDOA 1RBTA 4DFKA 3V9SA 3SPZA 1LAWA 5JS2A 3K5NA 3IG1A 4HUEA 1HQEA 1HQUA 2P1JA 3K57A 1F21A 1SL0A 1BISA 1YT3A 1JLGA 3NAEA 3V9XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GY2B 1HUXA 1L3SA 1GLFO 4B1ZA 2UU9K 1VAZA 3D7EO 1BOTO 3ZYYX 1UWBA 5EU7A 5AZIB 5M1FA 3E9PA 4B3SK 2QA4N 4I7FA 3IRXA 1VSDA 2HVIA 5H1SQ 4CK1A 1VSKA 4HTLA 3HXMA 4I2QA 2CH6A 4IOCL 2F4VK 3TTFA 1IJJA 1Q81O 2B4JA 2O8DA 1JLAA 1RDCA 1EX4A 1N33K 2FC0A 1RT4A 3CC4N 4JKDA 2B5JA 1YVNA 4JRQA 4CGIA 4OPAA 5BREA 5KQDA 5HL7L 3NGZA 2O8FB 3MXMA 2V7ZA 4IWVA 4CJEA 5AQSA 4DSJA 4YOTA 4YDUC 4O44A 4WCEL 4EFHA 1UAXA 3SYZA 3VQCA 1HNIA 3CPWM 3TAEA 1RDDA 2OZSA 4C1NK 1HYSA 4BQZA 4DS4A 4BRIA 1IKWA 4DU4A 2X78A 4OLBA 2OYQA 1UA0A 3OHRA 3H1QA 4U7BA 1TK8A 4DTXA 4NO7A 4EP4A 3ZX2A 4DV4K 1VQ6N 2VG7A 3S9HA 1CZBA 2QI2A 4OJRA 4KHWA 3Q7CA 3ULEB 4C8LA 2GUIA 4JI0K 3ZSXA 1YUWA 2WTUA 4CK2A 1OH8A 3LALA 3F9KA 2HHTA 1S1UA 2IGIA 3C6HA 2O8CA 4JI6K 2YHBA 1QZ5A 3EY1A 4FJGA 3DXKA 3LP0A 4WQ5C 3PX0A 3DRRA 4YOXA 4DQRA 2BE2A 1C0MA 3D2EB 3DRPA 3CCUN 2RHKA 1S1TA 1OVYA 5C2DA 5AQZA 1M1KO 4WE1A 1YTAA 1LCUA 4Z4FA 1NM1A 1YJWN 1E4FT 1ZC6A 5KGWA 3UKRB 3CIPA 3MAQA 3AA3A 3MN6A 2QM1A 2PYJA 3O80A 3ZEUA 5CYQA 3T1YK 3CQYA 1QVFM 4IJAA 1QSSA 1YTUA 4MO4A 4BVOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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