4CJSA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjsA00
3HSTB 4CEAA 4DTJA 4NYNA 4BDYA 1HYVA 2Z1GA 3DLRA 4DSLA 3M8RA 2OPSA 1DLOA 4W5OA 4FVMA 4ID5A 3THVA 5JS1A 3SQ0A 3SZ2A 3V9SA 4ZTFA 4CEEA 3DLEA 3CG7A 4M41A 3SV4A 2ATQA 3MEDA 4N47A 4JRQA 5J2QA 3ZSXA 1ZBLA 2FBVA 4M3YA 4I2PA 3TAPA 5KI6A 4PQUA 1F21A 2HNDA 4PA1A 3QEWA 3V1QA 3OYKA 3RTVA 4CFBA 4Z4EA 1QSYA 2O4GA 2DTUA 2Z1IA 3HVTA 1YT3A 3AVBA 4CHPA 4CGDA 1X9MA 3KK3A 2QKKA 1X9SA 5HRSA 4FJ9A 3SUOA 4CHQA 4KV8A 3ZT1A 1RDBA 1EX4A 4B9NA 3SI6A 3VQDA 3KLEA 3HVRA 4ELUA 1ASUA 2YNIA 4FJJA 5DMRA 4OKEA 4FJGA 3C94A 3SJJA 4KKOA 1TK8A 3OYBA 1HNVA 4RW7A 3LAKA 4Z4CA 3WNGA 1ZBHA 3MAQA 4HUEA 1RILA 2OZMA 3EYZA 1WSFA 3AA5X 4DFKA 1WSEA 3L8BA 4B9UA 3OS1A 1BIUA 3K5MA 1ASVA 3B6PA 4DTMA 1LWCA 3BGRA 4H4MA 1X9WA 3HPOA 1C1BA 4AHVA 1ZYQA 3TWHA 4C8KA 2FBYA 3ULDA 1Z26A 4M3UA 4W5NA 1XWLA 2IGIA 4HCBA 3KLIA 3AVJA 4M3RA 1B9FA 1KCFA 4KO0A 1BCOA 4CGIA 3OYDA 3QEVA 3PX6A 1ZBIA 1GOBA 1SL0A 1JLGA 3O3GA 5KTQA 4ICLA 4CHNA 1TKXA 3RR8A 2EHGA 4MQ3A 3C6TA 4OGCA 3RWUA 4QOZB 3CFPA 1VSKA 2OYQA 4QAGA 4KTQA 4LD0A 3VQEA 4KHNA 2KTQA 1BCMA 2R7YA 1NJYA 4B9VA 2KW4A 4CFCA 3D0PA 2ITGA 1W0HA 3AA2A 4CF0A 1DTQA 4C8LA 1KLMA 3MECA 3A2FA 3KD5E 4FLZA 1IH7A 5KGXA 3IAYA 1U04A 3V9XA 4F2SA 2HNZA 2G8WA 3RMCA 4DU3A 2QKBA 3JYTA 3MXIA 3H08A 2KZMA 1RDDA 3U6FA 4KFBA 4FJ8A 4B9TA 1B9DA 2YKMA 4CEFA 2VG6A 4DWIA 4IBNA 5KGWA 4J2AA 2YHAA 3OJUA 4O4GA 1RBRA 3LPTA 3ALYA 2RF2A 4BWJA 4DS5A 1L3TA 5CYMA 3HP9A 4BWMA 1LW0A 4DG1A 3K2PA 4Z0UA 2HHVA 2ETJA 4CE9A 4O5BA 3QIOA 2D0BA 4PWDA 2XRIA 4E7JA 2IOCA 4CFAA 4DTSA 3V6DA 1BHLA 1CXUA 1NK4A 3CM5A 3TAQA 1D5AA 1SL1A 3EY1A 3F73A 1RT3A 1RT6A 1Y97A 3NH1A 1TL3A 3K5OA 3NHGA 4EZ6A 3VQPA 1TKTA 1NK6A 1TL1A 2BDPA 3VA0A 3O4NA 3G0ZA 3KLHA 4PY5A 1C6VA 4CFDA 4CF9A 5I42A 4F8RA 3M8SA 1NOZA 2PZSA 1HQEA 4CJKA 4NCBA 1GOAA 4CJLA 1I39A 2HNYA 1IKXA 4DQPA 4E0DA 2EX3A 5C25A 2LSNA 4CEZA 1KVBA 1S9EA 3K58A 4E1MA 1TVRA 1T7PA 2KQ2A 3OVNA 2KZZA 1BISA 5CZ2A 3PV8A 4WE1A 5DK5A 4LSLA 2JLEA 3QLHA 2D0CA 4I9LA 1JLCA 4B8AB 4CHZA 1JLBA 1TGOA 4FW2A 4LH5A 3OS2A 4F4KA 4RW6A 1J53A 1RT2A 1NKCA 1YTAA 3ZSQA 4CJ3A 3LANA 3NBPA 4CGJA 3F9KA 4E19A 4DLEA 4HCCA 2F96A 4KB1A 4CK1A 4CIEA 4OGEA 3HPHA 4E89A 1QS4A 2FC0A 1HQUA 4E7LA 1L3UA 3DLHA 4EP4A 2XY8A 3DOKA 2PYJA 4IG3A 3ZCMA 4MFBA 3NGZA 3QEPA 2HHUA 3KJVA 1VRTA 1HRHA 4RG8A 4CEOA 1CXQA 4O0JA 1IKYA 3KTQA 1LWEA 4ELVA 3VQ8A 3SQ1A 5K14A 4FJXA 4GW6A 4DSFA 4FXDA 1XI1A 3TR8A 1JKHA 4IFYA 4Z4IA 1D9DA 3K5NA 3AVNA 4CJVA 2QK9A 1RT5A 2NUBA 3P5JA 3P83D 4CJWA 1JLEA 3OYFA 3K5LA 4FJLA 4J2DA 3LZJA 1HMVA 4CIGA 4DU1A 4DSJA 4Z4FA 1S1TA 2YNHA 4FLUA 1N5YA 2YNGA 4BACA 4DFPA 2OPRA 4FLXA 2WONA 3L2WA 3KK2A 3U3YA 1EP4A 2X6NA 4FW1A 1Z25A 4B8CA 1L3VA 4CEDA 4YNQA 2E4LA 3ZSOA 3TAMA 1RDCA 5J2MA 1WLJA 1TAUA 4FK2A 1RT7A 3WNEA 4R5PA 3ZSZA 5C42A 1FXXA 4B08A 2G8UA 4FJ5A 2HW3A 3KD1E 4H8KA 4O44A 4FLWA 1JLAA 1WN7A 3NH2A 4DQQA 3RRHA 1NJXA 1S5JA 3ASMA 3NGYA 3DRSA 3LP3A 4FJ7A 1S6QA 3AO5A 2HHTA 5CZ1A 1TV6A 3L2RA 4J2BA 4B9SA 1NJWA 1UA1A 1A5VA 2B6AA 5EU7A 1J9AA 3S9HA 1N6QA 4OLBA 3D45A 4FJIA 3OJSA 3WNHA 1KLNA 3MEEA 1NKBA 4F2RA 4OLAA 1RDAA 4M45A 2FBXA 3QETA 1BGXT 1QE1A 4CECA 3V9WA 3VQCA 1NK5A 2OZSA 1RBUA 3NE6A 4HUFA 4E7KA 2G8VA 1WSHA 1S6PA 1BQNA 1SV5A 1NKEA 2B5JA 3LP1A 1RBSA 4Z4HA 1BIZA 4FJKA 1CLQA 3IS9A 1S9GA 4K8ZA 4DF4A 1W9HA 4FZZA 2GV9A 4QCLA 1RBTA 5E41A 1GOCA 1I3AA 3RMDA 1BL3A 3QESA 1WSJA 2IC3A 5HLFA 1A5XA 2IAJA 3HXMA 4DU4A 1LW2A 3NF8A 1EKEA 2XO7A 3QNOA 4UQGA 3NF7A 1ZBFA 4CHOA 1U49A 4F3OA 1R0AA 1SL2A 3PUFA 3AVMA 1JL2A 4ZTJA 4CK2A 3RRGA 3OYAA 4NCAA 2G8FA 3NF9A 4AILC 3PO5A 1QHTA 1LAWA 3V4IA 4CF8A 2BGGA 3AVLA 4G1QA 1TKZA 1UWBA 2P51A 4XIUA 4CGGA 3NH0A 3C95A 4CGFA 1JLFA 1JXBA 4CJFA 2RN2A 4HHTA 5HROA 4KHYA 4FM1A 4DSIA 2AJQA 3UIQA 4IKFA 5SWMA 3AO3A 1X1PA 1CZBA 4CIFA 4KREA 4CJEA 3AVFA 4OJRA 1S1VA 4JRPA 4O55A 1D8YA 4M3ZA 2KFZA 1S1UA 2YV0X 2E6MA 2Q3SA 3G10A 1WSGA 1JLQA 1IKWA 2X78A 2YHBA 4C8NA 3SUPA 2A1RA 3OYLA 2BE2A 3I8DA 3SQ4A 2B4JA 3OS0A 4FLTA 1T8EA 1D9FA 2HHWA 4AHTA 4CJSA 3OYMA 5FRNA 3QIPA 4DQSA 4AHSA 1C1AA 5C24A 2WOMA 3QEXA 2RKIA 3AVIA 4C8OA 3VQ5A 4H4OA 3WNFA 4J2EA 4AHCA 3AVGA 4DTXA 3AVAA 3VQ7A 5FDLA 4E7HA 3PO4A 1JL1A 1RTIA 3LP0A 4EP5A 5I3UA 1UA0A 4B9MA 3SYZA 3E01A 3HT3A 4DTPA 5JS2A 4CK3A 4W5QA 1NJZA 1RTJA 4FM2A 1FKOA 1XHZA 5KRSA 4KTZA 4YFUA 3OYNA 2HVIA 4OPKA 3MEGA 3TI0A 2VG7A 4LY7A 5J1EA 2HB5A 1VSHA 3NDKA 1RBVA 4K8XA 3T3FA 1VSLA 3LALA 3SQ2A 4DTNA 3V9ZA 3PX0A 4CGHA 4CJUA 2VWKA 3LAMA 4E1NA 3TARA 1REVA 2IDOA 1VSJA 4JS5A 4JS4A 1QSSA 3ZT3A 3TABA 4CF1A 1VSEA 3HJFA 4CESA 3AO1A 3AVKA 3L2QA 4CJQA 2XY7A 4PUOA 3HPGA 4KAZA 1HYZA 4Q5VA 3L2UA 3ITHA 4M3XA 3S3MA 1G15A 1U48A 3VQBA 1KFSA 3ZT0A 1EXQA 1VSIA 4FK0A 1VSFA 4I9QA 1SKRA 1NOYA 3QERA 1JXEA 5HBMA 3HP6A 1U4BA 3TAEA 3QINA 4FCYA 1NK8A 4N76A 3OY9A 4OVLA 3I0SA 3SUNA 1KTQA 3DMJA 4AHUA 3U3GA 2OA8A 1BI4B 5HRNA 3LWMA 4FZXC 2GBZA 4DFJA 3QO9A 3HM9A 5SZTA 4KRFA 4Y1DA 4OKKA 1KVAA 4LSNA 4E3SA 1UOCA 4OKJA 2XY6A 4CF2A 3AA4A 4HTUA 2PYLA 3ISNC 5D3GA 3OYEA 2VG5A 4Z4GA 3O3HA 3AV9A 1FK9A 1QSLA 1IO2A 3OYGA 3RMAA 3AO2A 4FJHA 4E7IA 4DSKA 1NK9A 1ITGA 1VK0A 4IG0A 4DSEA 3MXMA 4KHUA 3V81A 4BE2A 1HJRA 3JSMA 3DLGA 4O0IA 3V9UA 3DM2A 4NYFA 4DS4A 1Q9YA 1YVUA 3MXJA 4LH4A 1KRPA 3CFRA 3LWLA 1LWFA 4CEQA 2PY5A 1SUQA 4I2QA 2FBTA 3QNNA 4HUGA 1L5UA 1LAVA 3T1AA 4BDPA 4M3WA 2F8SA 3SUQA 1Q8IA 3KLGA 3L2VA 3K59A 3ZSVA 3ZT2A 4DFMA 4FK4A 3S3OA 3IG1A 4AHRA 5J2PA 4KHWA 4CERA 3DRRA 4N5SA 1DTTA 3L3VA 2XHBA 5CY4A 1EETA 4KTWA 1WAJA 4FM0A 3HO1A 1C1CA 2Z1HA 3FFIA 1A5WA 3VQ9A 2ZE2A 3KKSA 3LDSA 4BDZA 1T05A 4FZYA 2E6LA 4IFVA 4DLGA 4NCGA 3B6OA 3CFOA 3DI6A 2VWJA 2O4IA 4FJMA 4FJNA 3V1RA 2X6SA 3SCXA 4ID1A 4KI4A 3M8PA 3VQ6A 2HHXA 2RPIA 4Q0BA 1RNHA 3VN5A 3KLFA 1RT1A 1J54A 2DFHA 3AA3A 4W5RA 3SPZA 4N41A 2ZQBA 2Y1IA 3CYMA 4TSXA 1HPZA 3NAEA 3TAFA 5HP1A 1NK7A 1C0MA 3ZSYA 3K57A 4I7FA 3BDPA 3M8QA 1SKSA 3SV3A 4DTOA 4DQIA 4AH9A 4JLHA 4CJPA 2BANA 2I5JA 1HNIA 1WSIA 3SPYA 1WAFA 4DMNA 3DRPA 4B9LA 1ASWA 4CJRA 1J5OA 3IRXA 1RTDA 3OYJA 1NK0A 1HYSA 2D5RA 4F3TA 4FYDA 3LZIA 3OYCA 2KFNA 4DQRA 3EZ5A 1XC9A 4RW8A 3ZT4A 3V1OA 3VQ4A 2IS3A 4C8MA 4CJ5A 2DFEA 1CZ9A 3KIOA 2OPPA 2OPQA 3KKRA 3VA3A 1ZBUA 1U45A 1TAQA 1TKDA 3TAGA 1SKWA 2P5GA 4B3OA 4RW9A 3KK1A 3NCIA 4GVMA 4CJTA 1BQMA 1IKVA 3RR7A 2DY4A 4W5TA 1KVCA 3AVHA 1O1WA 1Q9XA 1MU2A 2HMIA 1C0TA 3C6UA 2G8KA 4CJ4A 4FLYA 5FROA 3CM6A 1U47A 2ZD1A 3NF6A 4DF8A 3AO4A 1TK0A 2F8TA 1YTUA 1T03A 4EZ9A 2Z1JA 5J2NA 3QEIA 4BE0A 1C0UA 3ZSWA 4ZHRA 5FRMA 4GMJB 2HVHA 5T7BA 3O3FA 4HVJA 2G8HA 4CEBA 5KRTA 1RTHA 1BI4A 4CHYA 3ZSRA 4KHSA 1VSDA 3HK2A 3VQQA 2DFFA 3HL8A 4N56A 3PX4A 3AVCA 4DTUA 1L3SA 3TANA 4ELTA 4CCHA 4KI6A 5HRRA 3LPUA 3L3UA 2Y1JA 3O4QA 1WNSA 3OYHA 4FLVA 1RT4A 4M42A 3DOLA 4BE1A 4KHQA 5CYQA 3HYFA 1XHXA 1VSMA 1B92A 3PY8A 1S1WA 4L8RB 2G8IA 1UAXA 2X74A 3CQ8A 2XY5A 1TK5A 1QTMA 1VRUA 1RCHA 2P1JA 3RMBA 3NFAA 1LV5A 3DYAA 5HRPA 2JGUA 4RW4A 4KPYA 1K6YA 2QXFA 3VQAA 4KB0A 2HHQA 3DLKA 2W42A 3DLBA 4Y1CA 3T19A 2YKNA 4IDKA 3NGIA 2A1SA 3LP2A 1KFDA 2HHSA 1QQCA 2GUIA 2P5OA 2D0AA 3SNNA 1FKPA 3I0RA 4DTRA 1KSPA 4OPJA 4M3TA 3P1GA 2YNFA 3S3NA 1IG9A 3OYIA 1S1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C2DA 1P90A 3DLRA 3Q7CA 1S22A 3A5OC 1NGGA 4W5OA 1DLOA 4DR1K 3C6HA 2ZGZA 1VQPN 3SZ2A 3U9ZA 3JAMO 3CG7A 4M41A 2ATQA 3MEDA 4N47A 5E84A 2FBVA 4NB4A 3TAPA 5KI6A 4JAXA 4PA1A 4BRCA 4B1WB 2Z1IA 2QKKA 5HRSA 1NNEA 3SUOA 3CMAN 1TUUA 1EX4A 4BVOA 3VQDA 4DV5K 1ASUA 1OH6A 2I7PA 2PBDA 3C94A 3VGLA 1TK8A 1HNVA 4Z4CA 3LAKA 3WNGA 2OZMA 1WUAA 1WSFA 2E1YA 4B9UA 5AZIB 1ASVA 4FWNA 3O9SA 4H4MA 1X9WA 2Q0UA 3VGKA 4YHHK 3RSEA 4AHVA 4WFBL 1ZYQA 1X3NA 3ULDA 5C15A 2P9KA 2IGIA 4EHUA 5F2RA 4M3RA 1K8AO 1KCFA 3UE5A 2J4RA 4GY2B 5KTQA 3RR8A 2P9PA 3C6TA 4MQ3A 4YOYA 4ISGA 3CJ1A 4LD0A 5JVHL 4LF6K 2E1ZA 3O5BA 1NJYA 4B9VA 4CFCA 3CC4N 1VQNN 5AQGA 5AQWA 1E4FT 3A2FA 1VQ5N 3IAYA 3V9XA 2HF3A 2G8WA 4DU3A 3H08A 4B3SK 4H5WA 3U6FA 2A41A 3M3ZA 4FWLA 3W3DA 4CEFA 5GAHP 3KHYA 4IBNA 3OJUA 2RF2A 5CYMA 1LW0A 4DG1A 4O5BA 4E7JA 4FWSA 2IOCA 4CFAA 3V6DA 1CXUA 2HF4A 1E3MA 4FWPA 1NU0A 1RT3A 3NHGA 3CPEA 2E2NA 2YJEA 5LMUK 1TL1A 1NK6A 3CJ7A 3O4NA 5LY3A 1C6VA 1T6DA 4CF9A 5I42A 1YF5L 3M8SA 4JI6K 3CERA 1NWKA 2HNYA 4DQPA 1XC3A 3FZMA 3KK7A 3FZHA 5C25A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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