4CJTA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 58
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjtA00
3AVHA 3OYKA 3NF9A 2QKKA 4H8KA 3V4IA 1YTUA 3QERA 1EP4A 1HRHA 3KIOA 4FJMA 3PO4A 3ZSYA 3K59A 3OJSA 2EX3A 1RTHA 4RW9A 4DTRA 1BIZA 2XY8A 5CYMA 3CG7A 1U48A 5FDLA 4OKEA 3ZSXA 3TAFA 2A1RA 4FZYA 2OZSA 2FBTA 4OLBA 1KLNA 5C24A 4Y1CA 2YKNA 1BQMA 4CJQA 4DS5A 1NK7A 3NGIA 2D0BA 1NK4A 2D0CA 1N5YA 4DQQA 2PYLA 3KLEA 3AO1A 3O4NA 3AVNA 4I2PA 2BDPA 3P5JA 4CIFA 1WLJA 1EETA 5HP1A 1K6YA 4AHTA 4IFYA 3AA5X 4MQ3A 3VQ6A 5EU7A 3DMJA 3C95A 3QEVA 1DTTA 3ALYA 3RTVA 3IRXA 3CFPA 5KRTA 4LY7A 4DQSA 2G8KA 2YNHA 1VK0A 5CZ1A 4FM0A 4N76A 4PUOA 3NH0A 4IKFA 4I2QA 4GMJB 4C8NA 1LV5A 2X6NA 4DFPA 1HYVA 4DSEA 4DU3A 1TGOA 4OLAA 3NBPA 3P83D 2G8FA 1R0AA 4CK3A 1UA1A 4FJKA 4DSFA 1QSYA 4ELVA 1LWCA 4CHNA 2Z1JA 4ICLA 4Y1DA 3DRRA 4CHPA 3DRSA 1JLQA 3B6OA 3LALA 4DLEA 3V81A 4I9LA 1S1XA 1SL0A 3EYZA 4W5RA 2ATQA 4CIEA 3M8RA 1TVRA 3VQBA 4DMNA 1BCMA 2E4LA 1QSSA 1RILA 4IFVA 4CEZA 4Q5VA 3HSTB 3QNOA 4N41A 2BGGA 3V9ZA 3AVMA 4LH5A 1WSGA 3KJVA 4KREA 4F8RA 4I9QA 1WSEA 2VG7A 4N47A 4OGCA 3E01A 5J2NA 1EX4A 3HPGA 1RDBA 2E6MA 3EY1A 1F21A 3QO9A 1CZBA 1CLQA 2B4JA 1RT1A 1S1UA 4CF9A 4DSJA 4CF0A 2HHUA 2RF2A 1GOAA 3C6UA 1Y97A 3SI6A 4CJ5A 3KK3A 4RW4A 3L2UA 4J2BA 1S9EA 5E41A 1U49A 4DWIA 3HL8A 4CEEA 3HM9A 2KFZA 2HMIA 1Q8IA 1Q9YA 1NKBA 1RBTA 2P1JA 1KSPA 1BHLA 2KTQA 4W5TA 1GOCA 2GUIA 2HHWA 2EHGA 3QESA 4CIGA 1VRTA 5KI6A 4ELTA 3IAYA 2QKBA 2AJQA 4H4OA 1LAWA 3SQ1A 5JS2A 3HXMA 1L3TA 4KHWA 3V9SA 4E3SA 4IDKA 4KI6A 1IKVA 4CHOA 2VG5A 4AHRA 4EP5A 4CESA 2D5RA 4FCYA 1GOBA 1RCHA 4KTWA 3VQ7A 4CHQA 1KRPA 4FJHA 1IO2A 4FM1A 4W5QA 1FK9A 1XHXA 4HUFA 1BCOA 1C0TA 3NCIA 4DTXA 4F4KA 3TABA 4M3UA 4KHYA 4EP4A 3QNNA 3NH1A 1WAJA 4H4MA 4Z0UA 4JRPA 3ZSWA 3C94A 3ZT3A 1HNIA 5DK5A 1G15A 1NJWA 2PYJA 4FJLA 2X6SA 3A2FA 4PQUA 1MU2A 2G8VA 3VN5A 1T7PA 2XY7A 4FZXC 1JLGA 1IKXA 1NK8A 1LWEA 3CYMA 4M3ZA 4J2DA 3NFAA 3NAEA 2NUBA 3VQ8A 1JLFA 1ZBLA 4B08A 1TKTA 1A5XA 3IS9A 4O5BA 3KLFA 1C1AA 3V1RA 3I8DA 4DU1A 4KFBA 4M45A 3AVCA 3NDKA 2YNIA 4BACA 4Z4CA 3RRHA 1NKEA 5HRSA 5C42A 1J53A 1S5JA 2YNGA 3WNEA 2YV0X 3OS0A 1RTJA 2PY5A 4QCLA 3LWMA 3S3NA 1VSEA 1RBVA 4CGHA 2WOMA 4CGFA 3QEXA 1FKPA 3KKSA 3V1QA 2ZE2A 2IDOA 2HVHA 4CCHA 4OVLA 3OYNA 3AVFA 3NHGA 4CJ4A 1SUQA 3OYDA 4CGJA 3KD1E 4RG8A 1S6QA 3V6DA 5HLFA 1S9GA 1X9WA 4AHSA 4HHTA 1I3AA 1U04A 1RT7A 4B9NA 1NOZA 1RTIA 3LAMA 5HROA 4DTSA 3OS2A 4FYDA 1J54A 3QIPA 1C0UA 1UAXA 4NYFA 4KHNA 3L2RA 1SL1A 3CFRA 1NK9A 3QEIA 4FJJA 3L3VA 2DTUA 1HQEA 3CFOA 2HB5A 3TR8A 2OPRA 5J2MA 1TK0A 2JLEA 1FXXA 1RT3A 3DLEA 4E1MA 3AVBA 3L8BA 4CF1A 3L2VA 4LH4A 4CF2A 3NF8A 4G1QA 4FM2A 4FJGA 5KGXA 1HYZA 2B5JA 3LP1A 3TAEA 1U47A 3S9HA 4DLGA 2PZSA 3OYFA 4M42A 2RKIA 2I5JA 2KW4A 4DTPA 2Z1IA 3RMDA 1QE1A 4EZ9A 3RMCA 4J2EA 4PWDA 3K2PA 4LSLA 3OYIA 4Z4IA 3HYFA 3ULDA 3QEWA 1Z26A 3RMBA 1WN7A 1HYSA 2LSNA 3QLHA 4JRQA 4HUEA 4Q0BA 2E6LA 4FW2A 3ZT2A 1TK8A 1ASVA 4FK4A 3QETA 1ASUA 2XO7A 4CEQA 4RW6A 3M8SA 4F3TA 1B9DA 1JXEA 3DOLA 1BGXT 3DI6A 4AH9A 4DTMA 1IG9A 4FK2A 1RNHA 2IOCA 4DFJA 5JS1A 4FLZA 4E7HA 4E19A 2IC3A 3O3GA 1VSMA 4CJUA 4ID5A 3O4QA 3HPOA 1O1WA 3AO3A 3MAQA 3WNFA 3M8QA 1C1BA 2P5GA 4IG3A 1RT5A 1J9AA 3M8PA 2ITGA 4CJLA 3OYEA 3PV8A 4CF8A 1ZBFA 2Z1HA 1XWLA 3VQEA 5KRSA 3OYJA 1XHZA 1D9FA 4KRFA 1T8EA 1JKHA 1SV5A 1S1VA 3HVRA 3NF7A 1D5AA 3RR8A 4B9UA 1NKCA 4DQPA 4CHZA 3OJUA 2Y1IA 3NGZA 1W0HA 5KGWA 3DOKA 1KVAA 2A1SA 3K5MA 3SYZA 3H08A 3PX0A 3LANA 1QS4A 4WE1A 4CEBA 2XY6A 1RT2A 1ZBHA 1BISA 3DLRA 4RW7A 3SQ2A 1JLEA 1JL1A 1J5OA 4I7FA 3K57A 1C0MA 4B3OA 4CGGA 3HPHA 3DLHA 3KTQA 3C6TA 4O4GA 3AA3A 1S1WA 4BE2A 4UQGA 2XRIA 1NK0A 1QHTA 1A5WA 4M3RA 1NJXA 2OPQA 1VRUA 4FVMA 4OJRA 3MXIA 3HP9A 5I3UA 1YT3A 3DYAA 2FBVA 4KI4A 3SUNA 3V9XA 3LP0A 4GW6A 2GBZA 4C8MA 4ZHRA 3K5NA 1UA0A 5K14A 4CJWA 2HNDA 4LD0A 3AVAA 4M3TA 2F8TA 3HO1A 3PO5A 4KHQA 1HQUA 3FFIA 3K5OA 1X9SA 3ISNC 5CYQA 3OYMA 3HP6A 4QOZB 3MXJA 1JLAA 4KTZA 4B8CA 2VG6A 1JLCA 4CEFA 1XC9A 1TK5A 3SQ4A 4E89A 5CZ2A 2ZD1A 5HBMA 3JYTA 3PX4A 1KTQA 2P5OA 1QTMA 4AILC 3VQAA 4ZTFA 2D0AA 3LP2A 3V1OA 1HPZA 3BGRA 5FROA 4E7KA 4K8ZA 3ITHA 5C25A 4CK2A 1KVCA 2HHVA 4CEOA 4B9TA 3CQ8A 4DF4A 3OYHA 3LP3A 3U3YA 1SKSA 4L8RB 3VA3A 2RPIA 3S3MA 4M3YA 5J2QA 4NCGA 3LAKA 4BE0A 4AHUA 5HRPA 4BDPA 4CHYA 4N5SA 3RWUA 3DLGA 2OPSA 2FBXA 4FJ7A 1LWFA 3AA4A 3WNGA 3DRPA 3O3FA 3OYLA 2XHBA 1BI4A 4FJXA 3LPUA 4DG1A 3LDSA 1B9FA 1HMVA 4FJIA 3KLGA 3ZSRA 4F2SA 3EZ5A 3S3OA 4O44A 4PY5A 4YFUA 2VWKA 4OKKA 3V9WA 3LZJA 1WAFA 1KCFA 1VSLA 2KQ2A 4CJFA 4KAZA 3OVNA 1VSFA 1NJYA 4FLVA 3IG1A 4ELUA 3LZIA 2WONA 2JGUA 3ASMA 1RDAA 4CE9A 1QSLA 5FRMA 1WSHA 3VQ9A 4CJ3A 4B9MA 2HHSA 1VSDA 4DSIA 3UIQA 3PUFA 1QQCA 1FKOA 4CJVA 1LW2A 2YHBA 1BL3A 4CEDA 4N56A 3HT3A 4AHVA 4B9VA 4BWJA 4KB0A 3TARA 3B6PA 3T3FA 1IKYA 3ZT0A 1S1TA 4OKJA 2G8WA 1N6QA 2FC0A 1LAVA 4BDYA 3SCXA 2YHAA 4FZZA 3T19A 4CERA 2KZMA 1TKXA 4BDZA 2Y1JA 3K58A 4HVJA 3KK2A 4KHSA 2DY4A 2VWJA 4FLXA 1D8YA 3PX6A 4M41A 3L3UA 3VQ4A 5SZTA 1X9MA 3SPZA 4DF8A 1NK6A 3BDPA 1ZBIA 3G0ZA 5CY4A 1IH7A 4QAGA 1VSIA 3ZT4A 3K5LA 2ETJA 1SKRA 2DFFA 1JL2A 3OYCA 3ZT1A 4KV8A 4JS4A 4HUGA 3RRGA 1KFDA 3HK2A 1L3UA 3ZSVA 4YNQA 1L3SA 1KLMA 2HNZA 1ZYQA 4NCBA 1WSIA 3P1GA 1W9HA 1RT6A 4CJPA 1BIUA 4DS4A 3MEDA 3AO2A 3PY8A 2IAJA 2X78A 2HHTA 3SV3A 1EXQA 5J2PA 3ZCMA 3OYGA 2HVIA 4B9LA 4FJ5A 4DQRA 3AVLA 4NCAA 4O0JA 1JLBA 1A5VA 2F8SA 3L2QA 4OGEA 1HNVA 4PA1A 4IBNA 3O3HA 1YVUA 3QEPA 1C6VA 4CJTA 2ZQBA 1C1CA 4Z4FA 4W5NA 2OPPA 1RBSA 1RBUA 3QIOA 3VA0A 4HCBA 1TL3A 3MEGA 3TAMA 4OPKA 1TV6A 3LPTA 5I42A 3VQCA 4B8AB 3AO4A 4Z4HA 4O0IA 4BWMA 3V9UA 1RTDA 1KFSA 3SJJA 4OPJA 3THVA 4C8OA 2HW3A 2HHQA 1BI4B 2O4IA 4CFCA 4CFDA 3VQPA 4O55A 3CM5A 3SQ0A 3KLHA 4E7LA 1T05A 2BE2A 2HNYA 4IG0A 3U3GA 4R5PA 4K8XA 2R7YA 4GVMA 4M3XA 3T1AA 4CFBA 3TI0A 2G8IA 1KVBA 2GV9A 2HHXA 4JS5A 5HRRA 3I0RA 2W42A 4BE1A 2Z1GA 4FJ8A 1TAUA 3AV9A 4DTUA 1Z25A 1T03A 3SNNA 3AVKA 3QINA 2P51A 3G10A 4DTJA 1Q9XA 1NOYA 1CXQA 3SPYA 3TAPA 3MXMA 3NF6A 4CK1A 1TL1A 2RN2A 3F73A 4CJRA 4C8KA 3KD5E 3SUQA 2IS3A 4Z4EA 2FBYA 4FK0A 3U6FA 3TAGA 3AA2A 2YKMA 5KTQA 3TANA 4KB1A 1SL2A 4DSLA 1YTAA 3OY9A 4CJKA 2G8HA 4FLTA 4FXDA 4E0DA 3SUOA 1ASWA 1VSJA 3VQDA 2BANA 1D9DA 3AO5A 3OS1A 3ZSOA 2OYQA 2QK9A 4MFBA 1NK5A 4E7JA 3HJFA 1VSKA 5D3GA 4HTUA 1ZBUA 3RR7A 2OZMA 5FRNA 4ID1A 4FLWA 4FJNA 2KZZA 3NE6A 3KK1A 4DFMA 1DTQA 2DFHA 3D45A 4CFAA 1RT4A 3L2WA 3AVIA 1L3VA 2OA8A 3RMAA 2KFNA 3VQQA 3WNHA 4ZTJA 2X74A 1WSFA 2Q3SA 1HJRA 2QXFA 1RBRA 3ZSQA 3LWLA 1TKDA 1CZ9A 4B9SA 1U45A 4EZ6A 4XIUA 4CJSA 3SZ2A 3SUPA 4RW8A 3DLBA 1BQNA 1B92A 1SKWA 3MECA 4F3OA 3OYBA 5SWMA 1DLOA 3I0SA 4DFKA 1XI1A 1IKWA 4NYNA 3HVTA 4E7IA 1EKEA 1CXUA 3AVGA 3DLKA 2XY5A 3DM2A 3D0PA 1NJZA 3SV4A 2B6AA 3NH2A 2G8UA 3VQ5A 3TWHA 5J1EA 4JLHA 4DTOA 4KTQA 1RDCA 4CEAA 1LW0A 3KLIA 4CECA 1TKZA 2YNFA 4CJEA 5HRNA 3NGYA 1ITGA 1UOCA 1U4BA 3MEEA 1WSJA 1REVA 2IGIA 4M3WA 3ZSZA 4E1NA 3JSMA 1X1PA 3F9KA 4CGIA 4AHCA 4LSNA 2F96A 1JXBA 1I39A 4W5OA 3OYAA 1UWBA 1S6PA 4DSKA 4CGDA 4KKOA 4F2RA 1L5UA 4KPYA 5T7BA 3KKRA 4J2AA 4DTNA 4TSXA 1WNSA 3AVJA 4KO0A 4DQIA 3CM6A 4HCCA 4FLUA 4C8LA 1TAQA 1VSHA 3TAQA 5DMRA 4FJ9A 4FW1A 4KHUA 4Z4GA 2O4GA 1RDDA 4DU4A 4FLYA 2DFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SAGA 3OYKA 3NF9A 3V4IA 1HRHA 3KIOA 4FJMA 4DTOA 4NB4A 1BIZA 4DTRA 1U48A 3ZSXA 3FGUA 2HMPA 1QQNA 3F2KA 2FBTA 4H0VB 4CI6A 5C24A 4Y1CA 1BQMA 4DS5A 1NK7A 4DQQA 3KLEA 3O5BA 1V4SA 1K6YA 3KZBA 4AHTA 4IFYA 3HZ6A 3DMJA 3C95A 3H3OB 4LY7A 4DQSA 2G8KA 2YNHA 1VK0A 4PUOA 1WOQA 4IKFA 1LV5A 4FVUA 3K9KA 4DU3A 1VQ6N 3NBPA 4BVOA 4CK3A 4FJKA 3CC7N 4DSFA 5AZJA 4CHNA 3EZWA 4HWIA 5FPDA 2QWMA 4W5RA 2ATQA 1HPMA 3O4WA 4A5BA 1KQSM 1TVRA 3MCPA 1QSSA 3THWA 1WSGA 4F8RA 3N4PA 3SBTA 1ZC6A 3A0IX 4ISGA 1RDBA 1C0GA 1F21A 5AQXA 1CLQA 1RT1A 2HHUA 1GOAA 3UB5A 1S9EA 3HL8A 3MWTA 2HMIA 2ZF5O 4JKEA 4FWLA 1NNEA 2P9SA 2P9PB 4WQ5A 2GUIA 2VQFK 2KTQA 1K8KB 3QESA 4CIGA 4H5RA 3THXB 3SQ1A 5JS2A 4KH6A 3V9SA 4E3SA 4WCEL 4E1JA 4FCYA 1GOBA 3VQ7A 4BC2A 4JI7K 4W5QA 1XHXA 1GLAG 1C0TA 4BR2A 4M3UA 4DV1K 2O8DA 1P8ZA 4EP4A 3L6QA 4H4MA 4WFNL 1IBMK 2OTLN 3TU5A 3CCEN 1NJWA 2PYJA 3A2FA 3O1BA 4DUYK 4EFHA 1QZ6A 3C6HA 1IKXA 3CYMA 3NAEA 1ZBLA 5C2DA 2KLAA 1TKTA 4B08A 4DU1A 5AFUH 3NDKA 2YNIA 4EIAA 3RRHA 2E2OA 3VGKA 3OS0A 1HR0K 1RTJA 4QCLA 2O8BB 5M1QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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