4CJUA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjuA00
4R5PA 1QSYA 2E6LA 1I3AA 1ZBFA 3V6DA 4FJJA 1KTQA 4O55A 3K59A 4F8RA 3P5JA 5CZ1A 4CESA 4N41A 3HL8A 3HP9A 1RDBA 4AHCA 4CJ5A 4H4MA 3DRSA 4O44A 1SL1A 3SUPA 3NGYA 3MEEA 2YV0X 1YVUA 3SUOA 1GOBA 4OLBA 2OZSA 3K58A 1VSFA 1MU2A 1RILA 2I5JA 4KTWA 3S3MA 5HLFA 3MECA 4ID5A 2BANA 3SJJA 4CGFA 2F8TA 1ZBUA 1RT5A 4OJRA 2P5GA 4PA1A 1XI1A 3AO1A 1TAUA 2XY5A 3TI0A 1W0HA 3SV3A 1TAQA 2KQ2A 3V81A 4CJWA 3K5LA 4B8AB 4FK2A 4AILC 3K2PA 4E7IA 1D5AA 4DQSA 2X74A 3NF7A 1FK9A 4DTPA 3S3OA 3MAQA 2ATQA 2EX3A 1EKEA 1C0TA 3C95A 3OYCA 3C94A 3ZSOA 1HJRA 3T1AA 2B5JA 3DLBA 3MEDA 3NF9A 3QINA 3AVIA 4AH9A 4CF2A 1RDCA 3DOLA 4E7JA 2Z1GA 3LANA 3OYIA 4HCCA 4FZZA 2HW3A 2AJQA 2A1RA 1S9EA 2DFFA 4RG8A 5E41A 2LSNA 3IRXA 1VSDA 2VWKA 4IFVA 4CHNA 4CHPA 1FKOA 2ZE2A 3H08A 3V9ZA 3C6TA 3ISNC 5KGWA 1BIUA 4DWIA 1IKWA 1RTDA 4DTMA 2JGUA 3VQ6A 3L2UA 3LP0A 2VG7A 3SV4A 3V9UA 4CHQA 2QKKA 1JLFA 4FJGA 4HUEA 1SKWA 3TARA 1ASWA 4DF8A 4I2PA 4KHUA 4M3WA 4TSXA 4DFJA 3AO3A 4M3RA 1VSLA 1HYVA 3HPGA 3K5NA 3LP3A 1ZBIA 4BDYA 4F2RA 1KFSA 4E7KA 4AHUA 4ELUA 2ETJA 3PO4A 1REVA 4CE9A 4DTNA 1O1WA 4KREA 3QESA 5KRTA 3DLRA 3OYGA 3FFIA 1TL3A 1A5VA 1KLMA 1QHTA 3OYAA 3AO4A 3LZIA 4DSEA 4YNQA 3O3HA 3T3FA 4KB1A 3VQBA 2QKBA 1X9WA 4B8CA 3HPOA 3KK3A 4GMJB 4DTSA 1SL2A 1KLNA 1UAXA 4J2EA 2G8FA 4FJXA 1J53A 1U48A 3HP6A 2OYQA 3AVJA 3V1OA 2YNGA 3MXMA 3DRPA 2HHXA 4B3OA 3DI6A 1WNSA 4NCGA 4CIEA 4FM1A 3TAFA 1NJXA 2PZSA 3RR7A 1RBVA 4MFBA 5C42A 5J1EA 1EP4A 2Y1IA 3AVMA 1CXQA 4E1NA 3L2VA 3DLKA 4AHTA 1C1AA 1HQUA 4N5SA 1JL2A 1TL1A 3VQ7A 4KPYA 1NK8A 2WONA 4M41A 4K8XA 4JLHA 4CJQA 3SYZA 1BGXT 1EX4A 1W9HA 1U45A 1TV6A 2YKNA 3A2FA 1BCMA 1QE1A 3HT3A 2YNIA 4FLZA 4IBNA 1YTAA 3TWHA 3AV9A 4JS5A 4KO0A 2YHAA 4IDKA 3EYZA 4CJ3A 2OPPA 2HHWA 3DM2A 1RBTA 3P83D 1VSIA 1L3SA 1S1WA 1ZBLA 4JRPA 3TAQA 4F2SA 1S1TA 2YNHA 4CJVA 3DLGA 1ASUA 2RKIA 3NF6A 4CGDA 4CEDA 1RTHA 4FLVA 4FLYA 1VK0A 3TAPA 1T8EA 4C8MA 4DU1A 4Z4CA 1NKBA 4ELTA 1HNIA 1S6PA 4CF8A 4KFBA 3KD5E 4FLWA 3KK1A 1NK7A 5DK5A 3V1RA 3NBPA 1B9DA 1HMVA 3ZSRA 1FXXA 2DFHA 4CHOA 4DQIA 5HP1A 1LV5A 4PUOA 1S5JA 5HRPA 4E7LA 3MXIA 3VQ5A 1WAJA 3OYJA 5KTQA 3VA0A 3SQ0A 4EZ6A 2YHBA 5HRRA 3E01A 3M8SA 3ZT0A 5CYQA 4FZXC 3VN5A 1RTIA 3ZT2A 4KV8A 3SUQA 2A1SA 3G0ZA 5EU7A 1QTMA 1VSKA 3SZ2A 4B9LA 1BI4A 4EP5A 3KLFA 3AA4A 1RDDA 2G8UA 1ASVA 1S6QA 2IDOA 3DLEA 3CFOA 2HNYA 1Z26A 3ZSVA 3RMBA 3OYBA 4GW6A 1JLBA 4CJEA 3TAGA 1TKDA 4DF4A 4I7FA 3RWUA 1C1BA 1JLCA 3HXMA 4DFMA 1BL3A 4M3UA 4Z0UA 1SL0A 4KTZA 4DFKA 3OYEA 4FZYA 1U49A 3CG7A 1NJZA 1RT6A 3AVBA 4FLUA 3RMCA 2KZMA 4Q5VA 4M3XA 3VQ4A 4CJTA 1RTJA 2XY8A 2B6AA 3RRGA 4B9VA 2ZQBA 1D8YA 4KHQA 1J54A 1NOZA 1RT3A 1WN7A 1XWLA 3HVTA 3ZSZA 4YFUA 1JXBA 1RT7A 4DSLA 2R7YA 4W5QA 4OKKA 3ZSQA 2FBVA 3SPYA 5T7BA 1Q9YA 4QAGA 1D9FA 4DSKA 1LWFA 1QSSA 3OYKA 3PX4A 3TAMA 2HHVA 3QEVA 3NCIA 2P1JA 1KSPA 4DU4A 3O4NA 1DTTA 1NJWA 4E89A 4LSLA 3IS9A 4KKOA 1XHXA 3CQ8A 3NHGA 1VSJA 4FJ5A 1WSIA 2WOMA 3I8DA 4B9UA 4FJHA 2IAJA 1JLGA 1TK5A 3V9SA 1L3VA 3K5OA 1XC9A 3SI6A 3BDPA 3LAMA 3NH2A 1TKXA 3OYMA 4O4GA 3V9XA 4F3TA 1X1PA 1NJYA 4CJKA 4CEOA 4NYNA 3CFPA 4KB0A 4LSNA 3PX0A 5JS2A 4AHRA 2G8KA 1RT2A 3PX6A 1CXUA 1J9AA 3LPUA 3V4IA 4FLTA 3RR8A 3HYFA 4B9SA 4JRQA 1CLQA 1Z25A 3LPTA 4ELVA 3TABA 2BE2A 4W5OA 3L2WA 4FJMA 3AA3A 3VQPA 2B4JA 2O4GA 3HSTB 3ZT3A 4DLEA 2D0CA 3UIQA 1WSEA 3I0RA 2DFEA 1C1CA 3MXJA 1YT3A 4LH5A 5DMRA 3KK2A 2OPRA 1VSMA 4DTXA 2X6SA 1NK0A 4J2DA 3AVHA 3QEIA 5HRNA 4K8ZA 3PY8A 2OPSA 4HTUA 4RW6A 1Y97A 1RBRA 1NK9A 5HROA 2BGGA 1L5UA 1S1VA 3LWMA 1TK0A 3PO5A 1RBUA 4ID1A 4MQ3A 4E7HA 4CJUA 4Y1CA 1RCHA 1RBSA 4ZTJA 1BQMA 4F3OA 2Z1JA 2G8WA 4OPKA 3K5MA 2JLEA 3SQ4A 1N5YA 4O0JA 3NH0A 3KLHA 4CK3A 4FJ8A 5JS1A 3AVKA 4AHVA 4KI6A 4RW8A 3EY1A 2D5RA 3AVNA 4F4KA 4KTQA 4M45A 3HO1A 4CHZA 1IKYA 2G8HA 1LAWA 1RNHA 1NOYA 4E0DA 2E4LA 1BIZA 3RMAA 4W5NA 4CF9A 3QERA 4Z4EA 2YKMA 4FYDA 1HQEA 2NUBA 1WSHA 1JLEA 1WSGA 1L3UA 4G1QA 3HJFA 1IH7A 4AHSA 1KCFA 3KKRA 1KVCA 2HNZA 4Y1DA 2PYJA 1HRHA 1TKTA 1BISA 2HNDA 3ITHA 3THVA 3HK2A 4CEAA 4M42A 4KHYA 4HVJA 3NGZA 4BDZA 1K6YA 3QEXA 4HCBA 2X6NA 3CYMA 4CEEA 3TR8A 1ITGA 3SCXA 3U3GA 4ZHRA 1NK6A 1IO2A 4CJPA 1IG9A 4DTRA 2FBTA 3OS2A 1TKZA 3IAYA 3DOKA 4FJLA 3LDSA 4BWJA 5FRNA 2PYLA 3VQ8A 1UOCA 3U6FA 4O5BA 4B08A 4E3SA 3NAEA 1N6QA 1IKVA 4GVMA 3WNHA 3B6OA 1RDAA 1U04A 3V9WA 2Y1JA 1WLJA 4BE0A 4KHWA 2KFZA 4EP4A 1VRTA 1J5OA 2XRIA 2HVIA 4I9LA 4UQGA 4DSFA 3RRHA 2D0BA 2OA8A 3ULDA 2XY6A 3OY9A 2HHQA 2KFNA 4DQRA 2RN2A 1A5WA 1RT4A 4NCBA 3NF8A 3ZSYA 3OYFA 2BDPA 2W42A 4LH4A 1HYSA 4KRFA 3ASMA 4BWMA 4CK1A 1LWEA 4Z4GA 1BI4B 1EXQA 3HVRA 2G8VA 5KI6A 2O4IA 3SQ1A 3KTQA 4KHSA 5KGXA 3KKSA 2E6MA 3NFAA 5HBMA 2ITGA 4N56A 4I2QA 4DTOA 2P51A 3AA5X 4CEFA 3AVCA 3VQDA 4CECA 2QK9A 2QXFA 3C6UA 1VSEA 5CZ2A 2PY5A 5J2QA 2DTUA 3OS0A 5CY4A 4CIFA 4CFAA 2GV9A 3OJUA 1VRUA 3AVFA 1VSHA 1GOCA 1LW0A 2HB5A 1XHZA 2FC0A 1JLQA 4PQUA 3QIOA 1UA0A 3OYHA 1T05A 2IGIA 4OKJA 3VQQA 4FM2A 1X9MA 1D9DA 3QLHA 1T7PA 4Z4FA 3VA3A 4C8NA 2HHTA 3ALYA 5SZTA 1L3TA 4B9NA 2KW4A 3WNEA 4H4OA 4DLGA 3QETA 3I0SA 2Q3SA 4C8KA 1I39A 3SNNA 5C25A 4CHYA 4Z4HA 3OYDA 5CYMA 3KLIA 2XHBA 1TVRA 3M8RA 3O3GA 5FROA 1KVAA 3JYTA 4FM0A 3ZSWA 3SQ2A 4NYFA 1QSLA 1HNVA 4FJIA 3OYNA 4HUFA 1HPZA 1BHLA 4M3ZA 2HHSA 1SKRA 1KFDA 4DS5A 1JKHA 1GOAA 4FW1A 3AVGA 4ICLA 1BCOA 1CZBA 1B9FA 1S1UA 3QO9A 4DU3A 3IG1A 4DQPA 2D0AA 3HPHA 3S3NA 2IC3A 4C8OA 3QEPA 3RTVA 2YNFA 1NK5A 4Z4IA 3NE6A 4N47A 2F96A 3DYAA 2KTQA 4FVMA 4CF1A 3U3YA 4CJSA 1CZ9A 3TANA 4KHNA 1UWBA 1NKCA 3P1GA 1C0UA 1DLOA 1SUQA 3CM5A 4FW2A 2XO7A 3ZSXA 3ZT4A 4E19A 3LP1A 4IG0A 3AO2A 4CERA 1X9SA 4NCAA 4PY5A 3LWLA 4FCYA 1TGOA 3VQ9A 3KJVA 3JSMA 1ZYQA 1WAFA 1U47A 4FK4A 1SV5A 3M8QA 3NGIA 1UA1A 4BDPA 4QOZB 3NH1A 2OPQA 3MEGA 3QEWA 3LP2A 4CJFA 4L8RB 3S9HA 2VG5A 3KLEA 3LAKA 2Z1HA 3AO5A 1NKEA 1ZBHA 3L2QA 3OJSA 1Q9XA 4J2AA 1WSFA 4O0IA 3PUFA 3AA2A 3BGRA 4DTJA 4EZ9A 4FXDA 3RMDA 4C8LA 4CEZA 1EETA 1FKPA 4CEBA 4CJRA 3V1QA 3G10A 1F21A 4CJ4A 4B9TA 2P5OA 3AVAA 3DRRA 1QS4A 4OVLA 5K14A 1DTQA 2FBYA 4FLXA 3QNOA 3KLGA 2RPIA 5J2MA 1QQCA 4CK2A 5J2NA 1G15A 4RW9A 3D0PA 2F8SA 3L3UA 2GUIA 3KD1E 1A5XA 1KVBA 2VG6A 4FK0A 4Q0BA 3LALA 4CJLA 5I3UA 4OKEA 3O3FA 4FJ9A 4B9MA 3ZT1A 2FBXA 4DS4A 4OLAA 2KZZA 2IOCA 3WNFA 3VQEA 5SWMA 3EZ5A 1C0MA 1WSJA 4OPJA 1KRPA 3SUNA 4BACA 1JL1A 3OYLA 4DTUA 3TAEA 3PV8A 4CGGA 1LWCA 2G8IA 4W5RA 3VQAA 3DMJA 4N76A 4OGEA 2ZD1A 2EHGA 1HYZA 2GBZA 2IS3A 4CFCA 4BE1A 3QNNA 3OS1A 4FJ7A 4RW4A 4FJKA 3B6PA 1T03A 5I42A 4M3YA 3M8PA 1JLAA 5C24A 4CCHA 3F9KA 3CM6A 1Q8IA 4CEQA 1BQNA 4FJNA 4E1MA 5HRSA 4J2BA 2RF2A 3LZJA 4LY7A 4IFYA 4BE2A 3D45A 3KIOA 4DQQA 3OVNA 1TK8A 1RT1A 2Z1IA 4QCLA 4IG3A 4LD0A 4CIGA 1LAVA 3VQCA 4WE1A 4HHTA 3F73A 1U4BA 4DSJA 4KAZA 1YTUA 2HHUA 4DFPA 1R0AA 4PWDA 5J2PA 4CFBA 3T19A 3AVLA 4ZTFA 5KRSA 3L2RA 1SKSA 4CGIA 1B92A 4OGCA 3NDKA 5D3GA 2X78A 1S1XA 4CF0A 2DY4A 2OZMA 4M3TA 3O4QA 4DG1A 1LW2A 4HUGA 3ZCMA 1JXEA 1IKXA 4DMNA 4DSIA 1C6VA 4XIUA 3DLHA 1NK4A 4JS4A 2HMIA 2XY7A 3QIPA 2HVHA 5FDLA 4CGJA 3L8BA 3CFRA 4W5TA 4KI4A 3WNGA 3L3VA 3SPZA 4IKFA 4CGHA 2VWJA 5FRMA 4H8KA 1S9GA 4CFDA 4I9QA 3HM9A 3K57A 4RW7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E26A 3V6DA 3FE1A 4B1VA 4FJJA 1KTQA 1XMOK 4F8RA 1M1KO 4J2EA 1SL1A 4O44A 1W2BM 4WCEL 1EQYA 2I5JA 3S3MA 3MECA 2P9SA 3HOSA 3G6EN 4CGFA 2O8CB 3CC2N 1RT5A 4OJRA 3D7EO 4BR7A 4PA1A 4KH6A 3AO1A 3CCSN 1YJ9N 4CJWA 2P9PB 3K2PA 4E7IA 1OVQA 1FK9A 3MAQA 2EX3A 1EKEA 1C0TA 4ILHA 3ZSOA 1HJRA 3M3ZA 1RDWX 3KK7A 3O4WA 3J81O 2GWKA 4AH9A 2AJQA 4HCCA 3G25A 2DFFA 5E41A 4O8UA 2LSNA 1E3MA 1KAXA 3V9ZA 4DQ8A 2YJFA 4X62K 5KGWA 4DWIA 1VQNN 1RTDA 2JGUA 3L2UA 3V9UA 3LP0A 3SV4A 4CHQA 1JLFA 4BROA 1NGBA 3TARA 4M3WA 4DFJA 4BR5A 2P9KB 3AO3A 3FZFA 3VOVA 4LFCK 2Q2RA 3HPGA 3K5NA 4AHUA 2WC9A 4DTNA 3QESA 5BR9A 2HBMA 3DLRA 1GLBG 1JCGA 1T6CA 1KAYA 4DV5K 3UKUB 4KB1A 3O3HA 5ELZA 4H5VA 1UAXA 2G8FA 4FJXA 3J7ZO 4B3OA 2PZSA 3RR7A 1RBVA 5C42A 2ZGZA 1HNXK 1EWRA 5J1EA 2Y1IA 3LDOA 2YX6A 4E1NA 5AQRA 2GUPA 1HQUA 4N5SA 3TPQA 2WONA 2UU9K 4YOWA 4CJQA 1ATNA 1TV6A 1BCMA 2YNIA 4IBNA 4KO0A 2OPPA 3TTCA 3DM2A 4A57A 3MN6A 1EO1A 3DLGA 4DR1K 3MDQA 3VF6A 4CGDA 5FPMA 1NU0A 1VK0A 1MWKA 4BC5A 4DU1A 3VGKA 4DV6K 1S6PA 1YUWA 1NKBA 4GY2B 3GOIA 3CCRN 3CC4N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1FKP A;  3CJ9 A;  3DAW A;  3V1Q A;  4CJR A;  2VQF K;  2P9K A;  3OBW A;  4OVL A;  2FBY A;  3QNO A;  5J2M A;  1QQC A;  4CK2 A;  5J2N A;  3THX B;  1VQ8 N;  3L3U A;  2GUI A;  5BR8 K;  1A5X A;  4Q0B A;  4FK0 A;  3LAL A;  4B9M A;  4FL9 A;  3UKU A;  5SWM A;  4GV3 A;  1WSJ A;  2ITM A;  1KRP A;  4DR7 K;  3SUN A;  3OYL A;  3PV8 A;  3VQA A;  3W0L A;  2UUA K;  4N76 A;  4OGE A;  5IWA K;  2P9I B;  4BE1 A;  4H5T A;  3QNN A;  5GIN A;  3OS1 A;  4RW4 A;  4FWL A;  1T03 A;  5I42 A;  5C24 A;  3QB0 A;  4U67 L;  3K9J A;  1BQN A;  4E1M A;  5HRS A;  4UY8 O;  4BC4 A;  1RDU A;  3CER A;  2V51 B;  1NGD A;  3NVM A;  4DSJ A;  2HHU A;  4DFP A;  5AQU A;  5CE3 A;  2NRT A;  3AVL A;  1BOT O;  1NM1 A;  3L2R A;  1S1X A;  3O80 A;  2OZM A;  3CJ7 A;  3O4Q A;  3CD6 N;  4LF5 K;  1JXE A;  4DSI A;  3SBG A;  1NK4 A;  2XY7 A;  3L8B A;  3WXK A;  1NMD A;  3SPZ A;  4CGH A;  3R9P A;  3E66 A;  3T1Y K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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