4CJUA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjuA00
3ALYA 4KO0A 3WNEA 1IKYA 3ASMA 5CYMA 1X9MA 4CEQA 1EP4A 4W5OA 1BIUA 2KFZA 3MEDA 1XI1A 1XC9A 4N56A 3K5LA 4M3WA 1KLNA 1HYSA 1J5OA 3I0RA 1DTTA 4CJSA 3PUFA 4Z4FA 1KVBA 4H4MA 4CF2A 4AHRA 1QSLA 4F2RA 4QAGA 4BDZA 2YNHA 1JLBA 4CK3A 3V9XA 3MXJA 3O3HA 3LPTA 1UWBA 3KD5E 3DLBA 4KTZA 4CEBA 3DI6A 4BE1A 4ID5A 1J54A 3SI6A 3LDSA 3ZT0A 5HRNA 3S3MA 4O44A 4DQQA 3D0PA 4O0JA 2EHGA 4AHUA 1GOBA 2WONA 5HRPA 4CF1A 5C24A 2HVHA 3CM6A 1C0MA 1ASUA 3AA3A 1LAWA 4BDYA 4N5SA 3THVA 1C0TA 3LANA 4O4GA 1U49A 2JGUA 1JLEA 1YTAA 3ZT2A 2IC3A 3DRSA 4LH4A 5FDLA 1U4BA 3ZSVA 4BWMA 3BDPA 1JKHA 3P5JA 3V4IA 4DWIA 1I3AA 1UA0A 4FK2A 4KHYA 3NH0A 4DFKA 3NBPA 1YT3A 4DSKA 3HK2A 2GUIA 3LALA 3C95A 4DSFA 5I3UA 3NGZA 1W9HA 3HXMA 3AO5A 1RNHA 2RKIA 3EY1A 1B9FA 1RBSA 1CZBA 1SUQA 3K2PA 4G1QA 4DFPA 1NJZA 4CHZA 1UOCA 4CEFA 4DS5A 4IG3A 3TAPA 4CHNA 4IFVA 3RTVA 1N5YA 3MAQA 2D0AA 1UAXA 4BWJA 2DFEA 4AILC 1TKZA 3SQ0A 4J2DA 2HVIA 1JLCA 3AVKA 3ZSXA 1TKXA 4ZHRA 3O3FA 4FM2A 1A5XA 4FVMA 4FJMA 1VSEA 1VRUA 2G8WA 3OYCA 3WNFA 4CE9A 3KLIA 3KD1E 4M3TA 2Q3SA 4E7LA 2YNFA 1WSEA 3C6UA 4FJNA 4KREA 3DRPA 4OVLA 2Z1GA 3VQAA 4CIEA 1KVCA 4CGFA 2P5GA 4FCYA 3DLEA 1QHTA 1D5AA 1TKTA 4CHOA 4Z0UA 1LAVA 4DTSA 3L2QA 5FROA 3PO5A 4DF4A 3PX4A 3PO4A 2BE2A 1TL3A 1UA1A 3TWHA 3HM9A 2YHBA 4CJWA 1WAFA 2F8TA 4DFJA 3DRRA 1U47A 2VWJA 4M45A 4OKEA 4CJRA 3AVIA 4OLBA 1ASWA 4I2PA 3RMBA 1I39A 5EU7A 4FJJA 4OKJA 4M3UA 3B6OA 3AVHA 3VQ6A 3SCXA 4W5TA 3KIOA 2PYJA 4KHUA 3OYMA 1S9EA 4M3RA 3NH1A 5SWMA 1NKBA 3V9SA 2G8FA 3OS2A 1BI4B 1FKOA 2IDOA 3DM2A 1D8YA 3I8DA 1TAQA 2BANA 4CIFA 4KHSA 4B9TA 3AVFA 2VG6A 3RMAA 3B6PA 4FLZA 3RR7A 1YTUA 4F3OA 2KQ2A 5KRTA 1VSIA 3S3OA 4CK2A 1XHZA 4J2AA 1KVAA 2X78A 4N41A 2YKNA 2X74A 3OS1A 1VSDA 2QXFA 4FW2A 4CJ5A 1RT6A 4NCBA 4K8ZA 1RDDA 1BHLA 5D3GA 4FXDA 5J2QA 1S9GA 3KTQA 3KK1A 3MEGA 3IAYA 1D9FA 1VSJA 4GMJB 3LZIA 4I9QA 1HQEA 3SUPA 4Z4CA 4HTUA 1RDCA 3PV8A 4DSEA 3HYFA 2E6LA 5HRSA 4HCCA 4CGGA 5I42A 5KI6A 3IRXA 1TK5A 2OPRA 4FJLA 2D0CA 3SPZA 1ZYQA 4AHSA 4E7JA 2ETJA 3KKSA 3V6DA 1TKDA 4HUGA 2G8VA 3NF9A 4YFUA 2OZSA 5KGXA 1HNVA 4JRQA 3KJVA 4PQUA 4FM1A 1HYVA 1HYZA 3HSTB 1A5VA 1RTIA 1WAJA 3MECA 1RTDA 1TL1A 4NCGA 4C8KA 1SL2A 1VSMA 3OYKA 4NCAA 1HMVA 4N76A 3NGYA 3V1OA 1KCFA 3LAKA 1CXQA 4DQSA 3M8QA 4DQRA 2A1RA 4E7IA 3V9ZA 4FJGA 1RILA 1SL0A 3TARA 1Z25A 3EYZA 2HHXA 3AVAA 2HHWA 4B9LA 3SZ2A 3ZSOA 4FJ5A 1TV6A 4DSIA 2KTQA 4KV8A 3AVBA 4W5RA 1LV5A 2DY4A 1RT2A 1B92A 1BCMA 3LPUA 4IBNA 3AVNA 3K5MA 1W0HA 1NK6A 4B9SA 4RW6A 4CJTA 1TVRA 4KKOA 5DK5A 4KI4A 1C1CA 4CJUA 3CG7A 3S3NA 3K5OA 4HVJA 3CFPA 4B9VA 2FBTA 4ELUA 2OPQA 3OYHA 3TAGA 4O5BA 3OYEA 4M3YA 1GOAA 1B9DA 1T05A 4Z4EA 3VQ7A 4CEEA 1TK0A 1L3VA 4H4OA 4CJLA 3OYFA 2XY6A 1Q8IA 4M3XA 3S9HA 1SV5A 1NK4A 3HO1A 5T7BA 1Q9YA 1D9DA 1FKPA 1S6PA 1BGXT 4DSLA 5HLFA 3L2VA 4KFBA 1K6YA 1RBUA 3DLKA 1LW0A 2X6NA 3MEEA 4CGHA 2F96A 3V9UA 3QEPA 4PWDA 4OLAA 2HHSA 4L8RB 3L2WA 3SV3A 4B8CA 1L5UA 1S5JA 4IDKA 1S1VA 1J53A 3ITHA 2ZD1A 2OA8A 4JLHA 3NFAA 3V1QA 1IKVA 1U45A 2PY5A 4HUEA 5KRSA 3DLGA 2XHBA 4CFAA 2IAJA 1NJWA 3RMDA 4KAZA 3HVTA 4J2BA 4FLVA 3P83D 3CYMA 2FBYA 3U3YA 4QOZB 2BDPA 3MXIA 1NK9A 1WN7A 3O4NA 4CHYA 1R0AA 3QINA 1KFSA 1SKRA 3KLEA 1T8EA 4O55A 4JS5A 1N6QA 1BI4A 3RWUA 5HROA 4YNQA 3O4QA 4RG8A 3TAEA 4IG0A 4XIUA 2HHUA 2FC0A 1L3TA 4DTOA 4ZTJA 3DOKA 2IS3A 1RDBA 4M42A 3DYAA 5CYQA 3IG1A 3HPOA 3U6FA 3AA5X 4GVMA 4FJ8A 4RW4A 3ULDA 2YNGA 4CGJA 1WNSA 4FZXC 2ZE2A 4MFBA 3UIQA 1RTJA 1C0UA 4J2EA 1S6QA 3K59A 1NK7A 4RW8A 4CHPA 4KB1A 2X6SA 4DTPA 1LWFA 1ITGA 4I7FA 4TSXA 3SUNA 1NK0A 3RRGA 2F8SA 4M3ZA 3LP3A 3TI0A 4DTJA 3PX0A 3EZ5A 1NK5A 3AVMA 2XY5A 3LZJA 4E89A 4LH5A 4CCHA 2OZMA 4F4KA 4FJXA 3QETA 3ZSYA 4DS4A 3PY8A 4HUFA 4B3OA 4CFCA 1C1AA 3T19A 1LWEA 3SPYA 1QE1A 4ZTFA 4FK4A 4W5NA 1KLMA 3M8PA 1JLQA 4AHCA 3NF6A 4ELTA 1REVA 1C6VA 3QNOA 5HP1A 4KB0A 1VSKA 3QNNA 4CJPA 1WSJA 1ZBFA 3U3GA 1JL2A 3ISNC 2EX3A 1NOZA 3OYAA 1KTQA 4E3SA 4FK0A 2KZZA 1TAUA 4CEDA 3VQCA 2G8UA 3AA4A 1BQMA 4EZ6A 1RBTA 2D5RA 1S1WA 5J2PA 2ATQA 3L3UA 1TGOA 5J2MA 2YNIA 1WLJA 3MXMA 4BDPA 1WSFA 1ZBIA 1QQCA 4CECA 1BISA 3PX6A 4Z4GA 4FZYA 5JS1A 3K57A 3NH2A 5HBMA 1X1PA 3G0ZA 3OYJA 4DTRA 2FBXA 1TK8A 4OGEA 4PA1A 5CY4A 1DLOA 2ZQBA 1HNIA 1YVUA 1WSGA 1U04A 3LP1A 1JLAA 2ITGA 5SZTA 3NCIA 3V9WA 4BE0A 1Z26A 1O1WA 3QO9A 4CJVA 1T03A 1KRPA 1EETA 1RT4A 3VQ9A 4CK1A 2W42A 2BGGA 4DFMA 3KLHA 1VRTA 3BGRA 4C8NA 3ZT1A 3ZSWA 1ZBLA 2PYLA 2LSNA 1BL3A 3AVLA 4ID1A 3LAMA 4LSNA 3AV9A 4E19A 3NE6A 3SV4A 4C8LA 2KW4A 4CF9A 1NKEA 1NJYA 3HL8A 4E7KA 1SL1A 1RDAA 4F8RA 4ICLA 4FM0A 3ZCMA 5DMRA 4B8AB 2XY7A 3VQDA 4CFBA 1C1BA 3HVRA 3QESA 2E4LA 2HHVA 3QERA 1SKSA 3QIPA 4Q5VA 1IO2A 1S1UA 3V1RA 1JXEA 4CJQA 3SYZA 2YHAA 4DQPA 2FBVA 4CJFA 4C8MA 2B4JA 3T1AA 4DU1A 3SJJA 3JSMA 3TANA 5K14A 4CFDA 4Q0BA 4DQIA 4UQGA 3OYIA 1VSLA 1Y97A 2P1JA 3K58A 1A5WA 4EZ9A 4CESA 3L2RA 4F2SA 3SNNA 1X9SA 3L3VA 4DLEA 2O4GA 2P51A 1HRHA 3SQ4A 3TAQA 3ZT4A 4OJRA 4FYDA 2B5JA 3F9KA 4FJKA 4CJEA 1QTMA 4LD0A 3HT3A 3HP6A 4WE1A 1VK0A 1NKCA 4I9LA 1T7PA 4IKFA 2QK9A 2HNZA 5HRRA 2Z1IA 4MQ3A 4HCBA 1LW2A 2HNDA 2G8HA 2DFHA 3VQEA 3OYLA 2RPIA 2XRIA 3ZSRA 3K5NA 3AA2A 1VSHA 2GV9A 3QEVA 3AO3A 1KFDA 3IS9A 4FW1A 5JS2A 2Y1JA 3OYGA 4C8OA 4M41A 1F21A 3QIOA 4RW9A 4CGDA 1RT1A 2RN2A 3HPGA 2B6AA 1RT7A 4CIGA 1RBVA 3AO1A 3QLHA 4DSJA 2HHQA 4FJ7A 2OPPA 4CERA 2GBZA 2Z1JA 3HPHA 4AHVA 5J1EA 1WSHA 4KTQA 2D0BA 4CHQA 4KTWA 3FFIA 1IKXA 3AVJA 1HJRA 4F3TA 1CLQA 1U48A 4CF8A 4KHWA 2WOMA 1VSFA 2YKMA 1IG9A 2HHTA 3QEWA 3H08A 4HHTA 1ZBUA 3VN5A 3LWLA 3NF7A 4B9MA 4EP5A 4CEZA 1G15A 1IH7A 1CXUA 3CFOA 3G10A 4DU3A 3CQ8A 4JRPA 4JS4A 1JLGA 3RRHA 4CF0A 1XHXA 2HW3A 4N47A 3A2FA 3WNHA 2G8KA 3DLHA 3C94A 1QSYA 1DTQA 2JLEA 4B08A 1CZ9A 4CEOA 3SUQA 3AO4A 3VQ4A 3NF8A 1XWLA 4CGIA 3NHGA 1JLFA 1X9WA 4E1NA 3D45A 1RT5A 1LWCA 3VQPA 4KPYA 4E7HA 4OGCA 5KGWA 1BCOA 3NDKA 1L3SA 4Z4HA 4H8KA 4FLTA 4ELVA 2DTUA 3T3FA 1J9AA 3AVCA 3TR8A 3KKRA 1GOCA 4E1MA 4DU4A 5C25A 2NUBA 1KSPA 3VA3A 3TAMA 4Y1DA 1NK8A 2Z1HA 5CZ2A 3KLGA 4BE2A 3ZSQA 1S1TA 5C42A 4FLXA 1S1XA 4R5PA 2HNYA 4DTXA 2IOCA 5KTQA 3TABA 3OS0A 2HMIA 2QKKA 2P5OA 4Z4IA 2G8IA 1BIZA 3VA0A 3JYTA 4I2QA 3C6TA 3RR8A 4KHQA 3WNGA 2OYQA 3DOLA 4LY7A 3NGIA 3NAEA 2R7YA 5J2NA 2RF2A 3L2UA 1RT3A 1ASVA 5E41A 2KZMA 3RMCA 5CZ1A 1HQUA 3V81A 1NOYA 4KHNA 3VQQA 1JXBA 3OJUA 3I0SA 3QEXA 2XY8A 3LP0A 2A1SA 2DFFA 3VQBA 3KLFA 3OYBA 1QSSA 3KK3A 3M8SA 4OPKA 1EXQA 4EP4A 4B9UA 1RBRA 4K8XA 3F73A 4DTUA 3CM5A 5FRMA 4E0DA 4CJKA 4DTMA 2I5JA 1FK9A 3KK2A 3TAFA 3SUOA 4O0IA 4DG1A 3OY9A 3OYNA 3L8BA 4DF8A 1ZBHA 2KFNA 4OKKA 3M8RA 1BQNA 3LP2A 4DTNA 3HP9A 3E01A 3LWMA 3AVGA 2XO7A 4FLUA 2YV0X 4Y1CA 4BACA 3OVNA 1FXXA 4OPJA 4FLWA 4KI6A 4IFYA 4FJIA 3AO2A 2PZSA 4FJHA 4AHTA 4NYNA 3ZSZA 3QEIA 4DMNA 3OJSA 1SKWA 1QS4A 2E6MA 3CFRA 4LSLA 3VQ8A 4W5QA 1HPZA 2VG7A 4RW7A 3O3GA 3DLRA 1NJXA 4KRFA 4NYFA 1RTHA 2IGIA 1MU2A 3ZT3A 3HJFA 3SQ2A 1EX4A 1JL1A 5FRNA 1EKEA 4CJ3A 4FZZA 1Q9XA 2VWKA 2HB5A 2VG5A 3VQ5A 1RCHA 4CJ4A 4B9NA 1WSIA 4FJ9A 4PY5A 4QCLA 2O4IA 3DMJA 4GW6A 4AH9A 4CEAA 4FLYA 2Y1IA 2AJQA 3P1GA 4DLGA 1L3UA 4PUOA 2QKBA 1IKWA 2OPSA 3SQ1A 3OYDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFNL 1BIUA 1C0GA 4FWOA 1XC9A 4JV5K 1HYSA 1J5OA 1VQ5N 2P9PB 3PUFA 4Z4FA 4DV4K 2E1YA 5JLFA 4IOXA 3PIOL 4H5VA 3SBGA 1HNXK 3O3HA 4LF5K 1IV0A 4X62K 3DXMB 1GLCG 5AQYA 2O8BA 3DI6A 4BE1A 3LDSA 3S3MA 4J8FA 4H5RA 2P9NB 4IXCA 5HRPA 3U8XA 4CF1A 1ASUA 3O1BA 1JJ2M 4KBOA 4H0XB 4U67L 1C0TA 1U49A 3ZT2A 2QWQA 4BREA 5FDLA 4LH4A 5H1SQ 4DB3A 3J81O 1GLEG 4BR2A 2QWRA 4KHYA 4K42A 4IFEA 3CD6N 1YT3A 4C23A 3LALA 4E1JA 5M1QA 3NGZA 2A6AA 4X65K 3AO5A 3EY1A 3MXMA 1NJZA 1B9FA 1QQOA 2A41A 4IFVA 3RTVA 1N5YA 3BZKA 4KHPK 4BC4A 4A59A 2DFEA 3SQ0A 1N33K 3O3FA 4DR2K 4FM2A 5BN8A 3E66A 3ZEUA 2P9UA 1VRUA 2E5LK 4M3TA 3OYCA 1WSEA 3CC4N 3C6UA 4NXMK 4CIEA 1D5AA 1TKTA 4CHOA 2W6KA 4DF4A 2P9IB 3MX2A 1X9JA 4DFJA 3DRRA 3CCRN 2ZGYA 3HBTA 4CJRA 4I2PA 4EIAA 3RMBA 3DXKB 3U4LA 4PKGA 3VQ6A 3SCXA 3W3DA 4KHUA 3GE1A 1S9EA 3D2FB 3Q7BA 5C10A 1TAQA 2BANA 4CIFA 4DV3K 4DUZK 3BEXA 5AQVA 2P9PA 4F3OA 3S3OA 3AY9A 3ATUA 4BGBA 1NJIO 4N41A 3E9LA 3EKUA 2X74A 1S72N 4YDUC 4FW2A 4CJ5A 1RDDA 3DXMA 5D3GA 4FXDA 4BRFA 1KC8O 4GMJB 3SUPA 1YJNN 2P9NA 2I7NA 2V51B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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