4CJVA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDI
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (78-81)3H1 (57-59)S1 (60-68)S3 (83-89)TI2 (79-82)TIV1 (67-70)AH1 (94-106)AH3 (124-133)O1 (108-110)S4 (112-114)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII2 (142-145)AH4 (145-165)S2 (71-78)TVIII1 (89-92)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjvA00
1UWBA 1YTAA 3V81A 1ZBIA 3RRHA 1BHLA 3ZCMA 3OYLA 3V9XA 1J54A 2GBZA 2A1SA 4LH5A 1RDCA 2P1JA 4DTOA 5J2QA 4DU3A 3NF7A 3SYZA 1NKEA 5DMRA 4N56A 4BWMA 3ITHA 3SPZA 2KFNA 1FK9A 1RT4A 3OVNA 3SQ1A 1KFSA 4CFAA 1NK0A 2B6AA 3VQPA 4HCCA 3CM6A 4FLUA 2Q3SA 3ZSXA 1ZBFA 2E6MA 4AH9A 2IS3A 5KRSA 4DFMA 2D0BA 3QEIA 3S9HA 3DOKA 1B9FA 3L3UA 2XY5A 3ZT2A 1ITGA 4E7KA 4E1NA 4KKOA 1F21A 1MU2A 3VQCA 1IKYA 3ZSYA 3SUQA 3TAGA 4I9LA 4KHUA 2IC3A 3K5MA 3S3NA 4OGEA 4CGGA 1NK9A 1IKVA 3WNFA 4DTMA 2B4JA 1T8EA 3CFRA 3MXIA 1ZBUA 1JLEA 4C8KA 3KLHA 4OLAA 3UIQA 3QINA 5J2PA 5FRNA 3TABA 2YNFA 4FZXC 3DLBA 1TAUA 3VQ8A 4HVJA 4C8OA 2HHSA 3T19A 4M3XA 4AHSA 4FLYA 4CK2A 1RT6A 3EYZA 4I9QA 1NOYA 2PYJA 4RW4A 1RNHA 4R5PA 3K5LA 3SV3A 4FVMA 5KGWA 1ASUA 3PY8A 3L2VA 1U47A 4MQ3A 2GUIA 3DYAA 1L3UA 3HK2A 2IGIA 2G8HA 3ZT0A 1X1PA 4CJVA 3SQ2A 3AVHA 3LWMA 4HCBA 3I0SA 4Z4FA 4KHSA 3SCXA 3AVFA 1HNVA 1EETA 4CGHA 3QEWA 3AA5X 1Q9XA 1WNSA 1RILA 3CYMA 4ELUA 3SQ0A 2DY4A 4CJSA 4FJJA 3VA3A 4DTNA 1TK5A 1DTQA 1SUQA 3ZSVA 2B5JA 3MXJA 3HPOA 1SV5A 1XI1A 5C24A 3OYJA 1RDAA 1BI4B 1CXUA 1QE1A 1S9GA 2VG7A 4HHTA 1T7PA 2OZSA 4CJRA 4NCAA 3CFOA 2RPIA 2RN2A 3VQ4A 3JYTA 4HUEA 1TK0A 1S1VA 3B6OA 2ZE2A 2G8VA 4F8RA 1GOBA 1JLCA 1WSJA 2EHGA 3HYFA 5I42A 1IKXA 3AVKA 4B8AB 1S6QA 3ZSOA 4QOZB 3LP0A 4J2BA 1U49A 4CCHA 4DSJA 3QEXA 1S9EA 3L2RA 4DSEA 4CHYA 3TAFA 1NK7A 1ZBHA 3OJUA 4AILC 1FXXA 3RMAA 1RTDA 1LAWA 4M45A 2YKNA 4O0IA 4DSLA 3TWHA 2Z1GA 4CIFA 4J2DA 4PA1A 3IG1A 4NYNA 4KTWA 4GW6A 3OYIA 4BDYA 4O44A 4FLTA 4FCYA 1CXQA 3DRRA 2D0AA 3HM9A 1IKWA 1NK5A 4B9UA 3MXMA 4W5RA 4LY7A 2G8WA 3LP2A 4CIGA 1IG9A 1GOAA 2XY8A 2PY5A 1L5UA 3ULDA 3VQ6A 3LPUA 4AHUA 4BDZA 1CLQA 3VQ7A 5CYQA 3SUNA 4CGDA 1G15A 4CEDA 3V9WA 3O4QA 3NH0A 4FJIA 2HHWA 1KVBA 5FDLA 3KD1E 4H4MA 3D45A 2X6NA 4I2QA 4EP4A 3VN5A 4LD0A 3V1RA 4B9TA 3HT3A 4QCLA 2HHVA 4FM0A 3L2QA 4CJWA 4DTPA 1TL3A 3OYMA 4MFBA 1KTQA 3C94A 2XY7A 4B9VA 1ZYQA 1NOZA 4CF8A 1A5XA 4L8RB 3AVNA 2KZMA 4OVLA 4DQIA 4KI4A 2X6SA 1QQCA 3HP6A 4CGFA 2QK9A 5JS1A 4CF9A 2VWJA 1REVA 4TSXA 1TAQA 2IAJA 3SUOA 4N41A 4DF8A 3LPTA 3TR8A 5FRMA 4BWJA 3THVA 5CY4A 3SNNA 4CFCA 1Z26A 4FK0A 2FBXA 4CEBA 2F8SA 1SL0A 1D5AA 3KTQA 1JLAA 4F3TA 4FLVA 2VG6A 4OJRA 4JS4A 2BE2A 1C1BA 3P1GA 3O4NA 1KCFA 2G8KA 2E4LA 3NGIA 3TAPA 1HPZA 4F2SA 3PX6A 1NK8A 4OGCA 4GMJB 3LANA 3HVRA 1TKTA 5HRPA 4JLHA 4E7LA 1J5OA 1ASVA 5I3UA 3KLEA 3AO1A 3L2WA 4N76A 1KVCA 4Z4EA 3C6UA 5J2MA 1CZ9A 3V9SA 3ZSRA 3NFAA 1J53A 3DRSA 4H8KA 3KK3A 2Z1IA 1U4BA 2BDPA 1RDDA 4CHZA 1HYVA 3RMDA 2FBYA 3KIOA 3S3MA 4LSLA 3IRXA 4DU4A 1VSEA 3MEEA 1EX4A 4OKJA 1A5VA 1B92A 1W9HA 1NK6A 3OYAA 1EKEA 2D0CA 2XY6A 1IH7A 4CJLA 5HRNA 1K6YA 3OYFA 2HW3A 1LW0A 1JXBA 2PZSA 3VQDA 2R7YA 3O3FA 1SKSA 1TV6A 2HMIA 2O4GA 4KAZA 4G1QA 3NCIA 3ZT3A 4CESA 3OJSA 4IG3A 1QSSA 4DQPA 5SZTA 3FFIA 4RW8A 3AA4A 4FW2A 1XHXA 4CJKA 4ZHRA 3ASMA 3AVGA 3VQAA 3AVCA 3V1OA 2KZZA 4CJPA 4FM1A 4K8XA 4FLXA 2YNHA 4N47A 3U3GA 3PV8A 4OKKA 3AV9A 3DLKA 3OYNA 4CEZA 4KI6A 4CERA 4ID1A 2OPSA 4FLWA 5CYMA 2YKMA 4I7FA 1C6VA 3OS2A 1KVAA 3LALA 1C1AA 3AO5A 3VQEA 3NGZA 4DTJA 3MEDA 4IFVA 5D3GA 2IOCA 4BDPA 4M3UA 2KQ2A 2YNIA 2RKIA 2QKKA 3VQQA 3G0ZA 1XC9A 2PYLA 3WNEA 1HRHA 2HHXA 5C25A 4CGIA 2G8UA 1T03A 1DLOA 4XIUA 3AVAA 1YT3A 2ZD1A 2X78A 3DLGA 1HYSA 1EP4A 1S1UA 1Y97A 4DFJA 3SJJA 2OA8A 3G10A 3SZ2A 4BACA 3RR8A 3P83D 3L8BA 4DTUA 1LV5A 4CJQA 1KFDA 5HBMA 1A5WA 3S3OA 1CZBA 1S1WA 4PUOA 1JLQA 2F8TA 3QLHA 4CFDA 4M3WA 3HPGA 1HYZA 3HJFA 2JLEA 2DTUA 3U3YA 4FYDA 2FBVA 3AO3A 1RTIA 4KO0A 4CEFA 1WSHA 3HXMA 4DWIA 4FK4A 2GV9A 4BE2A 1BQMA 4DFPA 5HRSA 4IFYA 5KTQA 4ELVA 4FK2A 3QESA 3SPYA 4PQUA 1Q9YA 2I5JA 4FJLA 1W0HA 3ISNC 3NF8A 3KK2A 3VQ9A 3NH2A 2A1RA 1SKWA 4KB1A 1C0TA 4EZ6A 4E7IA 4IG0A 2YHBA 4B9LA 1Q8IA 1KSPA 1ZBLA 4NCGA 1NJZA 4HTUA 4CIEA 4DSKA 1HQEA 3NDKA 2G8IA 2HVIA 3K5OA 4CEAA 4CF1A 3NE6A 4K8ZA 3HO1A 2D5RA 4Z4HA 4Q5VA 4FJKA 4Q0BA 1I39A 3DLEA 3H08A 3M8QA 2YHAA 1RTJA 3IS9A 3KLFA 4ID5A 3M8SA 3PO4A 4M3YA 1LW2A 4C8MA 4PY5A 4J2AA 4C8NA 1HNIA 2FC0A 1BGXT 1VRTA 3V1QA 3DMJA 3LAKA 4CHPA 3SI6A 4FZZA 3QIPA 4FW1A 1FKOA 1QHTA 2OPQA 3ZT1A 4CFBA 1NKCA 3KKRA 4FJ5A 3OYHA 1U45A 4OPJA 5JS2A 1UOCA 3LZIA 4O55A 3DLRA 4B8CA 3OY9A 2HHQA 2XHBA 3LP1A 2ITGA 4RG8A 1VSMA 2HNYA 4UQGA 4IDKA 1NKBA 1LWEA 1UAXA 2HNZA 4NYFA 5FROA 1EXQA 1NJXA 4Y1DA 3BDPA 3NF9A 3QO9A 4PWDA 1S6PA 4DLGA 2BGGA 2XRIA 2YNGA 1S5JA 4KV8A 3VQBA 4KFBA 4M3ZA 1RT2A 1JLFA 2P5OA 4E1MA 4FXDA 1T05A 2LSNA 4RW6A 1HJRA 4CJEA 4B9NA 1YTUA 4B3OA 4E19A 5CZ1A 1JKHA 1VSLA 3NHGA 4DFKA 1WSIA 4DQQA 2HVHA 2HB5A 2DFFA 4FJNA 4ICLA 4DSFA 3AVJA 3DI6A 4CJ4A 3F73A 3NH1A 4DTSA 2E6LA 4FJXA 3CG7A 3KJVA 4HUGA 3AA3A 3PO5A 1C1CA 1HMVA 1LWCA 4DQSA 5EU7A 3V9UA 1L3TA 3AVIA 4RW7A 3HL8A 3QIOA 3SUPA 3L2UA 4E7HA 4W5OA 4CF0A 1QS4A 1WAFA 3V4IA 2Y1JA 3AVBA 4KB0A 1TKDA 2DFHA 4E89A 1X9MA 4LH4A 4DS4A 4B9SA 1JXEA 4KPYA 4JRQA 2WONA 4M3TA 1UA0A 3OYEA 1LAVA 1RBUA 3OYDA 4DQRA 1BCOA 3EY1A 4J2EA 4NCBA 4KRFA 4KHNA 3LDSA 4CJTA 1NJYA 3CQ8A 3QNOA 1UA1A 1JLGA 1C0UA 3AO4A 3QNNA 2F96A 2P5GA 4KHQA 1ASWA 3OYBA 4DTXA 4RW9A 1RT5A 2Z1JA 3TAMA 3K57A 1LWFA 3TAQA 3QEPA 5T7BA 1D9FA 4H4OA 2O4IA 2JGUA 3D0PA 3IAYA 3PUFA 3A2FA 4CJFA 1JL1A 1VSDA 4O0JA 3ZSZA 4CECA 4YFUA 4Z4IA 3MECA 1HQUA 2WOMA 2IDOA 1XWLA 1BL3A 4EP5A 3KK1A 5DK5A 4CHQA 4ZTFA 2VWKA 1WAJA 4AHCA 3WNHA 4CK1A 3AO2A 3VQ5A 5E41A 3RMBA 4FJ9A 4CJ5A 2VG5A 2X74A 3LZJA 1R0AA 4B9MA 1N5YA 3LAMA 1VK0A 4ELTA 1VSFA 1BISA 2ZQBA 3HVTA 4CF2A 2G8FA 4C8LA 3K5NA 3K59A 3NBPA 1TGOA 1QSYA 4W5TA 3ZSQA 2HHUA 1VRUA 2OPPA 2ETJA 4LSNA 4M42A 1RBSA 2HNDA 1VSHA 4DG1A 3HPHA 3OYCA 3QEVA 3M8PA 1SL2A 3NGYA 4W5NA 3HSTB 4CEQA 2EX3A 4ZTJA 4CJUA 1RBRA 4CHOA 5KI6A 4FJ8A 4M41A 3MEGA 3TANA 1TKXA 4Z4GA 4JRPA 3C6TA 2Z1HA 4Y1CA 3AVMA 1L3SA 5KRTA 2XO7A 3RRGA 4F2RA 4IBNA 3OS0A 2W42A 1GOCA 4CHNA 1QTMA 5HRRA 3O3GA 3LP3A 4HUFA 3KD5E 1XHZA 4DTRA 3QERA 3HP9A 1YVUA 2OYQA 3KKSA 4KHWA 1KLNA 2OZMA 1U48A 4F4KA 4OLBA 3EZ5A 3I0RA 1C0MA 4E0DA 3F9KA 3DM2A 1IO2A 3CFPA 1I3AA 3WNGA 1WSGA 4AHTA 1BCMA 5SWMA 3RTVA 3OS1A 3PX4A 3B6PA 4FJHA 3O3HA 4KHYA 1X9SA 5CZ2A 3E01A 3V9ZA 4M3RA 2KW4A 3K58A 3QETA 4W5QA 4CGJA 2QXFA 3MAQA 5HP1A 1JL2A 2BANA 4CEEA 1BIUA 3AVLA 3OYGA 4FJ7A 1X9WA 1FKPA 1VSJA 4Z0UA 2NUBA 5K14A 3K2PA 1KLMA 4WE1A 1TVRA 1WLJA 2Y1IA 4CJ3A 3DLHA 4BE1A 4YNQA 2HHTA 4JS5A 1BQNA 2FBTA 1SKRA 1BI4A 1RCHA 2RF2A 3T3FA 4IKFA 4GVMA 1N6QA 3RR7A 1RT1A 1QSLA 2OPRA 4KREA 5J1EA 3I8DA 1L3VA 3ZT4A 1S1TA 3DRPA 4E7JA 4DU1A 1WSFA 4DF4A 1RT3A 1J9AA 2AJQA 3TI0A 1RTHA 4N5SA 4B08A 2P51A 3CM5A 4E3SA 1NJWA 3RMCA 1O1WA 4QAGA 3AA2A 4FLZA 4CE9A 1S1XA 1RBTA 3P5JA 5C42A 1D9DA 1WSEA 1SL1A 3DOLA 4Z4CA 3T1AA 5KGXA 4FJGA 1DTTA 1U04A 3KLGA 4AHVA 3V6DA 3PX0A 4DSIA 3BGRA 1KRPA 3L3VA 3KLIA 4O5BA 4DLEA 3C95A 1JLBA 3TAEA 4KTQA 1BIZA 2ATQA 2KTQA 4BE0A 4CK3A 1Z25A 2DFEA 3ALYA 3NAEA 3SV4A 1WN7A 1NK4A 3ZSWA 5HROA 3TARA 3RWUA 3OYKA 4O4GA 4F3OA 1VSIA 5HLFA 3M8RA 2KFZA 1RDBA 4I2PA 1RT7A 4FZYA 4OPKA 3JSMA 1RBVA 4CEOA 2QKBA 1TL1A 1VSKA 4FJMA 4DS5A 1TK8A 1B9DA 4AHRA 5J2NA 4DMNA 4FM2A 3VA0A 4OKEA 3U6FA 4KTZA 2YV0X 1TKZA 3NF6A 1D8YA 3SQ4A 4EZ9A 3LWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UWBA 1YTAA 1ZBIA 3RRHA 3ZCMA 3V9XA 2GBZA 2O8BA 4N56A 3ITHA 2KHOA 1RT4A 3SQ1A 4GV9A 5LMNK 1NK0A 4LF9K 2D0BA 2XY5A 3ZT2A 1ITGA 4WFNL 3TAGA 3K5MA 1NK9A 1GLJO 1T8EA 4H03B 3CFRA 5BRFA 2YNFA 3K9JA 2OANA 4YDUC 3DXMB 3VQ8A 2HHSA 4XH5A 2P9NB 3FFKB 4R5PA 3K5LA 3SBTA 5KGWA 1N32K 3L2VA 2GUIA 1L3UA 4NXMK 1X1PA 4CJVA 3SQ2A 3P39A 4JD2B 4BRIA 1EETA 3GE1A 3CYMA 4ELUA 4MO4A 4CJSA 4FJJA 1TK5A 2E2NA 1DTQA 4MO5A 3MXJA 1OVYA 1XI1A 3OYJA 1S9GA 4HHTA 2VG7A 1T7PA 5M1PA 1YXQA 4CJRA 3G71N 3CFOA 2RN2A 2G8VA 1N33K 4FWQA 1JLCA 1WSJA 2EHGA 2FSKA 3MMVA 4B8AB 3ZSOA 3MX2A 3H3OB 1JCFA 1U49A 4DSEA 1LAWA 4O0IA 3SBGA 2NRWA 3CCMN 3MCPA 2Z1GA 2ITMA 4O44A 1IKWA 4PL8A 3MX5A 1NK5A 3VEYA 4B9UA 5FPDA 1QZ5A 2PY5A 1L5UA 3ULDA 4ISEA 3LPUA 4MLHA 1EO1A 5CYQA 4I6MA 4CEDA 3E9PA 3VEOA 5GAHP 1D4XA 3CMEN 1KVBA 4A5BA 4H4MA 3D45A 4DR3K 3VN5A 2HHVA 4GY2B 4CJWA 3A8YA 4JEPA 2CGJA 2V7YA 2XY7A 1A5XA 5AQPA 4L8RB 4OVLA 3JS6A 3HP6A 2NRTA 1O13A 2VWJA 1REVA 1ZBSA 4TSXA 1TAQA 3SUOA 3LPTA 3C6HA 5BN9A 4BWJA 3THVA 4CFCA 2FBXA 1W97L 4IEIA 1C0FA 4OJRA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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