4CJWA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (108-110)TI2 (78-81)TI1 (57-60)S3 (83-89)S1 (60-68)TIV1 (67-70)S2 (71-78)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)TI3 (79-82)S4 (112-114)AH3 (124-133)TIV2 (89-92)AH1 (94-107)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjwA00
4DU3A 1C6VA 1WLJA 4B8CA 1NK8A 1L3SA 3QEIA 3SUNA 1EKEA 4E1MA 2RF2A 1HQUA 1U47A 4J2EA 4FJKA 4FVMA 3QERA 1QTMA 3LPTA 4EZ6A 2P1JA 3HO1A 2YHAA 4E7KA 3CFPA 1U4BA 4ID5A 4W5QA 4DSFA 3NH0A 4DS4A 3K2PA 5CYQA 3DMJA 3ZT4A 3SZ2A 1S1UA 1RTHA 1WSFA 5C24A 4M3RA 1WNSA 3HYFA 4FLZA 3SQ4A 1U49A 1LV5A 3RMAA 2X78A 3RRGA 3IAYA 3K57A 4IKFA 4FK4A 4C8MA 1BI4A 3IG1A 5HROA 2YNIA 3RTVA 4KHWA 4BWJA 2AJQA 2XY6A 4ZHRA 1TKZA 1CXQA 4Y1DA 4F4KA 3VQEA 4PUOA 3B6OA 4FK2A 1BCOA 3AA2A 3OYAA 4M3XA 4JS5A 2YHBA 5SWMA 2GV9A 4OKJA 3KLEA 4W5TA 2G8KA 1SL0A 4GW6A 3AO3A 2A1RA 4R5PA 4DTSA 4B3OA 2RN2A 1RCHA 2OYQA 3KK3A 1BQMA 3HXMA 2DY4A 4DQQA 1HPZA 3KLIA 4QAGA 4CEOA 3NF6A 4J2BA 1NK7A 3AO2A 4I9LA 1U48A 1KFDA 1T8EA 4HTUA 1WSIA 4CE9A 3OS1A 5KGXA 2JGUA 4N76A 4IFYA 4RW4A 5KRSA 3V9UA 4DTRA 1LWCA 2G8UA 4DU1A 2XY5A 4Q5VA 2O4GA 3OJUA 2W42A 4LY7A 4F2RA 2OPQA 1BL3A 1TAQA 2P51A 4B9MA 4B9SA 4CEBA 2HNZA 4DQPA 4EP5A 2XRIA 3L2QA 4F8RA 3HVTA 1KSPA 4E7HA 1C0UA 2ZQBA 2HVHA 3LAMA 4C8NA 1VSFA 4FJHA 4Z4IA 4KHSA 1FXXA 2P5OA 1RDAA 4KO0A 4Z0UA 3VQAA 1IKWA 4AH9A 1IH7A 4AILC 3ZSXA 4F2SA 4FXDA 2HMIA 1HQEA 4RW9A 2BANA 1J5OA 1TK0A 1BIUA 3I8DA 4IG0A 3S3OA 1SL1A 3L3VA 2ETJA 4CEFA 2HHVA 3MXMA 4I2QA 4CFDA 4FLVA 3A2FA 2RKIA 3NCIA 3SPZA 4IG3A 1UA0A 4PQUA 2EHGA 1TKXA 4CF9A 1J9AA 2HVIA 3DYAA 4M42A 4CJEA 5C42A 3VQBA 4CGJA 5HRNA 5FDLA 4BDYA 4IBNA 4Y1CA 1RT1A 1G15A 1ZBUA 1Q9YA 2O4IA 4CHPA 2HHSA 1ZYQA 1W9HA 4B8AB 3PO5A 3OYBA 2YV0X 1T05A 3V1OA 3DLKA 4CEDA 3T3FA 3TANA 3TAMA 3VQPA 4DF8A 5EU7A 3AVKA 3SPYA 3PO4A 4CJ3A 4M3YA 1BISA 2VG7A 4DFJA 4CESA 4FZXC 3MECA 4FJMA 1VRTA 1IKYA 2Z1JA 3NDKA 3SQ0A 3AA3A 1RDCA 1KFSA 3LANA 4B9VA 1TL3A 1GOBA 4IFVA 2KZMA 4QCLA 2KW4A 2F8TA 4EZ9A 2KFNA 1WAFA 2ITGA 4Z4GA 4WE1A 3DLGA 2D0AA 2BDPA 1QSLA 1REVA 1JLQA 3KIOA 1NJXA 1RT6A 1RBRA 2X74A 4OKKA 1ZBHA 4M3WA 1HYVA 2YKMA 4KTZA 4QOZB 4FK0A 1LAWA 3AV9A 4CIEA 4DLGA 5K14A 1NKCA 1ZBFA 3DI6A 3HP6A 1QSYA 3RWUA 4N47A 5D3GA 2BGGA 4KREA 3K59A 1KVCA 3NH1A 3M8SA 4FM2A 4CK1A 4HHTA 4JRQA 4XIUA 4FCYA 4DTXA 2QXFA 1ZBIA 3LPUA 1Z26A 4HUEA 5HRPA 1VSIA 2I5JA 4CIFA 2Y1IA 3LWMA 4CHOA 3QIPA 3LZJA 4FW1A 4F3OA 3VN5A 4FJ7A 4CJ4A 3KLFA 1BGXT 1QS4A 1WN7A 2B5JA 2OPSA 4JLHA 4JS4A 3LALA 3SV4A 3TAEA 3DM2A 3D45A 4Z4HA 1VSDA 3D0PA 3HK2A 1TV6A 1TGOA 4F3TA 4KI6A 1SKWA 3OYMA 5KRTA 3LZIA 3CYMA 3TABA 4CCHA 4HCCA 1KLNA 2KZZA 4CHNA 5FRNA 3AVNA 3HM9A 3F9KA 5CZ2A 1T03A 4HUGA 4KI4A 3V9SA 1C0TA 3NH2A 3OYDA 1FKPA 3QESA 4CGFA 3OYEA 1HYZA 3FFIA 4I7FA 4E7JA 1XWLA 4FYDA 4B9UA 3OS0A 1GOCA 4CF8A 2PYLA 3BDPA 2OPPA 3ASMA 4DTJA 4KHUA 2RPIA 1UOCA 2IC3A 1ZBLA 4PY5A 3SV3A 4FZZA 2DFEA 1WSJA 4ELTA 3ZSWA 4O44A 1YT3A 1BQNA 1VSMA 1JL2A 1IO2A 3NGYA 3WNHA 4LSNA 1LW0A 3LP1A 3V9WA 1B9FA 1NK5A 5SZTA 1SKSA 1T7PA 3UIQA 4O55A 3O4NA 3AVJA 3HT3A 2DTUA 3E01A 3KD1E 1S9EA 3DLBA 4B08A 4M3TA 4CHYA 3SUQA 3HL8A 3DLHA 2HNDA 3V9XA 2R7YA 4CFAA 1TAUA 3OYHA 3ZSYA 4CGGA 3OS2A 3L2VA 2X6NA 3DRPA 5I42A 3VQ7A 3CM6A 3KKSA 2E4LA 1VSJA 1KRPA 2VWKA 4ELUA 4CJQA 4CJSA 1WSHA 4KHQA 3AVIA 2DFHA 1C1CA 3MEGA 1VSEA 1XI1A 1TVRA 1RDDA 1HJRA 3I0SA 3NF8A 4MQ3A 4E7LA 4DF4A 1L5UA 3H08A 3CM5A 4I2PA 4KHYA 3V81A 2XHBA 1BIZA 3AVGA 4AHVA 5DMRA 5JS2A 5J2PA 4KTWA 3RR8A 3KKRA 1KLMA 1W0HA 4O0IA 3SCXA 4CJVA 3OY9A 5HP1A 1R0AA 5I3UA 4C8OA 4KKOA 2HHQA 3RMCA 4JRPA 2IAJA 2ZD1A 3P83D 3QETA 4OJRA 4FJGA 2BE2A 4N41A 4DQSA 4K8XA 4BE1A 3F73A 1LW2A 1RT4A 4Z4EA 3AVBA 3WNFA 1D9DA 3ZSQA 3AVFA 4FJLA 2HNYA 4DFPA 3QEWA 3QNOA 1L3UA 4OLAA 5JS1A 2X6SA 3AA4A 4O4GA 3VQDA 4CERA 4DSJA 1ASWA 1HYSA 4FZYA 3NAEA 1IKXA 4FW2A 3ZT0A 1RBSA 1RT2A 4NCGA 4CIGA 1N5YA 4M3UA 3T19A 4OKEA 3SNNA 3LDSA 2OZSA 1ASVA 3NE6A 4AHUA 3KLHA 4DLEA 3CFOA 4CFBA 1JLFA 2DFFA 3TAGA 3HP9A 3V9ZA 4M45A 2HHTA 4DQIA 3U6FA 1JLBA 3M8QA 3VQQA 2QKBA 1VSLA 1CZBA 2FBXA 4G1QA 1D8YA 4PWDA 4CGHA 4RW6A 2B6AA 3JSMA 4CEEA 3OYLA 1KVAA 4LH5A 4RW7A 4YFUA 1RTJA 4BDPA 1JL1A 1VSKA 3RRHA 1LAVA 3PUFA 4ICLA 4CHQA 2QKKA 4CF1A 5C25A 4B9LA 3THVA 2Q3SA 1CLQA 2KQ2A 3VQ8A 3EYZA 1I39A 4CJRA 4CK2A 4CJKA 3AA5X 3P1GA 3RMDA 3SJJA 1S1XA 1DLOA 1NKEA 1KCFA 1NJZA 1MU2A 4KB0A 5T7BA 3EY1A 3ZSRA 1EETA 1TK5A 2OA8A 5FRMA 4DSKA 4E1NA 1JLCA 3WNEA 3SUPA 3NGZA 2YNFA 2HHWA 1UAXA 1RTIA 4W5OA 3NBPA 5KGWA 3O3GA 4E0DA 4BE0A 1QHTA 4E19A 1TK8A 3HJFA 4LSLA 1GOAA 4FLXA 3QEPA 1IKVA 2PZSA 2PY5A 4CEQA 4CJLA 1JLEA 3VQ5A 4ID1A 4DSEA 5J2NA 4DTPA 3TWHA 3ZSVA 1SUQA 3G10A 3KTQA 1KTQA 4FJXA 3TAQA 1NK4A 3VQ4A 3OYJA 4FJIA 3PX0A 1L3TA 4UQGA 2FBVA 1S1WA 4M3ZA 1HRHA 2B4JA 2NUBA 4DS5A 2G8WA 4BWMA 1TKTA 3LP0A 4CECA 1Q8IA 4B9TA 4Q0BA 1N6QA 3OYFA 4LH4A 4E3SA 3AO5A 4DU4A 3DLRA 4RG8A 3K5OA 3L8BA 4KHNA 2D5RA 2HW3A 1RNHA 1SL2A 3TI0A 3O3FA 2XY8A 3B6PA 4MFBA 4CK3A 3OYIA 4FLYA 2VWJA 3K5NA 1X9MA 2PYJA 2OZMA 4Z4CA 2E6LA 4FLWA 1RT3A 4DTNA 3OYGA 2G8HA 2IGIA 3L2UA 3IRXA 4KPYA 3SQ1A 3VQCA 4BDZA 4DSLA 2WONA 5HRRA 3RR7A 1VSHA 1L3VA 3K58A 4ZTFA 5DK5A 3ZSOA 4DFMA 4CEZA 2YKNA 3NF7A 2LSNA 3OYCA 3PV8A 3MXJA 4HCBA 4CGIA 1JLAA 4CJUA 3TAPA 2FC0A 1X9SA 4L8RB 3ZT1A 4CJFA 3CQ8A 4OPJA 3SI6A 4J2DA 1C1BA 3TR8A 1DTTA 1RBUA 5FROA 4KTQA 4H4MA 5J2QA 1S6PA 3MXIA 2G8VA 3K5LA 3KK2A 3TARA 1Q9XA 1C1AA 3PX6A 3HPOA 2KFZA 4N5SA 3LP3A 3ISNC 2GBZA 3ZSZA 4AHTA 4FM1A 4DQRA 4CJ5A 2FBYA 4FM0A 3VQ6A 4YNQA 3P5JA 1UWBA 4E89A 3L2RA 3AVHA 3V1QA 3V6DA 3NFAA 4C8KA 3DLEA 1YVUA 1NJYA 3NGIA 3K5MA 3O3HA 1RBTA 3AO4A 3MAQA 1KVBA 1S1VA 5J1EA 2WOMA 2KTQA 1XHXA 2OPRA 4BACA 5CY4A 4GVMA 4CJWA 1RT5A 4ELVA 1CZ9A 1B9DA 3DOKA 1ASUA 3DRRA 4KFBA 4OVLA 3OYNA 1FK9A 4FJNA 1JKHA 3L2WA 4AHSA 4HVJA 1WSEA 3HPHA 4EP4A 3C6TA 2HHUA 1XHZA 3VA3A 1VRUA 2FBTA 3SUOA 4CF2A 3KLGA 3KJVA 4RW8A 3AVCA 2ATQA 1QQCA 1EX4A 2IS3A 3M8PA 3KD5E 4E7IA 4NCBA 2P5GA 1WAJA 4O0JA 3EZ5A 4KB1A 4DSIA 1Y97A 4NYFA 4W5RA 3LP2A 4CFCA 3QEXA 1U45A 1BHLA 1X1PA 3G0ZA 3V1RA 2YNHA 2JLEA 4DMNA 2HHXA 4I9QA 1I3AA 1S6QA 1B92A 1TKDA 2F8SA 3BGRA 1LWFA 4FLUA 1D5AA 4OPKA 4DTUA 2XY7A 4KRFA 3QINA 1NK9A 4K8ZA 1A5VA 1F21A 2D0BA 3C6UA 3QEVA 4M41A 3MEDA 3KK1A 2IDOA 3CFRA 4J2AA 1U04A 4OGCA 1Z25A 1YTAA 1CXUA 1NOZA 2A1SA 3OYKA 3RMBA 3VA0A 3AO1A 1VK0A 5KI6A 1QSSA 1X9WA 3S9HA 4C8LA 1TL1A 1C0MA 3M8RA 2Z1GA 4OLBA 4W5NA 4IDKA 3O4QA 2HB5A 3I0RA 1FKOA 2F96A 3JYTA 1EXQA 5E41A 3PY8A 4BE2A 5CYMA 3HSTB 1SV5A 4GMJB 1EP4A 1RT7A 2IOCA 3U3GA 4CGDA 1S1TA 3QNNA 4KAZA 1YTUA 1A5WA 1RILA 1S5JA 3AVAA 3VQ9A 2D0CA 5HRSA 4ZTJA 4AHCA 4OGEA 4N56A 3ZT3A 4DTOA 1RDBA 2G8IA 1DTQA 1S9GA 3NHGA 3S3MA 1RBVA 1NKBA 1SKRA 4TSXA 2Y1JA 3ZT2A 3NF9A 4O5BA 3T1AA 3S3NA 4H8KA 3ZCMA 4CJTA 3ULDA 4FLTA 1A5XA 3U3YA 3QO9A 1XC9A 1JLGA 3LAKA 1UA1A 1NK6A 3AVMA 2E6MA 5CZ1A 5KTQA 2Z1IA 3LWLA 4AHRA 3V4IA 3TAFA 4FJ8A 3QIOA 5J2MA 5HLFA 4B9NA 2G8FA 1WSGA 2XO7A 4DFKA 2Z1HA 1LWEA 3DRSA 4LD0A 4NYNA 1D9FA 3HVRA 1QE1A 1RTDA 3SQ2A 4FJJA 1HNVA 4PA1A 4CJPA 2GUIA 1NJWA 2ZE2A 3HPGA 3PX4A 1IG9A 3OVNA 3ALYA 3OJSA 3AVLA 3L3UA 3MEEA 1ITGA 4HUFA 2YNGA 3C95A 3DOLA 3CG7A 4DG1A 1HMVA 1NOYA 4KV8A 4NCAA 3SYZA 4FJ9A 3IS9A 2VG5A 3QLHA 4CEAA 2EX3A 1NK0A 1O1WA 1J53A 4Z4FA 4FJ5A 1JXEA 3ITHA 1K6YA 4H4OA 2QK9A 5HBMA 1BI4B 4DWIA 1JXBA 1BCMA 2VG6A 1HNIA 3WNGA 3C94A 4CHZA 4CF0A 4DTMA 1J54A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UKRB 1WLJA 4B8CA 1T44A 1HQUA 1U47A 3JS6A 4FWRA 2P1JA 2ITMA 1WUAA 3CFPA 3UKUB 3D2EA 4BR7A 3ZT4A 1E4GT 4A2AA 3TTCA 1WSFA 3R8EA 3O1WA 1WNSA 1GLCG 4FLZA 1U49A 5FRMA 3RMAA 2X78A 2DPNA 4IKFA 3IG1A 4KHWA 1HKGA 4BWJA 4ZHRA 2FSJA 4F4KA 4PUOA 4M3XA 2YHBA 5SWMA 1S22A 2GV9A 4YOYA 3KLEA 3CHWA 2A1RA 3SAHA 4ILHA 3THXB 2V7ZA 2DY4A 3KLIA 5GADP 5KQ8A 1KFDA 4GVEA 4BY9C 4BRDA 5C12A 4DTRA 5I9EB 5EOYA 2QWNA 1NGBA 2P51A 4E7HA 4DV4K 4C8NA 5AQHA 3DXKB 4BRPA 2GEMA 4AH9A 3IDHA 1IH7A 5JVGL 3ZSXA 1J5OA 4IG0A 2ETJA 4JI6K 2HHVA 1UA0A 2P9UA 4X66K 2EHGA 1TKXA 5AQKA 3RSEA 3CJBA 4CJEA 4CGJA 3TTDA 5FDLA 2ZJQL 4YDUA 4IDHA 1G15A 4LF7K 4CHPA 2HHSA 4B8AB 2YV0X 3V1OA 3T3FA 3TANA 4M3YA 1BISA 4DFJA 3NDKA 1H1VA 1KFSA 1HNXK 1TL3A 1GOBA 2KZMA 2KW4A 3S41A 1W97L 2KFNA 5AQGA 3E1YA 2D0AA 3R1XA 4OKKA 1ZBHA 2KHOA 4KTZA 4DLGA 1QSYA 1ZBFA 3K59A 3NH1A 4CK1A 4HHTA 2HBKA 4XIUA 4DTXA 5HRPA 1VSIA 2I5JA 3VGKA 3QIPA 3QB0A 4YOVA 4DR6K 2FXUA 4DV7K 1IBKK 4FJ7A 2ZF5O 2OPSA 3WUHA 4JS4A 4JLHA 3CCMN 3TAEA 3DM2A 1YHQN 3D0PA 4O8KA 3HK2A 3PSIA 1TGOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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