4CJWA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjwA00
3V9ZA 1GOAA 3KLFA 1ITGA 2IAJA 1BQNA 1JLCA 4E7KA 3KLEA 3QERA 4B3OA 1SUQA 4FJNA 1U48A 1TK8A 1ASUA 2R7YA 4ID5A 4R5PA 3E01A 4CF1A 3HP9A 3OYBA 3RTVA 1RDDA 3AO3A 3DI6A 2A1SA 3L2UA 4CEBA 4ZHRA 4LD0A 4K8XA 1RNHA 4W5TA 2DY4A 4BWJA 1SKRA 3TAMA 2JGUA 3QNOA 1TL3A 4JRPA 2HB5A 4N47A 4LSLA 4FLWA 4HVJA 4CHYA 4W5RA 2Z1GA 3CYMA 5DK5A 1LWFA 4CHOA 3OS0A 4UQGA 2XY8A 4MFBA 1RT2A 1C0TA 1YTUA 3NAEA 4OPKA 4KHYA 4FK2A 2EHGA 2ETJA 4O55A 1UOCA 4IFYA 3HSTB 4FW1A 5DMRA 3OVNA 1TL1A 4ZTFA 1Z26A 3HVTA 3HVRA 3DM2A 3QEPA 3AVGA 3K5LA 4KTQA 3OYMA 2HNDA 4FLZA 4C8LA 4FJ8A 3VQAA 1HNIA 1KCFA 3LAMA 1NK9A 4KREA 1XHZA 4B8AB 1BGXT 2IS3A 4CESA 1CLQA 3O3FA 4FK0A 4B9SA 4C8KA 4FVMA 3WNFA 2FBYA 4OLBA 1QTMA 4FK4A 4B9MA 3V9SA 1HYVA 4DFPA 4E0DA 3UIQA 3BDPA 4O0IA 1C1BA 1NK6A 4N5SA 4DTRA 3DLBA 4CGDA 3KKSA 4L8RB 2HMIA 3HXMA 3CFPA 5KRTA 4RW7A 3ZSRA 3VA0A 3OYKA 4ZTJA 2G8HA 2QKBA 2LSNA 3TARA 1S1XA 1TKXA 5FROA 3MXJA 4CEOA 4CEZA 3ITHA 4F3OA 1VSKA 5HROA 3HJFA 1VSMA 4FW2A 2F8SA 1RTIA 3V4IA 3RMBA 4FJXA 4IDKA 4C8OA 4CJVA 3PY8A 4FYDA 2X78A 3QEVA 3PX0A 2PZSA 1S1WA 4Z4EA 3NHGA 3TWHA 3DRSA 4AHTA 2ATQA 4PQUA 4CGGA 1F21A 3OYIA 3VQCA 3ZSOA 4H4OA 4AHCA 3V6DA 1NKBA 2KZZA 3SYZA 3DLHA 1RT1A 2YKNA 4BE0A 3DMJA 3RMCA 3AVIA 3SQ4A 3L3UA 4CJKA 1REVA 3ZSXA 1W9HA 3O4NA 4YNQA 4J2BA 1C0UA 4Y1DA 2FBXA 3KLHA 1TK0A 3HP6A 4ELVA 2XRIA 4CK3A 1T8EA 4FZXC 1TKZA 1W0HA 3KIOA 3NF6A 2IC3A 4E7IA 3K5NA 1RCHA 1IH7A 4E89A 3SV4A 1KVBA 5KGWA 1RBVA 4CHQA 1SL0A 3CG7A 4CFDA 1A5WA 4CK2A 4FXDA 4MQ3A 1NJWA 4I2QA 1J54A 4EP4A 1I39A 1VSDA 1L3UA 2W42A 1S9GA 5D3GA 4CJPA 1QHTA 1LAWA 2X6NA 4PA1A 4PUOA 2VG5A 3TR8A 4F2SA 5K14A 3QO9A 1TGOA 4KKOA 3VQEA 3OYHA 4E19A 4CEQA 3KK1A 2XY5A 4DSJA 4BE1A 1RBRA 1B92A 4AH9A 3TAFA 4CGIA 5FDLA 4AHUA 4DQSA 5HLFA 3ZSVA 2YNHA 1S9EA 1RT4A 4Z4FA 2DFEA 2G8UA 1Q8IA 4DSFA 3F9KA 3O4QA 5KI6A 1KRPA 3LZIA 1IG9A 4HHTA 4FJLA 5J1EA 3HT3A 1U04A 4CJ4A 2EX3A 1VRTA 3M8RA 3AV9A 3NGYA 1L3TA 4EZ9A 4GVMA 4OLAA 3ASMA 2YNIA 3QIOA 4CF8A 3V9UA 4FZYA 1Y97A 1WLJA 1CZBA 1KFDA 3HPGA 1QS4A 3M8PA 3AVKA 4KO0A 4DTSA 3C6UA 4CJUA 5J2PA 1BI4B 2KW4A 2VWJA 4DWIA 4FJGA 4KB0A 2HHTA 3L8BA 4DF4A 4TSXA 2ZD1A 3O3GA 3G0ZA 2B4JA 1S1TA 4IG0A 1ZYQA 1WSGA 1JXBA 3VQPA 3AVNA 5KRSA 5SWMA 3NH2A 1NJZA 1U47A 4JRQA 3OY9A 3KTQA 3M8SA 2RN2A 3OYDA 3AO1A 4RW8A 3AVCA 4KHWA 4PY5A 4OKJA 4FJJA 3EY1A 3T3FA 1EP4A 3AA3A 4M3TA 1RT6A 1KVAA 1UAXA 3IS9A 4C8NA 3ZT3A 1X9SA 4B9VA 5FRMA 3SUPA 1XI1A 3CFOA 1WSHA 1VSHA 3T1AA 1U49A 3MECA 2KFZA 1VRUA 3LP3A 4WE1A 3VQ8A 3OYFA 3V9WA 3V1OA 3KD1E 4Z4GA 3S3NA 2AJQA 4FJHA 4I7FA 3AA2A 2XHBA 4B9TA 2GUIA 2PY5A 1ZBUA 3SPYA 2P5OA 4AHRA 4LSNA 4KAZA 1TAQA 2DFFA 1FKOA 2GBZA 1LWEA 3ZSQA 3MEDA 3I0SA 4EP5A 3HK2A 4E7HA 4DF8A 4DSKA 1D8YA 1N5YA 3QIPA 3DLKA 4HCBA 3QNNA 1Z25A 3RMDA 1SL2A 1TKTA 2KFNA 1YT3A 1B9DA 5I42A 4CHZA 1S6PA 1XHXA 2HNYA 5HRNA 2E6LA 4CF0A 5J2MA 2HNZA 2Y1IA 4N76A 2YHBA 3S9HA 3VA3A 1HQEA 3HPHA 2PYLA 3LP0A 1T7PA 1ASVA 2JLEA 1HYSA 2GV9A 5KGXA 4M41A 4E7LA 1SKWA 4DSEA 4G1QA 4CE9A 5HBMA 3OS1A 2YHAA 1UA1A 1Q9YA 3AVHA 3PO4A 3TI0A 4PWDA 3L2WA 1NK0A 4KI4A 4XIUA 4NYNA 1BL3A 4ELTA 2HHXA 2DTUA 4JS5A 3QEXA 2XO7A 1A5VA 4JLHA 3RMAA 2HVIA 1TV6A 3SNNA 1NKEA 2F8TA 3B6PA 4IG3A 4LY7A 3OYNA 3K5OA 3LPTA 2P51A 3PUFA 4JS4A 3K2PA 4BACA 2Q3SA 3V81A 1BISA 3MEEA 1RT7A 1K6YA 4W5QA 4DQRA 4DU1A 4DU4A 3TAQA 3M8QA 1EETA 3VQ5A 3L2RA 5C24A 3ALYA 1I3AA 5CZ1A 5E41A 4HUGA 4BDPA 1JXEA 1CXQA 1T03A 2B6AA 4DSIA 4N41A 3SI6A 4CJ3A 1NJYA 4CJLA 1D9FA 1HJRA 3OJSA 1C1AA 4RW6A 4DLGA 4Q0BA 3LDSA 3LP2A 4BWMA 4DQIA 3DOKA 2OA8A 2RF2A 2YKMA 1DTQA 1WAJA 1JL2A 3C6TA 4OGCA 5JS2A 2ITGA 4M45A 4KPYA 4I2PA 1BIZA 1LWCA 4B08A 2XY6A 1NK4A 3V1RA 4CFBA 4KB1A 1RDCA 1DLOA 1KLMA 5SZTA 3JSMA 2RPIA 3SPZA 3LP1A 3KJVA 4DFJA 3OYAA 4FJ9A 1HRHA 1B9FA 5I3UA 2HW3A 1RDAA 3SJJA 4DFKA 1S1UA 2IDOA 2ZQBA 2D0CA 3IAYA 4M3WA 1VSJA 1KFSA 1BI4A 1LW0A 4DTOA 3DLRA 1L5UA 2G8WA 2FC0A 4CJQA 4AILC 3KK2A 1HMVA 1JLEA 1QE1A 4Z4CA 3CM6A 1YTAA 4IBNA 5CY4A 3K59A 3VQDA 4RW9A 4DQQA 1LW2A 4OKKA 2FBVA 3MEGA 2E4LA 4KTZA 3VQ9A 3U3GA 1RBSA 2HHVA 1KSPA 3RR7A 4CEEA 4FM2A 1GOBA 4BDZA 4O4GA 5HRRA 3QEIA 1BCMA 3LALA 1FKPA 1MU2A 4LH5A 2D5RA 4NYFA 4CGJA 5EU7A 2OPRA 3F73A 4W5NA 2Z1IA 1VSFA 4DQPA 4CHNA 3HL8A 2B5JA 1RBTA 4CFAA 1JLQA 3ZSZA 1XC9A 3I8DA 1WNSA 4CGFA 4FJIA 4KTWA 4GW6A 1WN7A 4FM0A 4H8KA 1S1VA 3L3VA 3OYEA 1BCOA 1RDBA 3SV3A 1IO2A 1RTDA 3PV8A 2OZMA 3H08A 1EKEA 4J2DA 3LWMA 1ZBHA 2O4GA 3DYAA 3NGIA 3ZCMA 4FJ7A 4B9NA 3QETA 4Y1CA 1BHLA 2HHSA 4Q5VA 1S5JA 4CIFA 1L3SA 4F3TA 4W5OA 4CIEA 2G8VA 3D45A 4QAGA 1UA0A 3AVAA 3TAPA 4K8ZA 4KRFA 4CECA 3MXMA 4F8RA 3EZ5A 4DTPA 1R0AA 3ZT1A 3OYJA 3KLGA 3LZJA 3EYZA 3OJUA 3ULDA 4GMJB 3U3YA 1NKCA 5T7BA 4CJEA 3NH0A 3RWUA 4CJSA 1XWLA 2F96A 4LH4A 4CEFA 1NK7A 1FK9A 1J9AA 3HYFA 2NUBA 1QSSA 5J2QA 1RTJA 3HO1A 2G8KA 1KVCA 1WSEA 2ZE2A 1A5XA 3LAKA 4CK1A 3CQ8A 1TK5A 2OPSA 3SQ0A 1SV5A 3PX6A 3S3OA 3DLEA 4EZ6A 1X9MA 1C1CA 1X1PA 2KQ2A 2HHQA 4ID1A 4M3UA 4DG1A 3DRRA 1IKXA 3NDKA 1WAFA 3ZT0A 3BGRA 4KHUA 3PO5A 1HPZA 2YV0X 2XY7A 4B8CA 3SQ1A 1JLBA 3AO5A 3LPUA 2P1JA 3KD5E 4HCCA 4KI6A 1ZBFA 2A1RA 1LV5A 3A2FA 3AVLA 2X6SA 4E7JA 4CEDA 3NF7A 1O1WA 3K58A 2BDPA 2QK9A 3AVJA 5FRNA 4F4KA 2Z1JA 4CHPA 1IKVA 3P5JA 4CFCA 4HTUA 4E3SA 1WSJA 4OGEA 2HVHA 2G8FA 3D0PA 4FCYA 3KKRA 3NFAA 2IOCA 3LANA 1RBUA 3DOLA 2VWKA 3O3HA 4DTXA 3CFRA 3RRGA 3JYTA 3OYGA 4HUEA 4CJFA 4O44A 3VQ6A 1QSYA 2PYJA 4J2EA 4CJRA 4O5BA 4B9UA 1CZ9A 3QEWA 4N56A 1T05A 1VSIA 3OYCA 3QINA 3SCXA 3V1QA 2D0BA 3LWLA 1NK5A 4CJ5A 2I5JA 4CGHA 3ZSWA 4DFMA 2HHUA 5HRPA 4I9QA 3WNGA 1QQCA 4I9LA 4B9LA 2IGIA 1EX4A 3NCIA 4DU3A 1NK8A 4NCAA 3AVFA 4AHSA 3CM5A 5HRSA 4M3XA 3HPOA 4ELUA 4OKEA 4DS4A 1C6VA 1JLFA 3QLHA 2VG7A 3OYLA 1RTHA 3QESA 3DLGA 4OJRA 4ICLA 2QKKA 1J5OA 4Z4HA 1N6QA 4FM1A 3AVMA 4CJWA 2BGGA 1FXXA 4YFUA 4FLYA 1X9WA 4CEAA 3ZT2A 3VQBA 3P1GA 1SL1A 1KLNA 4IKFA 1HYZA 2DFHA 1ASWA 4NCBA 2Z1HA 4FZZA 1TAUA 4F2RA 4KV8A 3TAEA 2OYQA 1KTQA 1JLAA 1U45A 3SUQA 4M3RA 3ZT4A 4E1NA 4CF2A 1U4BA 1UWBA 4RG8A 4DTNA 1NJXA 3S3MA 4CJTA 1JLGA 4DTJA 3RRHA 2HHWA 2KTQA 2BE2A 2O4IA 3KK3A 5CYQA 1YVUA 1HQUA 5KTQA 1SKSA 4M3YA 3SQ2A 1JL1A 1LAVA 4KHNA 4IFVA 4NCGA 3NBPA 2VG6A 1D5AA 4DLEA 3TANA 4O0JA 3SZ2A 4HUFA 1BIUA 4FLTA 5HP1A 1QSLA 3THVA 3NF8A 2OPPA 3G10A 4FJKA 1ZBLA 1VK0A 4KFBA 1D9DA 1TVRA 4KHQA 4FLUA 1S6QA 2QXFA 4FJ5A 4FJMA 4OVLA 3AVBA 4KHSA 4DS5A 1WSIA 3IRXA 3NH1A 4DTUA 4CF9A 3ISNC 2BANA 1TKDA 3AO2A 2WOMA 1L3VA 1Q9XA 4CCHA 3NGZA 1RT5A 4CERA 4C8MA 2YNGA 3AA4A 1NOZA 3L2VA 3WNHA 3MXIA 1RT3A 4M3ZA 3B6OA 1WSFA 4QOZB 4DMNA 2WONA 1CXUA 1G15A 4AHVA 1J53A 4QCLA 4RW4A 1NOYA 5CZ2A 3PX4A 5C42A 3VQ7A 1VSEA 3C94A 2G8IA 2D0AA 4DSLA 3I0RA 4H4MA 2KZMA 4FLXA 3SUNA 1EXQA 4CIGA 3OS2A 4Z0UA 1IKWA 1C0MA 3U6FA 3TAGA 3WNEA 3RR8A 2E6MA 1BQMA 2Y1JA 1JKHA 3AO4A 3ZSYA 3VQQA 4DTMA 3SUOA 2P5GA 3T19A 1GOCA 3C95A 3FFIA 5J2NA 4J2AA 4OPJA 5JS1A 3P83D 1VSLA 3HM9A 3DRPA 3MAQA 2OPQA 2FBTA 1DTTA 3IG1A 5CYMA 3TABA 3K5MA 1IKYA 1HNVA 3KLIA 2X74A 3NE6A 4BE2A 3NF9A 5C25A 3V9XA 4FLVA 1ZBIA 4Z4IA 1RILA 2OZSA 4M42A 4E1MA 4BDYA 3L2QA 2YNFA 3VN5A 2RKIA 3K57A 3AA5X 3VQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IAJA 1BQNA 1VQNN 1SUQA 4FJNA 4BRPA 1ASUA 1O13A 4ID5A 3A8YA 3EE8A 2A1SA 4BRHA 2D0OA 2YHXA 4CEBA 4LD0A 4BWJA 1GLFO 2HBKA 5LJWA 1KC8O 4N47A 4LSLA 4HVJA 3J80O 1SS6A 4W5RA 3CMAN 4V19S 1C0TA 3FZKA 3VETA 4FW1A 4ZTFA 1NGFA 3HVTA 3DM2A 2ZJQL 4FJ8A 4JKGB 4A5BA 4DCHA 4FPAA 2O8FA 3O3FA 3CJAA 3WEEB 5AQQA 3ZYYX 1NGGA 4CGDA 4L8RB 3HXMA 2VWBA 4H0VB 2QKBA 1TKXA 3VTHA 3FZMA 4CEZA 3ITHA 2F8SA 3V4IA 2F7TA 2X78A 3JAMO 1Q7YO 5TKWA 3O8MA 3VEYA 3DRSA 2ATQA 3EO3A 1XMQK 3OYIA 1NKBA 3WQTA 3V6DA 2P9PA 3AY9A 4FWMA 4DV7K 3DMJA 3IMXA 3M6GA 3MK6A 2IIRA 1REVA 4Y0WA 3ZSXA 4DR1K 4Y1DA 1DEJA 3HP6A 2XRIA 1T8EA 1YAGA 4FZXC 1W0HA 3HM8A 3H46O 3KIOA 4WQ4A 2IC3A 1KVBA 4CHQA 5BRDA 3CG7A 1K73O 3DXKA 3RVCA 4B1ZA 1J54A 3SAGA 4LFAK 5D3GA 4IFEA 1QHTA 2X6NA 1KQSM 1RBRA 5C2FA 3ENHA 2JWLA 3TAFA 1NGHA 2HBLA 4WCEL 3ZSVA 2YNHA 4HWIA 4DSFA 5KI6A 3LZIA 4HHTA 4JNEA 5J1EA 1U04A 4CJ4A 3AV9A 3NGYA 1GLEG 4K42A 4EZ9A 4K43A 5LY3A 4OLAA 1ATSA 3QIOA 4CF8A 1Y97A 3A5LC 1WLJA 2GX9A 1ZC6A 3C6UA 3DJCA 4FJGA 2HHTA 4DV2K 2ZD1A 2UUCK 5C0YA 1ZYQA 3P31A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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