4CK1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck1A00
1SL1A 4RW6A 2HHSA 1RBUA 1C0TA 3HP6A 3LP3A 2BE2A 1TV6A 4DQPA 1BCOA 5J2QA 1KVCA 3HSTB 3HPOA 1SL2A 3OY9A 3KLFA 3QIPA 1TAUA 3TARA 1RILA 4KV8A 3OJUA 3IRXA 3AVFA 1FXXA 3AA2A 4DLGA 2FBTA 4H4OA 1BQNA 2KFZA 1VSFA 1X9SA 4W5RA 2YNHA 1KFDA 4KTZA 4DFPA 3AA4A 1WAFA 4RW9A 4O55A 3CQ8A 2O4IA 4I7FA 2KTQA 1FKPA 2YHBA 3G10A 4CGGA 2DFFA 2ZD1A 3NF8A 1RNHA 3ZT4A 1VSDA 4B8AB 2G8FA 1CLQA 4DSJA 3QETA 1KRPA 3NH1A 3SUOA 4M3ZA 1WSFA 3OS0A 3KJVA 4DQQA 5D3GA 2P1JA 5KRSA 4BDYA 2YHAA 4KHWA 3ZT3A 3H08A 1D9FA 2HVIA 3S3MA 2X6NA 2PYLA 3LPUA 1X9WA 4BDZA 1QSSA 4CGIA 2RKIA 4OGCA 3T1AA 2PZSA 1NK8A 4Z4GA 2HHUA 4IKFA 3QO9A 3SV3A 4DTOA 1N6QA 3AO5A 3HO1A 3NHGA 4ELVA 5C24A 4KHSA 4I9LA 1UA0A 3O3FA 5T7BA 4O5BA 2XY8A 4FJGA 4J2BA 1LWCA 4MQ3A 3QNOA 2GUIA 3HVRA 4CGHA 3O4NA 4CEOA 3V9ZA 3DRSA 4GVMA 3WNGA 3QEPA 4CEDA 2VWJA 1S9GA 3SQ0A 3DYAA 4FW1A 1UAXA 1LWEA 2RN2A 4DQSA 4FCYA 4ELUA 4FLVA 3RTVA 1NKCA 3U6FA 2OPPA 1KTQA 1NOZA 4HUEA 4LSLA 3NF9A 4DU1A 3V4IA 1T8EA 1SKSA 1QHTA 3CFOA 2I5JA 2OPSA 4CJWA 1HYVA 3OYDA 3OYHA 1F21A 3P1GA 4FYDA 4E7JA 1EX4A 1XHXA 4L8RB 3HVTA 3SCXA 4FM0A 3VQ9A 2G8WA 1BQMA 4N47A 4DQRA 4FJKA 1KLMA 1TGOA 4CJQA 3K58A 3TI0A 1X9MA 1NKEA 2OZMA 2BGGA 3PUFA 2D0AA 3KK2A 4DTMA 3L8BA 2QK9A 2OA8A 4ID1A 1TKZA 3U3YA 4DFJA 4CEEA 4DTXA 2AJQA 2DFEA 3QEXA 4F3OA 1ZBIA 1BIZA 3DLHA 4NCGA 4CEQA 3KD5E 1NJXA 3VQCA 2PY5A 1HPZA 4FW2A 4FK2A 3EY1A 3V1RA 2X6SA 5J2MA 3OYEA 1NK0A 3HJFA 4M3UA 1BISA 3AVLA 1BL3A 3MEEA 2E6MA 4N5SA 4J2EA 3L2QA 3ZT1A 1S5JA 4CHQA 1T05A 3SZ2A 5KI6A 4DSKA 3RMCA 1GOBA 4TSXA 3WNEA 4KAZA 3VQ7A 4DTSA 4XIUA 1KVBA 4E7IA 1LAWA 4CF2A 4AHCA 3L2VA 4PQUA 1CXQA 3SI6A 2HHQA 2ZQBA 3VQEA 2P5GA 4HTUA 5HBMA 4W5OA 3MXJA 3TAMA 3AA3A 3TAGA 3PO5A 4JLHA 1HMVA 2Z1HA 3P5JA 3C6TA 5J1EA 3IG1A 5CZ1A 3I8DA 3NDKA 4DS5A 2HNZA 3OYFA 3HP9A 5J2PA 3QEIA 1T7PA 4O0JA 1L3UA 1MU2A 3M8PA 3AVMA 1QTMA 1A5WA 3AVCA 4DSIA 2IOCA 2EX3A 3ZCMA 4CFDA 1TVRA 1CXUA 1O1WA 3RRGA 4B9LA 1NK4A 3O4QA 3VQ8A 4DF8A 4B9NA 4J2AA 2DY4A 4CIFA 1XI1A 3AVAA 3L2UA 2HVHA 2HMIA 2ZE2A 1VSEA 3LALA 4BACA 4F2RA 4CJTA 4M3XA 4KKOA 3I0RA 3OYAA 4KB1A 4CJKA 4W5TA 3NF6A 4O0IA 3AO1A 3T3FA 2G8IA 4RW4A 4CJUA 4I2PA 4CHZA 3A2FA 2X74A 1Y97A 1U45A 3K5MA 4DTJA 4E0DA 3LAKA 1D5AA 1DTQA 4DU4A 3SJJA 1LWFA 3L3UA 1C0MA 1Z26A 4B9MA 3TWHA 3KLEA 1IKXA 2ITGA 4EZ6A 2HW3A 1C1BA 2G8UA 1RT5A 2HHTA 4CEZA 1U47A 3EYZA 4C8NA 4KHUA 4BDPA 4IDKA 4CJ5A 1C1CA 3QINA 4LH4A 4ICLA 4CF8A 2VG6A 3NAEA 1S9EA 2KZMA 1XC9A 4KTWA 4KPYA 1VSMA 3AVNA 1J9AA 5HLFA 1TKDA 2WOMA 4M42A 3IAYA 3NH2A 2OPQA 4JRQA 1LW0A 4YNQA 3AVJA 3DLRA 2YNFA 4FM1A 3VQDA 4CHOA 3AO3A 3NBPA 3BDPA 4CF9A 4FLUA 1U04A 2NUBA 3V9UA 3SPYA 2OZSA 3I0SA 2OPRA 2RPIA 3PX6A 1HQEA 1RT3A 1Z25A 2Z1JA 3S9HA 2LSNA 4CIGA 4DSFA 4CJVA 4B9UA 3HYFA 4DMNA 3V6DA 3TAEA 3NGYA 1JLFA 1Q8IA 4CJEA 2YV0X 3LZJA 3CM5A 3LAMA 3QIOA 4CJFA 5HROA 1KVAA 3OYGA 1RBRA 4LSNA 1RTDA 4Y1DA 1ZBFA 3K59A 3OYLA 3HPHA 3ZSRA 2E4LA 3VQBA 2B6AA 3HM9A 4G1QA 4OJRA 2YKNA 3SUPA 2HNYA 1VSKA 1RDDA 3IS9A 1JKHA 3WNHA 5DMRA 1D9DA 1JLGA 3C6UA 2DFHA 3L2WA 1S1TA 2QKKA 4FJ8A 1WSGA 3NCIA 1J53A 3LANA 3KK1A 2IC3A 3NFAA 4AHRA 3RMBA 3TR8A 3LDSA 4PUOA 5DK5A 2Y1IA 4FM2A 3QERA 4N76A 1HQUA 5FRNA 2D5RA 3AO2A 3MEGA 1I39A 4OPJA 3SQ1A 1C0UA 1ZBUA 3HL8A 4CK3A 4F8RA 1ZBHA 4FJ7A 1RCHA 2ATQA 3QNNA 1JL2A 1VK0A 4NCBA 4OGEA 3MXMA 4B9TA 4C8MA 1IKYA 3ZSYA 3JSMA 1L3TA 4CFBA 1L5UA 3AVIA 1TKTA 5HRNA 4FZZA 1WSEA 4IG0A 3RMAA 3DRPA 2X78A 1SUQA 4E7KA 3KD1E 3ZSQA 3QESA 5K14A 4BWJA 3AV9A 2P5OA 1BGXT 2G8KA 1NK6A 4OKEA 2FBVA 4FXDA 1NJWA 2YKMA 4NCAA 2Z1GA 1QSLA 3KTQA 4I9QA 3RWUA 4KB0A 2E6LA 3AVGA 4B3OA 4CK2A 4DTRA 3HXMA 4OVLA 4CHNA 3O3HA 3ZSVA 1K6YA 2A1RA 3LPTA 2F8SA 3LWLA 2A1SA 3OYKA 2D0CA 3L3VA 3NH0A 1J54A 3EZ5A 4DFKA 4F4KA 3SPZA 4N41A 3MAQA 3V1OA 3SYZA 1VSHA 4K8ZA 2Q3SA 3O3GA 1RT4A 4MFBA 3LWMA 2IS3A 4ZTJA 1HNIA 4CJPA 5EU7A 4FZYA 3ZSZA 3BGRA 3VQ6A 3SQ2A 1T03A 3DOKA 3B6PA 4CFAA 4Q5VA 1S1WA 3TAFA 3ISNC 1U4BA 1J5OA 4CERA 3LP0A 5C42A 4DF4A 1U48A 4CGJA 5HRSA 1B9FA 1BI4B 4FJ5A 2XO7A 1FKOA 2GV9A 4OKKA 1JLBA 3KLIA 1RTJA 4JS5A 4C8KA 3DOLA 4FJLA 1KCFA 2F8TA 1KFSA 3CG7A 3F9KA 3PO4A 3OS1A 3PX0A 4FJMA 1EP4A 4WE1A 3RRHA 1YTUA 3FFIA 2B4JA 2ETJA 2R7YA 4AHTA 5JS2A 3M8SA 3AVHA 2DTUA 3DLBA 3RR7A 4Z4EA 4KHQA 3AVBA 4AHVA 3KLHA 1XWLA 4IBNA 4CIEA 1SL0A 1IG9A 4OLBA 4KHNA 3OYCA 1JXBA 4ELTA 1IH7A 4HVJA 1NKBA 3KKRA 1FK9A 4CESA 2BDPA 2XRIA 4E3SA 1VSJA 4CJ3A 2HHWA 1SV5A 3KIOA 1WSHA 3CYMA 4B8CA 3QEWA 1LW2A 1BHLA 3SNNA 3DLKA 4LH5A 4BE1A 1YVUA 4R5PA 1HJRA 5I42A 1UOCA 4ZTFA 3M8RA 1EKEA 4FJIA 3AA5X 1BCMA 3DM2A 3NGIA 3K57A 4DTPA 1YTAA 2XY6A 4E1MA 3ZT2A 4ID5A 3E01A 3AVKA 3HK2A 1ITGA 3OVNA 2XY7A 1DTTA 3DLEA 4N56A 2IDOA 3OYMA 3CFPA 4M41A 1ZBLA 5JS1A 5HRRA 1NK7A 4CCHA 3VQQA 4CGFA 3L2RA 1L3SA 4HCCA 4HUFA 1CZ9A 3C94A 3K5NA 5FDLA 1JLCA 1VRUA 4KO0A 3SUQA 3M8QA 4CF1A 2WONA 1S1XA 1LV5A 4FLYA 3TAQA 2QKBA 4KTQA 5CY4A 1X1PA 4BWMA 2XHBA 4FJ9A 4BE0A 3VA0A 4BE2A 3HT3A 1S6PA 4KHYA 4Q0BA 1D8YA 2IAJA 4O44A 4AHUA 4JRPA 1N5YA 1RDBA 4KI4A 4M3WA 4CHPA 4FLZA 4B9VA 4E19A 1XHZA 4QAGA 3LP2A 3ZT0A 4W5NA 4IG3A 4CJLA 4FJNA 3DLGA 4B08A 4AH9A 2XY5A 4QCLA 4EP5A 3D0PA 1SKWA 3D45A 4F2SA 1RDAA 4OPKA 3THVA 1RTHA 2JLEA 3UIQA 1BI4A 1JLEA 3NGZA 4DS4A 1WSIA 2VG5A 4YFUA 1C6VA 1TKXA 1RT2A 1C1AA 3CFRA 3HPGA 4FVMA 4DLEA 3PV8A 1HNVA 1A5XA 1W0HA 3VQAA 3K5OA 2KFNA 4IFYA 4QOZB 1JL1A 1TL1A 3CM6A 4CJRA 1S1UA 1WN7A 3P83D 3VQ4A 2EHGA 3ZSXA 2G8HA 1RT7A 3TABA 3ULDA 5KGXA 3TANA 1ASWA 3K2PA 1TK0A 4FLXA 3WNFA 3ZSWA 4M45A 5KRTA 4DTNA 4LY7A 4CJ4A 4B9SA 3KLGA 3MXIA 4PWDA 1JLAA 1VRTA 2F96A 4FLTA 1ZYQA 2O4GA 1L3VA 4K8XA 4IFVA 2KW4A 4KFBA 3VQ5A 2Y1JA 1HYZA 3G0ZA 5CZ2A 1TAQA 3LZIA 2W42A 4PY5A 1RTIA 1GOCA 3C95A 5HP1A 5HRPA 4HCBA 5FRMA 4GMJB 3U3GA 3VQPA 4EP4A 1NK5A 4CFCA 4EZ9A 4DSLA 4H8KA 3RMDA 1ASUA 2D0BA 2P51A 3AO4A 3ITHA 1ASVA 3T19A 3V9WA 1SKRA 4E89A 1Q9XA 4KI6A 4FK4A 1S1VA 1REVA 4CEBA 1JLQA 1B92A 4DU3A 4Y1CA 4AILC 2OYQA 1HYSA 3V9XA 1GOAA 5KTQA 3VN5A 4CJSA 1QSYA 4DG1A 1HRHA 1WSJA 4RW7A 1NOYA 1VSLA 3MECA 4DFMA 3ALYA 1DLOA 2YNGA 4DWIA 4FK0A 4HUGA 3S3NA 4CECA 3OYBA 4M3YA 3MEDA 1NJZA 1RT1A 3DMJA 4OLAA 4OKJA 1RBSA 4UQGA 3B6OA 1WAJA 4CK1A 2IGIA 5FROA 3V81A 1TL3A 1RBVA 3SV4A 1KSPA 1I3AA 1UWBA 3PY8A 4Z4HA 4NYNA 4FJHA 1IO2A 1W9HA 1JXEA 1R0AA 4C8OA 3DI6A 4M3TA 4DQIA 2KZZA 1QS4A 4DSEA 1IKVA 1B9DA 1RDCA 1YT3A 4E1NA 4Z4IA 3VA3A 3OYNA 4CHYA 1WLJA 1CZBA 1S6QA 3ZSOA 2HHVA 3JYTA 4E7LA 4HHTA 1U49A 4GW6A 5E41A 4RG8A 4J2DA 3SUNA 5SWMA 2BANA 2Z1IA 3V1QA 4Z4CA 2GBZA 4LD0A 1EETA 1LAVA 2HNDA 4DTUA 3DRRA 1G15A 4PA1A 4CE9A 4FJJA 3LP1A 3OS2A 4H4MA 3SQ4A 4CF0A 3OYIA 3KK3A 1RT6A 4FJXA 2FBXA 4NYFA 5KGWA 4Z0UA 1A5VA 4F3TA 1WNSA 2HB5A 2VWKA 2FC0A 3K5LA 2PYJA 4E7HA 3QLHA 1IKWA 1VSIA 3V9SA 1UA1A 1EXQA 4KRFA 3OYJA 3S3OA 5CYMA 5J2NA 1NJYA 1BIUA 1QQCA 2KQ2A 1NK9A 4RW8A 2HHXA 3KKSA 4I2QA 1TK8A 2G8VA 4M3RA 1Q9YA 3QEVA 3NF7A 5SZTA 4FLWA 4C8LA 2VG7A 3F73A 4Z4FA 4W5QA 1QE1A 4AHSA 4CGDA 1TK5A 4FZXC 5C25A 3OJSA 2YNIA 4CEFA 4JS4A 3ASMA 5CYQA 3RR8A 4CEAA 4ZHRA 3PX4A 1KLNA 4O4GA 1RBTA 2RF2A 2FBYA 3NE6A 3TAPA 4KREA 5I3UA 2QXFA 2JGUA 2B5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HP6A 1TV6A 5J2QA 2A40A 1KVCA 1SL2A 3QIPA 1YF5L 1YXQA 3OJUA 3G71N 4DUZK 3SK3A 4W5RA 3CQ8A 4RW9A 4WFNL 2KTQA 2P9NB 3MX5A 4CGGA 2DFFA 3NF8A 3SUOA 3JAMO 4B3MK 3BF1A 4KHWA 3S3MA 1P8ZA 3WXMB 2JWKA 2BUPA 3T1AA 4LF9K 3ULEA 4DV4K 2PZSA 1KC8O 1N6QA 3D2FA 3DXMB 4I9LA 3GE1A 4O5BA 5AZIA 4WQ5A 1LWCA 1BU6O 1CZAN 3O4NA 3VEXA 4CEOA 3QBWA 3V9ZA 3DRSA 4GKJK 2GELA 4DUYK 2CGLA 4IO9L 1Z05A 2NNWA 3R3LA 4DQSA 2ASPA 4FWOA 3MWPA 4FLVA 3LDQA 1NKCA 3OYDA 4CJWA 1BWFO 3P1GA 4F9OA 4BR9A 4JI5K 1V4TA 4A62A 2F4VK 4L8RB 3A8YA 1HPMA 3FLCO 3WEEB 3SCXA 3VQ9A 2E1ZA 1KLMA 3TI0A 2ITMA 3O8MA 4ID1A 1TKZA 2DFEA 1GLAG 3ENBA 4BRLA 3DLHA 2J4RA 1KAXA 3VQCA 3ZYYX 1HPZA 1NJXA 2KLAA 3EY1A 3IKMA 1NK0A 3OYEA 3THYB 3OA9A 3CJ7A 1BL3A 2F7TA 4FO0A 1QQMA 5BR9A 4U7BA 3U9DA 1S5JA 4GY2B 3ZT1A 4CHQA 4TSXA 3SAHA 1LAWA 3AARA 5AQJA 4H0YB 3VQEA 4DKWA 4W5OA 1EO1A 3PO5A 4LF6K 4JLHA 4DV7K 1T7PA 2QK9A 3AVMA 4H0XB 3WUHA 2EX3A 3MN6A 4CBWA 2E20A 3FZKA 4B9NA 2DY4A 2GX9A 4KH4A 2ZE2A 1IBMK 2Q31A 2Q0UA 4CJTA 1K8KB 2O8FB 5AQKA 3ATUA 4M3XA 3RVCA 3CJCA 4YOTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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