4CK1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck1A00
3SNNA 1D9FA 4M42A 4ZTFA 1NKCA 5HRPA 4NCAA 1KTQA 4B9LA 3HK2A 4H8KA 1MU2A 4E1MA 1U48A 3V9ZA 3KD5E 1T7PA 4J2BA 4FCYA 1BL3A 2D5RA 4DSEA 3AVKA 3SCXA 1LW0A 4OLAA 4CK1A 4AHRA 3KK1A 2YNFA 4CEZA 2EX3A 3AA3A 2P1JA 4Q5VA 1HQUA 4BE1A 3QETA 3V4IA 4M3UA 4CEEA 1U04A 4CJQA 3S9HA 4F8RA 3K2PA 4FJ9A 5J2QA 4J2DA 3NBPA 4FJ8A 4DMNA 4OJRA 3OYNA 2EHGA 4CJLA 4CGDA 4E7JA 4F2RA 1HQEA 1IKXA 5J1EA 3TR8A 3NH2A 3OS2A 1TKDA 2LSNA 1KVCA 2OYQA 2ZD1A 2Z1HA 3HPHA 4E1NA 3B6OA 1RT7A 3DMJA 4FK0A 4KKOA 4M41A 3VQ6A 3MXIA 4ID5A 1TKZA 3VQDA 1JLAA 1TK5A 3L2QA 2ETJA 2O4IA 1LV5A 3ZT2A 2E6MA 1U47A 2HNDA 2KW4A 1NJZA 4DQIA 2ATQA 2A1SA 3AV9A 3THVA 1LWEA 1KRPA 4KHYA 1VRTA 3DYAA 3KIOA 3NFAA 4DU4A 1VSMA 4DFJA 2YNHA 4G1QA 1O1WA 3EYZA 3D45A 1S6PA 4CK3A 4KHNA 1VSIA 3QEVA 3U3GA 3LDSA 1X9SA 4Q0BA 1QS4A 2XO7A 3DRPA 3LZIA 1IG9A 2VWKA 4FM0A 4KRFA 3M8QA 4M3TA 1BCOA 1C0TA 2B4JA 4YNQA 1WSFA 1FKPA 3AVBA 3QNNA 1TK8A 3CYMA 3NF6A 1ZYQA 2YKNA 3MEGA 1J54A 1S1UA 4RW7A 3ZSQA 1UA0A 1YVUA 1Q9YA 1YT3A 3DLRA 2IS3A 3LWLA 3LZJA 4B08A 1JL1A 3PO5A 4FJMA 4RW9A 1ASWA 3CFOA 4CJPA 4CJEA 2RF2A 4CGJA 3L2WA 4I2PA 3DOKA 3OYAA 2XHBA 2PZSA 4OVLA 4DSIA 3ZSRA 4FJXA 4CEFA 3DLEA 4CJSA 4KI6A 3V9WA 1BCMA 3HP9A 5KTQA 3ZCMA 3SZ2A 1BHLA 3PO4A 3KLHA 4LY7A 3AO5A 2NUBA 4FJKA 1UWBA 4PA1A 1TVRA 3QIPA 3AA4A 4AHVA 4E3SA 4CHOA 1JLBA 4H4OA 4BACA 4FLTA 4DF8A 3VQ4A 1R0AA 1RT6A 4FJJA 3HSTB 4I9QA 1I39A 4LSLA 4FJNA 1BQNA 1KVBA 1HYZA 3AO2A 4ZHRA 3I0RA 1S5JA 3HXMA 1IO2A 3P83D 1NK8A 3CFRA 4FK4A 1CXUA 4Z4GA 4FW1A 1EXQA 3PX0A 3ZT4A 3MXMA 5DK5A 3OJSA 1VSFA 1QHTA 3AVCA 4OGEA 4CGIA 4FJLA 2X74A 3U6FA 1S1VA 4BWMA 2YKMA 4E7KA 3IS9A 4B9UA 1J9AA 3DLBA 3NH0A 1NOZA 4KHQA 2QXFA 3KLGA 3ASMA 3NGIA 3HO1A 5I3UA 4FYDA 1GOAA 4E7LA 3NH1A 4B9TA 1NOYA 3H08A 3HVTA 4CEAA 3LP1A 3S3OA 3ZSXA 4E89A 1IKVA 2XRIA 3HVRA 5D3GA 3ZT3A 1BI4A 3QINA 4F4KA 1TAUA 3T1AA 2ZE2A 5K14A 5FRNA 1VSHA 3MXJA 4TSXA 5FDLA 4FW2A 4DTRA 3S3NA 2G8IA 3ITHA 1HJRA 3AVGA 1XHXA 4W5NA 1NJYA 2PY5A 1TL1A 4M3ZA 3QIOA 2BE2A 4RW6A 4F3TA 2P5OA 1EP4A 4H4MA 1SL2A 2QK9A 3OYGA 3ZT1A 4R5PA 4KTQA 4Z4FA 3EY1A 4QCLA 3JYTA 2HHWA 2F96A 4OPKA 4F3OA 3AVHA 1S9EA 1TKTA 1WSGA 3KLIA 3LPUA 3P1GA 1LWCA 3TAPA 3SPYA 1HRHA 4DTPA 3VA3A 2X6NA 2D0CA 1ASUA 3RMAA 3MEDA 3OYDA 1CZ9A 2ZQBA 3OYLA 3TAEA 4CCHA 1BISA 2Y1JA 3PX6A 3SQ2A 3ZSWA 1RBVA 3K57A 3KLFA 5T7BA 3SPZA 1TL3A 2FBTA 2FBYA 1S9GA 4NCGA 3DOLA 3OYHA 2HHVA 1W9HA 2HNYA 1T8EA 2G8HA 1YTAA 4N47A 2BGGA 2RN2A 4ICLA 4LH4A 3AO4A 3NCIA 3AA5X 3ZSOA 3ZSYA 2GBZA 4CHQA 4B9VA 5HP1A 3A2FA 1C0UA 1HPZA 2BANA 4IG3A 1NKEA 3DM2A 1NK9A 2OPRA 4CHZA 2KZMA 4NCBA 1VK0A 4N56A 3LWMA 4DQQA 4ID1A 4IKFA 4FLZA 4CGHA 4HTUA 2GV9A 1JXEA 5FROA 4CJUA 3HPGA 1RTDA 2HHQA 4OKEA 2FBVA 5KGWA 4AHCA 3OYIA 4AHTA 5J2MA 4O5BA 3SQ4A 1VSJA 3K58A 4CJFA 5HRSA 4KV8A 3K5OA 4JS4A 2Y1IA 3G0ZA 1A5VA 4O4GA 4DLGA 1U45A 3OYEA 4CHYA 4CF9A 4DSKA 1ZBFA 4N76A 2OPSA 3QERA 3LALA 3QESA 2FBXA 3C6UA 1T05A 2YHBA 3KJVA 1B9DA 4QAGA 3C6TA 3V1OA 4FM2A 2G8WA 2OZMA 1XWLA 4FLXA 2OZSA 3TARA 1RT2A 3B6PA 1NJXA 4DSJA 1Z26A 4CEDA 4LSNA 3O3GA 4HUEA 4EP4A 3RMBA 3LANA 4IFVA 2XY5A 1BQMA 3DLKA 3QLHA 3M8PA 1CXQA 3CM6A 4KFBA 3OYFA 3HJFA 1XHZA 4CJRA 1J5OA 1X1PA 2KZZA 2KTQA 4FLUA 3V1QA 4FZYA 1RT1A 1L3VA 1RTJA 4CE9A 1LWFA 5HRNA 3LAKA 3OJUA 3KLEA 3VQBA 2HHSA 4HUGA 1NJWA 4EP5A 3VA0A 3PY8A 4MFBA 2A1RA 4Z4HA 1TV6A 2BDPA 4I9LA 2IDOA 3TWHA 1RTIA 5CZ2A 4CF8A 3WNGA 4W5TA 3V9SA 1DLOA 2YNIA 3K5MA 3RR7A 4FJ5A 3AVMA 1XC9A 4DSLA 4W5RA 3VQPA 4AH9A 2IAJA 1GOBA 4Y1DA 1G15A 4KTWA 5SZTA 4JS5A 2I5JA 1ZBLA 1EX4A 4YFUA 3DLHA 4K8XA 2YV0X 3SV4A 4Z4IA 1RNHA 1SKRA 1C1CA 2KFNA 2E6LA 3PX4A 4Y1CA 1VSLA 4CF0A 4BDYA 4FLYA 4JLHA 4MQ3A 5C24A 1Z25A 4CF1A 1HYVA 3O4QA 2Q3SA 1X9WA 4PUOA 3NE6A 3K5NA 1BIZA 2VG6A 3VQ5A 3HM9A 4EZ9A 1L3SA 3C95A 4IDKA 4NYNA 3TAGA 3NF9A 4PY5A 1FXXA 4GW6A 1D5AA 2HNZA 3VN5A 3DI6A 2HHTA 1NK4A 3O3HA 1KVAA 2VG5A 5KGXA 3I8DA 2F8SA 4W5OA 4FM1A 2DFHA 3VQCA 3V9XA 5JS1A 1U4BA 4GMJB 4C8MA 1RTHA 3NF8A 3U3YA 1RBSA 4KB1A 2P51A 5KRSA 4CJ3A 2WOMA 1VSDA 5C42A 5CYMA 1NK0A 1KFSA 2DY4A 4I7FA 3L8BA 3WNFA 1SL1A 3ISNC 2F8TA 2B6AA 3VQEA 1J53A 5I42A 3QEPA 1S1WA 1WSJA 3NAEA 3V9UA 4DSFA 3RMDA 4KHSA 4CIGA 4N5SA 1WSHA 3G10A 1EKEA 2YHAA 4DG1A 1YTUA 1QTMA 1FK9A 3HL8A 3SUPA 1B92A 3M8SA 3WNHA 3QEXA 1SKWA 3AVIA 3L2RA 4CIEA 5EU7A 4QOZB 3AVAA 4O0JA 3LPTA 4ZTJA 2KFZA 3KKRA 4OKJA 3KK3A 3TI0A 4DFKA 1WN7A 4CGGA 5DMRA 3T3FA 3SQ0A 2VWJA 1NKBA 4CJ4A 2PYJA 4DTXA 1Q8IA 1RDBA 3V6DA 4KI4A 2P5GA 4AHUA 1VSEA 1Q9XA 1LAVA 5JS2A 1EETA 1SV5A 3LAMA 4JRPA 1W0HA 3UIQA 2B5JA 4FJGA 3VQ7A 1BGXT 5CZ1A 4DTNA 1WSIA 4CJTA 3L3VA 3CM5A 2X78A 4PQUA 3AA2A 2D0AA 1TAQA 4B8CA 3SUQA 2E4LA 1HNVA 4CFBA 3OS0A 4CEBA 3RMCA 4K8ZA 1IKWA 4FZXC 1S1TA 4CJ5A 1WSEA 3FFIA 3C94A 3OS1A 1KFDA 4CK2A 4M3YA 1IKYA 5CYQA 3KKSA 2OPPA 1BIUA 2XY6A 3VQQA 4BDPA 1GOCA 1QSYA 2YNGA 3P5JA 1KCFA 3OYBA 3TAQA 4L8RB 2DTUA 1NK7A 1S6QA 2IGIA 3SI6A 5E41A 4GVMA 1NK5A 4DTMA 1A5WA 4RG8A 1LAWA 1IH7A 3QEWA 3O3FA 3ZSVA 5SWMA 4DTUA 3SJJA 1T03A 2D0BA 3VQ9A 4DTJA 2HB5A 3BGRA 4JRQA 1JXBA 3OYJA 3I0SA 4B9MA 3AVFA 3LP2A 1K6YA 1QE1A 3TABA 1JLFA 3AVLA 4W5QA 4PWDA 2HW3A 4B9SA 1TKXA 4M45A 4M3WA 3HYFA 2HVHA 2AJQA 1HYSA 4DFPA 4IFYA 1TK0A 3F9KA 4DWIA 1C1BA 4M3XA 4WE1A 3OY9A 4FJ7A 4J2EA 4DS4A 2HHUA 1KLMA 5J2PA 4FLWA 4UQGA 4KTZA 4CJKA 1ITGA 1QSLA 2PYLA 2QKKA 2Z1GA 1SKSA 1HNIA 3AO1A 1ASVA 3CFPA 4B9NA 4N41A 1HMVA 4XIUA 4DQRA 4E7IA 1U49A 4Z4CA 1RBRA 1C0MA 2JLEA 3RWUA 3OVNA 1TGOA 4OKKA 5HRRA 4FJIA 4C8NA 4CJVA 4OLBA 1RBTA 3AVNA 4FZZA 4DU3A 3SQ1A 1D8YA 1F21A 2RPIA 3K5LA 3L2UA 4DU1A 1JLCA 1N5YA 4J2AA 1CZBA 1RBUA 3RR8A 1RT4A 1S1XA 4KPYA 4FJHA 4KHWA 2KQ2A 2RKIA 4HUFA 1RILA 2X6SA 2WONA 2GUIA 4I2QA 4Z0UA 3E01A 4BWJA 4CHNA 5KRTA 1WAFA 4CJWA 4E19A 3TAFA 4Z4EA 2XY8A 1BI4B 5HROA 3TAMA 4DFMA 4DQSA 1QSSA 4KAZA 4CFDA 2OA8A 4CESA 1RT5A 3IAYA 4CEQA 2G8UA 1RT3A 1JKHA 1JLEA 4ELTA 3KD1E 4O55A 2G8KA 3BDPA 3HP6A 3L3UA 3HPOA 3IG1A 1B9FA 1SUQA 2VG7A 3LP0A 5J2NA 1KSPA 3VQAA 3HT3A 3DLGA 4DTOA 3S3MA 1FKOA 4C8KA 2DFFA 3NDKA 3PV8A 4F2SA 3RRGA 1JL2A 4KHUA 1DTTA 3RTVA 5CY4A 4CF2A 5KI6A 3T19A 3EZ5A 1RDAA 2Z1IA 1L3UA 2JGUA 3JSMA 3VQ8A 3KTQA 2HMIA 4LH5A 1ZBUA 1RCHA 3O4NA 4HCBA 1UOCA 2DFEA 1DTQA 1WAJA 5HBMA 1ZBHA 1CLQA 4DTSA 1UAXA 3AVJA 3WNEA 2Z1JA 1WLJA 3TANA 4RW4A 3K59A 4CGFA 3CG7A 4C8LA 1ZBIA 3F73A 1JLGA 1REVA 3RRHA 3LP3A 3SUNA 4BDZA 3KK2A 3SV3A 3OYCA 4ELUA 3OYKA 1D9DA 3D0PA 3MAQA 3M8RA 4FXDA 4CFAA 1RDDA 4O44A 1NK6A 4FVMA 1C6VA 1LW2A 3V1RA 1L5UA 4NYFA 1WNSA 3NGYA 4M3RA 4C8OA 4KREA 3SYZA 2FC0A 4BE0A 4DLEA 4CERA 3QEIA 3NGZA 4HVJA 3DRRA 2IC3A 4FLVA 3V81A 4AHSA 1JLQA 1VRUA 2IOCA 2ITGA 1A5XA 4IBNA 4CECA 4CFCA 1I3AA 4CEOA 3OYMA 4E7HA 4DF4A 2XY7A 3SUOA 3PUFA 4ELVA 4DS5A 4HCCA 3ZSZA 4OGCA 2OPQA 4LD0A 4O0IA 1VSKA 4E0DA 2W42A 3NF7A 1X9MA 4EZ6A 4AILC 5HLFA 1L3TA 2O4GA 3QO9A 1KLNA 2HHXA 3MECA 4CIFA 2R7YA 4BE2A 4CHPA 4KB0A 4DQPA 1RDCA 1N6QA 3L2VA 4FK2A 2G8VA 1QQCA 4B8AB 3NHGA 1XI1A 1C1AA 4IG0A 3CQ8A 2HVIA 3ULDA 3QNOA 3MEEA 3ZT0A 4KO0A 3IRXA 3DRSA 4OPJA 1Y97A 4HHTA 4B3OA 1UA1A 5C25A 1SL0A 4RW8A 5FRMA 2G8FA 3AO3A 3ALYA 2QKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EE8A 5EOYA 3O9SA 5JICA 1D9FA 4M42A 4NCAA 4KH6A 1FW6A 2O8CA 1U48A 3V9ZA 2D5RA 4CK1A 3RSEB 4LF8K 3AA3A 2P1JA 2O8BB 1HQUA 4CEEA 1DEJA 4IOCL 3S9HA 4UY8O 4F8RA 4DMNA 4K41A 4OJRA 4X62K 3ENBA 1YAGA 4JK8A 4F2RA 2Q36A 1IKXA 3NH2A 3OS2A 3CXCM 2ZD1A 3HPHA 1XMQK 3DMJA 5AQIA 3OHRA 2ETJA 1LV5A 3HM8A 2KW4A 3CJBA 1NJZA 2ATQA 1YJWN 1VQMN 3NFAA 1OH7A 3SAFA 2YNHA 3KWIA 4OPAA 4KHNA 1GLDG 3LDSA 4Q0BA 1QS4A 3ZX0A 2XO7A 4O8UA 1ZXOA 3VEXA 2F9WA 2B4JA 1FKPA 3DXMA 2YKNA 3MEGA 3AGKA 4RTFD 3DLRA 3LWLA 3I55N 3LZJA 4BRCA 5FPEA 1ASWA 2RF2A 3CC2N 3DOKA 3J8AA 4CI6A 5KTQA 3PO4A 1T3VA 4GNIA 2ZWHA 4YORA 5JLHA 4LY7A 3J80O 1E4GT 2Q1NA 4YOVA 3AA4A 1NMDA 4A2BA 1HKCA 3HSTB 1I39A 4FJNA 3AO2A 3HXMA 1S5JA 1CXUA 2NRWA 1EXQA 4BRDA 3PX0A 1S72N 4BQLA 4OGEA 3O9RA 2KKZA 3U6FA 2YKMA 4B1XB 1NOZA 2QWNA 3ASMA 3NGIA 3H08A 4CEAA 4U7BA 3ZSXA 1IKVA 4WQ5A 3HVRA 5D3GA 1BI4A 3QINA 4BC3A 5FRNA 5K14A 1VQ9N 4LC9B 3I8BA 4DTRA 4FW2A 4BRGA 1W7AA 2PY5A 1TL1A 3A8YA 4F3TA 2P5OA 1SL2A 4BQZA 3OYGA 4KTQA 2HHWA 4F3OA 3LPUA 3ZETB 3VGLA 3TAPA 3RMAA 1IBKK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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