4CK3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ck3A00
1SKWA 4HUGA 1F21A 4CGGA 3SUQA 3SNNA 3HYFA 3HPOA 4CJTA 3HVRA 2OZSA 1D5AA 1CXQA 4IG3A 3RMAA 1IKYA 1SV5A 1RT3A 1XI1A 1RILA 2HMIA 2IOCA 3NBPA 2GUIA 2HHWA 4DQSA 3L2RA 4DSLA 1KLMA 4OGEA 3QIOA 3U3GA 2NUBA 2GBZA 4B9TA 4FJMA 1DTQA 2WONA 3AO2A 4HUEA 1RDCA 1TK5A 4N76A 1HQEA 2HB5A 2LSNA 3I0RA 4CEOA 3VQQA 1BGXT 4CF2A 3NGYA 5CYMA 3SQ4A 3NF6A 1NKBA 3DLBA 1NJZA 3OYJA 1JLFA 1R0AA 3PX4A 3HL8A 1BQNA 3P1GA 1QS4A 4Z4FA 1SKSA 2DY4A 1C0UA 3KLGA 2P5GA 4Z4IA 2RF2A 3ITHA 5HRSA 1BISA 2HVHA 3KD1E 1U49A 3V1QA 1NKCA 4AHVA 1FK9A 2FBXA 4DWIA 2ZD1A 4Q5VA 3RR7A 3QLHA 1A5XA 1HYVA 1CXUA 4FLZA 3S3OA 3IAYA 2X6SA 1HNIA 1HMVA 4FJGA 2VG5A 3LDSA 1TL3A 1DTTA 4JRQA 2OPRA 1IKXA 3LZIA 4KI4A 5HRNA 3NH0A 4W5NA 2YNFA 4NCGA 4C8KA 4OLAA 4M3UA 4ICLA 3LAKA 3L2QA 3ZSVA 1N6QA 3DYAA 1O1WA 5E41A 3TWHA 3HXMA 2BGGA 4O5BA 4EZ9A 4CK2A 3ZSYA 4AH9A 1D9DA 3DOLA 3IRXA 4CJUA 3TAPA 4EZ6A 2EHGA 5J1EA 3VA0A 1VSJA 4ZTJA 4F4KA 3K58A 1S1TA 1JXBA 1RTJA 4ID1A 4O55A 3MXIA 3SYZA 4ZHRA 1HNVA 1RTHA 3TI0A 1TKZA 3O3FA 3AA2A 4FM0A 4FK0A 2F8SA 1MU2A 4FJXA 2YHAA 4BACA 1KTQA 1ZBHA 1DLOA 4DU3A 2YKMA 3VQCA 4FLXA 4FLWA 4IBNA 3V9ZA 4J2BA 1EX4A 3QEXA 4OKEA 3TARA 4LSLA 3M8SA 4C8MA 1RT4A 1VSMA 3AVJA 1YTUA 5DMRA 3DM2A 1T8EA 3CFRA 2HNDA 2IAJA 1GOAA 2D0BA 3OY9A 4QAGA 1TK0A 3DLKA 1KVAA 1BIUA 4OGCA 5DK5A 4KB0A 3JSMA 4KB1A 4BWJA 3VQPA 4CHQA 4JRPA 4DTSA 3LP0A 5C25A 2E6LA 2YV0X 4O44A 3VQBA 3SV4A 3QEIA 2OYQA 1UAXA 1WAFA 2Q3SA 2YKNA 4CJSA 3TANA 3L3VA 2HNZA 3S9HA 4DU4A 2DFEA 4KKOA 4CEAA 4E7LA 3QEPA 3IG1A 3M8RA 4DTOA 4M45A 3B6OA 3HM9A 1IKVA 2XHBA 1RTIA 4CFAA 3ZT2A 4B8CA 2D0CA 2DFHA 4Z0UA 4CFCA 3A2FA 2QKBA 4DMNA 3L2WA 3LPTA 1GOCA 3ZCMA 4Z4HA 3M8QA 3IS9A 4DSEA 4FJLA 3OYFA 4B9MA 4BDZA 1LAVA 5J2NA 1TAUA 5KGWA 4CJEA 4BDYA 2ZE2A 2G8UA 4IDKA 4LSNA 1ZBUA 3OYEA 3P83D 1JLCA 3F73A 4AILC 4FK2A 1LWFA 2VG6A 4HTUA 1LW0A 3I0SA 1L3TA 3HSTB 1UA1A 4CEDA 4CF1A 4F2SA 4CJVA 1TV6A 4EP4A 2JLEA 1S1XA 3NDKA 1KSPA 3V1RA 4CJRA 1T7PA 4CHPA 1NJYA 4KV8A 1RBVA 4NYNA 5J2MA 1TGOA 3K59A 3TR8A 1RBUA 4C8OA 4CJPA 4Z4CA 1T03A 1I3AA 5HRPA 2DFFA 1WAJA 4B9LA 3D45A 2GV9A 3RRGA 4GVMA 2OPPA 3KLFA 3RTVA 4B08A 3UIQA 2QXFA 5SWMA 3KKRA 4DTJA 1ASWA 1BIZA 1UA0A 5K14A 1HPZA 3ZT3A 3VQ9A 2BDPA 4FJKA 2I5JA 3OYGA 1S1VA 1VSKA 3SZ2A 1LV5A 4PWDA 4FJ8A 4BDPA 4CECA 3ZT0A 1NKEA 2G8HA 4O0JA 4FZXC 4W5QA 4Q0BA 1ZBIA 2FBYA 3VQDA 2YNGA 1BL3A 3K5MA 3ULDA 4E7IA 4OJRA 4M3TA 1LW2A 4E1NA 5FDLA 4CJWA 1C6VA 4I2QA 4KHNA 2OPQA 2Y1JA 1BI4B 1B9DA 1W0HA 1WSJA 3MEGA 3VN5A 3WNGA 1D8YA 2ATQA 4GMJB 4DSKA 3ZT4A 4E3SA 2HHXA 1U47A 1VRUA 4BWMA 1C1CA 3PUFA 4JLHA 3QNOA 3KKSA 3DLGA 4KI6A 4OVLA 1ASVA 3V9UA 3SPZA 4CEFA 3SQ2A 3ZSRA 1RTDA 1ZBLA 1L5UA 3DRPA 3WNEA 3K57A 3AV9A 1RT7A 3HPHA 3AVCA 3KLHA 1YVUA 4DQIA 4N47A 3RMDA 1VSDA 3TAEA 4CCHA 1C1BA 1WSHA 4I7FA 4ID5A 3KD5E 5CZ1A 3V1OA 3NH1A 4JS4A 3SCXA 2ETJA 4DTRA 1L3VA 2B5JA 3RRHA 3QNNA 2E4LA 5HRRA 4CEZA 5SZTA 4IG0A 2KTQA 4Y1CA 1X1PA 1ZBFA 3TAMA 1YTAA 1VSHA 4IFYA 3TAQA 3AVAA 3MEDA 3QINA 4FVMA 2Z1HA 3V9SA 4H4OA 3HT3A 1A5VA 4O0IA 2VWKA 4QOZB 3AVGA 1UOCA 2RN2A 2G8WA 1TK8A 4NCBA 2ZQBA 3AVBA 3VQ7A 4CJQA 3MAQA 2KZZA 3HP9A 4CHOA 3AVLA 4MQ3A 1RBSA 3EYZA 4FLYA 4DF4A 1SKRA 4RW7A 1WNSA 4CF0A 2XO7A 4FJ7A 4F8RA 1IKWA 4GW6A 5KRTA 3NH2A 4M3YA 4KRFA 1KCFA 1RT6A 5CY4A 3H08A 3V6DA 4KREA 1S6QA 1YT3A 4K8ZA 1LAWA 1RDBA 2BE2A 3VQ4A 4KTZA 3K5NA 1QSLA 3C6UA 2RPIA 5EU7A 3L2UA 4MFBA 4AHRA 4DSJA 4N5SA 1FXXA 1Y97A 4XIUA 2PZSA 4W5TA 4E0DA 3PO4A 4KPYA 2HW3A 3TABA 1Q9YA 1JL2A 4NYFA 3PO5A 2DTUA 5KTQA 4FLUA 1N5YA 2D5RA 3K2PA 3AO3A 3K5OA 3CYMA 4CGJA 1Z25A 4RW4A 2YNHA 1K6YA 4CIFA 4DU1A 3V81A 1XWLA 4I9LA 4CJKA 3ALYA 2P5OA 3ZT1A 1U4BA 1KVBA 1S1UA 2QK9A 1RT1A 3SI6A 3LP1A 4CERA 4Z4GA 1LWCA 3DLRA 3DOKA 3HO1A 5I3UA 3OYAA 2PYJA 3LALA 4WE1A 1WLJA 2X6NA 4E7HA 3L2VA 4DSIA 3KK1A 1FKPA 3U6FA 4KHQA 2JGUA 3M8PA 4W5RA 3KLEA 5CYQA 3LWMA 3RWUA 5FRMA 3QIPA 3NF9A 2IS3A 4G1QA 4LD0A 3SQ0A 4OPJA 3NFAA 4BE2A 3KK3A 3VA3A 1XC9A 2G8KA 3FFIA 4RW9A 2XY5A 1VSEA 3SPYA 3I8DA 4F3TA 1FKOA 4I2PA 4FLTA 3OYDA 2XY7A 1X9SA 1WSFA 1WSEA 4E7JA 2AJQA 1TL1A 1HJRA 4CHZA 4CGIA 2B4JA 4KHWA 4YFUA 1EKEA 4F2RA 3G0ZA 3DMJA 3HPGA 3AVFA 3DLHA 3O4QA 4CHYA 2OA8A 4W5OA 4CESA 1QSSA 1Z26A 4FJIA 5KI6A 4DTXA 1JLQA 3NE6A 4HHTA 1X9MA 1U04A 1NK9A 4CEBA 4CGFA 3OS0A 4DFMA 2X78A 3ASMA 4E19A 4DLEA 5FRNA 1BHLA 4N56A 2KZMA 5HROA 4E1MA 3CFOA 3D0PA 3WNHA 2HHQA 4RW8A 2X74A 1IG9A 3TAGA 1G15A 4OKJA 4RG8A 4AHSA 1VRTA 3C95A 3OS2A 3EY1A 1C0MA 4R5PA 3K5LA 3RMCA 3MXMA 4DTMA 2YHBA 1TKDA 1NK7A 1HQUA 1X9WA 1ZYQA 3LP3A 1JXEA 4J2DA 1J9AA 4CJ4A 3NCIA 3KJVA 4IFVA 4CEEA 1IO2A 4HCBA 4FM2A 2KFZA 4H4MA 3PX0A 1BI4A 3QEVA 4M3RA 1BCMA 1BQMA 3T1AA 2B6AA 3VQ6A 4CJ3A 4B3OA 3PY8A 3RMBA 2HHVA 3RR8A 1VSFA 1RT2A 1TAQA 3LAMA 5KGXA 2HNYA 4NCAA 3KLIA 3AVMA 3OYHA 2A1RA 3S3NA 1S6PA 4K8XA 4KHSA 1TVRA 1S1WA 2Z1IA 4YNQA 2BANA 3NHGA 1IH7A 3OYMA 3SV3A 1NOYA 4FJ9A 1CLQA 3AA4A 1EXQA 1KFSA 4J2EA 4FK4A 4B9VA 2XRIA 3LWLA 4N41A 5J2PA 4FLVA 1NK4A 1RBTA 5C24A 1WSIA 2R7YA 1NK6A 1ITGA 4FZZA 4E7KA 4DSFA 3ZSZA 3V4IA 3E01A 1RBRA 3DLEA 3O4NA 4FJHA 4EP5A 3DRSA 1VSLA 3OYIA 2IDOA 1B92A 3OJUA 4DFPA 3MXJA 2HHTA 3LZJA 1A5WA 1T05A 1XHZA 3SUOA 3JYTA 3AA5X 3LP2A 3KK2A 3QESA 4CK3A 3F9KA 4CEQA 2IC3A 3QERA 4L8RB 3EZ5A 3C6TA 1NJXA 3AVIA 1TKTA 4QCLA 2O4IA 4KO0A 2A1SA 4C8NA 4DQQA 1VSIA 4KFBA 2XY6A 4FCYA 4FJJA 2Y1IA 5HP1A 1JLBA 4DG1A 4CHNA 4DFKA 1J53A 1U45A 2FBVA 3AO1A 4PA1A 3ZSXA 4DTPA 2VG7A 1XHXA 3MECA 3P5JA 1UWBA 4M3WA 3AVHA 2O4GA 4DLGA 5D3GA 4CJLA 2WOMA 1J5OA 4DTNA 3NF7A 4KTWA 3T3FA 3C94A 4E89A 1S5JA 2OPSA 2HVIA 3VQEA 4JS5A 4DQPA 3AO5A 1GOBA 5T7BA 4LY7A 4CIGA 4DS5A 1BCOA 2F96A 3PX6A 2FBTA 3ZSOA 2ITGA 1KFDA 2KW4A 1JLEA 3SUPA 5JS2A 4KAZA 3CM6A 1KLNA 3T19A 4KHYA 4AHCA 2KFNA 3OVNA 4CFDA 5KRSA 4C8LA 3V9WA 1W9HA 3PV8A 1JLGA 3L8BA 5I42A 5HLFA 4DTUA 1D9FA 3QO9A 3HJFA 1HRHA 2P51A 3O3GA 3AVKA 3WNFA 3OYKA 4DF8A 3THVA 1U48A 4B9SA 3MEEA 2HHUA 1VK0A 1QHTA 3AA3A 5HBMA 2EX3A 2YNIA 3ZSWA 2F8TA 4OKKA 4ZTFA 4CF8A 1QQCA 4FM1A 1RT5A 4M42A 3VQ8A 4CF9A 2G8FA 2W42A 1QTMA 1NJWA 3ISNC 1NOZA 1SUQA 3KIOA 4B8AB 4B9NA 4CJ5A 4F3OA 1RNHA 2Z1GA 4OLBA 4DS4A 4ELVA 1SL1A 3BGRA 2G8IA 3CG7A 3SQ1A 1ASUA 3G10A 1C1AA 3QEWA 1L3SA 4CJFA 4B9UA 1CZ9A 4LH5A 4TSXA 3V9XA 4OPKA 4UQGA 2RKIA 5FROA 4M3ZA 2E6MA 3ZSQA 3OYLA 4I9QA 4HVJA 4ELUA 1RDAA 4Y1DA 1RCHA 1I39A 4RW6A 3LPUA 1QSYA 1J54A 3QETA 4CK1A 5JS1A 3SUNA 1B9FA 1NK8A 4PUOA 1HYSA 3DRRA 2G8VA 1SL0A 4ELTA 4BE0A 2IGIA 3HVTA 4HCCA 2XY8A 3NF8A 1S9GA 3U3YA 2Z1JA 4CE9A 4FZYA 4Z4EA 1RDDA 2D0AA 1REVA 2P1JA 2OZMA 3VQ5A 5CZ2A 1WSGA 3O3HA 3AVNA 1QE1A 2KQ2A 4CGHA 4FW2A 3CFPA 3TAFA 1NK5A 4KTQA 3OYCA 4DQRA 3OYBA 4AHTA 3CM5A 4AHUA 3SJJA 2PYLA 3KTQA 2PY5A 3AO4A 4FJNA 4FXDA 1C0TA 4FW1A 3VQAA 4IKFA 1JKHA 4J2AA 1S9EA 3OJSA 1JLAA 3S3MA 3NGIA 1Q8IA 3B6PA 3HK2A 4H8KA 3OS1A 1L3UA 1NK0A 3BDPA 3LANA 3HP6A 2HHSA 4DFJA 1HYZA 4M41A 3DI6A 1KVCA 4CIEA 2VWJA 4BE1A 3OYNA 1Q9XA 1WN7A 4CFBA 1SL2A 4CGDA 4KHUA 1TKXA 1EP4A 1EETA 4HUFA 4O4GA 3CQ8A 1KRPA 2FC0A 2QKKA 1LWEA 5C42A 1CZBA 4FJ5A 4M3XA 4PY5A 5J2QA 4PQUA 3L3UA 4FYDA 4LH4A 3NAEA 1JL1A 3NGZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GDQA 3HYFA 3HVRA 1CXQA 1XI1A 4BRNA 4CZEA 1N34K 2IOCA 3EE9A 3ENBA 1BOTO 4JI6K 2YCHA 2QTDA 2VWBA 1DTQA 4N76A 3ULEA 3OYNA 4CF2A 1OH5A 3NGYA 3NF6A 1YVNA 3OTOK 2O8EA 2H3GX 1HLUA 3C6AA 4EIAA 3P1GA 3ITHA 2NRTA 4YDUC 2E2PA 3KD1E 1U49A 3V1QA 1FK9A 2FBXA 4Q5VA 1O13A 3EZWA 3KWGA 3LDSA 4JRQA 4LF4K 2E20A 2YNFA 4C8KA 4M3UA 3LAKA 2O8CA 3ZX3A 1O1WA 4MDAA 4H03B 4CK2A 3DOLA 3IRXA 4CJUA 4EZ6A 1Q18A 4ZTJA 3SLCA 3MXIA 1IG8A 2V7ZA 1MU2A 3UKUA 4BACA 1KTQA 4FLXA 3V9ZA 4J2BA 2F9TA 2HBKA 3G25A 4LSLA 2BUPA 3MN7A 1RT4A 4A2AA 3DM2A 3EKSA 5AQGA 2HNDA 1GOAA 3DLKA 1KVAA 4KB1A 3O9UA 2RE2A 4BR5A 3VQPA 4DTSA 3Q7CA 3LP0A 1DT9A 3TANA 2YKNA 3L3VA 5BN8A 3MK6A 4E7LA 4ISFA 3O9SA 1S72N 1K8KA 4DTOA 2WC9A 3B6OA 5HOOA 4B1ZA 3ZT2A 4B8CA 2D0CA 2DFHA 4BG8A 1N8RO 3W0LA 1GOCA 3M8QA 5AQWA 3IS9A 4FJLA 5CR4A 3U9DA 3VEYA 4IDKA 3F73A 4AILC 4B3SK 2VG6A 4HTUA 1LW0A 3I0SA 1KC8O 3HSTB 4DV4K 2CH5A 4EP4A 4A5AA 1S1XA 1KSPA 3UKRA 4JN4A 4KV8A 4BRHA 4NYNA 2ZJPL 4Z4CA 4GKKK 1C0GA 3D6RA 3CJ1A 4B9LA 3TPQA 2ZJQL 2WFBA 2WUSA 2QXFA 3O5BA 5SWMA 3K9KA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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