4DB3A

1.95 angstrom resolution crystal structure of n-acetyl-d-glucosamine kinase from vibrio vulnificus.
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
NLYFQSNAMYYGFDVGGTKIEFGAFNEKLERVATERVPTPTDDYPLLLETIAGLVAKYDQEFACEGKIGLGLPGMEDADDATVLTVNVPAAKGKPLRADLEAKIGRSVKIENDANCFALSEAWDEELQDAPSVMGLILGTGFGGGLIYEGKVFSGRNNVAGELGHMRLPLDAWFHLGDNAPLLGCGCGKKGCLDSYLSGRGFELLYAHYYGEEKKAIDIIKANAAGDEKAAEHVERFMELLAICFGNIFTANDPHVVALGGGLSNFELIYEEMPKRVPKYLLSVAKCPKIIKAKHGDSGGVRGAAFLNIKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-acetyl-D-glucosamine kinase from Vibrio vulnificus.
rcsb
molecule keywords N-acetyl-D-glucosamine kinase
molecule tags Transferase
source organism Vibrio vulnificus
total genus 102
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.7.1.59: N-acetylglucosamine kinase.
pdb deposition date 2012-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4db3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4db3A02
3EO3A 2AP1A 2YJEA 3H45C 2ASPA 3WXKA 3LL3A 3L4IA 1HX1A 2HF4A 3O8MA 2F9WA 3KHYA 5EXWA 4MO4A 5F2RA 1Q18A 4FWSA 3H3NO 1MA9B 4CZMA 3O4WA 1K8KA 2ASMA 2PAVA 4FOIA 2A42A 3WUHA 1ZBSA 3CJ7A 3EZWA 4CZJA 1KAZA 4PKGA 2ZWHA 1GLDG 2CH6A 3KVGA 1QQMA 2E88A 3D2FB 4XH4A 2E2QA 2D4WA 1GLFO 5AQGA 2FSNA 3TPQA 4PL8A 4DQ8A 1LOTB 3G25A 2H3GX 2KHOA 1BDGA 2IVOA 1KAYA 1DGKN 3AAQA 4BR5A 2P9UB 5B8HA 4ISFA 2GTDA 5BPNA 2I7PA 3GL1A 3SJHA 2GUPA 1ZXOA 4BROA 4CZGA 4BRDA 1V4SA 5KQ8A 4PKHA 3U9DA 2CGJA 2ZF5O 5EX5A 5AZJB 5JMVA 4RWTA 4M7XA 2F9TA 2FLOA 3ZEUB 4CJ7A 3HM8A 4EHUA 4FWRA 2E2NA 5AQYA 2FXUA 2E1YA 3DWLA 3EKUA 2QWNA 3WQUA 3RSEB 4AM6A 4Y0WA 2P9PB 1QQNA 2E2OA 5AZIA 3MDQA 3CJ1A 4H5VA 1QQOA 1NBWA 4IO8A 1BA1A 1QHAA 4H5TA 3QDKA 1KXPA 5AFUH 1JCFA 3TU5A 5AFUA 4WQ4C 4B1ZA 3FZKA 4BQZA 4EFHA 5BRFA 3DJCA 2YCHA 2YHYA 1HLUA 1NGEA 2A5XA 1XC3A 4QS7A 2J4RA 2P9KA 4FWMA 5BREA 3A8YA 2GWJA 3JXUA 1S22A 5I9EB 5KQDA 3VGMA 1TYQA 2Q2RA 4WQ5C 5AQFA 3C7NA 4E1JA 3MK6A 3BP8A 4HWIA 3QBWA 1U2VB 3GDQA 3FGUA 3ID8A 3J8AA 3QMLA 3MCPA 3VF2A 4BC3A 5ELZA 1XQSC 1SQKA 3B8AX 3CJBA 5AQVA 3UB5A 1YAGA 4A2BA 4AM7A 2DPNA 2ZGZA 4FOEA 1Z05A 4A2AA 3HBTA 4JD2A 4B9QA 4FO0A 2QWMA 4ISGA 3UKRA 4BG9A 3WQTA 4EIAA 3CQXA 3FZHA 4BR4A 5BRDA 3R8EA 3MN7A 3CQYA 1CZAN 1NGDA 1GLBG 5AQIA 3H46O 4FPAA 1K8KB 3FR0A 4FWKA 1V4TA 4FWPA 3BEXA 3VPZA 4CD3A 1D4XA 3MN5A 2WUSA 2Q36A 3ENOA 3MMVA 3WEEB 3ENHA 4BG8A 4MLEA 4XEIA 5CE3A 4BRGA 3VEVA 1JCGA 3DXMA 1BU6O 2VWBA 2GEMA 4H5RA 4MLHA 4BRAA 1TUYA 3LM2A 4BQLA 2HOEA 4PL7A 1XUPO 5AQKA 2PBDA 5AQOA 5AQXA 3O80A 2Q0UA 4K41A 2E20A 2P9LA 3VOVA 4JHDB 4IJNA 4GY2B 5AQHA 4BRLA 2QXLA 4JAXA 5AR0A 3ZETA 1NGHA 3VEYA 4KBOA 2V7YA 2FF3B 3LM9A 1T44A 4K43A 1R59O 4IXCA 3EKSA 4O8KA 4RTFD 4O5FA 5AZIB 1BOTO 1WUAA 1IG8A 5KPRA 3SMPA 5LJVA 1T6DA 1JCEA 3M6GA 4B1UB 2NLXA 3VEXA 1NLVA 2HMPA 2CGKA 3SMSA 5AQPA 2Q0RA 2P9KB 5EVZA 4IWVA 2A3ZA 1H1VA 3CERA 5AQTA 4CZHA 4BRQA 2AA4A 4CZIA 4H5WA 1C0FA 2Q1NA 3MN6A 3HSCA 3GE1A 3DAWA 3C7NB 3DXKA 3CETA 1DKGD 1YXQA 2HF3A 1QZ6A 3ZX3A 5TKYA 1ATSA 5AQJA 1IJJA 3U4LA 1DEJA 1MDUB 3O1BA 4DHYA 4YDUC 2ITMA 3LDPA 3A5NC 4JD2B 3D2EB 3O5BA 4BR0A 5LY3A 4BC5A 3O6WA 2QWRA 3VENA 3UKRB 4L3QA 3EN9A 2IVNA 3WXIA 4H0YB 2QWPA 3A5LC 5BPMA 2FSJA 3R6MA 4K42A 3VETA 1GLAG 3VGKA 4BRHA 3QFUA 3FZLA 1Y64A 3LDOA 5F0XA 2P9NB 5FPNA 3GOIA 2Q31A 3CJ9A 5BR9A 5JLFA 1YVNA 5FPDA 5ADXH 5AQLA 2D1KA 5ADXA 3AAPA 2P9UA 3LDQA 3DXMB 1HKBA 1NGCA 4CBWA 1NGBA 1GLCG 3ATVA 4WQ4A 1NWKA 3C0BA 4CZLA 4EAHD 4EHTA 1U6ZA 4J8FA 3ZEUA 1NGAA 4PKIA 4M63C 4H5NA 3RSEA 3ZETB 5AQQA 1HJOA 4WQ5A 3LDLA 3HI0A 4CZFA 4DCHA 5EY4A 3QICA 4IZ9A 1C0GA 4F9OA 3M1FA 4GNIA 4MO5A 4B1WB 5E26A 4H0OA 4CBUA 1T6CA 1J6ZA 2A6AA 5FPEA 1HKGA 1GLEG 5EOYA 3GG4A 2E1ZA 4BGBA 4FWOA 3L6QA 3MN9A 1GLLO 3WXJA 3FZFA 3I8BA 3S41A 5KPZA 2D0PA 2ZGYA 1BWFO 3AARA 2GWKA 4C23A 1HPMA 3FLCO 2OANA 4LC9B 4CZEA 4BR2A 1U2VA 1OKJA 4BR7A 2A41A 4H0XB 2QW9A 4CI6A 2QWLA 1SZ2A 1WOQA 1Z6RA 3FZMA 3DXKB 2QWOA 2YI1A 2E2PA 4FWLA 4ISEA 2QM1A 5AQWA 5BN9A 2CGLA 5JICA 3HTVA 2P9IA 1TUUA 5AQZA 4BC2A 4FWQA 3BF1A 5F1XA 3SLCA 3U9ZA 4BRPA 4I6MA 3VEWA 3A0IX 4K25A 3I33A 5LJWA 2BUPA 1BA0A 1NGIA 2YHXA 2D0OA 2NZTA 4BRIA 1NGJA 4B1XB 2NRHA 3ZX0A 3H3OB 1BUPA 3BUZB 4NB4A 4CD1A 3WEEA 1NGFA 3CIPA 4BRKA 1EQYA 3ATUA 3UKUA 3VEOA 3W0LA 1TYQB 3CI5A 1P8ZA 3R9PA 4BR9A 4BRCA 4CBXA 2VYPA 3A5OC 1MWKA 3UE5A 1NGGA 2P9SA 3EL2A 2YHWA 3ULEA 5AQNA 3FE1A 4JHDA 3IFRA 3IDHA 3LDNA 4B1YB 1YUWA 1SAZA 3WT0A 4M7YA 1BG3A 3FFKB 3OHRA 2BTFA 2Q97A 4IJAA 5E84A 4BRNA 4HTLA 4Z94A 4BVPA 1QZ5A 3IMXA 3D2FA 3H6EA 3JS6A 3VESA 4XH5A 3M3ZA 4A62A 5BN8A 4BRFA 4NO7A 3O08A 2EWSA 4FL9A 3IUCA 1NMDA 4FSVA 1NM1A 1X9JA 4BC4A 2W40A 2ASOA 2IIRA 1RDWX 4H03B 4BGAA 1ATRA 3F9MA 2A40A 4QS9A 3KZBA 5AQUA 1X3MA 4YDUA 5AZJA 1KAXA 2YJFA 1E4FT 4RCHA 2P9LB 4QS8A 5AQSA 1GLJO 3SK3A 3P4IA 3QBXA 1MWMA 2UYTA 3A5MC 4FWNA 3O1WA 4WYBA 1E4GT 2P9PA 4BRMA 2V7ZA 5AQMA 2E8AA 5FPMA 3D7EO 2CH5A 4H0VB 2V52B 3CJCA 3U8XA 4DB3A 1G99A 3D2EA 4H0TB 2FF6A 3W3DA 5BRHA 3BF3A 1HKCA 2P9IB 5AQRA 3VF6A 3QB0A 4I6MB 4A61A 5JLHA 4JNEA 4H0PA 2W41A 3CJAA 3H1VX 2GELA 2V51B 1LCUA 1ZC6A 2FSKA 4CZKA 1RGIA 1HUXA 2P9NA 1BO5O 2IVPA 1X3NA 3L0QA 4FPBA 2I7NA 2VCPA 3WXLA 3H1QA 5KPTA 3UKUB 3AY9A 4JN4A 4BVOA 3QFPA 3GBTA 3VF4A 2QWQA 3VEZA 3ZX2A 4BREA 4XH1A 3HZ6A 3CHWA 1ATNA 3VERA 2P9SB 3VGLA 5BPLA 4B1VA 1ESVA 1RFQA 3ULEB 1S3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EO3A 2YJEA 1EWQA 3V9SA 3V9WA 1Q18A 3K9KA 3H3NO 4V19S 1L3SA 2ASMA 2PAVA 2A42A 3M8QA 1GLDG 4Z4FA 1QQMA 2E88A 5C10A 4JV5K 3D2FB 1VAZA 1OH5A 1GLFO 2QKBA 3ALYA 2FSNA 1S1VA 2HBJA 4HUEA 2YHAA 3P39A 4BACA 3K5LA 2XY5A 1WAJA 1VRTA 4DQ8A 5C25A 4DR2K 1LOTB 3G25A 2H3GX 1JJ2M 3BDPA 5CZ1A 3P5JA 1YF5L 4NYNA 2I7PA 3TAPA 3GL1A 3SJHA 4KH5A 5KQ8A 5KGWA 5KRSA 4CJ3A 4CHPA 2CGJA 2ZF5O 1YJ9N 5EX5A 2OCEA 5AZJB 3TAEA 3P1GA 1JL1A 5T7BA 4M7XA 1I94K 2FLOA 3HM8A 4O0JA 2GV9A 4FWRA 2E6LA 3DWLA 3EKUA 3ZSQA 3WQUA 1WSGA 3RSEB 3HOSA 1WBBA 4B9MA 3P31A 2P9PB 3KD1E 3MDQA 1YT3A 4MFBA 1BA1A 4E7LA 4F4KA 3AVCA 4HHTA 4FM1A 3WNFA 4DR7K 4JI7K 2NUBA 1RTHA 2YCHA 1A5VA 3MECA 3O3FA 1VQPN 2JWLA 1C0UA 1FW6A 3HK2A 1TGOA 5DK5A 2Z1HA 2G8KA 5M1FA 4Q0BA 4QOZB 5CZ2A 2O8BA 5I9EB 4CEZA 5KRTA 4U7BA 2G8VA 4WQ5C 3MK6A 4CJVA 3AVGA 3HP6A 3AVFA 1E3MA 1VQON 1U2VB 4BC3A 2HHTA 4FYDA 1TKZA 4O55A 3CJBA 1TK5A 1SUQA 4JI2K 3UB5A 1YAGA 4A2BA 4AM7A 4KHUA 2VGMA 1RDAA 4WFBL 3QINA 3WQTA 4EIAA 3OY9A 3TSQA 3QEIA 5BRDA 2DFHA 4CFBA 3QEWA 1S1UA 3R8EA 3SNNA 5HROA 3CD6N 2RF2A 5AQIA 3OYGA 1V4TA 2IAJA 3VPZA 4KPYA 4CD3A 1D4XA 3L3UA 1NKEA 2OZSA 4MLEA 5J2MA 5CE3A 4BRGA 2UUBK 3CCMN 2HHVA 1WBDA 3KJVA 3SUQA 3BGRA 3AVHA 4H5RA 4BRAA 3C95A 2O8DB 3DLGA 4JHDB 1VQ9N 1RT5A 2F96A 2X6SA 4NLBA 4Z4EA 4DSEA 4CE9A 3OJSA 4DLEA 4FLWA 3SUOA 2FBXA 4LSNA 1RT2A 4CIEA 2FBTA 4FJMA 1RTIA 4IXCA 3E1YA 4RTFD 1JLGA 3S3OA 3AGRA 4O5FA 5DMRA 3LP1A 4B1UB 4CK3A 1FJGK 3OTOK 4HCCA 3MWTA 1KTQA 3DLEA 3TTDA 1KVAA 3VQ8A 5HP1A 4MQ3A 5EVZA 2A3ZA 3CERA 1IBMK 3AO2A 4CHNA 3O9UA 3C7NB 1KVCA 3EZ5A 1WSIA 4H8KA 1DKGD 3NGZA 3ZX3A 3HPGA 2A1SA 3ZSYA 1SL2A 1ATSA 2KTQA 3ASMA 4LH4A 1MDUB 3LWMA 1JLQA 4YDUC 3LDPA 3A5NC 4HCBA 4DTXA 4JD2B 3KK1A 3EN9A 4F3TA 1SV5A 3RR7A 4UQGA 5BPMA 2HBLA 4W5RA 3VQBA 3ZT0A 1NK8A 2QXFA 4CHYA 3QEPA 5FPNA 2E6MA 4R79A 2D1KA 2YNHA 3AAPA 2P9UA 2UUCK 4Z4HA 4KREA 1K8AO 2NRTA 4CF1A 2OTLN 3F73A 4YOYA 1YTAA 1U6ZA 4J8FA 3RMCA 3OW2M 1RT1A 5HRPA 4H5NA 4IBNA 1RTDA 1HJOA 1GOAA 3HI0A 5EY4A 4JK9A 4BWJA 5GIOA 1BGXT 4F9OA 1RBTA 4CBUA 5DM7L 3V1OA 1BIUA 2A6AA 5FLXO 3E9PA 3OYNA 5FPEA 1IBKK 5EOYA 3GG4A 1O1WA 3NGIA 4JK7A 3EEQA 4E3SA 1ASUA 3I8BA 4CK1A 1K9MO 5KPZA 2GWKA 4C23A 1HPMA 4PUOA 4JI6K 3RR8A 3SQ2A 2OANA 1Z25A 2KFZA 4CZEA 4BR2A 4BR7A 4FLUA 4CK2A 1T05A 1RBUA 2OPRA 3V81A 3CCEN 3SV3A 4ZHRA 1EETA 1ZBFA 3A2FA 3CFPA 3KKSA 4LFBK 3C6TA 2XY6A 1KFSA 2QM1A 1UOCA 2CGLA 4E1MA 5JICA 4JI5K 2WONA 4IG3A 4KB1A 3BF1A 5F1XA 4O0IA 3V9ZA 4Z4CA 1JXEA 3A0IX 4WF9L 1M90O 5LJWA 2BUPA 4W5NA 4ELTA 2YHXA 2D0OA 1TKTA 4FJNA 3AVKA 4K0KK 2NRHA 3E01A 4A59A 5IT9O 3CIPA 1NNEA 4DUYK 2RPIA 4M3UA 2HB5A 1RILA 3CI5A 4RG8A 3U3YA 4CBXA 1KSPA 5CY4A 1NKCA 4IFEA 4IKFA 4AHUA 2KKZA 2X6NA 1B92A 1FXXA 3LDNA 4CEQA 4CJTA 1DTQA 3DLBA 4M7YA 3NE6A 3FFKB 2IC3A 3RWUA 4BRNA 4ELUA 4E0DA 1QSYA 4O44A 3CG7A 4E1NA 3LP2A 1QZ5A 3MEEA 3IMXA 4E7HA 4YNQA 3V4IA 1JLFA 2FBVA 2EWSA 4FL9A 1REVA 3OYKA 3F5TA 4WFAL 3TAMA 4E7IA 2O8FA 3MEDA 3O4QA 5HLFA 4MDBA 3AA5X 4BC4A 2W40A 2D0BA 4EP4A 3K5MA 1T8EA 2PZSA 4QS9A 5AQUA 2F4VK 2WFBA 3ZSZA 1BI4A 3IKMA 2QI2A 1E4FT 2P9LB 4QS8A 5AQSA 3SK3A 3P4IA 5E41A 3TSUA 4CEOA 2UYTA 4OLBA 1S6QA 3A5MC 4DFPA 3PIOL 1E4GT 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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