4DB3A

1.95 angstrom resolution crystal structure of n-acetyl-d-glucosamine kinase from vibrio vulnificus.
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
NLYFQSNAMYYGFDVGGTKIEFGAFNEKLERVATERVPTPTDDYPLLLETIAGLVAKYDQEFACEGKIGLGLPGMEDADDATVLTVNVPAAKGKPLRADLEAKIGRSVKIENDANCFALSEAWDEELQDAPSVMGLILGTGFGGGLIYEGKVFSGRNNVAGELGHMRLPLDAWFHLGDNAPLLGCGCGKKGCLDSYLSGRGFELLYAHYYGEEKKAIDIIKANAAGDEKAAEHVERFMELLAICFGNIFTANDPHVVALGGGLSNFELIYEEMPKRVPKYLLSVAKCPKIIKAKHGDSGGVRGAAFLNIKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-acetyl-D-glucosamine kinase from Vibrio vulnificus.
rcsb
molecule keywords N-acetyl-D-glucosamine kinase
molecule tags Transferase
source organism Vibrio vulnificus
total genus 102
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.7.1.59: N-acetylglucosamine kinase.
pdb deposition date 2012-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4db3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4db3A02
2V7YA 4RWTA 1V4TA 2P9LA 4JHDB 3O80A 3MMVA 3KVGA 1BOTO 3VOVA 2E88A 1WUAA 4A2BA 2QM1A 4JD2A 2ZGYA 3AAPA 2D1KA 4PKIA 1R59O 4BR2A 3CQXA 4PL7A 3SMPA 3ATVA 3FZKA 4FSVA 2UYTA 3GDQA 4QS9A 2QXLA 1GLCG 1KAZA 2IVOA 3BUZB 1P8ZA 1U2VA 4BRGA 4EFHA 2A40A 4H5VA 3VF2A 3FZFA 4BRFA 1MWKA 5AQZA 3HZ6A 4RTFD 3ZX2A 2AA4A 4DHYA 5LJVA 2E8AA 4MO4A 2GTDA 1MDUB 3CI5A 1H1VA 1NM1A 4I6MB 1NGCA 4K25A 2CGJA 2QWNA 2Q31A 4K42A 2YHXA 3A0IX 4FWLA 2P9PB 4CZIA 2ASMA 4Y0WA 4H0VB 4FWOA 4BGBA 5JLFA 2E2PA 2OANA 1QZ5A 3O4WA 5BPNA 3H1QA 4FWNA 3U8XA 1JCEA 2WUSA 3J8AA 5EY4A 4NB4A 2BTFA 3LDNA 4CZKA 2P9IB 1NGGA 4A2AA 4CZFA 2V7ZA 2P9NB 2YJEA 4FWQA 3JS6A 3C7NA 2A41A 3VEYA 3TU5A 2HF3A 1T44A 2E2NA 5AZIA 4CZGA 1GLJO 2FSNA 5E26A 1SZ2A 1GLFO 2W41A 4H0OA 3VPZA 4DCHA 3BP8A 3WXLA 3GOIA 2FF3B 4ISEA 1QQMA 4B9QA 1K8KB 1S3XA 2GWKA 5AQSA 3MN5A 4FWKA 3JXUA 4BREA 2CH6A 3O8MA 4FWMA 5AQLA 4BVOA 5AQFA 5BRFA 3IMXA 1GLEG 4BGAA 3CJ7A 3MK6A 4H0YB 3WEEA 2NZTA 2IVNA 1G99A 4H03B 3SLCA 4LC9B 4GY2B 1X3NA 5AQTA 3WXKA 4GNIA 3UB5A 4JN4A 3LDOA 3UKRA 4MLEA 5JICA 4PKGA 3LDLA 3DXKB 1ZC6A 4A61A 4BC5A 2I7NA 1NWKA 4FL9A 4IJNA 3MCPA 1SAZA 1QQNA 4B1ZA 1RDWX 5JLHA 3LM2A 3MN9A 1NMDA 3P4IA 2A6AA 4ISGA 3CJ9A 1IJJA 4EHUA 2PBDA 1MWMA 1ESVA 3HI0A 4FOIA 1NLVA 4WQ5A 3EKSA 5TKYA 3RSEB 3OHRA 5AFUH 5F1XA 4YDUC 4HWIA 4WQ4A 4H0TB 2FSJA 5AQQA 4CI6A 5F2RA 3EO3A 1KXPA 3KHYA 4EHTA 4C23A 3AARA 4H5TA 3BF1A 3QBWA 2CGLA 5AQMA 3ZX0A 1XC3A 3A8YA 2AP1A 1T6DA 1HLUA 4FWPA 5ELZA 4BRCA 3CETA 3ZETA 5LY3A 2Q97A 5AQNA 3O1BA 2P9UA 2ITMA 3CJBA 3CQYA 2I7PA 4KBOA 1DEJA 3H6EA 3FE1A 3ID8A 1BU6O 1XQSC 3CJCA 1BDGA 2HOEA 3D2EB 3F9MA 3ULEB 2E2OA 2YJFA 4IXCA 4JNEA 1RGIA 3FLCO 4H0XB 3TPQA 1HKCA 3AAQA 3M6GA 4ISFA 5AQIA 4J8FA 1X3MA 4H0PA 5AFUA 5AQKA 4CZEA 5AQVA 2D0PA 3VF6A 4BG9A 3CJ1A 1QZ6A 5BRDA 1TYQB 3B8AX 3VEVA 5FPEA 3ATUA 1LCUA 2QWRA 2P9SB 4A62A 4E1JA 3D2FA 1RFQA 2P9KA 5KPTA 2BUPA 5AQWA 5AQYA 1TUYA 3A5OC 3QFUA 5E84A 4NO7A 5BN8A 2P9LB 4IO8A 3EN9A 3HSCA 3ZX3A 5AQOA 3WQTA 3VEXA 3GE1A 4BR7A 4JD2B 4CZLA 4BR4A 2YHWA 3UKUA 1T6CA 4QS8A 3ZEUA 3H46O 2Q2RA 1ATSA 4FPBA 4RCHA 3H45C 3ENHA 2VWBA 3C0BA 3A5MC 4CZMA 3ZETB 2Q0RA 5AQJA 3AY9A 1U2VB 3FZMA 5AZJA 3U9ZA 5FPDA 1Z6RA 2CH5A 5FPMA 1C0FA 4JHDA 3VEZA 2CGKA 1MA9B 4BRKA 4EAHD 3VEOA 3DXMA 3SMSA 1YXQA 3R8EA 3IFRA 1Y64A 4CZHA 3MN7A 2DPNA 5EVZA 1NGEA 3FZLA 1J6ZA 3L0QA 4BC4A 2FXUA 4L3QA 3G25A 3VENA 5B8HA 4XH1A 2QWOA 3VF4A 1V4SA 4BQZA 1NGDA 2YHYA 3A5LC 3H1VX 3DJCA 3DAWA 3CIPA 1CZAN 2YCHA 2KHOA 3FR0A 4I6MA 4O5FA 4CBUA 1E4GT 1KAYA 4IJAA 1IG8A 4BRNA 3I8BA 2PAVA 2P9PA 4BVPA 2GUPA 5BR9A 1ZBSA 3C7NB 5JMVA 1GLBG 5EX5A 4B1UB 4B1WB 4CD1A 4EIAA 5AQRA 4BR9A 3LL3A 5AZIB 1HKBA 2Q0UA 3W0LA 2V51B 5LJWA 1HJOA 4YDUA 3FFKB 4HTLA 4F9OA 3H3OB 5BPMA 2FLOA 4DB3A 3SJHA 3HTVA 4BRLA 2P9IA 3IUCA 3VGLA 1YVNA 1ZXOA 5KQDA 4XH5A 3I33A 4WYBA 2P9NA 3S41A 4H5WA 3HM8A 3IDHA 4JAXA 5ADXA 2E2QA 1D4XA 4BRHA 1QHAA 2A3ZA 1GLAG 1KAXA 4BR5A 3WEEB 3H3NO 4IWVA 3DXMB 3EL2A 3QFPA 1JCGA 3VGMA 1OKJA 4M7XA 3UKRB 2ZF5O 1ATRA 1NBWA 3DWLA 3CERA 1K8KA 3L6QA 2IVPA 2Q36A 4BR0A 1ATNA 5KPRA 3BF3A 4B1VA 5KPZA 5I9EB 5KQ8A 4BRAA 3VEWA 4BC2A 5AQPA 1NGJA 2VCPA 3A5NC 1NGAA 2W40A 4DQ8A 4XEIA 3M3ZA 2FF6A 4CBWA 2V52B 3LDPA 3LM9A 5F0XA 3VGKA 3O6WA 3O5BA 4CJ7A 4Z94A 3WXJA 5AQXA 2E1ZA 4K41A 3QBXA 3DXKA 1TUUA 2A42A 3GBTA 2ASOA 4O8KA 1YAGA 2J4RA 4CD3A 1BWFO 4PKHA 3VETA 2QWMA 2QWQA 1Z05A 3L4IA 2VYPA 1DKGD 3R9PA 5BRHA 2H3GX 3QB0A 5BN9A 4BRMA 2F9WA 3GL1A 4XH4A 4CBXA 4M7YA 3UE5A 1HPMA 4H5NA 3O1WA 1DGKN 5BREA 1NGFA 3KZBA 3GG4A 3QMLA 3RSEA 2P9UB 5EOYA 3CJAA 2FSKA 2IIRA 1EQYA 4BRQA 4M63C 3O08A 3HBTA 4K43A 3SK3A 1JCFA 5CE3A 3R6MA 1NGHA 4IZ9A 3BEXA 1LOTB 4BC3A 1NGBA 2GELA 3D7EO 4BRPA 2QWLA 2Q1NA 1Q18A 5AQGA 2ASPA 1E4FT 3FZHA 3LDQA 3QDKA 4FOEA 1NGIA 5AQUA 1BO5O 5FPNA 3QICA 4AM7A 1S22A 2NLXA 3U9DA 1BA0A 3EKUA 4MO5A 4BROA 5ADXH 4FO0A 1GLLO 2A5XA 2ZWHA 3VERA 4H5RA 4B1XB 3ENOA 2E20A 3FGUA 1HKGA 2HF4A 3CHWA 2QW9A 2GWJA 4BQLA 1BA1A 3MDQA 3WT0A 3W3DA 2NRHA 4FWRA 3ULEA 3D2EA 4BRDA 3EZWA 4BG8A 2EWSA 4FPAA 5BPLA 4QS7A 1HUXA 2E1YA 1C0GA 1QQOA 3WUHA 3D2FB 4BRIA 1HX1A 2GEMA 1U6ZA 1WOQA 2P9KB 2D0OA 3VESA 3WQUA 2QWPA 2D4WA 2F9TA 1YUWA 1GLDG 2ZGZA 1BUPA 1X9JA 2HMPA 4FWSA 3WXIA 2YI1A 4PL8A 4WQ5C 4B1YB 4MLHA 1XUPO 3M1FA 1TYQA 3UKUB 3ZEUB 1BG3A 3MN6A 4WQ4C 5AQHA 4CZJA 2P9SA 5EXWA 1SQKA 4AM6A 3U4LA 5AZJB 5AR0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MMVA 1K6YA 3ZSQA 4A2BA 1WUAA 1NU0A 1HNXK 3AAPA 3RR7A 4CEDA 4E7IA 3LZJA 3CQ8A 3SMPA 3ATVA 3FZKA 2UYTA 3DOLA 1KD1O 2QXLA 4DTPA 4DTJA 1P8ZA 4BRGA 4L8RB 3VF2A 4WF9L 5HLFA 5LJVA 4FJKA 1WSIA 3G6EN 3THXB 4MO4A 1ZBUA 4CJUA 5DM6L 2D0AA 1RNHA 3NGIA 4K25A 4CFDA 4ELUA 1B9DA 4B9TA 4CGGA 2P9PB 2ASMA 4Y0WA 4JI4K 2VGNA 4IFVA 3VQ9A 2Z1HA 3NHGA 2W6LA 3V9WA 5SWMA 3QEXA 4MFBA 3OS1A 1NK5A 4B3TK 1JLEA 2O8EB 1QZ5A 3M8QA 4I9QA 3T1AA 3K0SA 3LDNA 1IG9A 1O13A 3THWA 2E5LK 4F8RA 4OX9K 4FLYA 1ZBLA 1QQCA 3E01A 4BDYA 1Q81O 1YT3A 2P9NB 2YJEA 4DF4A 4IDHA 1D9FA 2A41A 1D5AA 1OH7A 4CJVA 4YY3K 3TU5A 2HF3A 4K8XA 1GLJO 2FSNA 3AVCA 1QS4A 5H1SQ 3VPZA 3K57A 4CW7B 3WXLA 1FK9A 5LMUK 3WNHA 4A57A 1S1XA 4HVJA 4PUOA 2GWKA 3MN5A 4RW8A 1SUQA 3JXUA 1QVGM 3EY1A 2D5RA 3O8MA 3H08A 5BRFA 4BVOA 5AQFA 1NJIO 3MK6A 4QOZB 2IVNA 5GIPA 4GY2B 5AQTA 4GNIA 4GKKK 4MLEA 3I55N 5JICA 2OPRA 4K0KK 3AVAA 1B9FA 4A61A 3NF8A 3THYB 2I7NA 1SAZA 2EX3A 4MDBA 3LANA 1NK0A 3LM2A 4AH9A 4EHUA 1S1UA 3CJ9A 3OYNA 3SQ2A 2RPIA 1MWMA 3VQCA 2GX9A 1IKXA 2UXCK 4M3XA 1QHTA 4FOIA 4HUEA 1UWBA 5TKYA 4KHQA 3KKSA 3RSEB 3K5MA 4FLVA 4QAGA 1YIJN 4JLHA 1NJYA 1TKXA 3V9UA 5AQQA 3PX0A 1X9WA 1W7AA 4C23A 3SJJA 3AARA 4H5TA 2ZM6K 2IAJA 3BF1A 3QBWA 1U45A 1M1KO 1XC3A 3A8YA 2AP1A 1S1VA 1C6VA 4FWPA 2WOMA 5ELZA 3HO1A 3CETA 3L2UA 5LY3A 5AQNA 3G10A 3QIOA 1I39A 4W5RA 4KH4A 1RDBA 1UA1A 3CCUN 4KAZA 5IT9O 3LP0A 4FLTA 4CFAA 1C0TA 1HMVA 2HOEA 3IAYA 4J2DA 2YJFA 2UXDK 3PY8A 3PX4A 1TK0A 4BE0A 4KREA 3O3GA 3SV4A 4CZEA 4FJGA 2HHXA 3VF6A 4BG9A 3CJ1A 1QZ6A 4O0JA 4DU1A 1KVCA 3AA5X 4LD0A 3MECA 2KFZA 3JSMA 2RF2A 4C1NI 1Z26A 2QWRA 2E4LA 2P9SB 4A62A 1NJZA 2F4VK 4LFCK 4RW9A 3A5OC 3QFUA 5BN8A 5AQOA 3T1YK 4CHOA 2KKZA 3WQTA 4CF9A 3GE1A 3QIPA 4BR7A 4E89A 4JD2B 1YI2N 4CZLA 4BR4A 2YHWA 4IBNA 4QS8A 3V9XA 1ATSA 2QEXN 4RCHA 3RMBA 3C0BA 1RDAA 2PZSA 4FVUA 3AO3A 4YORA 3OJSA 2YKNA 3U3GA 4C8LA 3NDKA 1U2VB 4YFUA 3U9ZA 3IG1A 5FPDA 3F2KA 5FPMA 5HOOA 2HHQA 1S1WA 4DR4K 2YV0X 4F2RA 3SMSA 1YXQA 5CYQA 3R8EA 4GVMA 4FCYA 2DPNA 3ZT0A 1NGEA 3V1QA 3OYJA 4KPYA 3L0QA 4CGIA 4L3QA 3ZLJA 3TSPA 2GBZA 4XH1A 1BGXT 3VF4A 3L2RA 3CF5L 4FZYA 3H1VX 4JKDA 3RTVA 3C6TA 3KIOA 1NNEA 3B6OA 3THXA 3CIPA 1CZAN 4Z4EA 3VQ4A 3FR0A 4PHTX 4JS5A 3Q7CA 4HUGA 3CCVN 1NMNA 2W6KA 3E9LA 3RR8A 1L3SA 3CPEA 3S9HA 2P9PA 4Y1DA 1D8YA 5IWAK 3HM9A 2WBNA 3OYMA 4EIAA 3RMCA 2O8EA 1OH8A 5AQRA 3ZT2A 1O1WA 3OS0A 3L4QA 5MLCQ 1W97L 3R1XA 4R79A 4CHNA 1DTTA 1TL1A 5BPMA 4DWIA 3SJHA 4Q0BA 2ZJQL 2ATQA 5J2MA 4DV2K 4CEBA 5KQDA 3I33A 4WYBA 2P9NA 3MX5A 4CK2A 3MEDA 2E2QA 3HJFA 1QHAA 1UOCA 4IWVA 4E19A 4E7KA 4NYFA 3SZ2A 3EE8A 3AO1A 3IKMA 1NBWA 1TV6A 2IVPA 4CECA 3VQAA 4HCBA 4IFEA 1JLCA 3N4QA 4OPAA 5AQPA 2B4JA 1NGAA 1WLJA 4DFMA 3AA3A 4CBWA 3OTOK 3VGKA 2HHUA 4DKWA 3O5BA 3V81A 4LF8K 2XO7A 3TARA 4FJIA 3TSUA 3J80O 4M3YA 3THYA 3VETA 2DFEA 2I5JA 3CCJN 2XY8A 4AILC 1OVQA 1HPZA 2F9WA 1WSFA 4B9VA 1CZ9A 4M7YA 3UE5A 2UUBK 1IO2A 4H5NA 3KZBA 3GG4A 3VQPA 3RSEA 2P9UB 3ZT4A 1J9AA 1C1AA 4DSKA 2VWKA 1BCOA 1QE1A 5KI6A 3O08A 4BRQA 3AO5A 1NGHA 4IZ9A 3HSTB 3RMDA 2GELA 4BDZA 1FKOA 3JYTA 2Q1NA 1Q18A 4OPJA 4FLXA 1OH6A 5AQUA 1S22A 4CJEA 1BA0A 3EKUA 4MO5A 3CCLN 4FJNA 1GLLO 2JWKA 4H5RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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