4DCHA

Insights into glucokinase activation mechanism: observation of multiple distinct protein conformations
Total Genus 165
50100150200250300350400020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
461
structure length
434
Chain Sequence
EAAKKEKVEQILAEFQLQEEDLKKVMRRMQKEMDRGLRLETHEEASVKMLPTYVRSTPEGSEVGDFLSLDLGGTNFRVMLVKVGEGGQWSVKTKHQMYSIPEDAMTGTAEMLFDYISECISDFLDKHQMKHKKLPLGFTFSFPNNVVGLLRDAIKRRGDFEMDVVAMVNDTVATMISCYYEDHQCEVGMIVGTGCNACYMEEMQNVELVEGDEGRMCVNTEWGAFGDSGELDEFLLEYDRLVDESSANPGQQLYEKLIGGKYMGELVRLVLLRLVDENLLFHGEASEQLRTRGAFETRFVSQVESDTGDRKQIYNILSTLGLRPSTTDCDIVRRACESVSTRAAHMCSAGLAGVINRMRESRSEDVMRITVGVDGSVYKLHPSFKERFHASVRRLTPSCEITFIESEEGSGRGAALVSAVACKKACMLGQLEHH
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS8 (230-237)AH10 (346-355)AH2 (27-45)AH5 (205-216)TI1 (46-49)S7 (220-226)3H1 (50-52)TVIII1 (53-56)AH13 (418-430)TI8 (217-220)S1 (58-63)S3 (83-92)TI3 (68-71)AH3 (119-137)S2 (73-79)TVIII2 (69-72)S10 (402-409)TI4 (80-83)AH4 (181-192)AH12 (411-415)S4 (100-109)S6 (198-199)TII1 (259-262)S9 (250-254)TI9 (241-244)AH6 (272-280)3H2 (238-240)3H3 (257-259)AH8 (297-312)TI11 (264-267)TI10 (261-264)TIV3 (262-265)3H4 (267-269)AH7 (288-292)TIV4 (281-284)TII3 (326-329)TII2 (283-286)TIV6 (294-297)TVIII4 (328-331)3H5 (316-318)3H6 (322-325)AH11 (361-396)TI12 (431-434)TIV1 (226-229)TIV5 (285-288)AH9 (332-340)TI5 (111-114)TVIII3 (116-119)S5 (145-150)TI6 (139-142)AH1 (10-22)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Insights into Mechanism of Glucokinase Activation: OBSERVATION OF MULTIPLE DISTINCT PROTEIN CONFORMATIONS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase
total genus 165
structure length 434
sequence length 461
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2012-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00349 Hexokinase_1 Hexokinase
A PF03727 Hexokinase_2 Hexokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dchA02
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 4dchA01
3A0IX 1GLCG 2D1KA 2HOEA 2FF6A 3FZLA 4BR9A 1TUYA 4JHDA 4B9QA 3ZETB 4GNIA 4CD3A 1NGBA 3UKRB 2P9SA 3H46O 1NGGA 2E20A 2YI1A 4M7YA 1HLUA 1S3XA 2I7PA 4H0TB 5AQRA 3U8XA 1ATSA 5EOYA 3M3ZA 1RFQA 2IVNA 3A5NC 3VGKA 2YCHA 1TYQA 2NZTA 2P9UA 4WYBA 4BC4A 2E2PA 3CJ9A 3FFKB 3WUHA 4A2AA 3LDPA 5AQHA 3MN9A 3ENOA 4BGBA 4H0XB 2A42A 3L4IA 1NGFA 3H1QA 1P8ZA 3LL3A 3F9MA 3QBWA 5B8HA 2GUPA 1Z6RA 5F1XA 1DGKN 1K8KA 4BR5A 3QFPA 2VCPA 1T6DA 3C7NA 3ENHA 3I33A 5EVZA 1MWKA 4CZGA 2VYPA 2FSKA 4IWVA 3HZ6A 4FWRA 3VETA 4B1ZA 2E1ZA 1SZ2A 3SMPA 3QMLA 4H5NA 3DXMB 3WQTA 4BGAA 3ZETA 2KHOA 3LDNA 1HUXA 1BOTO 1GLFO 3SJHA 1YVNA 1QQNA 4BC2A 1X3MA 5AFUA 1NGJA 4M63C 3SMSA 3C0BA 3IMXA 1ATRA 4K25A 3WQUA 4CZKA 5KPTA 3VEYA 2A6AA 2P9LB 2YJEA 5BPMA 1BG3A 2P9NB 5BRFA 1T44A 2Q31A 4H5WA 3HM8A 3D2FA 2E88A 3GDQA 3AAPA 4RTFD 3VEWA 2FXUA 1WUAA 2E2NA 3LDOA 4M7XA 4WQ4A 5F2RA 3ATVA 4FPBA 2W41A 1NBWA 3BF3A 4BRCA 3DXMA 2CH6A 2UYTA 3CETA 4FWQA 3RSEB 2YJFA 5FPNA 2AP1A 3O6WA 4MLEA 1BWFO 5E26A 4MO5A 2ZWHA 1Z05A 4WQ4C 3ZX0A 2E1YA 2A3ZA 3QICA 2ASMA 2P9NA 4BRHA 4ISGA 4XEIA 1NGAA 4BQZA 3GBTA 3EKUA 4H5RA 4AM7A 4H0YB 2QW9A 4PKGA 1HPMA 4FWKA 3WXKA 5JMVA 3MK6A 4K42A 5BRHA 5AFUH 2V52B 2D0OA 2D4WA 3CJ1A 3CI5A 4GY2B 2FF3B 4BRPA 2PBDA 1E4GT 1NLVA 1QQOA 3VGLA 4HTLA 4BR4A 2E2OA 3RSEA 5AQZA 3H45C 4FWLA 4L3QA 5AQYA 3CQYA 3CJ7A 3A5MC 3FE1A 3ID8A 1IG8A 2NLXA 3O4WA 2VWBA 3QDKA 3G25A 3IFRA 3TPQA 4IO8A 5AQIA 2DPNA 4JAXA 2HF4A 1QZ5A 3D2EB 4FPAA 3O1BA 4CJ7A 4H5TA 4I6MB 1XC3A 2YHWA 5AQNA 4BVOA 3MN7A 3DXKB 4ISEA 2E2QA 4AM6A 3WT0A 4B1WB 3HSCA 5BR9A 4YDUA 1BO5O 3VF4A 5BN8A 4PKHA 4O5FA 1RDWX 2IIRA 4EHTA 4BVPA 2P9KB 2Q0UA 4IJNA 1TUUA 4NO7A 5AQLA 3BP8A 1NGIA 5AQPA 1ZC6A 1Y64A 4BR2A 4O8KA 3VOVA 4YDUC 3EN9A 3D2EA 3AAQA 3UKUB 3L6QA 1NGDA 3IUCA 4FOEA 2EWSA 2YHXA 2Q97A 1BU6O 4H0OA 1NMDA 2W40A 1XQSC 3HBTA 5AQJA 5ELZA 1ATNA 3KZBA 5AQVA 4BR7A 4CBWA 1ZBSA 3O1WA 3R8EA 3UKRA 3MMVA 3WXLA 3J8AA 4JD2B 3GOIA 4BRKA 1E4FT 1KXPA 3UB5A 3EO3A 4CZHA 5AQTA 1JCEA 5AQGA 3ATUA 1CZAN 3O8MA 5JLFA 3QB0A 2IVPA 3FGUA 4MO4A 1QQMA 2P9PB 3FZHA 4BRGA 2GEMA 3B8AX 3UKUA 1KAYA 2OANA 3U9DA 3WXIA 5AQWA 3CHWA 4K41A 3FZFA 2NRHA 5E84A 2BTFA 3A8YA 4KBOA 1HKGA 2P9IB 3JXUA 3KHYA 2GWKA 3CERA 3CJAA 3U9ZA 4MLHA 3A5LC 3FZKA 5LJVA 1X9JA 3R9PA 3VENA 1NGEA 5AQKA 3QBXA 3I8BA 4WQ5A 2V51B 4LC9B 4CZEA 2P9LA 3OHRA 3O08A 2QWMA 2P9PA 3CJCA 4FWSA 1GLAG 1WOQA 4XH1A 1C0GA 3VF6A 3EL2A 4QS8A 1HX1A 4XH4A 1IJJA 4DCHA 3MN6A 5KQDA 4XH5A 1JCGA 4BG9A 4BG8A 1GLDG 2P9IA 3S41A 5AQXA 1H1VA 1U6ZA 2FLOA 3ZX3A 2ITMA 2FSJA 4H0PA 4EAHD 5BN9A 3AY9A 3FR0A 2GELA 1D4XA 4BR0A 2ZGYA 4BRMA 4B1YB 1HKBA 3H6EA 2QM1A 4CZJA 1SAZA 4HWIA 3AARA 4BREA 3GE1A 4BRDA 2J4RA 2ASOA 2PAVA 4PKIA 4PL7A 1V4SA 4H0VB 3DAWA 2QXLA 5EXWA 4JNEA 5BPLA 1BA0A 3MN5A 2E8AA 3CIPA 3M6GA 3DJCA 2FSNA 1R59O 4ISFA 2QWPA 2P9SB 3GG4A 4FWOA 1YXQA 2GTDA 2BUPA 3IDHA 4BRQA 4J8FA 3R6MA 3UE5A 4DQ8A 3VF2A 2P9UB 1J6ZA 3FLCO 3VEZA 4CBXA 4DB3A 1X3NA 1G99A 3U4LA 4DHYA 5AQSA 2D0PA 4BRNA 1K8KB 4JN4A 4BRAA 4CZLA 2V7ZA 4BRLA 5BREA 3BEXA 4EIAA 2WUSA 1GLEG 4B1UB 1KAZA 5BPNA 1T6CA 4C23A 4IJAA 4I6MA 5AZJB 1RGIA 3L0QA 3VEOA 4Z94A 2F9WA 3VPZA 1GLJO 1MDUB 5AQQA 1MA9B 5AQUA 4BRIA 5EY4A 3DXKA 3D7EO 4IZ9A 2ZF5O 2A40A 4CD1A 2ASPA 3LDLA 1C0FA 4FO0A 1HKCA 2CH5A 5I9EB 5ADXA 3BF1A 3H3OB 4NB4A 5AQFA 4B1VA 2CGLA 2P9KA 3DWLA 3HTVA 2IVOA 2QWQA 3D2FB 1DEJA 4FL9A 3O80A 4CZMA 2CGKA 3H1VX 2ZGZA 5EX5A 5FPEA 3VESA 1MWMA 2V7YA 1JCFA 1GLLO 4BC5A 2A41A 3EZWA 3LM2A 4F9OA 5KPRA 5AZJA 1V4TA 3KVGA 1LCUA 3LM9A 5AQMA 2QWNA 3VERA 2F9TA 3W0LA 3EKSA 3WXJA 3HI0A 3SLCA 2GWJA 4A62A 3TU5A 4FWMA 2QWOA 3QFUA 3SK3A 4JD2A 4PL8A 4CZFA 4H5VA 3ULEB 4Y0WA 3GL1A 4IXCA 1YAGA 1U2VB 3A5OC 3ZX2A 4BRFA 2Q1NA 3JS6A 3MDQA 2Q36A 4E1JA 1DKGD 3VEXA 3VGMA 2AA4A 5AZIB 4BC3A 5ADXH 2A5XA 5JLHA 4K43A 3O5BA 1NGHA 4RCHA 1BA1A 4FWNA 4EHUA 1XUPO 4WQ5C 3FZMA 3ZEUB 3CQXA 5AR0A 1QHAA 2H3GX 5BRDA 5FPMA 5AQOA 3MCPA 2I7NA 2HF3A 3ULEA 4A61A 1ESVA 4B1XB 3WEEB 1U2VA 2YHYA 4FOIA 5KPZA 1OKJA 3H3NO 3LDQA 4CI6A 1BUPA 1HJOA 4BQLA 1KAXA 1NWKA 4A2BA 4FWPA 1GLBG 5AZIA 1NM1A 1LOTB 1Q18A 4JHDB 1ZXOA 3VEVA 2HMPA 2CGJA 4CZIA 5F0XA 2QWLA 3W3DA 5CE3A 5KQ8A 1NGCA 4QS7A 3ZEUA 5JICA 1S22A 5TKYA 2Q0RA 2Q2RA 1TYQB 1YUWA 3BUZB 3CJBA 2QWRA 5FPDA 4H03B 5LJWA 4RWTA 4CBUA 3P4IA 3WEEA 1QZ6A 1BDGA 4FSVA 5LY3A 1EQYA 4BROA 1SQKA 4EFHA 3M1FA 3C7NB 4QS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NYFA 2ATQA 2E6LA 3CPEA 4OO1J 4JKDA 1NOZA 1VQ9N 1J54A 3IG1A 4GNIA 3OY9A 2P9SA 4DTXA 3AO3A 5I42A 4MQ3A 4CEBA 1HLUA 5LMNK 4BDYA 5EOYA 3VGKA 3CJ9A 3LDPA 5AQHA 3MN9A 1ASUA 4H0XB 1P8ZA 3F9MA 3QBWA 3MWTA 2GUPA 3OBYA 3WNFA 4A57A 3C7NA 1MWKA 4CZGA 2VYPA 1RCHA 3D6RA 4CEQA 3QMLA 4BGAA 3S3NA 2KHOA 3LDNA 1HUXA 1BOTO 1FK9A 4L8RB 4B3OA 4FVMA 3DOLA 4JKGB 2HHUA 4X64K 5AFUA 3TANA 1R0AA 4K25A 2P9LB 3PSIA 3QESA 3T3FA 3SJJA 1TK0A 1X9SA 4BDZA 3JAMO 3P31A 1IBKK 2Q31A 3HM8A 2R7YA 3TWHA 4FXDA 4E1NA 4M7XA 2E2NA 3LDOA 4WQ4A 4B3TK 3BF3A 1LWEA 4OLAA 3DXMA 2UYTA 4FWQA 2YJFA 4DU1A 2AP1A 2O8BB 4IEEA 2O4IA 2ITGA 1HQEA 4WQ4C 4J2EA 3ZX0A 4YOXA 2A3ZA 3QICA 2KZZA 2ASMA 3B6OA 5IT9O 2YNGA 3EKUA 1L3VA 2HVIA 4WFNL 2XRIA 3OVNA 4FLTA 3HO1A 4OKJA 3JYTA 2F96A 2FF3B 1IKVA 4HTLA 1BI4B 5AQZA 5AQYA 3CJ7A 3ID8A 1IG8A 2NLXA 3U3YA 3O4WA 5CY4A 3TPQA 3G25A 1UAXA 3P1GA 4IO8A 1I39A 2IGIA 3WNHA 3LZJA 2G8VA 4DUZK 1L3UA 2DY4A 2X6NA 4LF5K 4FPAA 3K2PA 2QXFA 2YNFA 1RDAA 1NK8A 4AF1A 1S1TA 1ASVA 3DXKB 3HRGA 4AM6A 3C6TA 3G0ZA 1HQUA 3HSCA 3FFIA 3CCLN 3VF4A 4WF9L 5BN8A 1RNHA 3AVBA 3THYA 1RDWX 3RMBA 4EHTA 1WSGA 4IJNA 4IFVA 1HNZK 2XO7A 3BP8A 4DTJA 4CGJA 1QSLA 3QIOA 1Y64A 1IV0A 1C1BA 3L6QA 2YNIA 2NRVA 3IUCA 2EWSA 4CIFA 3V9ZA 3L3UA 4WCEL 2Q97A 1NMDA 1XQSC 5AQJA 2YKNA 4LD0A 4DTOA 1ATNA 4X62K 3KZBA 5AQVA 4KHQA 3MMVA 3K5LA 3J8AA 4JD2B 3GOIA 3ZLJA 1VSEA 1VQMN 5C42A 3SV4A 3UB5A 4FVUA 4CZHA 4OX9K 1FXXA 3DRPA 2O4GA 3HP9A 3O8MA 2HHXA 3DYAA 1BL3A 1S1VA 2GEMA 3UKUA 3U9DA 4B9UA 1HYSA 5AQWA 3TTDA 3L2VA 3SBGA 3FZFA 4MDAA 4OKEA 3VA0A 3VQ4A 4NCGA 4DFJA 2RKIA 3A8YA 2LSNA 4KBOA 1HKGA 2P9IB 4KH5A 3KHYA 4BE1A 4KTZA 1NJXA 2W6LA 3CF5L 4NXNK 3FZKA 3R9PA 1NGEA 4Y1CA 3BDPA 3O4NA 4W5QA 4JKHA 3QINA 3I8BA 3U6FA 1L5UA 1HNVA 4WQ5A 2V51B 4LC9B 5M1OA 3J80O 4FYDA 3OYCA 4FCYA 4FZZA 3LZIA 2P9PA 4I9QA 1WOQA 3MEDA 4XH4A 3E1YA 4CHOA 1D9DA 4AHCA 1CZBA 3EE9A 5C10A 3BZKA 2ZQBA 1JCGA 4KPYA 4M3RA 1A5XA 4GV9A 2QKBA 4KB0A 3AO2A 2ITMA 5BN9A 3AY9A 3FR0A 2GELA 4BR0A 2UUCK 4CZJA 2QM1A 4JK7A 4E19A 1IO2A 4IBNA 4BRDA 1T05A 3EYZA 2PY5A 2HHTA 2PAVA 4CVNE 4H0VB 5EXWA 2JGUA 3CIPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4NYF A;  2ATQ A;  2E6L A;  3CPE A;  4OO1 J;  4JKD A;  1NOZ A;  1VQ9 N;  1J54 A;  3IG1 A;  4GNI A;  3OY9 A;  2P9S A;  4DTX A;  3AO3 A;  5I42 A;  4MQ3 A;  4CEB A;  1HLU A;  5LMN K;  4BDY A;  5EOY A;  3VGK A;  3CJ9 A;  3LDP A;  5AQH A;  3MN9 A;  1ASU A;  4H0X B;  1P8Z A;  3F9M A;  3QBW A;  3MWT A;  2GUP A;  3OBY A;  3WNF A;  4A57 A;  3C7N A;  1MWK A;  4CZG A;  2VYP A;  1RCH A;  3D6R A;  4CEQ A;  3QML A;  4BGA A;  3S3N A;  2KHO A;  3LDN A;  1HUX A;  1BOT O;  1FK9 A;  4L8R B;  4B3O A;  4FVM A;  3DOL A;  4JKG B;  2HHU A;  4X64 K;  5AFU A;  3TAN A;  1R0A A;  4K25 A;  2P9L B;  3PSI A;  3QES A;  3T3F A;  3SJJ A;  1TK0 A;  1X9S A;  4BDZ A;  3JAM O;  3P31 A;  1IBK K;  2Q31 A;  3HM8 A;  2R7Y A;  3TWH A;  4FXD A;  4E1N A;  4M7X A;  2E2N A;  3LDO A;  4WQ4 A;  4B3T K;  3BF3 A;  1LWE A;  4OLA A;  3DXM A;  2UYT A;  4FWQ A;  2YJF A;  4DU1 A;  2AP1 A;  2O8B B;  4IEE A;  2O4I A;  2ITG A;  1HQE A;  4WQ4 C;  4J2E A;  3ZX0 A;  4YOX A;  2A3Z A;  3QIC A;  2KZZ A;  2ASM A;  3B6O A;  5IT9 O;  2YNG A;  3EKU A;  1L3V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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