4DMNA

Hiv-1 integrase catalytical core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
145
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 145
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dmnA00
4FJNA 2ZE2A 4CJQA 1NJWA 4FJ9A 1C0MA 1RT6A 2FC0A 4IG3A 4OGCA 2W42A 4DSEA 1D8YA 4FK4A 1L3SA 3KLGA 1SV5A 2YKNA 3L2RA 4BE0A 4DFKA 3IAYA 4DLEA 1CZ9A 3PY8A 1S1VA 2E6LA 1LWCA 4NCBA 3DOLA 3ZSQA 3QNOA 3NE6A 4KB1A 4NCGA 4AHSA 4Z4FA 1O1WA 1QSSA 4DSFA 1J53A 4ELTA 1WAFA 2ITGA 1SKRA 1BI4A 5HLFA 1JXBA 3RWUA 2XY6A 3AA3A 2Z1JA 4O0JA 4DFMA 4Z4IA 4C8LA 4H4OA 1U47A 1CLQA 3QEWA 3AVKA 2ATQA 4IFYA 4C8MA 3ZSXA 2RKIA 1KLMA 2E4LA 4HCBA 1QSLA 4Q0BA 4FYDA 3ZSRA 3QNNA 1UAXA 3QEIA 4RW4A 3ZSYA 1X9MA 3O4NA 3TANA 4EP4A 1Y97A 1RBUA 4IFVA 1QHTA 2HVHA 2Y1JA 3VQBA 4DF8A 1ZYQA 1QSYA 3LP3A 2GV9A 4FM0A 4KB0A 4FZXC 1A5WA 2YKMA 4KO0A 4LD0A 4DLGA 3AVJA 5E41A 1R0AA 4HUEA 4FK2A 4CJ3A 4CF1A 4LSLA 4Y1DA 4YFUA 1NOZA 4ICLA 5I42A 4C8NA 5HP1A 1KSPA 3WNEA 1BQNA 1QTMA 3OYGA 4DTPA 2PY5A 2OZSA 3AO4A 1L3TA 4FJHA 4CERA 4FLUA 3CG7A 4CJRA 3L3VA 1S9EA 3HSTB 2DTUA 4W5OA 1NK7A 4F2SA 4FM2A 3ZSZA 4CF0A 1EP4A 4B08A 4DSKA 1C0UA 4LH4A 3OYDA 1B92A 1NJXA 3AA2A 1TGOA 4BE1A 3VQ9A 3DRSA 4NYFA 1RT2A 4JS5A 3S3MA 4DQSA 1K6YA 3C6TA 3OYLA 1A5VA 1TV6A 1KCFA 1SUQA 1RTHA 1W0HA 3K5MA 3ZT3A 1WSJA 3JSMA 1NKBA 1LV5A 1S1XA 3LPUA 1U49A 4CGDA 3UIQA 4B8CA 4DTOA 4ID1A 3MEDA 2PYJA 3VQAA 3TWHA 1Q9YA 3K5OA 1L3UA 3M8QA 3DRPA 4FLTA 1S1UA 3ITHA 3NGZA 4FLVA 3M8PA 3AVFA 1FKPA 4E89A 3L8BA 4FJGA 2DFFA 1QE1A 5FRMA 3SJJA 2HNYA 4OJRA 3OYFA 1GOCA 2IC3A 4BE2A 1D9DA 1QQCA 2HHQA 1W9HA 3H08A 3DOKA 3SCXA 2G8UA 2KTQA 4AHVA 4CJSA 3O3GA 1VSJA 3ULDA 1WNSA 1HYVA 2BDPA 1VSFA 3CM6A 4RW9A 2Z1HA 4EP5A 3HK2A 5HRRA 3AVMA 4AHTA 4HHTA 4KHQA 1RTJA 3TI0A 3SUOA 4RW6A 1XC9A 4W5TA 3OJUA 4C8KA 1LW2A 1I3AA 1X1PA 3P83D 5T7BA 4KHSA 4CF9A 3NBPA 1JKHA 3NHGA 2IOCA 4RW8A 4OPJA 3SNNA 2JLEA 2RF2A 1CXUA 1ZBLA 3AVGA 4I2QA 1QS4A 3NF9A 1NKEA 3PO5A 4DU3A 4Z4GA 2XO7A 3OYEA 1WSEA 3KD1E 2JGUA 2IS3A 4CE9A 1HMVA 1JLBA 3QO9A 3KLEA 1IKYA 2G8VA 4JS4A 4AH9A 4ZHRA 4FLXA 3QIPA 2X74A 4GVMA 1KLNA 1FXXA 1FK9A 3PUFA 4IBNA 1BIUA 1HPZA 1CXQA 1RT1A 1EX4A 1C6VA 4KHUA 3MEGA 2D0BA 4BWJA 1FKOA 3FFIA 1NK5A 1WLJA 4OVLA 3AA4A 4CHZA 4N47A 4LSNA 3F9KA 3SQ2A 1HJRA 4PY5A 3RMDA 1JLGA 5HRSA 5J1EA 1U48A 3I0RA 4DTJA 1BGXT 1NOYA 3AO2A 1KRPA 3SPYA 1UA1A 4FLZA 3V1RA 3V6DA 3O3FA 3QEPA 3D0PA 2OA8A 3KK2A 2HHSA 4DS4A 3TAQA 4DSIA 4NCAA 2KW4A 3AA5X 4CEOA 3KLFA 1VK0A 1XWLA 5SWMA 2F8TA 4N41A 1ASUA 3QETA 2YNIA 3HM9A 1WSHA 1LWEA 3TR8A 2HHWA 3CM5A 3PX0A 2G8FA 1S1TA 2YNHA 3OYJA 4EZ6A 1WSIA 4KTQA 3MEEA 1VRUA 4GW6A 4CFBA 2FBTA 5CY4A 2RN2A 3ZT4A 3VQEA 2XRIA 1D5AA 3C95A 1B9DA 2X78A 3SV3A 1N6QA 3NDKA 3NGIA 4DTSA 2YHAA 4DFJA 4B9VA 4KHWA 3PV8A 1BISA 4M3UA 1RTIA 4AHUA 2KFNA 1TKZA 2IDOA 4O4GA 4CJWA 4Z4EA 5J2NA 4DTXA 4IKFA 4HTUA 4CGHA 3LP2A 4F8RA 3HT3A 2QKBA 3LALA 3ZCMA 1D9FA 4DU4A 3SQ4A 3B6OA 1T7PA 1KVBA 4KFBA 4B9TA 3T19A 3RMCA 1B9FA 1VSEA 5C42A 4DQIA 4CHYA 2VG5A 5K14A 3RRGA 3ZSWA 3V9SA 3HO1A 1EXQA 2OPQA 4KAZA 5D3GA 1UWBA 4B9SA 1NJZA 4W5QA 4CESA 2WONA 4I7FA 3NH2A 1BCMA 4EZ9A 4FXDA 4W5RA 1MU2A 1RT5A 4K8XA 3OYCA 1C1CA 1XI1A 3OYBA 4IDKA 1IO2A 3SPZA 4L8RB 3AVIA 3NF6A 4M3RA 4F4KA 4AILC 1BQMA 5J2QA 2IAJA 4KI6A 1TAQA 2HHTA 1RNHA 4F3TA 1KFDA 1VSMA 1RT7A 1CZBA 3C6UA 4DG1A 3AVNA 4F3OA 3SI6A 4FJLA 3OVNA 3SUQA 4FZZA 1RDDA 1G15A 4M41A 1TKTA 2VG7A 2EX3A 4JRQA 3KIOA 1X9SA 3LWMA 1L3VA 2KFZA 4CJ4A 3DYAA 4C8OA 3QIOA 4AHRA 3VA0A 3CFOA 2DFEA 2XHBA 3VQ4A 5KGWA 4CEQA 1X9WA 4CJVA 4E7IA 4DF4A 3K2PA 1RDBA 1HNVA 3LWLA 4FJIA 3TAEA 3VN5A 4DFPA 2YNGA 3HPHA 2XY5A 3C94A 1UOCA 3ASMA 4B9UA 4GMJB 1S5JA 3DLEA 4KTWA 1JLQA 1DLOA 4MQ3A 1NK8A 2HHXA 3U6FA 1XHXA 1VSHA 1HYZA 2X6NA 3SUPA 4Y1CA 3LAKA 4JRPA 4HUFA 4F2RA 5HBMA 4CEAA 4DMNA 1RTDA 4N56A 3VQPA 3OYHA 3T1AA 1EETA 3LANA 3MXMA 4CK2A 2P5OA 1SKSA 5JS1A 4B9MA 1YVUA 2IGIA 5DMRA 3S3NA 5CYMA 1JLCA 4CGJA 3D45A 3LZJA 3DLRA 1J54A 3IRXA 3EYZA 1ASWA 2DFHA 1J9AA 4Q5VA 3MAQA 3HP6A 3U3YA 3V1OA 5HROA 3DLKA 2PYLA 1IKWA 3HYFA 2HW3A 1RT3A 4KKOA 3VQQA 3SUNA 3ZT0A 1KTQA 2B5JA 4QOZB 4J2AA 4FVMA 3OYKA 4CHPA 3WNHA 4WE1A 4FJ7A 4E7JA 3PX6A 3RR7A 4FJXA 3V9WA 4DU1A 4O0IA 1RBTA 2HMIA 1BHLA 3KJVA 3AVHA 2G8IA 3AVBA 2P5GA 3LAMA 3KLIA 3SYZA 1TAUA 4LY7A 3JYTA 2A1RA 4B9LA 3SQ1A 1T05A 4OKJA 3OS2A 4KRFA 3V9UA 3RRHA 2NUBA 3SZ2A 4CJEA 2FBVA 3AVAA 5HRNA 2G8WA 5I3UA 3BDPA 2YHBA 3QESA 3NH0A 1SL1A 2Z1GA 1EKEA 3OS0A 2HHUA 3I0SA 2A1SA 3QLHA 3S9HA 1WSFA 4OKEA 4ELVA 3HVTA 3OS1A 1NK0A 1NJYA 1IKXA 1VRTA 3ZSOA 4M42A 4B3OA 2D0CA 2GBZA 4W5NA 4CIFA 2OPSA 4HUGA 4J2EA 1KVAA 2XY7A 1ZBFA 2HVIA 4BACA 1GOBA 4OLBA 2P1JA 4QCLA 4DSLA 1JLEA 4KREA 3O4QA 3K5LA 2DY4A 1IH7A 4PA1A 3CQ8A 4TSXA 3KTQA 5SZTA 2HB5A 1TL3A 2GUIA 5CZ1A 1U04A 3AVCA 3ZT2A 3KKSA 4OKKA 4CJKA 4OPKA 3EZ5A 3F73A 4H4MA 4DQQA 3RMAA 2ZQBA 4E3SA 2E6MA 1ZBIA 2QKKA 1S6QA 3M8SA 2KZMA 4I9LA 3NF7A 3MECA 3HPOA 3OYNA 4CJ5A 1RDCA 3DRRA 3S3OA 2O4GA 1KFSA 3VQ5A 3QERA 4CFDA 4KHYA 1Z25A 4N76A 1HNIA 3K57A 4E1NA 3HL8A 4KTZA 4CIGA 4CIEA 3HVRA 4PQUA 1U4BA 1HRHA 3VQ8A 2F96A 3OY9A 4E0DA 4BDYA 3E01A 1I39A 4CECA 3K59A 2AJQA 4N5SA 4RG8A 4CGFA 4XIUA 1F21A 1GOAA 4KPYA 2FBXA 3TAFA 4HCCA 3G10A 1DTQA 3K5NA 3V81A 3OYAA 3SV4A 3OYMA 4E7LA 1UA0A 1SL2A 4FJKA 1Z26A 4MFBA 3ZSVA 3V9ZA 4DTUA 3EY1A 1NKCA 3AO1A 1S9GA 3AO3A 3DM2A 1RBSA 4ELUA 4FJ5A 2YNFA 4ZTFA 2WOMA 2QXFA 4KI4A 1BL3A 4CEZA 2HNZA 4CJUA 5JS2A 4M3YA 3VQDA 4CJFA 4UQGA 2FBYA 4J2BA 4E7HA 5EU7A 2VWKA 1TK0A 1SKWA 3IG1A 3L2WA 4B9NA 2HHVA 2Z1IA 3WNGA 4DQRA 1YTUA 3B6PA 5KGXA 3NCIA 3RTVA 3HPGA 1RBVA 3O3HA 1RDAA 3HP9A 4CF2A 3V4IA 1TK5A 2OPRA 4CHOA 1S6PA 3I8DA 3M8RA 4CK3A 1WAJA 4PUOA 4E19A 4DQPA 1JL2A 4CEBA 5C25A 1RCHA 4Z0UA 1C1AA 1JLFA 1Q8IA 2Y1IA 4O55A 5C24A 1WN7A 1IG9A 3DLHA 3OJSA 4K8ZA 3NH1A 1TL1A 3DI6A 4DTRA 3DLBA 5FRNA 2BE2A 3QEVA 1JLAA 1HQUA 3PO4A 3KLHA 3SQ0A 4M45A 3T3FA 3L2VA 3ISNC 3PX4A 4FK0A 1JL1A 3V9XA 3VQCA 4CK1A 3AO5A 1TK8A 3CYMA 4CJTA 1T03A 4FZYA 2VWJA 3AVLA 4O5BA 4M3TA 1HYSA 3L3UA 2Q3SA 5FDLA 5CYQA 1LWFA 1REVA 4FJMA 4OLAA 4CF8A 2OPPA 5FROA 4CEEA 1NK6A 3THVA 1XHZA 3KD5E 1YTAA 2BANA 4H8KA 3L2QA 3KK1A 1JXEA 5J2MA 1LAVA 1RILA 2B6AA 4AHCA 1VSIA 2I5JA 1BIZA 2D0AA 3NFAA 3DLGA 4OGEA 4BDZA 3QEXA 3DMJA 2ETJA 3TABA 4QAGA 5CZ2A 2ZD1A 1TKXA 3IS9A 4E1MA 4M3WA 5KRTA 2RPIA 1C1BA 4I9QA 1S1WA 1NK4A 1U45A 2HNDA 4CJPA 2OYQA 3NGYA 2O4IA 1L5UA 2YV0X 2P51A 3VA3A 1DTTA 1LAWA 1WSGA 4CEDA 3U3GA 4DSJA 4PWDA 3V1QA 3RR8A 4ID5A 4KV8A 3G0ZA 1J5OA 4IG0A 3TAMA 4M3XA 3TAGA 3ALYA 4KHNA 3LP0A 1HQEA 4FCYA 2BGGA 3KKRA 2F8SA 2QK9A 1BCOA 4YNQA 1YT3A 2R7YA 3CFPA 2XY8A 3A2FA 3P5JA 1NK9A 1RBRA 1N5YA 4M3ZA 3HJFA 3QINA 2KQ2A 2OZMA 1LW0A 4Z4HA 3WNFA 1ZBUA 2EHGA 4BWMA 4O44A 4FJJA 3BGRA 3L2UA 2G8HA 3VQ7A 4CFCA 1VSKA 4FW2A 5KI6A 4CCHA 1C0TA 4CEFA 3OYIA 2B4JA 4B8AB 3TAPA 1IKVA 3VQ6A 3NF8A 1KVCA 4R5PA 3K58A 1VSLA 3ZT1A 3HXMA 3TARA 4FJ8A 4RW7A 3LDSA 3NAEA 4CGIA 4CFAA 4E7KA 4CGGA 4G1QA 4LH5A 3KK3A 5HRPA 1ZBHA 4DWIA 4CHQA 4JLHA 4CJLA 5KTQA 1VSDA 4Z4CA 3CFRA 2VG6A 2G8KA 4HVJA 3AV9A 3LP1A 1T8EA 2LSNA 4DTMA 2X6SA 3RMBA 2KZZA 4BDPA 4J2DA 3LPTA 1A5XA 1ASVA 4I2PA 4FM1A 4DTNA 4NYNA 1SL0A 3MXIA 4CHNA 4FLYA 1BI4B 1TVRA 1ITGA 4FW1A 4DS5A 4ZTJA 5DK5A 1TKDA 2PZSA 5KRSA 3P1GA 5J2PA 3MXJA 1Q9XA 4FLWA 1RT4A 2D5RA 3LZIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI0K 1L3SA 3KLGA 4DFKA 4B3SK 4IO9L 4LFBK 1CZ9A 3NMUA 3D2FA 5HL7L 1S1VA 4CI6A 1E3MA 3ZSQA 4FWNA 3NE6A 1O1WA 1QQOA 3E9LA 1WAFA 4O0JA 4DFMA 2QWPA 3TSQA 4C8LA 3QEWA 1KLMA 2E4LA 4LF8K 4Q0BA 3QNNA 1BA1A 1UAXA 2GELA 3QEIA 3ZSYA 3O4NA 4BGBA 3AAQA 1RBUA 2HVHA 1QHTA 2Y1JA 4KB0A 4FZXC 4BROA 4KO0A 4BR4A 4BQZA 4HUEA 3P31A 1MWKA 4LC9B 1V4SA 1KSPA 1QTMA 2PY5A 2QM1A 4K43A 1L3TA 3WXIA 4CERA 4FJHA 1TYQA 4CJRA 3L3VA 1S9EA 4M7YA 3EEQA 1NK7A 2HBJA 4CF0A 2O8CB 3WT0A 5M1OA 3TPQA 3DJCA 1B92A 3OYDA 3OHRA 3DRSA 2NRRA 4FOEA 3VGKA 1K6YA 1A5VA 1TV6A 1ZBSA 5CE3A 3K5MA 3ZT3A 1GLBG 1NKBA 3LPUA 4IOAL 2QXLA 3SBGA 2PFUA 3I8BA 4QS8A 3HRGA 4FLVA 3CF5L 4AM7A 4IEEA 3IDHA 3FR0A 1GLAG 3R3LA 3O8MA 4OJRA 3NVMA 2IC3A 5FPNA 1W9HA 2QWOA 2G8UA 3O3GA 1OH6A 2YCHA 2Z1HA 3TI0A 4YOWA 4K0KK 4Y0WA 4C8KA 3FZKA 1I3AA 1GLFO 1HLUA 2IOCA 3DXKB 4RW8A 5BREA 3NF9A 4DU3A 3O6WA 3KD1E 1JLBA 3KLEA 1IKYA 4JS4A 2UXBK 1NGGA 4GVMA 2FSKA 3PUFA 3OW2M 1RT1A 1YJNN 4BWJA 3FFIA 1NK5A 4OVLA 4LSNA 3C7NB 2NNWA 3F9KA 5B8HA 1NOYA 1NWKA 1KAXA 3AO2A 5JVGL 3L4IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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