4DMNA

Hiv-1 integrase catalytical core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
145
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 49
structure length 145
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dmnA00
1BIZA 1WSGA 4FJLA 3EZ5A 4DQQA 1U48A 3OYMA 3HPHA 4C8MA 4MQ3A 4DG1A 2HW3A 4M3UA 2O4GA 4DS4A 3O3FA 3LPTA 2IC3A 4CHOA 4FZZA 3HP9A 4F3OA 2BANA 2VWJA 4OPJA 1SV5A 3HM9A 5I3UA 1ZYQA 3TI0A 1NKBA 3DLBA 4FJKA 3KD1E 2OZSA 3G0ZA 2WONA 3UIQA 2FBYA 1J5OA 4CCHA 5HRRA 3ZSRA 2B4JA 2EHGA 3PX6A 4DTRA 4O0JA 1TKZA 4ID1A 3KLEA 3VQ6A 5J2MA 2G8UA 4O5BA 2P51A 2KQ2A 3ULDA 5C25A 3LANA 2OPSA 4M45A 3MAQA 1RTDA 4PQUA 2E6MA 3OYNA 4E3SA 4CFAA 3AA4A 1UA0A 4KV8A 4HUEA 4DTPA 1XI1A 4DQIA 3C6TA 4GW6A 3QIPA 4B9UA 4FLVA 1LV5A 4B9SA 4DU4A 4CGDA 2F8TA 4HTUA 1NK5A 1I39A 4Y1CA 2A1RA 1JLCA 1RTHA 2ATQA 3K5OA 1FK9A 3IRXA 3CM5A 3ZSXA 3QEPA 1TK5A 5HLFA 2HNZA 5KGXA 4FJ8A 1NJWA 1G15A 5K14A 3HVRA 1RDDA 4OVLA 4DTOA 2Z1JA 4AHVA 1JKHA 1X9WA 3RWUA 2XO7A 5KRTA 1BISA 1LWFA 2DFFA 3A2FA 3KTQA 4KFBA 3K5NA 3OYBA 1C0MA 1ZBUA 2XRIA 4CJTA 3AVFA 4RW7A 1S9EA 3RMAA 4FJGA 3VQDA 5C24A 4L8RB 1QS4A 3NGZA 3HVTA 3LP1A 5FRMA 1QHTA 3L2VA 1BGXT 1KLNA 4C8OA 4H8KA 3SUNA 4PA1A 4F8RA 4HCCA 3DM2A 3PO4A 3U3GA 4NCAA 3HYFA 3PUFA 3ZCMA 1QTMA 4J2BA 1F21A 1RBVA 3HJFA 2Z1GA 3V9UA 3QESA 3SQ4A 1DTQA 1UWBA 3SPYA 3FFIA 2XY6A 3V9XA 1ZBLA 3ZT0A 4FLZA 1SL1A 3NDKA 1BQNA 3CQ8A 5SWMA 3HK2A 2DFHA 3V9SA 2VG7A 2HHVA 2YKMA 2KFNA 2F96A 1SL2A 4DFKA 3NF9A 3OS1A 1RDBA 4PWDA 4FXDA 3V1QA 4FJXA 1U4BA 2GBZA 4E7JA 3TABA 4HUGA 4BE2A 5FROA 4M3WA 4N76A 2IAJA 4FJNA 3I8DA 3KKSA 1VSDA 3DRSA 4HVJA 4M3XA 4F4KA 3IG1A 3WNFA 4CESA 4Q0BA 4DTNA 4FJ5A 4FLXA 1D8YA 3TAGA 4FJ9A 4FCYA 4FM2A 3ZSOA 3O4QA 3HSTB 1VSIA 4KB0A 5KGWA 4KHYA 2R7YA 1CLQA 1KVCA 3TAQA 1N5YA 1A5XA 1HMVA 4DF4A 2OPPA 4Z4IA 1CXUA 2KTQA 1R0AA 4BACA 1WAJA 3TWHA 1SL0A 1BL3A 4CJ3A 4BWMA 1K6YA 2W42A 4NCGA 3SNNA 5J2PA 2HHWA 3I0RA 4DSKA 1JLQA 3AA2A 3CM6A 1TV6A 4AHRA 4AHTA 1DLOA 4CEOA 4EP5A 4HCBA 3HL8A 4JRPA 3CG7A 4OLBA 1J53A 4FM0A 4ZTFA 3OYKA 1NJYA 2G8HA 1HQUA 4MFBA 3SV4A 4J2AA 1B9FA 4C8KA 4F3TA 2YKNA 4RW4A 2IOCA 3WNGA 5KTQA 1IKYA 3H08A 4IG0A 1KSPA 3C95A 4BDYA 3TAEA 1S1UA 1X1PA 2IGIA 3KK2A 4B9NA 4M3ZA 3LZJA 5HP1A 3DOLA 4FJJA 4CF9A 1C6VA 3NBPA 3RRGA 1EKEA 4CJ5A 4IG3A 3SPZA 4CECA 1NK9A 1HPZA 2PYJA 2G8WA 1LWCA 4Y1DA 1N6QA 4PY5A 1L3TA 3M8SA 2QKKA 4OJRA 3DLGA 4FLWA 3VQCA 4CJQA 3AA5X 3P1GA 3KK3A 1SUQA 5KRSA 3ZT4A 3OJSA 3NAEA 3SV3A 3VQPA 3LP3A 3LP2A 4DTMA 3MXJA 4KHQA 4I9QA 1IO2A 1XC9A 1NKCA 4DU1A 2G8IA 4JRQA 4F2RA 1UOCA 2GV9A 3M8QA 1C1CA 4CK1A 1WSIA 3O4NA 4E1NA 1LAVA 1HYZA 4G1QA 3P83D 4BWJA 3ZSZA 1Q9XA 4CEFA 2OPRA 3ZSWA 3L8BA 3HPGA 3KIOA 2Q3SA 3ZT2A 3QNOA 5J2QA 2P5GA 4Z4GA 4H4MA 4ELTA 3KD5E 4KHWA 2G8FA 3DLRA 3TAFA 3NF6A 3KJVA 3QEIA 4CHQA 2D5RA 4BE1A 4KREA 4DSJA 2NUBA 5FRNA 2KFZA 1A5WA 4B8AB 1RDAA 4FZXC 4CIGA 2RF2A 3K2PA 4KPYA 3SUPA 4CE9A 4CIFA 4CHZA 1KTQA 5CYQA 4K8XA 4E7HA 4NYFA 3RR7A 1EETA 4K8ZA 3AVMA 1NOZA 4DFPA 1S6QA 3HO1A 3LAKA 3NF7A 4JS4A 2DTUA 2QXFA 4Z4EA 3BGRA 4CEQA 1C0UA 1RBRA 3RMDA 1S6PA 1Y97A 4Z0UA 2VG6A 3L2RA 4ICLA 1BCMA 3HT3A 2PYLA 2E6LA 1VRTA 3JYTA 1EX4A 3DYAA 1WSEA 3QINA 3ZSQA 3SQ1A 4CF1A 4IKFA 1JXBA 3D45A 4TSXA 4KO0A 1HQEA 2JLEA 3MXMA 3K59A 2YV0X 1CXQA 1RTIA 2X74A 1ASUA 3PO5A 3OVNA 4FLTA 3QERA 1BQMA 1T8EA 3ASMA 5D3GA 4JS5A 1S1XA 3SZ2A 5DMRA 4I2QA 1TL3A 3S3NA 2P5OA 5CZ2A 3AVLA 1KFDA 1S9GA 1KRPA 3BDPA 3S3MA 4W5TA 3M8RA 4CFBA 4RW6A 4N47A 3VQBA 3OYFA 1UA1A 3VA3A 4CJVA 1SKSA 1TK0A 4WE1A 3NH2A 4FK2A 4DFJA 4C8LA 1EXQA 4E1MA 4M42A 4ZTJA 3OJUA 1VRUA 3VQ5A 4DTXA 2YNHA 1WNSA 4LH5A 1QSSA 4KHNA 4CJWA 4B9LA 4CJPA 4FZYA 4W5QA 4CK3A 4QAGA 1JLFA 3ZSYA 4DSFA 5HBMA 3ITHA 4GVMA 1D5AA 3F73A 2Y1IA 1JLBA 4CGHA 1BHLA 4ELVA 4BDZA 3TR8A 4HUFA 3TAMA 5JS2A 4HHTA 1TKDA 4CEBA 3L2WA 4B9MA 3KLFA 3D0PA 1C0TA 1U04A 2YHAA 3LALA 2D0BA 3LP0A 4IDKA 5FDLA 4DWIA 5HRPA 3O3HA 1QE1A 2Z1IA 3RRHA 3SI6A 1TL1A 2FC0A 4AHUA 4CFCA 3U6FA 3MEGA 1U45A 1YTUA 3DLEA 3AO1A 1TVRA 2YHBA 4FK0A 5EU7A 3RTVA 3V1OA 1MU2A 3AO4A 4DLEA 1RBUA 3AV9A 3ZT3A 4RW9A 3VQ4A 3MECA 3RMCA 3KKRA 1X9SA 2XY5A 5SZTA 4CEZA 4W5RA 2ZQBA 3AO5A 3AVAA 3L3VA 3MEDA 3NH1A 2IDOA 3L3UA 1T05A 3OYDA 4ELUA 1L3SA 1TKXA 3VQQA 4AHCA 3OYEA 3TANA 3V1RA 4OPKA 3VQAA 3OYAA 3PV8A 3QETA 4DTSA 1YT3A 1ZBFA 1NKEA 4I9LA 4DTJA 4GMJB 5HRNA 1LW2A 3KK1A 4CHNA 4EZ9A 1RBTA 1W0HA 4H4OA 4PUOA 3MEEA 3DRRA 4CEDA 1TK8A 3DRPA 4B08A 1XHXA 1VSKA 4CJRA 3VQ7A 4R5PA 4W5OA 4M41A 2OZMA 4ID5A 4KTWA 1KCFA 1NJXA 2HHSA 1BIUA 2YNGA 3SJJA 1QSYA 4IFYA 2DFEA 5DK5A 1REVA 3CFOA 3KLIA 3KLGA 4KHUA 4CJFA 1BI4B 4BDPA 1RT2A 4E0DA 4FLUA 2OA8A 2HNYA 4O55A 1U49A 4W5NA 1ASWA 3ZT1A 2IS3A 3OY9A 2PY5A 1J9AA 3EY1A 4RW8A 4CGIA 3CFPA 1VSFA 1Z25A 4CF2A 3OYIA 2A1SA 3PY8A 4OLAA 1YTAA 3V9WA 3K5LA 1IG9A 1VSEA 2VWKA 3OYHA 2ZE2A 1Z26A 4DQRA 1JXEA 4FM1A 3K58A 3T3FA 3AVKA 3DMJA 4J2EA 1IKVA 4CGFA 2KW4A 3OS2A 1HNIA 4YFUA 3QEXA 3HPOA 1L3UA 4CERA 1NJZA 2FBVA 1WSHA 1GOAA 3B6OA 1JL2A 4YNQA 5I42A 2QK9A 3AA3A 3E01A 3V4IA 4I2PA 1GOBA 3LPUA 4FJ7A 2AJQA 2X6NA 1RT7A 4JLHA 4DF8A 1QQCA 4CF0A 4CK2A 4C8NA 4B9TA 4BE0A 1RT3A 1NOYA 4FVMA 3QLHA 1D9FA 3KLHA 1S1TA 4AH9A 1NK7A 3LAMA 3PX0A 2ITGA 1GOCA 1VSJA 3IS9A 3LWMA 3OYGA 1JL1A 2Y1JA 4KRFA 4IFVA 4FJIA 1HYVA 4E19A 5CY4A 3TARA 2VG5A 4CHYA 4E7KA 3S9HA 2DY4A 3JSMA 1QSLA 4CJ4A 1NK6A 3CYMA 1RT6A 1IKXA 5HRSA 3QEVA 4B9VA 2XY7A 3S3OA 2WOMA 1C1BA 1JLGA 3G10A 4LSNA 3OYCA 2BDPA 2FBXA 4DSLA 4B3OA 4OGEA 5J2NA 3CFRA 4OKEA 3AVGA 2E4LA 1S1WA 5T7BA 4DFMA 1KLMA 2KZMA 1FXXA 1HNVA 4KTZA 3NE6A 4NCBA 3QNNA 1ZBHA 1Q9YA 2HVHA 4ZHRA 2OPQA 4FJMA 3OYLA 3NF8A 4N41A 4IBNA 1SKRA 4KI4A 1TGOA 3ALYA 2X6SA 4E7LA 2OYQA 4CEEA 3VA0A 1KVBA 3LDSA 5JS1A 2D0AA 3L2QA 1RBSA 2RKIA 3TAPA 4E89A 3O3GA 4FW1A 1WAFA 1FKOA 1BCOA 4UQGA 3OS0A 2G8KA 1U47A 4CJKA 3RMBA 1WN7A 4CHPA 2JGUA 4EZ6A 1I3AA 1IH7A 1RNHA 3AVNA 3THVA 4KB1A 3P5JA 1HRHA 3AO3A 4QCLA 1VK0A 3AVCA 4Z4HA 3DOKA 2X78A 3LZIA 2HB5A 3QIOA 2HNDA 3SUOA 4FYDA 4M3RA 3K57A 4CJUA 1RTJA 2I5JA 4QOZB 3T1AA 3LWLA 4AILC 2YNIA 4KAZA 1TAQA 1WSFA 4CF8A 2D0CA 5CYMA 4O4GA 1KVAA 4RG8A 1NK0A 3ZSVA 3T19A 3PX4A 3QEWA 5HROA 4CJLA 5E41A 2XY8A 4NYNA 3NH0A 3AVBA 1YVUA 1L5UA 4KTQA 3DLHA 1S1VA 3NHGA 3M8PA 4DQSA 4M3TA 3K5MA 3V9ZA 1ZBIA 1A5VA 3AVIA 3VQ9A 2FBTA 1CZBA 1RT5A 2BGGA 2HHUA 3VQEA 4XIUA 3L2UA 3QO9A 5KI6A 3SYZA 3I0SA 3V6DA 1KFSA 1S5JA 2LSNA 1O1WA 3NGYA 4N56A 3WNHA 2RPIA 4OKKA 1VSLA 3AVJA 4LSLA 4Z4CA 4DSIA 1HYSA 3VQ8A 4CEAA 3V81A 1LAWA 1JLAA 1LWEA 3IAYA 4CFDA 4E7IA 4F2SA 1T7PA 3RR8A 3MXIA 4FLYA 1B92A 1RT1A 2QKBA 1L3VA 2O4IA 4OKJA 3SCXA 3SQ0A 1SKWA 1WSJA 4DU3A 4KHSA 3VN5A 1NK8A 4DQPA 1TAUA 2GUIA 4O44A 4CIEA 2HMIA 1LW0A 2XHBA 1VSMA 4DMNA 3NCIA 1EP4A 1XWLA 1X9MA 1UAXA 1CZ9A 3DLKA 4I7FA 1RILA 4FJHA 1RCHA 2HVIA 1ASVA 1C1AA 3B6PA 3DI6A 3EYZA 1IKWA 3C94A 1D9DA 2HHQA 2Z1HA 4FW2A 3U3YA 3NGIA 4DSEA 2F8SA 2HHXA 2BE2A 4CGGA 2P1JA 4CJSA 2HHTA 3NFAA 1VSHA 4M3YA 1FKPA 1HJRA 1TKTA 3F9KA 4LH4A 4AHSA 4FK4A 4LD0A 4O0IA 5C42A 3HXMA 4DLGA 4DTUA 4DS5A 2EX3A 3C6UA 4LY7A 2ETJA 3WNEA 4CGJA 1T03A 1W9HA 3HP6A 3SQ2A 3SUQA 2G8VA 3AO2A 1B9DA 4Z4FA 2PZSA 4EP4A 2B6AA 1NK4A 4Q5VA 1DTTA 3OYJA 4OGCA 1JLEA 1RDCA 3ISNC 5CZ1A 4J2DA 2RN2A 2KZZA 4B8CA 1WLJA 1ITGA 4KKOA 4CJEA 1Q8IA 1RT4A 4N5SA 2ZD1A 1BI4A 3AVHA 5J1EA 2YNFA 2B5JA 1XHZA 1J54A 4KI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIZA 1WSGA 1EO1A 4CI6A 2Q31A 3FLCO 3O9RA 4JI3K 2GWJA 2WBNA 3O3FA 3MK6A 4YOTA 4OPJA 3KD1E 1HPMA 2OZSA 4FVUA 5TKYA 4O0JA 3RVCA 3O9QA 4JK7A 2P51A 1NGCA 3NMUA 2HSTA 4IXCA 2E6MA 5LY3A 4E3SA 3AA4A 5GAGP 3M5RA 4KV8A 2QEXN 4DTPA 2QWOA 4GW6A 4B9UA 1LV5A 1NMNA 3G71N 1NK5A 2IVPA 2A1RA 2HNZA 1M1KO 3HSCA 4OVLA 5I9EB 5A2QO 5KRTA 1BISA 1LWFA 3A2FA 3KTQA 3CCRN 5LL6Z 3THWB 3CCJN 4LF4K 3E9OA 3CF5L 3ZETA 4RW7A 3R9PA 3VQDA 1KQSM 1QS4A 3NGZA 4BRIA 5FRMA 2QA4N 4K42A 4JI1K 1NU0A 4PA1A 1KD1O 3U3GA 3PUFA 3VGLA 3A8YA 4IWVA 1MDUB 1RBVA 2Z1GA 3KZBA 3EO3A 4LF6K 1BQNA 1QVGM 1VQ9N 4U7BA 2DFHA 3V9SA 2YKMA 1RDBA 3V1QA 2GBZA 4M3WA 5AQMA 1VSDA 3BY5A 4M3XA 4DUZK 4DTNA 4FJ5A 4B1XB 4FJ9A 2RE2A 1QQNA 4XH5A 4KB0A 3CPEA 5KGWA 4KHYA 2P9LB 1NG9A 3FFKB 1A5XA 1BDGA 1BU6O 4DF4A 3TWHA 2JWKA 2W42A 2HHWA 4DSKA 1JLQA 3CM6A 4AHRA 4EP5A 4K25A 1DLOA 1E4FT 1NJYA 4JI2K 3SV4A 5AJ3K 4C8KA 4F3TA 3QDKA 3VEWA 4WCEL 3P39A 3O5BA 5M1KA 1KSPA 3TAEA 1X1PA 4LC9B 3KK2A 3LZJA 5HP1A 1C6VA 3RRGA 1EKEA 4CECA 1NK9A 3VMFB 4A5BA 2PYJA 2G8WA 1LWCA 4Y1DA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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