4DMN | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	155
structure length	145
Chain Sequence	DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__011099507289111__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__011099507289111__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4DMN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__011099507289111__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"011099507289111","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4DMN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__011099507289111__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Viral protein/inhibitor
source organism	Human immunodeficiency virus type 1
publication title	Multimode, cooperative mechanism of action of allosteric HIV-1 integrase inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HIV-1 Integrase
total genus	49
structure length	145
sequence length	155
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2012-02-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4dmnA00

4CGFA 3KK1A 4N47A 2VG7A 3RMBA 4QOZB 4AHVA 1HPZA 4CJFA 4DU4A 2ZQBA 3KJVA 2QKKA 1TL1A 4FJKA 2FBXA 1Q8IA 2IAJA 2LSNA 5J2QA 1SL2A 5KTQA 3OYFA 1J9AA 3SZ2A 3TAFA 4LSNA 5FROA 3LZJA 1JLQA 3I8DA 2P1JA 1GOAA 2BGGA 3OYKA 4OLAA 1LV5A 3MAQA 3KD5E 2G8FA 5JS1A 5HRNA 1VSMA 3RTVA 2KQ2A 3T1AA 1D8YA 3K57A 1R0AA 3V9ZA 4H8KA 5FRNA 3TANA 4IFYA 1TL3A 4CJWA 1QSYA 4E7KA 1NK6A 4DQSA 3HK2A 4FJLA 1LW0A 2HNZA 4HUEA 4WE1A 4DU3A 3KK3A 1RTJA 4CF8A 1QTMA 4DSKA 4E0DA 1WSGA 4Y1CA 2KZMA 3ZT1A 1NOYA 1JL1A 3LANA 3IAYA 4F3OA 4FJ8A 4ELTA 4DSIA 2JGUA 3VA3A 2GUIA 4AH9A 3VQAA 2I5JA 3WNEA 4CFCA 4HHTA 2BDPA 4HCBA 3LP3A 4DFKA 4TSXA 4F8RA 2F8TA 3IG1A 3QINA 1REVA 2IOCA 3CFOA 1NK7A 4CE9A 4KO0A 1JXBA 3PX0A 2HW3A 4KI4A 2BANA 4PA1A 3HYFA 5KI6A 4CJRA 4DSJA 4PQUA 3DLKA 4DQQA 3RRGA 2Z1HA 4CJKA 3O3HA 3AV9A 3V9XA 5J2MA 1Q9XA 3NGYA 2HHSA 4R5PA 3VQ4A 3KLFA 4KTZA 1NKBA 3HM9A 2VWJA 4B8CA 2D0CA 3D0PA 1NJXA 3DMJA 3ASMA 4ICLA 1RT6A 1GOCA 2DFEA 4NCGA 4OKKA 3VQ6A 3LWLA 1LWEA 1BL3A 5HRSA 4HTUA 4EP4A 3SUPA 4B8AB 2AJQA 2DTUA 1XHXA 1DLOA 2P5OA 4CF9A 4FLYA 2Z1IA 2VG5A 4FLUA 5HROA 5K14A 2PYJA 2HHQA 2ETJA 4I9LA 3BDPA 1FXXA 3M8SA 4BDZA 3C94A 3DRRA 3VQ8A 4DS4A 4CHZA 3QNNA 3ZSOA 4KHQA 4OLBA 4FM2A 3AVLA 4IG0A 1ZBLA 1HYZA 3B6OA 4O5BA 5JS2A 3C6UA 4ID5A 3HP6A 4J2BA 4DFMA 2DFFA 3SJJA 2OA8A 4CCHA 4DQPA 1HNVA 4DTSA 4QCLA 1KVBA 1Z25A 1U4BA 4E7IA 3LAMA 2OPQA 3HSTB 2P51A 4Z4FA 1TAUA 5EU7A 1XWLA 4RW4A 3SQ2A 1ASWA 3T19A 4DLEA 5C24A 1QSLA 4E7JA 4PUOA 1B9FA 2YNFA 1JKHA 5CZ1A 3K5LA 3TABA 3ALYA 4K8ZA 3NF6A 1EKEA 5KRSA 4LSLA 4AHCA 4RG8A 3TR8A 5T7BA 3K59A 1SKRA 4ELVA 4M3YA 3L2RA 3NGIA 2Z1JA 4BACA 4DLGA 4L8RB 2Y1JA 3SNNA 4FJIA 1C0UA 4KAZA 3LALA 1K6YA 4Z4EA 3K5MA 1ZBUA 3QLHA 4RW6A 4M41A 1JLCA 4KREA 3SI6A 1EXQA 3AVAA 1RILA 1C1AA 3ZT4A 4FLXA 4NCAA 4M42A 1ZBHA 2O4IA 1J53A 4JS5A 3MXIA 2D5RA 3QEPA 4CGJA 3ZSXA 3TAPA 2XY5A 1BIZA 4CGGA 4C8KA 3KK2A 1J54A 4DU1A 1RDAA 3V6DA 4CIEA 3S3MA 4CEFA 1Y97A 1RCHA 3CG7A 3NDKA 2HVHA 3KTQA 3AVGA 1SL1A 3DLGA 1HQUA 5KGXA 3OJUA 5I3UA 2ATQA 1TV6A 3DRPA 2F8SA 1C0TA 3O3FA 4B9MA 4HVJA 5J2PA 1HYVA 2OPPA 4O0JA 4FJ5A 3L3UA 4CJUA 4DTOA 4RW9A 1W9HA 4ELUA 1WSEA 3LP1A 5FDLA 3V81A 1NK0A 2ZD1A 4OJRA 1RT1A 3AVHA 3ZT2A 1BQMA 4DTUA 2E4LA 3RR7A 4Y1DA 3V9UA 1ZBFA 3KLGA 1CXQA 3RRHA 2OZMA 1RTIA 5HP1A 4F4KA 3BGRA 1NOZA 1WSJA 3DM2A 1IH7A 4DFJA 3S3NA 1TKZA 4CEDA 4C8MA 1BHLA 1WSIA 3S9HA 1QS4A 1X9MA 1VK0A 2XY8A 3JYTA 1JLFA 1S1TA 2RKIA 1S1XA 3E01A 4O4GA 4JRQA 1D5AA 4Z4CA 4FLTA 4DS5A 4BE2A 3AVMA 1A5VA 5HBMA 3QEXA 4H4MA 4IDKA 2PZSA 4FJGA 4W5RA 3UIQA 4CEOA 4BWMA 1LW2A 3VQQA 5HRPA 3NCIA 3LP0A 4KRFA 5I42A 3PUFA 3M8RA 4CIGA 1NJWA 3HXMA 1LWCA 3EY1A 2X74A 4CHQA 3MEDA 4IKFA 1UA0A 4N56A 1RDCA 3QO9A 2HMIA 1CXUA 1WSFA 1XHZA 1HQEA 3KKSA 3MEEA 1WAJA 3P1GA 3ZSZA 2W42A 3VQ9A 4OGEA 2OPSA 4OGCA 3DRSA 1O1WA 3VQCA 4DTJA 4Z0UA 5C25A 4DFPA 2YNGA 2HHTA 1BGXT 3KLHA 4LH4A 3RR8A 2YHAA 4FZXC 3DLBA 1KLMA 3L2UA 4GVMA 4XIUA 1KTQA 3I0SA 4FM0A 3TAQA 3EZ5A 1D9FA 3WNFA 4M3ZA 3HT3A 3HPGA 4CIFA 4FJHA 4CK1A 4YNQA 4PY5A 3VQEA 3SUQA 4FK4A 3OS2A 4ZTJA 4KHUA 4ID1A 4Z4HA 3QEWA 1BQNA 1TVRA 3ZT3A 1CLQA 3HVRA 3PX4A 3P5JA 5J1EA 1GOBA 4O55A 4FJ9A 1TGOA 1RDDA 3DLEA 1C0MA 1QHTA 1RBTA 3DOLA 4G1QA 3RMCA 1NKEA 4BDPA 1TAQA 4O0IA 3OYEA 5HLFA 4W5QA 1B9DA 1C1CA 3M8QA 2XY6A 4CF2A 1U47A 2HHWA 4N5SA 1HJRA 1VRUA 2VG6A 1NJYA 1FK9A 2OYQA 4CHPA 2DFHA 2VWKA 3PO5A 3SCXA 4Z4GA 4KTWA 1TKDA 4CJVA 1TKTA 3TAMA 3F73A 4FM1A 4DF4A 3OYNA 1WNSA 4K8XA 2OPRA 2YHBA 3VN5A 5J2NA 1IG9A 4O44A 3U3GA 3NH0A 3O3GA 3V1QA 1A5WA 2YKMA 3MXJA 4E1NA 3K5NA 3LDSA 1WN7A 1BI4B 1T05A 2RF2A 1HMVA 4CGIA 3ITHA 4CJPA 3OYHA 3S3OA 1U45A 2KFZA 2OZSA 4FZZA 2B6AA 2D0BA 1ASVA 1VSKA 4CECA 3K2PA 4OVLA 4E7LA 1ZBIA 4W5NA 4NYNA 4NYFA 4J2EA 4CJSA 4CF0A 3HVTA 1YVUA 4FVMA 4I2PA 3KIOA 2GBZA 4C8OA 3L8BA 1HNIA 4F2SA 3PX6A 3LWMA 3KLIA 4CJEA 1UOCA 1NKCA 1RNHA 1TK8A 2X6NA 3AVJA 2HNYA 4KHSA 1VSIA 4CHOA 4DSFA 1JLGA 3HO1A 4CJ3A 1VSEA 4KPYA 4E1MA 3AA3A 3CFRA 1T8EA 4CFAA 4JLHA 4NCBA 4FW1A 1RBRA 1LWFA 2Q3SA 3M8PA 3KKRA 4E19A 3MEGA 5HRRA 3QERA 3ZSRA 4FLZA 3QNOA 1BI4A 3U6FA 4LH5A 4CGHA 4FLWA 4CK2A 4DTXA 3TWHA 2B4JA 1EP4A 2IDOA 5D3GA 3ULDA 2D0AA 1RT7A 3SV4A 4OPJA 1BIUA 3RMDA 1C6VA 4CEZA 1KCFA 1YTAA 2HB5A 3LP2A 3OYCA 2EX3A 4HCCA 4CFBA 4FK2A 3AO2A 3HL8A 1S1WA 2ZE2A 4LD0A 1RDBA 3QEVA 4OKJA 4FK0A 3V1RA 1RT4A 1NK5A 1X1PA 1TK0A 3L2VA 3QIPA 1CZ9A 2IS3A 4FJ7A 4YFUA 2A1SA 4DTMA 1NK4A 3DI6A 3OYBA 2RN2A 4W5OA 4B9LA 2KTQA 4CFDA 2R7YA 3ZSVA 3A2FA 2B5JA 3SQ1A 3OVNA 3U3YA 3NFAA 2WOMA 1C1BA 2QKBA 1FKOA 1QQCA 1S6PA 3VQ5A 2FBYA 3AVCA 4I7FA 3RWUA 4N41A 4ZHRA 3NF7A 1F21A 3B6PA 2ITGA 2XO7A 3PO4A 1S9EA 3G10A 2G8KA 1G15A 4BWJA 2YV0X 3FFIA 3V1OA 4BDYA 1NJZA 4KFBA 1TK5A 1L3VA 3KLEA 4JRPA 5KGWA 3QETA 3ZSYA 2QK9A 4KI6A 4DSEA 3CM6A 1SV5A 4B9VA 4M3TA 4RW7A 2G8IA 3OYIA 4CEBA 3OYJA 1S6QA 1VSLA 3SYZA 3OY9A 4BE0A 3CYMA 3NBPA 3NGZA 4AILC 2KFNA 1S1UA 3OS0A 1I39A 4QAGA 4KB0A 1U49A 3WNHA 3G0ZA 2NUBA 3PV8A 2XY7A 2RPIA 3AVNA 3H08A 4AHSA 3THVA 4IG3A 5SZTA 4RW8A 4DQIA 4IBNA 2G8UA 4Q0BA 3C95A 4OKEA 3T3FA 4KB1A 3SQ0A 5SWMA 3OS1A 4KHNA 2X78A 3LZIA 1VSFA 4CEEA 4CK3A 1I3AA 2Y1IA 1L5UA 3ZCMA 1RBSA 1A5XA 3NF8A 4KKOA 2FBVA 4GMJB 2HVIA 2YNIA 2KZZA 1RT2A 4EZ6A 3ISNC 3O4NA 1T7PA 3DYAA 3HPOA 3HPHA 5CYMA 1HYSA 2F96A 1BCOA 4EZ9A 2XHBA 2X6SA 1JLBA 1J5OA 2KW4A 4CF1A 4AHRA 5E41A 2FBTA 2HHXA 1LAWA 1TKXA 2XRIA 4M3XA 1S1VA 4F3TA 2GV9A 3SUNA 3SPZA 3NAEA 5FRMA 4KV8A 3AVBA 4CERA 3QESA 3SQ4A 1XC9A 4B9SA 1CZBA 1VSHA 1S9GA 3WNGA 4DF8A 3CQ8A 3VQBA 1LAVA 2IGIA 3K58A 4ZTFA 4BE1A 1YT3A 4I2QA 1MU2A 1FKPA 2G8HA 1RBUA 1B92A 3TAEA 3SUOA 3L3VA 1RTHA 4DTNA 4DWIA 4FCYA 4E3SA 4FJXA 3ZSQA 3ZT0A 4CJQA 2YNHA 3CM5A 4FJNA 4CESA 4FW2A 4KHYA 4CJ5A 1IKWA 3CFPA 3V9WA 2QXFA 4N76A 4M3WA 3OJSA 1KFSA 4MQ3A 4C8LA 4CHYA 2G8WA 1RTDA 3JSMA 1KVAA 3OYDA 3VA0A 1D9DA 3LAKA 4FYDA 1U48A 1DTQA 1DTTA 2HNDA 1JLAA 4C8NA 3VQ7A 1VSDA 4J2AA 1IKVA 3MXMA 2IC3A 3OYGA 1SL0A 2BE2A 3I0RA 3LPTA 1HRHA 1WLJA 1S5JA 1ITGA 1X9WA 4DTPA 3D45A 2WONA 2PYLA 4CHNA 4UQGA 1T03A 1N5YA 3PY8A 5CZ2A 4HUGA 1EX4A 2A1RA 1IKYA 3HP9A 3DOKA 3F9KA 4H4OA 3AA5X 3MECA 3AA2A 5CYQA 3IRXA 4DQRA 1EETA 3VQPA 1UWBA 2PY5A 3NHGA 1WAFA 4FXDA 3NF9A 3QIOA 3AO4A 3DLRA 2E6LA 1IO2A 1ASUA 4DG1A 4FLVA 3V4IA 4HUFA 3O4QA 3IS9A 1NK8A 1ZYQA 1Q9YA 4F2RA 4Z4IA 3LPUA 1L3TA 2E6MA 3AO5A 4IFVA 3NH2A 4KTQA 3P83D 3K5OA 4W5TA 5C42A 3L2QA 2JLEA 3OYMA 4CJTA 1XI1A 5KRTA 1L3UA 2Z1GA 4FJJA 3TI0A 1SUQA 3AA4A 4B9NA 1QE1A 3SPYA 4CJ4A 1N6QA 3AO1A 3AVKA 1KLNA 4E7HA 5CY4A 4B08A 2DY4A 3V9SA 1UA1A 2G8VA 4B9TA 1IKXA 1RT5A 3KD1E 3OYLA 1VSJA 4MFBA 4CEAA 4CEQA 3ZSWA 1RBVA 3NE6A 1BCMA 3SV3A 1NK9A 4B9UA 4I9QA 4FJMA 3TAGA 4M3UA 3HJFA 3L2WA 3DLHA 1YTUA 1U04A 2FC0A 1KRPA 1KSPA 4Q5VA 1UAXA 1SKSA 2P5GA 4DMNA 1BISA 1WSHA 4M3RA 5DK5A 4CJLA 3AVIA 1SKWA 3AO3A 4J2DA 2YKNA 3AVFA 4E89A 3QEIA 4EP5A 4KHWA 1JLEA 1JXEA 4AHTA 1W0HA 3NH1A 4DSLA 4PWDA 2HHVA 1JL2A 4OPKA 3EYZA 4M45A 4GW6A 4LY7A 3TARA 1RT3A 4JS4A 1KVCA 2HHUA 1L3SA 4FZYA 4B3OA 4CGDA 5DMRA 2EHGA 2O4GA 3C6TA 1QSSA 1VRTA 4AHUA 1Z26A 3VQDA 3RMAA 3OYAA 4DTRA 1KFDA 1X9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4DMNA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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