4DQ8A

Crystal structure of acetate kinase acka from mycobacterium marinum
Total Genus 124
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
380
structure length
373
Chain Sequence
NRVVLVLNSGSSSLKFQLVEPDSGMSRATGNIERIPDHDAALRRVFEILAEDDIDLQSCGLVAVGHRVVHGGKDFYEPTLLNDAVIGKLDELSPLAPLHNPPAVLCIRVARALLPDVPHIAVFDTAFFHQLPPAAATYAIDRELADVWKIRRYGFHGTSHEYVSQQAAEFLGKPIGDLNQIVLHLGNGASASAVAGGRPVETSMGLTPLEGLVMGTRSGDLDPGVIGYLWRTAKLGVDEIESMLNHRSGMLGLAGERDFRRLRAMIDDGDPAAELAYDVFIHRLRKYVGAYLAVLGHTDVVSFTAGIGEHDAAVRRDTLAGMAELGISLDERRNACPSGGARRISADDSPVTVLVIPTNEELAIARHCCSVLV
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV1 (16-19)S1 (9-16)AH2 (96-105)TIV3 (27-30)S2 (19-26)TIV2 (26-29)S12 (365-368)AH1 (51-65)S3 (31-38)TI9 (359-362)TI1 (68-71)TIV5 (69-72)S8 (202-208)S4 (74-81)TI3 (109-112)TII'1 (84-87)TI2 (85-88)S5 (92-93)3H1 (106-108)AH3 (112-126)TI4 (127-130)S6 (132-136)TI5 (136-139)TIV8 (207-210)3H2 (139-141)TI6 (141-144)3H3 (146-148)AH4 (155-161)AH5 (170-184)S7 (192-198)3H4 (188-190)TIV6 (198-201)TIV9 (217-220)AH6 (236-245)AH10 (284-308)TIV11 (231-234)AH9 (272-281)S10 (313-317)AH11 (319-323)TII1 (332-335)3H5 (336-338)S11 (355-356)S9 (211-215)AH7 (250-260)TI8 (227-230)AH8 (262-267)TIV12 (308-311)AH12 (325-332)AH13 (344-348)TVIII1 (362-365)TI7 (220-223)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Mycobacterium marinum
publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
total genus 124
structure length 373
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A02
2A42A 3ZX3A 2A40A 5BPLA 4BRMA 3AAPA 3FR0A 3A5NC 4BC5A 5F0XA 3VPZA 3ZEUA 4MO4A 1NMDA 4B1ZA 4FSVA 4FWRA 4BVPA 1ATNA 1NGCA 3M1FA 4CZEA 5B8HA 3D2FB 1NLVA 3DAWA 3B8AX 2GUPA 5LJWA 2PBDA 2QWMA 4BC3A 4C23A 5AZIB 1KAXA 4BGBA 4CZHA 1IJJA 5EXWA 2GEMA 1V4SA 3GL1A 4B1XB 5E26A 4JD2B 2AP1A 1G99A 2P9IA 3QDKA 2GELA 2W41A 3AAQA 3SMSA 3CJAA 4H0YB 1YVNA 4BG9A 3I8BA 3W3DA 4PKHA 4PKGA 3TPQA 1KAYA 4BRGA 2CGLA 1LOTB 1BO5O 1BA1A 3CETA 1H1VA 2E20A 3WQTA 5AQLA 1ESVA 4CI6A 3DJCA 2E1ZA 1NGAA 4PKIA 2ZGZA 5EVZA 1JCEA 3RSEA 2VCPA 1GLCG 3ULEA 2FSJA 2P9NB 3CJ1A 4H03B 5BPMA 4FWNA 3FGUA 4CZIA 4FO0A 4FWKA 3S41A 1DGKN 2P9SB 4DHYA 3A0IX 4K42A 2QWOA 5AQWA 4CJ7A 3DXMA 4NO7A 1HX1A 2V52B 5I9EB 4WQ4C 5AZJB 3C7NB 3VGLA 4CZMA 2D4WA 5AQXA 5AQPA 4CD1A 3EZWA 4JHDA 1JCFA 3FZHA 3GBTA 1MWKA 3VF6A 1SQKA 4BREA 2NZTA 3ATUA 3MMVA 3FLCO 5JLHA 2E2PA 3A5MC 3FFKB 5FPEA 1V4TA 4I6MA 5LJVA 2A5XA 1NGFA 5KPTA 5AQJA 1WOQA 3ZETB 5AQZA 2W40A 5KPRA 1DKGD 1D4XA 3CERA 3IMXA 4FWPA 5FPNA 3P4IA 3MDQA 4H5RA 4EAHD 2A41A 4M63C 1T44A 4H5TA 3O1BA 1BA0A 5BRHA 2BUPA 4GY2B 2E1YA 2A6AA 4QS9A 4FPAA 3WXJA 1GLDG 1T6DA 3LDPA 4K41A 4CBWA 3ID8A 3EKSA 5BN9A 3VEVA 1MA9B 2YHXA 3VEZA 4BC4A 4CBXA 2P9UB 4L3QA 1IG8A 1NGBA 1S22A 4CZKA 4IJNA 2IIRA 4H0VB 1Y64A 2CGJA 3LDLA 3VENA 3O5BA 1BUPA 3FZLA 1NGEA 3HI0A 1XQSC 1GLLO 4EHTA 1HJOA 2GWJA 4PL8A 5AFUH 1CZAN 3D7EO 4A2AA 5ADXA 4FWOA 1QQOA 3UKUB 3IDHA 2E88A 3O80A 4WQ5A 2HF4A 2D0PA 3QB0A 3L0QA 2P9PB 4Y0WA 2CH6A 3VEOA 3MN7A 1TUYA 1HUXA 3AARA 1NBWA 3BF1A 4B1WB 3VOVA 3WQUA 2GTDA 3VF4A 5AZJA 3GOIA 2ZGYA 4NB4A 5EOYA 1ATRA 3C0BA 3D2EA 4H5WA 3H1VX 3R9PA 3WEEA 2P9LA 3UKRB 3JS6A 3R6MA 4IWVA 4BRNA 2E8AA 3HTVA 3FZFA 3QBXA 4K43A 1QHAA 1ZXOA 5CE3A 4O5FA 1TYQA 3VERA 4BQZA 4IO8A 2ZWHA 3WUHA 3IUCA 4QS8A 5AQNA 1HLUA 3LDNA 4CD3A 1U2VB 3UE5A 4AM6A 5BPNA 2BTFA 3VGMA 3EO3A 4FWMA 5AQTA 4FWLA 3GG4A 4A62A 1BWFO 2QWLA 3LM9A 5FPDA 5F2RA 1NGDA 1E4FT 4FOEA 3OHRA 2FSKA 3LM2A 5JICA 5JMVA 2FXUA 1KAZA 2AA4A 3U9DA 3G25A 1HKCA 2F9TA 1QZ5A 1GLEG 4B9QA 4BROA 3M6GA 3TU5A 4IJAA 3O08A 2YHWA 2NRHA 3EN9A 2EWSA 3MN9A 4BRHA 1GLFO 1KXPA 3ZEUB 4BG8A 3GE1A 2E2NA 1NM1A 4BR5A 2OANA 1HPMA 1QZ6A 4CZJA 1GLJO 3LL3A 2Q0RA 3SJHA 4H0PA 1YAGA 3L6QA 4DB3A 1ZC6A 3CQYA 4PL7A 4EHUA 1SAZA 3KZBA 3U9ZA 2DPNA 3BEXA 1NWKA 3D2FA 3KVGA 3F9MA 4B1UB 5AQYA 3CQXA 2PAVA 3MK6A 4FWSA 3UB5A 2P9IB 1MWMA 3H46O 5BREA 3VGKA 5AZIA 5KQDA 4B1VA 3U8XA 4BRKA 4MLHA 2YJFA 1HKBA 1RGIA 3I33A 2Q1NA 4M7YA 4DCHA 1E4GT 4BRLA 5ADXH 4E1JA 1K8KB 2Q31A 3AY9A 4JD2A 2P9KB 3CJBA 3UKRA 4MO5A 4WQ4A 4RCHA 2E2OA 3GDQA 1XC3A 5AR0A 3ZX2A 1BG3A 1Z05A 2F9WA 4H0XB 1C0GA 1X3MA 2I7NA 5KPZA 3MN6A 1ATSA 2IVOA 2WUSA 3SK3A 2KHOA 4CZLA 2D0OA 2QWPA 3O4WA 1NGHA 3BP8A 4FOIA 4JN4A 5AQMA 1P8ZA 3SMPA 2Q97A 3U4LA 3ATVA 3H1QA 3IFRA 3RSEB 3ULEB 1J6ZA 1XUPO 3QFPA 2CGKA 3M3ZA 1JCGA 4O8KA 3BUZB 2FLOA 2GWKA 3A5OC 1RFQA 1NGIA 3DWLA 3DXMB 1WUAA 1BDGA 2P9NA 3CIPA 4YDUC 5F1XA 2Q36A 4CZFA 5EY4A 5FPMA 4BRFA 1Z6RA 3VEXA 3JXUA 3CI5A 4BC2A 5AQOA 2P9SA 3CJ7A 4JHDB 3VEYA 4BVOA 2FSNA 3SLCA 3VETA 4A2BA 5AQUA 3HSCA 4HWIA 5BRDA 1DEJA 1ZBSA 3A5LC 5E84A 2QXLA 3C7NA 3VESA 4JNEA 1OKJA 2Q2RA 3EL2A 4ISEA 4BRQA 3MN5A 2IVPA 1LCUA 1X9JA 2VYPA 4BRCA 2YHYA 4I6MB 2E2QA 3HZ6A 2FF3B 1S3XA 4DQ8A 1QQMA 4FWQA 4A61A 3QFUA 2V7YA 2QWNA 3KHYA 1U6ZA 5BN8A 2ITMA 2YJEA 4BR0A 3MCPA 3BF3A 3FZMA 3ENOA 3DXKB 2V51B 5TKYA 3L4IA 3ZETA 2ASMA 3FZKA 4BR4A 1NGGA 4JAXA 3ZX0A 4K25A 5BRFA 2YI1A 4YDUA 4MLEA 5LY3A 2IVNA 4BR2A 2ASOA 3QBWA 5AQKA 4F9OA 3H6EA 1QQNA 4BGAA 1BU6O 1SZ2A 1K8KA 3CJ9A 4Z94A 4CBUA 3HM8A 3WXIA 2P9KA 3VEWA 5AFUA 1YXQA 2VWBA 4XEIA 4XH4A 5EX5A 2NLXA 2QWRA 3H45C 5AQRA 4KBOA 4WYBA 4BR9A 5ELZA 5AQSA 2Q0UA 2P9UA 3O8MA 4H5VA 4IXCA 3A8YA 3R8EA 3W0LA 2A3ZA 1MDUB 4BQLA 1EQYA 1Q18A 2H3GX 2HF3A 4J8FA 1BOTO 4RTFD 3ENHA 3LDOA 3LDQA 2J4RA 2ZF5O 3UKUA 2V7ZA 4ISFA 1NGJA 5JLFA 3D2EB 3WEEB 4HTLA 4H0OA 2FF6A 2P9PA 4EIAA 1RDWX 1TUUA 2HOEA 2P9LB 3O1WA 4BRAA 4BRPA 3EKUA 4M7XA 1TYQB 5AQHA 4H0TB 3QICA 1C0FA 4GNIA 3QMLA 3H3NO 4XH5A 5AQFA 1GLBG 4XH1A 3J8AA 4BR7A 2QWQA 4LC9B 2UYTA 4ISGA 5AQQA 3WXLA 2QM1A 5BR9A 2QW9A 3HBTA 4QS7A 5KQ8A 5AQGA 3CHWA 3FE1A 3WXKA 1HKGA 4WQ5C 5AQIA 1U2VA 4RWTA 2HMPA 3VF2A 4FL9A 3O6WA 4B1YB 3DXKA 4IZ9A 4BRIA 2I7PA 1T6CA 2D1KA 4BRDA 2YCHA 1YUWA 5AQVA 4AM7A 4CZGA 3H3OB 4FPBA 1X3NA 4EFHA 2CH5A 3CJCA 4H5NA 3WT0A 1GLAG 2ASPA 1R59O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJNA 4OKJA 2A42A 3ENBA 1HJRA 3ZX3A 4NXNK 4AQYK 4DQQA 2VGNA 1K73O 3LAKA 4I2PA 2KFZA 3KLGA 3OYIA 3OJSA 1VQON 3VPZA 3ZEUA 3QEWA 4MO4A 3KK1A 1OVQA 4BVPA 4BWMA 2Z1JA 4FJ5A 1VQ7N 3D2FB 4CK2A 3SAHA 3ZSYA 4FJ7A 2GUPA 5CYMA 4IOAL 2B4JA 3CPEA 3OY9A 4C23A 4DV5K 1KAXA 3B6OA 5EXWA 4OO1J 4F2SA 4KHPK 2P1JA 4GMJB 1FKPA 4JD2B 1RBTA 1VSKA 4MFBA 3RRHA 4B9NA 3OYKA 3QDKA 3L8BA 2GELA 3V9SA 3SMSA 5SZTA 1YVNA 4U67L 3PY8A 4FW2A 2W42A 4F4KA 1BA1A 4F2RA 4E7LA 3LP2A 2NRTA 2D5RA 5AQLA 2YV0X 4FJLA 2JGUA 4CEBA 4CHYA 3SV3A 2E1ZA 4DU3A 4CJTA 3OYJA 2I5JA 5EVZA 1C0TA 4CEQA 1JLGA 3CJ1A 4X64K 1WAFA 3EY1A 5JS1A 4CZIA 4ZTFA 4BE0A 3NMUA 3S41A 3SPYA 1BQNA 2IDOA 3LANA 2FBVA 3AA3A 1D8YA 4AH9A 1RTHA 5AQPA 1YJWN 1XC9A 3L2VA 3EZWA 3RR7A 5FRMA 1KVBA 4JLHA 4CEOA 4FLWA 1SQKA 3NGZA 2NZTA 4KH6A 2WTUA 2GX9A 4LF4K 1V4TA 3T69A 5AQJA 4LFBK 1WOQA 3AV9A 3IKMA 3BY5A 4EAHD 2A41A 3AO3A 3CCUN 3K5MA 4DUYK 2OTJN 2OPRA 4M3TA 2D0CA 1Q9XA 3O1BA 4GY2B 3MX5A 4A59A 5GAHP 1NG9A 1RT4A 1NK8A 4B9SA 3T19A 2NRRA 4FPAA 1GLDG 1J9AA 1T6DA 3LDPA 4K41A 4CBWA 3SUOA 3R3LA 3EKSA 3M5RA 3HPHA 1MA9B 2YHXA 2QKBA 2FC0A 1N36K 1IG8A 1S22A 4KH4A 4CHQA 4O8UA 1IBLK 1NK7A 3MXMA 1Y64A 2CGJA 3LZIA 2WONA 2XHBA 3O5BA 1TKDA 1RTDA 1Z25A 3FZLA 1GLLO 4EHTA 2O8FA 3LZJA 2YX6A 5FDLA 5ADXA 3QEXA 4FWOA 4CFBA 4W5TA 3T3FA 4IOXA 3O80A 2HF4A 1LV5A 4YNQA 4Y0WA 2CH6A 1S72N 1W97L 3OYBA 4CF0A 3AVAA 3ASMA 1HUXA 4B1WB 1Q7YO 4QOZB 1JL1A 4CHPA 4G1QA 2ZGYA 1Z26A 3D2EA 1B9FA 4DFKA 3R6MA 2E8AA 5HOOA 2ZE2A 5E41A 4BQZA 1EXQA 1LW0A 3IUCA 3QLHA 1KLNA 2QEXN 1JL2A 5C12A 3CCMN 4DS5A 4Z4GA 5AQNA 4CF8A 3RTVA 4CD3A 3G6EN 4IDKA 1UA1A 4B9UA 2O8CA 3EO3A 4FWMA 5IWAK 4X66K 2D0AA 4FK2A 4Q0BA 1NGDA 1E4FT 1YI2N 2FSKA 3LM2A 3D0PA 1S5JA 5JICA 3QEPA 3QETA 1I94K 5HRRA 3OS0A 2KKZA 1HKCA 4B9QA 1GLEG 3M6GA 2FBTA 3O08A 2YHWA 4AHVA 1CZBA 3VA0A 1KXPA 4BG8A 2YNIA 3VQDA 1ZBIA 1NM1A 2OANA 4CZJA 4DSJA 1DLOA 4IO9L 3V1QA 2Q0RA 4CEAA 3L6QA 4DB3A 3VQBA 3CQYA 4PL7A 1SAZA 3U9ZA 4M42A 2E4LA 3CD6N 4PQUA 1HQUA 2GV9A 1B9DA 1T3VA 1RBRA 3ITHA 3PX4A 5H1SQ 4B1VA 3P83D 3U8XA 4DSIA 3I33A 3HPOA 4E1JA 1K8KB 3AY9A 2WBNA 2P9KB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FJN A;  4OKJ A;  2A42 A;  3ENB A;  1HJR A;  3ZX3 A;  4NXN K;  4AQY K;  4DQQ A;  2VGN A;  1K73 O;  3LAK A;  4I2P A;  2KFZ A;  3KLG A;  3OYI A;  3OJS A;  1VQO N;  3VPZ A;  3ZEU A;  3QEW A;  4MO4 A;  3KK1 A;  1OVQ A;  4BVP A;  4BWM A;  2Z1J A;  4FJ5 A;  1VQ7 N;  3D2F B;  4CK2 A;  3SAH A;  3ZSY A;  4FJ7 A;  2GUP A;  5CYM A;  4IOA L;  2B4J A;  3CPE A;  3OY9 A;  4C23 A;  4DV5 K;  1KAX A;  3B6O A;  5EXW A;  4OO1 J;  4F2S A;  4KHP K;  2P1J A;  4GMJ B;  1FKP A;  4JD2 B;  1RBT A;  1VSK A;  4MFB A;  3RRH A;  4B9N A;  3OYK A;  3QDK A;  3L8B A;  2GEL A;  3V9S A;  3SMS A;  5SZT A;  1YVN A;  4U67 L;  3PY8 A;  4FW2 A;  2W42 A;  4F4K A;  1BA1 A;  4F2R A;  4E7L A;  3LP2 A;  2NRT A;  2D5R A;  5AQL A;  2YV0 X;  4FJL A;  2JGU A;  4CEB A;  4CHY A;  3SV3 A;  2E1Z A;  4DU3 A;  4CJT A;  3OYJ A;  2I5J A;  5EVZ A;  1C0T A;  4CEQ A;  1JLG A;  3CJ1 A;  4X64 K;  1WAF A;  3EY1 A;  5JS1 A;  4CZI A;  4ZTF A;  4BE0 A;  3NMU A;  3S41 A;  3SPY A;  1BQN A;  2IDO A;  3LAN A;  2FBV A;  3AA3 A;  1D8Y A;  4AH9 A;  1RTH A;  5AQP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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