4DQ8A

Crystal structure of acetate kinase acka from mycobacterium marinum
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
380
structure length
373
Chain Sequence
NRVVLVLNSGSSSLKFQLVEPDSGMSRATGNIERIPDHDAALRRVFEILAEDDIDLQSCGLVAVGHRVVHGGKDFYEPTLLNDAVIGKLDELSPLAPLHNPPAVLCIRVARALLPDVPHIAVFDTAFFHQLPPAAATYAIDRELADVWKIRRYGFHGTSHEYVSQQAAEFLGKPIGDLNQIVLHLGNGASASAVAGGRPVETSMGLTPLEGLVMGTRSGDLDPGVIGYLWRTAKLGVDEIESMLNHRSGMLGLAGERDFRRLRAMIDDGDPAAELAYDVFIHRLRKYVGAYLAVLGHTDVVSFTAGIGEHDAAVRRDTLAGMAELGISLDERRNACPSGGARRISADDSPVTVLVIPTNEELAIARHCCSVLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Mycobacterium marinum
total genus 124
structure length 373
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4dq8A02
4BRHA 3UE5A 1YAGA 2FSNA 1V4SA 4H0XB 1HUXA 2F9TA 1GLLO 3A5LC 1NGEA 3MDQA 3SK3A 3WXJA 3RSEA 1LOTB 4BRQA 4F9OA 1JCFA 5EX5A 4FOIA 4H0PA 1BWFO 2GUPA 2IVOA 4ISGA 3BF3A 2YJFA 3M6GA 4WQ4C 5BPLA 1NLVA 1DGKN 1JCEA 2P9NB 3ENOA 2P9NA 2E20A 3TPQA 1NGHA 2P9SA 3LDQA 4H03B 4FO0A 4BRCA 4KBOA 3DXMA 5E26A 1Y64A 2Q31A 2V51B 3A5NC 3I8BA 3QB0A 1ATNA 4K41A 1MWMA 3O5BA 2A42A 2NLXA 2FF3B 4Z94A 1TUUA 3HI0A 4FPBA 2YHWA 3MN9A 1NGJA 2Q97A 3O8MA 3UB5A 3HBTA 1YVNA 2V52B 3GDQA 3SMSA 4CZMA 3WEEA 4CZLA 5AQNA 1ZC6A 1X3MA 3VGLA 4BG9A 4BC2A 4YDUC 4BROA 1ZXOA 3DJCA 3MK6A 4FWPA 4GY2B 5AZIA 3TU5A 2E2PA 2PAVA 4IJAA 4K42A 4BR0A 3W3DA 4MO4A 5AQUA 4BREA 4RTFD 4BRLA 4B1ZA 4GNIA 4PKHA 3VPZA 2IVNA 3AY9A 3CJ7A 2ASOA 1IJJA 5AQVA 3H1QA 2YHYA 3ZX2A 4M63C 3AAPA 4H0YB 3DAWA 4BRGA 4WQ5C 1RGIA 2P9PB 4H5NA 2E8AA 4NB4A 2QM1A 3VETA 1NGAA 2QXLA 3ZEUB 5AQLA 2D0PA 4FWLA 5AQWA 3BP8A 4QS7A 3ZEUA 2VCPA 4EFHA 3LDPA 3FE1A 4IWVA 3EN9A 3VGKA 1HLUA 4BRKA 3GL1A 2WUSA 3DXKB 3A0IX 3OHRA 3DXKA 2BUPA 3UKRA 3ATUA 3C0BA 3VEXA 2FXUA 2ITMA 4BR2A 4FWMA 3IFRA 4H5VA 2HF4A 4CZFA 3JS6A 5TKYA 4JHDB 3R9PA 2HMPA 2GWJA 4JHDA 4XH5A 2CGLA 3D7EO 3L0QA 3A8YA 4XEIA 1BU6O 5LY3A 4DQ8A 4JD2B 4JNEA 3VF6A 4PL7A 3D2FA 3QFUA 1D4XA 3FZKA 2P9UA 3C7NB 4I6MB 4K43A 3UKUA 3ZETA 3FR0A 1RFQA 3C7NA 2A41A 3AARA 3CJBA 3GG4A 4FWNA 1X3NA 2YHXA 3MN7A 2P9KB 4BC5A 3L4IA 2P9KA 5EVZA 5LJWA 5FPMA 2A5XA 4H5WA 3ULEA 2QWNA 3VEYA 3A5OC 3M3ZA 3RSEB 2QWLA 1JCGA 3B8AX 5AR0A 1TYQB 4BRIA 1TYQA 3VEWA 4A2AA 3FZHA 4BR4A 4CD3A 4WQ4A 2ASPA 2A40A 1T44A 3CERA 5EOYA 5BRDA 1WUAA 4PL8A 5BN8A 3VF2A 1HX1A 3R8EA 5AQFA 1NGIA 2P9SB 2YJEA 5I9EB 4MLHA 5ELZA 5KPZA 4J8FA 1BDGA 2A3ZA 2DPNA 3GBTA 5F2RA 4BRPA 1EQYA 5AQTA 5F1XA 3DXMB 3BEXA 4RWTA 4H0VB 2GTDA 2Q1NA 4O5FA 1ZBSA 4FWRA 1IG8A 4M7XA 4PKIA 5AQMA 2E2NA 2KHOA 5ADXH 5BRHA 3VEZA 3HTVA 3IUCA 2D4WA 3IDHA 3P4IA 3WEEB 1BUPA 2IVPA 3GOIA 4BQZA 2GWKA 2P9LB 3CJ1A 4YDUA 1KAZA 1H1VA 2Q0RA 2P9LA 3WXKA 2QW9A 5ADXA 4IXCA 5AZIB 1DKGD 4CBWA 3VEOA 2QWPA 3R6MA 4BR9A 4MO5A 4BRDA 3QDKA 5F0XA 5AQIA 3H46O 4RCHA 5JLFA 4CZIA 4BC4A 4B1YB 2NZTA 3HM8A 3CJ9A 2ZWHA 3QBXA 4H5RA 4WYBA 4WQ5A 3H3OB 2D0OA 1NGBA 2FSJA 3KZBA 4B1UB 3MN5A 3IMXA 2PBDA 4CZGA 4BRMA 5AQKA 4HTLA 4M7YA 3VENA 5AQPA 1KAYA 3LM9A 4DHYA 2QWQA 3CIPA 5FPDA 5BPMA 3U8XA 4BGBA 4EHTA 2QWRA 3EKSA 3CQXA 3L6QA 3JXUA 5AQYA 4L3QA 3LDLA 1DEJA 4BR5A 4MLEA 2BTFA 1S22A 3UKRB 4A62A 2ZF5O 2OANA 1YXQA 2ZGYA 3EKUA 1GLFO 4IJNA 3ID8A 3LL3A 4CZJA 3F9MA 4BG8A 5B8HA 3O4WA 4BQLA 1S3XA 4FSVA 4CZHA 3ATVA 1QHAA 4CBUA 5AQHA 1TUYA 4ISFA 3CI5A 3G25A 1NBWA 2E88A 2YI1A 3D2FB 3ZETB 5KQ8A 2P9UB 4CD1A 3UKUB 4FOEA 1MWKA 2P9IA 5CE3A 3WXLA 2UYTA 3BUZB 2I7NA 3I33A 4B1VA 2V7ZA 4IO8A 2IIRA 3QFPA 1BA0A 3ENHA 3HSCA 4XH1A 1NGFA 1BOTO 2AP1A 5JLHA 3VF4A 3ULEB 1QQNA 4CZEA 3QMLA 4NO7A 5BR9A 4ISEA 1RDWX 4FWOA 3U9DA 4EAHD 5KPRA 5EXWA 3SLCA 1YUWA 1QZ5A 3SMPA 1Z6RA 4E1JA 3H6EA 1J6ZA 2HOEA 4BRAA 4EHUA 2W41A 4CJ7A 4EIAA 3WUHA 1QQMA 5AZJB 2CGJA 4QS9A 1HKGA 1SQKA 1P8ZA 5AZJA 1OKJA 3FFKB 4H0TB 5LJVA 1HJOA 4AM7A 1GLJO 3CETA 4FWQA 4CI6A 3O80A 3LDOA 3EL2A 5AQSA 2QWMA 2ASMA 1BA1A 2W40A 3VERA 3DWLA 3KVGA 3MCPA 3FZLA 3O1BA 4BRNA 4B1WB 2ZGZA 5BN9A 3ZX3A 2CGKA 3FGUA 4JAXA 2EWSA 4K25A 3O6WA 2E2QA 5FPEA 1MDUB 3KHYA 1T6CA 1QQOA 4PKGA 4DB3A 3QBWA 1SAZA 1KXPA 1CZAN 1X9JA 2E1ZA 2I7PA 5BPNA 3FZFA 1Z05A 2VYPA 1MA9B 2Q36A 5KPTA 5JICA 2GELA 1Q18A 3EZWA 3D2EB 1XUPO 1HKBA 1WOQA 1GLEG 3GE1A 3D2EA 4QS8A 4BVOA 1C0GA 4FWKA 3VESA 4H5TA 1ESVA 3CJCA 4H0OA 3MMVA 3S41A 3SJHA 2J4RA 2E1YA 2F9WA 1HPMA 5FPNA 1LCUA 4A61A 4JN4A 1NM1A 1V4TA 3EO3A 1XC3A 3HZ6A 5JMVA 3H1VX 3VGMA 4CBXA 3CJAA 3BF1A 1NGGA 3VOVA 5AQQA 1KAXA 4IZ9A 3CQYA 1K8KB 3MN6A 1K8KA 1R59O 2HF3A 2YCHA 5AFUH 1SZ2A 1GLBG 4AM6A 1C0FA 1U2VB 2Q0UA 3CHWA 1U2VA 3AAQA 3O1WA 3H45C 1QZ6A 4B1XB 2P9PA 3M1FA 3LDNA 5AQJA 5AQOA 4DCHA 2E2OA 5BREA 4LC9B 3WT0A 5AFUA 5KQDA 3FZMA 4BVPA 5AQXA 2D1KA 3U9ZA 1ATRA 3H3NO 4B9QA 5EY4A 3O08A 3WQTA 1NMDA 2FSKA 1GLAG 2CH5A 4BC3A 2P9IB 1G99A 3WXIA 1T6DA 3LM2A 2VWBA 3FLCO 5AQGA 3QICA 4Y0WA 2AA4A 1BG3A 1E4GT 4BRFA 2NRHA 4FPAA 3WQUA 1GLCG 1U6ZA 5AQZA 3VEVA 4CZKA 1HKCA 4O8KA 3J8AA 3U4LA 4C23A 3ZX0A 1GLDG 1ATSA 1NGCA 2H3GX 2QWOA 1NWKA 4XH4A 3A5MC 2FF6A 2Q2RA 1NGDA 2A6AA 2CH6A 4JD2A 4FL9A 5AQRA 4BR7A 2GEMA 4HWIA 4BGAA 4A2BA 1BO5O 5E84A 3W0LA 1E4FT 4I6MA 2V7YA 5BRFA 1XQSC 4FWSA 2FLOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRHA 3TWHA 1UWBA 1GLLO 4F2RA 1SKWA 2F4VK 4IOAL 2OTLN 1JLGA 4DSJA 1RTJA 4J2DA 2GUPA 3CG7A 3I8DA 1TKTA 3V9UA 5CY4A 1I39A 2YNIA 1JCEA 2P9NB 2NRXA 1EP4A 3ZSRA 3VA3A 3CPEA 2HNDA 4AILC 4NCGA 1SKRA 3TAFA 3LDQA 1S6PA 3L2WA 3DXMA 4RW6A 1Y64A 5E26A 1QSLA 1FJGK 1VQ5N 3QETA 4LSNA 1EXQA 3I56N 3CCJN 4JRPA 3ZT3A 4ELVA 1ATNA 5FLXO 3O5BA 1WSEA 1N34K 4RW4A 2FF3B 4FLTA 1TUUA 2OPQA 4IKFA 2O8EB 1LWFA 4DV4K 3HBTA 2A1RA 1YVNA 3GDQA 3RMCA 1C0UA 4CJUA 1WAFA 4OJRA 4FJMA 1ZC6A 3VGLA 3SV3A 2IAJA 2DFEA 4KFBA 4BROA 4JKDA 3RMBA 4B3RK 4IJAA 1ASWA 5TKWA 4BR0A 3W3DA 4BREA 4X66K 5SWMA 4GNIA 4GVEA 4FVUA 3AY9A 2YHYA 3DRPA 4CESA 1QSSA 4O55A 3DAWA 4BRGA 2ZJQL 3DI6A 4WQ5C 4DR6K 3S3OA 3KIOA 1TAUA 4WFNL 3CCSN 3T1YK 1VQPN 2D0PA 5HBMA 3PSFA 2W42A 4CGGA 4OPHA 4C1NI 4DV3K 1EETA 4JI5K 2P51A 2PYLA 3DOLA 1NK7A 4A57A 3DLKA 3OHRA 3ATUA 2VWKA 4L8RB 4JS4A 2DTUA 2O8FB 3VEXA 3RMAA 3QNNA 4LSLA 3SQ1A 4AHTA 3JS6A 5TKYA 3OYJA 2HMPA 5BR8K 3MECA 2E6LA 4JHDA 1HNZK 1RT2A 4O44A 3LAMA 3A8YA 5I3UA 3VQ4A 1A5WA 3THXB 4E3SA 2W6KA 4JNEA 3ZSQA 3IAYA 3FZKA 1RTHA 3UKUA 3SNNA 1D5AA 4JKEA 3AARA 3I0SA 3Q7CA 5KRSA 2BE2A 4N76A 3MN7A 4Z4EA 3MXJA 3BY5A 4BC5A 3PSIA 1KLMA 3VEYA 4CF0A 1JCGA 1TYQA 4DTRA 3LAKA 1IKYA 3AVFA 4BR4A 4CJPA 4CK3A 2YV0X 3KTQA 4PQUA 3LANA 5CZ2A 3U3YA 1T44A 3CERA 4AHSA 4IDHA 3SUOA 3R8EA 3SAGA 5FDLA 1OH7A 4DLEA 5ELZA 2DPNA 4BRPA 2VG6A 1EQYA 5AQTA 3MXMA 4RWTA 1HYZA 4FJGA 5HRNA 4O5FA 1FK9A 2NUBA 2ZM6K 1W9HA 4FWRA 3TTDA 1W0HA 4B9LA 4DU1A 4NYNA 5T7BA 1WBDA 2PFUA 4DR4K 4BQZA 2IVPA 1EKEA 4CEZA 1TVRA 2P9LB 4B8CA 1YIJN 4YDUA 1H1VA 3WXKA 1XMQK 3MWPA 3F2KA 4FJJA 4I2QA 5AQIA 4DTNA 4M45A 4BC4A 4BDZA 4CHOA 2NZTA 3HM8A 3EZ5A 1NNEA 2ZWHA 4CVNE 2YNGA 4FJNA 2FSJA 3KZBA 3MN5A 3IMXA 3DLEA 1VHXA 2VG5A 5AQKA 4TSXA 3CMEN 4RW8A 3VENA 4K8XA 2YHBA 1KAYA 4DHYA 4PHTX 3AA5X 4FJ9A 5BPMA 1NJWA 3E9OA 2HHWA 3N4PA 3U8XA 4EHTA 4CEBA 3CQXA 1JXEA 1S1UA 3JXUA 1IV0A 3E1YA 5GAGP 1DEJA 1YF5L 4CJRA 3OW2M 4IJNA 3ISNC 3I0RA 4CJ4A 4CZJA 5B8HA 1M1KO 5D3GA 4FK0A 4FSVA 1QHAA 2WOMA 3CI5A 3CQ8A 4M3TA 2E88A 2GUIA 3ZETB 2O4IA 3NF7A 4CD1A 3D6RA 1XHZA 1S9EA 3K9KA 2ZE2A 2I7NA 3I33A 3T3FA 3ENHA 3FFIA 1X9SA 1NGFA 5GADP 3ULEB 5HRSA 3QMLA 5BR9A 2OZSA 3O9SA 2Z1HA 3HOSA 4Y1CA 5EXWA 3SLCA 4Z4GA 2PYJA 1Z6RA 3JSMA 3C6UA 4LH5A 5J2QA 1O1WA 1RDUA 4IBNA 1VQNN 3U6FA 5JS2A 2W41A 3AO5A 1WLJA 4IDKA 3VQPA 2JWKA 1SUQA 1U47A 5J2NA 5AZJB 1HKGA 3VQCA 1P8ZA 3HPHA 2HNZA 4YOTA 4H0TB 3NE6A 1HJOA 4AM7A 4QOZB 3ALYA 1SS6A 2P5OA 1Q81O 1FKOA 2QWMA 4U7BA 2W40A 5J2MA 4CGJA 3MCPA 3FZLA 2HHQA 1DTTA 2ZGZA 3ZX3A 3WNFA 3TAPA 1NOYA 1J53A 4AHVA 2Q3SA 4K8ZA 1Y97A 4IO9L 3PY8A 1HR0K 3O3GA 3OS2A 5FPEA 3ZSOA 1MDUB 4CJVA 4DFKA 5K14A 3K0SA 5C25A 4DB3A 2X78A 4KO0A 3LZIA 4IOXA 3OYBA 2Q36A 3T1AA 4N56A 4YOVA 1U45A 4DV5K 1C0GA 1JLEA 4FWKA 4H5TA 4DS4A 4FJ5A 4DSLA 2E1YA 2F9WA 4KREA 2UXBK 1HPMA 5FPNA 3MEDA 2BGGA 4F8RA 2DFHA 3K5NA 1RT5A 3NAEA 4B9UA 3VGMA 4CBXA 4W5RA 2KLAA 1U48A 4LH4A 1S5JA 3NGIA 1HMVA 1LWEA 2NRZA 2X6NA 4A59A 3TABA 3MN6A 4CGIA 4CGFA 3CYMA 1D9FA 3THYB 4AH9A 4H8KA 4WE1A 4AM6A 1U4BA 1QVGM 1OVQA 3HJFA 3CPWM 2OCEA 3I55N 2PY5A 3CHWA 3PX0A 2EX3A 2P9PA 3M1FA 2QXFA 4DTMA 4CEOA 3WT0A 5KQDA 4FZXC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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