The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
25
|
| structure length |
116
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| sequence length |
116
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FLX O; 3J81 O; 2UXC K; 4DR1 K; 2ZM6 K; 4DR4 K; 1XMQ K; 4LF5 K; 1XNQ K; 1N32 K; 2UXD K; 4YY3 K; 4X62 K; 4CVN E; 1N33 K; 5LMU K; 1N34 K; 1IBM K; 4GKK K; 5A2Q O; 5IWA K; 2UUA K; 4DR7 K; 1I94 K; 4V19 S; 4DV7 K; 1N36 K; 2VQF K; 4LFB K; 4LFA K; 4DUY K; 1HNW K; 4DUZ K; 4DR6 K; 4DV4 K; 4DV5 K; 4JI3 K; 4OX9 K; 4GKJ K; 1IBK K; 4DR2 K; 1HNX K; 4NXN K; 4DV0 K; 3J80 O; 2UXB K; 4DV3 K; 4B3R K; 4DV2 K; 4LF6 K; 1J5E K; 4JI1 K; 5LMN K; 4DV6 K; 1IBL K; 4NXM K; 5LL6 Z; 4B3T K; 4X64 K; 2E5L K; 4JI6 K; 4DR3 K; 4JI5 K; 2UUC K; 4B3M K; 4X66 K; 4LFC K; 4DR5 K; 2UU9 K; 4LF9 K; 4JI0 K; 2F4V K; 1FJG K; 4JI2 K; 4AQY K; 4JYA K; 4CW7 B; 4K0K K; 5IT9 O; 4DV1 K; 2HHH K; 4LF4 K; 4LF8 K; 4JI8 K; 3OTO K; 4B3S K; 2VQE K; 3J7A P; 4YHH K; 3T1Y K; 4JI4 K; 1XNR K; 4LF7 K; 2UUB K; 5BR8 K; 4JI7 K; 3JAM O; 1HNZ K; 3T1H K; 5AJ3 K; 3J7Y P; 1HR0 K; 4JV5 K; 4KHP K; 4X65 K; 1XMO K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VEW A; 5CZ2 A; 5FLX O; 1GLD G; 1NMN A; 1FKP A; 4DQS A; 5KRS A; 4BWM A; 3MDQ A; 1IKV A; 1RBT A; 1RIL A; 3LP2 A; 2O4G A; 3RRG A; 1LV5 A; 3HVR A; 4J8F A; 1QVG M; 4HUG A; 1QZ5 A; 5KGW A; 3MEC A; 3CER A; 5LMU K; 5HOO A; 4BRD A; 4FK2 A; 4C8L A; 3THX B; 4FJN A; 4GVM A; 5AQY A; 1NJX A; 3J7Z O; 2VQF K; 5DMR A; 4BRE A; 2QWL A; 1HJO A; 3FZL A; 1HNW K; 2HHU A; 4MLE A; 1VQP N; 1YJN N; 1JXE A; 3BUZ B; 3ZET A; 1WUA A; 2UXB K; 3AA2 A; 1J5E K; 3KK1 A; 2KFZ A; 5H1S Q; 4ID1 A; 1NK8 A; 5HLF A; 4CJ5 A; 4CF2 A; 4B1Y B; 4PY5 A; 2ZE2 A; 2I5J A; 4H0V B; 4OO1 J; 2B6A A; 4ELV A; 3DI6 A; 3RMD A; 2CGL A; 4FJG A; 1HMV A; 4E7K A; 2YX6 A; 5K14 A; 3LAL A; 3CME N; 2D5R A; 4JI0 K; 4FWQ A; 3MX2 A; 5CHI A; 3LM2 A; 1GLF O; 5KQD A; 3SI6 A; 1ZYQ A; 4CZM A; 5GIP A; 3U3G A; 5AZI B; 2OAN A; 2YKN A; 3VOV A; 4NCA A; 5BR9 A; 3F9K A; 3AVJ A; 5TKY A; 3LWM A; 1WSF A; 3H1Q A; 3S3M A; 5IT9 O; 3DLR A; 1SKW A; 2QWQ A; 2XY5 A; 3C6T A; 1C1A A; 2NRX A; 3ZSO A; 4JI8 K; 2HF4 A; 3MXJ A; 2A3Z A; 3WT0 A; 4H8K A; 4RG8 A; 2VG5 A; 1J54 A; 2AA4 A; 1WSG A; 3DLE A; 2IS3 A; 3T1H K; 3K58 A; 4IG3 A; 3L2R A; 4B1U B; 1Q86 O; 2W40 A; 3E01 A; 2D1K A; 3QFU A; 4F2S A; 2F7T A; 2D0B A; 2V7Y A; 4IOA L; 3CC4 N; 3K57 A; 3LAK A; 3O8M A; 4KB0 A; 5AQW A; 4WF9 L; 4CD1 A; 4Q5V A; 4O8U A; 2XY7 A; 2QKB A; 4A2B A; 3SAG A; 1FXX A; 4DTM A; 3D0P A; 1HYV A; 5AQJ A; 2E2N A; 5CYQ A; 1O13 A; 2G8U A; 3CCJ N; 3THY B; 4Y1D A; 1LWC A; 5AQV A; 1YIT N; 1VQ9 N; 4DSJ A; 3IDH A; 1N33 K; 1Q8I A; 2OPP A; 3V9S A; 3TU5 A; 4EP5 A; 1BCO A; 5A2Q O; 4C23 A; 4QOZ B; 3P31 A; 3TAP A; 2O8C A; 3DOL A; 5GAH P; 4OGE A; 4DUY K; 2G8K A; 3RR7 A; 1TGO A; 4H4M A; 4E1M A; 2OYQ A; 2E6M A; 2QA4 N; 2FXU A; 3PSI A; 1K9M O; 1U49 A; 1RGI A; 3OS1 A; 4BDZ A; 1K8A O; 3BZC A; 2E1Y A; 2FSK A; 2PY5 A; 1RBV A; 1TAU A; 5KPT A; 1A5W A; 3DOK A; 1ATN A; 1ATS A; 4DR5 K; 4W5T A; 4BGA A; 1Z05 A; 2E2P A; 1WOQ A; 3LP0 A; 1OKJ A; 3Q7B A; 3GOI A; 1BI4 A; 3L6Q A; 4L3Q A; 4AQY K; 2ASO A; 1D8Y A; 3HM9 A; 1TYQ B; 2OPQ A; 3VTI A; 3K2P A; 4WQ5 A; 1RTI A; 4I6M B; 3D6R A; 4CIE A; 2NNW A; 4IJN A; 4AM6 A; 3JSM A; 3I8B A; 2Q36 A; 3K0S A; 3OTO K; 2P9S A; 4B3S K; 3EE9 A; 3BF1 A; 4JK7 A; 1K8K B; 1CZ9 A; 4LF7 K; 2IAJ A; 5AR0 A; 4B3O A; 4FM0 A; 1U6Z A; 3QML A; 3VPZ A; 4HCB A; 4B1V A; 5GIN A; 4JKH A; 4JV5 K; 1U2V B; 4Z4H A; 4IOC L; 4EFH A; 3CM6 A; 4CEF A; 4CJT A; 3SZ2 A; 1RDA A; 4YOW A; 4M3Y A; 2XRI A; 4GV9 A; 4DLE A; 1RT1 A; 2HNZ A; 3C95 A; 1NG9 A; 4WQ4 C; 3ISN C; 4OPH A; 1C1C A; 2BTF A; 5KPZ A; 3KTQ A; 3OYL A; 4PKG A; 2RKI A; 5ADX A; 1NJY A; 3TTF A; 4QAG A; 3CM5 A; 2QWR A; 5AQL A; 2P9I A; 4CZE A; 4XIU A; 3SV3 A; 4KTW A; 4V19 S; 4H0O A; 1VSM A; 4CEZ A; 2BAN A; 3HXM A; 4IJA A; 5F0X A; 3VA3 A; 2HNY A; 5FRM A; 3FGU A; 2ASP A; 1VQ8 N; 5J1E A; 2G8H A; 3KD1 E; 2IIR A; 4M7Y A; 4DV3 K; 3BY5 A; 3B8A X; 4MQ3 A; 3K5L A; 4EZ6 A; 3QBW A; 1S1T A; 4C8K A; 1ZBL A; 4CBU A; 3LDN A; 3CJA A; 1RTH A; 3KZB A; 3DJC A; 3QET A; 2GUI A; 4JRQ A; 4H0X B; 1SV5 A; 1S22 A; 2VWB A; 4A57 A; 4QS8 A; 4H5R A; 3FZH A; 3G4S N; 5C0Y A; 2F9T A; 2O8B A; 3TSP A; 5B8H A; 3K9J A; 3L2U A; 2RN2 A; 2W6L A; 3F73 A; 1VK0 A; 2X74 A; 5BPM A; 3OYM A; 4K0K K; 1C1B A; 5HRS A; 1KLN A; 2Q3S A; 3IS9 A; 4KHU A; 1KLM A; 1TUU A; 3DXM B; 4LF8 K; 4OGC A; 3TSQ A; 3UB5 A; 2YNI A; 1ZBS A; 4PQU A; 3T1Y K; 4CJW A; 1VSK A; 5AZJ A; 3HPG A; 4AHV A; 4C8M A; 3P38 A; 3VN5 A; 5AJ3 K; 3V9Z A; 3U9D A; 1T3V A; 1QQM A; 4PWD A; 3CMA N; 3ATU A; 4JKD A; 3VEX A; 3DM2 A; 1L3S A; 1WSH A; 5D3G A; 3NE6 A; 4Y0W A; 2E20 A; 2ZM6 K; 2G8I A; 5C25 A; 3PX6 A; 5C10 A; 1BIU A; 1XMQ K; 4DG1 A; 2ZQB A; 3OYB A; 5AQP A; 3A0I X; 1BA1 A; 2X6S A; 5FDL A; 2KZM A; 1XI1 A; 3SCX A; 2EWS A; 3KVG A; 5AQI A; 4FO0 A; 5JVH L; 2Q31 A; 2VCP A; 4HVJ A; 3ZSZ A; 4DU3 A; 3S3O A; 4B9S A; 4CCH A; 2O8D B; 3ATV A; 1CZB A; 1C0M A; 3D2F A; 2P9N A; 5EX5 A; 4BC5 A; 1R0A A; 1JL1 A; 4J2D A; 4LFB K; 4K41 A; 1N5Y A; 4LSL A; 4DV5 K; 3M3Z A; 4CBX A; 3P4I A; 1HQE A; 3TPQ A; 3O5B A; 3OYI A; 4LF6 K; 4CZK A; 4ZHR A; 3O1W A; 4DB3 A; 2IVN A; 4CF1 A; 2E2Q A; 2NUB A; 4B3T K; 4DR3 K; 3VER A; 2BH1 A; 1G15 A; 3AVM A; 3MN6 A; 3VQ9 A; 4LFC K; 2Q0R A; 4BR2 A; 2ZGZ A; 3AVK A; 2ZD1 A; 3LL3 A; 4KAZ A; 4IG0 A; 3U6F A; 3T3F A; 1FJG K; 3CHW A; 3HP9 A; 5KTQ A; 1J9A A; 3V9X A; 4LD0 A; 2XY6 A; 1QSL A; 4PKH A; 2G8F A; 3SAH A; 1GOB A; 2E2O A; 4HTU A; 3VQE A; 3VA0 A; 3W3D A; 2ITG A; 1HPM A; 1SL0 A; 2YCH A; 2WC9 A; 3SQ1 A; 3HZ6 A; 1BWF O; 3VQ5 A; 4W5N A; 2VGN A; 2Y1I A; 3HYF A; 4DF8 A; 3MWT A; 4FLU A; 4O5F A; 4MO5 A; 4FJI A; 5FPN A; 3SUO A; 3CCL N; 3JAM O; 2QI2 A; 4GV6 A; 5I42 A; 3R3L A; 3LM9 A; 4CJ4 A; 1WLJ A; 3J7Y P; 4PHT X; 3RTV A; 4U67 L; 2KLA A; 3LZJ A; 5JS2 A; 2PFU A; 2KFN A; 3TAM A; 3O9U A; 4Z4G A; 4CJF A; 2HOE A; 4FJ5 A; 2UXC K; 3VQD A; 4DR4 K; 1KAZ A; 2YHW A; 4AM7 A; 4YDU A; 5M1F A; 4JKE A; 1U45 A; 4CF0 A; 1JCF A; 1L3V A; 4MDA A; 1MU2 A; 2YNG A; 4WQ5 C; 1NGD A; 2GBZ A; 4JK9 A; 3VF6 A; 4DMN A; 4UQG A; 1YJW N; 4CHY A; 5IWA K; 5KRT A; 4CEB A; 4KKO A; 3R1X A; 3WXJ A; 3CCR N; 4FLT A; 4E7I A; 1QSS A; 3CC2 N; 1LAV A; 3I0S A; 1P8Z A; 2V52 B; 3HPH A; 3QEX A; 3OYK A; 1IBK K; 1UA0 A; 4NXN K; 3U9Z A; 4CIF A; 4CIG A; 1HKB A; 1SUQ A; 3J80 O; 4FWO A; 3L3V A; 4BY9 C; 1WSI A; 4CEC A; 4CBW A; 1VQ7 N; 5AFU A; 4DFK A; 3SV4 A; 1SAZ A; 1GLE G; 1S5J A; 3JYT A; 5FRN A; 4FM2 A; 1B9D A; 3L0Q A; 3BGR A; 1FKO A; 2DPN A; 3THV A; 1K6Y A; 4AHT A; 1NKB A; 4F3T A; 2B4J A; 4GVE A; 4FCY A; 1NU0 A; 4LF9 K; 1NM1 A; 1Z6R A; 1EWR A; 5DM7 L; 3NF7 A; 3HRG A; 3OJU A; 3AAR A; 4JS5 A; 3UKU A; 2E88 A; 2VG6 A; 4EAH D; 4LSN A; 3O3F A; 1GLC G; 1TK8 A; 1DKG D; 3RMB A; 2ZJQ L; 1HX1 A; 1GOA A; 1VQN N; 2QWN A; 2GX9 A; 4CJL A; 4NCB A; 2FF6 A; 4FOI A; 3VGL A; 4BR7 A; 3DLH A; 1XC3 A; 2PYL A; 2Q0U A; 1DGK N; 4JI4 K; 1T05 A; 5M1O A; 1RCH A; 2AJQ A; 3A8Y A; 4DWI A; 2OA8 A; 1TAQ A; 1VQM N; 1T7P A; 4KV8 A; 3SQ0 A; 2WFB A; 3FLC O; 1V4T A; 4CFB A; 5EY4 A; 4CFA A; 3QLH A; 4R5P A; 3LZI A; 3ZT0 A; 4Q0B A; 4DQI A; 1TK5 A; 1TKZ A; 4O55 A; 1RDW X; 3D2E A; 5C2F A; 3H1V X; 3P83 D; 1KRP A; 2UYT A; 4DS4 A; 4J2B A; 3KLH A; 3MN9 A; 4LF5 K; 3AO5 A; 4N56 A; 4ILG B; 1S1W A; 3ZET B; 4FWN A; 1QTM A; 2YJE A; 4FJ9 A; 5FPD A; 3VQB A; 1N34 K; 1T03 A; 1I94 K; 1N36 K; 1HYS A; 4BRF A; 1MA9 B; 3PX4 A; 4EP4 A; 2XHB A; 2A41 A; 3K5O A; 4ZTJ A; 2YHA A; 1MWK A; 4KH6 A; 5BN9 A; 3AAP A; 4CHZ A; 4DR2 K; 1HNX K; 2KTQ A; 4DV0 K; 3TTD A; 4K25 A; 4BRG A; 3AVG A; 4CI6 A; 1JCE A; 1XHX A; 3HK2 A; 4FJ8 A; 5EVZ A; 5LMN K; 2Z1H A; 2FBT A; 1IBL K; 3VQP A; 4M41 A; 4CHN A; 1IG9 A; 2I7P A; 1WBD A; 1A5V A; 4ILH A; 4A59 A; 3AVF A; 1S3X A; 2VG7 A; 1KTQ A; 5BPL A; 2OTL N; 1NGH A; 3VET A; 4B1Z A; 3UKR A; 3NH0 A; 2QK9 A; 3AGR A; 1I3A A; 4BAC A; 3ZSY A; 1NGE A; 3PV8 A; 2V51 B; 1BOT O; 4AH9 A; 4FW2 A; 4KFB A; 1BO5 O; 3WXL A; 4M3R A; 4WFN L; 4WE1 A; 3KLF A; 1IKW A; 2IVP A; 4FWS A; 3QES A; 5C12 A; 4BRI A; 4M3W A; 1ZBF A; 4H03 B; 2VQE K; 4PL8 A; 3UIQ A; 4FWL A; 1YVU A; 4BGB A; 4F8R A; 3L4I A; 2HHW A; 4FXD A; 4JKC A; 4CEO A; 1HNZ K; 2OZM A; 2ZGY A; 1VQ6 N; 1WSE A; 1ZBU A; 5HP1 A; 2P9L A; 1U4B A; 5AQM A; 1Q82 O; 4CD3 A; 2W6K A; 2LSN A; 3C65 A; 5M1K A; 4BRH A; 2O8C B; 1WAF A; 4C8O A; 3THW A; 4KHS A; 1NGG A; 3CI5 A; 1XUP O; 1HQU A; 3RSE A; 3NVK A; 3ZSV A; 1XNQ K; 4K8X A; 4EHU A; 4CGG A; 2P9K A; 4E19 A; 2HHT A; 3CJC A; 4H5V A; 2YHB A; 2P5G A; 3CCE N; 4DR7 K; 1S1V A; 5HL7 L; 3EEQ A; 3VQ4 A; 4EZ9 A; 1BDG A; 3KIO A; 4CFD A; 2GWJ A; 3RRH A; 4JD2 A; 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3GBT A; 2PYJ A; 3MEG A; 4RW4 A; 3GG4 A; 2CGK A; 3ZSX A; 2WBN A; 3KLG A; 3H3O B; 1TVR A; 3BF3 A; 4FL9 A; 5HRN A; 3JS6 A; 2OPS A; 1NGA A; 3QEV A; 1NJI O; 4GKJ K; 3O9Q A; 3CFP A; 1YF5 L; 3VEZ A; 4KH5 A; 5DK5 A; 3A5M C; 1KVC A; 4JI1 K; 2O8B B; 4NXM K; 4J2A A; 2E6L A; 2DY4 A; 4E0D A; 3CCM N; 4BDY A; 2HVH A; 1NOY A; 1I39 A; 3MCP A; 4BVO A; 2HW3 A; 3LP3 A; 1LWF A; 4W5O A; 4IFE A; 4HTL A; 3KWG A; 1KC8 O; 2GUP A; 4BG9 A; 2ETJ A; 4YOY A; 4JN4 A; 1RT5 A; 5M1Q A; 3SPY A; 3RMC A; 1V4S A; 1Z25 A; 2D0C A; 2DFF A; 5AZJ B; 4BR0 A; 3AV9 A; 5FPM A; 3ZT4 A; 3MN5 A; 1WAJ A; 1QQC A; 4DFJ A; 3TAG A; 3LDL A; 4BRC A; 1BG3 A; 1ASW A; 5LY3 A; 1D9D A; 2IOC A; 1RDD A; 1NOZ A; 4CHQ A; 3LDS A; 3OYA A; 3HPO A; 3TAN A; 5EU7 A; 2IGI A; 4DU1 A; 4YFU A; 3TAF A; 3NGZ A; 3ZX2 A; 3CJ9 A; 4NLC A; 2VYP A; 4GW6 A; 4OKK A; 3HST B; 4MLH A; 1JLQ A; 1BIZ A; 1JLF A; 4JI7 K; 2Z1G A; 4A61 A; 3O80 A; 4GMJ B; 2P9U A; 5CY4 A; 5E41 A; 4KHQ A; 3D2F B; 4B9M A; 2P9N B; 3NVM A; 3PY8 A; 3WNG A; 3QER A; 3KKR A; 1XQS C; 3TSU A; 3E1Y A; 3LDQ A; 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