The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
117
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structure length |
117
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
29
|
| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E5L K; 4DV4 K; 1XNQ K; 4X66 K; 1HNZ K; 4JYA K; 5IWA K; 5FLX O; 1IBM K; 4X64 K; 4LF4 K; 1XMO K; 4DV1 K; 2UXB K; 4YHH K; 4DV7 K; 4JI2 K; 5BR8 K; 2UXC K; 4JI3 K; 5LMU K; 2HHH K; 4JI4 K; 4K0K K; 4X65 K; 4DR4 K; 4JI6 K; 4LFC K; 2F4V K; 4DR5 K; 4DR2 K; 1N36 K; 4LF9 K; 4NXN K; 4JI7 K; 2VQE K; 1N33 K; 4DR1 K; 4DR6 K; 3T1Y K; 1HR0 K; 4DUZ K; 4DV6 K; 4JI0 K; 4GKJ K; 4LF7 K; 1IBK K; 3J7A P; 1HNX K; 3JAM O; 4DV0 K; 4DV5 K; 3J81 O; 5LMN K; 4B3S K; 3OTO K; 5LL6 Z; 4AQY K; 1I94 K; 4LF6 K; 4LF5 K; 4B3T K; 3T1H K; 4GKK K; 2UU9 K; 4V19 S; 2UUC K; 2UXD K; 1IBL K; 4DUY K; 4YY3 K; 5AJ3 K; 4DR3 K; 1XNR K; 5A2Q O; 2UUB K; 4LFA K; 1HNW K; 4DV3 K; 4DV2 K; 4DR7 K; 4JV5 K; 5IT9 O; 2UUA K; 4JI8 K; 4CVN E; 1J5E K; 4JI1 K; 3J80 O; 4LFB K; 4CW7 B; 4B3M K; 4LF8 K; 4KHP K; 1N32 K; 1FJG K; 1XMQ K; 4OX9 K; 1N34 K; 2ZM6 K; 2VQF K; 4NXM K; 4B3R K; 4X62 K; 4JI5 K; 3J7Y P; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WXM B; 4TSX A; 5GAD P; 2FC0 A; 3WXL A; 2HHU A; 3ZSV A; 3DJC A; 3HRG A; 3NGY A; 3OYB A; 5KPT A; 1YTA A; 1SKR A; 1CZ9 A; 5BRE A; 3P5J A; 2V51 B; 2HMP A; 3TSQ A; 4N56 A; 1WBB A; 4IXC A; 4GV3 A; 2RN2 A; 2JWL A; 4HWI A; 4K8X A; 4NCA A; 3KK7 A; 5LMU K; 5ELZ A; 2YHY A; 4C8K A; 1E4G T; 4CZH A; 2HNZ A; 3T69 A; 5AQX A; 3VF6 A; 4FCY A; 2YNH A; 4AHV A; 4FJM A; 2X6N A; 3BZC A; 4DWI A; 4IFE A; 1KTQ A; 4FWQ A; 4CD3 A; 4Z4C A; 3UIQ A; 5AQY A; 4IFV A; 1YHQ N; 4DV6 K; 4JRQ A; 4HTU A; 1TK0 A; 3I8D A; 5DK5 A; 3J8A A; 2XRI A; 2HVI A; 3J7A P; 2NRX A; 4K41 A; 4CGG A; 4I6M B; 3QET A; 3VQ5 A; 4AHS A; 1ZBI A; 4A5B A; 4DTO A; 2PYJ A; 4PHT X; 3EO3 A; 1RDU A; 2PYL A; 4NLB A; 3AVL A; 4BRN A; 2DTU A; 1Y97 A; 4FWM A; 5AQT A; 4BRL A; 4G9Z A; 4KH4 A; 4CHQ A; 1MDU B; 3AA2 A; 1BL3 A; 2NUB A; 3WNF A; 3VMF B; 3NF9 A; 2OYQ A; 1JLF A; 4B8C A; 4ISF A; 4OLB A; 4DV3 K; 1BA0 A; 3EE9 A; 3LZJ A; 5FRN A; 1VRU A; 2ZGY A; 3CCU N; 4JI1 K; 1Q9X A; 3RRG A; 3GL1 A; 1VSM A; 4KTW A; 1B9F A; 1NJY A; 2ASO A; 4BVP A; 4E89 A; 3V4I A; 4JKG B; 2F9W A; 4CEA A; 1HPZ A; 3MED A; 1TAU A; 1C0F A; 4CJW A; 1E3M A; 3CQY A; 2ASP A; 4CJQ A; 3J7Y P; 2E88 A; 1S72 N; 3LM2 A; 3VER A; 3PSI A; 4X66 K; 3SBT A; 4FVU A; 3HBT A; 1UA1 A; 2OZM A; 5IWA K; 4LSL A; 4KV8 A; 2R7Y A; 3WT0 A; 3MXI A; 1L3S A; 3O9S A; 4AF1 A; 2QWL A; 3DXK A; 1SL2 A; 1RBV A; 2UXB K; 2RHK A; 3DYA A; 3A0I X; 1C0T A; 1NGB A; 4CHP A; 1NG9 A; 4IWV A; 1A5W A; 5JIC A; 3O8M A; 1X1P A; 4CJT A; 4B9L A; 3MDQ A; 4J8F A; 3TAP A; 1D9D A; 3DLH A; 2HND A; 1GLE G; 3A5O C; 1MWM A; 4CJR A; 1NGC A; 2YX6 A; 1OH7 A; 4LF9 K; 4A5A A; 5JVH L; 3EYZ A; 3HK2 A; 4DR6 K; 1Z05 A; 1XHZ A; 3HO1 A; 3TTF A; 2IVN A; 3D2F A; 5AQJ A; 4Z4G A; 4LSN A; 4GKJ K; 5H1S Q; 3H08 A; 5C10 A; 1LCU A; 3E9P A; 1UAX A; 4Q0B A; 1BG3 A; 3AA5 X; 3OYC A; 4LH5 A; 1M1K O; 1KLM A; 4H5V A; 1I3A A; 1HNV A; 4C23 A; 3OS0 A; 3O1W A; 1JLE A; 4ILG B; 5C12 A; 1I94 K; 4DSI A; 4DTU A; 4K42 A; 5EXW A; 2P9L B; 2UXD K; 1Q7Y O; 1Q81 O; 4Z94 A; 1JLB A; 3HT3 A; 3CJ1 A; 3QEW A; 3ID6 A; 4JS5 A; 3ZT1 A; 5IT9 O; 3BF1 A; 4CEZ A; 3C7N A; 4JK9 A; 3J80 O; 1IG9 A; 2F96 A; 3OJU A; 1DTQ A; 3DLL L; 1FJG K; 5KI6 A; 1VK0 A; 1S9G A; 3I33 A; 4OX9 K; 3SPY A; 1MWK A; 4WF9 L; 3IKM A; 2IDO A; 1WSH A; 4CJF A; 1J53 A; 4BR4 A; 3CMA N; 4HCC A; 2Q97 A; 4HTL A; 1ZC6 A; 2HST A; 3TI0 A; 3T1A A; 1T6D A; 1FXX A; 4PKH A; 4GW6 A; 3BP8 A; 5AQN A; 3NDK A; 2NRW A; 1ZYQ A; 4FOI A; 1NLV A; 3UKU B; 3U3G A; 4BC5 A; 1JLC A; 5AQH A; 3MN5 A; 4KB1 A; 3RSE B; 2G8V A; 3NGZ A; 1S22 A; 4CZK A; 1BIS A; 4AHC A; 2FF6 A; 4JNE A; 5CHI A; 4RW4 A; 4CFD A; 5J1E A; 3NGI A; 1NOZ A; 1H1V A; 4DFJ A; 1YJ9 N; 1YJW N; 3C94 A; 1VQ6 N; 2O8C A; 1XHX A; 4M45 A; 4YFU A; 4NXN K; 3O3G A; 1TUU A; 4JI7 K; 1RT2 A; 2HHQ A; 4KTZ A; 1JL2 A; 3BEX A; 3VES A; 1B9D A; 4H5N A; 1BOT O; 3C6H A; 2GV9 A; 1GLF O; 3B6O A; 5CZ2 A; 2ZWH A; 1VHX A; 2I7P A; 3E1Y A; 2PY5 A; 2D0O A; 2P5G A; 2OAN A; 4DTM A; 3VQ6 A; 5HOO A; 3EKU A; 1RDB A; 4DTX A; 2O8E A; 3PIP L; 1SL1 A; 2QWN A; 3DWL A; 1WOQ A; 3K5O A; 4B3T K; 3ZT4 A; 2WOM A; 3DXK B; 1HKG A; 5GAG P; 3L0Q A; 3IAY A; 3QIC A; 2P9N A; 4JKH A; 3F5T A; 4O0J A; 3N4Q A; 3H46 O; 4YY3 K; 1XNR K; 3AO2 A; 3OS1 A; 4Y1D A; 3MN6 A; 2Z1J A; 1IV0 A; 4OPH A; 1IKY A; 2HF4 A; 2ZJP L; 2D0A A; 1QQN A; 4JAX A; 4E19 A; 4IJN A; 1F21 A; 2FBX A; 4B9Q A; 2ZM6 K; 5GIP A; 3WNG A; 2FBT A; 2Q0U A; 2HHV A; 2EX3 A; 1RCH A; 2ZQB A; 4OPA A; 2D1K A; 2VGN A; 5DM6 L; 2CH6 A; 2HHX A; 1HRH A; 2P9P B; 4CGH A; 3SV4 A; 4BC2 A; 2RKI A; 3ZEU B; 1S5J A; 2B6A A; 2NRT A; 3VTI A; 4CJ4 A; 3TU5 A; 3O9T A; 2KTQ A; 5FPN A; 3OYH A; 4DCH A; 5J2Q A; 3CM5 A; 4CFB A; 4NCG A; 4IDK A; 2ITM A; 1YXQ A; 1KAZ A; 3UKR B; 1KVB A; 3AVH A; 3SI6 A; 1YF5 L; 3CCE N; 4FJ7 A; 2HBJ A; 5CR4 A; 1JXE A; 4XIU A; 1TL3 A; 2Q31 A; 2YJF A; 2CGJ A; 3VQB A; 4DU1 A; 4ELT A; 4O55 A; 5F2R A; 1N36 K; 1WUA A; 2P9U A; 1S1W A; 3C7N B; 4U7B A; 4FJ5 A; 2VWB A; 4DR1 K; 1BA1 A; 4FOE A; 4KHU A; 3T1Y K; 1Q9Y A; 5E84 A; 3CJC A; 2NNW A; 2OA8 A; 4C8M A; 3A5N C; 3P39 A; 1D8Y A; 3HOT A; 3EN9 A; 4KHY A; 1EQY A; 5F0X A; 3THX B; 4EFH A; 3BF3 A; 4JKB A; 4DU3 A; 3QEX A; 3SNN A; 5LMN K; 1YIT N; 2HB5 A; 4CHO A; 1CXU A; 1J54 A; 3DRS A; 1VSI A; 4M41 A; 4QS7 A; 4BRK A; 2KKZ A; 1NK0 A; 4CE9 A; 5HRN A; 1NGJ A; 3FZM A; 2OCE A; 4IBN A; 4K8Z A; 4JKE A; 4BRH A; 1YJN N; 3JS6 A; 4DR3 K; 3KWI A; 2WBN A; 2A6A A; 4ILJ A; 4KH5 A; 3E9L A; 1IH7 A; 1Q18 A; 3LPU A; 4C8L A; 1VSF A; 1B92 A; 1TKT A; 4BRO A; 1EXQ A; 2O8C B; 4H03 B; 3M5R A; 5HLF A; 3CM6 A; 3I8B A; 3HVT A; 3PO4 A; 4MO4 A; 1TK5 A; 1HYV A; 3O5B A; 4ISE A; 1VQ5 N; 1GLD G; 3TPQ A; 3SPZ A; 1RTI A; 1W0H A; 1HNZ K; 3WQT A; 1XWL A; 3K9J A; 4UQG A; 4H4M A; 4JKD A; 3L2U A; 2X6S A; 4FXD A; 2IOC A; 1U4B A; 2QKK A; 1KFS A; 1CZA N; 4BRD A; 4YHH K; 3OS2 A; 2D5R A; 4M7Y A; 4CI6 A; 3K9K A; 4DV7 K; 3O80 A; 3HSC A; 4JI2 K; 4FW1 A; 1RT6 A; 4BR2 A; 3TR8 A; 3RMB A; 4BE1 A; 4I6M A; 2P9N B; 5JS2 A; 3SK3 A; 5BPL A; 3MN9 A; 2OTL N; 1TKX A; 2B5J A; 3LM9 A; 1VQ4 N; 4FZX C; 3VGK A; 1NJX A; 4DSJ A; 4R5P A; 4DR5 K; 3G71 N; 1IKW A; 4F2R A; 3SQ1 A; 5KTQ A; 1WAF A; 4FSV A; 1D4X A; 3VQQ A; 4FO0 A; 3CET A; 1IBK K; 3KK1 A; 3HM8 A; 4Z4E A; 1DGK N; 2ITG A; 3M8Q A; 4YOT A; 5GAH P; 4DV5 K; 2D0B A; 4MFB A; 1OKJ A; 1JKH A; 4FWR A; 3HYF A; 3LPT A; 5AQV A; 3QFP A; 4ID1 A; 2YJE A; 5C2D A; 1BQM A; 1VSJ A; 2FSN A; 3SQ2 A; 1BCM A; 4AM7 A; 2ZGZ A; 4HHT A; 1S6P A; 2GUI A; 4BR5 A; 3FZL A; 3R1X A; 3AVB A; 1HNW K; 3K5L A; 4FJN A; 3THY A; 2CH5 A; 4BR9 A; 3EL2 A; 4RW8 A; 4N41 A; 3K58 A; 4FWP A; 3AVK A; 4PL8 A; 3CJ7 A; 4I9Q A; 2X74 A; 3OYA A; 1RDC A; 2DFF A; 4CGF A; 1WSI A; 1N32 K; 3RR8 A; 4E7I A; 4MDB A; 3DLB A; 4AHT A; 3ULD A; 3VQ8 A; 3B6P A; 4Z0U A; 4HUG A; 3QNN A; 1SKS A; 1LWE A; 4QS8 A; 2PFU A; 3G25 A; 1I39 A; 5BN9 A; 1U45 A; 1G15 A; 5JVG L; 4DF4 A; 3ENB A; 5FLX O; 3P38 A; 3CJ9 A; 2W6K A; 3O3F A; 1RDA A; 1XMO K; 3K5N A; 4CIE A; 3SQ0 A; 3UE5 A; 4BG8 A; 3DRP A; 3RWU A; 4W5O A; 4KAZ A; 4KHN A; 2UXC K; 4BAC A; 2Q36 A; 2W42 A; 1KFD A; 1WLJ A; 3OW2 M; 4CF0 A; 3M8S A; 4YOU A; 4MLE A; 1LW0 A; 3LDQ A; 4KRE A; 1L3T A; 3V9W A; 3VN5 A; 1IKV A; 4KPY A; 1BWF O; 2P9L A; 3V81 A; 2WTU A; 1YI2 N; 1GLJ O; 3A8Y A; 1QSL A; 2W6L A; 4JD2 B; 4LH4 A; 4CCH A; 5HRO A; 4J2A A; 1XI1 A; 1T44 A; 1QQO A; 2XY6 A; 4FWK A; 4WQ5 A; 1SQK A; 3RR7 A; 1KAY A; 2FBV A; 3LDL A; 3SJJ A; 3GE1 A; 3VEW A; 1WNS A; 3O4Q A; 4CD1 A; 1JLQ A; 4BVO A; 1BUP A; 3IG1 A; 3ZSR A; 4Z4H A; 1W97 L; 4CJP A; 1HUX A; 2O8D B; 5AZJ B; 3TAR A; 1R59 O; 3V1R A; 4H0Y B; 1NKE A; 3KLG A; 4CF1 A; 4OKE A; 4A2B A; 1BDG A; 1V4T A; 2YHA A; 4CFA A; 3KD1 E; 3VQP A; 3H3O B; 3FGU A; 3O3H A; 4DQS A; 2CGK A; 4JI8 K; 3UKU A; 3VEY A; 3NCI A; 1D5A A; 4CZM A; 2E20 A; 4YNQ A; 4MO5 A; 3FFK B; 2ZJQ L; 1Y64 A; 3RSE A; 4RWT A; 5J2M A; 3G6E N; 3ZX0 A; 4B3R K; 4DTR A; 1L3U A; 4O5B A; 1GLC G; 4H0V B; 4CEE A; 1HKB A; 1ZBL A; 3AA4 A; 4MDA A; 4CZJ A; 1WSJ A; 1NGF A; 4CJV A; 1ATS A; 4FL9 A; 3VEZ A; 4B1Y B; 5M1K A; 4H0O A; 1VQN N; 4E7L A; 3AA3 A; 3OYM A; 4OPJ A; 2ASM A; 4DS5 A; 4PWD A; 2Z1H A; 3G10 A; 1MA9 B; 2ETJ A; 3M8R A; 3TSP A; 4CZL A; 3KWG A; 3O9Q A; 3PX4 A; 1VRT A; 1EET A; 3CQ8 A; 5AQI A; 4JS4 A; 2Q1N A; 3LZI A; 4CGD A; 4BRA A; 4K43 A; 3F73 A; 4JI6 K; 3THY B; 4CHZ A; 4FK2 A; 3CI5 A; 4J2B A; 4KHW A; 1BCO A; 2BH1 A; 4WCE L; 3VGM A; 2HHS A; 4GVE A; 3ZT3 A; 2GWK A; 2VG5 A; 4FLZ A; 4DUZ K; 3MEG A; 4DSK A; 3R9P A; 1TV6 A; 2QWR A; 4JKA A; 3MX2 A; 1G99 A; 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5CYQ A; 3CQX A; 3AO5 A; 4JKC A; 4XH4 A; 3OYI A; 1REV A; 2RF2 A; 2JGU A; 4O5F A; 3NVK A; 4A61 A; 4LF7 K; 4W5Q A; 2XO7 A; 1QHT A; 4FJX A; 3D0P A; 3WQU A; 4GV9 A; 2A41 A; 1YVU A; 3LDN A; 4DHY A; 3L2Q A; 2YNG A; 3O4N A; 4EZ9 A; 4DLG A; 3LAK A; 3NMU A; 4LF6 K; 2KFN A; 5AQL A; 4LF5 K; 4GKK K; 1IBL K; 5AQG A; 5LJV A; 5C42 A; 4BR7 A; 2P9I B; 5AQP A; 3OYD A; 2JWK A; 3SAH A; 3A5M C; 3E9O A; 4B1U B; 5BRH A; 1YAG A; 3CCV N; 1ZBF A; 4FJL A; 3KLI A; 4BRG A; 4N5S A; 2UUA K; 2E6L A; 1DEJ A; 1J5E K; 3LP1 A; 1U49 A; 3B8A X; 1RTH A; 5KPZ A; 2P9K B; 5AQW A; 2QA4 N; 3VEO A; 4KHP K; 4DFM A; 1KLN A; 2GX9 A; 2VQF K; 2PBD A; 2YHX A; 1ZBS A; 3LDP A; 4I2P A; 5D3G A; 5LJW A; 1KQS M; 3RRH A; 4DMN A; 3OYK A; 1VSK A; 4A62 A; 2YKM A; 3KK2 A; 3V9S A; 3HPH A; 4FZY A; 1ILY A; 3M3Z A; 1RTD A; 1T7P A; 1C0G A; 4IKF A; 4C1N I; 1OH6 A; 1GLA G; 1NK8 A; 3QDK A; 3RMA A; 1WSG A; 4FJH A; 3ZLJ A; 5K14 A; 3AGK A; 5HL7 L; 4FWL A; 1ZXO A; 3HL8 A; 5AZI A; 4IO9 L; 5TKY A; 4K0K K; 4W5R A; 3IUC A; 4OGE A; 3KTQ A; 3I55 N; 4IDH A; 3KIO A; 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