The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
30
|
| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFC K; 4B3R K; 1N33 K; 4AQY K; 5IWA K; 3T1H K; 4B3S K; 2F4V K; 2UXD K; 3J7Y P; 4LFA K; 4V19 S; 4NXN K; 4DR2 K; 4DR1 K; 4OX9 K; 4JI3 K; 4LF7 K; 4LF6 K; 4JI6 K; 2UUC K; 2E5L K; 4DV2 K; 4JI0 K; 1FJG K; 3J7A P; 4JI8 K; 1XNR K; 2UXB K; 2ZM6 K; 4DV5 K; 1XMO K; 1IBM K; 4LF8 K; 4DV4 K; 5FLX O; 1HNZ K; 4NXM K; 4JI4 K; 4DV7 K; 1N32 K; 2UUB K; 4DV1 K; 4GKK K; 4LF9 K; 3J80 O; 4DR4 K; 5IT9 O; 4KHP K; 3T1Y K; 2UU9 K; 4YY3 K; 1N36 K; 1J5E K; 4DV3 K; 4DR5 K; 1IBL K; 2VQF K; 4DR6 K; 4JI1 K; 2UUA K; 1HR0 K; 5LL6 Z; 1XMQ K; 2UXC K; 4CW7 B; 5BR8 K; 4JI7 K; 4LFB K; 4B3T K; 1IBK K; 4JV5 K; 4K0K K; 1HNW K; 4JYA K; 1HNX K; 4JI2 K; 1XNQ K; 4GKJ K; 1N34 K; 1I94 K; 5AJ3 K; 5LMU K; 2VQE K; 4B3M K; 2HHH K; 4X64 K; 4JI5 K; 4X65 K; 4DR3 K; 4DV0 K; 3J81 O; 4CVN E; 4DUZ K; 4DUY K; 4X62 K; 3JAM O; 4YHH K; 3OTO K; 4DR7 K; 4LF5 K; 4LF4 K; 4X66 K; 5LMN K; 5A2Q O; 4DV6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FLU A; 1D4X A; 3ZLJ A; 2WON A; 3DLK A; 2NRZ A; 4XH1 A; 4GNI A; 3NAE A; 3VA0 A; 1QQN A; 3VEW A; 4CJQ A; 3BF3 A; 1VHX A; 4F8R A; 3L3V A; 1YI2 N; 1NGB A; 4FJL A; 4LF7 K; 4WFA L; 5M1F A; 1NMD A; 4H0O A; 1HPZ A; 4EHT A; 2G8F A; 3VEY A; 3D2E A; 4FSV A; 2Z1J A; 4H5V A; 2HOE A; 2UYT A; 3CF5 L; 4HUE A; 5M1P A; 1BO5 O; 5AZJ B; 4OPK A; 1X9J A; 3THY A; 4DKW A; 4FOI A; 2VWB A; 3OYN A; 1NJI O; 1L3V A; 4JKB A; 4OO1 J; 4CIG A; 5HRS A; 3CC7 N; 3VPZ A; 3HXM A; 3OYF A; 4DV1 K; 1RFQ A; 1S1T A; 2D0C A; 5TKY A; 2YHA A; 4ELV A; 2A41 A; 4YNQ A; 1HRH A; 2NUB A; 4KFB A; 4FLV A; 3KK1 A; 5JIC A; 1RT6 A; 1N36 K; 1VQ9 N; 2ASO A; 4IFY A; 4DR5 K; 5FPM A; 2BGG A; 4KHY A; 4I6M A; 4FWO A; 2E4L A; 3ZT2 A; 3L0Q A; 4M3R A; 2OAN A; 2O8D B; 2O4I A; 3VQE A; 1BQN A; 3HP6 A; 4JYA K; 4CF2 A; 2IS3 A; 4K8X A; 1D9F A; 3DOK A; 1DT9 A; 1WAF A; 4WFN L; 3TSP A; 2YCH A; 4CCH A; 3RWU A; 3O9Q A; 4IG3 A; 3CFR A; 5FPN A; 1HYV A; 5AFU H; 4F3O A; 4CEQ A; 2OA8 A; 4ICL A; 4CHO A; 4W5R A; 4B9N A; 1DTQ A; 3EZ5 A; 4PY5 A; 3CME N; 3PIO L; 5I42 A; 5DM7 L; 3TAN A; 5IWA K; 4BG8 A; 3T1H K; 4B3S K; 3OYD A; 1SKW A; 1VQO N; 3MN9 A; 3SUP A; 3SJJ A; 1VQP N; 3LL3 A; 1BGX T; 5AQJ A; 3FZL A; 5AQF A; 3JS6 A; 2ETJ A; 5C25 A; 1KD1 O; 3HM8 A; 1S9E A; 5M1O A; 2KFN A; 4BRO A; 4FOE A; 3RR7 A; 4CJR A; 1E4F T; 3DLR A; 2YHB A; 1C1B A; 2GUI A; 2IGI A; 1UOC A; 4FLZ A; 4DV2 K; 1QZ6 A; 4OPJ A; 3VGL A; 2YKN A; 3L8B A; 1T05 A; 4FLW A; 2O8F B; 2HHQ A; 2P9L A; 3CCE N; 1S1V A; 3HP9 A; 2ZM6 K; 3ZX0 A; 3WNG A; 1DLO A; 2BH1 A; 4BRM A; 3CER A; 3AO3 A; 4CIF A; 2YNH A; 4NXM K; 3TAF A; 1XHX A; 2ZF5 O; 4JRP A; 2QWQ A; 1V4S A; 2HVI A; 1JLA A; 5AQM A; 3H3O B; 2KKZ A; 3D2F B; 4H5T A; 3DLH A; 2VGM A; 3RTV A; 1OH6 A; 4OKJ A; 2QWR A; 3OYI A; 4BVO A; 1VQN N; 4JI1 K; 1YJW N; 3MX5 A; 2BDP A; 3HO1 A; 1OKJ A; 1HYZ A; 4Z4C A; 4CJE A; 3DOL A; 4E7I A; 2QWN A; 3CCJ N; 4GY2 B; 4HTL A; 1TL3 A; 2FBV A; 3TTD A; 4EP4 A; 1Q8I A; 5MLC Q; 4OKE A; 3RRG A; 3NGI A; 5FPE A; 3LM9 A; 3HYF A; 4KHU A; 3OYM A; 1TAQ A; 4NCG A; 2E2Q A; 3QER A; 4BR4 A; 4E89 A; 4F3T A; 1W7A A; 1S1W A; 1BOT O; 3R8E A; 5LJV A; 3T19 A; 4G9Z A; 1ATR A; 5K14 A; 3L2W A; 3FFI A; 4Y1D A; 1W2B M; 3NF7 A; 4WFB L; 3M3Z A; 5HRR A; 3UKR A; 3MED A; 3NCI A; 4LD0 A; 4K25 A; 3WQU A; 5GAE P; 2IVN A; 1VQL N; 4DTM A; 2HST A; 4CEB A; 4KTZ A; 3CJA A; 3LDL A; 3A0I X; 5AQL A; 2NRV A; 3TTC A; 3AGK A; 4KHQ A; 1D8Y A; 3C65 A; 4XH4 A; 3J8A A; 4EAH D; 3AVG A; 4BG9 A; 1QHT A; 1JLE A; 4HTU A; 1JL1 A; 4IOC L; 5E41 A; 3THV A; 1NGC A; 1WSF A; 3PX4 A; 2DFE A; 3AA4 A; 3MN5 A; 5KI6 A; 2Z1G A; 1VSI A; 1JCG A; 2ZQB A; 3CC2 N; 2ZWH A; 1X1P A; 3G4S N; 2D0P A; 2P9N B; 1XNR K; 4ID5 A; 2RKI A; 4CD1 A; 3WEE A; 4JNE A; 2YKM A; 4DSE A; 3O3F A; 1VQ4 N; 4IEE A; 3K58 A; 1XHZ A; 4GKK K; 3O1B A; 2QWL A; 1HNV A; 2Q1N A; 3E01 A; 3D7E O; 1T03 A; 2FSN A; 3T1Y K; 1YXQ A; 4IOX A; 5AR0 A; 4DQI A; 1ASW A; 3AO4 A; 4Z94 A; 1P90 A; 1JL2 A; 1HR0 K; 2NRX A; 2UXC K; 2Q0U A; 5BN8 A; 5GIO A; 5JMV A; 3E1Y A; 3VMF B; 2E1Z A; 4B1W B; 2ATQ A; 4MLE A; 2FXU A; 1BI4 A; 5EX5 A; 4JI2 K; 3VQP A; 3AV9 A; 4QS8 A; 1C1A A; 3LWL A; 2P9I B; 3DJC A; 3QIN A; 1N5Y A; 1VQ8 N; 3O6W A; 2WBN A; 3UKU A; 1U45 A; 3ID6 A; 3TU5 A; 4JKF A; 4FO0 A; 3R9P A; 3H6E A; 5KRS A; 4ZTF A; 3I0R A; 3O3G A; 3E9O A; 3QML A; 2AP1 A; 5C0Y A; 4JHD A; 4KTQ A; 2ITM A; 4ILG B; 4JLH A; 2IOC A; 1RDA A; 3CJ1 A; 4MLH A; 2JGU A; 3CET A; 4FJX A; 1E4G T; 3M5R A; 1WSE A; 4NLC A; 4O0I A; 3V4I A; 1MWM A; 1O1W A; 4PKI A; 4FZZ A; 4L3Q A; 4KTW A; 4JI6 K; 3SQ2 A; 4MQ3 A; 1SKS A; 3AY9 A; 3P5J A; 1VSL A; 1J54 A; 4B9L A; 1ZBI A; 3CG7 A; 4BY9 C; 2BTF A; 4W5N A; 1YVU A; 1MA9 B; 1NMN A; 1RT4 A; 3A2F A; 3W0L A; 3E9P A; 3C7N A; 2ZJP L; 4DSJ A; 2WTU A; 4DV4 K; 4J2A A; 3LZJ A; 3O4W A; 3I0S A; 1TUU A; 1NGE A; 1N32 K; 1I39 A; 3SMP A; 5F0X A; 3D0P A; 3PIP L; 4DR4 K; 4A2A A; 1JLF A; 3PX6 A; 3CD6 N; 3VA3 A; 5CHI A; 3IUC A; 1Q9X A; 4CED A; 1SQK A; 4B8A B; 3ISN C; 4CGF A; 5AQS A; 3G10 A; 1RT7 A; 4BE2 A; 1OH8 A; 2Q3S A; 5FRO A; 3QES A; 4JK9 A; 2WFB A; 4FJ7 A; 3B6O A; 2NRH A; 2VG7 A; 4DSK A; 1NJZ A; 4CBU A; 3KLH A; 3MCA B; 2FF3 B; 1GOB A; 4CJ7 A; 1XNQ K; 2CGJ A; 1TVR A; 3SUQ A; 2JWK A; 1ILY A; 1EO1 A; 4BC5 A; 1U2V B; 3K59 A; 4IFV A; 3KWG A; 3WUH A; 4DUY K; 3Q7C A; 4LC9 B; 2P9P A; 1XC9 A; 4YOW A; 1P8Z A; 4FZX C; 3NGZ A; 3F9M A; 3LAK A; 3DXK A; 1VRU A; 4EIA A; 5AQP A; 1ASU A; 1VQM N; 4BRL A; 3QEW A; 1KCF A; 2JWL A; 2GUP A; 1S1U A; 4KH5 A; 4JKH A; 4CFB A; 3PSF A; 3SLC A; 4O5F A; 3VQ7 A; 1N6Q A; 4JKD A; 1NKE A; 2D1K A; 4NXN K; 1NOY A; 1WNS A; 1C0U A; 1FXX A; 4DR2 K; 2VG6 A; 5JS1 A; 1VK0 A; 3LP3 A; 3T7Z A; 3KK2 A; 4NCB A; 1K6Y A; 2HHS A; 4NO7 A; 2YHX A; 3HVR A; 2OCE A; 3DWL A; 4UY8 O; 3VQ5 A; 2HND A; 3V1R A; 3TSU A; 5AQT A; 2GX9 A; 2E5L K; 2GEM A; 4CJ4 A; 3LAN A; 5C42 A; 1ZBL A; 4EZ9 A; 4A2B A; 3A5L C; 3A5N C; 1LWC A; 3CJ9 A; 1Q86 O; 4IKF A; 4E19 A; 4RG8 A; 1IV0 A; 5CR4 A; 4PHT X; 3CXC M; 1BIZ A; 2FBT A; 3ENO A; 1HNZ K; 4PKG A; 1A5X A; 2P51 A; 5SWM A; 4OPH A; 3AA3 A; 4YOU A; 3TAG A; 3CQY A; 1TYQ B; 4H0X B; 4BRG A; 3RR8 A; 3HZ6 A; 4UQG A; 1LAW A; 4B1U B; 1NM1 A; 4C8N A; 4RTF D; 3OVN A; 5KRT A; 1XUP O; 4B9U A; 3HL8 A; 3EE9 A; 4Y0W A; 3SQ1 A; 2D0O A; 4KI6 A; 4YOY A; 3T3F A; 4FPA A; 5AQY A; 2G8V A; 4FLX A; 4I2Q A; 3IG1 A; 1LOT B; 3L2V A; 4L8R B; 1HJR A; 1O13 A; 3RMC A; 2CGK A; 4FZY A; 3U8X A; 2P9K B; 3UIQ A; 2FSJ A; 3ULD A; 4CJP A; 3RSE A; 4DFK A; 1M1K O; 3AVH A; 2F8S A; 2A40 A; 5J2P A; 2HHH K; 4N5S A; 3KD1 E; 5AZI B; 3VEX A; 1T6C A; 5EOY A; 4DUZ K; 3SI6 A; 4CF0 A; 4B9M A; 3ZT4 A; 4FM2 A; 4JKG B; 3WXK A; 3K57 A; 3BZC A; 3HBT A; 3MK6 A; 3VQ4 A; 2V7Y A; 4GW6 A; 5ELZ A; 4H03 B; 2NLX A; 1S1X A; 5GIN A; 4B3R K; 1MWK A; 5T7B A; 4NYF A; 3SV3 A; 1TKX A; 3CCU N; 5KGW A; 2EWS A; 4CJS A; 2D0B A; 3EL2 A; 4OLB A; 1UWB A; 4EHU A; 1Z26 A; 1HKC A; 1K73 O; 2P9U A; 5BRE A; 3VEZ A; 3VF6 A; 5AQK A; 4AHS A; 4DFM A; 3V1O A; 5CYQ A; 4CGD A; 2A5X A; 3P83 D; 3LDS A; 3PO4 A; 2DPN A; 1BCO A; 1QSS A; 4RW8 A; 4CEE A; 3MWT A; 4M3Y A; 2D5R A; 1RTI A; 1RDW X; 2GEL A; 4KHN A; 3QIP A; 2HHW A; 4FWR A; 3FZH A; 3AVJ A; 4CGG A; 4CFC A; 3LPT A; 3CCR N; 3D2E B; 4H0P A; 3G6E N; 4B9S A; 4Y1C A; 4DU3 A; 4DV7 K; 4AHR A; 2W40 A; 1SL0 A; 1EX4 A; 1Q7Y O; 1FW6 A; 1NNE A; 3BY5 A; 2HF4 A; 1KFD A; 3ZCM A; 1NK6 A; 3DLL L; 1BUP A; 2W42 A; 3AVF A; 2HHX A; 2PYL A; 5J2M A; 5J2Q A; 2IDO A; 4E1M A; 4DQ8 A; 4LFB K; 2AJQ A; 2FLO A; 4BRI A; 1UAX A; 4JV5 K; 1HX1 A; 1LAV A; 1TUY A; 1HNW K; 3OYL A; 3O4Q A; 1RTJ A; 4I6M B; 3THX B; 2XY6 A; 5AJ3 K; 3U4L A; 4CER A; 2E88 A; 2ZJR L; 1S72 N; 3QEI A; 4AHC A; 2QKK A; 2BE2 A; 4MO4 A; 4E0D A; 2G8I A; 4DV0 K; 4H5R A; 4CZL A; 1IH7 A; 5M1K A; 2NRW A; 4GVE A; 1YTA A; 4MDA A; 4X66 K; 2WOM A; 5AQU A; 2YJF A; 4A5B A; 3MX2 A; 4IFE A; 2FBX A; 1C0T A; 3KHY A; 4B3O A; 5JLF A; 1IKV A; 3F2K A; 2HF3 A; 4H0T B; 2A6A A; 3A5M C; 4HCC A; 1LWE A; 4A61 A; 3HOS A; 4OX9 K; 1FK9 A; 4JI3 K; 3SUN A; 4PA1 A; 5LJW A; 3CIP A; 5AQR A; 1NJX A; 4FJ8 A; 1B9F A; 1TL1 A; 2A42 A; 5KQD A; 1QE1 A; 1RTD A; 1WBB A; 1XQS C; 1RGI A; 4CFA A; 3VQ9 A; 3I55 N; 2O8D A; 2W6K A; 4O8K A; 3ZYY X; 2ZJQ L; 4IG0 A; 2NRR A; 1YIT N; 3O9R A; 1TK8 A; 4BE1 A; 2RE2 A; 2QWO A; 1RT1 A; 3PY8 A; 4DSI A; 3KZB A; 5GIP A; 2P9L B; 3CQ8 A; 4FWK A; 5H1S Q; 3DMJ A; 1QS4 A; 3KKS A; 4J8F A; 3DYA A; 4BVP A; 1GLE G; 4FW1 A; 4CJ5 A; 4FM0 A; 1NGG A; 1RT2 A; 2QI2 A; 2V7Z A; 3SAH A; 4KPY A; 4BR5 A; 2NZT A; 1KFS A; 3DXM A; 3ULE B; 1ZBH A; 2YJE A; 3TSQ A; 4NCA A; 4FWM A; 4FK2 A; 2O8B A; 5HOO A; 1Y97 A; 2Y1J A; 2E20 A; 1V4T A; 4BGB A; 1OH7 A; 5GAG P; 2KZZ A; 3WXI A; 3SBT A; 5I9E B; 1BCM A; 4H5W A; 3UB5 A; 4GKJ K; 2QTD A; 4ELU A; 4B3M K; 2VQE K; 1C6V A; 1DKG D; 4CEF A; 3WNF A; 3SCX A; 1BG3 A; 4F2S A; 2Y1I A; 3SNN A; 2O8E A; 2X6N A; 1BL3 A; 1NK8 A; 1Y64 A; 2Q2R A; 4J2D A; 4H8K A; 1YJN N; 3OTO K; 1I3A A; 4H4O A; 3SJH A; 5B8H A; 1R59 O; 3OS2 A; 4B9T A; 2OZS A; 1KLN A; 1L5U A; 1VSK A; 2RN2 A; 3BP8 A; 4C1N K; 4FLY A; 1HPM A; 3VQQ A; 4EZ6 A; 4Z4G A; 2QK9 A; 1HKG A; 4V19 S; 1K8K A; 3UKR B; 2ZGZ A; 3LDP A; 1W97 L; 1SUQ A; 2Q31 A; 2YI1 A; 3ASM A; 2F96 A; 4DF8 A; 1RT5 A; 2OYQ A; 3L2U A; 3W3D A; 4CF9 A; 4IXC A; 4GV3 A; 2P9S A; 4DLE A; 3K5L A; 3OYH A; 4PL8 A; 3ZSZ A; 1U4B A; 1MDU B; 4FWQ A; 2O8C A; 1KTQ A; 4DV5 K; 4LF8 K; 4GV6 A; 4HVJ A; 5KGX A; 2BAN A; 3HPO A; 3PO5 A; 1QVF M; 3U9Z A; 3EN9 A; 1DGK N; 2KTQ A; 5JVG L; 4DU4 A; 3WEE B; 1HQU A; 3CJC A; 4CJW A; 3LM2 A; 5CE3 A; 4DU1 A; 2Q36 A; 2KW4 A; 4BRC A; 3Q7B A; 1KVB A; 1J5E K; 3LPU A; 5ADX A; 3D45 A; 3VOV A; 3LDQ A; 3MXM A; 5HRO A; 4DCH A; 3VQD A; 3G71 N; 1J5O A; 5BR8 K; 2X6S A; 3K2P A; 3KIO A; 3OY9 A; 1CZA N; 4JKE A; 5AQN A; 3SMS A; 1HNX K; 4DSF A; 1GOC A; 4CD3 A; 4FK4 A; 3SPY A; 3ZSX A; 3H45 C; 4CEC A; 3AO2 A; 3IAY A; 3HK2 A; 2EX3 A; 1C1C A; 3VTI A; 3WT0 A; 1E3M A; 2F9T A; 3N4P A; 1FKP A; 4E3S A; 4Z4E A; 1BI4 B; 1J9A A; 4X62 K; 3OYJ A; 4CK2 A; 1S6Q A; 1G99 A; 4PKH A; 2OZM A; 2HHT A; 1X9S A; 3IFR A; 3AVA A; 3CC4 N; 2V51 B; 3K5N A; 4CJ3 A; 4CGI A; 2XHB A; 3UKU B; 4FLT A; 4LFC K; 3OYK A; 5AQG A; 5AQH A; 1QVG M; 3P38 A; 3D6R A; 1NGJ A; 4LFA K; 3TAB A; 3HJF A; 1VQ5 N; 4JHD B; 4F4K A; 3ZET A; 1W0H A; 1RTH A; 4N56 A; 4KH6 A; 2HBJ A; 2WUS A; 1QSL A; 1NG9 A; 2PBD A; 4BWM A; 1WUA A; 3O9T A; 4O5B A; 3KVG A; 3MAQ A; 4I2P A; 4OGE A; 4OLA A; 3KLF A; 3A8Y A; 4C1N I; 3FZF A; 4KO0 A; 1HQE A; 1QQM A; 4FJJ A; 3L6Q A; 5C12 A; 3ZEU A; 4JI8 K; 3FLC O; 2VCP A; 4O4G A; 3U3G A; 4DFP A; 3S3N A; 3GG4 A; 5KPR A; 3OJU A; 4DTS A; 3WQT A; 3N4Q A; 1JLC A; 5AQO A; 1T3V A; 2OPP A; 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