The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
117
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structure length |
117
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
28
|
| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B3M K; 1XMO K; 2UU9 K; 1IBK K; 4X66 K; 4JV5 K; 4LF8 K; 2UXB K; 4DR2 K; 2ZM6 K; 2UUC K; 5LMN K; 1I94 K; 1N33 K; 4DR3 K; 3T1H K; 4JI6 K; 4YHH K; 4DV1 K; 4YY3 K; 4LF9 K; 4CW7 B; 4DV5 K; 3T1Y K; 1HNX K; 4DR6 K; 4JI0 K; 2UUB K; 4V19 S; 1XNQ K; 1N36 K; 3J7Y P; 1HR0 K; 2UUA K; 4JI8 K; 5LMU K; 3OTO K; 1XMQ K; 4JI7 K; 5A2Q O; 4DV2 K; 2F4V K; 3J80 O; 2UXC K; 1XNR K; 4K0K K; 4JI4 K; 4DR7 K; 3J81 O; 1FJG K; 4LF4 K; 4DR1 K; 4JI2 K; 4DV3 K; 4KHP K; 1J5E K; 1IBL K; 4LF7 K; 5LL6 Z; 3JAM O; 2VQF K; 4JI5 K; 1N34 K; 3J7A P; 4JYA K; 2UXD K; 2VQE K; 1N32 K; 4DV7 K; 4B3T K; 4X64 K; 4B3R K; 4DV0 K; 5AJ3 K; 5BR8 K; 4LF6 K; 2E5L K; 4GKK K; 4DUY K; 1IBM K; 4DUZ K; 4DR4 K; 4DR5 K; 4AQY K; 4CVN E; 4OX9 K; 2HHH K; 4LFA K; 4LFB K; 4X62 K; 4JI3 K; 4LFC K; 1HNZ K; 4DV4 K; 4X65 K; 1HNW K; 4JI1 K; 4NXM K; 5IWA K; 4GKJ K; 4B3S K; 4NXN K; 5FLX O; 5IT9 O; 4DV6 K; 4LF5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BZK A; 2GX9 A; 1LOT B; 2HB5 A; 4YNQ A; 4QS7 A; 3CER A; 4AHR A; 3V9S A; 2NRH A; 3VQD A; 4HTU A; 3DJC A; 4CHP A; 2VWJ A; 5CYQ A; 4JKF A; 5DM6 L; 1HLU A; 4JKB A; 4CW7 B; 4CEC A; 3IFR A; 1R0A A; 1BCO A; 3AO4 A; 1WOQ A; 1JCE A; 3UKR A; 3AVF A; 1XNQ K; 2RN2 A; 1IJJ A; 1CZA N; 2UUA K; 2A6A A; 3TAP A; 4JI7 K; 3SCX A; 2QWR A; 5KI6 A; 1HX1 A; 3J80 O; 2HMP A; 3HOS A; 2V7Z A; 3VQQ A; 1MU2 A; 4JLH A; 4QCL A; 3KD5 E; 4Y0W A; 1ZBL A; 3THV A; 4K0K K; 4DR7 K; 2NRR A; 4F2S A; 4RW9 A; 4BE0 A; 1NGJ A; 2QWL A; 3AVL A; 3IKM A; 3K59 A; 4FZZ A; 1KFD A; 3MN6 A; 2DFH A; 1RT4 A; 5AQL A; 5AQO A; 4KFB A; 2IVP A; 5F0X A; 3K0S A; 1Q86 O; 2KLA A; 3ASM A; 4BR0 A; 1TKX A; 3FZH A; 3O6W A; 3AA2 A; 1LAV A; 4ISG A; 2VYP A; 4NYF A; 1JLG A; 3IMX A; 2X6S A; 3SBG A; 2UXD K; 1N32 K; 2VWK A; 2V51 B; 1F21 A; 4TSX A; 5KQD A; 4JS5 A; 1D4X A; 2ASM A; 5GIN A; 3AA5 X; 4FJX A; 3EEQ A; 4LC9 B; 4LF6 K; 3O8M A; 4JD2 A; 4B9N A; 4DQS A; 3L3U A; 4FW1 A; 4OKK A; 4M3Y A; 3HXM A; 4DS5 A; 5J2Q A; 4FK4 A; 4DUY K; 3WXI A; 4RCH A; 4FJ5 A; 3SJH A; 4DR4 K; 3JS6 A; 2P9L B; 3CCQ N; 5HRP A; 3TAQ A; 4H0Y B; 3RMC A; 1HMV A; 3F73 A; 1WUA A; 1ZC6 A; 3ZSQ A; 1S1X A; 3ALY A; 5J2P A; 4CJT A; 3HYF A; 1BG3 A; 4CZH A; 4CHQ A; 1HNW K; 1HQE A; 3QFP A; 2ZE2 A; 1MWM A; 3L2W A; 3SLC A; 3MN7 A; 4FWN A; 4BAC A; 1BIZ A; 5C25 A; 2P9S B; 4M3T A; 1BU6 O; 3NF8 A; 4X66 K; 4GV9 A; 3KKR A; 3SBT A; 4FLY A; 3HTV A; 5DK5 A; 3KK2 A; 1CZ9 A; 1OH6 A; 2DFE A; 4C1N K; 4DTJ A; 2YI1 A; 4HTL A; 4FJ7 A; 2WUS A; 2O8F A; 4H0O A; 4ICL A; 1D8Y A; 1S3X A; 2ZJP L; 3BY5 A; 2HND A; 2NLX A; 4AM6 A; 3WUH A; 4CIF A; 1NGD A; 2HMI A; 2IVN A; 4YOX A; 1XC3 A; 3TSQ A; 1BI4 B; 1J53 A; 5CHI A; 2YNF A; 2IC3 A; 3WQU A; 4KH6 A; 4BR2 A; 1RGI A; 4ID1 A; 1X3M A; 1BUP A; 4E7K A; 4HCB A; 4CZJ A; 1MA9 B; 1VQM N; 4KHY A; 1YTU A; 3KLH A; 3AAR A; 1HNI A; 3IUC A; 3LP1 A; 2KHO A; 1NMD A; 4KO0 A; 1EX4 A; 1U48 A; 3JAM O; 4RTF D; 2QA4 N; 1KFS A; 1W0H A; 4OKE A; 1DT9 A; 1VSF A; 1RFQ A; 3R6M A; 2VQE K; 4FM0 A; 4CGI A; 3H1Q A; 2P9U B; 1T3V A; 4FL9 A; 5JVG L; 3LDQ A; 3DXM B; 3THY A; 4NCB A; 1T7P A; 1ZBI A; 2HHU A; 2P5O A; 1BOT O; 1Y64 A; 3VER A; 1UA0 A; 4K25 A; 2DTU A; 4BC5 A; 4ELV A; 1QSL A; 1A5X A; 3ID8 A; 4Y1D A; 4QS9 A; 3G25 A; 3PIO L; 1TGO A; 1HQU A; 4J2D A; 1HKG A; 3D2F A; 4W5O A; 5FRO A; 2WC9 A; 1RIL A; 1TKT A; 1NGG A; 3S3N A; 4B08 A; 4KHQ A; 3ULD A; 2HVI A; 4JI1 K; 3O80 A; 3WQT A; 3PO5 A; 1REV A; 2ITG A; 1SL0 A; 1QSY A; 2G8H A; 1ASV A; 4FPB A; 2Z1G A; 4BRK A; 1KXP A; 4RWT A; 4FWM A; 5EOY A; 5LMN K; 4DWI A; 4DTS A; 5HOO A; 3KLI A; 1KLM A; 3B6O A; 4DHY A; 2FLO A; 2R7Y A; 3Q7B A; 2GBZ A; 4Z94 A; 1NU0 A; 3T1Y K; 3P31 A; 3KWI A; 3FZL A; 4BRC A; 2W40 A; 2Y1J A; 1T8E A; 4WF9 L; 2VG7 A; 1RT7 A; 1YJN N; 4N47 A; 3VEW A; 4BGA A; 3DRR A; 4CFB A; 1ATR A; 1S22 A; 3AVC A; 4DSF A; 1RT2 A; 3B6P A; 3RMD A; 2DPN A; 4DQP A; 4B1X B; 3CJ7 A; 4WQ4 A; 4LSN A; 2LSN A; 3SAH A; 4B1Y B; 3VQ4 A; 4OJR A; 4IO9 L; 4XIU A; 3CME N; 3FR0 A; 4AHT A; 4GV3 A; 4H0T B; 1M1K O; 2D0C A; 3CC2 N; 1IBL K; 4BE1 A; 4HUE A; 4BRL A; 4CF2 A; 2ZD1 A; 5AQZ A; 2P9L A; 3ZX3 A; 3W0L A; 4JYA K; 3C95 A; 5D3G A; 5KGX A; 4FM2 A; 4EHU A; 4G9Z A; 5AQR A; 4B3T K; 1RT6 A; 1KD1 O; 3U6F A; 4EHT A; 2PFU A; 3TAB A; 1CXQ A; 2D0O A; 2P9S A; 2XHB A; 5AZI B; 3EO3 A; 5BPN A; 4W5T A; 2KZZ A; 2GWJ A; 4IG0 A; 4FJG A; 3MEG A; 1IKW A; 4FSV A; 4IWV A; 4A62 A; 1NGE A; 2Z1I A; 4FJI A; 1BQM A; 1FKO A; 4HHT A; 4BE2 A; 3T69 A; 4IDH A; 4BR7 A; 1ZBU A; 4CJ4 A; 4YOY A; 1J6Z A; 2Q0U A; 4MFB A; 4ISE A; 4AH9 A; 1Q7Y O; 5AQG A; 1EO1 A; 3VOV A; 4BRG A; 1K8K B; 5JVH L; 2HVH A; 4CJV A; 1NKE A; 2F8T A; 4B9U A; 1C1C A; 4BR9 A; 2GUP A; 4YOV A; 3P38 A; 5JS1 A; 2G8W A; 3LAM A; 2YNI A; 1P90 A; 3H1V X; 3NF9 A; 3R1X A; 2ZM6 K; 4DU1 A; 4O0I A; 3MXI A; 2XO7 A; 2QXL A; 4R5P A; 4CJU A; 4DSE A; 3VGL A; 1N33 K; 1OH7 A; 2ASP A; 3V6D A; 3G10 A; 5C10 A; 1VQ4 N; 4DR6 K; 1HNX K; 3L4Q A; 3V81 A; 3AA3 A; 2NRW A; 3VGK A; 3CCE N; 3NHG A; 2JWK A; 4CJ3 A; 2E2P A; 1I3A A; 5C42 A; 1UWB A; 1JCG A; 3U4L A; 3F2K A; 5E84 A; 1DTQ A; 2O4I A; 3L4I A; 2IS3 A; 3PO4 A; 1ZYQ A; 3HT3 A; 1M90 O; 2F8S A; 2NZT A; 4JK9 A; 2Z1J A; 2BGG A; 1LWE A; 2P9U A; 3G71 N; 1EP4 A; 5H1S Q; 3JXU A; 3VET A; 3DXM A; 1QTM A; 3KVG A; 1U47 A; 1HJR A; 3THX A; 3O08 A; 4KHN A; 1J5E K; 3DOL A; 4LF7 K; 1HNV A; 4L8R B; 4YDU A; 1VSM A; 3VA0 A; 2HBJ A; 4OPJ A; 3D7E O; 3NH0 A; 1U04 A; 3H3N O; 4NLC A; 3M8R A; 5ELZ A; 1RT5 A; 1Z25 A; 3GOI A; 3QBX A; 5JLF A; 4OGE A; 1WSJ A; 1QS4 A; 5M1P A; 3WXL A; 4N41 A; 4FLZ A; 1XQS C; 2WTU A; 4F8R A; 1SQK A; 1EKE A; 3EL2 A; 4GW6 A; 4M42 A; 4ID5 A; 4DFM A; 3S3M A; 3HST B; 3TAN A; 2YHX A; 1E4G T; 3R9P A; 2A5X A; 3FGU A; 4CEZ A; 1C6V A; 5FPM A; 2QWM A; 2Q97 A; 3ZT4 A; 5KPT A; 3LWM A; 4E7I A; 1VAZ A; 1KQS M; 5IT9 O; 3QES A; 3LM9 A; 4CZM A; 2UU9 K; 3QIP A; 3LDS A; 2WFB A; 3PX0 A; 4BDP A; 4CES A; 5AZJ A; 1NOY A; 4DV5 K; 4DF8 A; 4O55 A; 3M8P A; 3UKU B; 4M3U A; 3WNG A; 4Q5V A; 2O8E B; 4A5B A; 4CIG A; 3CM5 A; 5FPD A; 1GOC A; 1SAZ A; 3RWU A; 3V9W A; 1RCH A; 1X3N A; 1B9D A; 1XHZ A; 4KB0 A; 4QOZ B; 3R3L A; 4I2P A; 1BA1 A; 3CQY A; 2PY5 A; 4YDU C; 3VQP A; 3KJV A; 4E1M A; 4PY5 A; 4NLB A; 3WXJ A; 2OAN A; 3UIQ A; 1EQY A; 4BWJ A; 5LY3 A; 3KIO A; 4HUG A; 3KLG A; 4Q0B A; 1LW0 A; 3K57 A; 2FBY A; 3E9P A; 2F96 A; 1E4F T; 3CF5 L; 3CCL N; 1BCM A; 4O8U A; 4KV8 A; 4CCH A; 5MLC Q; 4GV6 A; 2UYT A; 1KCF A; 4K8X A; 4PKI A; 5AQT A; 3K5L A; 1NG9 A; 2O8F B; 4DTP A; 4FLV A; 5AQI A; 3MX5 A; 1VSH A; 2HNZ A; 4JAX A; 4R79 A; 3DLH A; 1K8K A; 4C8L A; 1NMN A; 5I42 A; 3MED A; 1RBV A; 4KI6 A; 1L3V A; 3N4Q A; 2HHH K; 3PSF A; 3BF1 A; 4K42 A; 2AJQ A; 3D45 A; 1IG9 A; 4ELT A; 1BQN A; 3CC4 N; 3J7Z O; 3AO1 A; 4FW2 A; 4UY8 O; 4K41 A; 2D5R A; 4RW6 A; 1S6Q A; 1CZB A; 3LZI A; 1LV5 A; 1QSS A; 4DKW A; 3K5N A; 4WCE L; 3ZT2 A; 4W5R A; 2OPS A; 2ZGY A; 1C0U A; 1YAG A; 3L3V A; 2BH1 A; 4H5W A; 4BRH A; 2OPQ A; 3LPT A; 3OYH A; 3QDK A; 4JN4 A; 1NK6 A; 3OYD A; 3ENH A; 4F2R A; 3THY B; 5AQH A; 3WNE A; 3ZCM A; 2YHB A; 3NE6 A; 1TL3 A; 3QEX A; 1IKX A; 1LCU A; 4DSL A; 1O13 A; 1RBR A; 5I9E B; 5GAD P; 4IEE A; 4JKA A; 3OYC A; 5HBM A; 4A2A A; 4DTX A; 5HL7 L; 3D2F B; 3M3Z A; 4DS4 A; 3CQ8 A; 1EXQ A; 2XY8 A; 4WFN L; 2I7P A; 2YX6 A; 4M3W A; 4B8C A; 4B9L A; 2QTD A; 5C15 A; 3PY8 A; 3I55 N; 4IJA A; 2HOE A; 3NBP A; 1Q8I A; 5EX5 A; 2VCP A; 1HKC A; 1H1V A; 2JLE A; 3O5B A; 2VQF K; 3S9H A; 4DU3 A; 2F9T A; 4JKD A; 4GVM A; 1QZ5 A; 5AQP A; 1OH5 A; 4E0D A; 3RRG A; 1DGK N; 1JXE A; 1WSI A; 3OVN A; 1U2V B; 3CCV N; 3VGM A; 1KVB A; 3QIN A; 2ITM A; 3S3O A; 3GL1 A; 2FSN A; 3O3F A; 5HRN A; 3GBT A; 2YKM A; 4CEA A; 1HJO A; 4F3T A; 2G8U A; 3DXK A; 3QO9 A; 1EWQ A; 4H03 B; 4KB1 A; 4JKH A; 4EP5 A; 5C12 A; 2Q36 A; 3K2P A; 4PKH A; 4MO4 A; 1HYZ A; 3CYM A; 4RW8 A; 2W6L A; 1HUX A; 3SUP A; 4EP4 A; 3U3G A; 3AAP A; 2HBM A; 4LFC K; 1BGX T; 3AVJ A; 5KRT A; 4IZ9 A; 2ZJR L; 3NGZ A; 3LDP A; 4C1N I; 2A3Z A; 3UKU A; 3TI0 A; 2O8E A; 2G8F A; 4B1Z A; 1VSJ A; 1TYQ B; 3DYA A; 1RDW X; 2CH6 A; 3B8A X; 5CYM A; 4BQL A; 4IFV A; 3EY1 A; 5M1N A; 2UXB K; 1NOZ A; 3CFO A; 4CHO A; 3TAF A; 3FZM A; 3ZSX A; 3T7Z A; 3HPH A; 3D2E B; 4M63 C; 2E8A A; 4FYD A; 4IJN A; 4KRE A; 1C0M A; 4YY3 K; 1JLB A; 1VQ8 N; 3V9X A; 5T7B A; 3MN9 A; 4BVP A; 4JK7 A; 3NCI A; 4C8M A; 1NGI A; 1WBB A; 4ZTF A; 3LL3 A; 4KAZ A; 4AHU A; 3H45 C; 3CFR A; 4IKF A; 3SAG A; 1W7A A; 1QQN A; 1GOB A; 3C0B A; 4FZX C; 3VQ5 A; 1WAF A; 3G4S N; 3SQ2 A; 2KFN A; 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1JL2 A; 3CCR N; 4PHT X; 2HHX A; 3HVT A; 4FJL A; 3VA3 A; 3K58 A; 1D9F A; 4B1W B; 1GLB G; 3E9L A; 1S9G A; 3QER A; 3CG7 A; 4NCG A; 3FFK B; 3ZSZ A; 4BQZ A; 4DB3 A; 3PSI A; 5AQS A; 3LPU A; 4DU4 A; 4JS4 A; 1YVN A; 4ZTJ A; 1U2V A; 4CBU A; 3ZLJ A; 3O3H A; 3CET A; 4Y1C A; 1SKS A; 3AO5 A; 4DQ8 A; 3FZF A; 4FWR A; 5K14 A; 1R59 O; 3AVA A; 3I8B A; 2QI2 A; 4IBN A; 1OKJ A; 1TAU A; 1S1V A; 2A1S A; 3O1W A; 4E1N A; 4JHD B; 4CEB A; 4A5A A; 4O8K A; 4CGH A; 2WON A; 1UA1 A; 3BDP A; 4N56 A; 4I6M B; 5AZJ B; 4U67 L; 4CF0 A; 1C0G A; 3AVN A; 3HPO A; 1J5O A; 1NNE A; 1RTI A; 4B3R K; 5AQM A; 1TYQ A; 5BR8 K; 4B1U B; 1ESV A; 3RSE B; 1RTD A; 2YHY A; 1VQ5 N; 2ZWH A; 5AQU A; 4WFB L; 4DR5 K; 1K8A O; 1U49 A; 3HM9 A; 2OA8 A; 1ITG A; 3D2E A; 3IRX A; 3LP3 A; 4CHZ A; 4N76 A; 1QVG M; 2O4G A; 2O8D B; 2HHV A; 2GWK A; 4CJ7 A; 3ZT0 A; 4MDB A; 1VQ9 N; 4N5S A; 3KWG A; 3TSU A; 3TTC A; 3VEV A; 4NCA A; 4DV6 K; 3KLF A; 4W5N A; 5EU7 A; 1T6C A; 5C2F A; 5M1K A; 4KHU A; 5CE3 A; 4XH1 A; 3A8Y A; 4Z4H A; 5KQ8 A; 2PAV A; 2Q2R A; 4AF1 A; 5J2M A; 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