The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
117
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structure length |
117
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
28
|
| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5BR8 K; 2HHH K; 4JI5 K; 4LF4 K; 4GKJ K; 4B3M K; 4DV4 K; 4KHP K; 2VQE K; 4JI3 K; 1IBL K; 2UUB K; 4DR1 K; 4JI1 K; 4DV2 K; 2E5L K; 4CW7 B; 4X64 K; 4DV1 K; 5AJ3 K; 2UXD K; 4YY3 K; 4DV7 K; 3J80 O; 4DV5 K; 5FLX O; 4X62 K; 3T1H K; 1HNW K; 2UUC K; 4DV0 K; 3J7Y P; 1HNZ K; 4JI8 K; 4DR7 K; 4NXM K; 4B3R K; 1N36 K; 4LFC K; 4DR6 K; 4DR5 K; 1N33 K; 4JYA K; 3T1Y K; 2UXC K; 3OTO K; 1N32 K; 2UUA K; 4GKK K; 4OX9 K; 1IBK K; 4DV3 K; 5LMN K; 3JAM O; 4DR3 K; 1HR0 K; 4DUY K; 4LF8 K; 4V19 S; 1I94 K; 3J7A P; 1N34 K; 1IBM K; 2VQF K; 2UU9 K; 4NXN K; 2UXB K; 4JI2 K; 4B3T K; 4X65 K; 4DV6 K; 4JI7 K; 5A2Q O; 4LFA K; 2F4V K; 5IT9 O; 4LFB K; 4JI4 K; 4AQY K; 4LF7 K; 4K0K K; 4DR2 K; 3J81 O; 4CVN E; 4LF5 K; 4LF6 K; 4DR4 K; 4JI0 K; 5LMU K; 5LL6 Z; 2ZM6 K; 4LF9 K; 1XMO K; 1XMQ K; 4JV5 K; 1XNQ K; 4X66 K; 1HNX K; 1XNR K; 4B3S K; 4YHH K; 1FJG K; 4JI6 K; 4DUZ K; 5IWA K; 1J5E K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AY9 A; 4AHS A; 3NAE A; 5GAG P; 3LDO A; 4RG8 A; 4CJV A; 4RW8 A; 4FWK A; 4DV2 K; 3GL1 A; 2Z1H A; 3I8B A; 1T44 A; 5AJ3 K; 1LWF A; 1GLB G; 3GBT A; 1VQM N; 5KTQ A; 4YOT A; 4KHQ A; 3O3H A; 5AQI A; 1B9D A; 2ZGY A; 3MN7 A; 3NH0 A; 3GG4 A; 1KC8 O; 4JRQ A; 4PKH A; 5J2P A; 3MCA B; 1A5W A; 1S6Q A; 3NH1 A; 4CZH A; 4QAG A; 3UKU A; 3T1Y K; 3K2P A; 3OTO K; 3CCM N; 4JLH A; 4FM1 A; 1NNE A; 4DF8 A; 3WQU A; 4GKK K; 3V81 A; 1S1V A; 1JCE A; 4BGB A; 3CME N; 2J4R A; 2QWL A; 3ZX2 A; 2F8T A; 1FW6 A; 1H1V A; 2IS3 A; 4FK2 A; 1SKR A; 3R3L A; 4BC4 A; 5C10 A; 3NCI A; 1TKZ A; 4BDZ A; 4AM7 A; 4K42 A; 2QWO A; 1HJO A; 4B9L A; 4H5T A; 3KD5 E; 4C23 A; 3PO4 A; 4AH9 A; 2OTL N; 1KVA A; 2HNY A; 2G8F A; 4WF9 L; 2O4I A; 3KLI A; 4CHY A; 2D0O A; 2VWB A; 4JI7 K; 5K14 A; 1QS4 A; 1Q8I A; 4ISE A; 3HT3 A; 4GV6 A; 3HP9 A; 4DTR A; 3RMA A; 1KAY A; 4FWP A; 4BRO A; 3IG1 A; 1JJ2 M; 2IOC A; 1ZBS A; 4CIF A; 4FZY A; 3BDP A; 1BQN A; 1ILY A; 1HUX A; 1K8K A; 3I8D A; 3TPQ A; 3VF4 A; 5C42 A; 4WQ5 A; 1JLC A; 3AV9 A; 4CZJ A; 3GE1 A; 4E7H A; 2A41 A; 4CZK A; 5JMV A; 1D8Y A; 2O8F A; 4I6M B; 1SKS A; 2P5O A; 4OPK A; 3T3F A; 4NYF A; 2QWN A; 2D0B A; 3O5B A; 5AQF A; 3ZSO A; 4AHT A; 4KB1 A; 3TSQ A; 1RT2 A; 3KLF A; 4DTJ A; 4CHO A; 1T03 A; 1A5X A; 1VSK A; 4KBO A; 4XH1 A; 4YOV A; 2UUB K; 3MEE A; 3EZ5 A; 2QWQ A; 2YHA A; 4CGG A; 4CW7 B; 1U6Z A; 4J2E A; 3TR8 A; 3C6H A; 2GUI A; 3M5R A; 3J80 O; 3S9H A; 5M1F A; 1RFQ A; 2BE2 A; 4DV0 K; 4O5B A; 3SCX A; 1UOC A; 3U8X A; 3D6R A; 4IG3 A; 1TYQ B; 2Q31 A; 2HW3 A; 3CYM A; 1B92 A; 3TAE A; 5BPL A; 2CH5 A; 5KRT A; 4CHZ A; 4E1M A; 1GOB A; 4N76 A; 2UUA K; 4RTF D; 4OX9 K; 1RTI A; 3DXK A; 5M1N A; 4E7K A; 1HNV A; 3QDK A; 4JKE A; 4F3O A; 4FK0 A; 1TGO A; 2JWL A; 3SLC A; 1ASU A; 4CJT A; 3R9P A; 1X9M A; 2IC3 A; 3SAF A; 4CIG A; 4AHR A; 1RDD A; 2OPQ A; 3P38 A; 2VWK A; 4GVE A; 4BR0 A; 3K5L A; 3VQ9 A; 2QEX N; 1D9D A; 4CFC A; 2O8C B; 1Z26 A; 1E3M A; 1NGG A; 3LP2 A; 5B8H A; 3AO3 A; 1T6C A; 3ZT3 A; 3EO3 A; 1MWK A; 2F4V K; 4GV3 A; 4H4O A; 1XWL A; 3SPY A; 4A5B A; 3RRH A; 2YCH A; 2UYT A; 4NLC A; 3J81 O; 1YHQ N; 5BPM A; 3KKR A; 5H1S Q; 4E7J A; 2NRH A; 4NB4 A; 4CFA A; 4CJW A; 1QSS A; 3QNO A; 3IRX A; 4FJ9 A; 3SMS A; 4JHD A; 1XNR K; 3AGK A; 4B9T A; 4MFB A; 3ID6 A; 2G8W A; 3NH2 A; 1WN7 A; 2PYJ A; 2ASO A; 3K5O A; 5DK5 A; 3PX4 A; 1YJW N; 5AR0 A; 3G6E N; 1L3U A; 3FFK B; 3NF6 A; 2JLE A; 1SV5 A; 5KPR A; 3SQ0 A; 2FXU A; 1L5U A; 3NF8 A; 1WSH A; 3H3O B; 4YOY A; 5BRE A; 1CXU A; 2DFF A; 3CCU N; 2KQ2 A; 3QEV A; 3OJS A; 5JVG L; 3K9J A; 4FWM A; 2ITG A; 3L2V A; 1HNI A; 4X62 K; 2FSN A; 2O8E B; 4U67 L; 3DLB A; 3HPO A; 5C2F A; 3CC7 N; 3ZSZ A; 1NJI O; 5JS2 A; 3G10 A; 3RMC A; 4CF2 A; 5HRN A; 3BZC A; 1SL2 A; 1NGH A; 1ATR A; 4AHC A; 3ZSQ A; 4CBW A; 2B6A A; 3HO1 A; 2RF2 A; 2P9N A; 3HYF A; 5I9E B; 4BRF A; 2ZJR L; 4DV3 K; 4A2A A; 5LMN K; 1TVR A; 4DQ8 A; 4BR2 A; 1Q9Y A; 4IOA L; 3LZJ A; 1U49 A; 3TU5 A; 3NFA A; 4CK2 A; 4KRE A; 2A1S A; 3WQT A; 5AQZ A; 5CZ2 A; 2E8A A; 1C0G A; 4BDY A; 4H5R A; 4FZX C; 4NXN K; 1QQO A; 1WUA A; 1TAQ A; 1A5V A; 4BQL A; 3A8Y A; 3CFP A; 1WSJ A; 4GMJ B; 3RR7 A; 1ZBU A; 4B9N A; 5C2D A; 3CF5 L; 1S1U A; 4DTM A; 1U2V A; 3RMD A; 1BQM A; 5AFU A; 3ULD A; 3OS2 A; 3DMJ A; 2XY5 A; 3HSC A; 3OY9 A; 4NYN A; 4O0J A; 5T7B A; 3AO1 A; 4PHT X; 2YJE A; 1RT5 A; 2HOE A; 2QA4 N; 2VG7 A; 4O44 A; 3HXM A; 2DY4 A; 3U6F A; 2YHW A; 4LF9 K; 4FJJ A; 3OYB A; 4WQ5 C; 4PA1 A; 4CEZ A; 1TKD A; 2XHB A; 1KAZ A; 1IH7 A; 2H3G X; 3LP3 A; 3QEW A; 3CM5 A; 4Z4I A; 1U2V B; 1BU6 O; 3L2W A; 2Q3S A; 2E6L A; 3K58 A; 3ULE B; 2HHH K; 4JKC A; 4FK4 A; 5AQQ A; 4BRM A; 3TWH A; 1IBL K; 4PKG A; 5EOY A; 3NDK A; 1M1K O; 4E7I A; 2IDO A; 4FJI A; 5MLC Q; 3AVC A; 3CG7 A; 3AAR A; 1NJX A; 1VQL N; 3ZSR A; 3DM2 A; 3WT0 A; 1NU0 A; 2GV9 A; 4K43 A; 4A62 A; 2P9L B; 4ELT A; 2QXF A; 3H6E A; 2HMP A; 4QS7 A; 3TSU A; 4CJU A; 3OYH A; 1TAU A; 4JS4 A; 2D0C A; 3I0S A; 4WFN L; 3TTF A; 3GOI A; 3KK1 A; 3EE9 A; 3O8M A; 2ASM A; 4EIA A; 3CET A; 5HP1 A; 3RTV A; 5C12 A; 2ZF5 O; 4DR5 K; 2FC0 A; 4E19 A; 3MEG A; 5JS1 A; 3KD1 E; 3FGU A; 5LY3 A; 4CF9 A; 4BRQ A; 4IEI A; 5TKW A; 3UKR A; 2BTF A; 1HYZ A; 4ZTJ A; 1EQY A; 4OO1 J; 3FZK A; 3P5J A; 4DQQ A; 4QCL A; 2E88 A; 2CGL A; 4WFB L; 3RWU A; 1GLL O; 3KZB A; 4CZF A; 5CE3 A; 4JKH A; 3G71 N; 1I94 K; 3DXM B; 3HOS A; 3HPG A; 1HJR A; 1SS6 A; 4CI6 A; 1KD1 O; 2OPP A; 1NGJ A; 5SZT A; 4AF1 A; 1RT1 A; 3KIO A; 4CF1 A; 1RTH A; 3AVK A; 3D2F B; 3A5L C; 2YNF A; 4ICL A; 1D9F A; 3GDQ A; 4FOE A; 3SAG A; 5CY4 A; 4F3T A; 3G0Z A; 4LF7 K; 4K0K K; 3O1B A; 4DR2 K; 4CJF A; 2HND A; 4A5A A; 4JI0 K; 1RIL A; 4BY9 C; 3EY1 A; 1RBV A; 1W9H A; 4DWI A; 4M63 C; 2DTU A; 3LDN A; 1WLJ A; 3KWG A; 1DKG D; 3AVJ A; 5ADX H; 1HNX K; 3C65 A; 3HPH A; 1IJJ A; 4B9M A; 2D1K A; 1RBS A; 4Y1C A; 1W2B M; 3FFI A; 3VEY A; 4BAC A; 1UA1 A; 2LSN A; 2YKM A; 1GLF O; 2FSK A; 1JXB A; 4PL8 A; 3KLG A; 2BH1 A; 4RW4 A; 1KFD A; 4CEA A; 4FXD A; 3DLG A; 2P9U B; 5KQD A; 3SQ2 A; 4DV5 K; 4W5T A; 3PSF A; 1HNW K; 1VQ8 N; 1KAX A; 3A5N C; 3LM9 A; 2WTU A; 4HWI A; 3VN5 A; 3JS6 A; 3JXU A; 4FVM A; 4JK8 A; 2E4L A; 2G8H A; 2BAN A; 3AO5 A; 3SI6 A; 4M3U A; 3ZSW A; 4JKF A; 4GV9 A; 2Z1I A; 2GBZ A; 2P9P A; 5GAH P; 4JEP A; 5AZJ A; 3U9D A; 2O8D B; 2P1J A; 4KRF A; 2A42 A; 4FJ5 A; 3RR8 A; 1KRP A; 4JK7 A; 1DLO A; 2G8U A; 4CJP A; 3CJ7 A; 4WQ4 A; 4CES A; 1YIT N; 2X78 A; 3JAM O; 3A5O C; 3OYN A; 2O4G A; 4CZE A; 4FWN A; 5E41 A; 3CD6 N; 4KB0 A; 4DHY A; 4LH4 A; 2HF3 A; 4B9S A; 1WAJ A; 2OPR A; 1VRT A; 1XC3 A; 1EKE A; 4FSV A; 3O4Q A; 1Q7Y O; 1BCO A; 1X9S A; 3RRG A; 4EP4 A; 3CCR N; 3UB5 A; 1OH8 A; 1NLV A; 2W41 A; 3CPW M; 4B3T K; 5AZJ B; 1S3X A; 4OGC A; 4M3Y A; 1LWC A; 2B5J A; 2P51 A; 2I7N A; 4FZZ A; 4J2D A; 4B1V A; 2FBX A; 3MWT A; 1R0A A; 1TUU A; 3ZSV A; 4R79 A; 2P9S A; 2YX6 A; 3FR0 A; 1XMO K; 2OCE A; 3DLH A; 4CK1 A; 3AVM A; 1XHX A; 4JNE A; 2HHV A; 3KLE A; 1RT3 A; 4H0X B; 3HP6 A; 4KPY A; 1GOC A; 3KWI A; 3E66 A; 3BF3 A; 4JAX A; 3CM6 A; 1NK8 A; 2VGN A; 3THX B; 4GKJ K; 4IOC L; 3K0S A; 1IKY A; 4KHP K; 1TL1 A; 2OZS A; 3KVG A; 4CJ5 A; 1GLE G; 4FJ8 A; 3QFP A; 4RW9 A; 3Q7C A; 2FBV A; 4DFP A; 4F4K A; 2P9I B; 1L3V A; 2X6S A; 2ASP A; 4FJL A; 1QSL A; 4DTX A; 1VSM A; 1TL3 A; 3R8E A; 4IFY A; 4I7F A; 3CMA N; 3MWP A; 3WXI A; 5GIP A; 3QNN A; 5AQP A; 3VQC A; 2VYP A; 2HBL A; 1Z25 A; 3HZ6 A; 3V6D A; 3WNF A; 3QIC A; 1GOA A; 5HRS A; 4A59 A; 4FLY A; 1SKW A; 1U04 A; 1VSE A; 3BZK A; 2HHW A; 3SQ1 A; 2WFB A; 3K5M A; 3EYZ A; 2QXL A; 5AQM A; 4DTP A; 1BCM A; 1RDC A; 1NKE A; 3EE8 A; 3C0B A; 3UIQ A; 3J7Z O; 2NRW A; 4OLA A; 4BC2 A; 1C0M A; 2W40 A; 4CEO A; 1SUQ A; 4AM6 A; 1YTA A; 3QFU A; 1J5O A; 4WE1 A; 5HL7 L; 3O08 A; 2IAJ A; 3E9O A; 4M3T A; 4JI4 K; 3L3V A; 2VG5 A; 2YHB A; 4XH5 A; 4AQY K; 3D2E A; 4IKF A; 2QW9 A; 1WSF A; 4DLE A; 4FYD A; 3WEE B; 2GEM A; 1HQU A; 4ILG B; 3VQ8 A; 4Z94 A; 1BIZ A; 3PIP L; 2G8I A; 4CFD A; 4BRA A; 5HBM A; 4CF8 A; 1XNQ K; 3O9S A; 4I6M A; 1QHT A; 3W3D A; 3CCJ N; 1ZBL A; 1T05 A; 4JKG B; 3VEO A; 1DTQ A; 3C6U A; 3HRG A; 3L2U A; 3RSE B; 3D2E B; 4NO7 A; 1SQK A; 3AGR A; 1WSI A; 4DSE A; 4JI3 K; 1VSD A; 1DEJ A; 4BRH A; 3VF6 A; 4OPH A; 1JXE A; 4ELU A; 3P4I A; 3VQA A; 2RN2 A; 2E5L K; 2AA4 A; 3ZYY X; 4Z4G A; 1NOZ A; 2IVP A; 1TK5 A; 4FJN A; 3VPZ A; 3H1V X; 1KVC A; 2RE2 A; 3LAL A; 2V7Z A; 5M1Q A; 1FK9 A; 2GTD A; 3CJC A; 1LW0 A; 4JKA A; 4IFV A; 4CEC A; 1TYQ A; 4M3Z A; 4CED A; 1JCF A; 1OH5 A; 1WNS A; 3Q7B A; 1N36 K; 1KTQ A; 2A6A A; 1WBB A; 5FPD A; 2YNI A; 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5HRO A; 2E2O A; 3O3F A; 1JLF A; 4DR7 K; 3DRR A; 5BN9 A; 1S72 N; 3NHG A; 3HI0 A; 4IFE A; 1NGI A; 3EZW A; 5AQG A; 4O5F A; 3TAP A; 3WXK A; 4OVL A; 4BRC A; 3MK6 A; 4B9U A; 1N33 K; 3V9U A; 1TV6 A; 5CYM A; 1EXQ A; 4LH5 A; 3L8B A; 4BE2 A; 2HBJ A; 1HKC A; 1JLA A; 1NWK A; 3ENO A; 1JCG A; 1YIJ N; 3P83 D; 3IKM A; 1IV0 A; 3F73 A; 1D5A A; 2YNH A; 2PYL A; 2E6M A; 3VQE A; 3VTI A; 1B9F A; 1VSI A; 1EO1 A; 3OYI A; 3CXC M; 4CFB A; 2ZJP L; 3LAM A; 4YFU A; 3K5N A; 2HHS A; 3AVG A; 4W5R A; 2A1R A; 2VQF K; 4CJS A; 4B8C A; 4BRI A; 3H45 C; 3QET A; 2Q0R A; 1NJZ A; 1SAZ A; 1VHX A; 4FWL A; 1YF5 L; 2E1Y A; 2X6N A; 2X74 A; 1IG8 A; 4KHS A; 3SBT A; 3TAF A; 4IZ9 A; 3TAM A; 3EN9 A; 4KHW A; 4M7X A; 5I42 A; 1VSJ A; 1X9J A; 4OJR A; 2ZM6 K; 4CF0 A; 2D0P A; 3M6G A; 4N56 A; 4KKO A; 2BDP A; 5CZ1 A; 4B1Z A; 3S3M A; 3VES A; 4CGJ A; 5AQO A; 3LDQ A; 4F2R A; 2NRR A; 3DI6 A; 3F9M A; 2ZWH A; 1KCF A; 3HTV A; 1K8A O; 3G4S N; 4OLB A; 3ULE A; 1T6D A; 4FOI A; 3H46 O; 3LL3 A; 3QML A; 4KI4 A; 1IKV A; 3H3N O; 1NGD A; 2FBT A; 4DV4 K; 1BA1 A; 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