The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
27
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| structure length |
116
|
| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBK K; 4JI7 K; 4LFC K; 4DV5 K; 4LF7 K; 4DR4 K; 3T1H K; 4NXN K; 1N34 K; 2UUC K; 4JI5 K; 1I94 K; 4JYA K; 3OTO K; 1HNW K; 1N36 K; 4DR3 K; 2UXC K; 4DR6 K; 1IBL K; 5BR8 K; 4LF9 K; 5IWA K; 4LF4 K; 4X62 K; 2UXB K; 3J7A P; 4GKK K; 1IBM K; 4DV4 K; 2UUB K; 4LFB K; 1HR0 K; 4JV5 K; 4X64 K; 4KHP K; 4JI2 K; 2F4V K; 2E5L K; 4B3S K; 4JI1 K; 4CVN E; 5IT9 O; 3J7Y P; 4YY3 K; 4DUZ K; 4NXM K; 4DV0 K; 4LF8 K; 4DV6 K; 2VQE K; 4CW7 B; 4LF6 K; 4JI3 K; 1J5E K; 1HNZ K; 4JI4 K; 1XMO K; 1N32 K; 4AQY K; 3T1Y K; 5FLX O; 5LMU K; 2UXD K; 5LL6 Z; 5A2Q O; 4GKJ K; 4DV7 K; 4JI6 K; 4DUY K; 2UU9 K; 1FJG K; 4B3M K; 4V19 S; 4X66 K; 4K0K K; 4DR1 K; 4B3T K; 1N33 K; 4YHH K; 2UUA K; 3JAM O; 1XMQ K; 4OX9 K; 5LMN K; 2HHH K; 3J81 O; 1XNR K; 4DR5 K; 4DV2 K; 4JI8 K; 4LFA K; 4DV3 K; 4X65 K; 3J80 O; 4DV1 K; 4B3R K; 2ZM6 K; 4JI0 K; 1HNX K; 5AJ3 K; 4DR7 K; 1XNQ K; 2VQF K; 4LF5 K; 4DR2 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A1R A; 4H0O A; 4GNI A; 3EEQ A; 3ZSZ A; 4FLW A; 2O8D A; 1R59 O; 2DY4 A; 1T44 A; 4KI6 A; 1S22 A; 3GL1 A; 3IS9 A; 1SQK A; 4A2A A; 2Q36 A; 5GIN A; 1CLQ A; 3NGZ A; 4W5Q A; 1EWQ A; 4KTZ A; 3SBG A; 3C6A A; 1EKE A; 2EWS A; 3P39 A; 4CJF A; 5ADX H; 4FM2 A; 3ZT2 A; 4LD0 A; 2GEL A; 2ZGY A; 1YTA A; 1NK7 A; 1HYS A; 3AV9 A; 1Z05 A; 4O0I A; 4FYD A; 3TAQ A; 1VSD A; 4EAH D; 3E9L A; 4IDK A; 3VTI A; 3UIQ A; 2NRV A; 2QWM A; 2G8K A; 3L2V A; 3L8B A; 2QK9 A; 3BY5 A; 1KAZ A; 2ASO A; 1YXQ A; 4WFA L; 3HOS A; 4DU1 A; 3DOK A; 1JL2 A; 2F4V K; 3BEX A; 2QXL A; 4JI1 K; 2NLX A; 4IZ9 A; 4BRG A; 3KKR A; 2E2O A; 5MLC Q; 3ATU A; 1FXX A; 3QBW A; 5HLF A; 1X3M A; 1T8E A; 4W5T A; 1BDG A; 4H0X B; 3DLG A; 4RW7 A; 5B8H A; 4Y0W A; 3VQQ A; 4FJM A; 1RTH A; 3NH0 A; 4NCA A; 4KHQ A; 3WUH A; 5LMU K; 5FPM A; 4XIU A; 4OJR A; 2F8S A; 3IFR A; 4KTQ A; 3AA2 A; 4B9Q A; 4B1W B; 2KQ2 A; 1VSJ A; 3HOT A; 1DTQ A; 1VQN N; 1ZYQ A; 4GW6 A; 1IH7 A; 1ILY A; 3NGI A; 3OYN A; 4CHN A; 2QI2 A; 4QS9 A; 1RBV A; 4NCG A; 1D5A A; 4FLZ A; 3E01 A; 1G99 A; 3ZSV A; 1VHX A; 3CQ8 A; 2GBZ A; 1GLL O; 2HHU A; 1RBT A; 1TK8 A; 4CJL A; 1S6P A; 1Q9Y A; 4KB0 A; 4IWV A; 5GIP A; 1HPZ A; 3LWL A; 3IAY A; 3BUZ B; 4HTU A; 2NRZ A; 3S3N A; 3KK1 A; 4JK7 A; 4B1U B; 3C0B A; 3L0Q A; 5AQT A; 3K0S A; 3TAG A; 3CCQ N; 5HRP A; 1K9M O; 3PY8 A; 4DLE A; 2GX9 A; 4B8C A; 2E6M A; 1R0A A; 5AFU A; 1QQO A; 2VWB A; 2A5X A; 2NRX A; 4DS4 A; 3FFK B; 1YJW N; 1S1U A; 4KO0 A; 3RSE A; 3CCE N; 4CFD A; 2FBX A; 4BY9 C; 2DFF A; 1DTT A; 1VRU A; 3J7A P; 4IO9 L; 4LFB K; 2ZQB A; 1FKP A; 4FJG A; 4PY5 A; 4CHY A; 5J2P A; 3V9W A; 3E66 A; 2A41 A; 4FWK A; 1HYV A; 4FJ8 A; 3PIP L; 5C10 A; 1DGK N; 1KD1 O; 1T6D A; 1BIU A; 1TV6 A; 3WXJ A; 1YJ9 N; 3O9S A; 1YVU A; 2D0P A; 1J53 A; 1D4X A; 1SL2 A; 3ASM A; 2FF6 A; 3KLH A; 3O4N A; 3C6U A; 1S1X A; 3LM2 A; 1BIZ A; 1NGG A; 4I6M B; 3HM8 A; 4E1M A; 2CH6 A; 4RW9 A; 5A2Q O; 4YOX A; 4O0J A; 3ZSQ A; 3R6M A; 4DV7 K; 2PAV A; 3CXC M; 3H3N O; 3U3G A; 5C12 A; 3QML A; 3GBT A; 3NF7 A; 3H1V X; 3CFP A; 5HRR A; 2E2P A; 4KB1 A; 3JAM O; 2HHH K; 4AHS A; 2RN2 A; 4HHT A; 4JD2 A; 2HHV A; 1DEJ A; 1TKT A; 1T05 A; 1RDB A; 2VGM A; 2JLE A; 3KLG A; 1CXQ A; 2X78 A; 2B5J A; 2G8V A; 4ELV A; 4OLB A; 3KLI A; 3CCJ N; 3N4P A; 2OTL N; 1Z26 A; 5BRD A; 4FJH A; 2HF3 A; 3TU5 A; 3DXM A; 4DV5 K; 3HM9 A; 3KK2 A; 4YOT A; 1X9S A; 3CCM N; 5FRO A; 1TAU A; 1SKR A; 3HYF A; 4DKW A; 4AHC A; 3L2Q A; 5BN9 A; 3O3G A; 3AY9 A; 3AO1 A; 1SUQ A; 3FZH A; 3AO4 A; 3UB5 A; 3TI0 A; 4BR0 A; 5CHI A; 3E1Y A; 3O9T A; 2UXC K; 5KQ8 A; 3TSU A; 4W5N A; 4DSK A; 1VSH A; 3JS6 A; 2P5O A; 4OPH A; 4MLE A; 5CE3 A; 2PYL A; 1W0H A; 3A5L C; 3MEE A; 5EVZ A; 3NFA A; 4BE0 A; 4C8L A; 2UUB K; 2DFH A; 4DTJ A; 3LP1 A; 2AP1 A; 1NU0 A; 2GWJ A; 2J4R A; 2Z1G A; 4DTO A; 4FWO A; 2OA8 A; 3KVG A; 4KH6 A; 4E19 A; 3RMC A; 4ZTF A; 3AGR A; 5BR9 A; 4WFB L; 4CEZ A; 4W5O A; 2HB5 A; 3K57 A; 3NVM A; 2ASM A; 4B1Z A; 2BGG A; 4FM0 A; 1T6C A; 2F9T A; 3U9D A; 4N5S A; 1WSE A; 3O80 A; 3WXK A; 3G4S N; 1XMO K; 4EHU A; 4H03 B; 1M90 O; 4Y1C A; 4B08 A; 4YDU A; 1JCG A; 1HPM A; 4E7L A; 3R3L A; 3HK2 A; 1QHA A; 3MWP A; 3CQX A; 3FE1 A; 2VG7 A; 2W6K A; 5KQD A; 4WF9 L; 1TL1 A; 3IKM A; 2XY7 A; 4LSL A; 1KAY A; 1WSI A; 3DLR A; 4MDA A; 4B3M K; 4FK4 A; 3VEW A; 2P9S A; 1NJW A; 4CEB A; 1Q9X A; 3U9Z A; 4KRF A; 4CZM A; 4OGE A; 3KWG A; 4IG0 A; 3D2F A; 5AQI A; 4LFA K; 3SQ1 A; 1JCE A; 1JLA A; 2UYT A; 4IO8 A; 1OH8 A; 3ZSO A; 2PYJ A; 1XQS C; 2JWL A; 1C1B A; 2IC3 A; 1C6V A; 2FF3 B; 5HRS A; 3CCR N; 4KHW A; 1YIT N; 4DSL A; 3SLC A; 4BGA A; 4BRA A; 4GV3 A; 2HNY A; 4H5W A; 1ZBL A; 1P8Z A; 4Z4F A; 1ZBI A; 3CM5 A; 4I2P A; 4JYA K; 5EU7 A; 2WFB A; 3RMA A; 4Q0B A; 1IKX A; 4CES A; 4M3Y A; 5AQH A; 3GE1 A; 3MDQ A; 1RDW X; 3AA3 A; 1KVC A; 1IBL K; 3VEY A; 4JHD A; 2WC9 A; 4OPA A; 2VWJ A; 4CCH A; 1K8K A; 5AQG A; 1QSS A; 3AGK A; 3THW B; 1GLB G; 1X9J A; 1UAX A; 4FWR A; 1NWK A; 1CZA N; 3KZB A; 1NGB A; 3THV A; 1VRT A; 1YT3 A; 2P9P B; 3A8Y A; 2HHX A; 4CVN E; 4CZG A; 3F73 A; 2ZJP L; 1TKD A; 4AF1 A; 4NXM K; 2W41 A; 1UA0 A; 4LF8 K; 1YVN A; 4XH5 A; 3WEE A; 2VQE K; 4BAC A; 2V7Z A; 2G8H A; 2P9L A; 3HVR A; 4OGC A; 2E1Z A; 4JKG A; 1NK5 A; 4A57 A; 4FLT A; 5FPD A; 2OZS A; 2Q2R A; 2Q0R A; 2YHX A; 3EKS A; 4G9Z A; 5KPR A; 3G0Z A; 4BRE A; 3VES A; 5I42 A; 2O8F B; 1BCM A; 5M1Q A; 3OYJ A; 4YNQ A; 4BC3 A; 3OYA A; 1TGO A; 3PSF A; 4EZ9 A; 3V4I A; 4M3X A; 1YHQ N; 2PFU A; 4C8K A; 1H1V A; 1NJZ A; 3K5N A; 4CBW A; 4K41 A; 3S9H A; 1BIS A; 4CF1 A; 3OBW A; 3ZT3 A; 4JKE A; 1U2V B; 2W6L A; 2NRW A; 4DR7 K; 4I9Q A; 4PA1 A; 1XI1 A; 4H5V A; 3CHW A; 2YJF A; 3OYE A; 4DR2 K; 2VG5 A; 3O5B A; 1KTQ A; 1SL0 A; 4FLV A; 4YOR A; 2I7N A; 2P9I A; 4HUE A; 3CYM A; 3SCX A; 4CF0 A; 5JMV A; 1RBR A; 3OYD A; 2HND A; 3EY1 A; 4KHS A; 5KRT A; 3L6Q A; 3AVK A; 2V7Y A; 5AQF A; 3VQD A; 3KK7 A; 4F9O A; 3B6O A; 4Z94 A; 1I94 K; 2P9N A; 1NGJ A; 2Q0U A; 1TAQ A; 3U3Y A; 2WUS A; 3VGK A; 3WQU A; 1S1V A; 1XUP O; 1OVQ A; 3PUF A; 1NK6 A; 2LSN A; 5BR8 K; 2A3Z A; 4CFA A; 5AQV A; 3OHR A; 3PO5 A; 3QFU A; 1S6Q A; 4DF8 A; 4PUO A; 3T3F A; 4KV8 A; 3F9M A; 2ATQ A; 3UKU B; 1ZBF A; 4BG9 A; 1GLC G; 5M1P A; 2BAN A; 1SAZ A; 3I8D A; 4M41 A; 3OYL A; 1LV5 A; 1CZ9 A; 4KPY A; 4E7J A; 1EWR A; 2E6L A; 4JKD A; 4BR5 A; 4BVO A; 4KHN A; 5EX5 A; 4FWP A; 1KLN A; 5GAG P; 3UKR A; 1J5O A; 1DT9 A; 1NKC A; 1KCF A; 1W7A A; 2VCP A; 3SMP A; 4QOZ B; 3D45 A; 2D0B A; 4CJW A; 3KHY A; 1WAJ A; 3QEP A; 3MXM A; 2W42 A; 2JGU A; 2XHB A; 3OYC A; 2DFE A; 3AA4 A; 4ELT A; 4AHR A; 2NRR A; 4E7H A; 4WQ5 A; 3OW2 M; 4CEO A; 1QE1 A; 2KZM A; 3CJ1 A; 3ZX0 A; 3N4Q A; 5AQS A; 3OYH A; 5BRF A; 3BP8 A; 5BPN A; 3M6G A; 4CJ3 A; 5LJW A; 1N6Q A; 1E4G T; 2GUP A; 5CZ1 A; 2CGK A; 4O4G A; 3VQ4 A; 4Z4E A; 3CCL N; 3WQT A; 4FLU A; 3R9P A; 3JYT A; 3AVH A; 4DSE A; 4X65 K; 4BRK A; 3ZET B; 4JKH A; 4JNE A; 3ZSR A; 4PKH A; 1B9F A; 1HYZ A; 3CC4 N; 4JI0 K; 1YAG A; 1XNQ K; 1Q18 A; 4FZX C; 1LWE A; 4M3R A; 4DTR A; 4LFC K; 3QEI A; 4EHT A; 1BCO A; 3T7Z A; 2ITM A; 3R8E A; 4CJ7 A; 3KIO A; 4ID1 A; 4NYF A; 1E3M A; 3RRH A; 1MDU B; 4H5R A; 4HCC A; 1T3V A; 3ZT4 A; 3CMA N; 4DR3 K; 1VQO N; 2WBN A; 3QEW A; 1VK0 A; 1MWM A; 2HST A; 3U4L A; 2D0O A; 5HBM A; 3KWI A; 4EIA A; 4BGB A; 3SAH A; 4M45 A; 3FZL A; 4ID5 A; 2G8U A; 4O5F A; 5JIC A; 3B8A X; 4KHP K; 1NGI A; 3K59 A; 4FVU A; 3SPY A; 1QTM A; 3DI6 A; 1ZBS A; 5GAH P; 1SS6 A; 4AH9 A; 4HWI A; 4FJ9 A; 3MX5 A; 3PLA A; 5TKW A; 3O4Q A; 4A2B A; 3H3O B; 4CW7 B; 2OYQ A; 1RDA A; 3CFR A; 3E9O A; 5AQW A; 1C0G A; 4DLG A; 2QXF A; 4Z4H A; 3ULD A; 1VQ5 N; 5AZI B; 4QCL A; 1HRH A; 3QLH A; 4DS5 A; 4DF4 A; 4EZ6 A; 2YHW A; 4BE1 A; 4HCB A; 2RPI A; 4KHY A; 4DWI A; 4FWS A; 4BG8 A; 2P9K A; 2GTD A; 2HBL A; 2HMP A; 2P1J A; 5M1F A; 1D9F A; 1X3N A; 3QNO A; 3VQ9 A; 1KAX A; 1VQ9 N; 3RTV A; 2XY5 A; 3L4Q A; 5TKY A; 4BR4 A; 4ELU A; 1ASW A; 4A5B A; 1EQY A; 3W3D A; 3NGY A; 2E2N A; 1N33 K; 4FO0 A; 1NJI O; 4G1Q A; 1XMQ K; 3ZSW A; 5HL7 L; 5C2F A; 4H4M A; 4DSI A; 4FVM A; 1LWF A; 4B8A B; 4YOW A; 3P38 A; 3O3F A; 4BQL A; 1RBU A; 2QKB A; 5J1E A; 1RDU A; 3K2P A; 3THX B; 2AJQ A; 4JKC A; 3MN6 A; 1HUX A; 1U4B A; 3BDP A; 3C94 A; 3PV8 A; 3DM2 A; 3VA3 A; 1JLE A; 1QZ5 A; 4OO1 J; 3CJA A; 3C65 A; 3D2E B; 4CJV A; 3AO3 A; 4IXC A; 1VQ7 N; 4B1X B; 3OYI A; 3ENB A; 2O8B A; 3OTO K; 1JJ2 M; 2WTU A; 1HNW K; 3EE8 A; 4BDY A; 1KVA A; 2IVN A; 2P9U B; 4Y1D A; 3P31 A; 1W97 L; 1NNE A; 3F2K A; 5M1O A; 3TTF A; 5IWA K; 4X62 K; 3VOV A; 3FLC O; 1VQP N; 1S9G A; 1GOB A; 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1OKJ A; 4BRI A; 1N5Y A; 1S9E A; 3VQC A; 2BE2 A; 1RT3 A; 3ID6 A; 4JI2 K; 2X6N A; 3ENH A; 1BL3 A; 1HNI A; 3LPT A; 1MWK A; 2BH1 A; 3S41 A; 3V9X A; 1OH7 A; 4ZTJ A; 1C1C A; 1TYQ B; 1VSM A; 2V52 B; 2HNZ A; 2KHO A; 3OS0 A; 1W9H A; 3IRX A; 1ZXO A; 1N32 K; 4M3T A; 1C0T A; 3I0R A; 1M1K O; 5KI6 A; 4H8K A; 4PHT X; 4WE1 A; 4PQU A; 4XEI A; 3QET A; 3I55 N; 3CJC A; 4LSN A; 3O9R A; 1NGE A; 3A0I X; 2FBY A; 5FRM A; 3CFO A; 3K5L A; 4GVM A; 4JI6 K; 5LY3 A; 5AQJ A; 1KFS A; 1BUP A; 5JVH L; 1NGA A; 1Q82 O; 3Q7C A; 3SNN A; 4K0K K; 1NMN A; 1BOT O; 4CED A; 2G8W A; 4RW8 A; 4I6M A; 2UUA K; 4BR7 A; 5LMN K; 4E3S A; 3M8R A; 3O9U A; 4JS5 A; 3ATV A; 4GY2 B; 2R7Y A; 5M1N A; 4CHZ A; 1Y64 A; 3SAG A; 3DAW A; 4RWT A; 4BRP A; 4NLC A; 4B3R K; 2YX6 A; 3OYF A; 4K8X A; 1CZB A; 3VEN A; 1JKH A; 2OZM A; 3EN9 A; 4PL8 A; 4B9S A; 2CH5 A; 2O8C B; 1U04 A; 2Y1I A; 4FJJ A; 1NG9 A; 4DTP A; 5KTQ A; 3OY9 A; 5C2D A; 3V1Q A; 1W2B M; 1SZ2 A; 3AVC A; 3AVM A; 3OYM A; 5I3U A; 4WCE L; 3HSC A; 2IVO A; 3CCV N; 4FWL A; 2IS3 A; 3QES A; 3FR0 A; 3HXM A; 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