The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
27
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4V19 S; 3J7A P; 4DV4 K; 2VQF K; 4LFC K; 4CVN E; 4DR6 K; 2F4V K; 4DR5 K; 4DR2 K; 4LF8 K; 4LFA K; 4LF5 K; 5BR8 K; 4K0K K; 2VQE K; 1HNX K; 2UXC K; 4B3T K; 2HHH K; 4OX9 K; 4B3R K; 4X65 K; 5IWA K; 2UUC K; 4LF7 K; 4KHP K; 4YY3 K; 4JI7 K; 3OTO K; 2UUA K; 4JYA K; 3T1H K; 4JI4 K; 1N32 K; 2E5L K; 4JV5 K; 3T1Y K; 4DV2 K; 1XMQ K; 4B3M K; 4X64 K; 4JI3 K; 1HNW K; 5LMN K; 4NXM K; 1IBK K; 5A2Q O; 2UU9 K; 1N33 K; 1I94 K; 4JI1 K; 4LF4 K; 4DR7 K; 3JAM O; 2UXB K; 4DR1 K; 2UUB K; 3J81 O; 5LMU K; 4DUY K; 1XMO K; 4DV3 K; 5LL6 Z; 4DR4 K; 4GKJ K; 4B3S K; 4X66 K; 4DUZ K; 4LF6 K; 4JI8 K; 4DV6 K; 1HNZ K; 4JI0 K; 1XNQ K; 4X62 K; 5IT9 O; 4LFB K; 4JI6 K; 3J7Y P; 4YHH K; 4DV0 K; 1IBL K; 1N34 K; 4DV5 K; 4DV1 K; 2UXD K; 4CW7 B; 4DR3 K; 4JI2 K; 1J5E K; 1HR0 K; 1N36 K; 4LF9 K; 5AJ3 K; 2ZM6 K; 4GKK K; 1XNR K; 4AQY K; 4NXN K; 4DV7 K; 1FJG K; 1IBM K; 3J80 O; 4JI5 K; 5FLX O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S9E A; 2YHY A; 4JHD A; 3RMD A; 1VQ4 N; 1BQN A; 3BGR A; 4BRP A; 4BY9 C; 2E2P A; 4Z4F A; 4LD0 A; 1WUA A; 4HUE A; 3V6D A; 1X9J A; 3QNO A; 3QEP A; 2UXC K; 2QM1 A; 4CF1 A; 5J2M A; 3WXI A; 3BDP A; 4DTU A; 1VSK A; 4JK7 A; 3U6F A; 5IWA K; 5C25 A; 4CZI A; 2GEL A; 4YFU A; 1RT1 A; 4DG1 A; 3C7N A; 4IDK A; 2Q0R A; 4C8N A; 2O8B B; 1D9F A; 2VWK A; 1JLB A; 3V9S A; 4CJ7 A; 4B9N A; 1WN7 A; 3QB0 A; 5AFU A; 1BOT O; 3CHW A; 3BUZ B; 3KIO A; 1GLA G; 2O8D A; 4J2D A; 5AQN A; 3HVT A; 4DR7 K; 1HKB A; 1C0M A; 2WON A; 4FK2 A; 2HND A; 3ZSY A; 1VRU A; 4DR4 K; 3HT3 A; 4GKJ K; 4FLU A; 3BEX A; 1S5J A; 1NOZ A; 4CJL A; 4JI0 K; 3DYA A; 3R8E A; 1E4G T; 4X62 K; 3LP2 A; 3QEX A; 5EXW A; 1BIS A; 3AO1 A; 4A62 A; 1NJI O; 4JKB A; 4KRF A; 1RT7 A; 2YKN A; 3EO3 A; 4DV0 K; 1HYV A; 3L3U A; 4MDA A; 2QWR A; 2V52 B; 2P9P B; 3PX0 A; 3TAN A; 2BGG A; 2PFU A; 4FOE A; 2XY8 A; 1VQ6 N; 4DTJ A; 5GAE P; 2E6L A; 3HM9 A; 1J5E K; 4DQQ A; 2KKZ A; 1N36 K; 4E1N A; 1YVU A; 1L3V A; 1L3S A; 1BGX T; 3ZET B; 4WFN L; 3MN9 A; 4NLC A; 4C1N I; 3MX5 A; 4CF8 A; 1T03 A; 3HK2 A; 4CEA A; 1S1W A; 1C1C A; 4M42 A; 2W40 A; 5GIP A; 3QBX A; 3VEX A; 4V19 S; 1JKH A; 1D5A A; 5EVZ A; 1TK0 A; 1OH7 A; 5C2F A; 5EU7 A; 1VQ9 N; 1XQS C; 1X9S A; 4F2R A; 2HBM A; 2NZT A; 1LCU A; 4LF5 K; 3CME N; 3AGK A; 2FSK A; 4KTQ A; 4N56 A; 2VCP A; 3WNG A; 2F8S A; 3CIP A; 4CJ4 A; 4CGJ A; 1JL2 A; 3DLG A; 4B1X B; 2D0C A; 1EWR A; 4FW1 A; 3NAE A; 5FPD A; 3HJF A; 4BE0 A; 3L4Q A; 3DXK A; 5H1S Q; 4CIE A; 1LW0 A; 2YJF A; 4EIA A; 3EYZ A; 2OZM A; 4X64 K; 1K9M O; 1V4T A; 4LH4 A; 1QQO A; 4DU1 A; 3AA5 X; 4E0D A; 1IKV A; 1BHL A; 1YJW N; 4KB1 A; 5EY4 A; 3BF3 A; 3SV3 A; 3G71 N; 3C6T A; 4FJK A; 3ZT0 A; 1GLC G; 5E41 A; 4FK4 A; 4G1Q A; 2E2Q A; 5C24 A; 3TAE A; 3TWH A; 4OVL A; 4M3U A; 3MN6 A; 1TGO A; 4F3O A; 3FZK A; 4CFD A; 2PBD A; 4BE1 A; 4LF6 K; 2JLE A; 3D2F A; 4DTO A; 3JSM A; 3B6O A; 3CI5 A; 1WAJ A; 4DCH A; 4BR0 A; 4CES A; 4GV9 A; 1ZBF A; 3THY B; 1T6D A; 1BU6 O; 3KLF A; 2YHX A; 1VSH A; 3VF4 A; 1QHT A; 2P9U B; 3OA9 A; 1K8K B; 3M8Q A; 4J2E A; 1QHA A; 2ASP A; 4GKK K; 1NGA A; 3H3N O; 4FWP A; 2O8B A; 3C0B A; 2XY6 A; 4CHQ A; 4Q0B A; 1NNE A; 5CHI A; 3G4S N; 1VQ7 N; 4N41 A; 2PAV A; 3VES A; 3WXK A; 1WBB A; 1SS6 A; 2WUS A; 3OBW A; 3AAQ A; 4EZ6 A; 3LM2 A; 5KPR A; 3IFR A; 4B9Q A; 5M1F A; 1LAV A; 4E89 A; 3HOT A; 3CPW M; 1FK9 A; 1C0U A; 4LY7 A; 3NH1 A; 2GWJ A; 3PIP L; 5AR0 A; 3I8D A; 3EZ5 A; 1LOT B; 5BPM A; 4M3W A; 5GAH P; 1RBV A; 2XY7 A; 3DLL L; 3S41 A; 3MAQ A; 1TK5 A; 5CR4 A; 3S9H A; 1JLF A; 4BR4 A; 1NG9 A; 3K58 A; 2VGM A; 4I9Q A; 2CGJ A; 5DMR A; 3T1Y K; 1J54 A; 3L0Q A; 5HLF A; 3T1A A; 2X74 A; 4DSF A; 2P9P A; 3FLC O; 2UXB K; 1VHX A; 3F2K A; 3AVB A; 3AAP A; 4DUY K; 3VQE A; 3QES A; 4DQI A; 2V51 B; 3QIO A; 3P39 A; 1Q82 O; 3D2E A; 4W5R A; 1EO1 A; 2YI1 A; 5AZJ A; 1HKC A; 4Z4C A; 1BIZ A; 4ILH A; 1L5U A; 1BUP A; 4CD1 A; 3OS0 A; 1VQK N; 3EY1 A; 3OYF A; 1NK7 A; 1BIU A; 4JKG A; 4JAX A; 4CEZ A; 4DV6 K; 1HPM A; 5TKY A; 3TTF A; 4A2B A; 3KWG A; 5I9E B; 1SUQ A; 1WSJ A; 2A41 A; 3EKS A; 4CEC A; 1TUU A; 4H0Y B; 3CJB A; 3VQ4 A; 3K59 A; 1T3V A; 4CJT A; 2ZWH A; 3LL3 A; 4GV3 A; 3DLB A; 3IS9 A; 1UA0 A; 4FLT A; 3HZ6 A; 1ZBL A; 4F8R A; 2O8F B; 1S6P A; 4FWO A; 1NJZ A; 4ZTF A; 4F2S A; 2WBN A; 4CGG A; 1RFQ A; 2H3G X; 1U6Z A; 4N76 A; 1SKW A; 5EOY A; 4O8K A; 1NK8 A; 1LV5 A; 4ELT A; 1YAG A; 2YNG A; 4Y0W A; 1SV5 A; 4LFA K; 5BR8 K; 1HNX K; 1T44 A; 5HRO A; 1X9W A; 3FFI A; 4JD2 B; 1ATR A; 2HMI A; 4CGI A; 2O4G A; 4HTL A; 1EKE A; 4L3Q A; 5CYM A; 1XC9 A; 4KHP K; 3PX6 A; 1XC3 A; 1RTI A; 3OYE A; 5F2R A; 3NVK A; 1QQC A; 4KRE A; 3NGY A; 4BRI A; 3VQ6 A; 3T19 A; 3ID6 A; 1QZ6 A; 1K6Y A; 3LDL A; 3LWL A; 4H5T A; 1N5Y A; 3LAK A; 2J4R A; 3THY A; 3LWM A; 1W0H A; 4H0V B; 3VQ7 A; 3H1Q A; 3L2R A; 3J81 O; 2HVI A; 3MED A; 2P9U A; 1K8K A; 1K73 O; 2ZGY A; 3PSF A; 3WUH A; 1VQM N; 1J6Z A; 2QEX N; 1VRT A; 3ZSQ A; 4EAH D; 3WQU A; 2P9N B; 4IDH A; 4ISG A; 2WFB A; 2E20 A; 1SKR A; 4ILG B; 4FWL A; 3VN5 A; 5HRS A; 1ASW A; 1NJW A; 2RF2 A; 4XH4 A; 3HPG A; 1A5X A; 2LSN A; 2EHG A; 4YNQ A; 1S6Q A; 4KI4 A; 4B8C A; 3IUC A; 4CJF A; 4KBO A; 5J1E A; 3LPU A; 1IBL K; 2RHK A; 4PQU A; 3MEG A; 3E9O A; 4O0J A; 5FRO A; 5T7B A; 4YDU C; 2R7Y A; 4CHY A; 4DR3 K; 3RRH A; 1R0A A; 3HPH A; 1UA1 A; 2CGL A; 2O4I A; 3O9Q A; 4CK2 A; 3AVJ A; 2DFF A; 3W0L A; 4E7L A; 2QK9 A; 4IFV A; 3JYT A; 3SCX A; 4H5W A; 5KTQ A; 2E2O A; 3CCQ N; 1BCO A; 2FSJ A; 2P1J A; 3J80 O; 3C65 A; 3FZM A; 4FM0 A; 1S1V A; 4GV6 A; 3MN7 A; 3MDQ A; 4YOV A; 5HL7 L; 2G8I A; 3BZC A; 2QWP A; 2HST A; 2D0P A; 4FZY A; 1B92 A; 3MEE A; 4DTN A; 5ADX H; 2RKI A; 4RW4 A; 1QZ5 A; 4M63 C; 3OJS A; 1IKW A; 2FBX A; 3L2U A; 3KK3 A; 3I56 N; 2VQE K; 3CM6 A; 1S1T A; 3P4I A; 3BF1 A; 3GE1 A; 3IDH A; 3S3N A; 1QE1 A; 3CFO A; 2FC0 A; 5FPM A; 4BRL A; 3NVM A; 1W2B M; 1G15 A; 2UUA K; 3CCV N; 2BDP A; 3F5T A; 3KKR A; 3F9K A; 1WB9 A; 3SBG A; 1TAQ A; 2VG5 A; 3O4W A; 2HHX A; 2GV9 A; 3M8R A; 2BAN A; 3LDO A; 4LF4 K; 1HJR A; 2KHO A; 4XH1 A; 3JAM O; 3FZL A; 1EET A; 3TAQ A; 5JS2 A; 3BZK A; 4H03 B; 2UUB K; 4FVM A; 2QW9 A; 4KHN A; 4CF2 A; 4B1Y B; 3AVC A; 4BRO A; 5KQ8 A; 2O8F A; 2V7Z A; 1Y64 A; 2Q2R A; 4DS4 A; 4CIF A; 3ZEU B; 1BI4 B; 2IDO A; 3MWP A; 4IJN A; 2A1S A; 4KH5 A; 4DQS A; 1JL1 A; 3EL2 A; 3A5M C; 4I7F A; 4DSI A; 2I5J A; 2KFN A; 1TVR A; 3OS2 A; 3OYG A; 4CF9 A; 5F0X A; 4IKF A; 3QEI A; 4JI6 K; 2IVO A; 3Q7C A; 3OW2 M; 3AVK A; 4NYF A; 3UE5 A; 1NMN A; 3OYI A; 3VPZ A; 3VTI A; 1RTD A; 4KKO A; 4YOR A; 5AQM A; 1K8A O; 4CGF A; 3PV8 A; 5AZI A; 1JLE A; 4JD2 A; 4A61 A; 4CHP A; 1KCF A; 3RMC A; 4PWD A; 2FLO A; 2OPQ A; 2D1K A; 2QI2 A; 4FM1 A; 4DV7 K; 4Q5V A; 1A5V A; 3EZW A; 3OYK A; 3KK1 A; 3ULD A; 4DV4 K; 2V7Y A; 4I2Q A; 1NGI A; 3LDQ A; 1RDU A; 3D45 A; 4JKF A; 2ZGZ A; 1NJY A; 1KAX A; 1HKG A; 1SL1 A; 5SWM A; 3CCJ N; 4BWM A; 3PY8 A; 5E26 A; 3CER A; 4B3R K; 3OHR A; 4WF9 L; 4E1M A; 3IG1 A; 1VQ5 N; 4BDY A; 2E1Y A; 1EQY A; 5BN9 A; 4Y1C A; 2D0O A; 1HLU A; 4AM7 A; 4BC2 A; 1KFS A; 1KFD A; 1VQL N; 3KLG A; 2I7P A; 3K57 A; 1QS4 A; 4I6M B; 4WE1 A; 3J8A A; 4JI4 K; 2KLA A; 4YOW A; 5DK5 A; 2YJE A; 1J53 A; 1U47 A; 1ZBS A; 1YI2 N; 4JLH A; 2KZZ A; 2Z1H A; 2CGK A; 4NXM K; 4JI1 K; 3SAG A; 2BE2 A; 1ILY A; 4FJ5 A; 5AQL A; 4ZHR A; 4NB4 A; 4CZH A; 1U4B A; 4GMJ B; 4AHV A; 1VSM A; 4BRC A; 4DV3 K; 3UKR A; 3K0S A; 4FJJ A; 1WNS A; 4PKH A; 1FXX A; 1Z6R A; 4OPA A; 4BR9 A; 4X66 K; 4BRK A; 5BRH A; 4E7H A; 4KV8 A; 2GEM A; 3MXI A; 3VF2 A; 1IKX A; 1HRH A; 4CF0 A; 2GWK A; 4IXC A; 2YNI A; 3CJ1 A; 3SUO A; 1YTA A; 4MO4 A; 3ULE B; 4OLA A; 5ADX A; 3J7Y P; 1RBT A; 2YHW A; 4WYB A; 4A5A A; 2HOE A; 1SL2 A; 4DMN A; 3RTV A; 1HQE A; 1HYS A; 2ZD1 A; 4ILJ A; 3UKU B; 3H46 O; 4O55 A; 4WQ4 A; 5C0Y A; 4K42 A; 2FBY A; 1KXP A; 1SAZ A; 2EWS A; 3AAR A; 3DWL A; 5D3G A; 3HVR A; 2RPI A; 3EEQ A; 3KKS A; 1NBW A; 2ZE2 A; 1KAY A; 3TSP A; 3LP3 A; 3J7A P; 4HUG A; 1RDA A; 1R59 O; 3RVC A; 1GLF O; 3U4L A; 3THW B; 3THV A; 4RW6 A; 4O4G A; 3THX B; 2Z1I A; 1ASU A; 3HXM A; 4KHY A; 2JWK A; 4FJ8 A; 4LSN A; 3D0P A; 1S22 A; 3L2W A; 2YNH A; 4JS4 A; 3OYD A; 1LWF A; 4CJE A; 3AGR A; 4RW7 A; 4O5B A; 4YY3 K; 3ZEU A; 4DFK A; 1BI4 A; 1HNV A; 2HNY A; 3SJH A; 3T1H K; 3N4Q A; 3V81 A; 4FYD A; 4B9U A; 4KHU A; 1KQS M; 3I33 A; 5HBM A; 1JJ2 M; 3MMV A; 4CJS A; 3FE1 A; 4DV2 K; 4OPJ A; 1HJO A; 1OH6 A; 2GUP A; 5FPE A; 2ITM A; 4BRF A; 3AO4 A; 3SBT A; 4YOY A; 1X3N A; 3GG4 A; 4B1Z A; 3O3H A; 3EE8 A; 3NH0 A; 2OPP A; 5FDL A; 5JLF A; 1Q9Y A; 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4IZ9 A; 5ELZ A; 4YOX A; 3UKU A; 3VGM A; 4BR7 A; 1QVG M; 1DTT A; 5J2Q A; 4NCA A; 4CHN A; 1TL1 A; 4FK0 A; 3NBP A; 4EFH A; 1W9H A; 1JCG A; 3ZX0 A; 4H5N A; 2XO7 A; 4JKE A; 3V1R A; 4WFA L; 3U8X A; 4KO0 A; 5HRN A; 3DI6 A; 4MO5 A; 2P9K B; 2DPN A; 1YIJ N; 5AQP A; 1YF5 L; 1RT6 A; 3TAR A; 3AO5 A; 2BUP A; 3HM8 A; 1NK9 A; 3THW A; 5IT9 O; 3PX4 A; 3ENH A; 3LDS A; 3THX A; 4KHW A; 2D5R A; 4JN4 A; 1REV A; 5AQX A; 4E1J A; 4YHH K; 2KW4 A; 3U3G A; 3I0R A; 3TSU A; 4NCB A; 1BA1 A; 1WLJ A; 2NRH A; 3ZET A; 4BRN A; 3QEV A; 2E88 A; 5LY3 A; 1FKO A; 3M8S A; 3ENO A; 4C8O A; 3PO4 A; 2AP1 A; 4E7K A; 3KD5 E; 1IG8 A; 2FBT A; 5DM7 L; 4WFB L; 4BRA A; 4BG8 A; 5BRF A; 3CCS N; 5FLX O; 1Q86 O; 5BPL A; 1QQM A; 4FPB A; 4FJX A; 1U45 A; 3V9U A; 5LJW A; 1GLL O; 1WAF A; 3QML A; 3NF9 A; 1CLQ A; 4EP4 A; 3WEE B; 4FSV A; 2A5X A; 4DTX A; 4LF8 K; 2P9L B; 4OPH A; 3DLE A; 5AQF A; 3O3G A; 3NGI A; 1NGB A; 1CXU A; 3E9L A; 4DTR A; 4K8X A; 3BY5 A; 5HRP A; 3GL1 A; 3OJU A; 3L8B A; 4F3T A; 4A5B A; 2WOM A; 3HOS A; 4FWN A; 2IVP A; 4K43 A; 3L3V A; 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