The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
27
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| structure length |
116
|
| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5A2Q O; 4JYA K; 2UU9 K; 5LMU K; 1IBK K; 2HHH K; 4DV7 K; 1IBM K; 4DR7 K; 5LMN K; 4DR4 K; 3J81 O; 4DR1 K; 1J5E K; 2F4V K; 4LF6 K; 4DR6 K; 3T1H K; 1N34 K; 5AJ3 K; 1XMO K; 5FLX O; 1XNQ K; 3JAM O; 4LF8 K; 1I94 K; 4AQY K; 2E5L K; 4LF9 K; 4B3M K; 4LFB K; 4X66 K; 2ZM6 K; 4JI0 K; 3J7A P; 1N32 K; 4CW7 B; 1N33 K; 3J80 O; 4JI3 K; 4LF4 K; 5IWA K; 4DUY K; 4JI5 K; 3J7Y P; 2UUA K; 4B3T K; 4X62 K; 1XMQ K; 4JI7 K; 4DUZ K; 4DR2 K; 2VQE K; 4DV6 K; 4DV4 K; 4X65 K; 1HNW K; 4DV3 K; 4JV5 K; 1FJG K; 4DV0 K; 1IBL K; 4LF5 K; 3T1Y K; 4B3R K; 2UUB K; 4X64 K; 2UXC K; 1N36 K; 2UUC K; 4V19 S; 2VQF K; 4DR5 K; 4JI8 K; 4NXM K; 4DV1 K; 4JI2 K; 4LF7 K; 4JI1 K; 4OX9 K; 4GKJ K; 1HR0 K; 3OTO K; 4GKK K; 4NXN K; 4DV2 K; 5IT9 O; 4KHP K; 4LFA K; 2UXB K; 4K0K K; 4YY3 K; 4CVN E; 4YHH K; 5LL6 Z; 1XNR K; 4DV5 K; 2UXD K; 4JI4 K; 5BR8 K; 1HNX K; 1HNZ K; 4JI6 K; 4B3S K; 4DR3 K; 4LFC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JCG A; 3WEE B; 4FJL A; 4B9U A; 4K25 A; 4DTP A; 4JD2 B; 3UIQ A; 3FLC O; 1NMD A; 1KVB A; 3CJC A; 2OTL N; 4BE1 A; 1T44 A; 4CHP A; 2F9W A; 3IKM A; 1X9J A; 4KI6 A; 1R59 O; 1YTU A; 2VGM A; 4CJ4 A; 2QXF A; 4LF6 K; 1ATN A; 1BQM A; 4I6M B; 3L2W A; 2A5X A; 2I7N A; 1WNS A; 3PLA A; 4LD0 A; 3LM2 A; 1VQL N; 3R3L A; 3P83 D; 1K8K A; 4EHT A; 3NBP A; 3CCQ N; 3SK3 A; 2E5L K; 3AVL A; 3F73 A; 3R1X A; 4JI0 K; 3SCX A; 3AVG A; 4FWK A; 2YV0 X; 2G8K A; 1KSP A; 4FK4 A; 2Q2R A; 3L4Q A; 3I8B A; 4AHU A; 3K59 A; 1K8A O; 5CZ1 A; 1RFQ A; 2HMI A; 2KQ2 A; 2G8F A; 2NRH A; 3ZSY A; 1VQ9 N; 2RKI A; 3O9S A; 3I56 N; 3A5L C; 5HOO A; 1XWL A; 1WLJ A; 4JNE A; 3VQD A; 4FWS A; 4CK3 A; 4L8R B; 4A5B A; 2G8U A; 4JKH A; 1Q82 O; 4BVP A; 4B08 A; 5J2Q A; 3SPZ A; 3S3N A; 4CGH A; 2QK9 A; 1WSH A; 2OCE A; 3AAQ A; 3P38 A; 5DMR A; 1S6P A; 2XRI A; 2VWJ A; 3RMB A; 1SV5 A; 4QS8 A; 1XHZ A; 1KCF A; 1MWM A; 4FWP A; 4IOC L; 3M8P A; 1KFS A; 3ID6 A; 3VQA A; 3HL8 A; 3MDQ A; 2WBN A; 2NNW A; 5M1Q A; 4NXN K; 1LCU A; 2KW4 A; 5GIO A; 3MN7 A; 2UXB K; 1V4S A; 3RVC A; 1YUW A; 3VF4 A; 1OH8 A; 1Q9X A; 3DM2 A; 4DV5 K; 3R9P A; 4ID5 A; 1HNX K; 4CEE A; 1ESV A; 3WNF A; 4CZG A; 1QQM A; 3SJJ A; 4EAH D; 1T3V A; 3CI5 A; 4JYA K; 1NK7 A; 3DXK A; 1W97 L; 1T7P A; 3AO2 A; 5J1E A; 3SJH A; 2HHV A; 3NGY A; 1G99 A; 4AHT A; 1LWC A; 4E89 A; 5LMN K; 2Z1I A; 4Y1C A; 3J81 O; 3NH2 A; 3LAK A; 4BRN A; 4GW6 A; 4KPY A; 2BDP A; 1HNI A; 3DI6 A; 3Q7B A; 5JVH L; 4IO9 L; 3OS2 A; 3VQP A; 1NJY A; 1C1C A; 1VSI A; 1L3S A; 3N4P A; 3QFU A; 5CHI A; 3VQ6 A; 3DXK B; 3BY5 A; 4L3Q A; 4CW7 B; 5BRD A; 5AQT A; 5MLC Q; 5CR4 A; 3EZW A; 1SAZ A; 2OZM A; 2HNY A; 2VWB A; 4H0Y B; 4B9S A; 3WNG A; 4KH4 A; 1BHL A; 1VSL A; 3ZT4 A; 3HM9 A; 3H46 O; 4DQR A; 3AO5 A; 3FFK B; 2QI2 A; 1HNW K; 1N5Y A; 4F2R A; 1BDG A; 3MN5 A; 3S3O A; 1NGA A; 1BGX T; 4XH4 A; 4C8N A; 1NOZ A; 3QIC A; 4DS4 A; 5AQM A; 2NLX A; 4BE2 A; 1KLM A; 4JI8 K; 3NF7 A; 2ASO A; 4FOI A; 4M41 A; 5HL7 L; 3DMJ A; 2E88 A; 4FJM A; 2DFH A; 4BDY A; 3DYA A; 5AQX A; 3DRS A; 3HP6 A; 4MLH A; 1J54 A; 3VEZ A; 4DKW A; 1XI1 A; 2PY5 A; 1Z25 A; 4CJK A; 1JLC A; 3J8A A; 4H0X B; 4O5F A; 4CJW A; 3TAR A; 4DV2 K; 1NM1 A; 4BDP A; 2Q31 A; 4K0K K; 4CVN E; 2E4L A; 2ITG A; 4PL7 A; 3V9Z A; 3ZET B; 3CET A; 3EL2 A; 1NGB A; 4HUE A; 1NMN A; 3C6T A; 3O3H A; 3KK3 A; 3K58 A; 3RRG A; 4W5T A; 4QCL A; 3KVG A; 4O0J A; 2FC0 A; 3RWU A; 3EEQ A; 2UU9 K; 3FZF A; 3BZC A; 3OYB A; 2E1Y A; 4DTO A; 2CH5 A; 3ZX3 A; 2JGU A; 4FZZ A; 4GVE A; 1NK6 A; 2E8A A; 3AAP A; 3D6R A; 1L5U A; 2UYT A; 1S1T A; 3RR8 A; 3MWP A; 3S9H A; 3OYF A; 4Z0U A; 2E2P A; 4CZH A; 2D0O A; 5B8H A; 3G71 N; 2FBY A; 1VQ5 N; 4JKG A; 1QVF M; 2HHS A; 4C1N I; 1JLF A; 4JRQ A; 1NBW A; 3FZM A; 4A61 A; 2YCH A; 5AZI A; 3B6P A; 5IWA K; 3LP2 A; 4A62 A; 5C2D A; 3V81 A; 4CFC A; 4GV3 A; 3LWL A; 4CGJ A; 2HBJ A; 3SUN A; 2GX9 A; 3P4I A; 4ELU A; 4NYN A; 2NZT A; 4IG0 A; 3LDS A; 4DV3 K; 1RBR A; 2D4W A; 4FJ7 A; 1RBT A; 4DSK A; 1QQO A; 4UQG A; 4H5V A; 4JK7 A; 1O13 A; 3D7E O; 4FVM A; 4FLX A; 3CC4 N; 3C94 A; 1CZB A; 5AQG A; 5AQH A; 4CGF A; 5AZI B; 3A0I X; 3KLH A; 3CCJ N; 5LJV A; 1LWE A; 1HMV A; 4NXM K; 3NMU A; 4CBW A; 4BRA A; 4YOR A; 4OX9 K; 3NH0 A; 4DTU A; 2FSN A; 2Y1J A; 5JMV A; 3O1W A; 1EP4 A; 3TTF A; 4GKK K; 1S1V A; 3EE9 A; 4PUO A; 1GLJ O; 4KHP K; 1Y64 A; 1TV6 A; 4JI4 K; 1JL1 A; 1BQN A; 4IOA L; 3HST B; 4MO5 A; 4M3X A; 2P9U B; 3NCI A; 1DTT A; 3FZH A; 4FLY A; 2P9I A; 3FGU A; 5A2Q O; 1JXE A; 4DU4 A; 3I0S A; 1BUP A; 4FWQ A; 2NRV A; 5BR9 A; 4B9Q A; 2QKB A; 1J53 A; 4M3Z A; 4W5N A; 1I39 A; 4DSI A; 5FRN A; 2YHA A; 4B1W B; 4KHW A; 4KKO A; 4E1N A; 3L2R A; 1IKX A; 3NH1 A; 2IVP A; 3CYM A; 3BGR A; 3OJS A; 4FSV A; 1D9F A; 2V52 B; 3T19 A; 1UA0 A; 4N76 A; 3T1H K; 4BQL A; 4BRE A; 3MXI A; 3CIP A; 1P90 A; 2CGJ A; 4PQU A; 4GVM A; 4KI4 A; 1OVQ A; 5HRR A; 3K9K A; 1C1B A; 1QZ5 A; 3HVT A; 2P9I B; 3AGR A; 3K5N A; 3VA3 A; 3C0B A; 4KRE A; 2OYQ A; 4KFB A; 3F5T A; 4PKG A; 1EWQ A; 4J2D A; 3V1R A; 3OBY A; 4GMJ B; 3ZSW A; 1EO1 A; 1CXU A; 4OJR A; 1CZA N; 4B9M A; 4B3T K; 3D2F A; 1RNH A; 4B9T A; 3TAP A; 4EHU A; 4IFV A; 3HPG A; 1WN7 A; 4OKE A; 4IBN A; 4AIL C; 3SAG A; 4X65 K; 1HYZ A; 1YXQ A; 5EXW A; 2GTD A; 1JCF A; 4JV5 K; 1IG9 A; 2NRR A; 2HVI A; 3SV4 A; 4AH9 A; 1A5V A; 4KHY A; 3NHG A; 4HTU A; 3CM6 A; 2AJQ A; 3TAG A; 1C6V A; 2HNZ A; 1X9W A; 1TYQ A; 2PZS A; 1DKG D; 4WFB L; 3BF3 A; 5ADX A; 3PX4 A; 1S1U A; 3LPU A; 2VWK A; 1V4T A; 3VQ7 A; 3W3D A; 4CF9 A; 3LDQ A; 3ATV A; 3ZSR A; 4B3S K; 4Z4H A; 3D45 A; 1TYQ B; 4FJI A; 1HRH A; 4J2B A; 3SAF A; 4BR4 A; 1IV0 A; 3S3M A; 1E3M A; 3HBT A; 3NAE A; 4DU1 A; 3F9K A; 4Z4G A; 5FPD A; 1IBM K; 3CJ7 A; 1ASU A; 1QE1 A; 3ULE A; 4Q5V A; 5AZJ A; 1C0F A; 3NDK A; 4KO0 A; 1BU6 O; 4OPH A; 3DLL L; 2NRT A; 4HUG A; 3FZL A; 1GLC G; 3HM8 A; 1IG8 A; 4CGG A; 4F8R A; 4FM2 A; 5J2N A; 2YHY A; 3OYA A; 3U9Z A; 4FW2 A; 1S72 N; 2P9L A; 4CER A; 1QHT A; 4AHV A; 4BRD A; 2D0C A; 1ZBI A; 1HPZ A; 1ZC6 A; 2BGG A; 3MEE A; 4F4K A; 4JAX A; 5EOY A; 1REV A; 4DUY K; 2WFB A; 3OYC A; 3ULE B; 3CCM N; 4DF8 A; 3L4I A; 4FJH A; 4FM0 A; 4UY8 O; 1KVA A; 3CPE A; 1HYV A; 1OVY A; 3THY B; 1RTH A; 4CJR A; 5BPN A; 1S9E A; 4M3T A; 1YIT N; 4KH6 A; 5EX5 A; 3NVK A; 4NYF A; 4DFM A; 1LOT B; 3ENH A; 4C23 A; 4PA1 A; 4DTX A; 4OKJ A; 3TAB A; 2P9L B; 4IXC A; 3VN5 A; 3IRX A; 3OA9 A; 3O8M A; 2ZWH A; 3VEN A; 3W0L A; 4CJF A; 4FK0 A; 2KZM A; 1SL0 A; 2W6L A; 1GLL O; 3DXM A; 3QNN A; 1SL1 A; 2I5J A; 2VG6 A; 2X78 A; 3H08 A; 3ZSQ A; 3TWH A; 4Y1D A; 2YI1 A; 3OS0 A; 1TVR A; 2WUS A; 2P9P A; 1WSJ A; 1JLE A; 3GE1 A; 4H4M A; 2RE2 A; 4J2A A; 3O4W A; 1K73 O; 4M63 C; 2JLE A; 1U2V B; 2A6A A; 1BWF O; 1VQO N; 2ZJP L; 5KRT A; 4H5W A; 5LY3 A; 1J9A A; 1CZ9 A; 1GOC A; 3A2F A; 4O44 A; 4BRI A; 1Q9Y A; 4FJG A; 1RDA A; 1ASV A; 1EET A; 5JIC A; 4AM6 A; 3DXM B; 1VQ8 N; 2P9S A; 4XEI A; 4B9V A; 3MAQ A; 2YHW A; 2P9P B; 1IH7 A; 1NGG A; 3TAN A; 2BUP A; 4BG8 A; 1EX4 A; 4CK1 A; 2QWO A; 2GUP A; 4JHD A; 3QBX A; 3MXM A; 3MN9 A; 2W40 A; 3VEW A; 3KLG A; 3IG1 A; 3ASM A; 4BR9 A; 3L8B A; 3HOS A; 4OPA A; 4DQ8 A; 1NK8 A; 1KAZ A; 3SUO A; 2O8E A; 4KHU A; 5DM6 L; 3QLH A; 1VSD A; 2P9S B; 4FOE A; 4BRM A; 3T69 A; 3E1Y A; 3QFP A; 1Q18 A; 3SAH A; 3VQE A; 5HBM A; 1QSS A; 5KGW A; 3M5R A; 3AVB A; 4ILJ A; 1DEJ A; 5H1S Q; 4DWI A; 4OLB A; 4WQ5 C; 4I2P A; 3OYN A; 1VQP N; 4JHD B; 2FBV A; 1S1W A; 3VEY A; 2IGI A; 4FYD A; 2UUA K; 1Z26 A; 2RPI A; 5BRH A; 1D5A A; 4H5N A; 1NK9 A; 4FWM A; 3CFR A; 4WQ5 A; 1N8R O; 1N6Q A; 1YIJ N; 1RT1 A; 2E20 A; 2PYJ A; 4Q0B A; 4DQS A; 4E1M A; 4YOW A; 4N5S A; 2O8E B; 1QHA A; 3KJV A; 2O8B A; 1Z6R A; 1ZBU A; 2Q36 A; 4IEE A; 5TKY A; 1NGH A; 2IAJ A; 3WQT A; 3LM9 A; 4LY7 A; 2B6A A; 4M3R A; 4F9O A; 3LL3 A; 3RMA A; 2JWL A; 3G4S N; 4BGA A; 4JI2 K; 2E6L A; 3B6O A; 4NLB A; 3QML A; 1NK4 A; 4KV8 A; 2HND A; 5AQK A; 3C6A A; 1MU2 A; 4BC5 A; 3OYI A; 1K8K B; 2XHB A; 3G10 A; 1YI2 N; 1T05 A; 4BC3 A; 2O8B B; 4DTR A; 5CYQ A; 3ULD A; 4YY3 K; 4IFY A; 1XNR K; 1RDB A; 5DK5 A; 4I9Q A; 2QKK A; 2FBX A; 1S6Q A; 4LFC K; 1Q8I A; 2W6K A; 3VQ4 A; 3LZJ A; 3ZX2 A; 4PKH A; 3THV A; 1TL3 A; 4DTS A; 2F8T A; 1W2B M; 4DS5 A; 2OPS A; 3CC7 N; 4DFJ A; 2FF3 B; 1RT2 A; 5AQQ A; 5GIP A; 3OYL A; 5GAE P; 1F21 A; 2Z1J A; 4KHN A; 4XH1 A; 1MA9 B; 2FF6 A; 5BRE A; 1VSF A; 1HX1 A; 3SBT A; 4ELV A; 1N34 K; 5FPE A; 1XNQ K; 1HPM A; 3OJU A; 1MWK A; 1NKC A; 3TI0 A; 3WXJ A; 4B1Y B; 3F2K A; 3DRP A; 1U4B A; 4FJ9 A; 2NUB A; 4CZI A; 3OYH A; 1SKW A; 4LF4 K; 4JKA A; 4CEC A; 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4E19 A; 4ZHR A; 3KZB A; 3MX5 A; 4JK9 A; 3SQ0 A; 2CGL A; 1BG3 A; 3M1F A; 4NO7 A; 2VYP A; 3CMA N; 1C1A A; 3ZX0 A; 4BG9 A; 4CZM A; 1YTA A; 4YOV A; 4K41 A; 3VGM A; 1X3N A; 2OPP A; 5TKW A; 4DTN A; 2G8W A; 1DT9 A; 4OVL A; 4RWT A; 4C8O A; 4TSX A; 4B1X B; 2GEL A; 4A59 A; 5T7B A; 1T6C A; 1NJI O; 4IEI A; 1DGK N; 2Q0U A; 3J7Z O; 4GNI A; 4BY9 C; 2KTQ A; 3CCR N; 5JS2 A; 3VES A; 4HHT A; 1JLG A; 3KK1 A; 4PL8 A; 1WSE A; 3ZCM A; 3KK7 A; 4K43 A; 4H5T A; 1RTI A; 2QA4 N; 3HI0 A; 1YHQ N; 4A2A A; 2A1S A; 3HRG A; 4CJP A; 4CZL A; 2ZJR L; 3DWL A; 2HHT A; 3IAY A; 3ZT3 A; 4H5R A; 4JKG B; 2HMP A; 5IT9 O; 2QWM A; 5CY4 A; 4N41 A; 3AV9 A; 3SZ2 A; 3SMP A; 4AF1 A; 2A1R A; 3MEC A; 1QQC A; 3LAN A; 1YVN A; 5M1F A; 3I8D A; 5AQL A; 1W0H A; 3HOT A; 3NE6 A; 5J2P A; 3CQX A; 1LV5 A; 3MX2 A; 1VSJ A; 4BRP A; 4WQ4 C; 5KI6 A; 4DR7 K; 1RBS A; 4CZK A; 3OYK A; 4DLG A; 3AO4 A; 4O5B A; 3IUC A; 3AA4 A; 3Q7C A; 4WQ4 A; 1U49 A; 3U9D A; 3PIP L; 2DY4 A; 2NRZ A; 2O8C A; 5M1P A; 4B3M K; 3BUZ B; 3WXK A; 3C7N A; 3RSE A; 1UA1 A; 2HF3 A; 2YNI A; 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