The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
27
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JYA K; 1N32 K; 5FLX O; 2UXB K; 4JI7 K; 5LL6 Z; 2UUA K; 4DUY K; 4DV5 K; 1FJG K; 4JI3 K; 1IBK K; 1N36 K; 3J81 O; 4DV3 K; 4OX9 K; 5LMU K; 4B3M K; 3T1Y K; 4V19 S; 1XNQ K; 2F4V K; 4JV5 K; 4JI8 K; 5AJ3 K; 2UU9 K; 4DV7 K; 2E5L K; 4JI2 K; 4LF6 K; 4DR6 K; 5IT9 O; 4CVN E; 1XMQ K; 4YHH K; 1N33 K; 4X64 K; 3OTO K; 4JI0 K; 4LF9 K; 4DR7 K; 4DV0 K; 2VQE K; 1J5E K; 2UUC K; 4X62 K; 3T1H K; 2UXD K; 4X65 K; 4DV1 K; 4LFC K; 4YY3 K; 4B3T K; 5LMN K; 4AQY K; 5A2Q O; 4LF8 K; 4GKJ K; 2HHH K; 4GKK K; 2UUB K; 4DUZ K; 4LF5 K; 4JI4 K; 4LF4 K; 4DR5 K; 3J7Y P; 4B3R K; 2UXC K; 4JI1 K; 4CW7 B; 1XMO K; 5IWA K; 4DR2 K; 3JAM O; 1HNX K; 4DV4 K; 4DR4 K; 4JI6 K; 4DV6 K; 4NXN K; 5BR8 K; 1IBM K; 4LFA K; 4DR1 K; 1HNZ K; 4LFB K; 1N34 K; 4X66 K; 2VQF K; 1IBL K; 1HNW K; 4DV2 K; 1XNR K; 4B3S K; 4K0K K; 3J7A P; 2ZM6 K; 3J80 O; 1HR0 K; 4KHP K; 1I94 K; 4DR3 K; 4LF7 K; 4NXM K; 4JI5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4G1Q A; 4JKA A; 5J2N A; 4KRF A; 3CQ8 A; 4DQ8 A; 4CK3 A; 1YJW N; 2GTD A; 3CJA A; 4OPA A; 4M3W A; 3EEQ A; 3PIO L; 5CZ2 A; 3UKU A; 1HKB A; 1XHZ A; 1CLQ A; 3ZSZ A; 4WQ5 C; 3FGU A; 4WQ5 A; 4JI8 K; 4CBX A; 1LWC A; 4KH4 A; 3PX6 A; 2E5L K; 5AQS A; 4CHP A; 4E0D A; 3A5L C; 3MCA B; 2HMP A; 2F9T A; 2GBZ A; 4JAX A; 3UKR B; 2QKB A; 5AQP A; 2ZF5 O; 4M7Y A; 3AY9 A; 2QK9 A; 1L3V A; 4O5B A; 1Q82 O; 3OW2 M; 4C1N K; 3NDK A; 3A8Y A; 4FJM A; 5C10 A; 3ZSY A; 4ELU A; 3SQ4 A; 3AGK A; 1S1T A; 4FWR A; 4DTS A; 1JCE A; 2EWS A; 3P1G A; 3LP0 A; 4HCB A; 3QIP A; 1NGH A; 3HJF A; 1YIJ N; 4GKJ K; 1NGC A; 1TVR A; 1WSH A; 1KRP A; 2WFB A; 4IFV A; 4ILJ A; 2HHS A; 1UA0 A; 1HYS A; 4IO8 A; 3OJU A; 4B3R K; 5I9E B; 4CW7 B; 4IDK A; 3HL8 A; 1HKG A; 2NRH A; 3GDQ A; 5KTQ A; 1QHA A; 2YNI A; 1VSL A; 5J1E A; 2V7Z A; 2P9U A; 3TU5 A; 1WAF A; 2I7P A; 1S1W A; 1L5U A; 2YKM A; 2V52 B; 2VG7 A; 2H3G X; 2HNY A; 3KLE A; 1BQN A; 1KAY A; 3S3N A; 5C24 A; 2E20 A; 5E84 A; 4LD0 A; 2OTL N; 4FJX A; 3FLC O; 4QAG A; 1HPM A; 5F1X A; 3OYJ A; 1U49 A; 3E9L A; 3SBG A; 4Q0B A; 3QML A; 1Y97 A; 1EX4 A; 2W6L A; 3WEE B; 4EIA A; 3S41 A; 1VSE A; 1Q7Y O; 3ZLJ A; 3E9O A; 3CCE N; 3VQ6 A; 5BPN A; 4E7K A; 1NKB A; 3PO5 A; 2IS3 A; 2A1S A; 4DR3 K; 5BRF A; 4FW1 A; 4FOE A; 3HK2 A; 3VGL A; 4CF8 A; 2ZJQ L; 2P51 A; 4FK2 A; 4DUY K; 1FJG K; 1OH5 A; 2W40 A; 3BZK A; 5JLH A; 4OVL A; 2IOC A; 1IH7 A; 1S9E A; 2KHO A; 2IIR A; 1IG8 A; 3THW B; 2W41 A; 5AQL A; 5DM6 L; 3VES A; 3OYK A; 3VTH A; 2EHG A; 1EO1 A; 1DTQ A; 4ELT A; 1CXQ A; 4KB0 A; 1VQP N; 4CHY A; 3FZH A; 3V1R A; 4EFH A; 3NHG A; 3OHR A; 4F3O A; 4RG8 A; 4BRI A; 2ATQ A; 1NGJ A; 4CVN E; 3SUN A; 3O4Q A; 2VWB A; 3LDQ A; 2D0O A; 3AVM A; 4DF8 A; 2YI1 A; 5AQN A; 2E2O A; 4HTL A; 1A5W A; 2YKN A; 3SK3 A; 3SMP A; 3G4S N; 4BRA A; 4K41 A; 5AQV A; 4FPB A; 5C0Y A; 4MFB A; 2BAN A; 1MWM A; 2NNW A; 4CED A; 1RBT A; 1NK5 A; 3R9P A; 4FWL A; 2QWN A; 3VMF B; 4DFP A; 1ZBU A; 4GKK K; 4BWJ A; 3QNO A; 2O8E B; 4YOR A; 5AQG A; 3KZB A; 3ULE A; 3K5M A; 3EE8 A; 3QBW A; 4JKG B; 4M3X A; 2X74 A; 4J2A A; 1X9S A; 2Q0U A; 3QEI A; 4A62 A; 4FJG A; 4CD1 A; 1MU2 A; 4B9S A; 2RHK A; 4LSN A; 1YUW A; 1W9H A; 2XRI A; 1BUP A; 3VEW A; 4DR4 K; 4YOX A; 4KKO A; 3KK1 A; 3M5R A; 4BWM A; 5J2Q A; 4IOA L; 1GLJ O; 3LAL A; 1R0A A; 4DS4 A; 3CMA N; 4CE9 A; 1VSD A; 3VA3 A; 2JWL A; 1VSI A; 5AZI A; 5BRE A; 1KC8 O; 1VQM N; 4RW8 A; 4B3S K; 1DEJ A; 3CIP A; 3CC2 N; 4JS5 A; 1S6P A; 1VRT A; 2FC0 A; 3L4I A; 1YI2 N; 1GOB A; 5KRS A; 3VQ8 A; 4JI7 K; 1C1C A; 1NGB A; 2F8S A; 1YAG A; 2ZD1 A; 3OYF A; 1KLM A; 3T69 A; 3HXM A; 3ZEU A; 1ZYQ A; 3U3G A; 3OVN A; 2VYP A; 1KVC A; 3VPZ A; 4HTU A; 4O5F A; 4K8X A; 3C7N B; 4PKH A; 2X78 A; 4DV7 K; 3V9U A; 4PHT X; 4HVJ A; 4FZZ A; 2W6K A; 1EWQ A; 2P9P A; 4LH4 A; 4UQG A; 2IGI A; 1XMQ K; 1KCF A; 1TYQ A; 4J2D A; 3I8B A; 4Y1C A; 4CZF A; 2P5O A; 2YHB A; 1ATN A; 4MQ3 A; 3D6R A; 3U9Z A; 4H0T B; 3OS0 A; 3T1H K; 1RT1 A; 1YVU A; 3PY8 A; 1C6V A; 3RSE B; 4EAH D; 3L2Q A; 3VEO A; 3QO9 A; 2D0P A; 4IOC L; 1HJO A; 4M3R A; 4HUG A; 3FFK B; 3W3D A; 2I5J A; 4IBN A; 2Q1N A; 5HRO A; 4LF5 K; 2B5J A; 1K6Y A; 3V1O A; 3MN5 A; 2ZGZ A; 4DLG A; 4BVP A; 1BA0 A; 3TAN A; 3RRG A; 4GW6 A; 4PKI A; 1YTA A; 4JKE A; 4BRQ A; 3GE1 A; 2P5G A; 3E01 A; 1VQN N; 3AA2 A; 3ALY A; 3KVG A; 4DV6 K; 3HOT A; 5LJV A; 3MAQ A; 1BHL A; 4A5B A; 1ZBH A; 3HPH A; 4FOI A; 4OLA A; 4O44 A; 1K8A O; 3VQC A; 3KWI A; 1CZB A; 3PX0 A; 3MEG A; 1W7A A; 3LPT A; 2HBK A; 2B4J A; 3CCM N; 4FLZ A; 5AZJ A; 1TAU A; 1X9W A; 4JYA K; 4DS5 A; 1EP4 A; 4JRP A; 4KTZ A; 4H8K A; 4DHY A; 4WCE L; 3SPY A; 3QBX A; 5ADX H; 3AVG A; 4H0Y B; 4HHT A; 4KH6 A; 3NF6 A; 5CE3 A; 4FK4 A; 3WXM B; 2O8C B; 5AQQ A; 1JLA A; 4CEA A; 2WBN A; 3OYH A; 3I8D A; 2WTU A; 1D5A A; 3CJB A; 4CJU A; 3RMA A; 4CZK A; 3TSQ A; 1TKX A; 3WNE A; 2KKZ A; 4YHH K; 3HVR A; 4JKB A; 5JS1 A; 3GBT A; 3O9T A; 2E8A A; 4IO9 L; 1S72 N; 2OPR A; 1J6Z A; 4QOZ B; 1KFD A; 3AGR A; 1TK0 A; 2R7Y A; 3WXK A; 3KK3 A; 4C8O A; 2KZZ A; 4B3T K; 4FM2 A; 5GIO A; 2XY5 A; 3BF3 A; 1CXU A; 3AVJ A; 3RRH A; 2OZM A; 3O9S A; 2W42 A; 3UKR A; 4NYN A; 5EXW A; 4FJN A; 3CG7 A; 4DMN A; 1BQM A; 2F8T A; 3IUC A; 4F2S A; 3R3L A; 4BR9 A; 3HYF A; 3RWU A; 5HRN A; 4ICL A; 4IG0 A; 2JWK A; 1UA1 A; 2FBV A; 3SNN A; 4JKC A; 3LPU A; 4MLE A; 1OVY A; 3ZT2 A; 1K9M O; 3O6W A; 3T3F A; 1OKJ A; 1EKE A; 4LFA K; 3AVN A; 4DSL A; 5T7B A; 5ELZ A; 4B08 A; 3ZSR A; 4J2B A; 4FWO A; 2FBX A; 3DLK A; 3SAF A; 4PKG A; 4W5O A; 3J7A P; 3J80 O; 1CZ9 A; 4AHV A; 1J53 A; 3UIQ A; 3H46 O; 4Z4C A; 2HBM A; 3LM9 A; 4BQL A; 2G8W A; 2UUA K; 3IMX A; 1NK9 A; 3EY1 A; 3P39 A; 2CGL A; 3DYA A; 3BEX A; 5HP1 A; 4YOV A; 2HHT A; 2HOE A; 4BRE A; 3MWT A; 1A5X A; 5KI6 A; 3LDS A; 3B6P A; 4CF1 A; 1X9J A; 5AQJ A; 5KPT A; 1VQK N; 4K43 A; 5EOY A; 5GAE P; 1QQC A; 1EET A; 1GLC G; 3VQD A; 3GOI A; 5KPR A; 5E41 A; 4OPK A; 1TAQ A; 3KHY A; 1LW2 A; 1SV5 A; 2P9I B; 2DFH A; 3SMS A; 3OYI A; 3C94 A; 2Z1I A; 1RNH A; 4JI0 K; 5JIC A; 1LWF A; 4CIF A; 5GIN A; 4B1V A; 3K5O A; 3THW A; 3IG1 A; 3CI5 A; 2UUC K; 2PFU A; 3WQT A; 4Z94 A; 5GAD P; 5BR9 A; 1NOY A; 3DLG A; 2YX6 A; 4YOU A; 4BRK A; 4H0V B; 4PA1 A; 2QTD A; 3C6U A; 4CGH A; 4ID1 A; 1BGX T; 4QCL A; 2G8V A; 1O1W A; 1W97 L; 5KQD A; 3IAY A; 5A2Q O; 1M1K O; 3HI0 A; 3SI6 A; 1HYV A; 3VQE A; 3L4Q A; 4XH5 A; 4C8N A; 3ZT3 A; 2E2N A; 1D9D A; 4L8R B; 1U2V B; 3KKR A; 5AQU A; 4OGC A; 1BCM A; 3JAM O; 3ATU A; 3AA4 A; 2Q0R A; 4AF1 A; 4BRL A; 1BA1 A; 4AH9 A; 1WUA A; 5AQI A; 4AM6 A; 3NBP A; 3VEZ A; 4M45 A; 2PYL A; 5DK5 A; 4N47 A; 3SUP A; 2O8E A; 3LAN A; 2ZJP L; 3E1Y A; 2FSJ A; 4JKG A; 1OH6 A; 3ZT1 A; 1IBL K; 1VSF A; 2G8F A; 1TKT A; 3ZCM A; 3ZSO A; 1BI4 B; 3AVL A; 1HR0 K; 1Z26 A; 2QEX N; 1WAJ A; 4LF7 K; 4KPY A; 4O0J A; 3CCL N; 5DM7 L; 2WON A; 4CF9 A; 3DXM B; 3QLH A; 4DF4 A; 4FL9 A; 2DY4 A; 3KLG A; 1ZBI A; 1N36 K; 1ZBF A; 3LM2 A; 4CEF A; 4ZTJ A; 3KIO A; 3SLC A; 2KQ2 A; 1TK5 A; 2A1R A; 1HX1 A; 4DTP A; 3L8B A; 4BY9 C; 1LOT B; 4O8K A; 3VF6 A; 3T1Y K; 1Q8I A; 4GVE A; 3RTV A; 5CZ1 A; 4FZY A; 2RF2 A; 1CZA N; 4JI2 K; 4LF6 K; 3HOS A; 3MEC A; 4B1W B; 3CFR A; 1VSM A; 4X64 K; 3V9Z A; 3KJV A; 4IKF A; 1MWK A; 5EX5 A; 3GG4 A; 4DQI A; 3SUQ A; 3A2F A; 2V51 B; 4BG9 A; 5F0X A; 1RGI A; 4J8F A; 1GOA A; 4CJE A; 5AQW A; 4LFC K; 3DLL L; 3SQ0 A; 1N5Y A; 2G8H A; 3C7N A; 1IO2 A; 4BG8 A; 4CK1 A; 3QEV A; 3AVK A; 3KD1 E; 2F9W A; 3LP1 A; 4KTQ A; 4B9M A; 4FLX A; 4LF4 K; 4DFK A; 4I6M B; 4PUO A; 1XMO K; 3AO3 A; 3LP3 A; 3C0B A; 4DR2 K; 3LAM A; 2NRX A; 1NKC A; 1HNX K; 2GV9 A; 4BRG A; 4ELV A; 4DV4 K; 4M42 A; 3RSE A; 5CYQ A; 4HUF A; 3OA9 A; 5H1S Q; 4XH4 A; 4CJ7 A; 3M8R A; 1D4X A; 4CEO A; 3ZT0 A; 1QHT A; 3EKU A; 2DTU A; 3O9R A; 3N4P A; 5HRR A; 1JLG A; 4DCH A; 3ZSV A; 1WBD A; 4WFN L; 1WN7 A; 3ZET B; 4FWK A; 3W0L A; 3OYL A; 3V1Q A; 2P9K B; 3VQA A; 2NRR A; 1RT7 A; 2VG6 A; 4CZI A; 4JS4 A; 1FKP A; 4K0K K; 1EWR A; 3ITH A; 3O3G A; 2I7N A; 3LZI A; 3SQ2 A; 1YF5 L; 4NXM K; 1WSI A; 3NE6 A; 3ATV A; 3FR0 A; 1LAW A; 1JXB A; 4WF9 L; 5SWM A; 2HST A; 4ISG A; 2D0C A; 5CY4 A; 1C0M A; 3LWM A; 1VQO N; 5CYM A; 4FLV A; 4DSJ A; 4FWP A; 4DU3 A; 1FK9 A; 3J81 O; 4AHS A; 2Q31 A; 5AQZ A; 2KFZ A; 4ZTF A; 4H4O A; 4FJJ A; 3VQB A; 2QI2 A; 4BRD A; 2YHX A; 3CCJ N; 2A3Z A; 4B1X B; 5JMV A; 3VEV A; 4RW7 A; 4FM1 A; 2JGU A; 4B3O A; 3ASM A; 4O4G A; 1OH7 A; 4DQR A; 1XQS C; 2Q97 A; 3QFU A; 1S3X A; 3LDL A; 3S3M A; 5ADX A; 3OBW A; 4CJK A; 2VCP A; 2A5X A; 3NCI A; 4CES A; 5HOO A; 4EZ9 A; 4OPH A; 1REV A; 4A5A A; 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5AJ3 K; 4FJ7 A; 2G8I A; 4DR6 K; 1VSH A; 4YOY A; 2KTQ A; 1ASV A; 3S9H A; 1VHX A; 4I2P A; 1VQ8 N; 4FXD A; 3O4W A; 3HP9 A; 4I9Q A; 1N33 K; 1NLV A; 2IVP A; 1Q81 O; 2X6N A; 4IWV A; 3CQY A; 1VRU A; 3TAM A; 4DR7 K; 4BC5 A; 2PAV A; 2YNG A; 5GIP A; 1L3S A; 4CF2 A; 3VEX A; 2HF4 A; 4YOW A; 1YVN A; 4G9Z A; 1ZBL A; 1UAX A; 3TAG A; 3NAE A; 1D8Y A; 3DXK B; 2AA4 A; 2P9I A; 3FZK A; 4E19 A; 2O4G A; 1IG9 A; 3HZ6 A; 3JSM A; 4B9Q A; 1C0G A; 4QS7 A; 3O8M A; 1X9M A; 4O0I A; 4LC9 B; 3VQ9 A; 4FJI A; 3I55 N; 4F3T A; 3SAH A; 3CJ1 A; 4LSL A; 4YOT A; 3WXJ A; 3LDP A; 3VEY A; 4KHQ A; 1QVF M; 2QA4 N; 1K8K B; 3OYM A; 1KFS A; 1KLN A; 1K73 O; 3SJH A; 1RDW X; 4CFA A; 2RE2 A; 3F5T A; 4N5S A; 2F96 A; 1DLO A; 4CFC A; 3HTV A; 3L2V A; 3L3V A; 4DQQ A; 2VQF K; 2IVO A; 1LWE A; 5F2R A; 4W5N A; 1U2V A; 3P83 D; 4M7X A; 4ISE A; 3F73 A; 3K9J A; 4FK0 A; 3AV9 A; 5M1K A; 4GVM A; 3TTF A; 4OGE A; 2AP1 A; 5FLX O; 3BDP A; 4AHT A; 5BN8 A; 4FSV A; 5HL7 L; 4BRN A; 2O8B A; 4NLB A; 4NYF A; 5EY4 A; 3VQP A; 3K5N A; 4E1J A; 3OY9 A; 1VQL N; 3IRX A; 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