The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
25
|
| structure length |
116
|
| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UXC K; 4DV2 K; 4DV1 K; 1N32 K; 4JYA K; 2UUA K; 1IBM K; 4GKK K; 1N34 K; 4JI2 K; 4JI1 K; 4X66 K; 1HNZ K; 3J7Y P; 4LF8 K; 2E5L K; 4LF5 K; 4LF7 K; 4LFA K; 3J80 O; 3J7A P; 4DUY K; 1N33 K; 4B3T K; 1I94 K; 1XNR K; 4KHP K; 4LFC K; 3T1Y K; 2F4V K; 4DV0 K; 4DR3 K; 4NXM K; 4JI3 K; 2ZM6 K; 4DR5 K; 4B3S K; 2UUC K; 5BR8 K; 4AQY K; 4DV4 K; 5A2Q O; 4DV6 K; 4JI7 K; 2HHH K; 2UUB K; 1J5E K; 2UU9 K; 4B3M K; 4CVN E; 5IWA K; 1HNX K; 4DR2 K; 4DV7 K; 2VQE K; 4NXN K; 4DR1 K; 4YHH K; 2UXD K; 5FLX O; 4JI8 K; 5LL6 Z; 3T1H K; 3OTO K; 4B3R K; 4V19 S; 4OX9 K; 4X65 K; 4JV5 K; 1IBK K; 4GKJ K; 3JAM O; 4JI6 K; 2VQF K; 4DUZ K; 5LMU K; 4LF9 K; 4JI0 K; 1XNQ K; 1N36 K; 3J81 O; 1FJG K; 4DV5 K; 4X62 K; 1XMO K; 1HNW K; 4DR7 K; 5LMN K; 4K0K K; 4X64 K; 4CW7 B; 5IT9 O; 1IBL K; 4LFB K; 4LF6 K; 4DR6 K; 4DV3 K; 4LF4 K; 1XMQ K; 2UXB K; 4JI4 K; 1HR0 K; 4DR4 K; 4JI5 K; 4YY3 K; 5AJ3 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HUX A; 4CHN A; 2NRT A; 1JLA A; 2VWB A; 2UUA K; 2KQ2 A; 2XHB A; 3MWP A; 5CR4 A; 1LV5 A; 2ZJP L; 3BDP A; 1HLU A; 4KI6 A; 4RWT A; 1KXP A; 1WLJ A; 4HUE A; 5C2D A; 4H0V B; 1N5Y A; 3KLI A; 4B3O A; 3O9U A; 1EQY A; 5F1X A; 3HK2 A; 4DU1 A; 4MO5 A; 3S3N A; 2BTF A; 1VQO N; 1XNR K; 5CY4 A; 3OYF A; 4U7B A; 4BVP A; 4W5N A; 3DRR A; 2JWK A; 3CFP A; 1EP4 A; 1W2B M; 1KFS A; 2WBN A; 1RBV A; 2DPN A; 3NDK A; 1VQP N; 1C0T A; 4FJG A; 2P9N B; 3P4I A; 3D2E B; 4DTS A; 1GLA G; 1ITG A; 4JD2 B; 3BZK A; 2HHW A; 1QQN A; 2D5R A; 2DFE A; 2YNG A; 4DR2 K; 1WSF A; 1T7P A; 3QET A; 2IC3 A; 4FL9 A; 4DV7 K; 1T6D A; 4N5S A; 1HKB A; 1RBU A; 3EKS A; 5BPM A; 2HHT A; 1YT3 A; 3SBT A; 3TTD A; 4NCB A; 2A5X A; 3T3F A; 5AR0 A; 3NVK A; 3Q7B A; 3AVG A; 4CFC A; 2PFU A; 4LY7 A; 4JKF A; 1K8A O; 1JLF A; 2Q0R A; 3A5L C; 1LCU A; 3MX5 A; 3SZ2 A; 4PY5 A; 1S3X A; 2AP1 A; 3EZW A; 4LSN A; 3OYM A; 5HRN A; 3OBY A; 1TAU A; 3OBW A; 3W3D A; 1XMO K; 4CER A; 1NOY A; 1VQ9 N; 4PQU A; 2G8H A; 4BDY A; 4FZZ A; 1HMV A; 4DCH A; 4CF8 A; 2BAN A; 4IKF A; 5IT9 O; 3I33 A; 3VQE A; 3NH2 A; 3O4Q A; 1HNV A; 2YHW A; 1EX4 A; 3KLG A; 2Y1I A; 2HVI A; 3WXL A; 3O9R A; 5K14 A; 4AF1 A; 4CHZ A; 3S3O A; 4BRK A; 1ZBS A; 3CJ1 A; 4YOR A; 5C12 A; 5AQT A; 4E7L A; 4W5O A; 3ZSY A; 4CZG A; 2P5G A; 1HKG A; 3OYC A; 3LZJ A; 3WXI A; 2VYP A; 4A62 A; 2NRZ A; 4NO7 A; 4CJP A; 5AJ3 K; 4QAG A; 1LWC A; 2QTD A; 4ILH A; 1BCM A; 4ICL A; 1VRU A; 2WON A; 1BDG A; 2NNW A; 1VSK A; 1ATS A; 4KRE A; 4YOT A; 3LP0 A; 1YVN A; 3KK1 A; 3VQQ A; 4L3Q A; 4E1J A; 3EN9 A; 2HHU A; 5AQG A; 3AVK A; 3K5O A; 2GWK A; 4YOW A; 4XIU A; 3VEZ A; 1HQU A; 4RW9 A; 4NXM K; 3O4W A; 3O9S A; 4KBO A; 4AQY K; 4IDK A; 1I39 A; 3E9P A; 4F8R A; 3QB0 A; 1O13 A; 3BP8 A; 3H46 O; 2NUB A; 3T19 A; 4QS9 A; 2HW3 A; 2FXU A; 5FPD A; 3AY9 A; 1DTQ A; 2P1J A; 4ZTJ A; 2PYJ A; 3C0B A; 3QFU A; 1LAV A; 2V51 B; 4B1X B; 5DM7 L; 5KQ8 A; 5T7B A; 1NLV A; 3FZK A; 1IKW A; 3UIQ A; 3NF6 A; 1JJ2 M; 4H4O A; 2OPP A; 4BC3 A; 4B9V A; 3VQC A; 2YHY A; 3TAN A; 1NK5 A; 3LAM A; 5GIN A; 3M8P A; 3ZX3 A; 4JI0 K; 4H5R A; 1VQ6 N; 3O9T A; 4BE2 A; 4FJ9 A; 1KFD A; 3GG4 A; 1YAG A; 4ISE A; 5LMN K; 2E4L A; 5FPE A; 3I56 N; 4FCY A; 3DLK A; 1NGC A; 3C6T A; 2HHS A; 5KPT A; 3EE8 A; 4CZJ A; 1YIJ N; 1Q82 O; 3MK6 A; 4N47 A; 5BN9 A; 2LSN A; 4DTJ A; 4BGB A; 4B1Z A; 1FKO A; 4CZH A; 4J8F A; 5M1O A; 4H0T B; 3FZH A; 5KGW A; 1XQS C; 4FVU A; 2GTD A; 4DTM A; 1GLJ O; 4DMN A; 4N56 A; 4DQR A; 1GLE G; 3HP6 A; 1GLD G; 4ID1 A; 3CM6 A; 4JYA K; 3VQ5 A; 5CE3 A; 3THW B; 4BR2 A; 1TV6 A; 1HNZ K; 4JKG B; 4CIG A; 1XC3 A; 3QFP A; 3L2V A; 5BRF A; 2OTJ N; 1KTQ A; 5JIC A; 4LF8 K; 3AO4 A; 4LF5 K; 1JLC A; 4IJA A; 1TGO A; 1N33 K; 1KAX A; 3AGR A; 3THX B; 3ZT2 A; 1RT1 A; 2W42 A; 1RT6 A; 4RW7 A; 1Z25 A; 3ZT4 A; 4CJF A; 1U49 A; 1VHX A; 4FO0 A; 3QO9 A; 4A5A A; 4FLX A; 1YJN N; 1TL3 A; 3GDQ A; 1CXU A; 1TAQ A; 4OKE A; 3THY B; 4LSL A; 1RTD A; 3RR7 A; 1MA9 B; 2DFH A; 4FLT A; 5AFU A; 3H08 A; 3SUO A; 2KFZ A; 2FSN A; 4JD2 A; 2OTL N; 1XHZ A; 4H0P A; 2RF2 A; 2YX6 A; 1HNX K; 4FJ7 A; 4O4G A; 4H5T A; 4DF4 A; 1NGJ A; 4DTU A; 1V4S A; 1YI2 N; 4HCC A; 1VSE A; 4A2A A; 3SUQ A; 5M1P A; 1NK8 A; 4XH5 A; 3M6G A; 3ZEU B; 3GBT A; 3CQX A; 1CZ9 A; 5HRS A; 1XUP O; 2ITM A; 4CJ5 A; 3CCJ N; 1HJR A; 3VQ4 A; 4CEA A; 5BRH A; 2O8C B; 1RDC A; 3LP3 A; 3ZSZ A; 3VQA A; 4DR7 K; 5C15 A; 1WSG A; 4OLA A; 1TKZ A; 3AVB A; 4IO9 L; 3VGL A; 3CCM N; 4DQS A; 3NGZ A; 4AHU A; 3MXM A; 4BDZ A; 5AQS A; 3D2F A; 4K41 A; 3MN7 A; 4MLE A; 1HKC A; 4IOC L; 1S1V A; 4EZ6 A; 4Q0B A; 4CBX A; 3AAR A; 4H5V A; 3OYE A; 3ENH A; 1C1B A; 1L3T A; 2KZZ A; 2OCE A; 1KLN A; 1B92 A; 3M8R A; 1RBS A; 2A40 A; 3ZSQ A; 4LH5 A; 1WSE A; 1GOB A; 3QEW A; 4JI2 K; 4FPB A; 1UOC A; 1KQS M; 5JLF A; 1YTU A; 1EET A; 2WC9 A; 4FK2 A; 1NJW A; 4LF7 K; 5E41 A; 4CEQ A; 1S6P A; 1TYQ B; 1FXX A; 4FJK A; 3THV A; 4TSX A; 5DK5 A; 1TUY A; 1NGH A; 4BRF A; 4H03 B; 3CIP A; 2A42 A; 4AIL C; 1ZBU A; 1J9A A; 3R9P A; 2Q2R A; 3QBX A; 5KRS A; 1H1V A; 4CJ4 A; 2VG7 A; 5BRD A; 4FJL A; 2E6L A; 1RNH A; 4DSK A; 1RT7 A; 3PSF A; 1ASU A; 1IKX A; 1ZC6 A; 4H8K A; 1VQL N; 4CVN E; 3DWL A; 3VGM A; 2QM1 A; 3SQ0 A; 1SL2 A; 4CGD A; 4R5P A; 5KGX A; 1ZBI A; 1ZBH A; 5GIO A; 3HPH A; 4GV9 A; 4DTO A; 4H5N A; 1K9M O; 4BC5 A; 3O6W A; 4O8K A; 2XY6 A; 2YJE A; 1IBK K; 3CCQ N; 4GKJ K; 3JYT A; 1JL2 A; 1BI4 A; 4OJR A; 5F2R A; 3MXJ A; 2ZE2 A; 1DTT A; 2W40 A; 4PL7 A; 4FWO A; 3K58 A; 5FRM A; 4X62 K; 2QWO A; 4JNE A; 3S9H A; 1U48 A; 4Z0U A; 4X64 K; 2ZGY A; 3V6D A; 5C42 A; 4OVL A; 1WB9 A; 3AO3 A; 1X3M A; 4KB0 A; 4MQ3 A; 1HX1 A; 1HJO A; 4BWJ A; 4LFB K; 3KLF A; 3MEG A; 4CBW A; 2Q31 A; 1S1T A; 2VWK A; 3QEX A; 3DAW A; 2P9U B; 4FWR A; 3HT3 A; 3VF4 A; 4CHY A; 5I3U A; 3P38 A; 2A1S A; 3KLH A; 1P8Z A; 3EL2 A; 5AQN A; 2NZT A; 4JI5 K; 2RPI A; 4YY3 K; 2Z1J A; 1L3S A; 4DV2 K; 3ALY A; 3THW A; 3N4Q A; 1N32 K; 3K57 A; 2P9I A; 5HRP A; 2VG5 A; 3K2P A; 5AQH A; 1SKS A; 4JKD A; 1U04 A; 3CQ8 A; 4OPH A; 2OA8 A; 3CCE N; 4J2B A; 2VGM A; 1NGD A; 4KKO A; 2QKB A; 4BG8 A; 3VN5 A; 4CJS A; 4DV0 K; 3MMV A; 4R79 A; 4C1N K; 3EKU A; 4O0I A; 3V4I A; 1GLC G; 1UAX A; 1VSJ A; 1O1W A; 3DM2 A; 2YNF A; 2IGI A; 3MX2 A; 1EKE A; 4DSL A; 4CJQ A; 5A2Q O; 3D0P A; 2O8E A; 3NHG A; 3ATV A; 5CHI A; 4CFD A; 4DFM A; 4KHY A; 3SK3 A; 3HM8 A; 2ATQ A; 4FM2 A; 4WFB L; 1T44 A; 4BRE A; 2GX9 A; 2D4W A; 1TL1 A; 3BY5 A; 4B8C A; 4JRQ A; 3AVF A; 1NK0 A; 4FZX C; 1C1C A; 1RBR A; 4YHH K; 3CCS N; 4JK7 A; 1BIZ A; 4RCH A; 3DLE A; 4KAZ A; 4BWM A; 2IAJ A; 3HRG A; 4UQG A; 1KLM A; 3V1R A; 4KTZ A; 2G8U A; 3L6Q A; 2O8C A; 4BR4 A; 3LDQ A; 4JKA A; 5EVZ A; 4PL8 A; 2ASP A; 3ZSR A; 1I3A A; 2VWJ A; 4J2A A; 3FR0 A; 1IBL K; 2Q3S A; 3J7Z O; 2O8F B; 1KCF A; 3CET A; 5HRR A; 1KSP A; 3LPT A; 3U8X A; 3RRG A; 5GAD P; 2B6A A; 2Q1N A; 3PY8 A; 1NGE A; 4FK4 A; 3FLC O; 4G1Q A; 1M1K O; 3CFR A; 4L8R B; 3LPU A; 4KI4 A; 1OH6 A; 4F2R A; 2GBZ A; 2KFN A; 3WXM B; 3KZB A; 1Q86 O; 3WNE A; 4GKK K; 2AJQ A; 1N34 K; 4M42 A; 4JAX A; 2HHQ A; 1A5W A; 3ZSW A; 4ISF A; 3WT0 A; 3AO2 A; 1K8K A; 1Q81 O; 1OVY A; 3J7Y P; 3NF7 A; 3CCU N; 5KRT A; 3KTQ A; 3MN9 A; 4BRC A; 1TYQ A; 2I5J A; 4GMJ B; 4B1U B; 4HVJ A; 3FZM A; 2ETJ A; 3MEE A; 5GIP A; 4DSF A; 4B1V A; 2F4V K; 1VQ8 N; 3AGK A; 4GV6 A; 3HI0 A; 5AQZ A; 5BR8 K; 4EIA A; 3VEO A; 4DV6 K; 4BE0 A; 3A0I X; 3LDN A; 2WOM A; 3WXK A; 1RDB A; 2QWP A; 3H6E A; 1NU0 A; 4DFK A; 4I7F A; 3MEC A; 2D0C A; 2F96 A; 2CGJ A; 4C8K A; 4RW8 A; 4BDP A; 4I2Q A; 3ULD A; 1T6C A; 2YKN A; 4PKG A; 2G8F A; 5AZI A; 3V9W A; 3CC4 N; 3ZSX A; 1S9E A; 3RSE B; 2ZJR L; 5ADX H; 4CJT A; 3WQU A; 4KTW A; 4CJ3 A; 4F3T A; 4E7I A; 3B8A X; 1D9D A; 4BRD A; 3S3M A; 4IG3 A; 4M3X A; 3K9K A; 2ASO A; 4BRG A; 4KH4 A; 4DWI A; 3R6M A; 1C0F A; 2F7T A; 2E1Z A; 3CF5 L; 2ITG A; 2VG6 A; 1J5O A; 3AVJ A; 5KI6 A; 1Q9Y A; 1HYV A; 1GLL O; 5CZ2 A; 3RWU A; 2YNH A; 4KHS A; 3F73 A; 2YNI A; 4ZHR A; 5B8H A; 3AA4 A; 2P9U A; 4G9Z A; 4M7Y A; 4FLW A; 4DFJ A; 4FLZ A; 5ELZ A; 1NKB A; 2BGG A; 1CXQ A; 1QZ6 A; 2V7Y A; 5GAG P; 2UXB K; 2QKK A; 4YDU A; 4UY8 O; 5BRE A; 3SV3 A; 3DRP A; 4BR5 A; 4JK8 A; 1IG8 A; 3LAK A; 4RTF D; 2BUP A; 3CER A; 3K5L A; 3V9U A; 3SJH A; 4KTQ A; 3ULE B; 1XHX A; 4E7H A; 2X6N A; 3E9O A; 1E4G T; 3D2F B; 3AO1 A; 1HQE A; 1VSH A; 2RN2 A; 1K73 O; 2AA4 A; 4IO8 A; 3ZCM A; 1I94 K; 4C8M A; 2OZS A; 1DGK N; 2E88 A; 1CZB A; 2IIR A; 2PZS A; 4LD0 A; 1WAF A; 4CGJ A; 3PV8 A; 1NK4 A; 4IBN A; 3LL3 A; 4B3S K; 3ASM A; 2G8W A; 4IEE A; 3G0Z A; 4DV4 K; 3T7Z A; 1KC8 O; 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5CZ1 A; 1QTM A; 2NRX A; 3AAQ A; 3VQD A; 3DRS A; 1C1A A; 2I7P A; 2ZGZ A; 3E66 A; 2HHV A; 2E2Q A; 2GUI A; 2X6S A; 3C6A A; 2IDO A; 1A5X A; 1X3N A; 2P9I B; 1QHA A; 5AQI A; 3P39 A; 3KLE A; 3NCI A; 1D5A A; 5LJV A; 2D0B A; 2FBX A; 3NF9 A; 5I42 A; 4CK2 A; 1IG9 A; 4GW6 A; 4FJ5 A; 4CZL A; 4YOY A; 1BA0 A; 1YJ9 N; 4A57 A; 3R1X A; 4JKH A; 4KH6 A; 3QIO A; 5E84 A; 3WNG A; 5GAH P; 4M45 A; 3B6P A; 4LH4 A; 3G25 A; 2E20 A; 3RSE A; 3WXJ A; 3V81 A; 1RFQ A; 5LL6 Z; 4I6M B; 3EYZ A; 2RKI A; 1NK6 A; 3SBG A; 4V19 S; 1RT4 A; 4CD3 A; 1U47 A; 2O8E B; 3VQ9 A; 4OPJ A; 4EHU A; 3V1Q A; 1Z05 A; 3P31 A; 2O8D B; 1SS6 A; 2FLO A; 3T1A A; 3M8Q A; 4WQ4 A; 3VF6 A; 3SMS A; 2G8V A; 4Z4G A; 1HNW K; 3ZLJ A; 1BU6 O; 3J8A A; 3NBP A; 2QI2 A; 5AQU A; 5EOY A; 1BCO A; 1XWL A; 3V9S A; 2O8B B; 2HF4 A; 4DB3 A; 4OKK A; 3SPZ A; 1WSH A; 4WFN L; 3SQ1 A; 4FSV A; 4ILG B; 5CYM A; 4CJE A; 3G4S N; 4C8N A; 1SZ2 A; 2WTU A; 4DFP A; 1JLE A; 4FJH A; 4JI4 K; 2QWN A; 5GAE P; 3F2K A; 1P90 A; 4E89 A; 4JS4 A; 4CFB A; 1N6Q A; 3ZX2 A; 3C65 A; 3ULE A; 3ZT0 A; 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