The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
|
sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
23
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FLX O; 2UXB K; 5IT9 O; 1N36 K; 2HHH K; 2UXD K; 3T1Y K; 2UUA K; 4JI2 K; 4LFB K; 4NXM K; 2VQE K; 4JI4 K; 5LL6 Z; 4JV5 K; 4DV3 K; 4DV6 K; 4DR1 K; 4B3M K; 4DV0 K; 3OTO K; 2UU9 K; 4LF5 K; 4JYA K; 4B3T K; 2UUB K; 4X66 K; 4DV4 K; 4JI6 K; 4DR5 K; 4DR6 K; 4LF9 K; 4DUY K; 2ZM6 K; 1N32 K; 4AQY K; 5BR8 K; 3J7Y P; 4DV7 K; 1I94 K; 4DV5 K; 1J5E K; 2UXC K; 4NXN K; 4JI7 K; 3J81 O; 5A2Q O; 4B3S K; 2E5L K; 1HNZ K; 1XMO K; 4JI5 K; 4DV2 K; 4LF8 K; 2UUC K; 4DR2 K; 2VQF K; 4JI8 K; 4DR7 K; 4CW7 B; 4DR4 K; 2F4V K; 4DUZ K; 4B3R K; 4V19 S; 4DR3 K; 4K0K K; 4X64 K; 1XNR K; 1N33 K; 4X62 K; 4LF7 K; 5IWA K; 1IBL K; 4CVN E; 4GKJ K; 5LMN K; 1N34 K; 4LFC K; 1IBK K; 4GKK K; 4JI1 K; 4LFA K; 1IBM K; 4YY3 K; 5LMU K; 1XMQ K; 3J80 O; 4JI3 K; 1HNX K; 4KHP K; 1HNW K; 4JI0 K; 3T1H K; 4YHH K; 4LF4 K; 1FJG K; 3J7A P; 5AJ3 K; 1XNQ K; 4OX9 K; 4LF6 K; 3JAM O; 4DV1 K; 1HR0 K; 4X65 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AF1 A; 4C8O A; 4BR9 A; 3V1R A; 2P9P A; 3WXM B; 4KPY A; 3CJ1 A; 3M3Z A; 4CJR A; 2OCE A; 2WFB A; 5SWM A; 4CFD A; 2VG6 A; 4FJX A; 3QIO A; 1GLE G; 3ALY A; 4GVE A; 3VEN A; 1OH6 A; 3HRG A; 4KTW A; 3AVI A; 4I7F A; 5CY4 A; 1RDD A; 1TAU A; 2OPQ A; 3R8E A; 2KLA A; 4JLH A; 2A1R A; 3UKU A; 1Q86 O; 3AY9 A; 3LAK A; 3VQP A; 1WSG A; 1KXP A; 5F0X A; 4FK0 A; 3RMD A; 1RT1 A; 1XHZ A; 2HHU A; 1U2V A; 3O5B A; 2QWL A; 3CQX A; 3HI0 A; 1NJW A; 3QER A; 3AVL A; 4LF8 K; 4NYF A; 2F9T A; 5AQL A; 2P9U A; 5DM7 L; 1L5U A; 5M1F A; 3VF6 A; 1UWB A; 3HVR A; 3LDP A; 3NF8 A; 4FLT A; 5I3U A; 4ISG A; 3Q7B A; 4FJI A; 1A5X A; 3THW B; 1NGB A; 3V9W A; 1EO1 A; 2RPI A; 1WAJ A; 3VGM A; 3ZT0 A; 3FZF A; 1D9F A; 2FBV A; 4JN4 A; 4NLB A; 1VQ9 N; 2O4I A; 4DQR A; 1RCH A; 4JAX A; 4CIE A; 4BRK A; 3C7N A; 2D0B A; 4B9T A; 3GG4 A; 4N76 A; 4BR5 A; 2HHW A; 3OW2 M; 4CIF A; 4BQZ A; 3CCJ N; 1BCM A; 2D0O A; 4LSL A; 3LPT A; 3RMC A; 4CF8 A; 2HHS A; 2IDO A; 4M3U A; 3IG1 A; 1OH5 A; 4IFE A; 4I6M A; 5AQY A; 4JD2 A; 4OKK A; 3QEX A; 3VQC A; 4DV1 K; 3N4Q A; 3AO5 A; 1IKV A; 1Z05 A; 2VG5 A; 4RWT A; 1BIU A; 3L2V A; 3ZYY X; 2KFN A; 3ENO A; 3L8B A; 4C8K A; 3LP0 A; 4JEP A; 5E84 A; 2Q31 A; 3SQ1 A; 2NLX A; 4I2Q A; 2RHK A; 2DFE A; 2UUA K; 2XY6 A; 4FJ5 A; 2HNZ A; 1NK8 A; 4H5V A; 4HCC A; 3D45 A; 4CZI A; 1QHA A; 1NGA A; 1BHL A; 1OH7 A; 4Z4I A; 4ELU A; 4E1M A; 4JKH A; 5F1X A; 4CEE A; 4DR6 K; 2ZJP L; 3ULD A; 4BWM A; 2ZM6 K; 4E1J A; 4C8N A; 4J2A A; 2A6A A; 1N32 K; 4UY8 O; 4FOE A; 1HYZ A; 4R79 A; 1GOB A; 5C25 A; 4ILJ A; 3OBW A; 2UXC K; 2OAN A; 1N8R O; 3H6E A; 1K9M O; 3LWM A; 3AAQ A; 3O3F A; 4IJN A; 2E5L K; 4H0O A; 4PL7 A; 3HZ6 A; 2Z1G A; 1S1T A; 4PHT X; 2YNF A; 4FM0 A; 1TKX A; 2FF3 B; 4QAG A; 4IOX A; 4EIA A; 4DR7 K; 1S1X A; 3I0R A; 4CGD A; 4CEO A; 4MO5 A; 1WSJ A; 3WEE A; 1W0H A; 4F3T A; 2XHB A; 1XQS C; 2P9I A; 2HBL A; 1Q9X A; 4KHY A; 1HYV A; 3O8M A; 4BRP A; 4B1Y B; 3HPG A; 2HB5 A; 5LMN K; 1KVC A; 5GAD P; 5GIN A; 2RKI A; 5BRD A; 3KK2 A; 3SZ2 A; 3SUO A; 1WOQ A; 3KIO A; 3HPH A; 4LFA K; 4YOX A; 1A5V A; 2Q36 A; 4ILH A; 3QFU A; 1IKW A; 2KKZ A; 1VHX A; 4YY3 K; 4IEE A; 1TL3 A; 4FJ7 A; 3U4L A; 1HNX K; 1XHX A; 1HJR A; 4YOT A; 1TK0 A; 3TSU A; 2BTF A; 4I9L A; 5KPZ A; 1FJG K; 2IOC A; 3V9Z A; 3NF9 A; 5CYM A; 4RCH A; 3D2E A; 5H1S Q; 3SUQ A; 2CGK A; 3DRP A; 5AQV A; 5CZ1 A; 4FWR A; 1D9D A; 2HHH K; 3HP6 A; 3KJV A; 3G4S N; 3T1Y K; 2HMI A; 3CFP A; 5LL6 Z; 1Y97 A; 3A8Y A; 3CCQ N; 4FM1 A; 4CZL A; 4B1V A; 5BRF A; 3R9P A; 1SKS A; 1U47 A; 4LF9 K; 2XO7 A; 3MWP A; 3PV8 A; 3RR7 A; 3ATU A; 1Q9Y A; 4CE9 A; 1RIL A; 3A5L C; 4DV5 K; 2HST A; 2PFU A; 4IFY A; 3ZEU B; 5ADX A; 5AQI A; 1L3V A; 2JWK A; 5AQG A; 3OYI A; 5E26 A; 3TAE A; 2O8B B; 1NK5 A; 3P5J A; 1C0M A; 4C8M A; 2KQ2 A; 4GW6 A; 4OKJ A; 1DLO A; 3QDK A; 3TU5 A; 2H3G X; 2VQF K; 3PSF A; 3H1V X; 3D2E B; 2X6S A; 4IKF A; 2A41 A; 1LWC A; 4WCE L; 5BRH A; 3WQT A; 1ASW A; 1NOY A; 2FLO A; 4H5N A; 3NH2 A; 4E19 A; 4RG8 A; 4LF7 K; 4KBO A; 3WT0 A; 4OO1 J; 1RGI A; 4U7B A; 2J4R A; 4QCL A; 1Y64 A; 2VG7 A; 5AZI B; 2HF4 A; 3MCA B; 1C1C A; 5I42 A; 1FXX A; 1J9A A; 3EY1 A; 2E2P A; 1ITG A; 3HOS A; 3UIQ A; 1SKW A; 3VPZ A; 4EHU A; 2PYJ A; 3FFI A; 5F2R A; 4CBW A; 1BG3 A; 3O9T A; 4UQG A; 3J7A P; 4A5A A; 3OHR A; 1VSF A; 2HMP A; 4CJ5 A; 2X78 A; 3MX2 A; 3QIC A; 4IFV A; 5HP1 A; 4CF9 A; 1TYQ A; 3TTC A; 3L2U A; 3VQ8 A; 3QET A; 1RT6 A; 4BRG A; 3VQD A; 2QKB A; 1BDG A; 2X74 A; 2HHT A; 5GAH P; 2XRI A; 3O9S A; 3V9S A; 2UXB K; 2YHW A; 1BIS A; 1TKD A; 4LD0 A; 3QIN A; 4FJL A; 1D5A A; 5J2N A; 1C0U A; 2HBM A; 2VQE K; 5AQQ A; 2F8S A; 4N47 A; 2VWK A; 3EE9 A; 3K57 A; 3VEW A; 1NLV A; 4KHS A; 4CJL A; 1GOA A; 4LC9 B; 3L2Q A; 4CGJ A; 4KHQ A; 5AQX A; 3PX4 A; 3N4P A; 1SS6 A; 1BQM A; 2FBX A; 3UB5 A; 4J8F A; 4FWL A; 4Q0B A; 4MLH A; 1KSP A; 4OPH A; 3J7Y P; 4J2E A; 4LH4 A; 2O8D B; 5HRS A; 2NRZ A; 4NXN K; 3JS6 A; 3NGY A; 4C8L A; 1T05 A; 3VQB A; 3OYN A; 4JKG B; 1RDW X; 4EP5 A; 3DWL A; 3QES A; 4BRA A; 3NHG A; 4DV2 K; 3CJB A; 4FZX C; 3M6G A; 5HRO A; 1XWL A; 4W5R A; 3O08 A; 5EX5 A; 1TL1 A; 1ZC6 A; 4KFB A; 4M63 C; 2E6M A; 3PX0 A; 5AQF A; 3RVC A; 1NK0 A; 3RMB A; 4CVN E; 5C10 A; 3EZW A; 1DGK N; 4FWP A; 1RBU A; 4N5S A; 2Q0R A; 3UKR B; 2P9N A; 4N56 A; 1SZ2 A; 4CJV A; 3CI5 A; 3UE5 A; 1Z6R A; 4R5P A; 4A59 A; 1SQK A; 5AZJ A; 1NGH A; 1ATR A; 4A57 A; 1QQC A; 1XMQ K; 3ZSQ A; 4KH5 A; 4OVL A; 1K6Y A; 4JKE A; 2NRT A; 3CCR N; 4AHR A; 3DLL L; 1TK5 A; 1XNQ K; 4CF0 A; 1S22 A; 1WLJ A; 1N6Q A; 3OYG A; 1E3M A; 4K43 A; 5SZT A; 3BY5 A; 4DHY A; 3L3U A; 3C6A A; 4A2B A; 4OKE A; 3DLH A; 2YCH A; 3VEY A; 4JS4 A; 2ITM A; 3OYK A; 4BAC A; 3P83 D; 2E1Z A; 3NGI A; 1S9E A; 2QWR A; 4DV3 K; 1RNH A; 1U49 A; 2XY5 A; 2G8K A; 5FPE A; 2HBJ A; 2P9S A; 4HUG A; 4LF5 K; 3ZT1 A; 2O8F B; 3OS0 A; 3S3N A; 4WE1 A; 3OBY A; 1LW0 A; 2P9K B; 2Q2R A; 3A5O C; 3NH1 A; 2NRR A; 3VQE A; 2R7Y A; 1ZBL A; 2NUB A; 5CYQ A; 2WBN A; 3EEQ A; 4H8K A; 3HBT A; 2P5G A; 2HHV A; 4JRP A; 1LV5 A; 3L2R A; 4AHT A; 3KKS A; 1SUQ A; 4CIG A; 1TGO A; 3MDQ A; 4ILG B; 3OYF A; 3IS9 A; 4F2R A; 4K42 A; 3WNF A; 5C2F A; 5HRR A; 4CJ7 A; 4YNQ A; 4FJK A; 3EKS A; 4AHS A; 4DR2 K; 3SMS A; 4ZTJ A; 4CBX A; 4O4G A; 3PLA A; 4DLE A; 4B3R K; 3BF3 A; 3K9K A; 3JXU A; 2E8A A; 4FWQ A; 4DTN A; 5JLH A; 4N41 A; 4JK7 A; 3LDL A; 3IMX A; 4GV6 A; 4OGC A; 2BAN A; 3M5R A; 3LDN A; 4FL9 A; 3I8D A; 4JK9 A; 4CF1 A; 3U3G A; 4DCH A; 3NF6 A; 2YKM A; 2BUP A; 2OA8 A; 2W6K A; 3CC2 N; 3U3Y A; 3QEP A; 4EFH A; 4E7I A; 1BI4 B; 1HKB A; 3SV4 A; 5LMU K; 5JS1 A; 3ZT3 A; 3KLI A; 4BE2 A; 1NKE A; 3SLC A; 4KHP K; 1DEJ A; 4M3R A; 1HKG A; 3THY B; 2FBY A; 1JL2 A; 4FJJ A; 3RWU A; 3FLC O; 4MLE A; 4CCH A; 4DMN A; 1HR0 K; 1TV6 A; 3O4W A; 3G0Z A; 1BGX T; 3RTV A; 1X3N A; 5ADX H; 1CZ9 A; 1VQ4 N; 3KD1 E; 3SV3 A; 3I0S A; 2VYP A; 5M1K A; 3ZX0 A; 3CF5 L; 3F9K A; 4BRM A; 5FRO A; 1W2B M; 4NCA A; 2JGU A; 4FW2 A; 4CEQ A; 4CED A; 2JLE A; 4JV5 K; 3OYD A; 1ATN A; 4BR2 A; 4B3M K; 1S72 N; 3H46 O; 1T6D A; 1LAV A; 3DXK A; 3SI6 A; 4FVU A; 4FWS A; 3BUZ B; 1D4X A; 5KGW A; 1VRT A; 2F9W A; 4CHQ A; 3LWL A; 3AAR A; 1UA0 A; 3A5M C; 4ISF A; 3CQ8 A; 1YTU A; 2I7N A; 5AQS A; 1ZBI A; 2HHQ A; 1VSE A; 3SCX A; 3U6F A; 4DF4 A; 1DT9 A; 3F5T A; 3T1A A; 5BRE A; 1VAZ A; 2GUP A; 3K2P A; 4CJW A; 3VES A; 3DJC A; 4IO8 A; 5GAG P; 2GV9 A; 3VN5 A; 2P9L A; 4K41 A; 4M3Z A; 4A5B A; 4Z0U A; 4RTF D; 1BWF O; 4GMJ B; 4BDP A; 3DLR A; 1EP4 A; 4GNI A; 2KTQ A; 1WSI A; 4E7H A; 2F4V K; 5T7B A; 3MED A; 1NMD A; 4FZY A; 3VQ7 A; 2XY7 A; 3TTD A; 1YUW A; 1VQ8 N; 4K0K K; 1RT2 A; 3MEG A; 3ZET B; 1ZBS A; 4YOR A; 1NGD A; 1VRU A; 2IVP A; 4A61 A; 4KV8 A; 4FYD A; 3O1W A; 2X6N A; 3THX B; 2DY4 A; 4BC4 A; 1EQY A; 4CHY A; 1ZYQ A; 4YDU A; 1YIJ N; 2V52 B; 2YJF A; 1GLJ O; 3IAY A; 1VQO N; 1Q81 O; 4DFJ A; 5EY4 A; 3TAR A; 3ULE A; 2JWL A; 1JLE A; 1C1A A; 2GTD A; 3ENB A; 5AJ3 K; 2OPS A; 4KHU A; 2Z1H A; 3MN6 A; 2P9P B; 3AVC A; 2YHY A; 3OYH A; 2ZD1 A; 4DF8 A; 1JLF A; 3AVH A; 4MDB A; 3PSI A; 4IWV A; 3GE1 A; 4FSV A; 4ZHR A; 3AVF A; 4Z4G A; 1K8K A; 4G9Z A; 1P8Z A; 3S3O A; 3S9H A; 4W5O A; 2WUS A; 1JCG A; 4JI4 K; 2ASP A; 4FCY A; 3M8R A; 1O13 A; 2YHB A; 3UKU B; 4MQ3 A; 4IBN A; 3VER A; 4CD3 A; 3OYC A; 3P4I A; 4B3T K; 4E7L A; 1WNS A; 4I9Q A; 3DOK A; 3DYA A; 3PIP L; 4JKC A; 1U2V B; 1E4G T; 4BRH A; 4OLA A; 3VOV A; 3PX6 A; 2OZS A; 2AP1 A; 1KCF A; 5M1O A; 3H08 A; 2P9U B; 3PO5 A; 1HMV A; 4PY5 A; 3J81 O; 3AO4 A; 2D4W A; 4B3S K; 3OYM A; 4PUO A; 4DSE A; 3ZSY A; 3RSE A; 5TKW A; 4ID1 A; 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2IVN A; 4O8K A; 4CJS A; 4KTQ A; 3C65 A; 4PL8 A; 5D3G A; 1VSH A; 3W0L A; 2GEL A; 4CJP A; 3VTI A; 3WNH A; 3WEE B; 4B8A B; 4WFN L; 3C6H A; 1VSM A; 4DSI A; 3TAP A; 4FJH A; 5JVH L; 1BIZ A; 4A62 A; 1VQK N; 2P9I B; 1KVA A; 1NMN A; 3E1Y A; 4YOU A; 3T19 A; 2E2O A; 1NOZ A; 4CEF A; 5HBM A; 1O1W A; 1LW2 A; 3CM6 A; 1DTT A; 3C94 A; 4GVM A; 3O9U A; 4FWM A; 3ZSR A; 1VQ5 N; 3VA3 A; 3QB0 A; 4FLX A; 1LWE A; 4FWO A; 4EAH D; 5KTQ A; 2OTL N; 3SAG A; 4CJ4 A; 5BN8 A; 1WSE A; 1W7A A; 2B5J A; 3JYT A; 3VEZ A; 1L3S A; 4JKD A; 4CGF A; 3L4I A; 2RF2 A; 4XH1 A; 3AO1 A; 1NM1 A; 1RDC A; 3A0I X; 4H0T B; 3OS2 A; 4LFC K; 4FLV A; 5JVG L; 4Q5V A; 1K8A O; 2CGL A; 2RE2 A; 4Z4H A; 4NO7 A; 1RBT A; 1NWK A; 4BRO A; 4K25 A; 3ZCM A; 1U04 A; 2PAV A; 2ZJQ L; 4DS4 A; 1HNW K; 3SPZ A; 1RT5 A; 4YHH K; 4DTX A; 2FF6 A; 1TKT A; 4IXC A; 2OTJ N; 1JXE A; 3LM9 A; 3CET A; 3K59 A; 4RW4 A; 4OJR A; 4CZK A; 4PKH A; 2WOM A; 1FK9 A; 3AVB A; 3CJ9 A; 5FPN A; 4FZZ A; 4H5W A; 2BGG A; 3TSQ A; 4F9O A; 1OH8 A; 3DXM A; 3CCV N; 4WQ5 C; 2HBK A; 5EXW A; 3V4I A; 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