The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQE K; 4LFC K; 4X65 K; 4JYA K; 4LF8 K; 4DV4 K; 4NXM K; 4JI7 K; 2UXB K; 3J7Y P; 4LFA K; 4KHP K; 1HNZ K; 3T1H K; 4JI6 K; 4NXN K; 4DUY K; 4DV5 K; 4OX9 K; 4LF7 K; 4DR7 K; 3JAM O; 1XNR K; 4B3M K; 4JV5 K; 1N33 K; 1IBM K; 3T1Y K; 1XMQ K; 4DV2 K; 1FJG K; 1HNW K; 4JI1 K; 4LF6 K; 4LF4 K; 1HNX K; 2UUA K; 4DV1 K; 5BR8 K; 4LFB K; 4JI5 K; 4DR5 K; 1HR0 K; 2UUC K; 3J80 O; 4X62 K; 1XNQ K; 4CW7 B; 4GKJ K; 4DUZ K; 4DR3 K; 4B3R K; 2UXD K; 4X64 K; 4DV7 K; 2E5L K; 5AJ3 K; 4LF9 K; 4DR1 K; 2UU9 K; 2F4V K; 4JI2 K; 4V19 S; 1N32 K; 5LMN K; 1N34 K; 4DR4 K; 5LL6 Z; 4YY3 K; 4B3S K; 4DR6 K; 4B3T K; 5IWA K; 4JI8 K; 4DR2 K; 2HHH K; 5A2Q O; 1N36 K; 4DV6 K; 4AQY K; 1XMO K; 4JI3 K; 5FLX O; 4X66 K; 3J81 O; 1IBK K; 3J7A P; 1I94 K; 4DV3 K; 4LF5 K; 2ZM6 K; 2UUB K; 4DV0 K; 4CVN E; 4GKK K; 1J5E K; 2VQF K; 4YHH K; 3OTO K; 5IT9 O; 4K0K K; 5LMU K; 4JI4 K; 1IBL K; 4JI0 K; 2UXC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P9S A; 3CME N; 3GOI A; 5T7B A; 4E1M A; 4DFM A; 3F73 A; 4YOY A; 1YF5 L; 2KHO A; 3MX2 A; 5C15 A; 4B9T A; 2BUP A; 3D6R A; 4YDU C; 4CHO A; 3M8Q A; 4BAC A; 2WTU A; 1JL1 A; 4RW7 A; 3U9Z A; 2Q0R A; 4FCY A; 4OO1 J; 4BC2 A; 5KI6 A; 1U6Z A; 5FPM A; 3T1H K; 4DTR A; 2QW9 A; 4CGG A; 3C6T A; 4B3O A; 4BRN A; 3VEN A; 2IS3 A; 3OA9 A; 1T05 A; 3CI5 A; 4ISE A; 4ELV A; 1LW2 A; 3M3Z A; 1N33 K; 3RMB A; 2B6A A; 4H03 B; 1JJ2 M; 5KGX A; 4FWN A; 4FJJ A; 3OYK A; 2O8F B; 3BGR A; 1N6Q A; 3QIN A; 2NRZ A; 4LF6 K; 4FK2 A; 4PY5 A; 3DRR A; 4YDU A; 3AV9 A; 2A1R A; 1OVQ A; 2GEM A; 3UB5 A; 4FWR A; 5CZ2 A; 4JI5 K; 1UA1 A; 2O8E B; 2FBV A; 4AH9 A; 4CJR A; 4N5S A; 3NE6 A; 3ZLJ A; 1DT9 A; 3E9L A; 4GW6 A; 2RPI A; 2A1S A; 1Q81 O; 4JI2 K; 3M1F A; 4B08 A; 1NNE A; 1ILY A; 4DR4 K; 3AA3 A; 3CFO A; 1YTU A; 1TK5 A; 2QTD A; 3VF4 A; 4AHS A; 4B1U B; 5AQV A; 2B4J A; 3QIP A; 1X1P A; 1QSL A; 3B6P A; 4GV6 A; 5C2F A; 2KFN A; 4BDP A; 5BPN A; 2A6A A; 4RW8 A; 4CF2 A; 1Y64 A; 5ELZ A; 4H0T B; 2ZGY A; 3KIO A; 1RT2 A; 2BAN A; 3CCJ N; 3BP8 A; 2VYP A; 4CGJ A; 4NCG A; 3O9R A; 3OYA A; 3NH1 A; 1KAX A; 3ZSY A; 4DFJ A; 1O13 A; 3QDK A; 1WBB A; 5EY4 A; 3AY9 A; 1RT4 A; 1Q7Y O; 3ITH A; 3N4P A; 2HBL A; 1BI4 A; 4BDY A; 2YV0 X; 3TSP A; 2D5R A; 4BY9 C; 3I0S A; 3VQ4 A; 2EHG A; 4DCH A; 4FLZ A; 2PAV A; 1TL3 A; 3QB0 A; 3VTI A; 5GIO A; 2QWM A; 3THW A; 3BF1 A; 3NF7 A; 3SZ2 A; 5AQU A; 3C7N B; 3U8X A; 1ZBS A; 3SQ4 A; 2ZJQ L; 4O8K A; 3S41 A; 1NGB A; 4CJU A; 1WSF A; 1IG9 A; 3O9Q A; 1HNV A; 4DB3 A; 4WE1 A; 5BN8 A; 1BO5 O; 4JS5 A; 3JAM O; 2IIR A; 2NNW A; 4GY2 B; 1XNR K; 3SV3 A; 1EP4 A; 3T69 A; 4A2B A; 2W42 A; 1L3S A; 2Q0U A; 1N8R O; 1IBM K; 4M7Y A; 3QES A; 2BDP A; 1RDB A; 3KVG A; 3UIQ A; 4N41 A; 3OJS A; 1HPZ A; 4ISF A; 4WQ4 A; 5BR9 A; 4H0X B; 3NVK A; 1IV0 A; 1QSS A; 3TAF A; 3V1Q A; 4LFB K; 3CQX A; 5FRM A; 2HVH A; 3AO2 A; 3L2V A; 3QLH A; 4X62 K; 4BRH A; 4CZM A; 4N56 A; 3LM2 A; 3PX6 A; 4IG0 A; 1VSM A; 2RHK A; 1U2V A; 4DQS A; 4W5T A; 3VGL A; 2PZS A; 1NGE A; 4DR1 K; 5I42 A; 4LSL A; 4A5B A; 2G8K A; 3TTD A; 2O8D A; 4FM0 A; 4NO7 A; 3J8A A; 1Z25 A; 3VA0 A; 3QIC A; 4RW9 A; 1ZBH A; 4CIE A; 5HRN A; 3LPU A; 4DR6 K; 2O8F A; 2DFF A; 3AAQ A; 2YJF A; 1JXB A; 4CEA A; 4A57 A; 4HWI A; 1S5J A; 4ELU A; 1JKH A; 3ZSV A; 2NUB A; 2O8E A; 1IKW A; 4LSN A; 5AQM A; 3WNE A; 1I94 K; 3BF3 A; 3L6Q A; 1ASV A; 3K5L A; 3QFU A; 1QQC A; 4BRC A; 3C0B A; 4BRQ A; 1LCU A; 4OJR A; 4DV0 K; 1JCG A; 3KD1 E; 2VQF K; 3KLI A; 2PBD A; 3QNN A; 4B8A B; 2HNY A; 2IVO A; 3ZT2 A; 2HHX A; 2ZF5 O; 4OPA A; 4IOC L; 2OA8 A; 1J53 A; 1NMN A; 3SQ1 A; 2OTL N; 2QA4 N; 1YVN A; 4CFC A; 1HX1 A; 3ALY A; 1KAY A; 3RRH A; 3THY A; 1WOQ A; 4BRO A; 1WSG A; 2YHY A; 3MXI A; 3AGR A; 2E4L A; 4PL8 A; 2D4W A; 4R79 A; 3SPZ A; 5FRN A; 4CZK A; 4CCH A; 5M1K A; 1D5A A; 4BG9 A; 4IDK A; 5JVG L; 2YCH A; 4OLA A; 5KGW A; 5AQJ A; 3TSU A; 4CEO A; 4MQ3 A; 3O08 A; 3P31 A; 4OKK A; 3D2E B; 2GV9 A; 1RTJ A; 1TKZ A; 1E4F T; 1SQK A; 4CJL A; 1S72 N; 3CC4 N; 1RFQ A; 3TTF A; 3QEW A; 3RSE A; 4HTU A; 1R59 O; 4CD3 A; 2QWN A; 4CED A; 3OYC A; 3HP9 A; 2VCP A; 4X64 K; 4QAG A; 1GLF O; 4Z4G A; 3LP3 A; 5B8H A; 2HHQ A; 2IAJ A; 4CK1 A; 1FKO A; 1T6C A; 1JLG A; 4M63 C; 3WXI A; 1I39 A; 4IXC A; 3UKR B; 5AZJ A; 3DLB A; 4HUG A; 4DR2 K; 3AVC A; 2HHH K; 4B8C A; 1ZC6 A; 4DV6 K; 3OYI A; 1VSJ A; 1VQ5 N; 3SAH A; 3H6E A; 3KWI A; 4GVE A; 5M1O A; 3FZK A; 4FK4 A; 5AQS A; 5KRS A; 1Q9X A; 1NLV A; 2HW3 A; 3WNF A; 3RR7 A; 1RT7 A; 2HF4 A; 1NBW A; 1HKC A; 1KFS A; 3A5O C; 1QQN A; 1S3X A; 5FPN A; 1RDA A; 2IDO A; 4AHT A; 1VRT A; 1I3A A; 4F9O A; 4FPB A; 1IBL K; 3HPH A; 1JLA A; 1R0A A; 5HLF A; 4KKO A; 2UXC K; 2IOC A; 3O4Q A; 4CK2 A; 3ATV A; 1M90 O; 3AO3 A; 1LAV A; 1S1U A; 4YOV A; 3TAR A; 5CZ1 A; 1LWC A; 4FLT A; 4KHN A; 3OW2 M; 4BRG A; 4DTJ A; 3K9K A; 1JLQ A; 4ICL A; 1K73 O; 5KPZ A; 1RTH A; 3N4Q A; 4H0P A; 4DR7 K; 4E19 A; 4B3M K; 3AAR A; 3JYT A; 5HL7 L; 3AVG A; 3K5N A; 4I2Q A; 3MK6 A; 5AQQ A; 1NK6 A; 3LPT A; 4Q5V A; 3NH0 A; 1GLC G; 3I8D A; 4DQP A; 3ZSW A; 1HLU A; 3DRP A; 4KH6 A; 4PWD A; 4DR5 K; 3WNG A; 1TUY A; 5CY4 A; 4KRE A; 5HP1 A; 3VMF B; 1MDU B; 4DWI A; 3FZL A; 2YHX A; 3BEX A; 1BQN A; 1RTI A; 1KC8 O; 3BZC A; 1EQY A; 3HJF A; 2J4R A; 2A40 A; 2D1K A; 3A0I X; 3H45 C; 4FZY A; 2ZD1 A; 5LL6 Z; 3AA4 A; 1ZXO A; 4YY3 K; 4HCC A; 2AJQ A; 3G4S N; 3GE1 A; 1C6V A; 3I55 N; 4N47 A; 2V7Z A; 5AQL A; 5J2Q A; 2WON A; 5TKW A; 3V9S A; 1WAJ A; 2VGM A; 3C95 A; 5FPE A; 4JNE A; 1IBK K; 2P5G A; 2XHB A; 4CF8 A; 3VN5 A; 2PY5 A; 5F2R A; 2VWJ A; 3T3F A; 4HCB A; 3LDQ A; 1NJX A; 4BG8 A; 3O4W A; 1YAG A; 3QER A; 1NMD A; 2RN2 A; 3VEW A; 5AQO A; 1K8A O; 3TI0 A; 3V9U A; 3NF6 A; 1QTM A; 3DLG A; 1XC9 A; 3IMX A; 2G8H A; 3ZYY X; 2IVP A; 4FW2 A; 4EIA A; 3VEZ A; 1QSY A; 3OVN A; 1OH8 A; 5TKY A; 4DTP A; 4I6M B; 3AA2 A; 4FOE A; 3TAE A; 3ZSQ A; 3K0S A; 5JMV A; 2FF3 B; 3VPZ A; 1VQN N; 2ZE2 A; 3AVF A; 2QK9 A; 3KTQ A; 1KCF A; 1BU6 O; 1K8K B; 3LM9 A; 3S3O A; 3MN7 A; 1GOB A; 1UWB A; 5KPT A; 1NGA A; 5AQN A; 4BRA A; 3DLK A; 1QVF M; 3CCU N; 4CE9 A; 2QWP A; 1K9M O; 3PIP L; 4DSL A; 2WC9 A; 1QZ6 A; 3CJ9 A; 4O55 A; 3M8P A; 1HPM A; 4XH4 A; 4E7L A; 4M45 A; 2UUA K; 4CHN A; 4MDB A; 1Y97 A; 4JD2 B; 1C0M A; 4ZTJ A; 3QML A; 3SI6 A; 3DOK A; 2DFH A; 3V81 A; 2UUC K; 3MEG A; 1BCO A; 1VSK A; 5AFU H; 3I56 N; 4IJN A; 4CK3 A; 4KRF A; 4AM7 A; 2YNH A; 2E1Z A; 2GWJ A; 3DI6 A; 3T1A A; 1CZA N; 3CET A; 4LD0 A; 3WXK A; 4CFD A; 1RBR A; 4WFB L; 3UKU A; 3WEE B; 4IZ9 A; 2QM1 A; 4DQR A; 4O0I A; 1RT3 A; 2BE2 A; 1JLF A; 4DU4 A; 4CGI A; 1RBU A; 3SBT A; 3PX4 A; 3KWG A; 1NJY A; 1N5Y A; 3ID6 A; 5ADX H; 4AQY K; 3WXJ A; 1TYQ A; 1IKV A; 4Z94 A; 2P9U B; 2NRH A; 3VQD A; 5BRH A; 1A5X A; 3AO4 A; 3EL2 A; 1S1V A; 4FM2 A; 3K57 A; 4CBU A; 3Q7C A; 2E2N A; 2XY8 A; 4B1X B; 1EWR A; 2NRX A; 4EP5 A; 4KI4 A; 2P9P B; 3O5B A; 2ITG A; 3BUZ B; 4JKH A; 4B1Z A; 2BH1 A; 3SNN A; 3OBY A; 2LSN A; 3G71 N; 2FXU A; 2OAN A; 3RTV A; 3P1G A; 2HHU A; 3HP6 A; 1VK0 A; 3MXJ A; 4IOX A; 3PSI A; 4JK7 A; 3LDL A; 3D2F B; 4DU3 A; 1VQK N; 3CCR N; 4GMJ B; 1DTT A; 2HF3 A; 4K42 A; 3SAF A; 1GOA A; 5C25 A; 2W40 A; 4L8R B; 4E89 A; 1C0F A; 3CQ8 A; 5AFU A; 5KTQ A; 4RG8 A; 4JAX A; 1NK9 A; 1TK8 A; 3OHR A; 5E26 A; 4LY7 A; 1HNW K; 2F7T A; 4DTO A; 4CHP A; 4RW6 A; 3CPE A; 1M1K O; 4Z4E A; 3IG1 A; 2ASM A; 3AVN A; 1L5U A; 1VSE A; 1E4G T; 3CCE N; 4FJK A; 3IDH A; 3C94 A; 3HPO A; 2CGJ A; 3NAE A; 3DLR A; 3EE8 A; 4BRL A; 2XY6 A; 3L2W A; 3CFR A; 3NVM A; 5ADX A; 1D9F A; 3O3H A; 1UOC A; 5AZI B; 4KHW A; 1RBS A; 1OH7 A; 3K58 A; 1OH6 A; 2RKI A; 5E84 A; 3VEO A; 3OYG A; 4DTX A; 2EWS A; 4K41 A; 1ATN A; 2KTQ A; 2BTF A; 3V9W A; 2VWK A; 1U49 A; 3A5L C; 3SUQ A; 3DLH A; 4CGF A; 2QWQ A; 4HUE A; 3SQ2 A; 3MWT A; 4CJS A; 2FBT A; 3KK2 A; 5DK5 A; 3QNO A; 2O8C B; 4BRE A; 5SWM A; 3NGY A; 4IEE A; 1NJW A; 3M8R A; 3M5R A; 5LJW A; 3CYM A; 2UUB K; 4CVN E; 4CI6 A; 4DLG A; 2CH6 A; 3T19 A; 4B1V A; 3LZJ A; 3VF6 A; 4OPJ A; 4J2D A; 4PUO A; 4G9Z A; 3AVH A; 3ZT0 A; 3WEE A; 2OPP A; 1S22 A; 1W7A A; 1NK4 A; 3S9H A; 1LW0 A; 1V4T A; 4W5O A; 4CER A; 4NXM K; 3ZSO A; 3CCM N; 1TGO A; 2HMI A; 4H0V B; 3L3U A; 2KLA A; 3OS0 A; 3PO5 A; 3WXL A; 4WCE L; 2P9U A; 4BRD A; 3O80 A; 3PV8 A; 1WSI A; 4DV5 K; 4PKH A; 2Z1I A; 4DFP A; 1Q9Y A; 1L3U A; 4IEI A; 1NGF A; 1HMV A; 4GV9 A; 1D8Y A; 3SJJ A; 3CF5 L; 2D0C A; 4KBO A; 1XMQ K; 4WQ4 C; 1S9E A; 3SLC A; 4M3T A; 3SK3 A; 1VSF A; 3HPG A; 2GWK A; 2A5X A; 2QKB A; 4DV1 K; 1NGC A; 5LJV A; 3P38 A; 5M1P A; 2NRT A; 3RWU A; 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3ISN C; 4AHU A; 1NGG A; 2HB5 A; 3KLE A; 2GUI A; 1NGD A; 4C8N A; 1RT1 A; 2A42 A; 4H8K A; 3HXM A; 3IKM A; 4I2P A; 4H4M A; 1ZBL A; 4BWJ A; 1HR0 K; 4DSJ A; 1P90 A; 3J80 O; 5AR0 A; 3V9Z A; 4JN4 A; 4FVM A; 2UXD K; 2AP1 A; 4JEP A; 3T7Z A; 4AF1 A; 2E5L K; 2P5O A; 3CMA N; 4LF9 K; 2O4I A; 2G8U A; 5EX5 A; 4KO0 A; 1S1W A; 4QS8 A; 4BVO A; 1S1X A; 3ZCM A; 4B9U A; 1ASW A; 4CIG A; 4O5B A; 1SKR A; 3AGK A; 5IWA K; 4B3T K; 4CD1 A; 3HOS A; 3C7N A; 5A2Q O; 4E0D A; 2Q31 A; 3HBT A; 3VQ9 A; 1VQO N; 1JL2 A; 1ATS A; 2XY5 A; 4CJW A; 3FGU A; 1LV5 A; 1IH7 A; 4Z4I A; 4EHU A; 3NBP A; 4I9L A; 3PY8 A; 1SL0 A; 3H08 A; 5C24 A; 2A3Z A; 2GX9 A; 3SBG A; 4ILJ A; 3LP1 A; 4CJ3 A; 4OPK A; 4DLE A; 1J5E K; 5FPD A; 4KI6 A; 5IT9 O; 3NF8 A; 3PUF A; 1FW6 A; 3HRG A; 2E8A A; 4B9S A; 2NRR A; 1HKB A; 3S3M A; 1CLQ A; 1QE1 A; 5K14 A; 5EOY A; 1KQS M; 2KFZ A; 3VET A; 4N76 A; 3MN5 A; 2F96 A; 4H5W A; 3NDK A; 4LFA K; 1E3M A; 4KHP K; 3TSQ A; 1QHA A; 4CFA A; 3IS9 A; 3CD6 N; 5M1N A; 1C0U A; 3LAN A; 3VA3 A; 4CHY A; 4QS7 A; 4CZH A; 1IG8 A; 3HK2 A; 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