The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
|
| structure length |
116
|
| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQF K; 4K0K K; 4DR4 K; 3T1Y K; 4JI3 K; 4DV7 K; 4JI7 K; 1J5E K; 4DR2 K; 1XMQ K; 5AJ3 K; 2UUC K; 4LF9 K; 4X64 K; 4DV3 K; 4LFB K; 2VQE K; 4CVN E; 2UXC K; 5LMU K; 4LF4 K; 1I94 K; 4DR6 K; 4X65 K; 4LF6 K; 4LF5 K; 4DUY K; 2ZM6 K; 1IBM K; 5IT9 O; 2F4V K; 4B3R K; 4DV4 K; 4JI5 K; 3J80 O; 4DV1 K; 4X62 K; 4B3S K; 4CW7 B; 4GKJ K; 2UUB K; 1HNX K; 1N32 K; 5LMN K; 4JI0 K; 4JI4 K; 1XNR K; 4DR5 K; 4B3T K; 4V19 S; 3J7Y P; 4OX9 K; 4YHH K; 1HNW K; 2HHH K; 4DR1 K; 4YY3 K; 4DV5 K; 4X66 K; 4DR3 K; 4NXN K; 5IWA K; 4B3M K; 4JYA K; 4LF8 K; 5FLX O; 3T1H K; 1N33 K; 1HR0 K; 1XNQ K; 4DUZ K; 5LL6 Z; 4LFC K; 2UXD K; 3J81 O; 4DV6 K; 1N34 K; 2E5L K; 2UU9 K; 1N36 K; 4JI2 K; 4DR7 K; 2UUA K; 4JI1 K; 4JI8 K; 1XMO K; 4NXM K; 1IBL K; 2UXB K; 3OTO K; 4KHP K; 4GKK K; 4LF7 K; 4DV0 K; 4JV5 K; 3J7A P; 5BR8 K; 4JI6 K; 1HNZ K; 5A2Q O; 1IBK K; 4LFA K; 1FJG K; 3JAM O; 4AQY K; 4DV2 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CPE A; 5EVZ A; 4FPA A; 4YOU A; 3CJC A; 3HPG A; 5CHI A; 3LZJ A; 1RBS A; 4JI3 K; 3BGR A; 4CGJ A; 4M7X A; 4NO7 A; 3GL1 A; 3CM5 A; 1C0M A; 4FJH A; 3IDH A; 4X64 K; 3AVH A; 1K73 O; 1W0H A; 4DF4 A; 3D2E B; 4K8Z A; 3SQ4 A; 2VCP A; 2YNG A; 3C7N B; 3E9L A; 3O1B A; 2G8V A; 4JKC A; 2VWJ A; 1WSE A; 5IT9 O; 3T7Z A; 3CCJ N; 1NGC A; 2ASO A; 2D0C A; 3CJ9 A; 4IG0 A; 3CC4 N; 1S5J A; 1ASW A; 4MQ3 A; 3C95 A; 4CJU A; 3SV4 A; 1TKZ A; 3O4W A; 4OPJ A; 3KK7 A; 4KB0 A; 1IJJ A; 3O9R A; 1WOQ A; 1T8E A; 4GVM A; 2FSJ A; 3V9X A; 3S3M A; 3ATU A; 3AGR A; 1JLG A; 1XC9 A; 4O8K A; 4CGD A; 3AO1 A; 1U47 A; 3SK3 A; 1HMV A; 4KRF A; 4IKF A; 3PSF A; 1Q86 O; 1WBB A; 1X9S A; 4JK9 A; 4KHY A; 1NGA A; 3ULE A; 1NGG A; 1VSI A; 3ULD A; 3K5N A; 4CFC A; 3VQQ A; 1KCF A; 2D0A A; 2JGU A; 4CZK A; 4YOX A; 1SKR A; 5KRS A; 3IAY A; 5CE3 A; 1QVF M; 1N34 K; 3ZSY A; 3KK3 A; 3RR7 A; 3MN7 A; 3CFO A; 4M3X A; 2UUA K; 1VQ8 N; 2F9T A; 1KTQ A; 4IEI A; 1S6P A; 2YI1 A; 3QER A; 4PKI A; 4CFB A; 3CCS N; 4BR7 A; 3A5M C; 4E7J A; 4OKE A; 2E8A A; 3AVB A; 4KTW A; 5J2M A; 5KPT A; 4KO0 A; 3L4I A; 3B6O A; 3OHR A; 2BH1 A; 2OTL N; 4IOA L; 3A5L C; 5AQX A; 3O4Q A; 4JI7 K; 1NNE A; 1Q9X A; 1RDA A; 3U9D A; 3AVM A; 4DTX A; 3LPT A; 3VQB A; 3E9O A; 2ZGZ A; 2P9P A; 4U7B A; 2IVP A; 4CEQ A; 3EO3 A; 3CQ8 A; 3EZ5 A; 3O9U A; 3OJU A; 3VMF B; 4AHV A; 4FW1 A; 5GIP A; 1HJR A; 4RW8 A; 1GLE G; 4WQ5 A; 5DM7 L; 1G15 A; 2LSN A; 5GIN A; 2ZWH A; 1HUX A; 3CCQ N; 4FL9 A; 3ZEU B; 3OYA A; 4FLV A; 3DXM B; 1T6C A; 3MXJ A; 3FZF A; 1BA0 A; 3CCR N; 3G6E N; 4JKG B; 4YOY A; 4JI0 K; 4J2A A; 4OLB A; 3BDP A; 1BI4 A; 5TKW A; 4DTR A; 3VF6 A; 1HPM A; 2Q3S A; 1RDB A; 3DXK B; 4FLX A; 3V9U A; 1IG8 A; 1RT1 A; 1QZ6 A; 4B9V A; 3CCM N; 5HRS A; 1L3V A; 4DUZ K; 2W40 A; 1NJZ A; 3EN9 A; 4E1N A; 2UXD K; 2A3Z A; 3NF6 A; 1HYS A; 1NGB A; 1NOZ A; 3F73 A; 3THX B; 4A2A A; 3K9K A; 4A62 A; 2W6K A; 4CZI A; 1N5Y A; 5EOY A; 1Q18 A; 1YIT N; 3VEV A; 4I6M B; 4HTL A; 4NXM K; 4CEO A; 2YJE A; 3CJ1 A; 5AQU A; 3OTO K; 3DM2 A; 3ZSV A; 1TL3 A; 3QNO A; 3OYK A; 3CME N; 4JV5 K; 3GE1 A; 5AQJ A; 1Z25 A; 1BDG A; 4E1J A; 1JJ2 M; 1LWC A; 4XH5 A; 4RW4 A; 4DV7 K; 1XHZ A; 4M3U A; 4EAH D; 3O3G A; 3UIQ A; 4JK7 A; 1HJO A; 3M6G A; 1U2V B; 2VGN A; 4AHR A; 3VTH A; 4DHY A; 3THY A; 4LF9 K; 4KTQ A; 1WSH A; 3RTV A; 4DS4 A; 3UKR A; 5AQM A; 2ITM A; 4O8U A; 3EE9 A; 1U6Z A; 2FBX A; 1E4G T; 2QTD A; 4FPB A; 3MN9 A; 4E0D A; 3AVC A; 5AR0 A; 4YOR A; 5E84 A; 1NG9 A; 3AA5 X; 3EE8 A; 1LAW A; 2E2P A; 3SYZ A; 3V9S A; 3IKM A; 1ZBH A; 4F4K A; 3HP9 A; 1IKY A; 5FPE A; 4H4M A; 3OYM A; 3CCE N; 3QEP A; 3THW A; 2P9S B; 3KIO A; 5HLF A; 1NGJ A; 1E3M A; 4HCB A; 3P39 A; 1TK5 A; 1DTQ A; 4CEC A; 4OX9 K; 4MO5 A; 4C1N I; 2WFB A; 3CD6 N; 4BE2 A; 1VQL N; 5CYQ A; 2QWR A; 2YNH A; 4A2B A; 4B1Y B; 4NCA A; 1NMN A; 2E4L A; 1IH7 A; 3MXI A; 4LFC K; 4OPA A; 5KTQ A; 2OPS A; 4DSF A; 3IG1 A; 4BC5 A; 3VA3 A; 2GEL A; 4IWV A; 4JI2 K; 4DSE A; 2ASP A; 3SUN A; 1JL2 A; 1OVY A; 4JKD A; 3SQ0 A; 3KKR A; 4FLY A; 3G71 N; 3EYZ A; 2VWK A; 4WQ4 A; 3QEV A; 5M1Q A; 3CXC M; 3J7A P; 4BDY A; 4BRH A; 2E2O A; 2QXF A; 1RDC A; 4CHN A; 4RW7 A; 1P90 A; 3L2V A; 2E2N A; 4QCL A; 1EET A; 1ZBI A; 2QK9 A; 4IEE A; 4FLW A; 1YIJ N; 3AO2 A; 4AM6 A; 4ELT A; 4H0O A; 3EKS A; 4BE0 A; 2QWN A; 4FJ7 A; 1U48 A; 4CZF A; 1UAX A; 5F1X A; 4FXD A; 3DI6 A; 3T3F A; 3O3H A; 5AQF A; 4DU3 A; 1WAJ A; 4DQQ A; 3Q7B A; 5TKY A; 1B92 A; 1YF5 L; 3ZLJ A; 3O8M A; 3SV3 A; 4LH5 A; 2B4J A; 4DUY K; 2HBM A; 4CK3 A; 1IBM K; 3TI0 A; 3KLH A; 4PWD A; 3HTV A; 3ALY A; 4LSN A; 1XWL A; 4ISF A; 3PIP L; 4KHW A; 2P5G A; 4BRF A; 4X62 K; 3R8E A; 3SQ1 A; 1TK8 A; 3CC2 N; 1A5X A; 3QFP A; 4DFM A; 1NKC A; 1LWF A; 3MMV A; 3CCL N; 5AZJ A; 3NH0 A; 4ELV A; 4B3T K; 2IGI A; 1JXB A; 3L6Q A; 4IO8 A; 4WCE L; 1ZBU A; 1NBW A; 2CH5 A; 3EZW A; 2IOC A; 1MWK A; 3NH1 A; 4DS5 A; 5C25 A; 3NGZ A; 2NRZ A; 2DPN A; 2V51 B; 4OGE A; 4FLU A; 3AVJ A; 2QI2 A; 2P9N A; 3QML A; 5C2D A; 2XRI A; 3SMS A; 3P1G A; 2Q2R A; 3ZSO A; 1F21 A; 3F9K A; 3PSI A; 4E7K A; 4DSL A; 1NK8 A; 1IKW A; 4FWQ A; 4GY2 B; 3ZCM A; 2YX6 A; 5AQH A; 2O8E B; 3DJC A; 4LSL A; 1L3S A; 1ZXO A; 1L5U A; 1B9F A; 2CH6 A; 3G10 A; 4B9T A; 3M8S A; 3BUZ B; 1B9D A; 2E1Z A; 1A5V A; 3FZK A; 2GX9 A; 1HYZ A; 1CXQ A; 3E01 A; 3OBY A; 4E19 A; 5C10 A; 4FJ9 A; 4DQI A; 1RT7 A; 2VG5 A; 2D5R A; 3UKU B; 3VEO A; 2QA4 N; 3MEG A; 1FJG K; 4EP5 A; 4B1Z A; 1SAZ A; 4PL8 A; 2UYT A; 4KRE A; 2V7Y A; 4CJL A; 1YUW A; 1XI1 A; 1VQ4 N; 4ILG B; 5AQT A; 3RSE A; 4E89 A; 3EL2 A; 4M3Y A; 4WQ4 C; 3PX6 A; 1JLA A; 1YVU A; 4CIG A; 4PHT X; 3OYD A; 3DLR A; 4NYF A; 4QS7 A; 4LF4 K; 3AAR A; 4BR5 A; 2PYL A; 2BAN A; 3KKS A; 3VEX A; 3CG7 A; 2F8T A; 4O0J A; 3WXK A; 4LF6 K; 4K41 A; 4FZX C; 4IDK A; 3ID8 A; 5GAH P; 2J4R A; 1W7A A; 3R9P A; 2XHB A; 4BY9 C; 1KAX A; 3O9S A; 5AZI B; 3DRP A; 4FCY A; 4YNQ A; 3O80 A; 3TAB A; 3RMC A; 2DFF A; 3NHG A; 5JVH L; 4BC4 A; 2P9L B; 4DTO A; 1NWK A; 1QZ5 A; 4K43 A; 2NRR A; 4AHS A; 4EP4 A; 1BA1 A; 4JI4 K; 2O8D A; 4QS8 A; 1WBD A; 4WFA L; 1A5W A; 5I9E B; 4DR5 K; 2G8I A; 3K5O A; 4IFE A; 4GMJ B; 1EWQ A; 4BWJ A; 4YHH K; 4O5F A; 1HNW K; 4YY3 K; 4B1W B; 5IWA K; 1RNH A; 2F96 A; 4F8R A; 3C6T A; 3VOV A; 5E41 A; 1N33 K; 4ICL A; 4K25 A; 3MK6 A; 3OY9 A; 5SZT A; 3TAR A; 1I3A A; 1TKD A; 3D2F B; 4KH4 A; 1LW2 A; 4KI6 A; 3K5M A; 5JVG L; 3OA9 A; 1RBV A; 1BIZ A; 4E7H A; 3A0I X; 2OPP A; 3WXJ A; 3BY5 A; 3P31 A; 1P8Z A; 3L2U A; 3S3N A; 1N36 K; 1GOC A; 3PX0 A; 2XY5 A; 2QWP A; 3SLC A; 1WLJ A; 3K0S A; 1D8Y A; 3AO5 A; 2Z1G A; 1L3U A; 4FJI A; 1LWE A; 4FOE A; 5BR8 K; 3E66 A; 4F9O A; 4PKG A; 3ZET B; 3H3N O; 1SKS A; 2DY4 A; 4DR1 K; 3WNE A; 4DV2 K; 4AHC A; 1C1A A; 1VQ7 N; 4CGG A; 4M3Z A; 1JCG A; 2JLE A; 3CJ7 A; 3HT3 A; 2A1R A; 4BQZ A; 1JLC A; 3WNH A; 5JLF A; 3MAQ A; 1VSE A; 2JWL A; 1YHQ N; 3O6W A; 1XC3 A; 1EO1 A; 3KTQ A; 1J53 A; 2HHQ A; 4DV3 K; 4ZHR A; 3IMX A; 4BRO A; 3N4P A; 1NK4 A; 2Y1I A; 5LMU K; 4DR6 K; 1D9F A; 3SUP A; 2HHW A; 2HB5 A; 3QLH A; 4JS4 A; 1NGI A; 1RTJ A; 4Z4H A; 5HOO A; 4LF5 K; 3VQ7 A; 1LCU A; 5AQG A; 3E9P A; 3CF5 L; 4I7F A; 4B8A B; 1V4S A; 4H5N A; 4BRG A; 2A1S A; 4JHD A; 3OVN A; 3VQ8 A; 4XH1 A; 4I9Q A; 3BEX A; 2HND A; 4FJL A; 2HHU A; 5AQL A; 3V81 A; 4NB4 A; 4FO0 A; 2HBL A; 4UY8 O; 3HI0 A; 4DQ8 A; 3AVF A; 4JD2 A; 3MED A; 3N4Q A; 2WC9 A; 4AH9 A; 2Y1J A; 1QVG M; 3LP2 A; 1BQM A; 1GLF O; 5AQW A; 2RE2 A; 1ATR A; 4C1N K; 1BCM A; 1HNV A; 3L8B A; 4HWI A; 3MEE A; 2FSN A; 3AY9 A; 3FLC O; 1T05 A; 3T1A A; 4JNE A; 3W0L A; 5FPN A; 4GV9 A; 3RMA A; 2A42 A; 1GLL O; 2ITG A; 2O4I A; 1SL2 A; 1EX4 A; 4CZJ A; 3MCA B; 3CM6 A; 4HUE A; 3A5O C; 2QKB A; 3LAN A; 3D2E A; 4FWM A; 4OPH A; 4J2E A; 2IVO A; 3EEQ A; 2IS3 A; 3C7N A; 2D0B A; 1RDU A; 2FSK A; 2O8B A; 3VF2 A; 4BRA A; 2IDO A; 4I2P A; 3VER A; 1TAQ A; 4FJM A; 1BHL A; 2D4W A; 2QM1 A; 5AQY A; 1NJY A; 4DFK A; 4B9Q A; 2IIR A; 1XHX A; 3RMB A; 2ZJP L; 5BN9 A; 2BUP A; 4CZH A; 3QDK A; 1RBU A; 1U04 A; 5A2Q O; 3THV A; 2HHX A; 4N41 A; 3P38 A; 2FBT A; 4BDZ A; 4CHZ A; 1WAF A; 3TWH A; 2BTF A; 2VQF K; 1Z26 A; 4CJS A; 4MLE A; 4H0P A; 3SAG A; 5FDL A; 4E3S A; 1ITG A; 4H8K A; 5AQK A; 3OYI A; 4DU1 A; 4DLE A; 3VQ6 A; 4CBW A; 1WUA A; 3OYE A; 5H1S Q; 3AVI A; 4JS5 A; 1H1V A; 3ZX0 A; 4CJ7 A; 1MDU B; 1RT5 A; 3VEZ A; 3AO4 A; 1FKO A; 4IXC A; 3VGM A; 3CFP A; 3H45 C; 2ZM6 K; 3AVA A; 1D9D A; 2F4V K; 4OVL A; 2WBN A; 2P9P B; 3LL3 A; 2KTQ A; 3H08 A; 3VEN A; 4B3S K; 3ZSQ A; 3VGL A; 4CF1 A; 5BRD A; 5AFU A; 4EZ6 A; 1RDW X; 4EIA A; 3SPZ A; 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3F5T A; 1X9W A; 3G25 A; 3MN6 A; 3SUQ A; 3CIP A; 4OGC A; 4G1Q A; 2QEX N; 3PLA A; 3OS1 A; 1NGH A; 2P9I A; 3I0R A; 4OJR A; 3I33 A; 3UKR B; 4XH4 A; 4BR2 A; 2DFE A; 1IKX A; 3QO9 A; 1SKW A; 4U67 L; 1TKT A; 5EU7 A; 4FLZ A; 1VAZ A; 3FFK B; 4M45 A; 1HNX K; 1NGD A; 4JRP A; 3I8D A; 3I8B A; 3NVM A; 4JN4 A; 2HNZ A; 4CBX A; 3ZT3 A; 4HTU A; 2HHV A; 1YJ9 N; 3E1Y A; 1J9A A; 1VQM N; 3QES A; 1VQP N; 2NLX A; 2A40 A; 3V1O A; 4FWP A; 2RN2 A; 4F2S A; 4M3W A; 3K57 A; 3VEW A; 1NK0 A; 4DV5 K; 1ZBF A; 4R5P A; 4B3M K; 1S1U A; 3SAH A; 1YI2 N; 3UB5 A; 2KHO A; 3THW B; 1CXU A; 1HR0 K; 4CK2 A; 3TTD A; 3VN5 A; 3D7E O; 4Z4G A; 4C8N A; 2FC0 A; 2YV0 X; 4A59 A; 1X3M A; 2WTU A; 4DTP A; 3CCU N; 5ADX A; 3UE5 A; 2Z1I A; 5M1P A; 2UU9 K; 1HNI A; 3P4I A; 4Z4C A; 3SBT A; 4RTF D; 4WQ5 C; 4M7Y A; 1RFQ A; 1IO2 A; 1K6Y A; 2W41 A; 4I9L A; 2FF6 A; 1SS6 A; 4ZTJ A; 3ITH A; 3AAP A; 1NGE A; 3H3O B; 4W5O A; 5GAG P; 3QIC A; 4DU4 A; 5KQD A; 4FWR A; 1FK9 A; 5GAD P; 3K59 A; 4DV0 K; 1JLB A; 4KHS A; 4JI6 K; 4CGH A; 4FWN A; 3AVG A; 1VRT A; 3M1F A; 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