The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
116
|
| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YY3 K; 4DV1 K; 3J7Y P; 4JI0 K; 2VQE K; 1HNX K; 4DV0 K; 4X62 K; 2UUB K; 1FJG K; 3J81 O; 1XNQ K; 2HHH K; 3J7A P; 5BR8 K; 4AQY K; 4LF8 K; 3T1Y K; 5A2Q O; 1N36 K; 4DUZ K; 4K0K K; 4V19 S; 2UUA K; 4YHH K; 4GKJ K; 2UXB K; 2UXD K; 5LMN K; 4DR2 K; 1XMO K; 2ZM6 K; 1XMQ K; 2E5L K; 4B3M K; 2VQF K; 4DV2 K; 2UUC K; 3OTO K; 4JI4 K; 4LF6 K; 4LFB K; 4JV5 K; 1N33 K; 4LFA K; 4X65 K; 5LL6 Z; 1N32 K; 3J80 O; 5IWA K; 5FLX O; 1HNW K; 1IBL K; 4B3T K; 4JI8 K; 4LF7 K; 4X66 K; 5IT9 O; 1I94 K; 4DR3 K; 4JI2 K; 3JAM O; 1HR0 K; 4DUY K; 4JYA K; 5LMU K; 4LF4 K; 1IBK K; 1N34 K; 4LF5 K; 4X64 K; 4DR1 K; 4DR7 K; 4DV5 K; 5AJ3 K; 4DR6 K; 4DR4 K; 4DV3 K; 4KHP K; 4DR5 K; 4CVN E; 4NXM K; 4JI6 K; 2UXC K; 4LF9 K; 2UU9 K; 1XNR K; 4B3S K; 4B3R K; 4DV7 K; 4JI7 K; 4NXN K; 4JI5 K; 4DV6 K; 1J5E K; 4OX9 K; 1IBM K; 4JI1 K; 4JI3 K; 2F4V K; 3T1H K; 4DV4 K; 4CW7 B; 4LFC K; 1HNZ K; 4GKK K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZX0 A; 4FVM A; 1T6C A; 4Z4F A; 4E7I A; 1C1B A; 4L8R B; 3VQ5 A; 3CD6 N; 3OYK A; 4CEQ A; 3OJU A; 3TTC A; 4ISF A; 3ULE A; 1RTH A; 4CGG A; 3HPH A; 3PIO L; 4CZM A; 3SZ2 A; 2CH5 A; 5HOO A; 3VQD A; 3KK2 A; 1SS6 A; 2W6L A; 4RCH A; 4XH4 A; 4B1Y B; 3IRX A; 4I6M A; 3G10 A; 3BF3 A; 4GKJ K; 3DXM B; 3CM6 A; 1O13 A; 5BRF A; 4B9L A; 3M3Z A; 3LP3 A; 2UXB K; 3ZT3 A; 2HHW A; 4G1Q A; 1VQ4 N; 2ZM6 K; 2EHG A; 1KAY A; 4CF8 A; 4IO9 L; 2VQF K; 1EXQ A; 2FF3 B; 4QCL A; 2XO7 A; 3NH0 A; 3ZX2 A; 1VQL N; 3GL1 A; 3VQ8 A; 2CH6 A; 4C23 A; 4GVM A; 2HBL A; 2QK9 A; 3CJA A; 3LAK A; 2E1Y A; 2O8E B; 3P31 A; 4O4G A; 4WYB A; 4M3Y A; 3GG4 A; 4CZK A; 3TTF A; 5E41 A; 2WFB A; 1WSI A; 4CEZ A; 4DKW A; 1IBL K; 1NGE A; 2X6N A; 4BAC A; 4JN4 A; 3HO1 A; 2X74 A; 4JEP A; 3W0L A; 4FYD A; 5EVZ A; 1EWR A; 3ID8 A; 3OYB A; 5B8H A; 4IOC L; 4M41 A; 3QER A; 3RMA A; 5KRS A; 2D0P A; 3VEV A; 2GUP A; 4DR6 K; 1U2V A; 4KV8 A; 3FFI A; 4CHN A; 1T8E A; 1HJO A; 3MN7 A; 4BGB A; 5BPN A; 3RRG A; 2NNW A; 1X3N A; 3MEG A; 1ZBI A; 4JI6 K; 2I7P A; 4NB4 A; 4FZY A; 2FXU A; 3OYG A; 1JXE A; 2D0C A; 1RFQ A; 4GW6 A; 4IZ9 A; 4LD0 A; 2E20 A; 1VQM N; 2D0O A; 3WNF A; 4JI5 K; 2QWM A; 3HM8 A; 3SV3 A; 4DFM A; 1RCH A; 4JI3 K; 4JAX A; 3V1R A; 1UWB A; 1TUU A; 2P1J A; 4BDZ A; 4QAG A; 3ENH A; 3I56 N; 1TKZ A; 1G15 A; 1YVN A; 1VSE A; 2IGI A; 4C8L A; 4CHP A; 4AM7 A; 1HNX K; 4KHN A; 2F7T A; 4IFE A; 4BRC A; 1ESV A; 3HP6 A; 1XNQ K; 3OYH A; 2WC9 A; 1D9D A; 3P39 A; 4ILG B; 2Q0R A; 5AQG A; 3A2F A; 4DSE A; 4NO7 A; 3SUO A; 4AHS A; 2E8A A; 4FO0 A; 3L8B A; 2Z1H A; 1WB9 A; 3JS6 A; 1YUW A; 3MN5 A; 3AA4 A; 3K2P A; 1NG9 A; 4ICL A; 3WNG A; 4BRO A; 1VRU A; 2GV9 A; 3AA3 A; 4K42 A; 3NMU A; 1IG9 A; 2JWK A; 3NDK A; 4F9O A; 1NKE A; 4BRF A; 4E3S A; 3WUH A; 1YHQ N; 1X1P A; 2HNZ A; 4CE9 A; 4HTL A; 3IG1 A; 4OPK A; 4A62 A; 3O3G A; 4O5F A; 5C25 A; 5GAH P; 3TWH A; 1MU2 A; 4FLT A; 3CJ7 A; 1VSD A; 2OA8 A; 5DK5 A; 1ZXO A; 2W42 A; 4FLV A; 3PX0 A; 4CEC A; 4LC9 B; 2I7N A; 3JAM O; 2VWJ A; 5HRO A; 3LAM A; 4FWS A; 2HW3 A; 1NJI O; 3AO3 A; 4CJF A; 4HVJ A; 2A5X A; 3AVH A; 1OVY A; 4QS8 A; 4H0X B; 3BZK A; 2BE2 A; 3JSM A; 4DV5 K; 4EIA A; 3H08 A; 2NRW A; 5HRP A; 3TAE A; 5KTQ A; 2WTU A; 3IKM A; 3CCE N; 3E9P A; 2GEL A; 2AJQ A; 3THW A; 3KZB A; 3CFP A; 4DSJ A; 4B9Q A; 2KQ2 A; 4OPJ A; 4B3S K; 4CGJ A; 4OGE A; 4IJA A; 4JKG B; 1BL3 A; 4BC5 A; 2Q2R A; 4FWM A; 3DYA A; 3VQ9 A; 4ZTJ A; 1Q7Y O; 1F21 A; 1RT4 A; 5BPL A; 3KJV A; 4FWR A; 1W2B M; 1QQN A; 3ATU A; 2A40 A; 4N56 A; 4K8Z A; 4Z4I A; 4IO8 A; 4CER A; 3W3D A; 2XY7 A; 4AH9 A; 3G25 A; 3O3H A; 1GOB A; 5AQZ A; 4AHR A; 4BRL A; 5BR8 K; 4CBX A; 1J54 A; 4B08 A; 2IAJ A; 5SWM A; 1D4X A; 2Q1N A; 1WSF A; 3D45 A; 3WQU A; 5ADX A; 3C6T A; 4H5V A; 3VA0 A; 1SKS A; 4FJ7 A; 3UKU A; 1D9F A; 4NYN A; 2W40 A; 4OLA A; 3AAP A; 1ASU A; 4FPA A; 5KPT A; 4JS5 A; 4LFB K; 2E2P A; 4R5P A; 4DQQ A; 3WNH A; 1KVA A; 2QXF A; 1IJJ A; 4CBW A; 4CFD A; 3HOT A; 3DOL A; 4B1V A; 2Z1I A; 1QZ5 A; 4Q0B A; 3BUZ B; 1CXU A; 3ZSW A; 1JLB A; 3AVK A; 2P9S B; 2QTD A; 3SMS A; 4B9V A; 1QQO A; 3MCA B; 3DAW A; 1HNI A; 3THX A; 4DSK A; 1W7A A; 1QVF M; 5C2F A; 1N6Q A; 4Q5V A; 3OHR A; 5FPM A; 3RMB A; 3LM9 A; 1WSJ A; 3SBT A; 5I9E B; 3QLH A; 4MFB A; 3VTH A; 3GDQ A; 4BDP A; 3DRS A; 3C0B A; 4O5B A; 1U48 A; 2GX9 A; 4FJH A; 4JKA A; 4KHP K; 3OA9 A; 3C7N B; 1NK5 A; 3CM5 A; 1RTI A; 2JGU A; 3OYM A; 3EL2 A; 3VQA A; 4KH5 A; 5KGX A; 5TKY A; 5JIC A; 3BF1 A; 3V1O A; 3VQB A; 5KPZ A; 3OS2 A; 3I0S A; 4IFV A; 3O3F A; 5AFU H; 3K59 A; 3GE1 A; 3TAB A; 3I55 N; 4B9U A; 1Z05 A; 2BAN A; 3TAP A; 3ENB A; 3B6O A; 4DTN A; 3RSE A; 4M3W A; 3FFK B; 1HYV A; 3KLF A; 3FZK A; 3EYZ A; 2HHS A; 2QWP A; 4BR4 A; 2GWK A; 3OW2 M; 3DJC A; 4FZZ A; 4BVO A; 1X9W A; 1OVQ A; 3BGR A; 3EZW A; 3QEX A; 4LF8 K; 4CF1 A; 3T1Y K; 4L3Q A; 3IAY A; 3AVF A; 1QVG M; 1IKX A; 1HNV A; 4F2R A; 3O08 A; 1CZB A; 2NRV A; 5HBM A; 2O8F B; 4K25 A; 3VEW A; 1EO1 A; 4OJR A; 1RBU A; 3THY A; 1VK0 A; 4RWT A; 1UA0 A; 1BGX T; 3ZEU B; 2FLO A; 3KHY A; 1NGI A; 3KIO A; 3ENO A; 1JCF A; 3O6W A; 3CMA N; 5KPR A; 1VQP N; 4LF6 K; 4ZTF A; 3U3G A; 4JV5 K; 1BA0 A; 2D0A A; 4O8U A; 3LZI A; 3NGY A; 2AA4 A; 1BI4 B; 4KTW A; 5LL6 Z; 3OYI A; 1KRP A; 1S6P A; 2VG7 A; 4IDK A; 1QHA A; 4FPB A; 5M1P A; 4A59 A; 1EX4 A; 4CK2 A; 4YOV A; 4B3T K; 3OBW A; 3DOK A; 4B9M A; 3E9L A; 2HOE A; 2E88 A; 3BEX A; 3EE9 A; 3ATV A; 3DXK B; 4Z4E A; 3MWT A; 3LWL A; 4FJJ A; 3CIP A; 5CZ2 A; 4BRI A; 3M8R A; 2G8F A; 2FBV A; 1BG3 A; 2LSN A; 2P9I B; 4XH1 A; 5AJ3 K; 4KHQ A; 1N8R O; 4KAZ A; 4YDU A; 4DTS A; 4NXM K; 3A5O C; 3T69 A; 4FK4 A; 1BO5 O; 3QET A; 1P90 A; 4E19 A; 3CME N; 1VSH A; 1BCO A; 4IG3 A; 1NGA A; 5JLF A; 1J5E K; 3WXL A; 2V52 B; 4CK3 A; 5K14 A; 2HHV A; 5LJV A; 4AHU A; 3SAG A; 1HKB A; 2ATQ A; 1WN7 A; 2O8B A; 3R1X A; 4FW1 A; 3EO3 A; 1SZ2 A; 4GKK K; 3AVA A; 3VMF B; 4BC4 A; 1RIL A; 2HHU A; 4O0J A; 1M90 O; 3O9S A; 3QNO A; 1V4S A; 2YKM A; 3V81 A; 4AIL C; 1QQM A; 1RDC A; 1NOY A; 1C0F A; 1GLD G; 4PUO A; 2ASP A; 4K43 A; 4M3U A; 3PX4 A; 1GLC G; 1NJZ A; 1BQM A; 2G8W A; 4BR5 A; 2J4R A; 4AQY K; 3VEX A; 1VQ6 N; 3K5O A; 4I9Q A; 3ZSY A; 4UY8 O; 4K0K K; 4QS9 A; 4ISG A; 3SCX A; 2YV0 X; 1NOZ A; 3KVG A; 1VHX A; 4DR2 K; 2DFE A; 3JXU A; 1YXQ A; 4PQU A; 3ZX3 A; 3K5M A; 4H0V B; 2GBZ A; 4A57 A; 1JCE A; 3PSI A; 4KB1 A; 4DTU A; 4AM6 A; 3D2F A; 1FKP A; 1QSL A; 5IWA K; 1KLN A; 1N32 K; 1C1C A; 4FVU A; 3R8E A; 4BRA A; 3O4Q A; 4PKH A; 3SQ1 A; 3H3N O; 3EZ5 A; 2OZM A; 2HHT A; 4JI8 K; 3MN9 A; 2YHY A; 3UIQ A; 4B3O A; 2KW4 A; 2WON A; 3HZ6 A; 3QIN A; 1WAF A; 4JI2 K; 4E1N A; 4CZG A; 2KHO A; 2A1R A; 4DU1 A; 4DF8 A; 5JS1 A; 1BIS A; 3U3Y A; 3D0P A; 2QI2 A; 2IOC A; 1Z25 A; 3ZT1 A; 3DRR A; 4FK0 A; 2KFZ A; 4ID1 A; 3O9Q A; 1HX1 A; 1K8A O; 4EHT A; 4BWM A; 3BP8 A; 2WUS A; 4AHC A; 3MXI A; 2QEX N; 1VQO N; 5BRE A; 2YCH A; 4FM1 A; 3DLH A; 3O9U A; 1S1V A; 3VQQ A; 2RHK A; 1NNE A; 4H4O A; 3KLH A; 1UA1 A; 1REV A; 3CG7 A; 3CHW A; 3U9D A; 1YJN N; 4JHD A; 4Z4C A; 3LL3 A; 4JKH A; 4I9L A; 4DFP A; 1Y97 A; 1Y64 A; 4CJT A; 2BH1 A; 1S1T A; 2IVO A; 3Q7C A; 2JLE A; 4DV4 K; 4O55 A; 3AA2 A; 4EZ6 A; 1TK8 A; 3U9Z A; 3G6E N; 1TYQ B; 3TAF A; 4NCB A; 4CJQ A; 1NGG A; 1NGC A; 2ZF5 O; 4DQP A; 1E4F T; 4ELU A; 2WOM A; 4WQ4 A; 4Z0U A; 4BGA A; 4CZI A; 3RMC A; 4DWI A; 4K41 A; 1TL3 A; 1ZC6 A; 2YNF A; 3B6P A; 5FPN A; 3RWU A; 2QWN A; 4GV6 A; 4IG0 A; 1J53 A; 2PFU A; 4V19 S; 4E7J A; 1CZA N; 4JKB A; 3H6E A; 4YHH K; 1S3X A; 5FRM A; 3CF5 L; 3PO4 A; 3FLC O; 4CHQ A; 5JVG L; 4DQI A; 3SYZ A; 4K8X A; 1JKH A; 2P9L B; 4PA1 A; 4H0P A; 3HYF A; 5M1Q A; 4C8M A; 4WCE L; 1RBR A; 1KSP A; 3NHG A; 1GOA A; 2A1S A; 3BY5 A; 1NK7 A; 4KH6 A; 3E1Y A; 3WEE A; 1ITG A; 3SBG A; 3UKR A; 5HL7 L; 3FZM A; 3SUQ A; 4BRD A; 2D5R A; 1TKT A; 4YOT A; 3AVG A; 2VYP A; 4DR3 K; 1K8K B; 4DUY K; 2PY5 A; 1EP4 A; 3WXK A; 3KKR A; 3A0I X; 5E84 A; 5LMU K; 3CC7 N; 3EEQ A; 1N34 K; 3P83 D; 5FRN A; 2PYL A; 1RDD A; 3ZT0 A; 4FJI A; 3ZET B; 5BRH A; 5AQQ A; 1IH7 A; 3VGL A; 3QFU A; 4H0O A; 2HHX A; 1JLG A; 2P9N B; 4FLX A; 3LDL A; 4FWL A; 4JS4 A; 5C15 A; 3R6M A; 4FWQ A; 5HLF A; 3G4S N; 1ATN A; 4W5N A; 3K5N A; 1RBV A; 4JI1 K; 4W5Q A; 1H1V A; 3WXJ A; 4KHU A; 2DFH A; 3CXC M; 3P38 A; 1HNZ K; 2IS3 A; 2XY6 A; 1TUY A; 1YIT N; 4HTU A; 5AFU A; 3NF6 A; 4FW2 A; 1X9S A; 3ULE B; 2HVI A; 1LAW A; 2ASO A; 3TPQ A; 3J8A A; 2PBD A; 3O5B A; 1JL1 A; 1RT1 A; 1HUX A; 3WQT A; 3AGK A; 4IDH A; 3O8M A; 2G8H A; 5A2Q O; 4O44 A; 4I6M B; 4CZE A; 3I8D A; 4CJP A; 1LW0 A; 2GUI A; 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3KK1 A; 1KVC A; 4CBU A; 3L3U A; 1XQS C; 1ZYQ A; 3K0S A; 3J81 O; 3TAM A; 5GIP A; 3QEV A; 1Q81 O; 4RW4 A; 4NYF A; 2IIR A; 2VGN A; 1LWE A; 1S1X A; 3HVR A; 1C0U A; 3AV9 A; 3ZT2 A; 1RBS A; 2KZZ A; 1XUP O; 2UXD K; 1EQY A; 3V9X A; 3VEN A; 2NRZ A; 3HP9 A; 3A5L C; 3DWL A; 5M1O A; 4ELV A; 5J2N A; 1ATR A; 3KD1 E; 3ZSO A; 3G71 N; 1VQN N; 4FWK A; 1Q86 O; 4JD2 A; 1LW2 A; 1IKV A; 3WNE A; 2OPS A; 2OTL N; 4H03 B; 1NMN A; 4F3O A; 4Z94 A; 1FKO A; 4A2B A; 3BZC A; 5AQR A; 5J2M A; 1WSG A; 3VQP A; 3C7N A; 3SAF A; 1JCG A; 4JKC A; 3SPY A; 5IT9 O; 4F2S A; 4AHV A; 2B4J A; 1NKC A; 3LPU A; 3OY9 A; 4JYA K; 1IBK K; 1HKC A; 1LOT B; 4CZH A; 3AAQ A; 3OYE A; 1YTA A; 4X64 K; 2E6L A; 4JK7 A; 1A5W A; 4DR7 K; 4J2D A; 3SLC A; 4MQ3 A; 3L2R A; 4G9Z A; 3THW B; 4JKD A; 2E4L A; 4ID5 A; 2V7Z A; 2XHB A; 3FZF A; 3QIC A; 3AVN A; 5TKW A; 5AZJ A; 4DSL A; 3TTD A; 2D1K A; 3KLE A; 4BR0 A; 3MEC A; 4MDA A; 4DG1 A; 3NVM A; 1SL0 A; 3VGK A; 4FLZ A; 4DU3 A; 4WQ4 C; 3FGU A; 1S1W A; 2IDO A; 2D0B A; 1YIJ N; 4BG8 A; 3HM9 A; 1P8Z A; 5JVH L; 4M3X A; 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