The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
116
|
structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
|
| structure length |
116
|
| sequence length |
116
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNZ K; 3J81 O; 2HHH K; 4JI8 K; 4LF8 K; 4CVN E; 3T1H K; 2UUB K; 3J7A P; 1XMQ K; 4DV5 K; 1XMO K; 4JI5 K; 2VQE K; 4K0K K; 4GKK K; 5LL6 Z; 2UU9 K; 4DV3 K; 4JI4 K; 5A2Q O; 4DV6 K; 1N36 K; 4NXM K; 4LFB K; 1FJG K; 3JAM O; 4DV0 K; 5LMN K; 1HNX K; 4AQY K; 4DR6 K; 4DV4 K; 4NXN K; 3OTO K; 4B3M K; 4DUY K; 1N32 K; 4YHH K; 4LFA K; 4DUZ K; 2UXC K; 1N33 K; 4KHP K; 1IBK K; 4DR5 K; 2UUC K; 1XNQ K; 3J7Y P; 3J80 O; 4DR7 K; 4DR2 K; 4YY3 K; 1HNW K; 5BR8 K; 2E5L K; 4JI3 K; 4DR4 K; 1IBM K; 4LF9 K; 4DV7 K; 4JI2 K; 4JI7 K; 2F4V K; 4X64 K; 2VQF K; 4OX9 K; 4LFC K; 4JI6 K; 4GKJ K; 3T1Y K; 2UUA K; 5AJ3 K; 1J5E K; 1HR0 K; 5FLX O; 4DV1 K; 4V19 S; 4X62 K; 2ZM6 K; 1IBL K; 5IWA K; 4B3S K; 2UXB K; 1N34 K; 4JV5 K; 4DR1 K; 4LF7 K; 4JYA K; 1I94 K; 4JI0 K; 2UXD K; 1XNR K; 4B3T K; 5LMU K; 4X65 K; 4B3R K; 4X66 K; 4DR3 K; 4LF6 K; 4LF4 K; 4DV2 K; 4LF5 K; 4JI1 K; 5IT9 O; 4CW7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HKC A; 1CXU A; 3P4I A; 1MWK A; 2HB5 A; 3A2F A; 3CJ9 A; 3SNN A; 2IGI A; 4CJW A; 5AQW A; 1SL1 A; 3PO5 A; 2KFZ A; 2BUP A; 1WBB A; 2CGJ A; 3AVK A; 3O4N A; 4FLV A; 4BRA A; 4OKK A; 3U3G A; 4KRF A; 3IS9 A; 3O4Q A; 3ATU A; 2UU9 K; 5FPN A; 4H8K A; 4BQZ A; 4H0O A; 2J4R A; 2IVO A; 1U49 A; 1N5Y A; 4Q0B A; 3NF7 A; 4KTW A; 4AHU A; 4K8Z A; 4CJF A; 2YHX A; 1Q9Y A; 1TUU A; 2WUS A; 5LMN K; 5BPM A; 4A2A A; 4DV4 K; 3HP9 A; 4F3T A; 4IFE A; 4DUZ K; 2BAN A; 3G25 A; 4RW6 A; 3A5L C; 3QIP A; 1W97 L; 1ASV A; 4FWQ A; 1CXQ A; 1NJY A; 3CJA A; 4KB1 A; 4PUO A; 3EEQ A; 3SPZ A; 3K57 A; 4BDZ A; 4LSL A; 3S41 A; 2AA4 A; 3B8A X; 4CJV A; 3CFR A; 3AO4 A; 1RT2 A; 3F73 A; 3V9U A; 4ISG A; 3L3V A; 4KH6 A; 4CJU A; 3KK1 A; 3TAR A; 4YOU A; 4FLU A; 2QKK A; 4B9Q A; 3HT3 A; 1SQK A; 3KIO A; 1VSI A; 4GKJ K; 1Q7Y O; 3VQB A; 3C6H A; 3DXK B; 5AQQ A; 4N47 A; 1QZ5 A; 4DTO A; 2OTJ N; 4H03 B; 4X62 K; 3OBW A; 2Q97 A; 3TAF A; 1EP4 A; 3NH1 A; 4IDH A; 3DI6 A; 4KTZ A; 3AVN A; 2F8S A; 1XI1 A; 4DR1 K; 4GV9 A; 2P9P A; 4JKD A; 4UQG A; 4J2B A; 2GUP A; 3AY9 A; 3A5N C; 4IO9 L; 5BR9 A; 1RT7 A; 3GDQ A; 1W2B M; 4YOX A; 5HRN A; 2CH6 A; 2GX9 A; 4FJ8 A; 3O8M A; 4N76 A; 3LDP A; 4GY2 B; 2YKN A; 4YOT A; 3LAM A; 4WYB A; 3ZT4 A; 1GLD G; 1NMD A; 1TUY A; 4KHY A; 1C0M A; 4BG9 A; 1KLN A; 1L3S A; 5TKW A; 4CEB A; 3H45 C; 1CZB A; 4IO8 A; 1YJW N; 2HBK A; 3M6G A; 3V4I A; 4CHZ A; 1WBD A; 3SMP A; 2FBV A; 4E1J A; 2A42 A; 3CHW A; 4M7Y A; 1HX1 A; 5CZ1 A; 5AZI A; 3OVN A; 2RPI A; 2F96 A; 4BRG A; 3QEW A; 3VEO A; 1ZXO A; 1NGI A; 3HK2 A; 1XC3 A; 2O8D A; 1NM1 A; 1EXQ A; 3WEE A; 4PY5 A; 2YHB A; 3ZSY A; 3NAE A; 4IBN A; 4FWL A; 1YAG A; 3T7Z A; 1TV6 A; 2HNY A; 3T1A A; 1S6P A; 3QBX A; 4DR7 K; 2E8A A; 1R0A A; 4K43 A; 4CED A; 3UE5 A; 3VOV A; 3KZB A; 4RW4 A; 3KK2 A; 4UY8 O; 1Y97 A; 2D4W A; 3FGU A; 4K25 A; 3CC4 N; 3NVK A; 2KKZ A; 3THW A; 4JD2 B; 4FXD A; 3SBT A; 1WSI A; 2HHT A; 3VF6 A; 4OX9 K; 5EX5 A; 3O6W A; 2P9K A; 2Q0U A; 3BUZ B; 1IJJ A; 1NJW A; 3ASM A; 3UKU B; 5LY3 A; 3V81 A; 5ADX A; 1GLJ O; 5FLX O; 4BRF A; 4DV1 K; 5LJV A; 4BR2 A; 4FLX A; 3V1O A; 3CCL N; 4E3S A; 4B9L A; 4NB4 A; 3BY5 A; 4EHU A; 3HO1 A; 1GLA G; 4CJR A; 1C0U A; 4ILH A; 1EKE A; 1HQU A; 4JYA K; 3C94 A; 5KGW A; 4BE1 A; 3ZT1 A; 1JLQ A; 5JVH L; 4LF4 K; 3KLF A; 1BL3 A; 3HSC A; 5BN8 A; 5HL7 L; 2P51 A; 3G6E N; 3A5O C; 4CGI A; 1VQ9 N; 2WOM A; 2YCH A; 1VSH A; 2OPR A; 1Y64 A; 3K0S A; 1DKG D; 3WXI A; 2UUB K; 3HOT A; 4CEQ A; 2ZJR L; 2ZWH A; 1QSL A; 2XY7 A; 4WQ5 C; 4CJK A; 1NK5 A; 3MN6 A; 3ZX2 A; 1N36 K; 1QQM A; 4IJN A; 3QFU A; 4BRD A; 1FJG K; 1S1U A; 4FJ9 A; 3BP8 A; 3BZC A; 1NGG A; 3VQC A; 3AA5 X; 2OCE A; 4HUF A; 4DTP A; 1K6Y A; 2QWR A; 3DJC A; 3LAN A; 3TI0 A; 4DUY K; 4CBX A; 3OA9 A; 2QA4 N; 1WSE A; 3L6Q A; 3AVF A; 2Y1I A; 1VQO N; 4BRI A; 1RNH A; 3ULE B; 5KRT A; 3E66 A; 4DR5 K; 2P5G A; 4AM7 A; 3VES A; 4QS8 A; 5JLF A; 4GVE A; 4YY3 K; 1HNW K; 5M1F A; 4KAZ A; 4A57 A; 2E5L K; 3O9S A; 2NRH A; 5CHI A; 1Q82 O; 2NRT A; 2HF4 A; 3FE1 A; 2G8V A; 4DV7 K; 1ZBU A; 3FZL A; 3HVT A; 3CJB A; 1FW6 A; 2YHW A; 3SBG A; 4JKG B; 3LDQ A; 3WUH A; 4BGA A; 1Z26 A; 1P90 A; 1LCU A; 3A0I X; 1WUA A; 4IOX A; 5AJ3 K; 3NGZ A; 3LM2 A; 1HRH A; 3ZSO A; 3L2W A; 3M5R A; 2UYT A; 1VSD A; 4H5R A; 3ZET A; 5C25 A; 4CGH A; 4MO4 A; 3PV8 A; 3TAB A; 2ZM6 K; 4KHU A; 2YV0 X; 1IBL K; 3V9Z A; 4CD3 A; 3KWI A; 1VQ6 N; 1LV5 A; 2P9U A; 1JLE A; 4MDB A; 3F9K A; 4DFK A; 2OPP A; 3CCQ N; 5LJW A; 2VG7 A; 4YOY A; 1NOY A; 4MO5 A; 5C2F A; 4OPH A; 4LF6 K; 4B9N A; 1XC9 A; 2FBT A; 2F9W A; 3MMV A; 3NF6 A; 1MDU B; 3SQ4 A; 3AVJ A; 2YJE A; 3D2F A; 3AO5 A; 1WOQ A; 4CZL A; 1SKR A; 3TAM A; 4IWV A; 5T7B A; 5HRR A; 2D0A A; 3AAP A; 3CPW M; 1XMO K; 3CJC A; 1KAZ A; 1KVC A; 4KV8 A; 3THX B; 1VSK A; 3CM5 A; 1UA0 A; 3UKR A; 3EO3 A; 1SUQ A; 4GVM A; 4HTL A; 3TTF A; 2FXU A; 2NNW A; 3NH0 A; 4M3T A; 3DXM A; 1SZ2 A; 4M3Y A; 2JWL A; 4M3U A; 4IXC A; 3WT0 A; 4CCH A; 4WQ4 A; 2D1K A; 4BVO A; 3LZJ A; 2HHW A; 1BUP A; 2KFN A; 4DHY A; 4BRH A; 3OS1 A; 2QWQ A; 2O4I A; 1L3U A; 3RSE B; 5BRF A; 5JS2 A; 3NH2 A; 4K8X A; 4L8R B; 3JS6 A; 1EQY A; 5BPL A; 2VGM A; 4DQP A; 1QTM A; 3FZM A; 5B8H A; 3KKR A; 4H5T A; 4BQL A; 1RDU A; 2HHU A; 4CGJ A; 1NK6 A; 1X3N A; 4CK3 A; 4BE2 A; 4JK7 A; 1QSS A; 1GOC A; 1NNE A; 2P9I A; 2GEM A; 2HF3 A; 4Y0W A; 3CCE N; 3U4L A; 5ADX H; 4C8L A; 3BF1 A; 3I56 N; 5AQO A; 3RWU A; 3NBP A; 1CLQ A; 1TL1 A; 4MFB A; 2HHX A; 3V9X A; 4N41 A; 1X3M A; 4AH9 A; 2B4J A; 2GWK A; 3D2E B; 5F2R A; 3CCJ N; 4G9Z A; 1S9G A; 3DOK A; 4RTF D; 3KLG A; 3VQD A; 3SUQ A; 1QHA A; 1IH7 A; 4ISF A; 1U45 A; 3B6O A; 2Q3S A; 4FL9 A; 3MED A; 3LWM A; 5DK5 A; 2IS3 A; 3WNH A; 1RT4 A; 5JMV A; 4KHS A; 1GLF O; 3OYK A; 4K41 A; 1EWQ A; 1SAZ A; 3D7E O; 1NGJ A; 1BG3 A; 1IKY A; 2HVI A; 4IEE A; 4BC5 A; 5CZ2 A; 4DMN A; 3OHR A; 1QS4 A; 5AQG A; 1K8K B; 4GV6 A; 4Y1D A; 1T03 A; 3CD6 N; 3QIN A; 1QE1 A; 4CEA A; 2P1J A; 2X78 A; 3VEN A; 3AA2 A; 4Z4H A; 3TR8 A; 4DB3 A; 3QET A; 3S3M A; 5AQN A; 3SUO A; 5AQZ A; 3JSM A; 4F2S A; 1VQN N; 4KI6 A; 4DWI A; 4M3W A; 1T6D A; 4AQY K; 3HPH A; 5DMR A; 2DY4 A; 4H4O A; 3WNF A; 1YTA A; 3P5J A; 3PIO L; 4CZH A; 3KK3 A; 5KI6 A; 2X74 A; 4PKI A; 4JHD B; 2O8C B; 3MX5 A; 2D0P A; 4A2B A; 2CGL A; 5TKY A; 4CJS A; 1K8A O; 3J7Y P; 4F3O A; 3FFI A; 4WQ5 A; 4CF1 A; 4DS4 A; 2OTL N; 1HKB A; 4BC3 A; 4YNQ A; 2P5O A; 1JXE A; 1GOB A; 5AQH A; 4FLZ A; 3U3Y A; 3EY1 A; 5KPT A; 5J2N A; 1NG9 A; 1IV0 A; 4L3Q A; 4CFC A; 3OYH A; 4NLC A; 1QQO A; 4AHR A; 1RTI A; 1BCM A; 3ZX3 A; 4LFC K; 3VGL A; 3O9Q A; 4Z4F A; 4FWO A; 2AP1 A; 1IKX A; 4FPA A; 3G0Z A; 4DKW A; 3KLI A; 4CE9 A; 1HUX A; 5FPE A; 5M1N A; 1C0F A; 1W9H A; 3C6A A; 2EX3 A; 1RCH A; 4FJL A; 2A41 A; 1ATN A; 1JLG A; 3ZCM A; 1ZBS A; 3K5L A; 4BRK A; 3IUC A; 1VQ8 N; 1BI4 B; 1VQ4 N; 2PY5 A; 1VQ5 N; 3VEX A; 3AAR A; 1XNR K; 4B08 A; 4C8K A; 1A5X A; 4BRN A; 4MLE A; 4BC2 A; 3CCV N; 2F7T A; 1EWR A; 4C1N K; 4A5A A; 3VF2 A; 3O3F A; 3K5M A; 2CH5 A; 2IC3 A; 3CYM A; 4WF9 L; 4M42 A; 4B1Z A; 3WXM B; 4CF9 A; 3ITH A; 5M1O A; 2QWO A; 4JD2 A; 3ZEU A; 3J81 O; 4O8U A; 4G1Q A; 4DSJ A; 4YDU C; 3M3Z A; 1XMQ K; 3M1F A; 4E0D A; 2RF2 A; 4CHQ A; 4FW2 A; 4CFB A; 4B9V A; 2G8I A; 1BIU A; 3PUF A; 2I5J A; 5CY4 A; 4AIL C; 3THV A; 4BRE A; 4I2Q A; 3SCX A; 4DCH A; 2NRW A; 1BOT O; 1BCO A; 2ATQ A; 1ASU A; 1J5O A; 3CQY A; 1NWK A; 3S3N A; 1NKB A; 1S3X A; 3AV9 A; 4CHO A; 3T69 A; 1HNX K; 3SV4 A; 4CHN A; 4FJM A; 2JGU A; 1DTT A; 2IAJ A; 4OGE A; 3OJU A; 3P39 A; 5I42 A; 3RVC A; 2KTQ A; 4C8N A; 3LP3 A; 3QER A; 1NK9 A; 4BG8 A; 1ATR A; 3C6T A; 1A5V A; 3ISN C; 1SL2 A; 2HBM A; 4NLB A; 1OKJ A; 4OKJ A; 1X9J A; 2FSN A; 2OYQ A; 4KTQ A; 2OZS A; 4DR2 K; 3O9U A; 5EU7 A; 3W3D A; 4NYN A; 1GLB G; 1TGO A; 1S6Q A; 1QQC A; 1GLC G; 4F2R A; 3OBY A; 3OY9 A; 4DQ8 A; 2F4V K; 5AQU A; 1HNI A; 4JEP A; 5AQX A; 1XUP O; 3HOS A; 3CJ7 A; 2ASP A; 5AQV A; 2V7Z A; 1C1B A; 3I0S A; 3HRG A; 3DRR A; 1ZBF A; 3HBT A; 3KLE A; 1ZYQ A; 2P9L A; 1VSM A; 1NU0 A; 5M1P A; 4EIA A; 4OVL A; 2F8T A; 4DTX A; 5HRO A; 5M1Q A; 1SL0 A; 3UIQ A; 3VQ6 A; 3ZSX A; 1I94 K; 3VQ8 A; 1JCF A; 2OPQ A; 5I3U A; 3ULE A; 4DSE A; 3TAG A; 4IJA A; 4RCH A; 4CHY A; 3CIP A; 1FKO A; 1NLV A; 1G99 A; 3C0B A; 4GMJ B; 4FOI A; 3VQ7 A; 1DLO A; 2QI2 A; 4H5V A; 3DLG A; 3TSQ A; 3K59 A; 2RE2 A; 3O9R A; 3EYZ A; 3AAQ A; 2D0B A; 4E19 A; 1D9F A; 4KFB A; 1RBS A; 1TYQ B; 4JKG A; 4H0T B; 4QS7 A; 1WAJ A; 1KFD A; 4H0P A; 1WSF A; 4WQ4 C; 4JS4 A; 4DV6 K; 1JJ2 M; 4KI4 A; 1LWC A; 4JKB A; 5AQS A; 3C65 A; 5K14 A; 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3O08 A; 3OJS A; 3D2E A; 1XWL A; 3OYC A; 3NF9 A; 3HZ6 A; 2P9N B; 2GUI A; 2IDO A; 1A5W A; 4H0V B; 4H0X B; 5J2Q A; 4BR5 A; 4OPJ A; 4B3M K; 4YHH K; 3N4Q A; 1D9D A; 1KSP A; 3JYT A; 4Y1C A; 3HST B; 4FZZ A; 1HYZ A; 4FSV A; 5AZJ A; 1HMV A; 4YDU A; 2FC0 A; 1NK7 A; 1WSG A; 4OPA A; 1VQP N; 4J2A A; 4FZY A; 2BTF A; 3WNG A; 3HJF A; 2W40 A; 4O55 A; 5KQ8 A; 1YT3 A; 3ENH A; 4JRQ A; 5KTQ A; 2KHO A; 2E6L A; 2PFU A; 1V4T A; 3ZLJ A; 3AO3 A; 3EKU A; 4BGB A; 3NCI A; 4AHT A; 4MDA A; 1WB9 A; 1WN7 A; 4JI7 K; 4XH1 A; 4CK1 A; 4IFY A; 3H3O B; 4M3R A; 5HRP A; 2PZS A; 1IKW A; 3SLC A; 3FZF A; 4A5B A; 2HHQ A; 4YOV A; 3SQ2 A; 3BEX A; 3L2Q A; 4CZI A; 1HR0 K; 4B9T A; 2RKI A; 3DRS A; 5FDL A; 2HHS A; 4JLH A; 2E6M A; 1NGA A; 4DQQ A; 3L0Q A; 3TPQ A; 3I33 A; 4CJ4 A; 2A1R A; 3L2V A; 3MWT A; 4JRP A; 2XHB A; 4W5O A; 1NGB A; 4JHD A; 2UXD K; 3DLH A; 4FJH A; 4DQS A; 3UB5 A; 4CJL A; 3E9L A; 4E89 A; 1T44 A; 4DU1 A; 4IG0 A; 4FZX C; 4BRL A; 2E1Y A; 2Q0R A; 3CI5 A; 3LDL A; 2ZF5 O; 2Z1H A; 3H46 O; 1FK9 A; 5ELZ A; 1XHX A; 4CW7 B; 4E7L A; 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