4E19A

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
molecule keywords ribonuclease H1
molecule tags Hydrolase
source organism Halobacterium salinarium
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e19A00
2Q3SA 3LDSA 2WONA 4N41A 4DQPA 3C95A 3G10A 3LANA 5DMRA 2RKIA 4CF2A 4OPKA 3SUNA 4OKEA 3DRPA 3NAEA 4DTMA 3IS9A 4O0JA 3SQ0A 1RT2A 3KLGA 4FJIA 2OZMA 4Z4GA 1S1XA 3E01A 4DFKA 1S9EA 2HHWA 3AA4A 4CJQA 1XHZA 4DSKA 3AVMA 5SWMA 1S6QA 2VG5A 3HP6A 1TK0A 4ELUA 2KZZA 2FC0A 3PUFA 1BI4B 1D9DA 3ULDA 1NK8A 4DQSA 3V1OA 3ITHA 4DSJA 4IKFA 1ZBHA 2AJQA 1RT5A 3QERA 4BDPA 1BCMA 2I5JA 1BI4A 3G0ZA 3AVLA 1HMVA 2Y1JA 3ALYA 2HHXA 4PA1A 1XI1A 4KI6A 3RMDA 4E0DA 3PO5A 3BDPA 1J54A 3P5JA 1ZBIA 3U3GA 4KO0A 1B9FA 1W0HA 3MXMA 1Q9YA 4M3YA 2OYQA 1S1VA 5HRSA 3L2WA 3T3FA 4KFBA 3AO5A 4HHTA 1D9FA 2OPRA 3NBPA 3TARA 4F4KA 1KLNA 1IKVA 3HYFA 3SZ2A 4DQRA 4CCHA 4DWIA 4CIGA 4FW1A 3IG1A 1TV6A 3L3VA 4HVJA 1SKRA 4I2QA 3VQBA 2Y1IA 2P51A 4FLUA 2P5OA 4ID1A 3H08A 3V9WA 4Z4IA 4FZXC 3MAQA 2FBVA 2IC3A 2R7YA 2HVIA 1HQEA 3K5MA 1BQMA 4FLTA 3IRXA 4LD0A 1KCFA 2X6SA 3ZSWA 3NGIA 1C1AA 1EXQA 1NOZA 4ZTFA 4FJLA 2WOMA 4RW6A 1RTDA 3OVNA 2GV9A 4FYDA 2HHTA 4M3ZA 4FJJA 3HPOA 2FBXA 1NK7A 3LZIA 4RW4A 3HK2A 4E19A 3KIOA 1NK4A 3DLBA 3BGRA 1SUQA 4WE1A 4E89A 3TAFA 2ETJA 5KGWA 1FKOA 2VG7A 1TL3A 3S9HA 1K6YA 1UAXA 3TAGA 3DLHA 4OLAA 4B9LA 3DMJA 4DU1A 5KGXA 2G8VA 3I0SA 3KLIA 3VQ6A 1LV5A 4I9LA 1VSKA 2X78A 3P83D 1HNIA 5C24A 1TKXA 3DLRA 2OPPA 4H4MA 4MFBA 4OGCA 4CK2A 3NH1A 3V9ZA 4DQQA 1T05A 4J2AA 4IFYA 3AO3A 3K59A 3F73A 1YTAA 4DS5A 4LSNA 1QHTA 4CGGA 3K57A 4N56A 2GBZA 1FXXA 4Y1DA 2LSNA 1T03A 2D0CA 4EP4A 1D8YA 2X6NA 3AVAA 2G8IA 4M3TA 1Z25A 4CK1A 2FBYA 4B3OA 4CJ4A 4B9MA 4CJSA 1RT1A 1SL2A 4YNQA 4K8ZA 3HT3A 1RBTA 1U48A 3NCIA 3VQ7A 4I2PA 1B9DA 1A5XA 5KRTA 3RMCA 3I0RA 2XY6A 3LZJA 3A2FA 3JYTA 1QE1A 2XRIA 4IDKA 4QOZB 3DYAA 3VQDA 2FBTA 2XY8A 3LPTA 2PY5A 5I3UA 2HHUA 4DU3A 1TKZA 1JXEA 3ZSOA 4DSFA 4KRFA 4M42A 2D0BA 2IGIA 3CG7A 4CGDA 4CHYA 1RDDA 1SKSA 4Q0BA 4DU4A 4Z4EA 4ID5A 4O4GA 1U49A 3AO4A 1HQUA 3L8BA 1NK9A 1L3VA 1RT3A 4KHSA 1NK0A 5HRPA 2A1SA 2YNGA 2PYLA 2Z1GA 1X9WA 3ZSZA 1ITGA 1L5UA 3AVCA 5T7BA 3MEDA 3OYFA 4C8KA 1YVUA 4M3UA 1WAJA 2KFZA 4W5QA 3VQ8A 3UIQA 3OS0A 4NCGA 3MXJA 2XY5A 3L2VA 3ZT4A 4FJKA 3TANA 1J9AA 1JLEA 3NF7A 4EP5A 4DQIA 4CGIA 3NH2A 1HJRA 3NF6A 4HCBA 3MECA 1RTJA 2VWKA 1Y97A 3U6FA 3C6TA 4CEAA 4E7KA 1L3UA 3AVNA 4CF1A 1TK5A 3RMAA 2DY4A 1WLJA 4KV8A 1LWEA 1BCOA 1EX4A 2HNYA 2PZSA 3OYKA 3ISNC 2QKKA 4DMNA 1IKWA 1O1WA 3HPGA 4QCLA 1IH7A 1ZBFA 3LP3A 3HPHA 4JS5A 3LP0A 4L8RB 2OPQA 3AO2A 1S6PA 4CHOA 2E4LA 1JL1A 4AHVA 3V81A 3S3MA 3SJJA 4C8LA 1UOCA 3V1RA 1QSLA 3ZSVA 3NGZA 4CEOA 4J2DA 3ZCMA 2YNHA 4B9UA 1GOAA 2QKBA 3SI6A 3OYDA 3O4NA 3SYZA 2JLEA 1S1TA 3VQ9A 4CEQA 3JSMA 1NK6A 1JLAA 3PO4A 4B9SA 2KTQA 1RCHA 3T19A 4FW2A 4KHNA 4M3XA 2PYJA 1VSFA 4ZHRA 4LSLA 3L2UA 4FLXA 3HO1A 4E1MA 2YKMA 1RDCA 4FK4A 3SQ2A 3QEPA 3NE6A 4DLGA 3S3NA 4FJGA 3OYIA 5KI6A 2E6LA 3WNFA 5J2NA 3V4IA 1X9MA 3SPZA 3S3OA 2G8UA 4KHUA 1BL3A 1QTMA 4B9VA 5FDLA 2RF2A 3I8DA 3EZ5A 4M41A 1R0AA 3SCXA 3V1QA 1RDAA 4C8NA 4BDZA 4DS4A 3DOLA 5J2PA 4Z4FA 3RRGA 1C0UA 1F21A 1RDBA 1RTHA 4B08A 4BE2A 2G8HA 1DLOA 3LWLA 4EZ6A 4HUFA 3K2PA 3LP1A 1C1BA 4IFVA 4CEFA 4CFBA 3O3FA 4JRPA 4FM2A 1IKYA 3MEEA 3K5OA 4KREA 1LW0A 3TR8A 4FM0A 1WSIA 5CZ1A 4DTPA 3PX0A 1WSEA 1VSHA 1XC9A 3RWUA 4N76A 4DSLA 4DFMA 3QETA 1RBUA 3RMBA 4BWJA 3KTQA 5CY4A 1NJXA 4C8MA 2Z1IA 5DK5A 4OKKA 2DFHA 5FROA 1ZBUA 1RNHA 4KTZA 4AHSA 4AHCA 4NCAA 1YT3A 4ICLA 1RTIA 2VWJA 1CLQA 3KKRA 5J1EA 1S1WA 1RT4A 4DTNA 4FZZA 2ITGA 5C25A 4NYFA 1RBRA 1I3AA 1XWLA 3HP9A 3SQ4A 4F2SA 3DRSA 1QSSA 1X9SA 3SUOA 1ZBLA 4UQGA 3IAYA 5JS1A 3CM6A 2GUIA 4CJ3A 4J2EA 4ELVA 3V6DA 2A1RA 3NHGA 3KLHA 2D5RA 4BDYA 5HRNA 2EHGA 3OS2A 3PX6A 1UA1A 4KTQA 2KZMA 5SZTA 4E1NA 2OA8A 4YFUA 3EY1A 1LWFA 1BGXT 2ZD1A 3OJSA 4DSEA 4DSIA 1SKWA 4CHZA 4JS4A 1HYVA 1X1PA 3KK3A 4OPJA 1JLFA 3HVRA 4FK2A 1TGOA 3SUPA 2HHQA 4CK3A 1LAWA 1TVRA 1TK8A 1HYSA 2DFFA 4O44A 1HNVA 4OJRA 1ZYQA 4AHRA 3LP2A 4DTSA 4NYNA 1A5WA 4BE0A 3ZT2A 3D45A 3QIPA 1Z26A 2W42A 2YKNA 4FLZA 1SL1A 2KQ2A 5J2QA 1VK0A 3V9SA 4B9TA 4CJLA 1QQCA 3AV9A 3K5LA 4N47A 4Q5VA 1U47A 3KD1E 3HM9A 3VA3A 1RBVA 3WNEA 1ASVA 3SQ1A 1VSMA 3T1AA 3V9XA 4IBNA 4TSXA 4FLYA 3KD5E 3VN5A 3RRHA 4FZYA 4M3WA 4CEDA 5HP1A 4B9NA 2HHSA 5JS2A 3AVHA 3QLHA 1I39A 4I7FA 3K5NA 2D0AA 1DTTA 3LAMA 4DF4A 4JRQA 3VQCA 4O55A 1NOYA 3AA2A 1VSJA 1KRPA 4OLBA 1GOBA 4KTWA 4CJUA 4DTOA 3CFOA 4CJVA 1JLGA 1WNSA 1BQNA 1U04A 2ZQBA 3QINA 3HXMA 4ZTJA 2RPIA 2BANA 1S5JA 4B8CA 1KFSA 2IDOA 4CESA 4GMJB 4BACA 3ZSQA 4OGEA 3OYAA 3TAQA 2HVHA 3NF9A 3OS1A 2F8SA 2HB5A 1J5OA 1EETA 3CFPA 4CHPA 2YHBA 3AA5X 1JLQA 3U3YA 2P5GA 4GVMA 4CFDA 3CYMA 3RR8A 2XO7A 5D3GA 4PQUA 1W9HA 4E3SA 3NFAA 3OYBA 3B6PA 1IO2A 1T8EA 2KW4A 3M8RA 4M3RA 3QESA 1LW2A 4CE9A 3HL8A 3DI6A 4AILC 1N6QA 4W5OA 4O5BA 4FXDA 3AVKA 1VSDA 2IS3A 1TAUA 3V9UA 4AH9A 4XIUA 1S1UA 4G1QA 4CFAA 4CJWA 4HCCA 1WAFA 2YNFA 1UA0A 2BDPA 2BE2A 3OJUA 1L3TA 4FK0A 3ASMA 4JLHA 3K58A 2F96A 2IOCA 4FJ8A 2O4GA 4KB0A 4FJXA 1J53A 3DLGA 2DFEA 4LH4A 4DTRA 1KVCA 2Z1HA 3VQPA 4CJ5A 4CEZA 3FFIA 4B8AB 3L2QA 3CQ8A 3OYEA 3M8QA 1WSHA 4CFCA 4F2RA 1C1CA 2O4IA 1WSJA 1KTQA 5HBMA 4E7IA 1ASUA 1QS4A 1L3SA 4FJMA 3AVFA 4CGJA 4KHYA 1NKEA 1VRTA 2VG6A 3DLKA 4BWMA 2HHVA 3VQQA 3O4QA 1BISA 3L2RA 3TI0A 4FCYA 1JLBA 1VSLA 2B4JA 2OZSA 3CM5A 1D5AA 1Q8IA 4CGHA 4CJFA 4N5SA 5FRNA 1HPZA 4AHTA 1RT6A 4O0IA 4CJPA 3D0PA 4KHWA 4OKJA 3AVBA 4W5NA 1BIUA 3HVTA 1YTUA 1U45A 3MEGA 1IKXA 3ZT0A 1C0MA 1JXBA 3QEIA 4CJKA 4MQ3A 4DFPA 2ATQA 4KKOA 4PY5A 3SV3A 4CJEA 3TAPA 3OYNA 4NCBA 2IAJA 3LAKA 4CECA 3AVIA 1A5VA 4ELTA 4FJ9A 4C8OA 3C6UA 3EYZA 4F3TA 3NDKA 2YV0X 3DRRA 3L3UA 3VQ4A 4OVLA 1FK9A 3M8SA 5CYQA 1TKDA 4KPYA 4PWDA 3PV8A 1WN7A 4E7LA 1KVBA 4DTJA 4W5TA 2YNIA 1NJWA 4RG8A 3OYCA 1VSEA 1FKPA 1TAQA 3PY8A 3CFRA 2G8KA 3TWHA 5KRSA 4KHQA 3QIOA 3HSTB 4CJTA 4E7JA 4F8RA 4CGFA 3OY9A 1NKCA 1HYZA 1CZBA 1NKBA 3RR7A 4CEBA 3F9KA 1CXQA 2YHAA 4BE1A 3TAEA 1EP4A 1RILA 4HUEA 3C94A 1S9GA 4GW6A 3QEXA 1NJZA 1KSPA 2BGGA 5FRMA 3DM2A 3P1GA 1G15A 4Z4HA 3LWMA 1KVAA 3OYGA 4DLEA 4DTXA 4LY7A 4CHQA 1TL1A 3HJFA 2G8FA 4H4OA 3QNOA 1SL0A 1Q9XA 4J2BA 4LH5A 4DF8A 2XY7A 2HNZA 1T7PA 2NUBA 4EZ9A 2HNDA 3OYJA 2G8WA 5K14A 2F8TA 1BIZA 3VQAA 3ZSXA 1DTQA 1XHXA 5C42A 4CF0A 4KAZA 1NK5A 3B6OA 4HUGA 2E6MA 2HW3A 4CEEA 4CHNA 1JLCA 1IG9A 2XHBA 1NJYA 3KJVA 3NGYA 4I9QA 1B92A 4FLVA 3KK1A 1TKTA 4CF8A 3SPYA 3TAMA 3NH0A 1RBSA 3AVGA 2QK9A 1SV5A 1WSGA 2B6AA 3DLEA 3DOKA 3NF8A 2KFNA 3O3HA 4F3OA 3KLEA 3LALA 3LPUA 1JKHA 3QNNA 1C6VA 4W5RA 4Z0UA 3AA3A 4CIEA 4FM1A 4IG3A 1UWBA 3O3GA 5CYMA 4FJHA 4E7HA 4Y1CA 3MXIA 2B5JA 4M45A 1CZ9A 3SNNA 3OYHA 4RW9A 2OPSA 4IG0A 5HLFA 4KI4A 4H8KA 4FVMA 1CXUA 1LWCA 3AO1A 4DG1A 4CERA 2QXFA 4RW8A 1LAVA 3SV4A 1MU2A 3THVA 1ASWA 4CJRA 1HRHA 4DTUA 1EKEA 2JGUA 4PUOA 3QEVA 4Z4CA 2DTUA 1BHLA 4RW7A 3PX4A 4HTUA 3QO9A 3ZT1A 4AHUA 3RTVA 2P1JA 2ZE2A 2Z1JA 2HMIA 3AVJA 3QEWA 1JL2A 5EU7A 5HRRA 1C0TA 1REVA 3SUQA 3M8PA 5CZ2A 4FJ7A 5KTQA 1GOCA 3VA0A 4KB1A 4DFJA 1QSYA 2X74A 3ZT3A 3KKSA 5I42A 1KLMA 4R5PA 2EX3A 4FJNA 1N5YA 2RN2A 1VRUA 4CF9A 5E41A 3ZSRA 3TABA 3OYLA 5J2MA 1U4BA 4FJ5A 1RT7A 3WNGA 3OYMA 4FLWA 1KFDA 3KK2A 3KLFA 3WNHA 1WSFA 3VQEA 4QAGA 3VQ5A 1VSIA 4K8XA 5HROA 3ZSYA 4CIFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D7EO 3FLCO 2WONA 4DQPA 3C95A 3E9PA 4OPKA 4CF2A 3SQ0A 1UA1A 1RT2A 5M1NA 2PAVA 3E01A 3H3NO 1TUUA 1XHZA 2QM1A 3AVMA 1S6QA 2VG5A 3PUFA 1BI4B 4DSJA 1ZBHA 3QERA 1BI4A 1MA9B 4A2AA 3VF4A 1XI1A 1X9JA 1J54A 3P5JA 3U3GA 1B9FA 3MXMA 4M3YA 5HRSA 5AQWA 4JK9A 2ZGYA 2OPRA 4F4KA 3LDNA 1SKRA 1TV6A 3VQBA 4B3SK 2P51A 4FLUA 2P5OA 3V9WA 1ATSA 3A5MC 5JICA 5E84A 3K5MA 1TYQA 2WC9A 3RSEB 3EE8A 1NM1A 3IDHA 3OVNA 3HBTA 2QWRA 3SK3A 2ZJRL 1NK7A 4M3ZA 3R3LA 4E19A 5LY3A 1W97L 3DLBA 3BGRA 1SUQA 5AZIA 5ADXA 3BY5A 4E89A 3J80O 1K6YA 3TAGA 4B9LA 1TUYA 3CCLN 3P83D 4XH5A 4CK2A 1TKXA 3DLRA 2OPPA 4H4MA 4MFBA 4J2AA 4IFYA 1YTAA 2WUSA 3N4QA 3VF2A 2G8IA 4EP4A 1Z25A 3JS6A 1FJGK 3DXMB 4DB3A 1S72N 4B9MA 1RT1A 3LDPA 1RBTA 2OCEA 3DXMA 5KRTA 4PHTX 1X3MA 3I0RA 4GKKK 1NGGA 2NRHA 2XRIA 2FBTA 3ZLJA 1JXEA 4M42A 2E2OA 2IGIA 4CHYA 5E26A 4Q0BA 2QWOA 1HQUA 4IZ9A 4DR7K 4KHSA 1YXQA 2PYLA 3MEDA 4C8KA 3F2KA 4M3UA 2KFZA 2CH6A 3VQ8A 4Z94A 4MDBA 4NCGA 3MXJA 3WEEB 3CERA 1J9AA 4DQIA 4EP5A 1HJRA 1ATRA 3DWLA 1Y97A 4CEAA 1NWKA 1VQ5N 2HNYA 3OYKA 1VQON 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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