4E1JA

Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from sinorhizobium meliloti 1021
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
508
structure length
498
Chain Sequence
DLGTENLYFQSMMGGYILAIDQGTTSTRAIVFDGNQKIAGVGQKEFKQHFPKSGWVEHDPEEIWQTVVSTVKEAIEKSGITANDIAAIGITNQRETVVVWDRETGKPIHNAIVWQDRRTAAFCDKLKKKGLEKTFVKKTGLLLDPYFSGTKLNWLLSNVKGAQVRAAKGELCFGTIDTFLIWRLTGGECFCTDATNASRTLLYNIAENAWDDELTEVLRVPKEMLPEVKDCAADFGVTDPSLFGAAIPILGVAGDQQAATIGQACFKPGMLKSTYGTGCFALLNTGKDMVRSKNRLLTTIAYRLDGETTYALEGSIFVAGAAVQWLRDGLKVITGSLAESADPSQEVYLVPAFTGLGAPHWDPDARGAIFGMTRNTGPAEFARAALEAVCYQTRDLLEAMHKDWRTVLRVDGGMVASDWTMQRLSDLLDAPVDRPVILETTALGVAWLAGSRAGVWPNQEAFAKSWARDRRFEPHMDEATRKVKLKGWRSAVKRTLIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from Sinorhizobium meliloti 1021
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 161
structure length 498
sequence length 508
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA01
3O80A 3VF6A 4NB4A 1KXPA 3FGUA 1J6ZA 4K25A 1NMDA 4WQ5C 3CQYA 2BUPA 5AZIA 1HKBA 3LM2A 1NM1A 2YHWA 1HJOA 1V4TA 2E2OA 4BVPA 2E1YA 3QICA 3QFUA 4IWVA 3P4IA 4H0YB 1YVNA 1QHAA 2PAVA 5AQKA 4BGAA 2HF3A 1NGFA 1ATSA 2Q0UA 2CH5A 4IO8A 1NGBA 4CD3A 1BO5O 2E1ZA 4B1YB 2OANA 3EZWA 2KHOA 3U9ZA 3IFRA 2P9SA 3DXMA 4IJAA 5AQLA 3VEOA 4JHDA 4DQ8A 4BROA 3AAPA 1U6ZA 5AQNA 3G25A 2YJFA 1HKCA 4MO4A 1YUWA 2I7NA 3S41A 1XC3A 3CETA 1ZC6A 2IIRA 4F9OA 4MLEA 5I9EB 1BWFO 4BC3A 2VWBA 1BU6O 4QS8A 3CHWA 1GLBG 2D0PA 3A5LC 3ULEB 2ASPA 4RCHA 2FSJA 5BPLA 3D7EO 2P9NB 3CQXA 4JAXA 2DPNA 2QWNA 3GE1A 2A6AA 2NZTA 2ZWHA 3QMLA 2VYPA 2D1KA 3VF4A 5AQTA 4HWIA 3A0IX 2Q31A 1K8KB 2HMPA 3FR0A 5BRDA 2VCPA 3EO3A 4KBOA 4LC9B 3EKUA 3AARA 3O08A 4EHTA 3KHYA 3CJBA 3WT0A 5JLFA 2QWRA 3VETA 2QW9A 3H3OB 4BRGA 4H0VB 1RGIA 1U2VB 3KZBA 5AQIA 2GELA 5AQRA 2FSNA 1BUPA 5AQOA 4BC5A 2A41A 2Q36A 3LDNA 2Q1NA 4IJNA 4CBWA 2ZGYA 5FPMA 5AQXA 1RDWX 3CERA 2NLXA 5EX5A 5KPRA 5E84A 4H5WA 5BN8A 3WXKA 4AM7A 4BR4A 4FWPA 3FLCO 5F0XA 1TYQA 4B1XB 4BR2A 5KPZA 3ULEA 1JCFA 5AQPA 4BRCA 3CJCA 3FZMA 1QZ6A 2CGJA 3O1WA 1TUUA 5AQGA 5BREA 4ISGA 1QZ5A 3RSEA 1T6CA 1DGKN 2W41A 3M6GA 4CBXA 1TUYA 3KVGA 4PKIA 1Y64A 5EVZA 1NBWA 5AQMA 3W3DA 3U8XA 3IMXA 1K8KA 4H0TB 5EXWA 3VGKA 5KQ8A 5AQVA 2A40A 3OHRA 4A61A 3CJ1A 3ENOA 1BDGA 1NGJA 1NGAA 5BN9A 4BC4A 1WUAA 5AZJB 1OKJA 3ID8A 4BRAA 4FPBA 4XEIA 2QWQA 3FZKA 3ZETB 2PBDA 1DKGD 4BRLA 4XH5A 3HSCA 4CJ7A 1P8ZA 3CJ9A 4B1VA 4FWOA 3MDQA 4B9QA 3IDHA 1HPMA 1GLAG 3VEYA 4EHUA 3DAWA 4O8KA 2GWKA 3O5BA 5B8HA 2D4WA 3TPQA 4CZLA 4L3QA 1ESVA 1LOTB 3EL2A 3BF3A 4H5VA 1Z05A 2ZGZA 4DCHA 3WQUA 1KAZA 3W0LA 3JXUA 2E8AA 3VEWA 3O8MA 4YDUA 5JLHA 3C7NB 5KPTA 3VEZA 1T6DA 3BUZB 4JD2A 1ATNA 1KAXA 4E1JA 4B1UB 5TKYA 1Q18A 3O1BA 5ELZA 3VEXA 1GLJO 3GBTA 4QS7A 3R8EA 3FZLA 4A2AA 1NGIA 4YDUC 1CZAN 3HBTA 4H5NA 5FPEA 2IVPA 1ZXOA 4K43A 3VERA 3BP8A 4K41A 2E2NA 4NO7A 2P9PB 5AZJA 1E4FT 4Y0WA 2V7ZA 4BRQA 3WEEB 4BR7A 2E2PA 5AQQA 1RFQA 4O5FA 4PKHA 2AP1A 4EFHA 3ZETA 2Q97A 3D2FB 3FZHA 3A5MC 3ENHA 3GOIA 4H0OA 2GWJA 4B1WB 4A2BA 4EIAA 1JCGA 2QWLA 4BR5A 4FWSA 3VENA 1XQSC 1NGEA 4PL8A 4RWTA 4FWLA 2ITMA 4BRHA 1MWKA 3DWLA 3LDQA 3ZX3A 5AQJA 2P9UB 4Z94A 4CZMA 2FXUA 4I6MB 3H6EA 3VGLA 5BR9A 4JN4A 3R9PA 2QWPA 4FL9A 5CE3A 4M7YA 2AA4A 3WXJA 2Q0RA 5AQWA 3LM9A 3U9DA 4BG9A 2UYTA 3DXKB 5EY4A 3VESA 4C23A 2QM1A 1HLUA 4IZ9A 1YAGA 3A8YA 3L6QA 5ADXA 1MWMA 4ISEA 3M1FA 4RTFD 3VF2A 2YHXA 4DHYA 5BRFA 3GDQA 4BR0A 4DB3A 1SAZA 2YJEA 2P9PA 5AQZA 2QWMA 3H3NO 1BA0A 3QBWA 4FWNA 3UB5A 1X3MA 2GEMA 3CJ7A 3MK6A 5F1XA 1MDUB 3I33A 5AZIB 3FZFA 1WOQA 5BPMA 4BRNA 2P9NA 3SLCA 4M7XA 3D2FA 3EN9A 4HTLA 4QS9A 3HTVA 4PL7A 5JMVA 4CI6A 1XUPO 5LJVA 2W40A 1BG3A 1HUXA 1MA9B 4WYBA 4B1ZA 3C0BA 3ZX2A 3QB0A 5AQSA 2Q2RA 2P9LB 1BA1A 2P9UA 2FSKA 4BRKA 4CBUA 3LL3A 1X3NA 1SQKA 4M63C 3AAQA 3QBXA 2YHYA 4I6MA 1X9JA 3SK3A 1S22A 1U2VA 3TU5A 4BRIA 4JHDB 3ZEUB 2ZF5O 3LDLA 3MCPA 3MN6A 1ZBSA 2A42A 4A62A 3QDKA 3SJHA 3MN5A 1QQNA 5BPNA 3WQTA 2QWOA 3UKUB 2HOEA 1V4SA 4EAHD 3AY9A 1T44A 2V52B 2P9IB 4CZFA 1DEJA 1R59O 3F9MA 3H45C 5FPNA 4H03B 3D2EB 1ATRA 1KAYA 1D4XA 2NRHA 1NGDA 3LDOA 5AQYA 3WXLA 4AM6A 3VGMA 2YCHA 4BRDA 4FWKA 1QQOA 4J8FA 1G99A 1GLFO 4MO5A 5F2RA 1NGCA 3SMPA 4H0XB 3BEXA 3J8AA 3QFPA 4FPAA 5AQFA 2GUPA 4H0PA 3A5NC 2I7PA 4FOEA 2P9LA 2WUSA 2E88A 3BF1A 1S3XA 4BG8A 1SZ2A 1LCUA 2A3ZA 1GLLO 3UKRB 3R6MA 3VEVA 1IJJA 1YXQA 3WXIA 4CZJA 2D0OA 3CI5A 3ZEUA 1NLVA 4CZEA 5AFUA 3ATVA 5AQHA 2YI1A 1JCEA 4BVOA 3WUHA 3UKUA 3CIPA 3H1VX 1QQMA 4PKGA 3O4WA 1HX1A 5AQUA 2P9IA 5LY3A 4H5RA 3LDPA 1HKGA 4WQ4A 3ATUA 3FE1A 1NWKA 2IVOA 3D2EA 1TYQB 2A5XA 2H3GX 3EKSA 4GNIA 4FWQA 2V51B 3C7NA 2CGLA 1BOTO 3MMVA 1NGHA 4K42A 5AR0A 1NGGA 4CZKA 3H46O 4MLHA 5AFUH 2E20A 3L4IA 3RSEB 4ISFA 4BC2A 4CZIA 3HI0A 4WQ4C 3U4LA 2P9KB 4GY2B 4IXCA 3MN9A 2J4RA 4BRPA 3O6WA 2QXLA 3HM8A 3VPZA 4CD1A 3DJCA 3H1QA 5FPDA 3UKRA 1GLDG 2EWSA 2BTFA 4FWRA 3WEEA 1C0GA 3CJAA 4FWMA 2V7YA 2FF3B 3MN7A 2GTDA 4BQZA 2FF6A 4XH4A 2HF4A 4BREA 5ADXH 4XH1A 3VOVA 1Z6RA 3UE5A 2IVNA 5LJWA 1EQYA 5JICA 3ZX0A 1GLCG 3I8BA 2CGKA 4H5TA 4JNEA 4BR9A 1H1VA 4BRFA 2E2QA 3A5OC 2CH6A 2F9WA 3L0QA 4JD2B 4BRMA 3GG4A 5BRHA 4FOIA 5EOYA 1E4GT 2P9SB 3DXMB 3FFKB 3HZ6A 3IUCA 3M3ZA 3GL1A 4FSVA 3DXKA 2P9KA 1GLEG 4WQ5A 2ASMA 1IG8A 1C0FA 2ASOA 5E26A 4CZGA 4FO0A 4CZHA 3B8AX 3JS6A 3SMSA 2F9TA 5KQDA 4BGBA 4BQLA 2FLOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I94K 3PLAA 4NB4A 1RDDA 4BE1A 3CQYA 5AZIA 4FK4A 1NM1A 3CC2N 2DFEA 1HJOA 1NKBA 3E9OA 3AVGA 4M3UA 4OPHA 4FVUA 4H0YB 2A1SA 1F21A 2HF3A 4KRFA 3DLLL 3TSQA 4KHYA 1YI2N 1NGBA 5M1KA 3K59A 4GMJB 3EZ5A 4CIFA 1IG9A 3WXMB 2KHOA 5J2NA 1HNVA 5M1PA 3CFPA 4YOUA 4IJAA 3P83D 3L2UA 3PX0A 1YIJN 4BY9C 2P5OA 4N76A 1VHXA 5SWMA 4IOAL 1T8EA 1KLNA 1S1WA 2IS3A 3R3LA 1RBTA 2R7YA 1SL2A 3CETA 1WNSA 4ID1A 1Q86O 4MLEA 3KLIA 4BC3A 1YT3A 2GUIA 1ILYA 3EY1A 2D0PA 3A5LC 3SUNA 3ULEB 4KPYA 4RCHA 2FSJA 3M8PA 4FW1A 4DV1K 3QNOA 5M1FA 4JAXA 4MDAA 2QWNA 2A6AA 2NZTA 4Y1DA 5K14A 4DSLA 5IWAK 2D1KA 4FK0A 4CW7B 1FXXA 4LFCK 3DLGA 1K8KB 3FR0A 1JXBA 3MWPA 3S9HA 3KHYA 3WT0A 4V19S 4LF6K 2QWRA 4W5NA 4N47A 4JI7K 1TGOA 3MAQA 5C15A 5AQIA 1U47A 3SUQA 4HUFA 2FSNA 1BUPA 4BC5A 2A41A 3KLHA 2Q1NA 4IJNA 1C6VA 3VA3A 4DWIA 2ZGYA 3LZJA 3OYJA 5AQXA 4C1NI 2NLXA 5EX5A 1WSGA 1YF5L 3QERA 4QCLA 4Z4IA 3K58A 4AHCA 3NMUA 3FLCO 5F0XA 4BR2A 5KRSA 1EX4A 1JCFA 5AQPA 4BRCA 1QZ6A 3TAMA 3V1QA 1TUUA 3U3YA 4ISGA 3ZSQA 4FJMA 3RSEA 3QEWA 5J2PA 2W41A 3M6GA 5CR4A 1TUYA 4DV6K 3S3MA 1NBWA 3W3DA 4FYDA 4DTXA 1A5XA 5CYQA 3JAMO 5FRMA 4GKJK 1OH6A 4PWDA 3BDPA 1Y97A 1BDGA 2ZJPL 3CCVN 4BC4A 3EYZA 4DSEA 1K9MO 4HUEA 2VWKA 4FPBA 4KHQA 2ZE2A 1RBVA 1L5UA 3FZKA 2O8FB 2PBDA 1DKGD 1P8ZA 3CJ9A 4LH5A 4B1VA 4BWMA 3K5LA 1SKWA 3AVNA 2G8HA 1JKHA 1KVCA 1OH7A 4JKGA 5GIPA 3VQPA 2DFHA 2ZJRL 4FLZA 1TKTA 1REVA 1Z05A 4LH4A 4DCHA 3W0LA 1Q9XA 2E8AA 4YDUA 5JLHA 4R79A 3C7NB 2UXBK 3VEZA 3BUZB 5HRSA 4FJNA 1KAXA 2JWLA 4FVMA 4AILC 4TSXA 1Q18A 3O1BA 5FRNA 3OYHA 4CECA 3GBTA 4QS7A 1RTIA 5C2DA 1T3VA 4YDUC 4ELTA 1BQNA 3HK2A 4FLTA 1HNIA 1RBSA 4DU3A 4NO7A 2UXDK 2JLEA 5AZJA 2X78A 1E4FT 4Y0WA 4YORA 2V7ZA 3J7ZO 4BRQA 3IAYA 5IT9O 4DSIA 3ZETA 2BH1A 4BDYA 3VENA 2BANA 4OKJA 4RWTA 4KREA 4BRHA 1MWKA 3K5MA 1NK8A 1TK5A 4F2RA 1FJGK 1KD1O 1Q81O 2KZZA 1MU2A 3C65A 3HOSA 4JN4A 3MECA 1J54A 4M7YA 4FJ5A 5AQWA 3LM9A 3U9DA 4C23A 3QNNA 3QIOA 4GVMA 3RMCA 1HLUA 4CERA 1C1CA 5T7BA 4DSKA 5ADXA 3NGZA 1X1PA 3ASMA 4RTFD 3VF2A 4J2AA 3AVIA 5DM7L 4JS4A 2QWMA 4ILHA 1S1TA 1VQ9N 3CJ7A 4CEZA 1HQEA 2QK9A 1WOQA 4CJUA 3OYEA 2P9NA 3DLEA 3T7ZA 4PL7A 5JMVA 1S72N 3HJFA 5LJVA 2W40A 4PY5A 2HBKA 4B8CA 4DFMA 3PX6A 2Q2RA 2P9LB 1BA1A 4JKBA 3ISNC 1TVRA 3ZT2A 3LL3A 5JVGL 1X9JA 3PUFA 1U2VA 3SK3A 1RILA 4GVEA 4BRIA 1RT3A 5GIOA 3LDLA 1GOAA 1KFSA 2A42A 3QDKA 1W97L 3E66A 3SJHA 1Z25A 1QQNA 4E7HA 3WQTA 2G8FA 2PFUA 3IKMA 2HOEA 1T44A 2P9IB 4OX9K 4R5PA 3PSIA 4DQQA 4DTJA 1U49A 3H45C 1SL1A 5C42A 1LAWA 3DRPA 4XIUA 3RTVA 3NF7A 3V9ZA 3SAHA 4B9UA 3NVMA 1HYZA 1VSEA 2HNDA 3VGMA 1SV5A 3AO1A 4O55A 1QQOA 4JLHA 4C1NK 1M90O 3ITHA 4MO5A 5F2RA 1IO2A 1NGCA 1A5WA 4CK1A 4OPAA 3BEXA 4NXMK 4NLBA 4ILJA 1NK0A 3TAGA 1VQMN 4F2SA 4FOEA 3SV3A 2G8VA 1RT7A 4W5OA 1NK5A 1SZ2A 4X64K 2FC0A 4Q5VA 3TSUA 2IOCA 1YXQA 3WXIA 5FROA 4YOYA 1NLVA 3D0PA 4OLAA 4CF1A 3S3OA 4JKFA 4CJWA 1JCEA 3NH2A 4DQIA 2NRWA 1JLCA 4DTSA 5AQUA 5CHIA 2PY5A 5LY3A 4H5RA 3LDPA 4ZHRA 4C8NA 3HYFA 4CHYA 3FE1A 4DTRA 5HOOA 1NJYA 2H3GX 3TTCA 3EKSA 3MEDA 1VQLN 4JS5A 1BOTO 1NGHA 1HYVA 4K42A 4K0KK 1NK7A 2UUCK 1FKPA 1SUQA 2E20A 4DQRA 1QVFM 4CEFA 4ISFA 4DV7K 4WFBL 2UUBK 4IXCA 4KB0A 3OS2A 2QXLA 3LDSA 3AA2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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