4E1JA

Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from sinorhizobium meliloti 1021
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
508
structure length
498
Chain Sequence
DLGTENLYFQSMMGGYILAIDQGTTSTRAIVFDGNQKIAGVGQKEFKQHFPKSGWVEHDPEEIWQTVVSTVKEAIEKSGITANDIAAIGITNQRETVVVWDRETGKPIHNAIVWQDRRTAAFCDKLKKKGLEKTFVKKTGLLLDPYFSGTKLNWLLSNVKGAQVRAAKGELCFGTIDTFLIWRLTGGECFCTDATNASRTLLYNIAENAWDDELTEVLRVPKEMLPEVKDCAADFGVTDPSLFGAAIPILGVAGDQQAATIGQACFKPGMLKSTYGTGCFALLNTGKDMVRSKNRLLTTIAYRLDGETTYALEGSIFVAGAAVQWLRDGLKVITGSLAESADPSQEVYLVPAFTGLGAPHWDPDARGAIFGMTRNTGPAEFARAALEAVCYQTRDLLEAMHKDWRTVLRVDGGMVASDWTMQRLSDLLDAPVDRPVILETTALGVAWLAGSRAGVWPNQEAFAKSWARDRRFEPHMDEATRKVKLKGWRSAVKRTLIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from Sinorhizobium meliloti 1021
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 161
structure length 498
sequence length 508
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA01
3TU5A 2HOEA 3EL2A 1X3MA 3UKRA 3L6QA 3CERA 2IVNA 1QQNA 1V4TA 4CZHA 3SJHA 4EIAA 2UYTA 2QWPA 3WXKA 4WQ5C 1QZ5A 4RWTA 3GL1A 4CBWA 1DGKN 5JICA 2D0PA 4B1YB 3BF3A 3WXLA 3LDPA 2V7ZA 3WQUA 1JCGA 2P9PA 3H45C 4FSVA 2ZF5O 3IDHA 1MA9B 3FGUA 2P9UA 1GLBG 3U9ZA 2YJEA 3ATVA 1NGJA 3ZX0A 3QFPA 4A61A 3UKRB 1U6ZA 3VENA 1NGBA 3MK6A 1Q18A 1SAZA 3CJBA 3EKSA 4JD2A 2FSJA 4BRGA 3MN6A 1GLAG 4IWVA 4GY2B 3UB5A 3A5LC 2Q31A 3QMLA 2W41A 3L0QA 2CH6A 2W40A 3BEXA 3ULEB 3MDQA 5F1XA 2QWMA 2P9IB 2P9PB 4JN4A 3WQTA 4O8KA 4PKGA 5AQJA 3A5OC 3AARA 1BDGA 4CI6A 1MDUB 4J8FA 4BGBA 4L3QA 2F9TA 2P9UB 4CZJA 4FOEA 3CJ9A 3HSCA 4MLEA 3LDNA 3QICA 1YAGA 1Z6RA 1X3NA 4RTFD 1QHAA 2A6AA 3CIPA 4BR9A 2YCHA 1U2VA 2GEMA 5ADXH 1XQSC 5EY4A 3WEEA 3VEWA 1P8ZA 1EQYA 4BRDA 3QB0A 3HZ6A 4H5VA 4H03B 1NGHA 3ZX2A 1RFQA 3GOIA 3VEZA 3J8AA 2CGJA 3MN9A 5F2RA 2VWBA 2ZGYA 4IJNA 3H1QA 5AQMA 5I9EB 5TKYA 2FF6A 2J4RA 3JXUA 4EFHA 4PL8A 3FE1A 4BROA 3CJAA 3EO3A 5AQFA 4YDUA 5EVZA 2QM1A 5AQVA 3VEOA 3RSEB 5BRDA 1ATRA 3VGMA 1QZ6A 4K25A 2H3GX 4CZFA 1Z05A 3VF6A 4FWMA 1K8KA 3WEEB 4B1XB 4WQ4A 5AQQA 4A2BA 4M7YA 4Z94A 4MO4A 1YXQA 3R8EA 1BO5O 2E2OA 4H5RA 1C0GA 4XEIA 5AQKA 2YHWA 4BQZA 2HF4A 1HKCA 2ASOA 4BREA 5AFUH 2FXUA 3EKUA 5AQHA 2HMPA 3DXKB 3HTVA 3LDQA 3BUZB 3VESA 4JHDB 3VPZA 1QQMA 2P9NA 4BRHA 4CZLA 3AY9A 3H1VX 3UKUA 2AP1A 4IXCA 1HLUA 1NMDA 4BQLA 3MN5A 3SMPA 2QXLA 4E1JA 4PL7A 2PBDA 4HWIA 3C7NA 4BRLA 3JS6A 3VERA 5E26A 3KVGA 3QBWA 4WQ4C 4DCHA 4IO8A 3W3DA 3O4WA 5AQSA 4FL9A 3I33A 5JMVA 2V52B 3CHWA 2P9LB 3CQYA 4B1WB 2A3ZA 3A8YA 1Y64A 1GLCG 2F9WA 4H0TB 4BC4A 1KAZA 3QBXA 1GLDG 2YHXA 1NGFA 2FLOA 4BRCA 4BC3A 1DKGD 5ADXA 4CJ7A 2ZWHA 2Q0RA 1WUAA 3FLCO 3LDLA 2QW9A 4H5TA 3C7NB 2Q2RA 2OANA 1JCEA 5AQTA 5BREA 2GUPA 3OHRA 5EXWA 3W0LA 3ZETA 4DB3A 3KZBA 3CJ1A 1YVNA 1NGIA 1GLLO 1NBWA 2BTFA 3ZX3A 2CGLA 2E2NA 5KQ8A 1GLEG 3M3ZA 4Y0WA 3G25A 2YJFA 1CZAN 2Q1NA 1TUUA 4K41A 4HTLA 3O1WA 1NGAA 1HKGA 2E1ZA 5BRHA 3TPQA 3VETA 2FF3B 2ZGZA 4KBOA 2AA4A 4B1ZA 2D0OA 4CD3A 1BA0A 3ENHA 2A40A 3A0IX 5ELZA 4JD2B 1E4FT 4H0OA 3BP8A 3ENOA 4H5NA 5FPDA 5AFUA 5E84A 4BVPA 3ZEUA 3DXMA 3AAQA 3ZETB 3U8XA 1E4GT 1J6ZA 1ZC6A 3LM9A 1NGDA 4BRIA 3KHYA 3D2FA 4BR0A 2E88A 2E8AA 2GELA 3CJCA 1HPMA 1HUXA 4I6MA 4MLHA 3WT0A 2NRHA 4XH5A 1XUPO 4FPAA 4BR2A 2YI1A 1ZXOA 5FPNA 2V7YA 1KAYA 4IJAA 1NWKA 3D2EA 1WOQA 5BPNA 1SZ2A 4BR4A 2P9KA 3VOVA 3O1BA 1T6CA 1JCFA 2YHYA 2D1KA 3ZEUB 1U2VB 3DXMB 4BRNA 1IJJA 2P9SA 1BUPA 5AR0A 3VEVA 2ASMA 1NGEA 3LL3A 1LCUA 1NGCA 3CETA 2CGKA 2IIRA 5EOYA 4EHUA 1MWKA 3D2FB 1DEJA 4CZGA 5FPEA 4CZMA 1RDWX 3HBTA 5KPZA 4B1VA 1S3XA 3BF1A 3L4IA 4I6MB 5BRFA 1OKJA 2ASPA 3VGLA 3O6WA 4LC9B 4BR5A 4GNIA 4FO0A 3FFKB 4QS9A 4BGAA 2NLXA 3O5BA 5KQDA 2P9KB 2IVPA 4O5FA 4FPBA 1YUWA 1RGIA 5AQZA 4YDUC 1X9JA 3CQXA 1K8KB 4NB4A 4FWKA 5AQNA 3IFRA 4QS7A 2ITMA 3QFUA 5AZJA 2V51B 4DQ8A 5AQGA 1XC3A 4FWQA 4A62A 1BA1A 4BG9A 2QWLA 4CD1A 3IUCA 4B9QA 4ISGA 2QWOA 1BOTO 2A5XA 5BPMA 1LOTB 1SQKA 2P9NB 2NZTA 4IZ9A 5AQXA 4H0PA 1BWFO 3UKUB 4K42A 3WUHA 1GLFO 1KAXA 3I8BA 1D4XA 2Q0UA 1HX1A 2DPNA 3SMSA 3HI0A 3M6GA 4QS8A 5AZIA 5AZJB 1KXPA 5AQYA 3ULEA 4F9OA 4B1UB 2P9IA 3O80A 1ATNA 1NLVA 2FSNA 3M1FA 3D7EO 3MN7A 4EAHD 3ATUA 2E2PA 5AQRA 2GTDA 5AQWA 5KPRA 3EZWA 4FWOA 1S22A 1MWMA 1G99A 1T6DA 4BRQA 5B8HA 2E20A 4K43A 4M7XA 3VGKA 4BRMA 2Q36A 4CBXA 3DAWA 5JLFA 2A42A 3MCPA 2I7PA 5EX5A 1ZBSA 4AM7A 4H0XB 2E2QA 3DWLA 4XH1A 4CZIA 5LJWA 5AZIB 3CJ7A 4JNEA 4BC5A 4C23A 3QDKA 4BC2A 5BPLA 1ESVA 4H0VB 3GDQA 3GG4A 1V4SA 1GLJO 4DHYA 2CH5A 1H1VA 4JAXA 4CZEA 2D4WA 3WXJA 1R59O 4FWLA 4FWNA 5KPTA 3VEXA 3A5NC 1TYQA 5FPMA 2FSKA 3R6MA 4H0YB 3FZKA 3RSEA 1QQOA 3FZLA 3FZFA 4EHTA 3O8MA 5AQPA 3IMXA 1IG8A 1BU6O 3A5MC 3AAPA 3VEYA 3WXIA 5BR9A 2IVOA 4CZKA 1BG3A 1T44A 2VCPA 4BVOA 4PKIA 2VYPA 2E1YA 5BN9A 3U9DA 3B8AX 5BN8A 4FWSA 3GE1A 4CBUA 3S41A 4BRFA 3FZMA 4RCHA 4NO7A 2QWRA 4FWPA 3SK3A 2BUPA 2I7NA 3H3NO 2WUSA 3FR0A 3SLCA 4ISEA 5AQIA 3O08A 3DXKA 3H46O 1TYQB 3LM2A 1C0FA 3MMVA 4JHDA 1HKBA 3H3OB 3DJCA 3F9MA 2EWSA 4XH4A 2GWJA 3UE5A 5LJVA 4FOIA 3CI5A 4BRPA 1HJOA 4BRAA 2KHOA 3ID8A 3D2EB 2PAVA 2QWNA 5JLHA 3VF2A 4AM6A 4WQ5A 2A41A 2Q97A 5CE3A 4BRKA 3LDOA 4H5WA 3R9PA 1NM1A 1TUYA 5F0XA 2P9SB 3HM8A 2GWKA 4BG8A 3EN9A 4ISFA 4PKHA 5AQLA 3U4LA 2QWQA 5AQOA 1ATSA 4M63C 5AQUA 2P9LA 4BR7A 3C0BA 3H6EA 4A2AA 5LY3A 3FZHA 4FWRA 3VF4A 2HF3A 4MO5A 4WYBA 3GBTA 3P4IA 1NGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TU5A 1WSHA 1EWQA 2HOEA 3EL2A 1X3MA 3UKRA 1QQNA 1V4TA 5HRRA 3TANA 4CF2A 4WQ5C 4FLYA 1QZ5A 2P5OA 3SPZA 3GL1A 4JKAA 1DGKN 5JICA 1LWFA 3L4QA 2OZMA 4KH6A 3WXLA 1OH7A 3LDPA 1VSMA 3CCLN 2KTQA 2D0BA 1S1VA 3V1RA 4DTSA 2FBXA 5A2QO 1MU2A 3IDHA 3PX6A 4YFUA 1QSSA 3S3MA 1OVYA 1GLBG 1NGJA 3QFPA 4A61A 3ZSQA 1U6ZA 4JD2A 3EKSA 1RCHA 1GLAG 3AO3A 4GY2B 4A57A 3G71N 1JLBA 5J2QA 4DF8A 3THWB 1LWCA 3LPTA 1X1PA 3RMBA 2F8SA 4JI4K 2KFZA 3BEXA 1ZBHA 1WBBA 3V1OA 2O8CA 1EXQA 4JN4A 4PKGA 2VWJA 1Q9XA 2O8EB 1VSLA 4CI6A 4JKCA 4BGBA 4L3QA 2P9UB 1DT9A 3EE8A 3OJSA 3QICA 4IOXA 1YAGA 1KCFA 4Y1CA 1U2VA 1NMNA 3AVNA 5EY4A 3NF7A 3O9SA 1XHZA 1LAWA 4DKWA 4M42A 1VHXA 4J2DA 1EQYA 3BZKA 2JWLA 4KTWA 1RFQA 4N47A 2ZE2A 4WCEL 5KRSA 1A5XA 2VWBA 3HPGA 3L2QA 2QI2A 4JKGA 4KTZA 5FRMA 1DLOA 3CJAA 2W6KA 3AVLA 3K5OA 3RSEB 4E19A 2B6AA 2NRTA 3AO2A 2HHUA 3JSMA 4LF6K 3TSPA 4UY8O 2R7YA 1N5YA 4B1XB 1N32K 4MDAA 3KLHA 3AA2A 2VGMA 4WQ4A 1X9WA 1O13A 1Q8IA 2E2OA 5I42A 2VQEK 4XEIA 2YHWA 2HF4A 5CYQA 1HKCA 2ASOA 5AFUH 5CY4A 5AQHA 4DTMA 3IRXA 2F96A 3BGRA 1JLCA 4X65K 1NJZA 4IXCA 1SKRA 1S9GA 5M1FA 3CCMN 4X64K 2PY5A 4PL7A 3THXA 3JS6A 3NGYA 3O3FA 1VQ5N 1TAQA 5E26A 3QBWA 2XO7A 3I56N 4IO8A 3W3DA 5AQSA 3OYIA 3TTCA 3R3LA 3CHWA 4B1WB 1NNEA 2F9WA 1KAZA 2DFHA 1IBLK 1QTMA 4YOWA 1Q7YO 3L2VA 4BRCA 1S6PA 4OX9K 5C25A 4M3ZA 4LFAK 4CJ7A 3SZ2A 1J53A 2QW9A 3C7NB 3AA5X 1RT4A 3VA3A 4YHHK 3AO1A 3ZETA 1ILYA 1T05A 1RT2A 4B8CA 1FK9A 4YNQA 1KQSM 3ISNC 1XMQK 1U04A 1U45A 4LH4A 1TUUA 5DM6L 4DTJA 2Z1GA 4HTLA 3KKRA 1NGAA 3OYFA 4JKEA 2HNDA 3TPQA 4FLVA 2XY6A 4KBOA 4AHUA 1XC9A 2PYJA 3SQ1A 3L3VA 4CJSA 1WBDA 2NUBA 2IOCA 3DMJA 4CF8A 1OH5A 1N36K 2PFUA 1Q9YA 4WFBL 3LM9A 4KHYA 2OPPA 1BQMA 4XIUA 3ZT4A 5T7BA 2E88A 4M3TA 4KPYA 3QEVA 1HUXA 4I6MA 4MLHA 2RE2A 3WT0A 1BI4A 4J2BA 3IAYA 4BR2A 3SBTA 2V7YA 1VSIA 3D2EA 1WOQA 5BPNA 1SZ2A 1IKVA 2P9KA 2RPIA 2XY5A 3F9KA 4HUGA 1T6CA 1RBVA 3ZEUB 1IJJA 5AR0A 3DLRA 2F4VK 2AJQA 1LCUA 2CGKA 3B6OA 1RBUA 5EOYA 4E1NA 4CEEA 4ELUA 4IO9L 3HBTA 1NKBA 5BRFA 1OKJA 2OYQA 3QIPA 3T1AA 4Y1DA 4BR5A 5C12A 2WFBA 2P51A 4FO0A 1N34K 3LP0A 3FFKB 4DSFA 3S9HA 3G4SN 5SWMA 4LFBK 4E7JA 1RDDA 1IO2A 2VQFK 3LAKA 1HMVA 1S1UA 2HBMA 1LV5A 5KRTA 3IFRA 3ALYA 3MXJA 3ZSWA 1LW0A 1ZBUA 5MLCQ 3AA4A 4CHNA 3DLHA 4BG9A 4CIEA 4FVUA 4B9QA 3HVTA 1X9SA 3E66A 5KTQA 3CD6N 5C10A 1J54A 5BPMA 3NH1A 3ZT0A 3PIOL 4KB0A 4NXMK 3SQ4A 1J9AA 1SQKA 3OJUA 3VTHA 2O8BB 2GX9A 1GLFO 1JLGA 3LPUA 3O9RA 2Q0UA 1HX1A 3SMSA 1IH7A 3M6GA 3QNOA 4DTNA 5AZIA 3MX2A 4CFBA 4C8OA 4FJJA 3AVIA 5H1SQ 2ZQBA 2OTJN 2O8FA 3SNNA 2O8EA 3D7EO 3VMFB 3QO9A 4EAHD 4I2PA 5AQRA 5EU7A 4A5AA 1JKHA 3EZWA 4FWOA 1S22A 1C1BA 3HYFA 5KI6A 4DFMA 5B8HA 2G8WA 1HYZA 4BACA 4M7XA 4F2SA 1CXUA 4ILJA 1BCMA 3DAWA 3MCPA 1HPZA 4FVMA 4F3TA 1KLNA 3DWLA 3E9PA 3CJ7A 3DLKA 2X78A 3KJVA 3QDKA 4E7KA 2P5GA 3AVGA 3CCQN 4Z4GA 1GLJO 3T3FA 4JAXA 5CHIA 3PLAA 1S9EA 1NG9A 4ZHRA 1TAUA 1J5OA 5JS2A 1Q82O 2Q3SA 4CJ4A 3CCSN 2F8TA 3LP2A 4MFBA 2OTLN 3ZSZA 3DYAA 4FM2A 3Q7BA 3R6MA 4H0YB 3RSEA 1GOBA 5M1OA 5D3GA 1U47A 3O8MA 4K0KK 3IMXA 2BE2A 4DWIA 3AAPA 3RMCA 3P31A 2RN2A 1BG3A 4PKIA 4LF7K 5BN9A 1TVRA 4FWSA 1K6YA 4OPAA 4DQIA 4BRFA 3HPOA 3MX5A 4CGIA 4KO0A 2UXDK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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