4E1MA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Integrase
total genus 48
structure length 146
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1mA00
1C1AA 4DSFA 5CZ1A 3TAFA 4DQQA 3ZSZA 1JLQA 2ZD1A 1VSKA 4KHQA 4FM2A 4YNQA 1KVCA 3K59A 4B9UA 1ZBFA 4AHSA 1KSPA 1CZ9A 2ETJA 1WAFA 3OYKA 3OYNA 3OYEA 2XRIA 3KK3A 3KIOA 3AVLA 1RNHA 4O4GA 4CJ5A 3LDSA 4DS4A 3VQBA 4Y1DA 3CM5A 4UQGA 4FLUA 4LD0A 1CLQA 1YTAA 2HW3A 1S6PA 3ZSQA 3OJUA 4N5SA 3PY8A 4C8OA 1BQNA 3ZSYA 4CF9A 4RW9A 1UAXA 3K58A 1D9FA 2G8KA 1U04A 3KK1A 3MEEA 4M3ZA 2IAJA 4HCCA 4DLEA 4DFMA 1VK0A 5SZTA 3NF7A 3C94A 1NK5A 3KLFA 1ZBIA 3HP6A 3TAGA 3AA5X 4CESA 1JLGA 4M45A 1NK7A 4CK1A 3K2PA 3LP3A 4B8AB 4KO0A 4I2PA 4TSXA 4CEBA 3HM9A 4DTSA 4DFJA 4QCLA 4CEFA 3O3FA 4DU1A 1BQMA 2GV9A 1RT6A 1TL1A 4FK4A 1A5XA 4AHVA 4O0JA 4OKJA 3CM6A 4CF8A 5I3UA 1VSMA 3LP2A 4CFBA 1NKBA 3SUPA 4KTQA 1JLBA 4CJPA 4PUOA 3HK2A 3LWLA 4Z4IA 4ID5A 1S1XA 1VSDA 4KTZA 3AVBA 1JLEA 3P83D 5I42A 2QXFA 4RW6A 3NH2A 1IO2A 3V9XA 4NYFA 1JLFA 3QEVA 1HNVA 5J2NA 3VQ4A 2XY7A 5J2MA 1B9FA 4CHOA 3S9HA 2OA8A 4F8RA 2YNHA 3VQPA 2DTUA 1UOCA 1U49A 2FBVA 3ISNC 4IG3A 2HHQA 4CJQA 3U3YA 1SKRA 5HROA 1RDDA 4CFDA 3SUQA 4FJIA 4E1MA 2PYLA 4FZYA 3L2UA 1L5UA 2QKBA 1EXQA 4LH5A 3TI0A 2KTQA 3QETA 3MXMA 4FZZA 1WLJA 3V1RA 4B08A 1JXBA 1WN7A 4ZHRA 1S1VA 3AVMA 3RMCA 4B9SA 3NFAA 3D0PA 4M41A 3VQEA 3I8DA 5KRSA 4FJLA 1QQCA 3VQCA 1LWCA 4E7HA 3SQ2A 3RRHA 1FK9A 2R7YA 1D8YA 2ITGA 2I5JA 4RW4A 1RBRA 2NUBA 1S9GA 1TGOA 4ID1A 3HVRA 4HTUA 2QK9A 4HCBA 2W42A 1Q9XA 4M3WA 1Q9YA 4FZXC 4Z4GA 3ITHA 4KI6A 5FRMA 4FJJA 3TAQA 4JS4A 4RW8A 2A1SA 1O1WA 1GOBA 3SV4A 3SQ1A 3VQQA 3ZT0A 5HP1A 4B9NA 2G8WA 4MFBA 1J9AA 3AVKA 3H08A 1TL3A 4M3XA 3HVTA 1U48A 3HO1A 2YHBA 5D3GA 4I2QA 1ZBLA 3AA2A 4CCHA 1U47A 3C6UA 3M8PA 4C8NA 4F2RA 4K8ZA 5SWMA 3IAYA 1HYZA 3WNEA 1FKPA 1S5JA 4DLGA 4FW1A 3G10A 1RT7A 2IDOA 4IG0A 1S6QA 5HRNA 3NGZA 3AA4A 3K57A 4B9MA 4F4KA 4EP5A 3SYZA 3U3GA 2YKNA 3B6OA 1G15A 4BWMA 1C6VA 2HB5A 2JLEA 4J2AA 1SL0A 1RBVA 2E6MA 1T7PA 2DY4A 4FLZA 1B92A 1GOAA 1VRUA 4QAGA 3OYIA 4OLAA 2KFZA 3QNNA 1LAVA 1YTUA 3S3OA 1BIZA 3LPTA 2YHAA 1TKDA 4CECA 2AJQA 4NCGA 4Z0UA 3NH1A 1RBTA 4KPYA 4CJ4A 5J1EA 4GMJB 4IFVA 3ZT1A 1NJYA 3WNFA 3WNHA 1T03A 4KHUA 2DFHA 1VRTA 3G0ZA 4E89A 2VWJA 2GUIA 3DLRA 4FJHA 3LAKA 4CJUA 5JS1A 2QKKA 3TAPA 4DQIA 3RRGA 4PA1A 2OPRA 1EKEA 3QIOA 5HRRA 1S1UA 1KRPA 4IKFA 3HP9A 1KVBA 1BIUA 1WSFA 3ZSWA 4BDZA 4K8XA 3OYLA 3T19A 2BE2A 1NJWA 4DTUA 1DTTA 4DTOA 3SCXA 2F8SA 2IS3A 1S9EA 3BDPA 1RTJA 4RW7A 4CEDA 3EY1A 1U45A 1LAWA 2HNYA 1X9SA 1NOYA 1KTQA 3SNNA 4XIUA 2KQ2A 3DYAA 4FJ5A 2GBZA 4ZTFA 3ASMA 1RT4A 4I7FA 3DLHA 4FJNA 3ULDA 1W9HA 1XHZA 3PO4A 1DTQA 3QEXA 4DSJA 1KFSA 4FJ7A 3MXJA 3M8SA 3D45A 1NKCA 1IG9A 1BCMA 4M42A 4PY5A 4CJTA 4FLVA 1XC9A 2HHWA 1QSSA 5HBMA 3QNOA 1L3UA 4FK0A 4CK3A 4CEEA 2VG6A 3O4QA 4CIFA 4EZ6A 4F3OA 4CJFA 4E7IA 3OYDA 4CF0A 2O4GA 2Z1JA 2OPPA 5CY4A 1NK9A 1X9MA 3FFIA 2G8FA 2B6AA 2RPIA 2G8HA 1HPZA 2XHBA 3K5OA 4JRQA 1I39A 3SPZA 4CHQA 4DSKA 4ELUA 2Z1GA 3AVHA 5C25A 3F9KA 4LY7A 4CGFA 3HPHA 3DLKA 4NCBA 3SQ0A 1K6YA 2OZMA 3E01A 4OPJA 4DWIA 3AO2A 1TKTA 1KVAA 1N6QA 1J54A 3LZJA 4HUFA 4CEZA 4B3OA 3OYJA 3CFOA 1WAJA 4DF8A 3NHGA 3KTQA 4Q0BA 3KLEA 3O4NA 3RWUA 1RCHA 3KJVA 4QOZB 1DLOA 4CIGA 3KKRA 3TAEA 4E0DA 5FROA 3HPOA 3QINA 1QTMA 1L3SA 3HL8A 1LW2A 3S3MA 4M3UA 3AVNA 1TAUA 4OGCA 1RBUA 1HYVA 4M3YA 1KFDA 3NBPA 3NH0A 3OS2A 3ZSRA 4KV8A 3MEDA 1QHTA 3IS9A 3M8QA 3VQ7A 3ZSOA 4CGGA 4CF1A 4CJVA 1NOZA 4W5OA 1Z26A 3V9ZA 4DU4A 3SJJA 2PYJA 5JS2A 3HXMA 4NCAA 1SL2A 2OPSA 3LPUA 3P1GA 1BGXT 1RT1A 1UWBA 4Z4CA 4FLTA 4DTRA 1NJXA 3KD5E 5HLFA 2LSNA 3QESA 3RMDA 2FBXA 1X1PA 1BI4A 4BE1A 3HYFA 1X9WA 1RDBA 1D5AA 1ASUA 1HRHA 4BDPA 3QLHA 3BGRA 4LH4A 4CGJA 2F96A 4O44A 1LV5A 1D9DA 4CGDA 4W5NA 2HNDA 4OKKA 3C6TA 5KI6A 4W5RA 1S1WA 4FLYA 1WNSA 1TKZA 5KRTA 1CZBA 3DRPA 4J2EA 3ZT4A 3OYCA 4Z4HA 1NK4A 1ZBHA 3L2VA 3NF9A 2OZSA 4FLWA 3TARA 1TK5A 1N5YA 3KD1E 1JXEA 1MU2A 4AHUA 4CEQA 4ELVA 3IG1A 4DMNA 2YKMA 5HRSA 4M3TA 1LWFA 3MXIA 4FM1A 4AHTA 3PUFA 4CJSA 4DFKA 3M8RA 3OYAA 4KAZA 5E41A 1RILA 4BWJA 4E1NA 1JLCA 1ITGA 4OGEA 3VQ5A 1EX4A 1RT3A 3NE6A 1RT2A 4CHNA 3QEIA 2A1RA 1FKOA 1SKSA 2YNIA 4CGIA 1JL2A 3V9SA 3PX6A 3EYZA 3O3HA 3DRSA 4JS5A 3TAMA 4O55A 3OYHA 4CJEA 3KK2A 3L2RA 4FW2A 2G8IA 1T8EA 2E6LA 2G8UA 1ZBUA 3SUNA 5CYMA 4CJKA 2KFNA 1HQUA 3LALA 3VQ6A 1NKEA 2HMIA 2X74A 5T7BA 2IC3A 3AO3A 3LAMA 2IGIA 4N56A 4GVMA 1C0TA 4CFCA 3OYGA 4E7KA 4RG8A 3OYFA 4HUEA 4PWDA 2P5OA 3ZSVA 1IKWA 2B5JA 1SKWA 1RDAA 1XHXA 3KLHA 3AO1A 4DFPA 3LP0A 2X6NA 4KKOA 1UA1A 3RR7A 1VSIA 4AILC 3NF8A 1SUQA 2D0AA 3L3VA 4HHTA 4MQ3A 3SV3A 3V4IA 1NK8A 1NK0A 1QE1A 1IKXA 3DOLA 2IOCA 4CJLA 5C42A 3ZCMA 1HNIA 1YVUA 3QO9A 2ATQA 2PZSA 4EZ9A 2O4IA 4J2DA 2P5GA 2XY6A 1Q8IA 1TV6A 2X6SA 3L8BA 3SPYA 4B9LA 3LZIA 4DTPA 3ZT2A 3MEGA 1VSJA 1EETA 4AHCA 4AH9A 3K5MA 1TK8A 4R5PA 4F3TA 2YNGA 4CERA 4DTMA 4KRFA 1J5OA 2RF2A 1IKYA 1LWEA 2Q3SA 5FDLA 1VSEA 5DMRA 3NAEA 4BE2A 4E7LA 4DQPA 4B8CA 1BCOA 4H4MA 1RTHA 3AO5A 1IKVA 4CHYA 4L8RB 3NCIA 5KGWA 1Z25A 3JYTA 3OYMA 3AVJA 4BDYA 4KHSA 3DM2A 3ALYA 3UIQA 4OPKA 2ZE2A 5CYQA 2OYQA 1ASVA 1TAQA 3RR8A 4FJXA 4C8MA 4FJMA 2KZMA 4Y1CA 4O0IA 1JL1A 3NDKA 2JGUA 5KGXA 3NGYA 4DQSA 4KB1A 3RMBA 4W5TA 1CXUA 1WSHA 3OJSA 3SQ4A 1RDCA 1S1TA 2D0CA 4ICLA 4CFAA 2DFEA 4DF4A 2VG5A 4IBNA 1QS4A 3TWHA 1HQEA 3L3UA 1HJRA 1WSEA 3OS0A 3PV8A 4CE9A 2BDPA 3VA3A 3KLGA 2FBYA 4E3SA 2EX3A 4CEOA 1KLNA 4AHRA 2B4JA 3PO5A 1ASWA 4B9TA 1NK6A 4N41A 5FRNA 1HYSA 3DRRA 1REVA 3DLEA 4CK2A 5K14A 3CQ8A 4ZTJA 3DI6A 1KCFA 4E7JA 4KB0A 3VN5A 3VQDA 3AVCA 1XWLA 2Y1IA 4C8LA 4J2BA 5J2PA 3THVA 1QSYA 4M3RA 3U6FA 2KZZA 4OLBA 4KTWA 3HPGA 1B9DA 3AVAA 2PY5A 1WSGA 4KFBA 3V1OA 3OVNA 4CEAA 3TABA 4JLHA 3LWMA 3LP1A 1WSIA 4LSLA 1T05A 3F73A 1RTDA 1L3VA 4OKEA 2XO7A 2HHSA 4PQUA 2RN2A 3MAQA 2RKIA 4DSIA 3KLIA 3LANA 4ELTA 4KHWA 1YT3A 4KREA 4CHZA 2BGGA 1RTIA 3L2WA 3MECA 4HUGA 2HNZA 2P51A 1J53A 3RTVA 4FYDA 4F2SA 3KKSA 4CJWA 1A5WA 3AA3A 3B6PA 1FXXA 1WSJA 3CYMA 4Z4FA 4Q5VA 4Z4EA 1CXQA 3QERA 2P1JA 3AVFA 3I0SA 1QSLA 2HHXA 1BI4B 3VQ8A 3O3GA 2Z1IA 2F8TA 1A5VA 5C24A 2BANA 1JKHA 2FBTA 4EP4A 3OY9A 3AO4A 3HT3A 3T1AA 4O5BA 1LW0A 2FC0A 3WNGA 3ZSXA 4FK2A 3AV9A 1SL1A 4DTJA 1KLMA 3RMAA 1UA0A 3HJFA 4GW6A 2KW4A 3DOKA 3L2QA 2HVIA 4DG1A 1TKXA 5DK5A 1BHLA 4FJGA 1TVRA 4FVMA 3CFPA 3OYBA 3V9UA 1EP4A 4OJRA 4NYNA 3V9WA 3PX4A 1VSLA 4CJ3A 1C1BA 3DLBA 1JLAA 4WE1A 4CHPA 4LSNA 2Z1HA 1RT5A 2XY8A 4E19A 2D0BA 2HHUA 2YNFA 3PX0A 1C0MA 4IDKA 3IRXA 3TR8A 1HMVA 4FCYA 1I3AA 2OPQA 3QIPA 3OS1A 1RBSA 3V81A 3I0RA 3EZ5A 3NGIA 4JRPA 1F21A 1IH7A 3CFRA 4DU3A 1GOCA 2HHVA 4I9LA 3AVGA 3ZT3A 2WOMA 1VSFA 1C0UA 3K5LA 4DSLA 3AVIA 3TANA 4B9VA 4DQRA 1L3TA 3P5JA 3JSMA 3QEPA 4FLXA 5J2QA 4FM0A 2WONA 3S3NA 3DLGA 4H8KA 4BE0A 3QEWA 3A2FA 4DTXA 2YV0X 2VG7A 4FJKA 1NJZA 4KHNA 2ZQBA 4BACA 2HHTA 1SV5A 4CIEA 4DTNA 1C1CA 4KHYA 4CF2A 5CZ2A 3VQAA 3SUOA 1BISA 1R0AA 1U4BA 3DMJA 4FXDA 3SI6A 3NF6A 4IFYA 2E4LA 4HVJA 1XI1A 4N76A 4OVLA 2Y1JA 2D5RA 2DFFA 5EU7A 4KI4A 3V1QA 1VSHA 3SZ2A 4FJ9A 4N47A 5KTQA 3VQ9A 3V6DA 2HVHA 2XY5A 1Y97A 4I9QA 4FJ8A 3CG7A 5HRPA 2G8VA 3HSTB 3C95A 4C8KA 3K5NA 4DSEA 2X78A 4H4OA 4CGHA 1BL3A 1ZYQA 1W0HA 2EHGA 4W5QA 4YFUA 2VWKA 4DS5A 4G1QA 3VA0A 3T3FA 1TK0A 4CJRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IIRA 5IT9O 3CC4N 1V4TA 2ZJQL 4FM2A 3IUCA 1N8RO 4Y0WA 2D0PA 1RNHA 3TPQA 4DS4A 2VYPA 4UQGA 4BRHA 1SQKA 3ZETA 1YTAA 3DXKB 1RDWX 2RHKA 5AQKA 2G8KA 4M3ZA 2I7PA 1CZAN 2NRVA 2GWKA 2NZTA 4YOTA 3HP6A 3TAGA 4CESA 3SLCA 4CK1A 3CCSN 3K2PA 3LP3A 1M1KO 3HM9A 3QMLA 4CEFA 3TSPA 3M6GA 4BVOA 1TL1A 1A5XA 3BF3A 1WUAA 4O0JA 1JCFA 3QFPA 4AHVA 4CF8A 5I3UA 1VSMA 3K9JA 4CFBA 1NKBA 3SUPA 2AJQA 3WXIA 1CLQA 4Z4IA 4BROA 3AVBA 3P83D 5I42A 3NH2A 3V9XA 4IOAL 3S9HA 5J2MA 2FLOA 3C0BA 1U49A 1YJNN 2KLAA 3SUQA 4A62A 4E1MA 5E26A 3TI0A 4OO1J 1ESVA 2KTQA 3MXMA 4FZZA 1GLBG 1YJWN 3D0PA 5KRSA 5HL7L 4E7HA 1GLDG 3RRHA 1C0FA 3VEXA 2R7YA 4HTUA 1TGOA 2QK9A 3ZEUB 4HCBA 1Q9XA 4FZXC 3ITHA 5FRMA 3LDQA 4I6MB 4JS4A 3U9DA 3OBWA 4RW8A 3SQ1A 3VQQA 2P9SA 5LY3A 2P9UA 3AVKA 4M3XA 4BRNA 4CCHA 4F2RA 4C8NA 5SWMA 4JYAK 1XUPO 1FKPA 1H1VA 4FW1A 4BRFA 3NGZA 4F4KA 3AA4A 4K42A 1TUYA 4BWMA 1LOTB 2QW9A 4J2AA 1QZ6A 1RBVA 2E6MA 3VF2A 4DV1K 4FLZA 3A5MC 3SAHA 2KFZA 3M5RA 3J7ZO 1T6CA 4Z0UA 3NH1A 1E4GT 1RBTA 4KPYA 4NXMK 4IFVA 4IFEA 3WNHA 1T03A 1ATNA 4DQIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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