4E1MA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (78-81)TI1 (57-60)S1 (60-68)S2 (71-78)TIV1 (67-70)S3 (83-89)O1 (91-93)S4 (112-115)AH2 (124-128)S5 (136-137)TIV3 (138-141)TI4 (144-147)AH1 (94-106)TIV2 (115-118)3H1 (118-121)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
total genus 48
structure length 146
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1mA00
2IAJA 3ZT4A 4Q0BA 4CJQA 3G10A 1HJRA 3AV9A 1S1TA 1WNSA 4WE1A 3SCXA 1XC9A 3THVA 1C1CA 3OYHA 3RRGA 3AO2A 3V9SA 3K5LA 4CCHA 3KD5E 2ATQA 4CK2A 2NUBA 3QO9A 1RBTA 3HYFA 5CZ1A 1ZYQA 3ITHA 2HB5A 4CJWA 1RTJA 3KTQA 4CFBA 3JYTA 5JS2A 4B9LA 5SZTA 4F2SA 4F2RA 1J54A 1NK0A 4N41A 4Z0UA 3JSMA 1Q9YA 3AO4A 3LANA 3VQCA 1VSKA 4KV8A 3OYFA 3HPHA 4OPKA 5I42A 2G8VA 4DFJA 4B9NA 3OYMA 3NHGA 3NBPA 1Q8IA 3A2FA 4UQGA 2DY4A 4FJGA 4CJUA 1T05A 3NF7A 3ZSOA 3KLHA 3KD1E 3H08A 4CJEA 5K14A 5I3UA 3I0SA 4F4KA 1VSEA 2B5JA 4OGCA 3CM6A 4W5RA 3F73A 3MEDA 3SQ1A 1RBSA 3EY1A 4FJJA 1SKRA 1BISA 1LAVA 3KK1A 1JLAA 4GMJB 1IH7A 1WAFA 2Z1JA 3BGRA 3DLBA 4QAGA 4CESA 2HW3A 4FLUA 1RBVA 1CLQA 2DFHA 3HPGA 1A5XA 1D9FA 4HCCA 4KHQA 1Z25A 1U04A 3AVMA 3OS0A 3L8BA 1LWEA 2X6NA 1NK7A 4J2AA 3WNEA 1ZBIA 4RW8A 1TV6A 4CGJA 2ITGA 3OS2A 3OYIA 4QCLA 4Z4FA 3CM5A 3HP9A 3WNHA 1EKEA 1RT6A 4DQIA 4W5NA 1FK9A 2W42A 4EZ9A 1Y97A 1B92A 4MQ3A 4I9QA 2YNHA 4KO0A 4CJVA 3LWMA 4DU3A 3SPYA 3IRXA 4H4MA 4FJLA 1WLJA 2YNFA 3KKSA 3L2QA 4DTOA 4O5BA 1QSSA 4AHRA 3C6UA 1XI1A 1A5VA 1GOCA 2A1SA 3L2VA 3OJSA 3SYZA 1ZBLA 4KRFA 1QE1A 3TAEA 1NKEA 1JXBA 1WSIA 1RDAA 4LSLA 4CEFA 1MU2A 3U6FA 3SUOA 3RR8A 4NCBA 3MEGA 4CEQA 3I0RA 5J2MA 1JL2A 4DWIA 2XY5A 2IOCA 3V9XA 4DTSA 5HROA 2WONA 4AHUA 1KLNA 1NKBA 1WN7A 3K59A 2PYJA 3KJVA 1S9GA 3AA3A 2RPIA 4BWMA 4DG1A 3TWHA 4HUEA 3PX4A 1B9FA 4HCBA 4M41A 4FJKA 3PX6A 2HHTA 1KFDA 4OLBA 1KTQA 2QXFA 3KLIA 1RDCA 3OYLA 4JRQA 1RTDA 4CGHA 3OYDA 3PO4A 1TK8A 3DM2A 3K5MA 4E7LA 2XY6A 3VN5A 3MECA 3I8DA 2KFZA 1J5OA 1IO2A 3SUNA 4ID1A 3VQEA 5KRTA 4J2BA 1S5JA 4E7JA 1NK9A 3V81A 4LY7A 4LH4A 3ZT0A 3ZSVA 1NJWA 1CZ9A 1ZBHA 1TL1A 2XRIA 1SV5A 3AO5A 4FLWA 4DFPA 2HNZA 3RMCA 5CY4A 4DF8A 4O55A 4EP4A 1YT3A 4RW7A 3V9ZA 3AVFA 3DRPA 4NYFA 4B8AB 4ZTJA 2DFEA 2PZSA 2FBYA 4Y1CA 4DU4A 3NGYA 2G8IA 3V1OA 4CFDA 3TAFA 3QLHA 1R0AA 1SL0A 4KTQA 2GBZA 3IAYA 1HYZA 3K58A 1JLEA 2Y1IA 2QK9A 1HNIA 3DLEA 4FJ9A 1BHLA 3OYEA 1DTQA 2HNDA 1LW2A 5CYMA 4FJ5A 4BACA 3NGIA 1RT4A 1UOCA 3D45A 5KGWA 1TKDA 1REVA 3AO1A 4AH9A 2FBTA 1YVUA 4CIFA 4CHOA 1NOYA 4CGDA 2ZQBA 3AVKA 3HT3A 4HUGA 2XHBA 3VQPA 4FXDA 3OS1A 1TVRA 1L5UA 4DQRA 4FW2A 5HRPA 1TAQA 2G8KA 5J1EA 1HMVA 3C6TA 2P5OA 1EXQA 2EX3A 2YKNA 4M42A 2A1RA 1NJZA 2HVHA 1LAWA 2XO7A 1KVCA 1I3AA 3LP3A 4DTUA 3NDKA 1XHXA 2FBXA 2BGGA 3K57A 3VQ5A 4KI4A 4CJRA 3LZJA 3T3FA 4AILC 4E19A 1DTTA 1TKXA 2FC0A 4O0JA 1JKHA 1KVBA 4B9TA 4E0DA 3QINA 2HHUA 1RT3A 3TAQA 3PV8A 3UIQA 2Q3SA 1X9SA 2D0CA 4J2DA 3OYJA 3QETA 1C1AA 1SL1A 1BI4A 1BL3A 1U49A 1RILA 1D8YA 1RT5A 4N47A 4KAZA 5D3GA 4CJ3A 4R5PA 1BQNA 3VQ4A 2IC3A 3OYNA 3QEIA 4FJXA 3DI6A 3NH0A 4OKKA 3SPZA 3NGZA 4IFVA 4XIUA 4FM2A 2D0BA 1BGXT 3VQ6A 4AHVA 4CEBA 3OYBA 1SL2A 3HVRA 4CIGA 1BCMA 1CXUA 2E6MA 4JLHA 4CF2A 4JS4A 4DSFA 2DTUA 3DLGA 3TI0A 4BDPA 3KK2A 1VK0A 3TAPA 2YKMA 1TK0A 4DS4A 1U45A 2ZE2A 2G8HA 4I7FA 4Z4IA 3P83D 4E89A 4F3TA 3K5OA 2HVIA 3HL8A 3CFPA 1EETA 3RRHA 4BE2A 3QNNA 4FVMA 4CE9A 4OJRA 5HRRA 1ASUA 5J2NA 4IFYA 3VQQA 3AVJA 3ULDA 2FBVA 1JLFA 3SZ2A 1VSMA 3PUFA 2JLEA 5C42A 3PX0A 1NOZA 4KTWA 1X9WA 3V9UA 3CFOA 1JLCA 2VWJA 1WAJA 1Z26A 4CECA 2XY7A 1KFSA 4B9VA 4ICLA 1RT7A 4AHSA 1D5AA 3HSTB 3VQDA 4FK4A 1YTUA 4C8MA 2IDOA 1NK6A 1JLBA 1VSFA 2OYQA 3LPTA 4DLEA 1B9DA 3VA0A 3SNNA 1GOAA 3ZSQA 4G1QA 3ZSRA 3NE6A 5C25A 3QIOA 1X9MA 1L3UA 4B8CA 4OLAA 2LSNA 3LP1A 2YV0X 3DOKA 4BDZA 1SKSA 4CFAA 3LPUA 4I2QA 3KLGA 3WNGA 3G0ZA 1HQEA 5HBMA 3HO1A 4E7KA 4LD0A 1RCHA 4AHTA 1ASVA 2D0AA 1TL3A 4NYNA 4N56A 4DSEA 3L2UA 3TABA 4DSLA 5E41A 4FJHA 3KK3A 2O4IA 3AVLA 1W0HA 3M8QA 3VQAA 4DFMA 2WOMA 4RW6A 5HRSA 3SJJA 2VG5A 1ZBUA 3CG7A 3AVIA 1YTAA 4NCAA 4FLTA 4CF1A 3HP6A 1RTHA 4RG8A 2HHSA 5T7BA 4DQSA 4DTXA 3SV4A 1RNHA 5DK5A 2YNIA 3QIPA 4FK2A 3S3NA 1QSYA 4Q5VA 3V4IA 3MXJA 4ZHRA 4W5OA 1WSFA 1ZBFA 4I9LA 5DMRA 4DLGA 3MXIA 4FZXC 4FYDA 4HVJA 1RT1A 4DTJA 1ASWA 4DMNA 1C6VA 3E01A 2KW4A 4OPJA 4C8NA 2D5RA 2IS3A 1WSHA 3AO3A 2RF2A 4I2PA 3U3YA 1TGOA 1U47A 2PYLA 1L3SA 4KI6A 1KLMA 1HQUA 2BDPA 5J2PA 1L3TA 2F8TA 3OYKA 1CZBA 4O44A 4FJMA 3HK2A 5C24A 4ELUA 4DQQA 2OPSA 4ID5A 1RTIA 2F8SA 3NFAA 4N5SA 2HMIA 4YNQA 4E1MA 2QKBA 4KREA 3L3VA 3SUQA 1LV5A 1TKTA 1KRPA 5FRNA 3RMDA 2HHQA 4KKOA 5KI6A 1EP4A 5CYQA 5KTQA 4OVLA 2JGUA 4E7HA 5HLFA 1VRUA 4FZZA 2E6LA 4FLYA 3TANA 1FKPA 1WSJA 4FM1A 2OA8A 1WSGA 2HHVA 4CJTA 1S6PA 2Z1IA 1IG9A 1NJYA 4KB0A 2P51A 4JRPA 4N76A 2GUIA 3CYMA 3DYAA 4PY5A 4CGFA 3LP0A 4H8KA 1HYSA 1VSJA 1UA1A 4HUFA 3M8RA 1VSIA 4FCYA 1SKWA 4B9UA 4M3TA 1VSHA 4CEEA 4CGIA 2OPQA 2Y1JA 4RW4A 3IG1A 4CF0A 4J2EA 4F8RA 3AVCA 1VRTA 1S9EA 1FXXA 3TAMA 3ZCMA 2X78A 4DTMA 4KTZA 3B6OA 3BDPA 4F3OA 4CFCA 1QS4A 1RBRA 1NK8A 3KIOA 1JXEA 1QTMA 4CK3A 1RDDA 4FJ7A 1QQCA 1L3VA 4ELVA 4M3UA 2VG6A 4KHUA 1IKVA 2GV9A 4RW9A 5J2QA 1RT2A 1IKXA 3LAMA 4Z4CA 2G8WA 1C0MA 4K8XA 1N6QA 3OJUA 2P1JA 4DSKA 1C0UA 3V1RA 2G8FA 3C95A 4CJ4A 4HTUA 3V6DA 4PUOA 4PWDA 3AA2A 2EHGA 3V1QA 3RMAA 2F96A 3ZSWA 1KCFA 4KHNA 4CJFA 4M3XA 4W5QA 4E3SA 4IG3A 4FJ8A 3C94A 2BE2A 4OKEA 3B6PA 3L3UA 3ALYA 1IKYA 4YFUA 3L2RA 4E1NA 4E7IA 4DFKA 3SQ2A 3DLHA 5FRMA 3LALA 4CF9A 5KGXA 3HJFA 4DSJA 2IGIA 5FDLA 3NF8A 1W9HA 3OYCA 4FJNA 1JLGA 4Y1DA 3TR8A 4NCGA 1ITGA 4CERA 1S1WA 2ETJA 1RBUA 2X6SA 3LP2A 2HHXA 4DU1A 2RN2A 3PO5A 3ZSYA 3MXMA 4Z4EA 2OPRA 3QEWA 3OVNA 4B3OA 1J9AA 4BE1A 1GOBA 3P5JA 3IS9A 3M8PA 3LWLA 4FK0A 3O4NA 3HXMA 1FKOA 3O4QA 4BE0A 2KZZA 1C1BA 3MEEA 3ASMA 4W5TA 3EYZA 1JLQA 1HRHA 3O3GA 1U48A 3NCIA 4CHPA 4C8LA 3QNOA 1NKCA 3PY8A 3T1AA 2KZMA 4M3YA 4FJIA 4CGGA 1A5WA 1TKZA 4CJ5A 3RMBA 3FFIA 4Z4GA 4DTPA 1WSEA 4IG0A 1I39A 2E4LA 4LSNA 5SWMA 1O1WA 1CXQA 3ZT3A 2X74A 4L8RB 4KPYA 2OPPA 3K2PA 2KQ2A 4DF4A 1T8EA 4C8OA 4ELTA 4TSXA 1NJXA 1S1UA 3U3GA 1DLOA 4ZTFA 1SUQA 3NF6A 3TAGA 1X1PA 4DQPA 1F21A 3EZ5A 3LZIA 2XY8A 4CHNA 4FLXA 4OKJA 2KFNA 3OY9A 3AVNA 2R7YA 5FROA 4CJPA 1QHTA 4QOZB 1S1VA 2VG7A 4Z4HA 2I5JA 3MAQA 4OGEA 3DMJA 1LW0A 4FM0A 1HPZA 4KHSA 1VSDA 3VQ8A 4EZ6A 2ZD1A 4DSIA 3AA5X 2P5GA 4MFBA 3M8SA 3SQ0A 3LAKA 5EU7A 2Z1GA 3ZT1A 3KLFA 2AJQA 1BI4B 1VSLA 3KKRA 1T7PA 4M45A 4O0IA 3RWUA 3O3HA 3VQ9A 3SI6A 1EX4A 4IKFA 3WNFA 1BCOA 4DS5A 3QEVA 3NF9A 4CK1A 3NAEA 2YHBA 4CF8A 4JS5A 3V9WA 1LWCA 3KLEA 4CJLA 1LWFA 4CIEA 3SUPA 3NH1A 3DRSA 3DOLA 2RKIA 4GVMA 3F9KA 4KHWA 4B9MA 4CEOA 4M3RA 4CJKA 3HPOA 1XHZA 3S9HA 3S3MA 2VWKA 3NH2A 4KHYA 4CEAA 2PY5A 3CQ8A 4KFBA 1KVAA 4AHCA 5KRSA 1IKWA 1K6YA 4O4GA 1NK5A 3QEPA 1G15A 3VA3A 2G8UA 4PQUA 3QESA 3P1GA 2Z1HA 4M3ZA 2OZMA 2DFFA 1TK5A 3HM9A 4B08A 4FLZA 3CFRA 3ZT2A 3DLKA 3QERA 1QSLA 3AVHA 4CJSA 3D0PA 1HYVA 4K8ZA 3SV3A 3HVTA 3SQ4A 3TARA 4DTRA 4CEDA 4HHTA 2QKKA 3OYAA 1U4BA 2B6AA 4H4OA 4EP5A 3K5NA 1XWLA 1RDBA 3LDSA 4FW1A 5HP1A 1Q9XA 1TAUA 2YNGA 5CZ2A 3AVBA 3VQ7A 2KTQA 2HNYA 1UA0A 2YHAA 3ZSXA 1C0TA 4CHYA 1HNVA 3ISNC 1BQMA 1KSPA 1D9DA 1UWBA 4C8KA 4CHZA 4FZYA 4LH5A 3DLRA 4IBNA 3RTVA 4BWJA 3OYGA 5JS1A 4M3WA 1BIUA 1UAXA 4B9SA 1N5YA 4GW6A 4CEZA 3O3FA 3QEXA 2O4GA 3AVAA 3S3OA 1T03A 1J53A 4DTNA 2OZSA 2HHWA 1S6QA 3DRRA 3AA4A 1JL1A 4PA1A 5HRNA 3L2WA 3ZSZA 4BDYA 1S1XA 4IDKA 3VQBA 1NK4A 3T19A 1BIZA 4CHQA 3RR7A 2BANA 4KB1A 2B4JA 4FLVA 3AVGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IAJA 3EE8A 3FLCO 3AV9A 2YHXA 4G9ZA 1C1CA 3K5LA 3KD5E 4BC5A 1N8RO 2NUBA 3QO9A 1RBTA 3HYFA 3EZWA 4K25A 1RTJA 4DV7K 4CFBA 1HPMA 4B9LA 3WXMB 5AQMA 3JSMA 3D2EB 1VSKA 4PHTX 4DFJA 2NRZA 4UQGA 2ASPA 1U2VA 1T05A 3H08A 2WC9A 1YJWN 4F4KA 3FZFA 1VSEA 2B5JA 3EO3A 3CM6A 4C23A 4LC9B 3MEDA 2FF3B 4MO5A 4FJJA 1JLAA 4GMJB 3SJHA 3BGRA 3UE5A 4CESA 1RBVA 2DFHA 3HPGA 4BR7A 3MN5A 3WNEA 4A5AA 2A42A 1K8AO 1TV6A 3OS2A 5H1SQ 4Z4FA 3HP9A 2W42A 1Y97A 5CE3A 1B92A 5M1QA 4KO0A 3UKUB 4CJVA 4ISFA 3SPYA 2UUBK 4JI4K 1WLJA 3KKSA 1NGJA 3KWIA 4JKGB 3L2QA 1QSSA 1XI1A 1HNWK 1Q7YO 4GNIA 1ZBLA 4KRFA 3VEVA 3TAEA 3MMVA 1JXBA 1WSIA 1RDAA 4LSLA 3VGKA 3U6FA 5AZJB 3VEZA 2ZGYA 4FSVA 2QWMA 5J2MA 3CC7N 2IOCA 4AHUA 1S9GA 2P9LB 2RPIA 4HCBA 4M41A 4NO7A 2ZJQL 4BC4A 2QXFA 3KLIA 4MLHA 1RTDA 4DSIA 5AJ3K 4QS9A 3PIPL 1VQ4N 3VN5A 3I8DA 1HR0K 3MK6A 4J2BA 3V81A 4LH4A 3SAFA 1TL1A 3DXKA 4O55A 3V9ZA 2QWRA 3CCSN 2PZSA 2UXBK 3DXMA 2G8IA 4CFDA 5KQDA 1SL0A 4KTQA 4L3QA 4ILGB 2GBZA 1HYZA 2QK9A 3DLEA 4CZIA 1BHLA 2HNDA 1KD1O 2WFBA 2UYTA 5KGWA 1TKDA 1REVA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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