4E1MA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 48
structure length 146
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1mA00
3U3GA 3LALA 3SQ0A 4CEDA 4CJ3A 4W5RA 4B9NA 4FJ5A 4CEBA 1RTJA 2OZMA 1U04A 1RT7A 1WSJA 3V1OA 4B8AB 1HYSA 4FJ8A 2NUBA 4E1NA 2P5GA 1JL1A 3AO3A 3K5LA 2F8SA 4I2PA 3QLHA 4BE0A 2E4LA 1BIUA 1HQUA 3DRPA 3QEPA 3SZ2A 2F8TA 2IDOA 3AVBA 3P5JA 1J9AA 4OLAA 3AO2A 2HHQA 3NF8A 4IG0A 1WSEA 2VG7A 4H4MA 2BDPA 3HVTA 3OS2A 4DF8A 3M8QA 1UWBA 3MAQA 2OPPA 1VSEA 1L5UA 4Z4FA 1EETA 1GOAA 4JS5A 4UQGA 4HUFA 5J1EA 4DQRA 3RMAA 1X9MA 2QKBA 4I7FA 3SV3A 4OPKA 4KHWA 1Q9YA 2OPQA 4FJKA 3M8PA 3ZCMA 4DTMA 1TK5A 2AJQA 5CYQA 4CK3A 4DU4A 2XRIA 3RRHA 4DTSA 1SKWA 2D0CA 4IFYA 1VSFA 3KK3A 3SPYA 3QIPA 3KK1A 3CFPA 4DTJA 1QSYA 4L8RB 1Z26A 1KTQA 2P1JA 1YT3A 3AA5X 3ZSXA 4CFBA 3AO1A 4FVMA 2DFFA 5DK5A 1DTTA 1D5AA 1REVA 3OS1A 4IFVA 3KJVA 5HRRA 4CGFA 3I8DA 1J54A 1L3VA 1QS4A 1ASUA 4O44A 3RMBA 4KRFA 3D45A 4FJLA 4EZ9A 2YKMA 4CIGA 3SUPA 4J2DA 1EXQA 3SYZA 3U6FA 1LAVA 3QIOA 4CK2A 2G8UA 2PZSA 4CJ5A 4B9UA 4FK2A 3B6OA 5J2MA 1RDBA 3LZJA 3DMJA 5C42A 1KRPA 1WLJA 3OYNA 1CZBA 1TAUA 4BE2A 4CE9A 4AHRA 4CJTA 2HHXA 4E7LA 4FW2A 1LV5A 3S9HA 3CYMA 1QSSA 1C1CA 1NK7A 3F9KA 4FJIA 2Z1JA 1S9EA 3ZT2A 1LWCA 4CHNA 4KTZA 4CHYA 3TAPA 4KHQA 3D0PA 3CM6A 3VQ8A 4RW8A 1QQCA 4OGEA 2VWJA 4KI6A 4H8KA 4KO0A 4CHZA 4O0IA 1U48A 4N5SA 1T03A 4LH5A 4I9LA 4FLVA 3IRXA 4W5NA 3NH2A 4DFKA 5FDLA 1RBRA 3BDPA 4I2QA 4DG1A 3QNNA 1SL1A 2HHTA 3CM5A 3V9ZA 4DSLA 1VSDA 3MEEA 4RW6A 3OYKA 4FJHA 2E6MA 4FJMA 3V1RA 2G8IA 5J2QA 1CZ9A 1FKOA 1QSLA 1RDDA 4CGGA 4XIUA 3AA4A 2ZE2A 5J2PA 4F2SA 3AVFA 3L2UA 3VQ5A 2G8FA 4KPYA 4E89A 1NK4A 2HHVA 5HRSA 4R5PA 3L2WA 4HUGA 1JKHA 1EP4A 4FW1A 3ZT0A 1NJWA 4CJLA 3TWHA 3VN5A 3VQCA 3L2RA 3AO5A 2XY5A 3ZSOA 4BDYA 3DRRA 1NOZA 1GOCA 3AVKA 3ASMA 4FZYA 1JLBA 5D3GA 4LD0A 4O5BA 1BHLA 1LWEA 4OKKA 4DS5A 2FBTA 3KTQA 1VSMA 4KTWA 4N76A 4DF4A 5KGXA 4NCAA 4AILC 4ELVA 1NK5A 5JS1A 3F73A 4DTPA 4E3SA 3OYDA 3DLEA 2HMIA 1T05A 4W5OA 1LW0A 3FFIA 3LWMA 3QEXA 1YTUA 1WSHA 2Z1IA 2VG6A 5EU7A 4CJQA 1JXBA 1D8YA 2HVIA 4FLZA 1JLFA 5KRSA 1UA1A 1KSPA 4LSLA 4CECA 4CK1A 3SNNA 2P5OA 4BDPA 2YNGA 1A5VA 4C8NA 4C8KA 2G8HA 3TI0A 3DRSA 2IS3A 2DFEA 3OYGA 1IH7A 3OY9A 3PO4A 3OYHA 5KRTA 1VSIA 3TANA 4FXDA 4OKJA 3OVNA 2EX3A 4CESA 3NGZA 4BDZA 5HRPA 2OA8A 4I9QA 1FK9A 1RDAA 3QETA 3SQ2A 2G8KA 1RCHA 4B9MA 2YNFA 4PQUA 3ZSZA 4E7JA 1ZBHA 1WSFA 1NKEA 1ASWA 2IC3A 4DTRA 3NGIA 2QKKA 1B92A 4AHVA 2ATQA 1IO2A 3DOKA 5CY4A 5DMRA 4DSEA 4FJXA 1W9HA 4AHCA 4CJUA 3K57A 4W5QA 3PX4A 4LY7A 1TKXA 1B9FA 3C6UA 4CIEA 1S1WA 1VSKA 4OJRA 4KAZA 4J2EA 2P51A 2O4IA 1BI4A 1HJRA 4IBNA 5CZ2A 1BISA 3L8BA 4CF1A 2KFNA 4QCLA 5HROA 5FROA 1TVRA 4Y1DA 3O4NA 3L2QA 3HJFA 2EHGA 3QINA 1HQEA 1U45A 2D0BA 1WSGA 4RW7A 3QO9A 4PY5A 5K14A 4HTUA 4Q5VA 1ZYQA 3K58A 3TAFA 5HRNA 5FRMA 4FJJA 1NJXA 1IG9A 4F2RA 3DM2A 3K5MA 2HNZA 3MECA 3SUQA 2OYQA 1NK0A 1ZBUA 4ZTFA 1DTQA 4WE1A 3HT3A 3VQ7A 1SL0A 4KHYA 1RT3A 4F3TA 3EZ5A 1QHTA 2KTQA 2PYJA 3ZSYA 4CEAA 4M3ZA 2HW3A 1RBSA 2OPSA 3L3UA 3LZIA 4FM1A 4W5TA 1MU2A 2HHWA 4CF2A 3WNGA 4M42A 4BE1A 2VG5A 1KVBA 2PY5A 3HK2A 2HNDA 1NJZA 3DLGA 1BCMA 4CCHA 4ELUA 3I0RA 2WOMA 4MFBA 4OLBA 4JLHA 3KK2A 3ULDA 1TGOA 1ITGA 1KCFA 1HNVA 3LP3A 4NYFA 1XHZA 1GOBA 4O55A 2B6AA 1UAXA 1QE1A 3HSTB 1JLEA 3ZSVA 1L3TA 3T19A 3RRGA 4DSFA 4CFDA 3HM9A 4OGCA 1KVCA 1RT2A 3PUFA 1HRHA 1SL2A 1C1BA 4EP4A 2OZSA 3RR7A 1S6QA 1ZBFA 1N5YA 1VK0A 3SQ1A 4KHUA 1BQNA 4RW4A 4E7HA 4Z4HA 3SUNA 2GUIA 3OJSA 3TABA 1RNHA 3VQQA 3OYLA 3U3YA 3AA2A 4DFJA 1S1XA 4RG8A 4ZTJA 3MEGA 4B9LA 2QK9A 3P83D 4J2AA 4Z4GA 3LAKA 3NE6A 4EZ6A 2O4GA 3WNFA 1J5OA 4N41A 2B4JA 4KHSA 4Z4EA 1YVUA 1VSLA 3VQPA 1N6QA 4CEQA 2A1SA 3LWLA 1Q9XA 3HP6A 4DS4A 3V1QA 2FC0A 2KZZA 2KFZA 5CYMA 3PX0A 3JSMA 1KLNA 3PY8A 2YHBA 4TSXA 4E1MA 4KHNA 2BGGA 4JS4A 2X78A 2IAJA 1BQMA 2F96A 4HCCA 3NHGA 4CGIA 1RT4A 2BANA 4Q0BA 4KKOA 1RTDA 3HPGA 1WSIA 3SQ4A 2YV0X 1VSJA 1T7PA 3O3HA 2D5RA 2X74A 3VQ9A 2R7YA 1W0HA 4RW9A 4PA1A 5I42A 1LWFA 3AA3A 3HYFA 4CJEA 2RKIA 5SZTA 4LSNA 3VA3A 1J53A 1KLMA 4F8RA 1Y97A 3L3VA 4CJRA 3OYAA 3NF6A 2Z1HA 4DU1A 2KQ2A 2XY7A 4FLYA 3RR8A 1XWLA 3NF9A 3V81A 2X6NA 3PO5A 2KZMA 2X6SA 4OVLA 3NDKA 1NJYA 1L3UA 2DFHA 2RPIA 4F4KA 4DU3A 3MXIA 4DTUA 3A2FA 1BI4B 2YNHA 4CEOA 2ITGA 1C1AA 4FK0A 4M3WA 4HUEA 3KKSA 3K5OA 4PWDA 1HMVA 3IS9A 1RT1A 2KW4A 3TAGA 4AH9A 3RWUA 4DQQA 3KLIA 1G15A 2VWKA 2FBVA 3OS0A 3QEIA 2XY8A 3SCXA 4Z4CA 3LP0A 4MQ3A 4B08A 3O4QA 3TAMA 4M3UA 4ZHRA 3OYFA 1C6VA 3V9XA 4BWMA 1S5JA 2XHBA 4CIFA 4E7KA 3MXMA 2G8VA 1NK6A 4KI4A 1DLOA 1X9WA 3ZSWA 4OKEA 1S9GA 3G0ZA 1EX4A 5KTQA 1D9DA 3KKRA 3OYCA 4IKFA 1SV5A 4B9SA 5KGWA 4DWIA 1XC9A 1FKPA 3AVAA 3CQ8A 1RTIA 3EYZA 3SI6A 4CEZA 1TK0A 3QESA 5KI6A 4BACA 4CJPA 3ZT3A 3OYJA 3NF7A 4ID5A 2ZD1A 4GVMA 3HPOA 1R0AA 1XHXA 2YKNA 4M3RA 3C94A 4E7IA 3RMCA 2A1RA 3OJUA 1U4BA 3KD1E 4CJWA 4Y1CA 5C25A 1NKCA 3KLGA 3QEVA 4E0DA 2OPRA 4CHPA 2PYLA 4YNQA 1HYVA 1QTMA 3I0SA 1RTHA 1U47A 1RBTA 2W42A 4M3YA 1WAJA 4C8LA 4KFBA 4H4OA 1WAFA 1A5XA 1JXEA 4DFPA 1KFSA 3VQEA 1I39A 3M8SA 3HL8A 3P1GA 4IG3A 1VRTA 2IOCA 1S1UA 5JS2A 3KD5E 3BGRA 1BIZA 2GV9A 1U49A 1KVAA 3G10A 1X9SA 4DSKA 1TAQA 1CXQA 2IGIA 2RN2A 3NH1A 3NCIA 4AHTA 1BCOA 2HHUA 4B3OA 3TR8A 4HCBA 2B5JA 4J2BA 3DOLA 4CF8A 3TAEA 3DI6A 4M3XA 3QNOA 2DY4A 1HPZA 1TKZA 3SUOA 5I3UA 4FK4A 3AO4A 1JL2A 4CEFA 4DQIA 2BE2A 2XY6A 4CF9A 2G8WA 3O3FA 4DFMA 2JGUA 4IDKA 4CFCA 2I5JA 2Y1JA 4FJGA 1I3AA 5HP1A 1S6PA 4C8MA 4CHQA 3NFAA 3SPZA 4CGHA 3ZSRA 2FBXA 4QOZB 2HNYA 4CEEA 2JLEA 3VQBA 2E6LA 3KLFA 3TAQA 3DLHA 4FJ9A 2DTUA 1RT6A 4FLWA 1SKRA 1RDCA 1NOYA 4HVJA 4FM2A 3HXMA 4FCYA 3HP9A 1SKSA 1IKXA 4GMJB 3B6PA 5HLFA 4M41A 3AVNA 4NYNA 4CFAA 1A5WA 1HYZA 4O4GA 4E19A 3HVRA 4FLTA 1XI1A 4F3OA 1JLAA 1C0UA 3OYEA 4DTOA 1NKBA 3VA0A 3LDSA 3IAYA 4N56A 3THVA 2QXFA 3CFRA 1NK8A 4YFUA 3T3FA 4DSIA 1IKYA 1TK8A 3V9UA 4KB0A 3PX6A 3KIOA 1TL1A 4AHSA 4B8CA 4CERA 3DYAA 4LH4A 2YHAA 3H08A 4CF0A 4PUOA 1BL3A 2YNIA 1IKVA 3LPUA 4ICLA 3VQAA 2LSNA 4CJSA 1Q8IA 4CJVA 4FJ7A 5J2NA 3WNEA 1SUQA 3ISNC 4HHTA 4FYDA 3UIQA 4B9TA 3AVGA 5HBMA 3OYBA 3S3OA 1EKEA 3HO1A 1LW2A 4JRPA 1RT5A 3C95A 4KREA 3VQ6A 1YTAA 3ITHA 2GBZA 3KLEA 2Q3SA 4CJFA 3K59A 4FZZA 3VQDA 3AVMA 2Z1GA 3MXJA 4BWJA 3V4IA 3QEWA 1UA0A 4DQPA 1RILA 1VRUA 3AVLA 4G1QA 4DSJA 3DLRA 4QAGA 4CJKA 3T1AA 1T8EA 4K8ZA 1Z25A 5CZ1A 5E41A 3RMDA 4FM0A 1B9DA 4B9VA 3LANA 3K5NA 3O3GA 4DTNA 3OYIA 3IG1A 1F21A 1JLCA 4CGJA 4EP5A 4CJ4A 3NH0A 4DMNA 3ZT1A 3AVJA 4M45A 4CHOA 3JYTA 3KLHA 3VQ4A 3OYMA 3EY1A 3LAMA 4FLXA 3RTVA 3ZT4A 3PV8A 3SJJA 1WN7A 2HVHA 4KB1A 3NAEA 1S1VA 1UOCA 4M3TA 1ZBIA 3K2PA 4FJNA 3ZSQA 1K6YA 1FXXA 3V9SA 3QERA 4JRQA 1BGXT 4DLGA 3CFOA 1D9FA 2Y1IA 3MEDA 4GW6A 1CXUA 4ELTA 4KV8A 3TARA 3ALYA 3DLKA 1ZBLA 4N47A 4ID1A 1C0TA 4Z0UA 2ETJA 3NGYA 3CG7A 2XO7A 2ZQBA 4FLUA 2RF2A 3AVHA 3AVCA 1TKTA 3LP1A 1TKDA 3WNHA 1RBUA 1JLQA 1C0MA 5T7BA 3L2VA 3NBPA 1S1TA 1IKWA 3SV4A 5FRNA 1RBVA 1TL3A 1NK9A 4FZXC 3S3NA 1HNIA 1LAWA 2WONA 4DLEA 4DQSA 3DLBA 1KFDA 4O0JA 4NCBA 4OPJA 1WNSA 1O1WA 2HB5A 3LP2A 1CLQA 4AHUA 4K8XA 4KTQA 2FBYA 3AV9A 3AVIA 3E01A 5C24A 1VSHA 3V6DA 4CGDA 4DTXA 4C8OA 5SWMA 2HHSA 1JLGA 4NCGA 1ASVA 3LPTA 3M8RA 3V9WA 2D0AA 4Z4IA 3C6TA 1X1PA 1TV6A 3HPHA 1L3SA 3S3MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJ3A 4I6MB 1RTJA 5AQUA 1U04A 1WSJA 3V1OA 2WC9A 2P5GA 4I2PA 4EIAA 3QLHA 2YI1A 2F9WA 3QEPA 1J9AA 3NF8A 5B8HA 3VMFB 3HVTA 4DF8A 3JXUA 5BN8A 2OPPA 1VSEA 4Z4FA 3J81O 5GAGP 4JS5A 1VQ9N 1JCEA 4HUFA 5J1EA 4DQRA 3RMAA 4KHWA 3O4WA 4X66K 3WXMB 5CYQA 1H1VA 4DU4A 1VQ5N 3MMVA 5BRDA 4FK4A 5EVZA 1DGKN 4CGFA 1QS4A 3O6WA 5LMNK 1E4FT 3R8EA 3GE1A 2BTFA 1X3NA 1LAVA 4CK2A 1RDBA 4JI2K 2YHXA 4WYBA 5EX5A 4BE2A 3I55N 3R9PA 5AQTA 1XMQK 4FW2A 2GELA 3CYMA 1NK7A 5AR0A 3F9KA 4FJIA 3L4IA 1NJIO 4LC9B 4KHQA 4YY3K 4LFAK 3C7NA 1YI2N 3GBTA 4ISFA 4KI6A 4JK8A 4LF6K 2GUPA 1U48A 4LH5A 3IRXA 3MCPA 2UUBK 4DG1A 3QNNA 3CIPA 1BWFO 1Q7YO 4DSLA 1NGFA 3DWLA 4FWNA 2G8IA 1CZ9A 2D4WA 4MLEA 4EFHA 4XIUA 3O9QA 2ZE2A 5J2PA 5FPMA 3VQ5A 3HBTA 4GKKK 1NK4A 4CZFA 1HKGA 4PL8A 3L2WA 1JKHA 1GLFO 1NJWA 3TWHA 5AQNA 2XY5A 4FZYA 3AVKA 1XNRK 4LD0A 2ZWHA 4FWRA 2FBTA 1VSMA 4DF4A 4ELVA 2GWJA 3F73A 4E3SA 3CMEN 3OYDA 3DLEA 3LWMA 4DR1K 4KHPK 4B1WB 1JCGA 4JI4K 5EU7A 4YOXA 1BUPA 1JLFA 4CK1A 3SNNA 4BDPA 2A42A 1QZ5A 2CGKA 4C8NA 4C8KA 2KHOA 3W0LA 1VQ6N 2DFEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CJ3 A;  4I6M B;  1RTJ A;  5AQU A;  1U04 A;  1WSJ A;  3V1O A;  2WC9 A;  2P5G A;  4I2P A;  4EIA A;  3QLH A;  2YI1 A;  2F9W A;  3QEP A;  1J9A A;  3NF8 A;  5B8H A;  3VMF B;  3HVT A;  4DF8 A;  3JXU A;  5BN8 A;  2OPP A;  1VSE A;  4Z4F A;  3J81 O;  5GAG P;  4JS5 A;  1VQ9 N;  1JCE A;  4HUF A;  5J1E A;  4DQR A;  3RMA A;  4KHW A;  3O4W A;  4X66 K;  3WXM B;  5CYQ A;  1H1V A;  4DU4 A;  1VQ5 N;  3MMV A;  5BRD A;  4FK4 A;  5EVZ A;  1DGK N;  4CGF A;  1QS4 A;  3O6W A;  5LMN K;  1E4F T;  3R8E A;  3GE1 A;  2BTF A;  1X3N A;  1LAV A;  4CK2 A;  1RDB A;  4JI2 K;  2YHX A;  4WYB A;  5EX5 A;  4BE2 A;  3I55 N;  3R9P A;  5AQT A;  1XMQ K;  4FW2 A;  2GEL A;  3CYM A;  1NK7 A;  5AR0 A;  3F9K A;  4FJI A;  3L4I A;  1NJI O;  4LC9 B;  4KHQ A;  4YY3 K;  4LFA K;  3C7N A;  1YI2 N;  3GBT A;  4ISF A;  4KI6 A;  4JK8 A;  4LF6 K;  2GUP A;  1U48 A;  4LH5 A;  3IRX A;  3MCP A;  2UUB K;  4DG1 A;  3QNN A;  3CIP A;  1BWF O;  1Q7Y O;  4DSL A;  1NGF A;  3DWL A;  4FWN A;  2G8I A;  1CZ9 A;  2D4W A;  4MLE A;  4EFH A;  4XIU A;  3O9Q A;  2ZE2 A; 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 1TK8 A;  2Q2R A;  4KB0 A;  3F2K A;  4IOX A;  5LMU K;  3H08 A;  3LPU A;  5J2N A;  3AVG A;  2NLX A;  3OYB A;  3CI5 A;  3C95 A;  3T1Y K;  3ITH A;  2GBZ A;  2WBN A;  3VEV A;  3KLE A;  5GAD P;  3K59 A;  4FZZ A;  1GLC G;  5CR4 A;  3V4I A;  4BWJ A;  2ASP A;  3QEW A;  3KWG A;  1RIL A;  3AVL A;  3CXC M;  5CZ1 A;  4JI7 K;  4H5T A;  1B9D A;  3O9R A;  4CJ7 A;  4CJ4 A;  4DMN A;  4JI6 K;  1HX1 A;  4CHO A;  3VQ4 A;  5AQQ A;  3EY1 A;  3SJJ A;  1WN7 A;  4KB1 A;  3BEX A;  3K2P A;  3ZSQ A;  3CFO A;  1D9F A;  3DJC A;  1IBK K;  4GW6 A;  1CXU A;  1QHA A;  4DB3 A;  4ID1 A;  1VQK N;  3G6E N;  2ETJ A;  3NGY A;  1N34 K;  3AVH A;  3RSE B;  4WFA L;  1DEJ A;  3LP1 A;  3VTH A;  3GDQ A;  1RBU A;  3WNH A;  1IKW A;  5FRN A;  4DLE A;  1KFD A;  4OPJ A;  2E2N A;  3LP2 A;  1OKJ A;  3P4I A;  4H0O A;  4B1X B;  3J8A A;  2NNW A;  2YHW A;  3KHY A;  3V6D A;  4Z4I A;  3R6M A;  3C6T A;  3D2F B; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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