4E1MA

Crystal structure of hiv-1 integrase with a non-catayltic site inhibitor
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSATVKAAWWAGIKQEFGIPNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
publication title New Class of HIV-1 Integrase (IN) Inhibitors with a Dual Mode of Action.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
total genus 48
structure length 146
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e1mA00
3KKSA 3NH2A 1LV5A 3HL8A 4CJ5A 1J5OA 1RILA 2KFNA 3HSTB 1WSJA 1JXEA 2KW4A 3ASMA 4DFMA 4AHCA 3U3YA 1L3VA 4NCAA 1WSGA 4M3TA 4I7FA 1VSLA 2Q3SA 4DMNA 3G10A 2YHAA 3MECA 1J9AA 5T7BA 2YKNA 4W5RA 5FRMA 4BDYA 3QEPA 4B08A 3V9UA 4FYDA 2P1JA 4AHSA 2YNGA 3V9XA 3RR8A 4FJLA 1QSLA 3VQBA 3NH1A 3U6FA 4C8MA 4J2EA 3K5OA 4JS5A 2IAJA 1NK4A 3ZSVA 4O0JA 4K8XA 4CECA 3L2QA 5CZ1A 4Q0BA 4IG0A 5J2NA 1VSKA 2HW3A 3DYAA 4CF9A 1XI1A 1HJRA 2GUIA 3KK2A 3ISNC 1D8YA 4PA1A 5J2PA 3LP0A 3AV9A 4FM0A 4DQPA 1BCMA 3S9HA 4CFAA 4CESA 3LAKA 1RT3A 3V1OA 4B3OA 3KD5E 1QS4A 4OLBA 1ASVA 1KVCA 3OYAA 4RW6A 3CM6A 1EX4A 3FFIA 3VQ7A 3CFRA 4F3TA 1UOCA 1ZBIA 4CEQA 4Z4CA 3ZT4A 4CHNA 4OPKA 1BQNA 3DLKA 4KHQA 4Y1DA 1Q9YA 4DSKA 3HJFA 4TSXA 3K57A 2XY7A 4PQUA 4CJWA 1QHTA 1ZBFA 1TK8A 2P5OA 1A5XA 3TAEA 3LAMA 1C6VA 3AVHA 3T3FA 1QQCA 3DI6A 4K8ZA 1JKHA 4EZ6A 1NKCA 1KFSA 4CGDA 1GOCA 2HNZA 2XY5A 4Z4FA 1S6QA 3HPGA 3DRPA 4G1QA 3PO4A 2HNDA 4DTPA 2BGGA 4DSLA 5C42A 1SL2A 3OYCA 3NF9A 2PYJA 4B9LA 4OLAA 3HVTA 3T19A 1J53A 1IKWA 4DU4A 4J2BA 4OKKA 2ETJA 2IS3A 3L3UA 1L3TA 2E6LA 4IKFA 3OYLA 3V9SA 3DLRA 4AH9A 2FC0A 1S1UA 2F8SA 4CF8A 4OPJA 3RMDA 3HP6A 2HB5A 2YNIA 3ZT2A 4CK2A 4DSFA 3WNEA 4FLXA 4HCBA 3LPTA 4H4MA 4MFBA 1U45A 2QK9A 1F21A 1RDAA 4GVMA 5CYMA 3TAPA 4B9NA 2OA8A 3T1AA 3AVNA 3M8QA 3TAGA 2Z1GA 4I9LA 4WE1A 3ZCMA 3VQEA 1TKTA 1S9EA 3VA0A 4Z4IA 1YTUA 1S5JA 3C95A 1VSMA 4QOZB 4CK1A 1C0UA 4IFVA 3I8DA 2Z1JA 3AO2A 4OGEA 4CJKA 3NDKA 1TKDA 5CZ2A 2IOCA 4DF8A 4DTOA 4B9TA 3AA4A 2YV0X 4FLTA 4W5QA 4CFBA 1L3UA 3LWMA 1SKWA 4FJMA 3CM5A 1WSFA 3BGRA 3KLIA 3QIOA 4LH5A 1BIZA 3VQ6A 4CHPA 3L2WA 3AVMA 5J2QA 3LZIA 4Z4GA 2A1SA 1JLAA 4M3YA 1VSHA 4ZHRA 1TAUA 3AVBA 1YTAA 3DMJA 3V9ZA 1W0HA 2G8HA 5SWMA 4CJFA 4Z0UA 4Z4EA 4C8OA 1VSEA 3ITHA 3LP2A 2HHSA 3PY8A 4Y1CA 4LY7A 3MAQA 2F96A 1T8EA 3AO5A 4HCCA 2KTQA 3G0ZA 4DF4A 3NF6A 2FBXA 3P83D 3VQ4A 4CJRA 1SL0A 1B92A 4DQQA 1J54A 1IKVA 4ELUA 3A2FA 2YNHA 4OJRA 2NUBA 2ZE2A 4HHTA 3SPZA 3TANA 3V4IA 1KLNA 3AVIA 3KLGA 4FZZA 3QETA 1CZBA 2D0AA 4KAZA 4CK3A 5SZTA 2AJQA 2IGIA 4KHSA 1VSDA 2DFFA 3B6OA 3OYMA 3SNNA 3MEEA 1KRPA 4C8LA 4CIFA 3AVJA 1VSFA 1RDCA 5JS1A 4B9MA 3JSMA 1HQUA 4C8NA 3K5MA 1A5VA 2OPPA 4DFJA 1X9SA 1KVBA 1NJXA 1RTDA 2BDPA 4CEZA 4BDZA 4EZ9A 4CGIA 1Q8IA 4CJPA 3L2UA 2ZD1A 3K2PA 4LD0A 3V1RA 3OYDA 3OYJA 5HROA 4E1MA 2YKMA 1T03A 1B9DA 1RCHA 4CF0A 3RTVA 4E0DA 1JLQA 1TV6A 2BANA 3F9KA 1RT2A 3HPHA 3HYFA 4E7HA 4I2QA 4CF1A 1XC9A 1T05A 4FK4A 1C0MA 3M8PA 4DSEA 1KTQA 4LSLA 1VRTA 3PUFA 1RBUA 1CZ9A 3DRSA 1JXBA 2FBTA 1JL1A 1RT1A 1S1TA 2LSNA 3DRRA 3AO1A 3TI0A 5KRSA 3SCXA 5EU7A 4NYNA 4FVMA 5C24A 2XY8A 1C1BA 1C1AA 3K58A 3CQ8A 1R0AA 1FXXA 1Z26A 1JLGA 2B4JA 3OJSA 4O55A 1DLOA 4OGCA 3SV4A 4DLGA 4AHUA 3TWHA 1FKPA 1L5UA 4MQ3A 1LW2A 1TL3A 2QXFA 4B9UA 4BACA 1D9FA 4CEFA 3MXIA 3AA3A 4RW9A 4CJVA 4ID5A 2GV9A 4CGJA 5HRPA 2EHGA 5HBMA 3K5LA 4DQSA 1X1PA 1NJYA 4KB0A 1BIUA 3D45A 3F73A 3O4QA 2B6AA 1C0TA 3P1GA 2G8IA 2VG7A 3EZ5A 4DTRA 1ASWA 3O4NA 4FZXC 3LP3A 3OYNA 3VQ9A 3NF8A 4R5PA 1FKOA 2G8KA 1RBRA 2D0CA 2OPQA 4GMJB 4PUOA 1NK6A 1ASUA 4E19A 1LAVA 1YVUA 2O4GA 4FJKA 4KTZA 3AA2A 4PWDA 1LWEA 3L3VA 3LANA 4DU3A 2OPRA 3OS0A 4F2SA 1VSJA 2Z1HA 3QLHA 4HVJA 4FLVA 1U4BA 2DTUA 1KVAA 3OS2A 3AVGA 1BCOA 4KHYA 2KZMA 2X6NA 4DTSA 5KTQA 1FK9A 3MEGA 3ULDA 4M41A 4J2AA 2RKIA 2DFHA 4O0IA 5CY4A 4IDKA 3DLBA 1ZBHA 2PY5A 1RDDA 2RPIA 3ZSZA 3ZT3A 5KRTA 3WNHA 4E7JA 3RMCA 3DLHA 1RBSA 3OY9A 4F3OA 3AVAA 1LWFA 1TK0A 2P5GA 1HYSA 3I0SA 4BDPA 3LZJA 1RTIA 4W5NA 4GW6A 4DQRA 4M3RA 4BE0A 1TVRA 5FRNA 4DTNA 4RW4A 2HHTA 1RTHA 1REVA 5DK5A 3TR8A 1U04A 4XIUA 3VQQA 4FJ5A 2O4IA 4H8KA 3OYFA 4KHWA 1HYVA 3VQDA 5DMRA 1IG9A 4FLZA 1S1XA 3KK3A 1WLJA 4E1NA 4KTWA 3O3HA 1WSIA 3M8SA 3E01A 4QCLA 4L8RB 2D0BA 4KPYA 1S1VA 1ZYQA 4CCHA 1S9GA 4CEDA 2E6MA 4KHUA 1HYZA 3U3GA 5HRSA 3QIPA 1T7PA 4FM1A 3OS1A 5HRNA 3AVCA 5KI6A 4NCBA 1D9DA 2G8FA 2X74A 3KKRA 4RG8A 4HTUA 3SI6A 2OZMA 4M3ZA 1UAXA 1NJZA 1IH7A 2YHBA 3HPOA 3SV3A 1TKZA 4CJ4A 3NGIA 5FDLA 1NK5A 2KFZA 1C1CA 3HM9A 3DOKA 3WNGA 2KZZA 4QAGA 4F4KA 4BE2A 5D3GA 3VN5A 2HHVA 1KLMA 4AHVA 4KI6A 3AO4A 2Y1JA 4FW1A 2HMIA 1ITGA 4AILC 3TABA 3PO5A 3RMBA 4DQIA 3TARA 1NOYA 2KQ2A 3MEDA 2Z1IA 4IG3A 4CIGA 4DLEA 4FLUA 2VWKA 4J2DA 4FJ7A 1QTMA 2R7YA 3VQ8A 4M42A 4FW2A 3BDPA 4CEEA 3SZ2A 1U47A 5JS2A 4CJLA 5J1EA 3O3FA 2RN2A 4IFYA 4KHNA 2BE2A 1BI4B 2D5RA 1TGOA 2VG5A 2VWJA 4E89A 1GOBA 3OJUA 4ICLA 4CHZA 4FK0A 3HT3A 4N56A 1HNIA 1NKEA 4DSIA 4KV8A 3LWLA 1QE1A 1VRUA 2FBVA 4O5BA 3CFOA 4ID1A 4H4OA 1W9HA 2XHBA 1A5WA 1CXQA 1HQEA 4CJEA 3NE6A 3QEWA 1NKBA 1L3SA 4B8AB 3QNNA 3KLEA 5FROA 4CEOA 4Z4HA 1UWBA 3C94A 3QEIA 3DLGA 3SJJA 3H08A 3ZSOA 3HP9A 1ZBLA 1NJWA 2PZSA 4ELTA 3WNFA 4CEBA 1UA1A 3UIQA 1JLEA 4DWIA 4YNQA 1TK5A 4FLWA 3SYZA 5J2MA 3KJVA 1U48A 3VQAA 4FJNA 1RT7A 4FJGA 3C6TA 3NHGA 4FZYA 4KREA 3IS9A 4FJ8A 3ZSQA 1BISA 1TKXA 3AO3A 3NH0A 1I39A 2XO7A 3QNOA 1KSPA 4FJJA 2IC3A 3VQ5A 3DLEA 1LW0A 3IG1A 1UA0A 1Q9XA 1WAFA 4N76A 4PY5A 2X6SA 4F2RA 2WONA 4N47A 1CXUA 1SKRA 3KD1E 2XY6A 3OYBA 3OYHA 1XWLA 3AA5X 2DFEA 3LP1A 3OYGA 4RW7A 3SUPA 2YNFA 2G8UA 1RNHA 2E4LA 3NBPA 3DOLA 1DTQA 1EP4A 3ZT0A 4FM2A 3RR7A 4CFCA 1WSHA 1HMVA 4E7IA 3KTQA 1NOZA 1RT5A 3NFAA 4O44A 4BWMA 4AHTA 4CGGA 2JGUA 2HNYA 2G8VA 3K5NA 4CHQA 3VQCA 5KGWA 3JYTA 3HO1A 1QSYA 3CG7A 3PV8A 3L8BA 4FJXA 1ZBUA 4F8RA 4CJUA 4E3SA 4ZTJA 2HVIA 1YT3A 4BE1A 4NCGA 4CEAA 1X9WA 2ATQA 3P5JA 5KGXA 1XHXA 1IKYA 2X78A 3SPYA 2Y1IA 5CYQA 3QO9A 3K59A 3NGZA 3LDSA 4HUEA 1GOAA 4CJ3A 4I9QA 1O1WA 1TL1A 4EP5A 4JRPA 3V9WA 5I3UA 3PX0A 2DY4A 3OVNA 1D5AA 1WAJA 4OKEA 4FLYA 4YFUA 3ZT1A 4CIEA 3LALA 3CFPA 4IBNA 4DFPA 3S3NA 5HRRA 1X9MA 3TAFA 3HK2A 2HHWA 3RMAA 1TAQA 4CGHA 3DM2A 4DS5A 3THVA 4UQGA 4C8KA 2HHUA 2OYQA 3D0PA 3QEVA 1Y97A 3HXMA 4KO0A 2I5JA 5C25A 1JLCA 2QKKA 1DTTA 3CYMA 4N5SA 1WSEA 4DS4A 2QKBA 1CLQA 3NCIA 3VQPA 1BL3A 3HVRA 3ZSXA 4E7KA 3RWUA 2HVHA 1RTJA 4DFKA 4CERA 4FJ9A 1SV5A 1XHZA 4M3XA 1SKSA 4DTMA 4KFBA 1G15A 4E7LA 1HRHA 3SQ2A 1RBVA 2GBZA 1HPZA 1EXQA 3ALYA 4JS4A 4CF2A 3L2VA 5HLFA 1K6YA 1SL1A 1QSSA 4Q5VA 3TAQA 4DSJA 1KCFA 1WN7A 4CJSA 4B8CA 2RF2A 4DU1A 3PX4A 1LWCA 3KLHA 4KTQA 4W5TA 2ITGA 1EKEA 2P51A 2F8TA 5HP1A 1JLFA 1MU2A 4AHRA 4FJHA 3MXMA 3SUQA 1BQMA 2VG6A 2HHQA 4DG1A 4M45A 3SQ4A 4FXDA 3SQ1A 3L2RA 4HUFA 1N6QA 1NK9A 3PX6A 3KIOA 3NF7A 3V1QA 2PYLA 1JLBA 3TAMA 4CJTA 3EYZA 3NAEA 1NK0A 3RRHA 4B9VA 4CE9A 4CJQA 3QEXA 4RW8A 1BI4A 4O4GA 1VK0A 4OVLA 3ZSRA 3SQ0A 4FJIA 1N5YA 3M8RA 1U49A 4NYFA 3EY1A 2XRIA 2W42A 3RRGA 4BWJA 4LSNA 3OYIA 1WNSA 3OYEA 3KLFA 4B9SA 4N41A 5K14A 5E41A 4FCYA 3SUOA 4KKOA 4OKJA 1LAWA 4KI4A 3OYKA 2JLEA 4FK2A 3AVKA 3IRXA 2OPSA 1RBTA 2A1RA 1S6PA 3ZSYA 4KB1A 3O3GA 1B9FA 4CHYA 3SUNA 1SUQA 1IKXA 3IAYA 3LPUA 3AVLA 4M3UA 4DTJA 4DTUA 1I3AA 1BHLA 2EX3A 4CFDA 2B5JA 3I0RA 1IO2A 4EP4A 3NGYA 3C6UA 3QERA 4DTXA 2OZSA 4ELVA 3ZSWA 3V81A 3QINA 4W5OA 4JRQA 1HNVA 1KFDA 3S3MA 4ZTFA 4I2PA 4KRFA 2WOMA 3VA3A 1S1WA 1BGXT 2FBYA 4CHOA 2ZQBA 2IDOA 3MXJA 5I42A 2G8WA 4M3WA 3S3OA 1EETA 1RT6A 3V6DA 4JLHA 4HUGA 3QESA 1VSIA 1Z25A 4LH4A 1RDBA 1RT4A 1NK7A 1NK8A 1JL2A 3B6PA 3KK1A 3AVFA 2HHXA 4CGFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4WA 1LV5A 3HZ6A 3HL8A 4IEEA 3ULEB 3HSTB 1WSJA 4NCAA 4KH5A 4M7XA 1N8RO 3ZEUA 3MECA 4PHTX 3VETA 1KAYA 4BDYA 3OW2M 3U4LA 4FYDA 3RR8A 3FR0A 1WBDA 1QSLA 4FJLA 3O6WA 3SMSA 4J2EA 3L2QA 4Q0BA 1VHXA 3DYAA 2WTUA 2GUIA 4PA1A 5LY3A 5J2PA 4CBUA 4DQPA 1BCMA 3AY9A 1RT3A 3DXMA 3KD5E 1QS4A 3PIPL 1R59O 2FF6A 4RW6A 1EX4A 3T7ZA 3Q7BA 3DLKA 2D1KA 5AQVA 4JI3K 2XY7A 4A57A 1ZBFA 1A5XA 3TAEA 4LF5K 1C6VA 3T3FA 3DI6A 4DV0K 2E2PA 1GOCA 2XY5A 4B9QA 3CQYA 3DRPA 4G1QA 5TKWA 3PO4A 4LFBK 2E88A 4DSLA 4B9LA 4AM7A 1KD1O 1NGAA 4DUZK 4DU4A 2ETJA 3OYLA 2F8SA 4OPJA 3RMDA 1YXQA 3ZT2A 4HCBA 3TAPA 3T1AA 2W40A 2Z1GA 3HI0A 3OTOK 1TKTA 2QW9A 1YTUA 4QOZB 2QEXN 4CK1A 1TUYA 4OGEA 4DF8A 4DTOA 4B9TA 3AA4A 2EWSA 2ZGZA 5EVZA 3QIOA 1BIZA 3G71N 3AVMA 4IOAL 3I8BA 4JHDB 4CJFA 5BRHA 4Z4EA 4C8OA 3ITHA 2P9SA 1OVQA 4YOWA 3WXLA 2HBMA 3M5RA 3O9TA 3VTHA 4ISFA 4DF4A 3NF6A 2FBXA 3P83D 4CJRA 1B92A 1J54A 4IZ9A 2NRHA 3D2EA 4V19S 3PLAA 5AQMA 3QETA 5AQUA 4IOCL 3FE1A 2F9WA 4YOTA 1RDCA 1WUAA 1A5VA 4DFJA 3BEXA 3THWA 3L2UA 2ZD1A 4LD0A 2CGKA 3OYJA 2UUBK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D4W A;  1LV5 A;  3HZ6 A;  3HL8 A;  4IEE A;  3ULE B;  3HST B;  1WSJ A;  4NCA A;  4KH5 A;  4M7X A;  1N8R O;  3ZEU A;  3MEC A;  4PHT X;  3VET A;  1KAY A;  4BDY A;  3OW2 M;  3U4L A;  4FYD A;  3RR8 A;  3FR0 A;  1WBD A;  1QSL A;  4FJL A;  3O6W A;  3SMS A;  4J2E A;  3L2Q A;  4Q0B A;  1VHX A;  3DYA A;  2WTU A;  2GUI A;  4PA1 A;  5LY3 A;  5J2P A;  4CBU A;  4DQP A;  1BCM A;  3AY9 A;  1RT3 A;  3DXM A;  3KD5 E;  1QS4 A;  3PIP L;  1R59 O;  2FF6 A;  4RW6 A;  1EX4 A;  3T7Z A;  3Q7B A;  3DLK A;  2D1K A;  5AQV A;  4JI3 K;  2XY7 A;  4A57 A;  1ZBF A;  1A5X A;  3TAE A;  4LF5 K;  1C6V A;  3T3F A;  3DI6 A;  4DV0 K;  2E2P A;  1GOC A;  2XY5 A;  4B9Q A;  3CQY A;  3DRP A;  4G1Q A;  5TKW A;  3PO4 A;  4LFB K;  2E88 A;  4DSL A;  4B9L A;  4AM7 A;  1KD1 O;  1NGA A;  4DUZ K;  4DU4 A;  2ETJ A;  3OYL A;  2F8S A;  4OPJ A;  3RMD A;  1YXQ A;  3ZT2 A;  4HCB A;  3TAP A;  3T1A A;  2W40 A;  2Z1G A;  3HI0 A;  3OTO K;  1TKT A;  2QW9 A;  1YTU A;  4QOZ B;  2QEX N;  4CK1 A;  1TUY A;  4OGE A;  4DF8 A;  4DTO A;  4B9T A;  3AA4 A;  2EWS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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