4E89A

Crystal structure of rnaseh from gammaretrovirus
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
PDLTDQPIPDADYTWYTDGSSFLQEGQRRAGAAVTTETEVIWARALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHVHGEIYRRRGLLTSEGREIKNKNEILALLKALFLPKRLSIIHCPGHQKGNSAEARGNRMADQAAREAAMKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of xenotropic murine leukaemia virus-related virus (XMRV) ribonuclease H
pubmed doi rcsb
molecule keywords RNase H
molecule tags Hydrolase
source organism Xenotropic mulv-related virus
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e89A00
3WNHA 1WAJA 1VSLA 1BGXT 1IO2A 3VQCA 1T05A 3VA0A 2HNDA 1KVCA 1SV5A 4E19A 1HYVA 3F73A 2RN2A 4I2PA 3G10A 2G8IA 4KO0A 4QOZB 2ITGA 1L3SA 1S1WA 3QNOA 1KRPA 2ZE2A 4CHOA 3M8SA 2X6SA 1IKWA 4MFBA 1L5UA 2HHWA 4OJRA 4CJQA 2IDOA 4CJ4A 1LWCA 4DLGA 5KGWA 3ZSVA 1Q9YA 3OYFA 4CJKA 3QEXA 4HVJA 1NK5A 2FBYA 3HYFA 3OYKA 4I9QA 3VQ9A 4HTUA 4KAZA 1S1VA 1XHZA 1ZYQA 1JLQA 3OYNA 2YNHA 1IKYA 3EYZA 2XY6A 5FRMA 4YFUA 3I8DA 4M3UA 3KIOA 1BQMA 4CF0A 3DLRA 1SKSA 1L3VA 1XC9A 2PYLA 4OGCA 2XY5A 4KI6A 2RKIA 1X9MA 3ZT0A 2IOCA 1HYZA 4C8KA 1CLQA 1KTQA 3ITHA 1JLCA 3RMBA 3SV3A 2GUIA 3V9WA 2VWJA 3LZJA 2HHTA 4RW7A 4K8ZA 4CF9A 1UWBA 3OYEA 1U49A 1WSHA 4BWMA 4Z4EA 3ZT3A 5CYQA 1TAQA 3AA5X 4M3RA 3VQ6A 4FJJA 3EZ5A 4N5SA 3HPOA 4KHQA 1EXQA 4DSEA 4CJPA 5HRSA 1SKRA 1TGOA 1NOZA 3V1OA 4FJIA 1U04A 4Z0UA 3OS1A 3QEWA 3TWHA 1RT7A 5I3UA 3VQAA 1NK4A 4CJRA 2X6NA 1QQCA 4ICLA 3HJFA 5HP1A 4H8KA 4FLVA 4LD0A 4J2EA 2VWKA 4DSLA 4F3OA 1XI1A 3L3UA 5J2MA 5KRTA 2WONA 1NJYA 3SUNA 4W5QA 3TAFA 4ELVA 4G1QA 1JLAA 2RPIA 5SZTA 3LWLA 3RMCA 4RW8A 4AH9A 1Z25A 1KVAA 5D3GA 1CZ9A 2QK9A 1VRTA 4CGIA 4DS4A 4FM0A 5HRPA 3ZSWA 1BQNA 3NH1A 5FRNA 1HQEA 4E1NA 3SPZA 1EX4A 3RRHA 3AO3A 1SKWA 4KB1A 2QKKA 3LAMA 4AILC 1MU2A 2XRIA 1KFDA 4DTJA 1GOBA 1RTIA 4IFVA 4FCYA 2GBZA 3RMDA 1NKBA 4DF4A 4F2SA 4DSFA 1DTTA 3NF7A 1X9WA 1LV5A 3HT3A 3OYLA 2JLEA 4KREA 1W9HA 3SV4A 4JRPA 4C8OA 2ETJA 3T19A 1HNVA 4DQPA 3ISNC 4RW6A 4FW1A 2O4IA 3LWMA 2YHAA 3AO1A 4M3XA 4BDPA 1D9FA 1HRHA 4C8MA 3LALA 4IG0A 1VSMA 3DOKA 3F9KA 3KK2A 4KHNA 3IS9A 4FLUA 4PWDA 3K5NA 1D8YA 3NGIA 3KKSA 1X1PA 3SNNA 4H4MA 3AVJA 3DI6A 3OS0A 2X74A 4FLWA 4FLZA 1BCMA 4DFKA 1WN7A 3VQEA 2ATQA 2EHGA 3G0ZA 3O4NA 3SUPA 1TK5A 1KSPA 4K8XA 3SQ1A 3V4IA 4ID5A 3PO5A 1S1XA 4J2AA 1BI4A 3HK2A 3K5OA 3MEEA 3L2UA 5C42A 4BE2A 1D9DA 5HBMA 3OYAA 3K58A 1NJZA 1RT5A 4CFBA 2OPPA 1JLEA 4PY5A 3MECA 4OPJA 4FXDA 4ZTFA 4AHSA 1TKTA 4KPYA 1C1CA 1HYSA 4CHYA 1Y97A 3OJUA 2DY4A 2NUBA 5JS2A 2Y1IA 1XWLA 3P83D 3SI6A 4FZZA 2YV0X 1T7PA 2ZD1A 3TAPA 4DQIA 3AVNA 3LANA 4CGGA 1F21A 3ZSOA 4CEOA 4DG1A 4HCBA 2KFZA 3V6DA 3HPHA 1IH7A 4OVLA 3TI0A 4R5PA 4E7JA 3QEIA 3SJJA 2JGUA 3KLEA 3LPTA 4JS5A 3ULDA 3QESA 2P5GA 2IGIA 4AHTA 3AVLA 3NAEA 3V9UA 3TAMA 4B9TA 4DU1A 2A1RA 4KB0A 2KQ2A 3LP3A 3SUQA 1HMVA 3NF8A 3VQ7A 1JL1A 1U4BA 4Z4FA 3IG1A 3C94A 3O3HA 3MXIA 1ASUA 4UQGA 2G8HA 3AA2A 4CJ5A 5J2QA 3K5LA 1EP4A 3BDPA 3AA4A 1JL2A 2WOMA 4EP5A 3RRGA 1YT3A 4E3SA 1YTAA 5CY4A 4EZ9A 5HRRA 4H4OA 4AHUA 2E6MA 4Z4IA 3KK3A 3I0RA 2XO7A 2R7YA 1A5WA 4DTRA 3HP9A 1HQUA 2DFEA 4DS5A 3NHGA 2AJQA 4DU3A 1TKXA 4DSIA 4JLHA 3AV9A 1J9AA 4IG3A 5KRSA 3ZT2A 2YKMA 1RTDA 3L2VA 4PQUA 1NKEA 4IDKA 1VSFA 3S3NA 4GMJB 2ZQBA 1REVA 2HHSA 4TSXA 1ZBIA 1KLMA 3O4QA 2BE2A 3CQ8A 3ZSYA 1RT4A 1NK6A 4RG8A 5T7BA 4YNQA 4Q5VA 4E7HA 1L3UA 3HO1A 3M8QA 4C8NA 3AO2A 2W42A 1N6QA 1J54A 3PY8A 3ZSQA 3VN5A 2RF2A 3ZT1A 1B9FA 3ZCMA 2BANA 3HXMA 3K57A 3VA3A 1UAXA 4ELTA 2KFNA 1WAFA 4O4GA 2Y1JA 4DSJA 2YNIA 1ITGA 2IS3A 2LSNA 3ZSXA 3KLIA 4OKKA 4KTQA 4CJTA 4CGDA 1VSKA 3VQDA 2XY7A 4FJNA 4FM1A 1KLNA 3AO5A 4DF8A 1A5VA 2HW3A 3CYMA 3A2FA 3HM9A 3KKRA 4NCGA 4B9VA 2XHBA 4FLTA 3KTQA 3H08A 4CJSA 4FK2A 3ALYA 4OKJA 5DMRA 3WNEA 4W5OA 3AVFA 1BI4B 3T1AA 3VQ8A 1UOCA 4DLEA 1C1AA 2G8FA 4KFBA 3NGZA 4CGJA 3LP1A 4N56A 1ZBLA 1QSLA 4DU4A 1J53A 4CHZA 4GW6A 4FJ8A 2KZZA 1S1TA 4OPKA 1RBUA 2HHXA 2B5JA 3AVAA 3HVTA 4HHTA 3T3FA 3KD1E 3CFPA 4FJMA 4PUOA 2D5RA 3RR7A 3L3VA 5J1EA 3MXMA 1LWFA 3K2PA 2DFFA 3OYDA 1LWEA 3AVMA 4M45A 5SWMA 4DFMA 3DMJA 2G8WA 4AHRA 2P5OA 4LY7A 4GVMA 3V9ZA 1LAWA 5HRNA 1RBTA 4DQQA 4RW9A 1TL3A 3PO4A 3B6OA 3NH2A 4NCAA 3QIPA 4CJLA 1RNHA 1O1WA 1RBRA 4CJ3A 1QSYA 2F8SA 1TVRA 1CXUA 3EY1A 4CEEA 5I42A 4QCLA 2P1JA 2X78A 4L8RB 2FBTA 1NK0A 1X9SA 4N41A 3SYZA 4CFAA 5HLFA 3KK1A 4FJXA 4CEFA 3LPUA 1JLBA 3NGYA 4Q0BA 3CFRA 4CK1A 3CM6A 2OPSA 3NF9A 4PA1A 1CXQA 4CJWA 3KLGA 1TK8A 1JKHA 2OPQA 1NK8A 4I2QA 4KHYA 2IC3A 3LP2A 4FJLA 3ZT4A 3UIQA 3SPYA 2OYQA 1RBSA 5CZ1A 1KVBA 3I0SA 3SQ2A 5CZ2A 3S3OA 2KTQA 4O44A 1RDDA 3OYJA 4CFDA 4E89A 1ASVA 4KV8A 3K5MA 4DTNA 1SL0A 4B9NA 1S1UA 3MEDA 3RTVA 1NJXA 1LW0A 4DTUA 2HHUA 1C1BA 3ASMA 4FVMA 1JXBA 1KFSA 2G8VA 1ZBUA 4RW4A 1FKOA 1YTUA 4CGHA 3PUFA 3K59A 5HROA 4B8AB 4FJGA 4F8RA 1RCHA 5C24A 3OYHA 3SQ4A 3U3GA 2PY5A 3CM5A 4AHCA 1QHTA 3VQ4A 1NOYA 4FJHA 4CGFA 4NCBA 5EU7A 4CHPA 3TAEA 1DLOA 4IKFA 4I7FA 3KD5E 1TV6A 2Z1HA 3VQQA 4HCCA 3DRPA 4IBNA 3AVIA 1B9DA 1NK9A 4M3YA 4B9LA 1HPZA 4KRFA 4C8LA 3DYAA 4ELUA 2YNFA 3QEVA 4N47A 4O55A 1GOCA 3P5JA 1WSEA 3ZSZA 4J2DA 2HB5A 3CFOA 2YNGA 4HUEA 1VSHA 3PX0A 4OLBA 3TR8A 1BISA 2HMIA 1T8EA 1S5JA 1I3AA 1SUQA 4KHWA 5JS1A 4FLXA 5J2PA 2E4LA 2B4JA 2DFHA 3P1GA 4HUGA 1U48A 3VQ5A 1UA0A 4IFYA 4B9UA 1YVUA 1B92A 4M3WA 4DSKA 1LW2A 5KGXA 3RWUA 4B8CA 2OZMA 1NKCA 4KI4A 2FBXA 3QEPA 3E01A 2PYJA 4E0DA 2YHBA 3S9HA 2QKBA 3DLHA 1JXEA 2DTUA 4Z4GA 3OVNA 4LSLA 4WE1A 5KI6A 1C6VA 4CHQA 2D0CA 4N76A 3KLFA 3TANA 3RMAA 4DFPA 1TK0A 2HHQA 4CF2A 4BACA 5KTQA 4CEBA 3DRRA 3D0PA 5FROA 4F4KA 4BDYA 1WLJA 3NE6A 1RILA 4Z4HA 3LAKA 3NCIA 3OYGA 1EKEA 4E1MA 5K14A 4DTSA 3THVA 4FJKA 4B9SA 3WNFA 4W5RA 4FLYA 3V9SA 4ZTJA 4CHNA 1RT6A 2QXFA 3SZ2A 1NJWA 3QLHA 4Z4CA 2D0AA 3OYBA 2VG6A 1IKVA 1WSIA 4LSNA 1FXXA 3HL8A 3L2QA 1QS4A 4F3TA 1K6YA 1ASWA 4BE1A 4F2RA 3M8PA 3QO9A 4LH4A 2BDPA 4CJFA 1VSEA 1D5AA 1BHLA 4CK2A 2E6LA 1S6QA 1RBVA 4W5TA 3HP6A 1ZBFA 4MQ3A 4DTMA 4ZHRA 2HNYA 4BE0A 3OYMA 1ZBHA 1TAUA 1W0HA 4DWIA 2Z1IA 3HSTB 3DLGA 1WSJA 3MXJA 4CEAA 3SQ0A 4Y1DA 4CE9A 2HNZA 3AVBA 3AVCA 4E7KA 1QSSA 3M8RA 3LZIA 3PX6A 1Q9XA 1LAVA 4FJ7A 4CCHA 3TAQA 1A5XA 2F96A 1GOAA 1VRUA 3C6UA 4Y1CA 3LDSA 3PX4A 2OA8A 1QE1A 3S3MA 1VK0A 1CZBA 1U45A 4OLAA 4M3TA 1C0UA 3MEGA 3TARA 1RT2A 4CESA 3NFAA 3OYIA 4FK4A 1S9GA 2I5JA 4NYNA 3HPGA 4B08A 3KLHA 4J2BA 3AA3A 3WNGA 3DM2A 4FM2A 4M42A 3B6PA 2IAJA 4B9MA 2VG7A 5C25A 1Q8IA 4CK3A 3AVGA 2A1SA 2YKNA 3AO4A 1HNIA 4CIGA 4AHVA 1N5YA 2P51A 2G8UA 2PZSA 4CJEA 2XY8A 3BGRA 1TKZA 4CEZA 3O3GA 1DTQA 1IKXA 4CEDA 3LP0A 3SUOA 3QETA 1SL2A 4KKOA 4DFJA 3VQPA 5CYMA 1L3TA 3VQBA 2GV9A 3JYTA 4E7IA 2OZSA 3NF6A 4NYFA 1EETA 2KW4A 4DMNA 4DQSA 3U6FA 3IAYA 4M41A 4HUFA 2KZMA 3DRSA 4CEQA 2O4GA 2VG5A 2F8TA 3MAQA 4LH5A 4E7LA 3TAGA 2HVHA 1G15A 3QERA 3OJSA 1FKPA 3KJVA 4DQRA 5J2NA 3V9XA 4FJ9A 4JRQA 4CIFA 3NDKA 1S9EA 4I9LA 3V81A 4CECA 1QTMA 1UA1A 3AVHA 2EX3A 5FDLA 4EZ6A 1JLGA 2D0BA 1J5OA 1Z26A 1T03A 3OS2A 4JS4A 3NH0A 2HVIA 3QIOA 1HJRA 1VSIA 4CFCA 4CF1A 5E41A 4OGEA 1U47A 4O0JA 2Q3SA 3L2RA 3OYCA 3TABA 1RT1A 1RTJA 1RDCA 3DLBA 3DOLA 1JLFA 1NK7A 4CF8A 3V1RA 1KCFA 3FFIA 1RDAA 1C0MA 4CJUA 4ID1A 4BDZA 1FK9A 3CG7A 1C0TA 1RT3A 1WSFA 4EP4A 4FJ5A 1RTHA 4CIEA 1TL1A 1WSGA 1R0AA 2G8KA 4KHSA 3SCXA 4W5NA 2BGGA 3L2WA 4O5BA 4QAGA 4CJVA 3L8BA 2Z1JA 3C95A 4O0IA 1BIUA 1BL3A 1VSJA 3DLEA 3NBPA 3PV8A 3D45A 4DTOA 4FZXC 1WNSA 1TKDA 2FC0A 1VSDA 3QINA 3OY9A 4FW2A 4FK0A 3HVRA 1RDBA 4DTXA 1XHXA 4KTZA 3V1QA 4KTWA 3DLKA 1BCOA 3QNNA 3AVKA 1SL1A 1IG9A 3U3YA 2HHVA 3JSMA 4DTPA 3RR8A 3ZSRA 4M3ZA 1I39A 2OPRA 4KHUA 5DK5A 2FBVA 2Z1GA 1BIZA 4CERA 4XIUA 2B6AA 3C6TA 4OKEA 4FZYA 3O3FA 3IRXA 4B3OA 4FYDA 1S6PA 4BWJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WNHA 1BGXT 3VQCA 1NJIO 3BZKA 1QQOA 3LM2A 2QM1A 1HYVA 5GIOA 2RN2A 5AQJA 3G10A 3AY9A 4QOZB 1L3SA 1Q86O 3J80O 2ZE2A 4CHOA 2HF3A 1JCGA 3ULEB 1S22A 1LWCA 5M1PA 4H0PA 4DLGA 3WXLA 1BA0A 1Q9YA 3O9UA 2FBYA 3HYFA 4I9QA 4HTUA 3H3OB 4KAZA 3L0QA 1XHZA 1U2VA 2NRHA 5FRMA 4FO0A 4M3UA 1BQMA 4QS9A 3TPQA 1L3VA 2PYLA 1BU6O 1X9MA 3ZT0A 2D0OA 1HYZA 1CLQA 4GY2B 3CMAN 2GUIA 3V9WA 5AQKA 2HHTA 4RW7A 4X64K 2ITMA 4CI6A 1ZBSA 1WSHA 3VQ6A 1MWMA 5HRSA 4LC9B 2A5XA 1SKRA 3O8MA 4PHTX 4FJIA 3QEWA 3T1YK 4CJRA 1NGFA 2X6NA 3ENHA 2VYPA 4ICLA 3HJFA 1HLUA 4DSLA 4F3OA 4BVPA 5M1OA 3L3UA 5KRTA 2WONA 1NBWA 3E66A 4ELVA 1KXPA 1OH8A 4JI2K 3RMCA 4AH9A 5D3GA 4PWDA 3QB0A 2FLOA 4M7YA 4CGIA 4EAHD 1HQEA 3HTVA 4LF7K 4E1NA 4L3QA 2XRIA 3N4QA 4A2AA 4DF4A 1DTTA 3KK7A 4PL7A 5C0YA 1RGIA 4CJ7A 4C8OA 1E3MA 4WYBA 4RW6A 1O13A 2O4IA 3CJ1A 4GKKK 2D4WA 4WFBL 4M3XA 4BDPA 4QS7A 1HRHA 5AQLA 3F9KA 5GAHP 4FLUA 3K5NA 3NGIA 3G25A 3DI6A 5KQDA 3VQEA 3CCVN 4DV0K 2ATQA 3WQUA 4K8XA 3K9JA 3SQ1A 2PAVA 4BE2A 3OYAA 1JLEA 3CCSN 4FXDA 1C0GA 3IFRA 4AHSA 1HYSA 1Y97A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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