4FVUA

Structural basis for the dsrna specificity of the lassa virus np exonuclease
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
210
structure length
208
Chain Sequence
GFTAGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIAGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKKKRGGKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNVLRAVLPRDMVFRTSTPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/rna
source organism Lassa virus josiah
publication title Structural Basis for the dsRNA Specificity of the Lassa Virus NP Exonuclease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nucleoprotein
total genus 51
structure length 208
sequence length 210
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17290 Arena_ncap_C Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.410 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fvuA01
4GV6A 3MX5A 3MWPA 3Q7CA 4GV9A 3MWTA 4GV3A 3R3LA 4FVUA 3Q7BA 4G9ZA 3MX2A 4GVEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RTFD 4BROA 1NOZA 1C0FA 3DYAA 3CHWA 5JLHA 2Q0UA 3VERA 3VQQA 3WEEA 4GY2B 4BRAA 3Q7BA 3H1VX 2YHBA 1K73O 3NBPA 1WAFA 5C42A 1HYVA 4CJLA 1JCGA 2ZJQL 4DLGA 2P9PB 3IDHA 4L3QA 3VF2A 2GWKA 4H0YB 1WBBA 3ZSWA 2HHXA 2VGNA 1LW0A 1BG3A 3WNGA 4FWSA 4Z4FA 4EIAA 3DLRA 4OPJA 1RTJA 1NG9A 1VSKA 3I0RA 4RCHA 4DSIA 2OPSA 1BIUA 4AM7A 1NNEA 3C65A 4CJPA 3VA3A 3I56N 2YNFA 2D0PA 4IDHA 3DXMA 3C6UA 3SUNA 2EHGA 4O0IA 3VQ4A 4CZFA 4DSEA 2KHOA 2YHAA 2UUCK 3EL2A 3KTQA 3WQUA 1YJ9N 4JKGA 3A5LC 3HSTB 5CY4A 3OVNA 1CZAN 4IG3A 2I7PA 1TKDA 4M3UA 4JLHA 3G10A 1JLCA 4BG8A 1LW2A 1S3XA 2H3GX 3UKRA 3SK3A 4F4KA 1D9FA 3SQ2A 1NKEA 3VGKA 1Q82O 2GUIA 1MA9B 3V1QA 3ZSVA 4FSVA 1GLLO 4IO8A 4IEIA 4V19S 4EP4A 3LL3A 4CVNE 5LL6Z 2YNHA 2VQEK 1T05A 4O5FA 1GOAA 2A6AA 1REVA 4B1XB 4CK2A 3OBYA 4MFBA 4B1WB 4M3YA 3L2QA 1EWQA 3MMVA 4M3ZA 2DPNA 1JXEA 4CJKA 2XHBA 3FFKB 2R7YA 2VG7A 3TWHA 2NUBA 4B3RK 3E01A 1VQ6N 2Q36A 4DTRA 2X6NA 3QIPA 1RDWX 4GVMA 4CIGA 3PX0A 4NYNA 4BR4A 4AHRA 3T1AA 4DTPA 4KI4A 1A5WA 1GLDG 3OYEA 4JKEA 1WAJA 5GINA 5FPDA 5AFUH 4HTLA 4WCEL 2UXDK 4EHTA 4WQ4C 1LAVA 3O6WA 4AHTA 3FZLA 2PAVA 2OYQA 5BPNA 3NH2A 5EVZA 1RDUA 3VF4A 3QDKA 4ID5A 3A0IX 3TAGA 3SUQA 1MDUB 1VSIA 2D1KA 2VG6A 1RT2A 4BRLA 5SWMA 4FJMA 3CI5A 3RMBA 4DHYA 3IS9A 3ENHA 3KK3A 1F21A 2QWRA 1R0AA 2DFHA 4A2BA 3BZKA 1C0UA 3VEVA 5AQFA 3AVFA 4CHYA 3LP2A 4E7IA 3P38A 3CIPA 5AQTA 1YUWA 2IS3A 1VQON 3AVCA 1K8KB 2RN2A 1T44A 1WSEA 3ISNC 1EKEA 2VWBA 4JI3K 3HT3A 4JKFA 5HL7L 1NGDA 1V4SA 1HJOA 2GV9A 4NO7A 3KD5E 1M1KO 4PL8A 3R3LA 1QVGM 2Q0RA 1UA0A 4KHPK 4Y0WA 1XHXA 1LOTB 3DMJA 3U3GA 4WF9L 3DLKA 4CHOA 4WQ4A 4KB0A 1KTQA 1IG8A 2IVNA 3K9JA 3KLIA 4CBXA 3VENA 4IWVA 1S72N 2A3ZA 4FWKA 1CXQA 4FOIA 2PFUA 2O8CB 4Z4EA 5BN8A 4JI7K 3HPHA 3OS0A 2D5RA 3M8QA 1XMOK 4DWIA 3THWA 3NHGA 2CGLA 4CGFA 3OYHA 1T6DA 3ZSZA 3I55N 1SL1A 4M7YA 2Z1IA 4OJRA 3SV3A 4FYDA 3CCLN 4BWJA 3EN9A 1XNRK 1W2BM 5AQPA 3QBXA 1NK8A 3AVJA 3J7YP 2W6LA 4KTWA 3KZBA 3DLGA 3D2FB 4FVMA 4O44A 2HHUA 1C0TA 3P1GA 1C0GA 2P9NA 4BDYA 1G15A 2UUBK 4GV9A 4H5TA 2FF6A 4F3TA 4M3WA 4M3TA 4AHUA 1E4FT 1S9GA 4M45A 1BISA 5CYQA 4KHUA 2E6LA 3U9DA 3ZT2A 1RDCA 3S3OA 1YVUA 4DTUA 3WNEA 1EO1A 4PQUA 4I2PA 2HHVA 2B5JA 3DXKA 1S1WA 4CFAA 1ZBSA 1Q86O 1VQLN 3BF3A 2ITMA 5I9EB 1IH7A 2E8AA 3UKUB 3VQ6A 3RVCA 1YTAA 1T3VA 3AVHA 4DR3K 3V9UA 4K41A 4G9ZA 4JD2A 3RMDA 4CW7B 1YT3A 2YKMA 1C6VA 5C0YA 3JYTA 1NLVA 2KFZA 3V81A 4LSNA 3MN5A 4DV1K 1BIZA 3SPYA 4NXMK 3TAEA 1QHAA 3D2EA 3IG1A 4ELTA 3KHYA 4CI6A 1QVFM 1IO2A 1BQMA 3W0LA 2VWKA 3PIPL 1BU6O 2UXBK 3WXIA 3HVRA 1OH8A 3U8XA 4A61A 3VQ9A 4JRPA 4KB1A 1RBRA 2O8EA 4B8AB 4JK7A 4CJUA 4FLYA 1U6ZA 3SV4A 4Z0UA 2E1ZA 3UB5A 1RT4A 1NBWA 4YOWA 4JRQA 4BDZA 4CEBA 1HNXK 4BR5A 3KLGA 4BRIA 1YXQA 3TANA 3O4QA 4E89A 3TARA 1MWKA 3SAGA 4HTUA 1L3UA 1QZ6A 1FJGK 4CJWA 5C2DA 3VEOA 2NNWA 3MCAB 3SLCA 5KPTA 2XY7A 3OYFA 5AQLA 3ULEB 3I8DA 3TSPA 1N6QA 1EQYA 1X1PA 3HPGA 4DFJA 1B92A 3LPUA 5KGWA 3JS6A 1S1UA 3QB0A 4JS4A 4B9LA 3ZCMA 3E9OA 3ALYA 3VEXA 3TABA 3SBTA 3I8BA 2VYPA 2VG5A 4RW7A 5BRFA 4H5VA 2D0CA 5EU7A 1Z26A 1LWFA 4BRDA 3VA0A 2ZQBA 3WXLA 4J2EA 4OKKA 4KTQA 1ZBIA 4DU1A 3DOLA 2ETJA 3O1BA 1S1XA 2EWSA 3LDLA 4U67L 2E2QA 3K58A 3IUCA 3ZETB 5J2MA 5ELZA 1SV5A 3DJCA 4I9QA 4EHUA 3DLLL 3NE6A 2PYJA 2V51B 1YVNA 2P9SB 3DLBA 3JSMA 2CGKA 1HNWK 1YHQN 3FZMA 1TVRA 5MLCQ 3W3DA 3ZX2A 4FCYA 3CC4N 4LC9B 4RG8A 1ZYQA 4BQZA 2P9PA 1KCFA 5AQXA 4CF9A 3H6EA 4B3OA 1GLEG 4CEEA 3B8AX 4LFBK 5FROA 4FLWA 4W5QA 1U49A 3LAMA 3MECA 4IKFA 3S3NA 1XC3A 3BY5A 4B1VA 1SL0A 3CPWM 3CFOA 3PX6A 2E2PA 4B1YB 1JLFA 3TSQA 3HM9A 1DKGD 5KQDA 3WUHA 4M63C 3FLCO 4H5WA 5C25A 3EYZA 3WQTA 4BR9A 4JS5A 4KRFA 3SMPA 4CEAA 3G6EN 1NGHA 3VMFB 3TAPA 4B9SA 1MU2A 2ZWHA 2YV0X 4X66K 3K5OA 3GOIA 1DTQA 4B8CA 2QWLA 4CD3A 4IBNA 2BH1A 5M1NA 1IBMK 2E2OA 2VQFK 3AGKA 5DMRA 1QSYA 1NGAA 3NH1A 4DLEA 1ASWA 1D4XA 3G0ZA 1X9WA 3IRXA 2ZE2A 3AO2A 3G4SN 4DUZK 4M3XA 1XNQK 4FZXC 1J54A 3SQ0A 4YOVA 3LWLA 4DTMA 4DQIA 4H4MA 1HQEA 4PKHA 4PHTX 1GOBA 3MWTA 3HTVA 4DFMA 5EX5A 4PWDA 3AA5X 1NMDA 4C8LA 2KZZA 1RCHA 3R9PA 3C95A 3T1HK 4DTJA 4DR2K 4DTNA 2A40A 4DSLA 3VQCA 4JKDA 4CHPA 1IBLK 3NMUA 2QKBA 2OZSA 3O5BA 3CM5A 1TKXA 4E3SA 2HVHA 2P9IB 2FSKA 4LF7K 3AARA 4LY7A 5BR8K 1B9FA 4E0DA 3S3MA 3HPOA 3CFRA 3U3YA 2VGMA 2HNDA 4BQLA 3BDPA 4MO4A 1TKTA 2NRHA 3C7NA 3NVMA 3AO1A 1KLNA 1TAQA 4BDPA 3OYAA 4MO5A 5DK5A 4A57A 3V1RA 1WSGA 1GLJO 4R79A 3QEWA 4YDUC 4DF4A 3V1OA 3O80A 4CZLA 1ITGA 3CCUN 2X74A 3L4QA 3EE8A 3RMAA 1XI1A 3QEPA 3WT0A 3DWLA 2QM1A 4KTZA 4BVPA 4FJ8A 2RE2A 1U45A 3HYFA 3SCXA 3CC7N 3F9KA 1VQNN 4LF9K 2P1JA 5DM6L 4BRKA 3HK2A 4M42A 1YI2N 4PKIA 2HNYA 3N4QA 3MCPA 4DQPA 1KFDA 2NRRA 3ID6A 4OVLA 3BZCA 1K8KA 3ENOA 1GLBG 1H1VA 4JI6K 4DV6K 4B3TK 2IAJA 4C8KA 4ELVA 3CJBA 2ZJRL 2F7TA 4IFVA 3O9QA 3LANA 4GV6A 4DUYK 5CYMA 3THVA 1WNSA 1HRHA 3HBTA 3LAKA 2A1SA 2PY5A 5AZJB 4FJLA 4OKEA 2JWLA 4HCBA 1RBTA 4FWQA 1BWFO 2LSNA 4BRFA 1Y64A 2Q3SA 2P5OA 4YDUA 4FW2A 3ZT1A 2QXFA 3KIOA 1KD1O 2RPIA 3VGLA 3TTFA 3M8PA 4CZGA 3RRGA 3VEZA 3HXMA 1VSHA 3OTOK 2J4RA 4TSXA 3VQEA 4PL7A 3NF8A 3A5NC 4BRGA 1VSDA 3T3FA 1VSJA 3OYBA 4FJXA 3DRRA 3HJFA 1VQ8N 4CHQA 3O08A 5M1QA 2FLOA 1EXQA 4NLCA 4FPBA 2DTUA 4DSKA 1NU0A 3IFRA 1NGIA 4FJNA 3L2WA 4J2BA 2I5JA 3ZT4A 4RW6A 3N4PA 1FXXA 3QERA 1GLFO 3ZX3A 2OPRA 1P8ZA 3O4NA 5M1PA 4C1NI 3SMSA 3SQ1A 3AY9A 1TGOA 1LCUA 2O8FB 2YNGA 1Q81O 2ASMA 3ZLJA 3ZEUA 3CJ9A 1S6PA 3D2FA 1J53A 4JKHA 1IKWA 3P4IA 4FJJA 2PZSA 3GDQA 3VTIA 4FK4A 5AQIA 3NCIA 3BEXA 4FWLA 3AO3A 3IAYA 4DV7K 3WXJA 1I39A 2WUSA 4PY5A 5EOYA 1KVAA 2HF3A 1HYZA 1VAZA 3CERA 4CESA 1NGJA 3IKMA 4U7BA 2NRTA 3VQ8A 2F8TA 3LDOA 2VWJA 1VSLA 3O9RA 3VF6A 4B3SK 2DFFA 1U47A 1EX4A 1RT5A 1U48A 1TYQB 1ATRA 4IJNA 3QEVA 4LSLA 4CHZA 4LF4K 4BY9C 2QWMA 3TI0A 3TAMA 4FWRA 1WB9A 2CGJA 1NMNA 4J8FA 4B9MA 1DTTA 4WE1A 2YHWA 4RW9A 4QAGA 1TV6A 3L4IA 3SAFA 3THXA 1TKZA 2RHKA 3OYGA 3ZX0A 2P9UB 4ZHRA 3H3OB 1C1AA 5C10A 4IDKA 1KXPA 2O8DB 3AVKA 3RSEB 4BE2A 4BR2A 3NF9A 1NGCA 4IXCA 4YHHK 4FVUA 3TR8A 1SZ2A 3E66A 1RILA 5AQNA 4FWPA 4MQ3A 4X65K 1UA1A 1RT3A 3E9LA 3PUFA 4H4OA 1EP4A 5HRNA 5D3GA 3NGZA 3TTDA 3V9WA 4FWMA 4CF2A 1NK9A 5J1EA 1FK9A 4CJSA 3ULEA 3BGRA 4CJEA 1ATSA 1W7AA 4IOXA 3MXMA 4F9OA 2Q31A 1YAGA 4IFYA 3KLFA 1NGBA 4C8MA 5JVGL 4YOXA 5H1SQ 4AF1A 3CMAN 3SUPA 1BA1A 4CF0A 3RR7A 2O8BB 4B9TA 4RW4A 2WBNA 4CGHA 3V9SA 4HVJA 4W5NA 1R59O 1HPZA 4CZHA 3QESA 4EZ6A 3J7AP 2OPPA 1WBDA 3ATVA 4MLHA 4FLXA 3KVGA 3ENBA 3AVNA 4HWIA 5KGXA 1YTUA 3MK6A 1QQOA 2ZF5O 2UU9K 4JI5K 1ZBUA 4NLBA 3O3FA 4DKWA 5C24A 1BHLA 5JVHL 4O8KA 4KH4A 4MDBA 5E41A 4C1NK 5KTQA 1JLBA 2HSTA 5HOOA 2AA4A 3OW2M 4BG9A 1TUUA 2BANA 4JKCA 5C2FA 1O1WA 4EP5A 2JLEA 3NGYA 5HRPA 4ICLA 3DXMB 1L5UA 4J2AA 3VQPA 4BE1A 2CH5A 4FK2A 1HPMA 3LDQA 2V7ZA 4DQ8A 3AVLA 3SBGA 3E9PA 1RNHA 4CEOA 5AQKA 4I7FA 4C23A 4IEEA 1BI4B 3KK1A 1VSMA 1DLOA 4DQRA 3U6FA 3CJ1A 3VTHA 1NJXA 4OGEA 4C8OA 3LP1A 3UKRB 4BVOA 2YHYA 3DRSA 1RT7A 4CEDA 5JMVA 5CZ2A 3CQXA 3K0SA 4KHYA 4FL9A 1FW6A 3QEXA 1X3NA 1KAYA 3I0SA 4FPAA 1UOCA 4E7LA 2XY6A 2HNZA 3KK2A 4ELUA 5AZIB 3RWUA 5FPNA 4AHVA 1BL3A 3CF5L 2IOCA 1KLMA 2HHTA 1NWKA 2Q1NA 1K6YA 2KQ2A 4DMNA 4KFBA 1ASUA 1U2VB 4BC3A 3ID8A 4B9VA 4ILHA 2HOEA 1HLUA 1IG9A 2GWJA 5CR4A 2WC9A 3SJJA 1QSLA 3D6RA 4Z4HA 1O13A 4A59A 4PUOA 2D4WA 3EO3A 3HOSA 5JICA 5AQHA 4BRPA 3VESA 3THYA 4F8RA 4FJHA 3LDSA 1WSFA 2OPQA 2JWKA 4K8ZA 3K57A 2IVOA 4QS8A 1S6QA 1KAZA 4CF1A 5AR0A 4DV0K 4NCBA 3AAPA 4NXNK 2Z1HA 4CHNA 3AVIA 2VCPA 1RTIA 4LH5A 5IWAK 3UIQA 1D9DA 3T19A 4YFUA 1VQKN 3OYDA 3F2KA 1Z05A 4CZMA 2Z1GA 2A5XA 3KD1E 1YF5L 4QOZB 4QS9A 5K14A 3OYLA 4YNQA 4N76A 4FLZA 5AQJA 1M90O 3QLHA 4Z4CA 4Q0BA 4OPKA 5JS1A 2QK9A 2JGUA 5FLXO 1RDDA 3K2PA 5EXWA 4CIFA 3QNNA 1CZ9A 1KSPA 2W40A 1BO5O 1NGGA 3M8RA 4IZ9A 5GIPA 3EZ5A 4IO9L 3OYIA 1XC9A 4Q5VA 4OLAA 4CFBA 1NK7A 2F96A 1IBKK 3MXJA 3QEIA 1BGXT 3KKSA 1L3SA 2DY4A 4AILC 3OS1A 3FFIA 5B8HA 4H8KA 3P39A 3FGUA 4KKOA 4YOUA 4CERA 4I2QA 3K5NA 4BR0A 1ILYA 3AO5A 2QI2A 4ISGA 2P9KB 3CM6A 3IMXA 3M8SA 3C6HA 4O55A 5C15A 1WLJA 3J7ZO 1X9MA 4PKGA 3MX2A 1Q9XA 2F8SA 4WFNL 3G25A 3HL8A 3NDKA 3B6OA 3EKSA 4DB3A 4DV4K 3K9KA 4K43A 3DLEA 3D45A 3CCRN 1TK0A 4BWMA 3THWB 3E1YA 4JI1K 4B1ZA 4ISEA 4CJ3A 1JCFA 4W5TA 4FLVA 3D0PA 3VN5A 5GAHP 3DOKA 2FBTA 5KI6A 4M7XA 2IGIA 4CEQA 4NCGA 5F1XA 4CK1A 3CJAA 5HP1A 3FZHA 1YITN 2BGGA 5AQVA 3H1QA 4IFEA 4N56A 4BRCA 2RKIA 3SYZA 4FJ5A 4BGBA 2O8FA 3CETA 2YKNA 3MEGA 3QNOA 2E5LK 5AQMA 2W42A 2V7YA 1NGEA 1TL1A 4DQSA 3NGIA 3SJHA 4C8NA 2ITGA 3BUZB 4G1QA 4CJ5A 2E20A 3CXCM 4H0TB 3KLHA 4DFPA 4CZEA 1GOCA 4GNIA 3FR0A 3FZKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GV6 A;  3MX5 A;  3MWP A;  3Q7C A;  4GV9 A;  3MWT A;  4GV3 A;  3R3L A;  4FVU A;  3Q7B A;  4G9Z A;  3MX2 A;  4GVE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RTF D;  4BRO A;  1NOZ A;  1C0F A;  3DYA A;  3CHW A;  5JLH A;  2Q0U A;  3VER A;  3VQQ A;  3WEE A;  4GY2 B;  4BRA A;  3Q7B A;  3H1V X;  2YHB A;  1K73 O;  3NBP A;  1WAF A;  5C42 A;  1HYV A;  4CJL A;  1JCG A;  2ZJQ L;  4DLG A;  2P9P B;  3IDH A;  4L3Q A;  3VF2 A;  2GWK A;  4H0Y B;  1WBB A;  3ZSW A;  2HHX A;  2VGN A;  1LW0 A;  1BG3 A;  3WNG A;  4FWS A;  4Z4F A;  4EIA A;  3DLR A;  4OPJ A;  1RTJ A;  1NG9 A;  1VSK A;  3I0R A;  4RCH A;  4DSI A;  2OPS A;  1BIU A;  4AM7 A;  1NNE A;  3C65 A;  4CJP A;  3VA3 A;  3I56 N;  2YNF A;  2D0P A;  4IDH A;  3DXM A;  3C6U A;  3SUN A;  2EHG A;  4O0I A;  3VQ4 A;  4CZF A;  4DSE A;  2KHO A;  2YHA A;  2UUC K;  3EL2 A;  3KTQ A;  3WQU A;  1YJ9 N;  4JKG A;  3A5L C;  3HST B;  5CY4 A;  3OVN A;  1CZA N;  4IG3 A;  2I7P A;  1TKD A;  4M3U A;  4JLH A;  3G10 A;  1JLC A;  4BG8 A;  1LW2 A;  1S3X A;  2H3G X;  3UKR A;  3SK3 A;  4F4K A;  1D9F A;  3SQ2 A;  1NKE A;  3VGK A;  1Q82 O;  2GUI A;  1MA9 B;  3V1Q A;  3ZSV A;  4FSV A;  1GLL O;  4IO8 A;  4IEI A;  4V19 S;  4EP4 A;  3LL3 A;  4CVN E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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