4FWKA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with amp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwkA02
4CZGA 3DXMB 3A5OC 3LDQA 2ASMA 3CJ1A 3OHRA 2P9NB 1TYQA 3H46O 3J8AA 3CERA 2FF3B 4CZEA 1GLEG 5AQXA 2P9KB 3L4IA 4CZMA 5BN9A 2P9LB 4BRLA 4QS8A 2A41A 3VF6A 4BRFA 5FPNA 1U2VA 1J6ZA 5AQTA 2AP1A 3FGUA 4B1VA 5BREA 2E2PA 5AQPA 4H0TB 2PAVA 3CHWA 3FR0A 3VPZA 1EQYA 1KAZA 4BR0A 4EFHA 4DHYA 2Q36A 2I7NA 1K8KB 3QBXA 4H0PA 4YDUA 2ITMA 3RSEA 2HMPA 1GLBG 3LM2A 3DXKA 3FZHA 4BVPA 4H5RA 1P8ZA 4BRPA 3EKSA 1G99A 4K25A 3MMVA 4CBWA 3H3OB 3A5NC 2QWMA 3H6EA 4BRQA 1ESVA 5AQJA 4A2BA 1QZ5A 1SZ2A 4BR2A 4BRGA 2QW9A 3VEZA 4FSVA 5KQDA 2IIRA 4DB3A 2GUPA 3JS6A 4ISEA 1T6CA 4J8FA 4BR9A 3QBWA 3GOIA 3ATVA 5FPMA 4FWQA 4EIAA 1HJOA 2NZTA 4IXCA 1GLJO 2GEMA 2V52B 3KZBA 5AQGA 3U9DA 2ZGZA 4PL7A 3WXIA 2ZWHA 3RSEB 4QS7A 3AY9A 3P4IA 3C7NB 1YUWA 1QQMA 1QQOA 2BUPA 3DXKB 1DKGD 3H1VX 3VEVA 3VEWA 2E88A 2P9UA 4XH5A 2A6AA 3CIPA 4A61A 3TPQA 3CQYA 1NGDA 5AQZA 3HZ6A 1NM1A 1BA0A 3FZMA 3W0LA 5AQKA 5B8HA 4LC9B 4FWOA 4CI6A 3D2EA 2YCHA 2A3ZA 3ZETA 5LJWA 3HM8A 1BOTO 4JNEA 2FSNA 2YHWA 3CJ7A 3D2FA 1WOQA 4YDUC 1HKGA 2CGKA 4MLEA 5KPRA 5BRFA 3ENOA 3UKUB 1JCEA 5JLHA 4NB4A 3F9MA 3MCPA 1NMDA 4FPBA 3U4LA 1TUYA 3ULEA 1MWMA 1NGEA 1Z05A 5TKYA 3SJHA 4CZKA 3A5LC 4JHDB 3UKRA 2ZF5O 3EKUA 3QB0A 2HF3A 1ATSA 2YHXA 5AZJB 3SLCA 3R8EA 3ATUA 1NGAA 1LOTB 4WQ5A 1XQSC 4BRIA 4WYBA 4F9OA 4H0OA 4O5FA 3A5MC 5AQOA 2H3GX 1QZ6A 2P9IA 1HUXA 2FSJA 3LDLA 3WQTA 1TUUA 3VF4A 5AQUA 2Q97A 2E1YA 3D2FB 4Z94A 5JICA 1ATRA 2HOEA 1IG8A 3O1WA 4JAXA 1HX1A 3WEEB 3BF3A 5AQWA 4BR5A 1E4FT 2W41A 3M3ZA 5AQHA 2VWBA 3EO3A 2ZGYA 4M63C 2CH6A 1NGCA 4RTFD 4MLHA 1NLVA 1GLFO 4BC5A 2E2QA 3VEOA 4BGBA 3ZEUB 3VF2A 3HBTA 3FZLA 3BUZB 4IO8A 4JD2B 2AA4A 1T44A 5AQSA 2P9PA 2E1ZA 4L3QA 3VENA 1HKCA 3FZKA 4BRDA 3VGKA 1NGIA 2QWPA 4BREA 1Z6RA 5CE3A 5JMVA 3O80A 1S3XA 2EWSA 3IUCA 4H0VB 3GE1A 4PL8A 5JLFA 4FWSA 1MDUB 1HKBA 2ASOA 1TYQB 4PKGA 4I6MA 4ISGA 4EHTA 2GWJA 4WQ4A 1X9JA 4GNIA 4BVOA 3U8XA 2F9TA 4BG9A 3FE1A 4WQ5C 3O4WA 3O8MA 4BC4A 4RWTA 3GL1A 2YHYA 3W3DA 3LDPA 4AM6A 4CZIA 1NGBA 1D4XA 4NO7A 1U2VB 2QWRA 5EX5A 1KAXA 2Q2RA 3ID8A 5AQNA 1CZAN 4AM7A 5LY3A 3C0BA 5AZIA 1HLUA 4QS9A 3QMLA 2P9SA 4IWVA 4A62A 4PKIA 5BRHA 3CJBA 4B1WB 4E1JA 1GLDG 2E2NA 5EVZA 2IVOA 3BF1A 4BR4A 4K41A 1DEJA 2GELA 2ASPA 3FFKB 2D0PA 5BN8A 3LDOA 3WQUA 1E4GT 3QDKA 4KBOA 2YJEA 4I6MB 4FWPA 3HTVA 2D1KA 3QICA 3WUHA 3WXJA 1ATNA 3AAQA 4FWNA 2CGJA 4FWRA 5FPEA 5ADXH 4BG8A 3EN9A 3LDNA 3S41A 4H0XB 4BRNA 5BRDA 3BP8A 4CZJA 5EXWA 5E26A 3DAWA 3AAPA 3MN6A 3UE5A 3QFPA 3DJCA 4GY2B 4B1ZA 4CZHA 2YJFA 5AZIB 4MO4A 1U6ZA 5AQRA 5AQQA 3M1FA 4WQ4C 4EAHD 3A0IX 3O5BA 2HF4A 2D0OA 1R59O 2QWLA 3GDQA 2Q1NA 3LL3A 4CZLA 1RFQA 3I8BA 2P9UB 3KVGA 3DXMA 5F2RA 2F9WA 2Q31A 3BEXA 4BGAA 4BQZA 1NGGA 1GLLO 2P9NA 3FLCO 3WXKA 1Y64A 1QHAA 4B1UB 3O6WA 1WUAA 4A2AA 1BU6O 2V7YA 1SQKA 3D2EB 2FF6A 4BROA 3O1BA 3ZETB 5I9EB 4FWKA 4BRMA 4BRAA 3H3NO 3KHYA 5ELZA 4M7YA 5EY4A 1NGJA 3L0QA 2UYTA 3CJCA 3ENHA 3FZFA 4BRKA 2VCPA 2DPNA 3MK6A 2A5XA 2E2OA 4BRHA 3G25A 2QWOA 3I33A 3ULEB 4XEIA 1BWFO 2E20A 4HWIA 4FWMA 1BUPA 3UKRB 5KPZA 2QWNA 1K8KA 3ZX0A 5AQFA 3MN9A 2FXUA 3R6MA 4FL9A 1Q18A 1RGIA 2QWQA 4BC2A 4JN4A 1JCGA 2D4WA 1KXPA 1ZBSA 1NGHA 5AFUH 2P9IB 3L6QA 3O08A 3VESA 1YAGA 1BO5O 3VGLA 2QM1A 3H1QA 4O8KA 5F0XA 1RDWX 2PBDA 2YI1A 3CETA 5LJVA 1OKJA 3LM9A 2GWKA 1MA9B 2J4RA 1S22A 5EOYA 2I7PA 3TU5A 3AARA 4CD3A 2KHOA 4B1YB 2V7ZA 4H03B 3HSCA 1GLCG 1ZXOA 2FLOA 3CI5A 2Q0RA 1BA1A 5BR9A 3IFRA 5AQIA 3C7NA 1BG3A 3R9PA 4K42A 2E8AA 5AQVA 3SK3A 4BC3A 4CZFA 2P9PB 4H5NA 5AFUA 4FOIA 4DCHA 3VGMA 1YXQA 2V51B 3H45C 4FO0A 1NGFA 3HI0A 3VETA 4PKHA 4RCHA 3IMXA 3JXUA 3VEYA 1X3MA 4IJNA 3IDHA 2CGLA 5FPDA 1T6DA 3SMPA 1C0GA 3D7EO 4K43A 4CJ7A 4XH4A 4BQLA 2NLXA 3WT0A 1YVNA 1QQNA 2OANA 5BPLA 3UKUA 3U9ZA 1LCUA 2CH5A 3A8YA 4MO5A 3EZWA 1C0FA 4CBUA 5F1XA 2A40A 3ZX2A 1X3NA 3GBTA 5BPNA 4JHDA 4CBXA 2NRHA 4BR7A 3SMSA 5AZJA 5KPTA 1GLAG 5AR0A 5BPMA 3CJ9A 2P9SB 3MDQA 4XH1A 4H5WA 3MN7A 1MWKA 1ZC6A 3DWLA 1KAYA 4FWLA 2FSKA 2BTFA 1XC3A 4H5VA 2W40A 4IJAA 2IVPA 3M6GA 1NBWA 1HPMA 2GTDA 4Y0WA 5ADXA 5AQLA 4EHUA 2QXLA 5KQ8A 3WEEA 1H1VA 3EL2A 2P9KA 2WUSA 4FOEA 3QFUA 5AQMA 4ISFA 2P9LA 1DGKN 4H0YB 4B1XB 3VOVA 3ZEUA 3CJAA 1NWKA 2A42A 2VYPA 4HTLA 1SAZA 4JD2A 1V4SA 3GG4A 4CD1A 1XUPO 4BRCA 3MN5A 1V4TA 4FPAA 3CQXA 3VERA 2IVNA 3UB5A 1IJJA 3WXLA 3ZX3A 4C23A 5E84A 5AQYA 3VEXA 4DQ8A 4M7XA 2Q0UA 1BDGA 3B8AX 4IZ9A 1JCFA 4H5TA 4B9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N5YA 3DXMB 3MXIA 3OHRA 2IDOA 3H46O 3J8AA 1ASWA 3KLEA 2Y1IA 3P31A 2W6KA 1DTQA 1RT5A 5AQXA 2P9KB 3L4IA 4EZ6A 2NRTA 4QS8A 4BDPA 5GINA 1HNWK 1J6ZA 2AP1A 3FGUA 1LWCA 3EEQA 3NF9A 2E2PA 5AQPA 3EE9A 4DR3K 1ZBUA 1KAZA 1BGXT 1XNRK 4CHNA 2ITMA 4A5BA 3FZHA 3QNNA 4CBWA 4CERA 2HVHA 3A5NC 2QWMA 3OJSA 4O44A 4L8RB 1ESVA 4A2BA 4JKAA 3V6DA 3B6PA 4KHQA 5KQDA 4FVUA 3AVGA 2IIRA 1T6CA 3TTDA 3GOIA 1JLAA 2P51A 4HTUA 4Z4FA 4IXCA 1TL3A 4JK8A 3U9DA 4OLAA 5CYMA 3CCSN 4O8UA 3RSEB 4MDAA 4QS7A 3CCEN 3H1VX 4NCBA 2P9UA 2A6AA 3CIPA 1KCFA 3QERA 3HVTA 2RF2A 4JKEA 3HZ6A 1NM1A 4WCEL 3FZMA 4DV2K 3EY1A 2PZSA 1VSKA 2G8VA 4FWOA 5C42A 3J81O 3N4QA 4I2PA 5LJWA 1D9FA 1VQ9N 1EO1A 2FSNA 3TAGA 4N5SA 3ISNC 3T19A 2CGKA 4MLEA 3KK3A 3C6TA 5JLHA 1U47A 3F9MA 1XHZA 3HT3A 5J2MA 3U4LA 3ULEA 4Z4GA 1MWMA 4Z4HA 1Z05A 5TKYA 4M41A 1K73O 1ATSA 3SLCA 4CIFA 3I55N 4J2EA 1O13A 3MECA 4KH4A 4O5FA 3OYLA 5C24A 4KRFA 1KFDA 3JAMO 3P5JA 4LF9K 4DTXA 4FLTA 3N4PA 4LD0A 3VF4A 4C1NI 3OYKA 4AILC 3CPEA 4FLZA 5GIOA 4BDYA 4DV7K 1HX1A 5C0YA 1VQ7N 1WSGA 5AQHA 4M63C 2CH6A 1NGCA 4RTFD 1NLVA 4JI1K 4CHYA 4BC5A 3BDPA 3DYAA 3VEOA 4OVLA 5GAEP 4HUGA 3HBTA 3LZJA 4H4OA 1YITN 4QCLA 4H4MA 2QEXN 5AQSA 3KLFA 2E1ZA 4L3QA 3VENA 4BRDA 3PV8A 4BREA 5JS2A 4J2AA 3IUCA 4WFAL 4DQQA 1T05A 1BHLA 3BZKA 4FWSA 3I0RA 1HKBA 5JLFA 3V9XA 3OS0A 4FJNA 4WQ4A 4GNIA 1T03A 3U8XA 3QEWA 1KSPA 2F9TA 1RDAA 4BG9A 1HJRA 4WQ5C 3HPHA 2HHXA 1XMOK 1VSDA 2ETJA 4CJPA 4F3OA 4LSLA 2UXBK 2QWRA 1CZAN 3THYA 4AM7A 3Q7CA 1SL0A 4Y1DA 4FXDA 3L2UA 4DR1K 3TAFA 3CF5L 3PUFA 1BQNA 3NFAA 1VSIA 4A62A 1NU0A 2UUBK 1VAZA 4B1WB 4E1JA 3MX5A 5EVZA 2IVOA 4FVMA 2D0PA 4FJMA 2O8EA 3V9UA 3CC7N 4B08A 5JVHL 1A5XA 1BIZA 2ITGA 4CJ3A 4CK2A 2D1KA 1LW0A 2O4GA 3BY5A 3HOSA 4X66K 1GOCA 3AAQA 4FWNA 4C8LA 5FPEA 3EN9A 3S41A 4CJUA 3TI0A 3CFRA 1W2BM 3WNEA 4WFNL 4JS5A 4CJTA 1NK7A 4B9MA 4AHCA 3RTVA 3DJCA 4CW7B 4CIEA 4N47A 5MLCQ 3OYDA 1JKHA 4ELTA 1MU2A 3O9QA 4FJHA 3ZSQA 3ZLJA 3O5BA 4IO9L 3HL8A 1C1AA 3E9PA 2D0OA 1R59O 2QWLA 3GDQA 2Q1NA 2KKZA 3SYZA 4RW8A 2P9UB 1VQPN 2HHUA 1L3SA 3Q7BA 3LWMA 2ZJQL 4O0JA 1NGGA 3HO1A 2P9NA 3DLBA 4FM1A 1TL1A 4W5RA 1NNEA 2QTDA 2P1JA 4M7YA 4DSJA 4PWDA 4KTWA 1OH7A 3PX0A 2UYTA 4CJFA 3JYTA 4PA1A 4BRKA 3CC4N 3HSTB 2A5XA 3G25A 3VQDA 3ULEB 4N41A 4FWMA 4BE2A 5GAHP 4K8ZA 3R1XA 5IWAK 1HYSA 1K8KA 3TANA 5AQFA 3ASMA 3VQCA 3O3FA 3SBTA 4BC2A 4CEAA 3DLHA 3KD5E 2YNGA 1JCGA 4G1QA 1ZBSA 4FLYA 4DTPA 1IO2A 1XHXA 3O08A 3VESA 2IGIA 4B9UA 1BO5O 3CYMA 4RW7A 3VGLA 2R7YA 2PFUA 3DLLL 1EXQA 2OCEA 3QESA 1C1CA 5EOYA 3DLEA 1N34K 4KHPK 4I9LA 3PO5A 1IKXA 1ITGA 5I3UA 3MEDA 3A2FA 3PIPL 3RVCA 4FM0A 1ZXOA 2FLOA 2KQ2A 4CF1A 3SV3A 5AQIA 3R9PA 2IS3A 5C15A 4FLVA 2G8HA 1RBSA 5H1SQ 3NH0A 4FOIA 2O8BA 1JL2A 3HVRA 3KIOA 1YXQA 4CIGA 1SKSA 3EE8A 2PYLA 3SCXA 3VETA 4DQPA 4FW1A 3JXUA 1T8EA 4DU4A 4EP5A 4IJNA 1Z25A 4UY8O 3SNNA 4CEOA 1C0UA 1EETA 1C0GA 3D7EO 4J2BA 4EP4A 3LAKA 4BE1A 4BQLA 1U45A 3WT0A 1YVNA 1QQNA 3UKUA 1TK8A 3OYCA 1C0FA 5F1XA 2A40A 4JI8K 4LSNA 3THYB 4JHDA 2HVIA 2NRHA 1SL1A 3TAMA 4OX9K 2VGNA 1VSJA 4CEQA 3KLGA 4IOCL 4JI3K 3ZSXA 4KHWA 4IBNA 1S1XA 2ZE2A 1YTUA 2O8EB 2FSKA 4H5VA 2W40A 4IJAA 4DV4K 1BQMA 3QIPA 2GTDA 4Y0WA 2VQFK 3IS9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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