4FWMA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with atp
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Propionate kinase
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA02
1E4FT 3VGKA 2P9UA 4ISEA 2P9IA 4RCHA 4CZFA 5EX5A 1IJJA 3VF6A 2UYTA 1NLVA 2YHXA 3DXMB 2E88A 4XEIA 2QM1A 3FZFA 4F9OA 4IJNA 5AQTA 2HF4A 2I7NA 3VEOA 2E2OA 2ZGZA 3IDHA 2VYPA 2IVNA 3ZETA 3FZHA 1KAXA 1T44A 5TKYA 1GLAG 2E8AA 5KQ8A 3UKUB 4BR9A 5ADXH 2V7YA 2AA4A 3G25A 4IJAA 3WXIA 3WQUA 3L6QA 5AQNA 2A42A 5I9EB 2Q1NA 3HBTA 3ULEB 1QHAA 5E84A 3WQTA 2YHWA 4XH5A 2ASPA 4BQZA 5JICA 2CGJA 4BC2A 3U8XA 4AM6A 2V52B 2P9KB 4IXCA 1U2VA 4MO5A 3RSEA 4PL7A 4YDUA 4HWIA 1HPMA 2YJFA 3O8MA 3UB5A 4AM7A 1IG8A 2FF3B 3UKRA 3WEEB 2Q36A 4BRHA 3H3OB 2E1YA 3H3NO 3UE5A 3LM9A 2IVOA 2Q0UA 3I33A 2P9UB 2P9IB 5FPMA 1R59O 3WXKA 3O4WA 2P9SA 3CERA 5JLHA 4BRQA 4O8KA 5EOYA 2F9TA 4A2AA 4BGBA 1QZ6A 3FZMA 1HLUA 3A0IX 4H0TB 5KQDA 4CD1A 1Z6RA 1EQYA 2P9NA 3GL1A 1HKCA 1TUUA 4YDUC 3ZEUA 1CZAN 4H5TA 1KAZA 3GG4A 4CZKA 4B1WB 2CGLA 3ZETB 2NLXA 5AFUH 1JCFA 5AQHA 4CBUA 3QICA 4H0PA 2BUPA 5AQSA 3ID8A 4PKHA 3DXKA 1Q18A 2HMPA 4IZ9A 1GLBG 5JMVA 3VENA 4Y0WA 2D1KA 4BRIA 1NBWA 1NGIA 1GLLO 4WYBA 1XC3A 1HKBA 1SQKA 3HZ6A 4BG9A 3CETA 4JN4A 4K41A 4BC4A 1U2VB 3M1FA 3RSEB 1NM1A 1BA0A 5BRHA 2E20A 2FSJA 3FZKA 3CJ9A 4FWQA 4XH1A 3AAPA 3VEWA 5AQIA 3UKRB 2EWSA 3AAQA 2VWBA 3ENOA 4FSVA 3S41A 3EN9A 3F9MA 4CZHA 3MN6A 3OHRA 2QWOA 3VERA 3KHYA 4IWVA 4L3QA 2P9SB 4M63C 5AQRA 2V51B 3D2EA 2I7PA 1DEJA 3VF2A 4FWRA 1ESVA 1HJOA 4ISGA 5AQPA 1ZXOA 1HKGA 4B1ZA 3VGLA 1MA9B 2QW9A 3GE1A 2P9NB 1QZ5A 2A5XA 3ZEUB 1BU6O 1BO5O 3ZX2A 3CJCA 3VESA 4BVOA 5BPLA 4B1XB 5AQOA 1GLCG 3W0LA 2E2PA 5BREA 1WUAA 3TPQA 4Z94A 2DPNA 2ZWHA 3ATUA 4H0VB 3QB0A 1TYQA 3MN7A 1QQNA 1RGIA 3I8BA 5AQMA 3A8YA 4CJ7A 5CE3A 3DXKB 3BEXA 3WT0A 3O1WA 4PL8A 1T6CA 4A61A 2W40A 4J8FA 3SJHA 1MWMA 3L0QA 2IIRA 4QS8A 3A5MC 5LJVA 3ENHA 3MCPA 2H3GX 1QQOA 4CZJA 1XUPO 4JD2A 5AQFA 5KPZA 2FXUA 3C7NA 4NO7A 1E4GT 2QXLA 4FWKA 3BP8A 4BRKA 1BA1A 1NGFA 5KPTA 2GELA 3A5NC 2AP1A 3BF1A 2WUSA 1ATNA 1S3XA 3VEXA 3BUZB 4H5RA 4CZEA 3MMVA 4BRPA 4FPAA 4XH4A 2GEMA 3D2EB 3VEVA 3VEZA 1U6ZA 3M3ZA 4H5VA 3EZWA 1RFQA 3C0BA 3JS6A 5AQKA 4BRGA 2CGKA 3J8AA 4FOEA 3ZX3A 3GDQA 2KHOA 2IVPA 2NRHA 3HSCA 3HTVA 2OANA 2E2QA 2HF3A 2PAVA 3LDLA 4C23A 1GLEG 3LM2A 4K25A 2GWJA 1TYQB 2GUPA 2FSKA 3O08A 3VETA 5F2RA 3U9DA 3JXUA 2FSNA 4MLHA 4FO0A 4H0OA 4MO4A 3WXLA 2A40A 3W3DA 3KVGA 4FWSA 3CQXA 3DAWA 5AQYA 3SMSA 3L4IA 3IMXA 2QWPA 4HTLA 4JD2B 4O5FA 2HOEA 1KAYA 3EKUA 3C7NB 3MK6A 1BWFO 2E1ZA 5AQZA 3D7EO 2F9WA 3QBXA 1X9JA 5AR0A 3CQYA 4BROA 3CJ7A 3O5BA 4H03B 5AZIA 3VGMA 3D2FA 5ADXA 2BTFA 2GWKA 3LDNA 1KXPA 3KZBA 4I6MB 4EHUA 3LDQA 4ISFA 4E1JA 3H1QA 5FPEA 4K43A 1C0FA 1X3NA 1Z05A 3LL3A 1JCEA 3EKSA 1RDWX 4CZLA 2Q2RA 3CJ1A 4BC3A 1K8KA 2QWNA 4B9QA 4H5WA 4PKGA 2P9LA 4B1UB 1V4TA 4FOIA 5FPNA 5AQXA 3H1VX 4H5NA 5E26A 5AQGA 4CI6A 5BPNA 1H1VA 3ZX0A 4KBOA 5BRFA 4NB4A 3QDKA 3FE1A 1BG3A 3LDPA 5KPRA 3GOIA 5AQUA 1LCUA 5BN9A 5AQWA 4BR5A 3MN5A 4RTFD 3GBTA 4BRCA 4BVPA 3MN9A 1TUYA 3WXJA 4CZGA 5AFUA 5AZIB 3IFRA 4B1YB 1BUPA 3H6EA 1MDUB 3D2FB 2ASOA 1BOTO 1GLFO 4CBWA 3U4LA 4BR0A 4IO8A 3VEYA 3CHWA 1YAGA 4BRNA 3CIPA 5EVZA 2FLOA 1DGKN 4EAHD 3U9ZA 3AARA 2CH5A 3HM8A 3A5OC 4FWLA 1SAZA 4MLEA 4DQ8A 1ZBSA 4QS7A 4H0XB 2ITMA 2P9PA 1GLDG 4JAXA 2Q31A 4BRLA 4BR4A 1K8KB 4BRDA 1J6ZA 5FPDA 4I6MA 4BGAA 5BRDA 1D4XA 4FWMA 4FPBA 2E2NA 2P9LB 3VPZA 5AZJA 1NWKA 3P4IA 3O80A 4RWTA 1Y64A 4DHYA 3FZLA 3ATVA 1LOTB 3DJCA 2VCPA 3BF3A 2NZTA 1ZC6A 4DB3A 2A3ZA 4K42A 1S22A 3R6MA 4WQ4A 3AY9A 1P8ZA 3H46O 1BDGA 2D4WA 4H0YB 4BRAA 4FL9A 5JLFA 4M7XA 1SZ2A 1G99A 4CD3A 4BR2A 3WUHA 4EFHA 1NMDA 1YVNA 5F1XA 1ATRA 1NGEA 5F0XA 2YJEA 3DWLA 5AQLA 3FFKB 3FGUA 3SMPA 3VF4A 1HUXA 3M6GA 4PKIA 4JNEA 3FLCO 1NGCA 4GY2B 3O6WA 3TU5A 3MDQA 1X3MA 4GNIA 1ATSA 4B1VA 3CI5A 1NGGA 1GLJO 3R8EA 4JHDA 4WQ4C 3CJBA 5AQVA 2A6AA 3O1BA 5AQQA 3FR0A 4EHTA 4CZIA 1C0GA 1OKJA 4FWNA 2QWLA 2GTDA 2P9PB 4BC5A 1V4SA 2FF6A 1NGJA 4A62A 3IUCA 5B8HA 4BQLA 1DKGD 4EIAA 4DCHA 2YI1A 5LJWA 1MWKA 5AZJB 1JCGA 4FWPA 1HX1A 2YHYA 4CZMA 2Q0RA 3VOVA 4WQ5A 5EY4A 1NGAA 3QMLA 3QFUA 3DXMA 4BG8A 1YUWA 4QS9A 2D0PA 1XQSC 3SLCA 2W41A 4BRFA 2CH6A 2A41A 2QWRA 3QBWA 1NGDA 2PBDA 5EXWA 1WOQA 5BN8A 3UKUA 1YXQA 3R9PA 2ZGYA 3SK3A 3H45C 1T6DA 1QQMA 2Q97A 2QWQA 2QWMA 3ULEA 4WQ5C 2J4RA 3EO3A 4FWOA 2V7ZA 3B8AX 2ZF5O 5AQJA 5LY3A 4BRMA 2P9KA 5ELZA 4JHDB 3A5LC 4LC9B 2ASMA 2YCHA 5BR9A 1NGHA 4A2BA 4BREA 4BR7A 3EL2A 4M7YA 4CBXA 2D0OA 3WEEA 1NGBA 3LDOA 5BPMA 3CJAA 3HI0A 3QFPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U67L 3OYEA 3V9UA 4JS4A 2P9IA 1RT1A 3PO5A 3IS9A 4RCHA 4CZFA 5EX5A 1CZBA 2UYTA 4CJVA 3F2KA 3LZJA 4JK7A 4HUFA 4U7BA 3ZT3A 1VRTA 5M1PA 3KK2A 1XWLA 3KLGA 1HPZA 2WOMA 5C2DA 4IJNA 4JI4K 3KWIA 2HF4A 3BZKA 4E7JA 1M90O 3E66A 2E2OA 2ZGZA 3MX2A 3ZETA 3FZHA 3AO1A 2E8AA 3UKUB 4BR9A 2VWJA 4HUEA 5ADXH 2AA4A 4C1NK 4DSJA 3L6QA 5AQNA 1EWQA 1L3UA 4X65K 2YHWA 5JICA 4CHZA 4V19S 2OYQA 4BC2A 2PY5A 5IWAK 3EYZA 1FXXA 1U2VA 5FRMA 4PL7A 4H4MA 3OW2M 4HWIA 1FKOA 4KHUA 5HRPA 3UKRA 4NLCA 1VHXA 1W9HA 4RG8A 1VAZA 2IVOA 4F3OA 2Q0UA 4DTNA 3L3VA 2XY8A 2P9IB 4FLTA 5FPMA 3ZSVA 1J5EK 4DQQA 4CF1A 1W97L 2JGUA 5EOYA 4LD0A 4Q5VA 1B9DA 1OVYA 4AHCA 5J2NA 1WBDA 1YITN 1EQYA 2BE2A 3DLRA 2VG6A 4JRQA 3LPTA 3GG4A 4B1WB 3SBTA 3ZETB 2ZJPL 5AFUH 1JCFA 3ZYYX 4CJSA 2XY7A 4H0PA 5AQSA 4JK9A 3SV3A 1NU0A 3NF7A 2B6AA 4KFBA 2ZJRL 3CFPA 1TK0A 3IG1A 1NGIA 3CCLN 1GLLO 3OS1A 4WYBA 3E01A 3QNNA 2O8CA 3CETA 4JN4A 1U2VB 4CJ4A 3C95A 4Y1DA 1VQ5N 4JI0K 4YFUA 4BWMA 1RT3A 3CM5A 4J2EA 3UKRB 2EWSA 3NMUA 3ENOA 5FRNA 3K5LA 4DG1A 3EN9A 1IH7A 1K8AO 2G8KA 5SZTA 1N33K 3KHYA 4I2PA 4FCYA 3AVCA 4M3WA 3VF2A 2I5JA 3AVHA 1JL1A 4FWRA 4ISGA 4AF1A 5I3UA 1HKGA 1OH5A 4LSNA 3FFIA 1MA9B 4CHNA 3KKRA 1T8EA 3HVTA 1GOAA 4DF4A 3KTQA 3KK7A 1ASWA 1ILYA 4B9UA 2ZWHA 4IO9L 1X9SA 3QB0A 2NRXA 1QQNA 1RGIA 3A8YA 3E9OA 1DT9A 3AGKA 5J1EA 2NRWA 2O8BA 4IOAL 3SZ2A 1NKCA 4ZTJA 1T6CA 4A61A 2DY4A 3PLAA 4WCEL 1MWMA 4LF6K 2IIRA 4QS8A 4OKEA 3CC7N 2O8CB 4E7IA 4N5SA 5AQFA 4FZZA 1HNZK 1E4GT 3BP8A 4PA1A 1BA1A 1JLCA 3CXCM 3MXIA 3K9JA 5CR4A 2WFBA 5KPTA 3V81A 1BQNA 4DKWA 1ATNA 1KFDA 4CZEA 3T1HK 4BRPA 4FPAA 1U6ZA 4DR4K 3M3ZA 3EZWA 4IOXA 1T05A 2HHSA 1RFQA 3DM2A 3JS6A 3U6FA 3ZX3A 2RHKA 4AH9A 2IVPA 2LSNA 3QLHA 3OS0A 2OANA 2E2QA 2PAVA 3LDLA 1GLEG 2GWJA 2VQEK 4O0IA 3ZSWA 3HOTA 1NK5A 5F2RA 2O8BB 3V1OA 3THXA 2FSNA 2R7YA 4RW7A 4H0OA 4FWSA 3CQXA 4C1NI 3HOSA 4I2QA 3DAWA 1U49A 3IMXA 1W2BM 4OGCA 3CD6N 4O5FA 3ZSYA 2D5RA 4F2RA 4MDAA 2QKBA 4AHVA 3D7EO 4CJFA 4I9LA 4JKBA 3L2QA 3O5BA 2OPPA 1YVUA 3D2FA 1RTHA 4DFMA 4CW7B 1QE1A 1FKPA 3CCEN 2GX9A 4E1JA 3H1QA 5FPEA 3SBGA 3C6TA 3LL3A 2Z1GA 3EKSA 3KLEA 2F96A 3DRSA 4KB1A 3SJJA 4JKAA 4M3XA 1SUQA 3E9LA 3QIPA 1VSEA 4FM2A 4JS5A 4DS5A 2HW3A 1EX4A 1V4TA 4FOIA 4R79A 4CI6A 5C12A 4ILJA 4DV3K 1VQ4N 3ZT1A 3THXB 4JI5K 1BG3A 3HPHA 3Q7CA 3P83D 3SAFA 1CXQA 3QEIA 3WNEA 4CFAA 4RTFD 4BRCA 2IGIA 3S3MA 3LWLA 3WXJA 3O9UA 4B3TK 1HNIA 3P31A 4CZGA 4FLYA 3IFRA 4B1YB 3H6EA 3D2FB 3NFAA 3CF5L 3CFOA 2HNZA 3AVMA 4IO8A 1YAGA 3NH0A 1NK6A 1NOZA 4DV1K 4LFBK 1WSEA 3J7ZO 3DRPA 3IAYA 4FK0A 1RT2A 4MLEA 1RBUA 1N6QA 4QS7A 4H0XB 4CEEA 5DM6L 1GLDG 4BGAA 1VSMA 1N36K 3ZSOA 4JKCA 3VPZA 2E2NA 3OBYA 3RMBA 4LY7A 4CESA 3ATVA 4CJWA 4PUOA 2Y1JA 2W6KA 4M45A 4ELVA 2ITGA 4ELUA 3THVA 2NZTA 1S22A 5CHIA 3AY9A 4DSIA 3H46O 4LH4A 3SYZA 4H0YB 5CZ2A 4FL9A 3WUHA 1C6VA 5GINA 1NMDA 2HMIA 3U3YA 2Y1IA 3DWLA 5AQLA 3FFKB 1M1KO 2KW4A 1HUXA 3VF4A 2D0BA 4CGFA 4CE9A 3SAGA 3M8SA 3O6WA 4N56A 3MDQA 3OYFA 4IEIA 2RE2A 4LFAK 3V1RA 1GLJO 2YHBA 3J7AP 4WQ4C 3K5OA 3MAQA 1C0MA 3D0PA 4DF8A 3SNNA 3J7YP 1C0GA 1IV0A 1OKJA 3K9KA 4FWNA 1QSLA 3L4QA 4TSXA 4BC5A 1V4SA 1U45A 5HRNA 1VSKA 3DMJA 3LAMA 2ZQBA 3WNFA 4DCHA 4DU4A 2XY6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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