4FWMA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with atp
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwmA02
1X9JA 4B1XB 4BRFA 2A6AA 4PKIA 4BR0A 4H5VA 4BRLA 3BUZB 1MWKA 2FLOA 2V52B 3B8AX 3SJHA 2CGJA 1C0FA 1C0GA 3UKUB 4B1WB 4DB3A 4H5TA 2HOEA 2W40A 3CQXA 4FWSA 4ISGA 3CJ1A 2BTFA 5JMVA 1NMDA 1TUUA 1BA0A 2PBDA 3KHYA 3O4WA 2QWMA 3KVGA 4CD3A 1DEJA 4I6MB 2QWNA 2W41A 3ENOA 1QHAA 3CHWA 1RGIA 3CJAA 2E1YA 5F2RA 1NGBA 3QDKA 3EL2A 5ADXH 4GNIA 3LDPA 3O8MA 4CD1A 4XH5A 1JCEA 1ESVA 4JHDA 4K41A 4ISEA 1LOTB 4XH1A 3M6GA 2BUPA 4BR5A 1QQOA 1TUYA 4CBUA 3EZWA 4F9OA 4DHYA 2QWLA 4A62A 1NM1A 4BVPA 5F1XA 2NLXA 2A5XA 4RWTA 1SAZA 3WXJA 3ZEUB 3DXKA 3HM8A 2CGKA 3EKUA 5AQGA 5ADXA 1BWFO 2FF6A 3WEEB 3WEEA 3ID8A 3DAWA 3LM9A 4KBOA 1JCFA 4BC3A 4FWMA 4IWVA 1E4GT 3I8BA 5AZIB 1WOQA 1X3NA 4FWNA 5KPTA 2F9TA 4A2BA 2EWSA 4B1VA 3CJBA 2YJFA 3AY9A 4H03B 3IFRA 5I9EB 1BU6O 2E2QA 3MN9A 2Q0UA 4BQZA 4FL9A 3C7NA 4BQLA 2P9SB 3A5MC 2Q31A 4CZFA 4MO4A 2D4WA 4BRGA 2YI1A 4M63C 2A42A 2E1ZA 2ITMA 2GUPA 2P9PB 3DWLA 4CZIA 3MN6A 3H3OB 5JLHA 4H5WA 1GLDG 4FWRA 2CGLA 3H46O 1Z6RA 2P9IA 3D2EB 3FZMA 3GBTA 4QS7A 4H0XB 3A5LC 3GE1A 2GEMA 2ASPA 3O1WA 5BR9A 1NGIA 1WUAA 3W3DA 2VCPA 4H0PA 3MMVA 4H5RA 3ZETA 5BRFA 3WT0A 1V4TA 3O1BA 2I7NA 5JLFA 3A5OC 3QB0A 3KZBA 2VWBA 5AQUA 1JCGA 1DKGD 2Q1NA 1S3XA 3ULEB 1SQKA 3U4LA 5LJWA 3VF6A 2QWOA 3QBWA 3LL3A 3QBXA 4HWIA 3D2FB 4ISFA 2QWRA 1MWMA 5BREA 1LCUA 4WYBA 3WXKA 3ATVA 4EFHA 5AQRA 1NGJA 2Q2RA 4JNEA 4IJNA 4BRDA 5AQXA 1ATSA 4M7YA 4JD2B 3F9MA 4MLHA 4XH4A 3UKRA 2D1KA 3VOVA 4XEIA 2P9NA 2HF3A 3HZ6A 3CERA 4CZMA 2F9WA 3BF3A 3EO3A 3QICA 4WQ4C 3VEVA 2E20A 3AAQA 4CZKA 2GWKA 3LDQA 1XUPO 1ATNA 5EY4A 3GG4A 5AQJA 2A3ZA 2HF4A 3H6EA 4RTFD 5AQTA 3VEXA 1GLAG 2UYTA 5BPNA 4NB4A 4O8KA 1ZXOA 5BPLA 3G25A 3UE5A 1NGEA 4BR4A 3TPQA 4H0VB 5AR0A 2V7YA 4QS8A 2P9LA 3VEZA 4E1JA 3MN7A 5AQIA 4BRPA 5B8HA 1KXPA 5FPMA 4JHDB 3M1FA 3BP8A 3H1VX 3UB5A 2IIRA 3MCPA 3SMPA 4B1UB 1MA9B 1QQNA 3VERA 1RDWX 3SMSA 2E88A 1GLFO 2HMPA 1S22A 3H45C 3AARA 2AP1A 4IJAA 5AQFA 3MDQA 1NGFA 3O6WA 1HUXA 4EHTA 4M7XA 1R59O 2IVOA 5FPEA 3CJ7A 4BRKA 5AFUH 4BC5A 3DXKB 3WXLA 1H1VA 1NGAA 5ELZA 1YUWA 4CZLA 2YJEA 3A0IX 1GLBG 4FWOA 2AA4A 3VESA 4BRMA 4IZ9A 1HKBA 2P9KB 4BRAA 2P9KA 4FSVA 2A41A 4BC4A 3VF2A 2YHWA 4LC9B 4BRIA 4C23A 1YAGA 4K43A 1U2VA 1D4XA 4GY2B 3P4IA 5EVZA 5AQSA 5EXWA 3CQYA 2CH6A 3FZFA 5AFUA 3SK3A 3C7NB 3DJCA 3HTVA 1CZAN 1MDUB 2PAVA 5BPMA 3J8AA 4FPAA 4NO7A 4BRNA 1Z05A 2YHXA 2FSKA 1YVNA 4CI6A 3CIPA 5AQMA 4FWLA 3QMLA 4MLEA 4AM7A 4EHUA 3FR0A 2P9IB 2QWQA 4HTLA 1XC3A 5AQYA 4FOIA 4K42A 1BOTO 5AQQA 4FWKA 4J8FA 2FSNA 1X3MA 3ZETB 3WUHA 4YDUC 4CBWA 1HPMA 2Q97A 3VEYA 4BRQA 3EKSA 2GTDA 3U8XA 2GWJA 3OHRA 2E8AA 4YDUA 5AQVA 4BG8A 2Q0RA 2H3GX 2NZTA 2FXUA 1NLVA 4B1ZA 4BRCA 1KAXA 2NRHA 3R8EA 2YHYA 1BG3A 2VYPA 5JICA 3S41A 3IDHA 2E2OA 3MN5A 1NBWA 2GELA 3UKRB 3BF1A 1DGKN 3FGUA 2ZGZA 2P9NB 1K8KA 2V7ZA 3U9ZA 3VGKA 4JAXA 3JXUA 4QS9A 4PKGA 1TYQA 2CH5A 3DXMA 1YXQA 1HKCA 3EN9A 3M3ZA 4A2AA 1NGCA 2QM1A 1QZ6A 4WQ4A 2Q36A 3RSEA 4AM6A 4CJ7A 1NWKA 3QFPA 5AQZA 4WQ5C 4DQ8A 3H3NO 1KAZA 2P9UA 2QW9A 3L0QA 3VPZA 2ZGYA 5AQWA 5AQOA 4FOEA 3O5BA 1XQSC 2E2PA 3FZHA 5E26A 3CETA 1NGGA 1ZBSA 3VENA 3L6QA 3WQUA 3SLCA 3U9DA 1BA1A 2FF3B 2P9LB 3VGMA 5AQKA 4PKHA 2OANA 3L4IA 4FWPA 3CJ9A 2ASOA 1HX1A 2ZF5O 4DCHA 3LDOA 3LM2A 4Z94A 3VEWA 3UKUA 5AQPA 4EIAA 4B9QA 5CE3A 3HSCA 1OKJA 4BGAA 3IUCA 4CZGA 2D0OA 1E4FT 3FZKA 5AZJB 5AZJA 1P8ZA 4I6MA 3FLCO 3QFUA 1IG8A 5BRDA 1KAYA 3VETA 5EOYA 2KHOA 4MO5A 3R6MA 4BROA 4BRHA 4BR7A 1G99A 3D7EO 4CZJA 1BUPA 1Y64A 2J4RA 3ATUA 1T6CA 4JN4A 4A61A 5KPZA 1J6ZA 1RFQA 4IO8A 4BC2A 3FFKB 1U2VB 1SZ2A 2WUSA 3O08A 3WQTA 1GLEG 2ZWHA 3ZEUA 5KPRA 4PL8A 1BO5O 3VF4A 1ATRA 5BRHA 1V4SA 2ASMA 4FPBA 4BR9A 1EQYA 4FO0A 3ENHA 4L3QA 3ZX3A 4CZEA 3GOIA 5AZIA 3JS6A 1HJOA 4RCHA 2DPNA 5BN9A 3A8YA 4IXCA 3W0LA 1NGDA 3HBTA 5EX5A 3GL1A 2FSJA 1BDGA 3TU5A 1ZC6A 2QWPA 3WXIA 1U6ZA 1NGHA 2P9SA 4BR2A 3HI0A 1T6DA 5LY3A 5AQLA 5KQDA 2P9PA 5FPNA 4FWQA 4O5FA 3VEOA 3A5NC 4K25A 1QQMA 5LJVA 3D2EA 4PL7A 4H0YB 2V51B 4BREA 5AQHA 2YCHA 3ZX2A 4BGBA 4H0OA 4BG9A 3IMXA 2A40A 5TKYA 3O80A 1IJJA 5F0XA 3FZLA 3MK6A 5FPDA 5AQNA 1HLUA 1K8KB 2D0PA 3VGLA 3C0BA 1HKGA 3ULEA 1TYQB 4H0TB 1GLCG 3H1QA 3DXMB 3LDNA 4BVOA 2IVPA 5KQ8A 3AAPA 4CZHA 2QXLA 3R9PA 1GLJO 3D2FA 5E84A 3ZX0A 3RSEB 3CI5A 3BEXA 3CJCA 3I33A 4EAHD 1T44A 3LDLA 3FE1A 4CBXA 1GLLO 2E2NA 4H5NA 2IVNA 2P9UB 4B1YB 5BN8A 3GDQA 4JD2A 4WQ5A 4Y0WA 1QZ5A 2I7PA 1Q18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NH2A 1KRPA 1VSDA 4N5SA 3LWMA 4BR0A 4A5BA 4BRLA 5C0YA 4NCBA 1JLCA 2A1RA 2V52B 3ZSQA 1SS6A 3SJHA 3EZ5A 2VQEK 1KVAA 4E7HA 1KSPA 2HNZA 3UKUB 4DFPA 4DB3A 4EZ6A 2O8EA 4DTSA 1BL3A 3ZSXA 2QWNA 3DM2A 1Q9YA 4CJLA 2W41A 3HOTA 3CJAA 4GNIA 3LDPA 3O8MA 1OVQA 4JHDA 4ISEA 3QEVA 3CM6A 2UUAK 3SQ0A 4BR5A 1TUYA 4JKAA 4CBUA 3CCVN 3KKSA 4DHYA 4DV6K 1WAFA 1NM1A 4OJRA 1KFSA 5F1XA 2NLXA 3KJVA 2JWKA 4AQYK 4JI2K 2XY7A 1HNXK 3ZEUB 4Z4EA 4CGDA 2Z1IA 3HM8A 3THVA 1BWFO 3ID8A 1JCFA 4BC3A 3CCLN 4NXNK 3T1AA 3PLAA 1HQEA 1E4GT 4BWJA 2B6AA 3K57A 2IOCA 1TVRA 5KPTA 2W6KA 3IAYA 4A2BA 4LFAK 3V9ZA 3AY9A 1N34K 4LSLA 3MN9A 2Q0UA 4GV3A 4FL9A 4LF5K 3A5MC 2Q31A 2X78A 4B9NA 4J2DA 2ITMA 4CZIA 3DWLA 5JLHA 3H3OB 3K5LA 4A57A 4FXDA 1Z6RA 1EETA 1GOAA 4B9SA 4B9MA 4LFCK 5E41A 2OCEA 3A5LC 3O1WA 2ASPA 4DR4K 2YNHA 4U7BA 1LWFA 1O1WA 4DQPA 1WUAA 2VCPA 1HRHA 1M1KO 1BIZA 3WT0A 1NMNA 1V4TA 5JLFA 3NF6A 3A5OC 3KZBA 1RDUA 3NH0A 3VF6A 3HK2A 3LL3A 1NK4A 3QBXA 2IS3A 4ISFA 4TSXA 2OTLN 3RR7A 2G8KA 3RMDA 1N6QA 3V9SA 4OGCA 3AA4A 3ATVA 3WNGA 3KK1A 2G8HA 4BRDA 4CF0A 5M1NA 1WSEA 1ATSA 1HYVA 3CG7A 3DLBA 4MLHA 3VQ7A 4XH4A 1U45A 3KIOA 4DV4K 3P1GA 2D1KA 3VOVA 3TAGA 1IKWA 1UWBA 5DMRA 4DTPA 3VQEA 1YJNN 4CJUA 5KRTA 4HUEA 3VEVA 1RBRA 2E20A 3AAQA 5J2NA 3LDQA 2QK9A 2W6LA 3RMAA 4M45A 5EY4A 5KGXA 3AO3A 4CEZA 2HF4A 4RTFD 5AQTA 1QS4A 2HHVA 1I3AA 4O8KA 1SKSA 1L3SA 1ZXOA 3SUOA 4RW7A 3CPWM 1RBTA 3HP9A 4FJGA 4CFDA 1BI4B 4IEIA 3HXMA 3TWHA 1JL1A 3KK3A 2UU9K 3DLLL 4M3RA 2V7YA 3ZSZA 1NK8A 1JXBA 4DUZK 3NVKA 4BRPA 5B8HA 2PZSA 2P1JA 2JGUA 3BP8A 3M1FA 1LAWA 3QEWA 2P5GA 2Q3SA 2YNGA 4B1UB 1MA9B 5M1QA 3ZT3A 1QQNA 2VWJA 4IJAA 5AQFA 4F3TA 3MDQA 1NGFA 3O6WA 4B3SK 5J2MA 1R59O 2IVOA 4O0JA 4AHCA 1XHZA 3HPGA 5GAGP 2VGNA 3CCQN 4BC5A 5H1SQ 2XHBA 3DXKB 4FJ8A 1NGAA 1OH8A 4CZLA 4JS5A 1Q9XA 1QHTA 3A0IX 1TK8A 3VESA 2AA4A 4IZ9A 3TABA 2HSTA 1HKBA 4BRAA 3V9XA 4OPKA 3MXMA 1JLGA 4JKGB 1CLQA 4JK8A 4LC9B 4C23A 3MWTA 4EP5A 3LANA 2NNWA 5EVZA 5C42A 3SK3A 4Q5VA 3C7NB 4Z4HA 1CZAN 5FRMA 5BPMA 2HHHK 4FPAA 3ZSOA 1XMOK 4NO7A 4BRNA 4PHTX 1Z05A 3JSMA 4KV8A 4KPYA 4MLEA 1REVA 4EHUA 1WB9A 3N4QA 3CC7N 4QOZB 1XC3A 3CFPA 4K42A 3LZIA 5JVGL 3IKMA 4FWKA 3I55N 4O0IA 3NFAA 3QEPA 2FSNA 3SZ2A 4CBWA 4GVMA 4CVNE 3U8XA 5LMUK 1BHLA 1FKOA 3RVCA 2H3GX 4DR3K 2NRHA 2YHYA 4YNQA 2VYPA 5JICA 3OBWA 3S41A 1VSMA 2E2OA 2GELA 2P51A 4DQRA 4FLWA 3VGKA 4JAXA 4QS9A 4LF6K 2CH5A 4WFBL 1IBKK 1L5UA 3EN9A 3QLHA 1I94K 3SAFA 2Q36A 4CJ7A 1NWKA 4DQ8A 2HHWA 3KK7A 2QW9A 3VPZA 1X9MA 5C2FA 3AO4A 3OYLA 1NGGA 1ZBSA 3VENA 4DR2K 4DF8A 3SLCA 3SUNA 3CMEN 1TK5A 5CHIA 2FF3B 4KHQA 2Z1GA 3CC2N 4WE1A 4X66K 3L4IA 4FWPA 1HNVA 3CJ9A 1S5JA 3LDOA 4Z0UA 2E6LA 2WBNA 3MEGA 4EIAA 3HSCA 3VQQA 1EWQA 4FLXA 3RMCA 3ASMA 3LZJA 4JV5K 4KO0A 3IUCA 4CZGA 1KC8O 4OPAA 3MWPA 4I6MA 4M41A 1KQSM 1IG8A 3BZKA 4J2AA 5EOYA 4M3XA 4DV3K 4MO5A 3R6MA 3TTFA 4BRHA 4BR7A 3LAKA 1BUPA 3WXMB 2RE2A 5HRNA 3V9UA 4OKEA 5LL6Z 2ZM6K 1RTIA 1JLAA 2NRVA 1RFQA 4WFAL 3O08A 1A5VA 1WNSA 5HRRA 3LPTA 1BO5O 4YORA 3TR8A 2DFHA 4CHZA 5BRHA 5M1OA 2ASMA 5C25A 1X9WA 4KI6A 3ZX3A 3RRGA 3E66A 3P5JA 5AZIA 2BGGA 1EP4A 1HJOA 1VQ8N 3CFOA 3AVMA 3W0LA 1NGDA 3HBTA 3N4PA 1GOBA 2I5JA 3AV9A 3I8DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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