4FWNA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with adenosine tetraphosphate (ap4)
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 132
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwnA02
1U2VB 2A3ZA 3MN6A 2YJEA 2YHXA 3O8MA 3U9DA 2D0PA 2P9PA 4NO7A 1Y64A 2P9PB 2AA4A 3H1QA 3TPQA 3CJAA 4DB3A 5AR0A 1XC3A 4AM7A 3LDNA 2V7YA 4CZFA 2YHYA 3GL1A 2ASMA 2CGJA 3LM2A 4B1YB 2V51B 3WXLA 3U8XA 3KVGA 5FPDA 4WQ4A 3KHYA 4BROA 4H0OA 4XH5A 3VF6A 1Z05A 4J8FA 4BC4A 2W41A 3EN9A 3R8EA 1IG8A 4CZHA 1QQNA 3CJ1A 4MLEA 4DCHA 1DKGD 2NZTA 4I6MA 3CJCA 5F2RA 2FSNA 1QHAA 1NGJA 2QWPA 5E84A 2A41A 2Q0RA 3OHRA 4A62A 5I9EB 2Q31A 3UKRB 2Q0UA 3QICA 3VERA 5AZJA 1NGFA 3WQUA 3CQYA 4HWIA 1DEJA 2P9LA 2V7ZA 4BR4A 2P9LB 1ZC6A 2BUPA 3IMXA 4YDUA 4BRIA 3IUCA 5AQPA 4BRKA 3CETA 3GBTA 4YDUC 4BRLA 4BRFA 4BC3A 4DQ8A 3VOVA 3ATUA 4CZEA 5F0XA 1BA0A 1CZAN 3U9ZA 1KAXA 1YVNA 3VETA 5BPNA 3H45C 3MCPA 4RWTA 5AQOA 3ZX2A 3O5BA 3FR0A 4MO5A 1NMDA 1GLEG 4K41A 1NGCA 1ESVA 3BEXA 3FGUA 3EKUA 1J6ZA 2D4WA 4FL9A 5CE3A 2AP1A 5BPLA 1P8ZA 2E2NA 3D2EB 1R59O 4CZIA 1HLUA 3DWLA 3JXUA 4BR9A 4BVPA 4BR2A 2UYTA 2VYPA 4FWMA 3VF2A 5AQWA 5ELZA 2A6AA 3C7NB 4E1JA 4ISEA 3A5MC 4CI6A 1E4GT 1K8KB 3MN9A 1QZ5A 1YAGA 4BR7A 4CBWA 5JMVA 2P9KA 2WUSA 4IJNA 2A5XA 3ZEUA 1U6ZA 2ZGYA 3ZEUB 1LOTB 1HUXA 2E88A 1HPMA 5EY4A 2E2QA 4BG9A 3P4IA 1RFQA 2YI1A 2W40A 5KPRA 4BVOA 4PKIA 1BU6O 4DHYA 1GLLO 3FZFA 1DGKN 3RSEA 1MA9B 3RSEB 4BR5A 3EKSA 4XH1A 5AQMA 2F9WA 5AZIB 1GLCG 2Q36A 3W3DA 1SZ2A 4A2AA 4FWPA 4IXCA 4FOIA 2P9UB 4A2BA 4EHTA 5BREA 3ULEB 3DXKA 4JD2A 3O6WA 3SJHA 2QWQA 2GUPA 4O8KA 4CZJA 2P9NA 4JHDB 5AQFA 3WUHA 3ID8A 3SK3A 3LM9A 3S41A 3ZETA 3FZHA 3UB5A 4BRMA 3CIPA 2QWRA 1BDGA 4CZGA 2A40A 3CJ7A 2GTDA 3B8AX 4L3QA 1Q18A 4CJ7A 1KAZA 3QMLA 2HF4A 1TYQA 1G99A 5FPNA 3W0LA 3H1VX 4CBXA 1TUYA 2A42A 5BN8A 4BRAA 3LDQA 3WEEA 4B1WB 5AFUA 3HBTA 2CH5A 2CH6A 3QBWA 3WEEB 3A5NC 1TUUA 3BUZB 4PKHA 5JICA 4H5NA 2FF6A 1GLAG 2NLXA 3UKUA 3LDOA 1BWFO 3F9MA 2YJFA 5AQRA 3M1FA 4I6MB 4Y0WA 1MWMA 5FPEA 1QZ6A 2I7NA 1ATNA 3GE1A 4BG8A 3ZX3A 3FZKA 4XH4A 2GEMA 3EO3A 5BN9A 4KBOA 5AZJB 3O4WA 4H5WA 4BRNA 1BOTO 1Z6RA 5KPTA 2OANA 1GLDG 4IJAA 1NGGA 5ADXA 2I7PA 2Q2RA 2V52B 3A5LC 4H03B 4FWSA 3FFKB 3QFUA 1BO5O 4XEIA 5AQVA 4ISFA 4LC9B 2DPNA 3DAWA 4H5VA 5AQXA 4B1VA 5JLHA 3VPZA 3IDHA 5BPMA 4M7XA 4Z94A 3FZMA 3FLCO 1C0FA 4WYBA 4C23A 2E1ZA 4BQLA 3VEZA 3A5OC 2PBDA 3G25A 4NB4A 2HMPA 5KQDA 3AAQA 5LY3A 3MK6A 3SLCA 1HKCA 4CZMA 3LDPA 5B8HA 1HX1A 3H46O 1X3NA 3HSCA 4FWKA 3D2FA 1GLFO 1ATSA 5FPMA 2ITMA 4PKGA 2P9IA 1YXQA 3O1BA 2CGLA 2P9IB 4FOEA 4H0YB 2QWOA 3BF1A 4PL8A 3C0BA 3H3NO 3HTVA 3GOIA 3AAPA 4A61A 3JS6A 4QS7A 4CZKA 1NGHA 1HJOA 3I33A 2IVPA 2P9KB 1ZBSA 3EZWA 5BRFA 1GLJO 4BC5A 5ADXH 2PAVA 4FWRA 2ASPA 2IVNA 3CI5A 3DJCA 4BGAA 5BR9A 3FZLA 3QB0A 4FPAA 1NGDA 4JN4A 4HTLA 3QFPA 3CERA 3ENOA 1SQKA 1IJJA 3L4IA 4H0XB 5AQGA 2QWLA 3DXKB 4JD2B 3BF3A 5LJVA 5AQQA 4BRDA 5EOYA 4CD3A 2P9NB 4BGBA 4M7YA 4F9OA 1YUWA 5JLFA 1NGAA 3R6MA 3U4LA 1V4TA 3ZETB 4B1UB 3A8YA 3O1WA 4FWOA 4B9QA 5AQJA 4AM6A 1NGIA 4QS8A 4ISGA 2GWKA 2GELA 3CHWA 2QXLA 4H0VB 4BRHA 3VEYA 4GY2B 5AQKA 4PL7A 4CD1A 5AQNA 4H5TA 2ZGZA 1TYQB 1NM1A 3I8BA 3MMVA 4K43A 5EXWA 1E4FT 5AQZA 4JAXA 2QW9A 5AQLA 2P9SA 2P9SB 1XUPO 4O5FA 3CJBA 1X3MA 3WXIA 3MDQA 3D7EO 3VESA 4WQ5A 2VCPA 3SMSA 2FXUA 4K25A 4IZ9A 1RGIA 4BRQA 4WQ5C 2QWMA 3GG4A 1T6CA 3UKUB 2J4RA 5AQHA 2F9TA 4BR0A 1GLBG 4B1XB 2GWJA 1JCFA 1NWKA 2YHWA 3M6GA 4H0TB 4JNEA 4RTFD 2D1KA 1BA1A 1JCEA 3LDLA 3VEWA 1SAZA 4WQ4C 1NGEA 2YCHA 3EL2A 4EAHD 3L0QA 4H5RA 2CGKA 3ENHA 4BREA 1LCUA 2HF3A 1RDWX 3IFRA 2E2PA 3KZBA 1MWKA 1C0GA 4BRPA 3UKRA 2H3GX 3VGMA 3BP8A 3GDQA 2E2OA 2IIRA 1QQMA 2E1YA 4FWLA 2D0OA 5AFUH 3SMPA 1ZXOA 1HKBA 2KHOA 5KPZA 3HM8A 3ZX0A 1EQYA 1WUAA 3D2FB 1BUPA 1HKGA 4BC2A 3WXKA 5AQSA 4IO8A 1NBWA 2BTFA 4IWVA 4K42A 3WT0A 2IVOA 5F1XA 1D4XA 1JCGA 1QQOA 1OKJA 4BRCA 3VEOA 1KXPA 3CQXA 4MLHA 5TKYA 3HI0A 3MN5A 5AQIA 3QDKA 3J8AA 2QM1A 4CZLA 2VWBA 3QBXA 4H0PA 4B1ZA 2FSKA 3D2EA 2ZF5O 2EWSA 1BG3A 1X9JA 2FLOA 4CBUA 3HZ6A 1NGBA 5EVZA 3AY9A 3ATVA 4FSVA 4GNIA 3C7NA 5E26A 3UE5A 3VEXA 1K8KA 4RCHA 1H1VA 4FWQA 5AQUA 3CJ9A 3AARA 1S22A 2FSJA 3VF4A 3LL3A 1WOQA 4FWNA 3TU5A 4QS9A 5BRDA 1MDUB 4M63C 5EX5A 5KQ8A 5BRHA 2E8AA 3VGLA 4BQZA 2ASOA 5AQTA 3L6QA 2ZWHA 4EHUA 2FF3B 4BRGA 3VEVA 5LJWA 2QWNA 3O08A 3H6EA 1S3XA 2E20A 4EIAA 2Q1NA 5AZIA 4FO0A 3DXMA 3DXMB 1T44A 2P9UA 3A0IX 5AQYA 3WXJA 3ULEA 1NLVA 3VGKA 3R9PA 3O80A 2NRHA 2HOEA 3FE1A 1V4SA 1KAYA 2Q97A 3M3ZA 4JHDA 3MN7A 3VENA 4MO4A 4EFHA 3H3OB 4FPBA 1ATRA 1XQSC 3WQTA 1T6DA 1U2VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U2VB 3CMAN 2A3ZA 4W5NA 2UXCK 2YHXA 3U9DA 2P9PA 1BIUA 3H1QA 3OVNA 3TPQA 4JI8K 2HHVA 5BR8K 1L5UA 2O8EB 3T1AA 4CEZA 2ASMA 1LAVA 1JLGA 4YOYA 3WXLA 4I9QA 1A5XA 1TL1A 1HQUA 4WQ4A 3ZSOA 4BROA 5C10A 1W9HA 4WFBL 4XH5A 3VF6A 1NJXA 2W41A 4FVMA 3R8EA 4MLEA 1U47A 1DKGD 1FKOA 4FW1A 3AA5X 2QWPA 5E84A 4JI1K 2A41A 4A62A 2HW3A 1W2BM 5C2FA 4JYAK 2P9LA 1RBVA 2V7ZA 1ZC6A 3AVGA 1BL3A 3BZKA 4IG0A 2P5GA 4EP5A 4KTQA 1BQMA 2OZMA 3ASMA 4BRFA 3VOVA 3SZ2A 5GADP 1E3MA 1BA0A 2NNWA 4ICLA 2VGMA 3MCPA 1YT3A 4JK7A 2HBMA 2FBXA 5SZTA 4DS5A 3ZX2A 3FR0A 4EP4A 4IOCL 4CECA 3KJVA 1NGCA 4NCAA 3FGUA 3EKUA 2D4WA 3RMBA 1VSLA 3O3HA 3DRPA 4AF1A 3I0RA 4FLUA 3SUQA 3D2EB 4OKEA 3JXUA 1RBSA 4IEIA 5KGWA 1LWCA 5ELZA 2WTUA 2A6AA 4CJKA 3C7NB 3O4QA 1VQKN 4EZ9A 3QIOA 2RN2A 3MN9A 4M41A 4BR7A 3VQ6A 2P9KA 2A5XA 3C94A 4CJQA 4DU4A 3U6FA 2HVHA 2E2QA 1WSGA 1B9FA 2W40A 4BVOA 2DTUA 1XMQK 1NU0A 4CF8A 1IG9A 5HP1A 1CLQA 5C42A 3I56N 3FZFA 1LWFA 3RSEA 4M3ZA 3WNEA 2F9WA 4WFNL 1VQ5N 3NFAA 1FXXA 4FJLA 3JAMO 4CIGA 3EY1A 2ZJQL 4FM1A 1SZ2A 4A2AA 3VQ5A 3DXKA 5D3GA 5HOOA 4CZJA 2P9NA 4JKGA 3WUHA 1W97L 3K57A 3S41A 3ZETA 3FZHA 3UB5A 3CIPA 1YIJN 2QWRA 3TAPA 4DV5K 1X1PA 5MLCQ 2Y1IA 3MX2A 3C6HA 4C1NI 4OKJA 2A40A 1Q18A 3F5TA 3AVAA 2Z1GA 5BN8A 3O9TA 2O8DB 3WEEB 3QBWA 4DQRA 4OJRA 3V9XA 3E9LA 5JICA 2HBKA 3CF5L 4M3TA 5J2NA 4H5NA 2FF6A 2NLXA 4PA1A 4DU3A 3O9SA 2VWKA 1HYVA 3V1RA 5FPEA 1QZ6A 1ATNA 1BCMA 3DLRA 2ZJPL 3AVBA 3ZX3A 4N76A 1L3TA 3EO3A 1RT3A 4LFCK 1WSJA 3AGRA 3NF7A 4FK2A 1TL3A 3AO3A 3NF6A 3IRXA 2V52B 3E01A 3AO5A 4H03B 3LZJA 1NK0A 2QK9A 3J81O 2DPNA 3DAWA 4M7XA 1TAQA 5C2DA 4YOXA 4C23A 2E1ZA 2B5JA 2PBDA 3G25A 4NB4A 3AAQA 3HK2A 4KHWA 3CPWM 1Q81O 3BDPA 1VQPN 3TSPA 1X3NA 1FK9A 4O55A 4B3RK 2ITMA 4DV7K 1W7AA 4FOEA 3VN5A 4R5PA 1WSFA 1K9MO 4PL8A 4ELUA 3H3NO 4FJMA 4KI4A 3QINA 1EP4A 3VQ7A 3ZSWA 1NGHA 1HJOA 4UY8O 3OBWA 5J2PA 2KZZA 1ZBSA 4FM0A 4GVEA 3DLLL 1XC9A 2KKZA 2ZE2A 5ADXH 2OTLN 4MQ3A 2QTDA 4FWRA 2IVNA 4FZYA 3TWHA 4BGAA 3TI0A 3SPYA 1N36K 3HPOA 2DFHA 4I2QA 1ITGA 4YOTA 3MAQA 2WFBA 4CFCA 3LWMA 1NGDA 4GV9A 3WNHA 4QOZB 3MEDA 3TARA 3AVCA 5HROA 4DSJA 2F8SA 4WF9L 5JVHL 1IJJA 4H0XB 3BF3A 4DR3K 3VA3A 5AQQA 4BGBA 3ZSRA 5JLFA 1IV0A 3PLAA 4B1UB 2XO7A 5FLXO 3IKMA 4ISGA 2GELA 2QXLA 3N4QA 3VEYA 3VQDA 2OA8A 4CIFA 5EXWA 2F8TA 1XUPO 3MECA 4KO0A 4PUOA 1WN7A 3D7EO 2VQEK 3VESA 4CK2A 1KVAA 4IZ9A 1RGIA 4BRQA 2BE2A 1EO1A 3BY5A 3AA3A 4IFVA 1SKWA 4GVMA 1J5EK 1WSHA 2X74A 2ITGA 4NYNA 3AA4A 4CHZA 4BR0A 1YVUA 3JYTA 2GWJA 1JCFA 3NE6A 3OW2M 1DTTA 3JSMA 2RHKA 2YHWA 3T19A 4H0TB 4RTFD 3SBGA 3ZSXA 2VG6A 3EL2A 3KK2A 3V4IA 2CGKA 3ENHA 4BREA 3T3FA 4FYDA 2HF3A 1IH7A 3L2RA 1C1CA 1MWKA 3VQQA 2DFEA 2OCEA 4LD0A 3UKRA 2H3GX 5A2QO 3VGMA 1JLQA 3BP8A 3CG7A 3P5JA 4J2BA 2D0OA 4CJTA 4FJJA 3HM8A 1NKCA 1KD1O 1WUAA 2X78A 3D45A 4KRFA 3WXKA 1LW2A 4IO8A 5CZ2A 2HHXA 4IWVA 3WT0A 1OH8A 4LF4K 4AHCA 2XY6A 2HHTA 3SQ0A 1OKJA 2HNZA 1B92A 4CHYA 1RNHA 4H4MA 4BWMA 4GKJK 1SKRA 1DT9A 3QBXA 1L3SA 3DMJA 1BI4B 4B1ZA 2IC3A 3CC4N 1NK6A 3KWGA 2ZF5O 5HBMA 1BG3A 3ZT4A 3DLHA 3HZ6A 3WNGA 4CESA 3ZSYA 2AJQA 3ATVA 4F3OA 5E26A 1XMOK 5IWAK 1U49A 5AQUA 3HP6A 3AARA 3KLFA 3HJFA 2FSJA 5HLFA 5M1QA 4WCEL 3TU5A 4O5BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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