4FWPA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gdp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Propionate kinase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA02
2IIRA 3VGLA 4BR7A 2HOEA 4BROA 4CI6A 2FF6A 2A5XA 4GY2B 4EIAA 2QWLA 2QWOA 1CZAN 3L6QA 5E84A 4JAXA 2BUPA 4PKHA 2QW9A 1XQSC 3GL1A 3I33A 2NRHA 4JD2B 4XH1A 4K25A 4MLEA 3HZ6A 1XUPO 1NGBA 3GE1A 4F9OA 1NGJA 4H03B 3ZX0A 4FWMA 3R9PA 5KQDA 2J4RA 2QWMA 4DQ8A 4CBXA 2Q1NA 1GLAG 2FSJA 2YHXA 4BRPA 5BN8A 3LDPA 3EKUA 2GWKA 2V7YA 3O1BA 4BGAA 2VCPA 1MWKA 3H3NO 4BG8A 3LDQA 3GG4A 1RDWX 4EHUA 4RWTA 4H0TB 5EY4A 1XC3A 2ZF5O 5AQQA 4IXCA 1HJOA 5KPZA 3J8AA 4QS9A 2IVOA 4BRFA 4BRHA 1E4FT 1HKCA 2ZGYA 3D2EA 4ISFA 2Q2RA 3DXKB 3WEEA 2E1ZA 3A5MC 4M7XA 3RSEA 5I9EB 4IO8A 2F9TA 3CQYA 3DXMA 4DCHA 3EKSA 5FPDA 2DPNA 2EWSA 5BR9A 3D2FA 4A61A 1GLLO 1X9JA 3OHRA 4ISGA 3U4LA 4CZLA 3QICA 3BF3A 4CD3A 1U6ZA 5AZIA 3HBTA 1WUAA 1GLJO 3DXMB 3ATVA 4YDUA 3F9MA 1S3XA 3GOIA 2KHOA 4DHYA 2A40A 2YJEA 2WUSA 1BO5O 1DEJA 5AQHA 2P9KB 3O80A 5ADXA 2FLOA 3BP8A 1BUPA 1ATRA 3IUCA 4H0PA 2P9SB 1C0GA 1P8ZA 3M1FA 2QWPA 1X3NA 3MMVA 4BC3A 2Q0UA 3MCPA 4K41A 2P9LB 5AQUA 4BVOA 4JN4A 4RTFD 4BVPA 1TUUA 5AQGA 3VEYA 3A8YA 4I6MA 1YVNA 3QBWA 4FWOA 3FE1A 3WQTA 3FFKB 5JLHA 3MK6A 1ATSA 4FWRA 2AP1A 4H5VA 2W40A 4HTLA 1SZ2A 1BA1A 2P9IB 1NGAA 2E8AA 2CH5A 1DGKN 2A6AA 3MN7A 2Q97A 4PKGA 5AQFA 3ENHA 2Q0RA 1Z6RA 1EQYA 4O5FA 3O6WA 3D7EO 3EO3A 3GBTA 2YJFA 4BR0A 2A3ZA 2P9UA 5LJVA 4CBWA 1ESVA 5AQZA 3ATUA 2E2QA 2IVNA 1GLBG 1NGEA 4BR4A 1V4TA 2VYPA 3U8XA 3M3ZA 4BG9A 5AQLA 1YAGA 3KVGA 3HM8A 3H1VX 5BPNA 2FF3B 3SK3A 5AQRA 1HKBA 5KPRA 4JD2A 5EOYA 4GNIA 3CERA 4AM6A 1NGIA 3SLCA 3KZBA 2GELA 1NLVA 2QWQA 4AM7A 1DKGD 4IJNA 3W3DA 2CGJA 2Q31A 5AQYA 4B1VA 1J6ZA 5CE3A 2HF3A 2PBDA 2YHYA 3VEXA 1GLFO 3H3OB 3AAQA 2CH6A 2IVPA 3TPQA 4WYBA 4MO5A 1HKGA 4FOEA 3WXIA 5JLFA 2E1YA 3WUHA 1V4SA 2UYTA 1IG8A 3IFRA 3BEXA 1JCEA 4B1XB 4WQ4C 5BN9A 4CZFA 3CJ9A 3ZETA 4FWQA 2D0OA 3KHYA 3SMSA 4CD1A 3UB5A 4EAHD 1NWKA 2FSNA 2E2PA 2GUPA 3AARA 5AQIA 4FL9A 1BG3A 1HLUA 1YUWA 3DXKA 4HWIA 3WXJA 4FOIA 4BRGA 5FPMA 3ZETB 2GWJA 4BR2A 5BRHA 4CZJA 4BRNA 5AR0A 2HF4A 3ID8A 4NO7A 5JMVA 1GLDG 1R59O 3WXKA 2CGKA 3I8BA 3LDNA 3ULEA 1Z05A 4BRLA 1HX1A 5F1XA 1KAXA 2ASPA 2QM1A 5BPLA 4MO4A 5B8HA 1ZXOA 2V51B 3QB0A 4E1JA 1SAZA 5AFUA 2YCHA 3MN5A 3QFPA 1QQMA 2P9KA 3ULEB 4CZMA 2P9SA 3L0QA 3WQUA 3EN9A 3O5BA 1D4XA 3LDLA 4M7YA 4B1UB 2E20A 1IJJA 4BR9A 3A5OC 1NGGA 2P9LA 1HUXA 4J8FA 3UE5A 2OANA 5AQVA 5AQSA 3VGMA 4B9QA 4A62A 3VPZA 3ZX2A 5ELZA 1RFQA 4H0XB 5F2RA 1Y64A 2P9IA 3FGUA 1TUYA 4RCHA 1H1VA 3CIPA 4XH5A 5FPNA 3VOVA 1K8KB 2V7ZA 1G99A 1YXQA 4Y0WA 1QQOA 3CJCA 2ZGZA 3DAWA 4BRDA 4BC5A 3TU5A 2E88A 3HSCA 3VF6A 2QWRA 3O4WA 3CI5A 4H0YB 5AZJB 1SQKA 1TYQB 4H5WA 3CHWA 2ASOA 2CGLA 3DJCA 4JNEA 4K42A 1KAZA 1BA0A 2HMPA 3P4IA 4EFHA 2FXUA 3VETA 1KXPA 3QDKA 4FWNA 1BWFO 3HTVA 4H0OA 1LOTB 3C0BA 2P9NB 4PL7A 3LDOA 4MLHA 4FWKA 1QZ5A 5AQNA 1T44A 3FZFA 3VERA 4Z94A 4CZGA 3GDQA 1GLCG 2QXLA 3MN9A 5E26A 4WQ4A 3C7NB 3R8EA 5LJWA 4JHDB 4IWVA 3UKUA 4WQ5C 1X3MA 4DB3A 3L4IA 3AY9A 3R6MA 4B1ZA 2E2OA 4L3QA 2GEMA 3H1QA 4CZIA 3BF1A 3U9DA 3U9ZA 1ZBSA 3WT0A 4BC2A 3FZLA 5AQOA 3UKUB 1BDGA 2A42A 3VEVA 5AQMA 4BRMA 5LY3A 2NLXA 4M63C 3IDHA 1BOTO 4FPAA 2Q36A 5EVZA 3QBXA 4FWPA 3LM9A 4BRIA 3VEOA 4BRAA 1C0FA 4BRKA 5AQKA 3CJAA 3H45C 4BGBA 3CJ7A 1T6CA 5AQTA 1NGHA 5AQJA 3BUZB 1U2VA 2ITMA 3A5NC 5AQXA 4LC9B 5TKYA 1RGIA 3HI0A 5BREA 2NZTA 4H5NA 2ASMA 3S41A 2A41A 5EXWA 2W41A 4BR5A 4ISEA 4IJAA 1U2VB 1QHAA 4BQLA 4CJ7A 3CJ1A 2PAVA 3VEZA 4H5RA 4EHTA 3H6EA 5AQWA 2I7PA 1ATNA 1S22A 3UKRA 3AAPA 1NGDA 3FZHA 1KAYA 4FWSA 1Q18A 1JCGA 1GLEG 1MA9B 4CZHA 1NBWA 1ZC6A 4BQZA 4H5TA 1BU6O 3LM2A 3B8AX 3UKRB 2F9WA 4IZ9A 2D4WA 3DWLA 3CJBA 4B1WB 3O8MA 3VGKA 1MDUB 3O08A 3FZMA 3VF2A 3LL3A 3M6GA 3SJHA 3ZEUA 4CZEA 3QMLA 4O8KA 4A2AA 4FWLA 3VF4A 4BREA 5FPEA 3FZKA 4CZKA 1K8KA 2D1KA 4A2BA 3D2EB 1E4GT 3SMPA 1JCFA 2E2NA 3ZX3A 3WEEB 3ZEUB 2FSKA 3MDQA 3RSEB 1QZ6A 4H0VB 3QFUA 3ENOA 1OKJA 4BRCA 5BRFA 3MN6A 1HPMA 3A0IX 5AZJA 3W0LA 3D2FB 2BTFA 2D0PA 1TYQA 2AA4A 3FR0A 1QQNA 1LCUA 2H3GX 4XH4A 5AZIB 5KPTA 3JXUA 2P9NA 1T6DA 4PL8A 1NGCA 5BRDA 4FSVA 3EZWA 1NGFA 4WQ5A 4K43A 4BC4A 3VESA 4XEIA 2GTDA 4FO0A 4QS7A 2ZWHA 5AFUH 5BPMA 4YDUC 2P9PA 3C7NA 1WOQA 5JICA 2V52B 4BRQA 3VENA 4C23A 1MWMA 5AQPA 4KBOA 3O1WA 4JHDA 2YI1A 3CETA 3EL2A 3VEWA 3H46O 4I6MB 1NMDA 2VWBA 3A5LC 3WXLA 2P9PB 2QWNA 3JS6A 5EX5A 4FPBA 4CBUA 3IMXA 4B1YB 3G25A 5ADXH 3FLCO 2YHWA 4QS8A 5KQ8A 2I7NA 5F0XA 1NM1A 4PKIA 3CQXA 2P9UB 4NB4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IIRA 3VGLA 4BROA 4YHHK 3VQ5A 2IC3A 3QINA 5SZTA 4FJ9A 1X1PA 1CZAN 3I56N 1EP4A 1HPZA 2KW4A 4JKGA 3DRSA 3I33A 1XNQK 1O1WA 4OO1J 4J2BA 2VGMA 4MLEA 4B3MK 4KH4A 3ZSZA 5IT9O 4B08A 4F9OA 4WE1A 3KWIA 3R9PA 4JI6K 4LF9K 1GLAG 2FSJA 4DFMA 3S3MA 3EKUA 1Q8IA 1OVYA 2VCPA 1MWKA 1WSGA 3H3NO 4BG8A 3LDQA 4DU3A 2VQEK 1U48A 4CFAA 1HRHA 5KRSA 2F8TA 1N34K 3THXB 4JKHA 1TKZA 3MWTA 3S3NA 2E4LA 4I2PA 4QS9A 2IVOA 1I3AA 1J9AA 2ZGYA 5GINA 2OTLN 3DLEA 4ISFA 3CCVN 2UXDK 1LV5A 2Q2RA 3AA3A 3WEEA 2E1ZA 3A5MC 1IBKK 4DTXA 3DLBA 1BQMA 4AHVA 3TTCA 5FPDA 2DPNA 5BR9A 1W0HA 3CM5A 3D2FA 2HBJA 3AVGA 2ZJPL 3OHRA 4ISGA 2FBXA 4IO9L 1GLJO 1S9GA 4W5OA 4YDUA 2HNYA 1NMNA 2WUSA 1VQPN 5ADXA 3BP8A 3IUCA 1KVCA 3THVA 1S72N 3VTHA 3MEEA 3NGZA 2B5JA 2P9LB 1M1KO 1BIZA 2HHUA 4DV2K 4RTFD 3VQ8A 3NVMA 4OLBA 4O8UA 1J53A 1TL3A 5CZ1A 3QBWA 3ZSRA 3FE1A 3MK6A 1ATSA 2G8VA 3DOKA 2W40A 4LF7K 2P9IB 4E89A 1WBBA 1JLFA 3KKSA 1TK0A 1S1XA 1VSEA 4DQIA 2Q0RA 3M5RA 1Z6RA 4ILHA 3ZT2A 2YJFA 1KFDA 4JS4A 2P9UA 4CJVA 3HXMA 4CBWA 1ESVA 2WBNA 2E2QA 3O4NA 2IVNA 1NJXA 1NGEA 1J54A 1V4TA 2VYPA 3M3ZA 4BWMA 2QXFA 1TKDA 3H1VX 3L2QA 1VQ6N 3R3LA 1Q86O 3T7ZA 1NLVA 3QIOA 2QWQA 1XMQK 1D9FA 1RT2A 4ID5A 1EKEA 3VQEA 5J2QA 2E6MA 5AJ3K 3I8DA 4DLGA 5EU7A 4CF0A 1J6ZA 4LH4A 1O13A 1R0AA 4JV5K 3C6UA 4OGEA 2PY5A 5C2FA 3AGRA 4FOEA 1X9SA 1HYSA 1RTHA 2E1YA 3TABA 3IFRA 3T3FA 3BEXA 1IKVA 4YOXA 3THXA 4F2SA 3ZETA 1HMVA 2IGIA 4KI4A 1B92A 4CD1A 3UB5A 3SAGA 3AARA 3F2KA 3ENBA 1YUWA 3TWHA 2OCEA 4BRGA 3OYJA 4CZJA 3PX6A 4DS5A 4BRNA 3ID8A 2X6SA 4RW8A 1GLDG 3KLIA 2YNFA 3WXKA 4ILJA 2FBYA 3I8BA 4JI7K 3LDNA 4V19S 2WFBA 4FZZA 1E3MA 2NRZA 3MECA 1KTQA 3QB0A 2VQFK 1SAZA 5IWAK 5M1OA 1NJIO 4EP4A 3QFPA 5HRRA 4CGJA 4CZMA 3L0QA 4GMJB 4M7YA 2E20A 3MX2A 2UUBK 1NGGA 2P9LA 1HUXA 4H4OA 4J8FA 4DSEA 3V9UA 3TARA 3O9TA 3SUQA 5LL6Z 3QEIA 3VGMA 4A62A 5J2NA 4KB0A 4LFCK 2XY7A 5F2RA 1Y64A 2P9IA 3FGUA 3SNNA 3CIPA 1YTAA 3K59A 4I2QA 5CZ2A 5MLCQ 2HW3A 4FLVA 1IKYA 4B3OA 3M8SA 1QQOA 1YIJN 1TGOA 3AO2A 4NXNK 2G8HA 3L2RA 4CGDA 4F8RA 5GAEP 2YHBA 4DV0K 3CI5A 1TKXA 4YOVA 4C8NA 4IEEA 1RBVA 4M3UA 1KAZA 1BA0A 1CXUA 2FXUA 3VETA 1HQUA 1VRUA 3SUOA 4CEEA 4JI5K 1BWFO 3V9WA 1OH6A 1LOTB 1L5UA 4LSLA 4PL7A 3LDOA 3HPHA 4M3ZA 4K8ZA 3AGKA 4Z94A 1SKSA 2IS3A 3LAKA 4DSIA 3AA5X 3WNEA 3NCIA 1BL3A 3LP3A 4W5TA 3PLAA 3UKUA 4WQ5C 4GVEA 3L2UA 1I39A 3AY9A 4CECA 1FW6A 4B1ZA 3LP2A 4K8XA 3BF1A 3U9DA 3U9ZA 3WT0A 3HVRA 1VQNN 4YNQA 3TAQA 1BDGA 5C42A 2RE2A 2O4GA 5AQMA 2ZJRL 3AA4A 4U67L 2HHVA 4M3YA 1DLOA 3CFPA 3K5NA 1SV5A 5M1NA 1WSFA 4BRIA 3B6OA 4PA1A 4BRKA 5AQKA 4M45A 4BGBA 3CJ7A 3OYGA 5AQTA 5AQJA 3ZSYA 1KLMA 1U2VA 1BI4B 1XMOK 1N6QA 2A41A 4CJSA 1VQMN 3KLEA 1NK4A 4ISEA 1RT1A 1WSIA 2WONA 4CEAA 4DV1K 1KLNA 1NGDA 1W97L 3AVCA 1HNZK 1Q18A 1JCGA 5HRPA 3J80O 4CJ3A 3B8AX 3UKRB 2NRRA 5CHIA 3DWLA 4EZ9A 2Z1GA 3VF2A 4CEZA 3ZEUA 4M42A 3O9SA 4DSJA 1B9DA 2KKZA 3FZKA 2D1KA 2G8FA 5JVGL 3QEPA 3KKRA 1VAZA 2E2NA 4CJLA 1QZ6A 3THYB 3QFUA 1HNWK 3ENOA 1VSKA 1OKJA 1RBSA 3A0IX 3FR0A 1QQNA 3HL8A 4AHUA 4C8LA 3V1QA 4DWIA 4JLHA 5CR4A 3AO3A 4BC4A 1TAUA 3OBWA 3C6AA 2ZWHA 3ZCMA 4DTMA 2YNIA 1YF5L 3NF9A 5AQPA 3KLFA 2OPSA 3CETA 3NF8A 3OYBA 4PUOA 3EL2A 4LH5A 3SPYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IIR A;  3VGL A;  4BR7 A;  2HOE A;  4BRO A;  4CI6 A;  2FF6 A;  2A5X A;  4GY2 B;  4EIA A;  2QWL A;  2QWO A;  1CZA N;  3L6Q A;  5E84 A;  4JAX A;  2BUP A;  4PKH A;  2QW9 A;  1XQS C;  3GL1 A;  3I33 A;  2NRH A;  4JD2 B;  4XH1 A;  4K25 A;  4MLE A;  3HZ6 A;  1XUP O;  1NGB A;  3GE1 A;  4F9O A;  1NGJ A;  4H03 B;  3ZX0 A;  4FWM A;  3R9P A;  5KQD A;  2J4R A;  2QWM A;  4DQ8 A;  4CBX A;  2Q1N A;  1GLA G;  2FSJ A;  2YHX A;  4BRP A;  5BN8 A;  3LDP A;  3EKU A;  2GWK A;  2V7Y A;  3O1B A;  4BGA A;  2VCP A;  1MWK A;  3H3N O;  4BG8 A;  3LDQ A;  3GG4 A;  1RDW X;  4EHU A;  4RWT A;  4H0T B;  5EY4 A;  1XC3 A;  2ZF5 O;  5AQQ A;  4IXC A;  1HJO A;  5KPZ A;  3J8A A;  4QS9 A;  2IVO A;  4BRF A;  4BRH A;  1E4F T;  1HKC A;  2ZGY A;  3D2E A;  4ISF A;  2Q2R A;  3DXK B;  3WEE A;  2E1Z A;  3A5M C;  4M7X A;  3RSE A;  5I9E B;  4IO8 A;  2F9T A;  3CQY A;  3DXM A;  4DCH A;  3EKS A;  5FPD A;  2DPN A;  2EWS A;  5BR9 A;  3D2F A;  4A61 A;  1GLL O;  1X9J A;  3OHR A;  4ISG A;  3U4L A;  4CZL A;  3QIC A;  3BF3 A;  4CD3 A;  1U6Z A;  5AZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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