4FWPA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gdp
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Propionate kinase
total genus 134
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwpA02
3BEXA 1HJOA 3VGKA 1RFQA 5FPEA 5LJVA 1XUPO 4EAHD 3MN7A 3UKRA 2GWKA 1K8KA 3M6GA 5AQKA 5TKYA 4H5RA 2QM1A 3FZMA 5FPNA 1Q18A 3RSEA 3FLCO 4H0VB 5AQIA 4M63C 4I6MB 2P9SA 2Q0UA 1NGJA 5AZIA 2NRHA 3HSCA 4H0TB 3UKUA 5BREA 4PL7A 2ZWHA 3O08A 3QICA 5AQTA 4CD3A 4Z94A 1JCFA 4BRIA 1T44A 1X9JA 5I9EB 4BC2A 5ELZA 4K41A 4JHDB 2Q0RA 3O6WA 3O5BA 2NLXA 1C0FA 2DPNA 2FXUA 5BPNA 3WQUA 4BGBA 1MWKA 5ADXA 3BUZB 2GWJA 3U4LA 2FSKA 1U2VB 3FE1A 1NGIA 3CJ1A 1IG8A 4AM7A 5FPDA 4CZIA 3SMSA 2QWLA 3D2EA 4ISFA 1GLAG 5AZJB 2QWMA 4K42A 1Y64A 3ENHA 3O1WA 3QDKA 4DB3A 4H0YB 2E8AA 5AQFA 5BRFA 4BC5A 5BPLA 2A42A 4DHYA 3C7NA 4XH1A 3KVGA 3WEEB 4B1XB 4BVOA 3CJAA 1ZC6A 2YJEA 3W3DA 2E88A 2V52B 1WUAA 3FGUA 4IO8A 1EQYA 4CBWA 2ASOA 2QWQA 3DXMA 3FZHA 5AQZA 1WOQA 3WXIA 4H5TA 3ULEB 3H1QA 4CZJA 2ASPA 4EHUA 5LJWA 3WXLA 3AARA 2V7ZA 3TPQA 4BRNA 4ISGA 3LDNA 3ZEUB 1SQKA 2H3GX 3ID8A 5AQQA 4E1JA 1ZXOA 3VGLA 4GNIA 1GLBG 5E84A 1T6CA 3H1VX 1NGAA 2D1KA 4CZHA 3CQYA 1U6ZA 4XEIA 5KPRA 4H03B 4AM6A 5EOYA 4BRMA 5EVZA 3DAWA 1JCGA 5AQLA 3VEZA 3M1FA 5AQJA 3J8AA 1NM1A 3AAQA 2GUPA 3ZETA 4CD1A 4B1ZA 2VWBA 2VCPA 2QW9A 5JICA 3S41A 1YXQA 1E4GT 3CI5A 5KPZA 2FF6A 3HI0A 4Y0WA 4RCHA 1KAXA 3F9MA 2YHWA 2UYTA 2IVPA 3JS6A 3MN9A 1OKJA 3R6MA 1TYQB 4PKGA 4BG9A 3QBXA 5AR0A 3VF4A 1QQOA 1NBWA 3L4IA 2E2QA 3WQTA 1GLLO 5AQYA 1P8ZA 1XC3A 1CZAN 2QWOA 1D4XA 4JD2B 3H3NO 4XH4A 1NGCA 4XH5A 3H45C 2A6AA 3JXUA 1TUUA 1X3NA 3FR0A 1Z05A 2QWPA 3GDQA 3MN6A 2PBDA 3VEXA 4FWQA 5F0XA 5AQNA 1GLCG 1RGIA 3GOIA 5E26A 3SLCA 2FF3B 4MO4A 3ENOA 3QFPA 2FSNA 3LDQA 3LM2A 4B1YB 3UKRB 4RWTA 4JAXA 1K8KB 5AQXA 1BU6O 3A5OC 1QZ6A 1BG3A 3LDPA 3RSEB 4GY2B 5BRDA 3IMXA 4WQ5C 3R8EA 3ZX2A 3CETA 2QWRA 3UKUB 5AZIB 1IJJA 3HZ6A 4B1UB 3FZKA 4QS8A 3WXKA 2ZF5O 4BRFA 2D0PA 5AQHA 1ZBSA 2HF4A 1QHAA 3CJBA 3UB5A 4FOIA 4H5WA 1ATNA 3P4IA 1U2VA 5F2RA 3D2FB 3H6EA 1KAYA 1NWKA 4QS7A 3I33A 4IJNA 1SZ2A 3HBTA 1NGFA 2AP1A 1C0GA 5BN9A 4A2BA 4DQ8A 3LDLA 2D0OA 2P9UA 3A5LC 2CGKA 5AQGA 3DXKB 3U9DA 4EFHA 5AQWA 3HM8A 3A5MC 3CJ7A 4WQ5A 2CH6A 1YAGA 5EY4A 3C7NB 1MA9B 2I7PA 4CZMA 3VF6A 3O4WA 4L3QA 2CH5A 3U9ZA 3VENA 1HKCA 3VOVA 3EZWA 4BGAA 4CZGA 5AFUH 1BO5O 1S22A 4CZLA 4BR0A 5B8HA 3LM9A 2OANA 1GLEG 4JN4A 1NGHA 3ULEA 2P9NA 4PL8A 2A3ZA 3DWLA 2IVOA 3A5NC 4CZFA 5BR9A 4HTLA 4K25A 1HKBA 3EN9A 4BR2A 1SAZA 1MDUB 2E20A 5KQDA 4LC9B 1QZ5A 4M7YA 4NB4A 3MN5A 1RDWX 2P9LB 3EL2A 4H5NA 1HLUA 1DEJA 3HTVA 4WYBA 2E2OA 3B8AX 2E2NA 2P9KA 2P9PA 3G25A 2Q31A 1NGEA 3GL1A 3VESA 4WQ4C 3SK3A 4FPAA 1S3XA 3O80A 3M3ZA 3BF3A 5CE3A 1V4SA 3D7EO 3ZETB 2IIRA 1X3MA 3QBWA 3AY9A 3FFKB 5ADXH 4J8FA 3SJHA 4BRPA 2P9IA 4FPBA 5AQUA 1BWFO 3W0LA 2W41A 1R59O 1T6DA 1YVNA 3TU5A 2WUSA 1BUPA 4FWMA 5KQ8A 4M7XA 4PKHA 3CHWA 3U8XA 3VGMA 4H5VA 2ITMA 2A41A 3R9PA 2EWSA 2CGLA 1TYQA 3QB0A 4FWSA 4NO7A 2E1YA 4BROA 4CZEA 3IDHA 4MLHA 1ATSA 3VETA 4H0OA 4BQZA 4FL9A 3VF2A 1QQNA 4H0PA 4B9QA 3GE1A 4IJAA 1E4FT 1J6ZA 2HF3A 4JNEA 1HX1A 4BVPA 3EKSA 3CERA 2HMPA 3WT0A 4CJ7A 1KXPA 4WQ4A 1NGGA 2QWNA 2VYPA 2GEMA 4FWKA 4MO5A 1GLDG 3MMVA 3UE5A 4I6MA 3VPZA 2F9WA 2P9SB 3IFRA 4PKIA 2V51B 4FWNA 2FLOA 1HPMA 3MCPA 2IVNA 2ZGZA 3MK6A 5AQVA 1HUXA 4MLEA 2NZTA 4JHDA 4EHTA 4FO0A 4H0XB 4HWIA 2W40A 2YHXA 2YCHA 3LL3A 5FPMA 2YJFA 5LY3A 2KHOA 1NGBA 3ATVA 1GLJO 3QFUA 2YI1A 4ISEA 4FWLA 2GELA 1HKGA 2Q36A 3OHRA 3ZX0A 4A61A 4EIAA 4KBOA 1BA0A 2F9TA 4BRCA 1MWMA 3EKUA 4BRQA 4BRGA 5AZJA 3D2EB 1BDGA 3D2FA 3FZFA 2CGJA 4B1VA 3LDOA 2Q97A 2YHYA 3O1BA 2AA4A 1G99A 3A8YA 3WEEA 2ASMA 2GTDA 4IXCA 5AQRA 4A2AA 4BRAA 3WXJA 2Q1NA 4IZ9A 3DXKA 3GBTA 2P9UB 4F9OA 2QXLA 4BR7A 1ATRA 4CI6A 3VEYA 3BF1A 1TUYA 1XQSC 1H1VA 5JMVA 3L6QA 4FOEA 1BA1A 5BN8A 3DXMB 4FWRA 3IUCA 3DJCA 4O5FA 2BUPA 3BP8A 4YDUC 4IWVA 4BRHA 5AQMA 2PAVA 3CQXA 3H3OB 1LCUA 4O8KA 3ZEUA 2FSJA 3C0BA 4CZKA 1NLVA 5AQOA 2P9NB 2E2PA 1QQMA 1JCEA 3FZLA 5BRHA 4BQLA 3H46O 4BG8A 4BR4A 1NGDA 2A5XA 3VERA 5EX5A 5JLFA 3QMLA 2P9LA 3ATUA 1BOTO 3O8MA 4CBXA 2ZGYA 4B1WB 2J4RA 3SMPA 3VEVA 4BRDA 4QS9A 4C23A 2P9PB 2P9KB 3A0IX 3KHYA 1NMDA 3L0QA 5F1XA 5KPTA 4CBUA 3CJCA 3EO3A 3AAPA 4FWOA 1GLFO 2BTFA 4YDUA 1Z6RA 1KAZA 5JLHA 2Q2RA 3WUHA 1ESVA 4DCHA 4BR9A 3CIPA 3MDQA 2D4WA 1LOTB 2E1ZA 5BPMA 2P9IB 4FWPA 1V4TA 2V7YA 5AQSA 4RTFD 2I7NA 3ZX3A 4BR5A 5EXWA 5AQPA 4BRLA 4K43A 3VEWA 4BC3A 5AFUA 4BREA 4JD2A 3I8BA 4BC4A 1DKGD 1YUWA 3VEOA 1DGKN 4FSVA 3KZBA 2HOEA 2A40A 4BRKA 4A62A 3CJ9A 3GG4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W42A 2E6MA 4U7BA 3IG1A 5HL7L 1EWRA 4DV6K 2O8BB 1XUPO 4EAHD 4BE0A 1UOCA 2HNDA 3WXMB 4U67L 3SQ4A 4H5RA 2QM1A 3FZMA 3CM6A 1IV0A 3FLCO 2VWKA 1OVQA 1VHXA 1NGJA 5AZIA 4H0TB 3QICA 4Z94A 4WCEL 3T69A 1X9JA 1RBVA 5I9EB 3E66A 4PA1A 4EP5A 3THWB 4FJLA 3NGZA 1C0FA 4DTOA 5BPNA 3L3UA 5ADXA 3BUZB 1U4BA 3VA3A 3THXB 1S1UA 1U2VB 3FE1A 4N76A 1VSMA 3RWUA 1TKDA 4FJGA 4F8RA 1IG8A 1C0TA 4LF9K 3SMSA 4CCHA 2KKZA 4K42A 1YT3A 1N34K 3CYMA 3ENHA 4GVMA 1REVA 2E8AA 3O4QA 1ASUA 5BRFA 4CF8A 1B92A 3TAGA 2XO7A 1M1KO 1ZC6A 2YJEA 3CJAA 3CPWM 3QEWA 4KH4A 3KKSA 4E7IA 1WUAA 5M1KA 1EO1A 3FGUA 4IO8A 4ZTJA 2HVIA 4CBWA 4AHRA 3DXMA 2QKBA 3PSIA 3IRXA 1J9AA 3H1QA 3HK2A 2YKMA 5HP1A 1X9WA 2ASPA 2EHGA 5LJWA 3VQ5A 4ISGA 3LDNA 1YF5L 1I94K 1S6QA 2H3GX 5AQQA 4CGGA 3TARA 1LAVA 3MAQA 2O8DA 3VGLA 4Z4FA 1NK0A 4CEBA 4ID1A 1TAUA 5E84A 4Z0UA 3H1VX 4C1NK 4DG1A 4XEIA 1SUQA 4H03B 3P5JA 4DSLA 4F4KA 5C2DA 5EVZA 1RDDA 1JCGA 3P1GA 3L3VA 3VEZA 4CEAA 1KLNA 5KTQA 2G8UA 2FC0A 4NXNK 3DLKA 2QW9A 5BR8K 4N5SA 4FJIA 4Q0BA 4FJMA 4AHUA 2UUCK 4C8KA 1WAJA 4OJRA 3PX0A 1JKHA 1TGOA 3NF6A 1VQON 3DRRA 2F7TA 2PYJA 3OYEA 1JLAA 4PKGA 4CJTA 3E9PA 1QQOA 1SS6A 1NBWA 2YX6A 1R0AA 3QERA 1ZBFA 1XC3A 3TSUA 3B6OA 4XH4A 4FYDA 1NGCA 1RT7A 1VRTA 4XH5A 3H45C 3JXUA 3NE6A 1NG9A 1VSKA 3MN6A 4CGJA 2X6NA 1GLCG 1NK4A 3LM2A 5HRRA 1YITN 3UKRB 2Z1GA 4JAXA 4KFBA 4B9SA 4DR6K 1QZ6A 1B9FA 1TKTA 3C94A 3LDPA 1Q8IA 3RSEB 3HP6A 4FM2A 4ELTA 2A1RA 3ZX2A 4GKKK 2HBKA 4KKOA 2ZJQL 3Q7CA 3V4IA 1KVCA 2GUIA 3FFIA 5D3GA 1S6PA 4BRFA 2D0PA 1C6VA 3THWA 3NH0A 1NJYA 3CQ8A 3PX4A 4FOIA 4FXDA 1WN7A 1W2BM 4H5WA 1L3VA 3P4IA 2KTQA 1U2VA 3MWPA 3H6EA 2Q3SA 5J1EA 5GIOA 4IJNA 4CEEA 4GW6A 4R5PA 1JXBA 1A5VA 4DQ8A 2O8FA 2EX3A 5C2FA 4NYNA 2OYQA 2P9UA 3MX5A 3HL8A 2RF2A 5AQGA 3AO4A 4KHWA 4C1NI 4FLXA 3C7NB 1MA9B 1IKYA 2GX9A 3MEDA 3NF7A 3OYBA 3ZSXA 3CC4N 3AV9A 4KREA 3O4WA 4L3QA 1VAZA 4CEFA 3M8PA 4BGAA 4FM0A 3D0PA 3SBTA 4KAZA 1HNIA 3OYJA 3KJVA 3PO5A 1GLEG 3ITHA 1NGHA 4FLTA 2A3ZA 2B4JA 3A5NC 1K6YA 2D0BA 4M3TA 4K25A 4KI4A 3HPHA 4BR2A 1NK8A 2DFHA 4O55A 4M7YA 3OYNA 4NB4A 4DR5K 4H5NA 4CHNA 1DEJA 1S5JA 4XIUA 4IOCL 4KTQA 2E2OA 2P9PA 4CF0A 3G25A 1EWQA 4DR2K 4KH6A 1NGEA 3LP1A 3J81O 1E3MA 1S3XA 3EY1A 3M3ZA 3AVGA 1V4SA 3ZETB 2IIRA 1X3MA 3E01A 3QBWA 2ITGA 3FFKB 2BGGA 3SJHA 4CGHA 5AQUA 2NRRA 2OZMA 3L2RA 1YVNA 3D6RA 3OYCA 2ATQA 2WUSA 1IG9A 2QTDA 3TAEA 1IBKK 4M7XA 4B8AB 4PKHA 1BQNA 3VGMA 3KD1E 2I5JA 3ZSVA 3T1YK 3MX2A 3R1XA 1M90O 4CZEA 4YOVA 3VQEA 4BQZA 4FL9A 4CJRA 3CC7N 4JI6K 1QVGM 1BCMA 3AA3A 3ENBA 4FJ8A 1HX1A 1S1VA 4IDKA 3OS1A 1VSDA 4OKKA 4WQ4A 1NGGA 3KWGA 3PLAA 1BCOA 5KRTA 4MO5A 3MMVA 3UE5A 3VPZA 2F9WA 2P9SB 1L5UA 1CZ9A 2QI2A 1D5AA 4JI7K 3OA9A 4MLEA 3QEIA 4FO0A 4FZXC 4H0XB 4H4MA 3AVMA 4JKCA 3ZSQA 2XY5A 1SL1A 3O3FA 5LY3A 4HHTA 3QFUA 1YTUA 1VQ6N 1UWBA 3AVKA 4OGCA 3CMAN 2GELA 4JRPA 3QEVA 3CCLN 2F9TA 3AVFA 3HSTB 4BRCA 4FJNA 4DTUA 1WSHA 2O8EA 4B9UA 1IKVA 5AZJA 3J7ZO 5CYQA 3CCVN 1EETA 3BY5A 3LDOA 2R7YA 3HPOA 3K58A 3HVTA 4RW6A 3WEEA 3KLEA 2ASMA 4PQUA 4A2AA 4OPAA 4HUGA 1HNVA 1N6QA 3EYZA 1ATRA 4CI6A 4FK4A 4BY9C 1XQSC 2F96A 1H1VA 5JMVA 4FOEA 3L2UA 4N56A 4B3SK 3OBYA 4JRQA 2OCEA 4O5FA 3BP8A 3ZT3A 4LH4A 2ZM6K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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