4FWQA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gtp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Propionate kinase
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA02
2IVPA 1T6DA 4BRQA 4I6MA 3BF1A 2Q97A 5BREA 2YI1A 4IJAA 3LL3A 4ISEA 1NGJA 4FWOA 5BN9A 2KHOA 4BQZA 4FO0A 5AQHA 4IO8A 3QDKA 1EQYA 4RCHA 5AQGA 4FOIA 2I7PA 3EL2A 2P9NA 3QICA 4RWTA 3S41A 1J6ZA 4XH1A 2HF3A 4KBOA 1ATRA 1NGBA 3TPQA 3FGUA 4WQ4C 2QWQA 3GDQA 1Z05A 2UYTA 3MCPA 3M1FA 3ATUA 1GLCG 3VEVA 4BR4A 1NM1A 3CJBA 2QW9A 2CGLA 2P9IB 3VF4A 3A5MC 1HKCA 2QWRA 4FSVA 3VEXA 2QWNA 4EHTA 1QQOA 5AZIB 3HBTA 5BPMA 4M7YA 3DJCA 4H0TB 2EWSA 4JD2A 5KQ8A 2D4WA 3D7EO 3SMPA 2ITMA 4DHYA 5AQXA 2W40A 1HJOA 3ZEUA 3ENHA 4BR9A 5ADXA 4H5VA 5AQRA 3O08A 2VWBA 4B1UB 4H0OA 4CJ7A 1G99A 4PL7A 1MWKA 2V52B 1MWMA 1Z6RA 5AQZA 2D1KA 2NRHA 2E2NA 3QFUA 1TUUA 2AP1A 5EVZA 4BRKA 3EZWA 5ADXH 3D2EB 1NGAA 3UKRB 4YDUC 3F9MA 3G25A 4CZEA 3GBTA 1BDGA 2P9PA 4FWLA 3VERA 1V4SA 3C7NB 3WQTA 4BC5A 2NLXA 2P9KB 5AZJB 4FWMA 1K8KA 2HMPA 1GLEG 4XH5A 4FL9A 4CBWA 3MN9A 4H03B 1T44A 2WUSA 4BVOA 2E8AA 2P9IA 3FE1A 2A5XA 1NWKA 2YHWA 3MN7A 2QXLA 1TYQB 1X3MA 5AZIA 4BRIA 3WEEB 4H5TA 2IIRA 2PBDA 3HSCA 5AQVA 1S22A 3KVGA 2YHXA 4FWNA 4PKIA 3J8AA 5LJVA 3MN5A 4BGAA 3WT0A 5F2RA 4LC9B 4IWVA 3UB5A 2GWKA 1BWFO 3MMVA 2CH5A 4QS9A 4NO7A 1GLBG 1SQKA 2V51B 3CHWA 2HOEA 3CIPA 1SZ2A 3U4LA 2F9WA 3H3OB 2YJEA 2ZWHA 5KQDA 4H0YB 4PKHA 5AQLA 4ISFA 1E4FT 4GNIA 2FSJA 4XEIA 2AA4A 3O4WA 3O5BA 4RTFD 2FSKA 4FWPA 1NGEA 3BP8A 1HLUA 3D2EA 3UKRA 3ULEB 4CZGA 3VF6A 3D2FB 2P9LA 1ATNA 3L4IA 2HF4A 5JLFA 3I33A 4O8KA 5JMVA 2FXUA 3IMXA 5AQPA 5EY4A 4HWIA 3H1QA 4BRLA 4K42A 4JHDB 2P9KA 1NGCA 4CZKA 1NGHA 3HM8A 3R8EA 1HKBA 4FWQA 3UKUB 2Q2RA 2ASPA 1MDUB 4CZIA 3VGLA 2D0OA 4QS8A 2VYPA 4MLEA 3DXKA 4L3QA 3CQXA 1KAXA 3LDNA 3JS6A 3FZLA 3ATVA 4WQ5C 4MO4A 2A3ZA 3QBXA 4BR7A 5BRFA 2P9SB 3SLCA 3ZETA 4H0VB 1NGIA 5E84A 1P8ZA 3U9ZA 5F1XA 4GY2B 5CE3A 3LM9A 2A6AA 2E2PA 2Q31A 2BTFA 4B1VA 4BR2A 2P9UB 1GLLO 1HPMA 4A2BA 4YDUA 2J4RA 1RFQA 5BRHA 2YCHA 4BRFA 3O1BA 3QFPA 4CZFA 4H0PA 1Y64A 1NGDA 1QHAA 2DPNA 4IJNA 1ZXOA 3QBWA 5BRDA 3VPZA 3AARA 2GELA 3BEXA 2ASMA 2V7YA 3FZFA 5KPTA 3A8YA 3L6QA 2Q0RA 3ULEA 2QWLA 3H45C 3D2FA 3VF2A 3QMLA 1KAZA 3WXKA 4CZMA 2GUPA 2FSNA 3DXMB 4FWRA 3KZBA 3P4IA 3SJHA 3VESA 3HTVA 5FPDA 1NGFA 2E88A 3R6MA 4JHDA 4BG8A 2FLOA 3CJ9A 2F9TA 5E26A 3IUCA 3A5LC 2A41A 4BRPA 3GL1A 3U8XA 2W41A 5EX5A 3W3DA 4H0XB 4B1XB 3AAPA 3GOIA 2NZTA 2P9SA 4BG9A 3CQYA 1S3XA 4Y0WA 1H1VA 4H5NA 4A61A 2E1YA 3EKUA 3WUHA 3BUZB 3FFKB 3O8MA 2P9UA 4FPAA 4JNEA 4FOEA 4A2AA 2GWJA 5FPNA 4I6MB 1C0FA 2BUPA 3DAWA 4MLHA 1XUPO 5AQQA 4CD1A 2FF3B 5FPEA 3CJAA 4B1YB 1Q18A 3IDHA 4QS7A 3DWLA 2CGKA 4H5RA 4CZLA 1ZC6A 1E4GT 4B9QA 3RSEB 5AQOA 4A62A 1DKGD 1KXPA 2Q1NA 3AAQA 4IXCA 1YUWA 1LCUA 5JICA 4NB4A 1IJJA 1QQMA 3KHYA 1DEJA 2P9NB 4JN4A 5I9EB 4PKGA 4WQ5A 3SMSA 2VCPA 5BPNA 3C0BA 4JAXA 3H3NO 4BC3A 4AM6A 2E2QA 4WYBA 4CI6A 5BN8A 1JCGA 1ESVA 1R59O 2OANA 3LDLA 4E1JA 2E20A 2YHYA 1XC3A 3R9PA 3VETA 5AQYA 1U6ZA 1BU6O 1T6CA 3FZMA 5AQMA 1ZBSA 3O80A 3C7NA 4JD2B 4BVPA 5AZJA 4DB3A 3MN6A 3VGMA 5AFUA 5ELZA 4O5FA 3H6EA 5AR0A 4CD3A 3QB0A 5KPZA 3H1VX 5AQFA 1NBWA 2QWPA 1HKGA 3M3ZA 5JLHA 1YAGA 5AQKA 3WQUA 3ID8A 1TYQA 1BO5O 5AFUH 3ZX0A 3WEEA 2V7ZA 1U2VB 3AY9A 3VEYA 5AQNA 2PAVA 4EFHA 4H5WA 3RSEA 4DQ8A 4K43A 4FWKA 4FPBA 4K41A 3ENOA 1BA0A 2QM1A 3FLCO 2CH6A 3UE5A 3HI0A 3VEWA 3GE1A 2P9PB 4FWSA 2CGJA 5BPLA 3CJ7A 1TUYA 3A5NC 4M63C 5AQSA 3VEOA 3B8AX 4BRAA 4BRDA 3LDQA 1JCFA 1GLFO 2FF6A 2A42A 4M7XA 4EIAA 3W0LA 3TU5A 5LY3A 1K8KB 1X9JA 1BA1A 2E2OA 1HUXA 3I8BA 3LDOA 5F0XA 5FPMA 3L0QA 3CETA 3H46O 4BRGA 2ASOA 4DCHA 3VENA 4IZ9A 1C0GA 4BRNA 1YVNA 1KAYA 2ZGZA 3EO3A 4BGBA 1V4TA 1RGIA 3MK6A 1GLAG 1GLDG 5KPRA 5AQUA 4BC4A 2A40A 3EKSA 3O6WA 3UKUA 3WXLA 1X3NA 5AQIA 3GG4A 3VEZA 1WUAA 4F9OA 1SAZA 4C23A 1JCEA 2YJFA 1MA9B 5B8HA 3WXIA 2GTDA 5AQTA 4BR5A 1DGKN 3ZX3A 1U2VA 3JXUA 3M6GA 3CI5A 2ZF5O 2E1ZA 1NMDA 3A5OC 1QZ6A 5BR9A 3HZ6A 4CZHA 1RDWX 1NLVA 3EN9A 1D4XA 2QWOA 4PL8A 4HTLA 2P9LB 5EOYA 3ZX2A 1IG8A 2ZGYA 4B1WB 1GLJO 5TKYA 3O1WA 1BUPA 3CJ1A 1NGGA 3A0IX 4K25A 2QWMA 3FZKA 4BQLA 1BG3A 2I7NA 1YXQA 4XH4A 1CZAN 4EHUA 2IVNA 4BRCA 3LDPA 3VOVA 1LOTB 4CZJA 3DXKB 1ATSA 3SK3A 2IVOA 1BOTO 3U9DA 3ZETB 3DXMA 4J8FA 2Q0UA 3CERA 4AM7A 3WXJA 4Z94A 5LJWA 3FZHA 4MO5A 4CBUA 2Q36A 4BREA 3CJCA 1WOQA 2H3GX 4ISGA 4B1ZA 5AQJA 5AQWA 3IFRA 3MDQA 3BF3A 4CBXA 1QQNA 3VGKA 2D0PA 4BRHA 4EAHD 3LM2A 4BRMA 4WQ4A 1OKJA 4BR0A 1QZ5A 3FR0A 2GEMA 1HX1A 5EXWA 4BC2A 1XQSC 3ZEUB 4BROA 3OHRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVPA 4AH9A 4I6MA 2OPQA 3BF1A 4FJKA 2Q97A 1B9DA 4J2EA 2G8UA 2HNDA 4DU4A 2OA8A 4IJAA 2DY4A 4KI4A 4JLHA 1W9HA 2XY8A 4YOYA 1WBBA 5FRNA 1IKWA 3TTDA 3OYCA 1HRHA 4FWOA 3ZLJA 4CGGA 2KHOA 4W5TA 1EQYA 4RCHA 5AQGA 3LAMA 4FOIA 3EL2A 3T69A 3ZSRA 3BY5A 3QEXA 4CCHA 1J5OA 4C1NK 1L3VA 1HYVA 1J5EK 2KW4A 4HHTA 3AVFA 4WQ4C 5IWAK 4FM2A 2UYTA 3NH2A 4KI6A 3CYMA 3J80O 2ZJPL 2QWRA 3E01A 4FJHA 3NF8A 4M7YA 4CFBA 3KK3A 4CJKA 1Q8IA 1NKEA 3SUNA 4FM1A 3SAFA 3MX5A 2G8VA 3D7EO 3SMPA 4DHYA 3ZEUA 4FJJA 4LD0A 5AQRA 3O08A 3SQ0A 2VWBA 2X6SA 1C6VA 1G99A 4PL7A 1YTAA 4OX9K 5JS2A 2V52B 1Z6RA 5AQZA 4C8MA 4Z4FA 4EP5A 3PUFA 2E2NA 1VQMN 4CK2A 4BRKA 1CZ9A 4OVLA 1EP4A 4B3OA 3KK2A 3ZYYX 3G25A 4LF9K 4B9SA 4Z4CA 3MAQA 2OTLN 5M1OA 4E1MA 2KTQA 1Z25A 1HNXK 4KHSA 2P9PA 2NUBA 4WFAL 1VQ4N 3ISNC 3CM5A 4KTWA 4BC5A 3LDSA 4DV6K 1RDDA 3AVBA 1X9WA 4W5OA 3LANA 5CZ2A 4F3TA 4WE1A 4FZXC 1NWKA 3MN7A 1UA1A 1XNRK 4KPYA 3L2UA 4FWNA 3DLLL 3OVNA 1QS4A 4DLEA 3KLFA 4LC9B 4KHQA 4DKWA 4KV8A 2BH1A 2HMIA 2HOEA 3TTFA 5CZ1A 3U3GA 1SZ2A 2D0BA 2ZWHA 4H0YB 4ISFA 3QEVA 1VQ7N 5CY4A 2AA4A 2O8EA 4LSLA 2IDOA 4RTFD 4FWPA 1HNIA 5AJ3K 2OZSA 4CGFA 3UKRA 4CZGA 4OPJA 3D2FB 2P9LA 2HF4A 3VQQA 4CE9A 2VG6A 4WF9L 2FXUA 4HWIA 4JS5A 4DLGA 1HNVA 4FK4A 3LZIA 1NGHA 5C2DA 1N5YA 3S3MA 4DV4K 3UKUB 1TKZA 2ASPA 1MDUB 2YHBA 4CZIA 4QS8A 4CJ5A 4MLEA 1WNSA 3DXKA 3CQXA 4L3QA 3FZLA 3ATVA 1UOCA 4MO4A 4BR7A 5BRFA 1P8ZA 3TAEA 3PSIA 4BACA 3ENBA 3WXMB 4KFBA 1RNHA 1T03A 2E2PA 1SS6A 2P9UB 4H4OA 2VQFK 2KFNA 4YDUA 1RFQA 4CF8A 1WN7A 3O1BA 2W6LA 3QFPA 5HP1A 4OKJA 3P31A 3DRPA 3MXIA 4IJNA 3G0ZA 2D0CA 4GMJB 4DSEA 4CF0A 2O8DB 5J2QA 3A8YA 3L6QA 2Q0RA 1C0UA 2QWLA 3P38A 3H45C 4DR1K 2FBXA 1NK5A 2O4IA 3MWPA 4FWRA 3D45A 3VESA 3HTVA 4BY9C 4CHZA 2RF2A 4NYNA 3E1YA 2FLOA 4CJRA 3CMEN 2UUBK 5GAHP 1N32K 4FM0A 3CCMN 4YNQA 3A5LC 2A41A 4B08A 1TKXA 3U8XA 3ZSZA 3RMDA 2NZTA 2W42A 3RVCA 2P9SA 4BG9A 3CQYA 4KB0A 3KWGA 1S3XA 4Y0WA 3QESA 3EZ5A 1S9EA 2E1YA 4ICLA 4EZ6A 2QA4N 4JK8A 4JNEA 3WNHA 4FOEA 4I7FA 1J54A 2ZM6K 3PX6A 5FPNA 1JLGA 1C0FA 5AQQA 5FPEA 1EX4A 2BGGA 3AVIA 3CJAA 4B1YB 3IDHA 3DWLA 4JRPA 4DTSA 4CEAA 1DKGD 4O44A 3AAQA 5JICA 1BQNA 1IJJA 1YITN 1K8AO 2JWLA 1L3TA 2P9NB 4LFAK 4RG8A 1JJ2M 4WQ5A 1L3SA 4YY3K 3SMSA 2VCPA 3J7AP 5BPNA 3C0BA 4FK0A 2O8BA 4FJIA 3V4IA 5J2MA 4AM6A 4CI6A 1K6YA 1NK6A 1JCGA 1NJYA 2VQEK 1EXQA 3KLIA 4FZYA 2E20A 2YHYA 1ILYA 5AQYA 1U6ZA 5SWMA 1BU6O 1T6CA 5AQMA 2A1SA 1ZBSA 4JD2B 1KC8O 4DB3A 3C6AA 3MN6A 4KTQA 1HYSA 5ELZA 5AR0A 4B9NA 1Z26A 4DSKA 3ITHA 2YNFA 4DTJA 2QWPA 1HKGA 3M3ZA 1YIJN 1YAGA 5AQKA 4PHTX 1TAUA 2D5RA 2O4GA 1BO5O 5AFUH 3ZX0A 1KFSA 4BWMA 3E9PA 3NGYA 3NCIA 2Y1IA 4K43A 3OA9A 4K41A 2QM1A 4BE0A 2HVHA 4IG3A 4MDBA 2CGJA 5BPLA 4KREA 1TUYA 2IGIA 3LDQA 2BANA 4BE2A 3ALYA 3NH0A 1CXUA 3TU5A 1WLJA 1X9JA 4EP4A 1SKRA 1SL2A 2EX3A 4DCHA 3L2QA 3VENA 5JVGL 4IZ9A 4FJ9A 1C0GA 1CLQA 1WB9A 3EO3A 2O8FB 3ULDA 4M3XA 4IG0A 1FW6A 4RW7A 3C65A 4BC4A 2A40A 3UKUA 3SNNA 4IOXA 1X3NA 5AQIA 2QKKA 2YJFA 4JI4K 3WXIA 1RTIA 2X6NA 4FJXA 4GV3A 3ZX3A 3JXUA 3V9SA 3M6GA 4CGDA 2E1ZA 3A5OC 5BR9A 3V1OA 4LF4K 3HK2A 5T7BA 4DSFA 3EN9A 1D4XA 4OJRA 3C6TA 1OH8A 2P5OA 1GLJO 3PIOL 2FBVA 3HRGA 4K25A 3ASMA 2EHGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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