4FWQA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gtp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA02
4YDUC 2P9UB 2ZF5O 3UE5A 3GOIA 3W3DA 1ATNA 4PKHA 3VETA 3EKUA 3DXKA 4J8FA 3VF2A 4BR7A 4CZGA 5F0XA 3WXIA 3AARA 3FFKB 4XEIA 4EFHA 1NMDA 2E2NA 1TUYA 2A40A 2AP1A 5AQIA 4BRIA 1QQMA 2VWBA 2ZGYA 4WQ5C 4BROA 1SQKA 1HUXA 4H0PA 3IUCA 2P9LA 3OHRA 3QFPA 3IDHA 3RSEB 2Q36A 2NLXA 1HLUA 3G25A 4B1WB 4CZMA 1BO5O 4B1XB 2YJEA 5KQ8A 2A42A 4FOIA 3J8AA 4JAXA 3O6WA 1SAZA 3GG4A 2YHYA 3CERA 2P9UA 3A5MC 3O4WA 5BPNA 3QB0A 2GELA 5AQQA 1BUPA 4CZKA 5AFUA 1NM1A 5AQMA 3WQUA 3VOVA 4H5TA 5BPLA 4Y0WA 3QBXA 3C7NB 2QWNA 1RFQA 1C0FA 5BRDA 1GLFO 4CZLA 3DXMB 1ESVA 2HF3A 3MN6A 4RTFD 4B1UB 1ZBSA 5KPTA 3QMLA 2AA4A 4CJ7A 4ISEA 4BRDA 3WUHA 3ENOA 2E1YA 3H3NO 4DQ8A 2QWLA 1U2VB 3ATUA 3RSEA 4BR5A 4BGAA 3CJ7A 1MWMA 4BRFA 3MN9A 4XH1A 3HTVA 4FWOA 3ATVA 2IVPA 2IVOA 4B1ZA 1JCGA 1NGGA 2CH5A 5AZJB 4BRNA 3FZMA 5KPRA 4HWIA 2J4RA 3A5OC 3D2EB 1NGDA 4FPBA 2VCPA 1MA9B 3H1QA 3C7NA 3FZHA 4YDUA 3SMSA 4CZHA 4BG9A 2ASMA 1C0GA 4K41A 1YVNA 3WXLA 4BC4A 3BF3A 5AQHA 1LCUA 2BTFA 1YAGA 3EKSA 1T44A 2D0OA 3VENA 3D7EO 1Q18A 3HSCA 4LC9B 4H0TB 2V52B 5AQPA 1XUPO 3CJBA 5AQFA 1U2VA 2I7NA 1HKGA 3H3OB 5BN8A 3MK6A 4AM7A 2E2QA 1V4TA 1HPMA 3VESA 3FZLA 4XH4A 3IMXA 4PKGA 5AZJA 5AQJA 5ADXH 1BOTO 4MLEA 3VF6A 4H0VB 1HX1A 3D2EA 2CH6A 3HBTA 2NZTA 2FF3B 3SK3A 3FR0A 3VPZA 3FGUA 4PKIA 3SJHA 1NGBA 2HOEA 3S41A 1TUUA 4WQ4C 4EHTA 4A2AA 3ZX2A 5F2RA 3FZKA 5AQYA 3U9DA 4FL9A 2QWQA 4CBUA 2QM1A 3IFRA 4H5WA 3ZX0A 1HKCA 1ZC6A 4IWVA 5AQTA 4M7XA 5AQNA 1T6DA 4AM6A 1DEJA 2GUPA 2ITMA 4BR2A 4BRAA 3D2FB 2QWMA 2YHWA 3QICA 3LDOA 4FWLA 4FSVA 4M63C 4DB3A 1QZ6A 1TYQB 4H0OA 3F9MA 3QFUA 4H5NA 5CE3A 5LJVA 4IZ9A 4QS7A 3ZETB 1NGFA 2P9KB 2KHOA 3O5BA 5AQWA 3QDKA 2GTDA 1YXQA 2EWSA 4C23A 2FF6A 5ELZA 3H46O 4BG8A 4BRKA 1HKBA 5EOYA 4A62A 4JNEA 4L3QA 2YJFA 4A2BA 5EY4A 2Q2RA 4RCHA 2V51B 2E2OA 1QHAA 2QW9A 1E4GT 4EHUA 1X3MA 3VGMA 2PAVA 2P9PA 3C0BA 1MWKA 1NGJA 5ADXA 2A6AA 3FZFA 4RWTA 3CJAA 3D2FA 5AQRA 2V7YA 2OANA 3O08A 1TYQA 2V7ZA 1K8KB 4BRMA 5E84A 5AQVA 3DAWA 1OKJA 2E2PA 1GLLO 3LDNA 4FWKA 3ZETA 2FSNA 1H1VA 2P9KA 4CZJA 1D4XA 3R6MA 2GEMA 3SMPA 4KBOA 4ISGA 5AZIB 3ULEB 1JCEA 4H0YB 4H5RA 3CQXA 4NO7A 1YUWA 3LDPA 4BQLA 3AAPA 1KAYA 1NGCA 5BRFA 3WT0A 1EQYA 3LL3A 2PBDA 3HZ6A 4BR9A 4CZFA 4EIAA 3ID8A 1SZ2A 4Z94A 5FPDA 3EO3A 5BREA 3CHWA 5JLFA 5KQDA 4BR0A 4WQ4A 2E20A 2UYTA 1XC3A 1IJJA 4CD1A 2FLOA 5JMVA 5EX5A 4B9QA 3A5LC 5B8HA 1NGEA 1K8KA 4QS9A 3L4IA 3VEVA 3I8BA 3SLCA 4H03B 4FWQA 4ISFA 5EXWA 4DHYA 2NRHA 5TKYA 3A0IX 5AQOA 1NBWA 3MN7A 4O5FA 3LM9A 3ZX3A 5AZIA 1P8ZA 1BA1A 2YI1A 2E1ZA 4FO0A 3R8EA 4QS8A 1V4SA 3ULEA 3M1FA 3DJCA 5AFUH 3KHYA 1ATRA 4B1YB 4I6MB 2DPNA 3KZBA 2IIRA 3QBWA 3BEXA 1QZ5A 4K42A 3HI0A 1R59O 3FE1A 2CGJA 4BGBA 2Q0UA 4BRPA 1Z6RA 4A61A 4XH5A 1BWFO 3FLCO 4CBXA 3UKRB 1WUAA 4JD2B 3MN5A 3UKUB 2GWJA 3CJ9A 1NLVA 2WUSA 2P9PB 1QQNA 3M6GA 4BRLA 1WOQA 1GLJO 2QWPA 3VEWA 3VGKA 4CBWA 2FSKA 5AQGA 3EL2A 4GY2B 3UB5A 3JXUA 2CGLA 4BREA 3H6EA 3L6QA 5AQXA 2F9TA 4B1VA 2YCHA 3MCPA 4PL8A 4BC5A 3CI5A 1DGKN 3GDQA 2P9SB 4MO5A 4O8KA 5BRHA 1GLBG 4FWMA 1X3NA 3U9ZA 3ZEUB 1NGHA 5F1XA 4FWNA 3U4LA 3BF1A 2H3GX 2P9IB 3VGLA 3O1WA 3U8XA 4I6MA 2W40A 4BRHA 3MMVA 3LDQA 2FXUA 1QQOA 4DCHA 3O1BA 2ZGZA 1Y64A 2HF4A 3CETA 4BVPA 1G99A 1CZAN 4K25A 3BUZB 2Q97A 4EAHD 2D0PA 3UKRA 3H45C 4BR4A 4JD2A 3B8AX 2CGKA 4NB4A 3UKUA 1NGIA 1HJOA 4HTLA 1KAZA 2QWRA 5JLHA 1X9JA 3A8YA 5I9EB 3VEYA 5BPMA 3CJCA 3JS6A 1JCFA 1Z05A 5BR9A 3A5NC 4E1JA 3MDQA 3WEEB 1ZXOA 3CIPA 4JHDB 5AR0A 2P9SA 3ZEUA 1NWKA 4JN4A 1KAXA 4H0XB 1BG3A 1S3XA 2D4WA 2P9IA 3VEOA 5EVZA 2IVNA 2GWKA 3TU5A 4FOEA 5LJWA 3KVGA 1BDGA 2A5XA 4CI6A 1RGIA 3ENHA 3GL1A 5BN9A 1J6ZA 4CZIA 3WQTA 2A41A 4BRCA 5KPZA 3VF4A 3AY9A 5JICA 3CJ1A 4FWPA 3L0QA 3AAQA 1S22A 4WYBA 1LOTB 3I33A 1IG8A 1GLEG 2A3ZA 5AQLA 1NGAA 3WXKA 2BUPA 1GLDG 4IJAA 4BC3A 3GE1A 4H5VA 2P9NB 4BRQA 4PL7A 1MDUB 4BQZA 1RDWX 4CD3A 3WEEA 1XQSC 1U6ZA 2D1KA 4JHDA 3GBTA 5FPEA 1T6CA 4FWSA 3VEZA 3O8MA 3DXMA 3DXKB 4BC2A 3BP8A 3W0LA 1ATSA 2FSJA 2I7PA 4F9OA 4BRGA 2E8AA 2ZWHA 3WXJA 4IXCA 4CZEA 1BA0A 5AQKA 1GLAG 4IJNA 4IO8A 2HMPA 2E88A 2YHXA 3LDLA 3TPQA 2F9WA 3VERA 2Q1NA 2W41A 5FPNA 2QXLA 3O80A 1DKGD 3H1VX 4WQ5A 3M3ZA 3DWLA 2P9LB 4FWRA 3EN9A 4K43A 3R9PA 4GNIA 2Q0RA 4MO4A 2ASPA 2ASOA 2Q31A 5AQZA 3CQYA 3LM2A 1E4FT 2P9NA 3EZWA 4M7YA 5AQSA 3VEXA 5E26A 1BU6O 2VYPA 1KXPA 5AQUA 1GLCG 5FPMA 3P4IA 4MLHA 3HM8A 5LY3A 2QWOA 4BVOA 4FPAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW4A 3J7YP 1XMQK 3W3DA 5HP1A 5K14A 3EKUA 4FK4A 4J8FA 3HVRA 4E89A 4BR7A 4CZGA 3WXIA 4KHQA 1SL1A 1UOCA 3IAYA 3DYAA 1TUYA 2AP1A 4YNQA 3BDPA 3OBYA 2OYQA 1HNVA 5LL6Z 4CGFA 4WQ5C 1K6YA 3QIPA 2HMIA 2P9LA 3QFPA 1RTHA 4B1WB 2E4LA 2OPSA 4B1XB 4OKJA 2FBXA 2NNWA 3O6WA 5M1QA 1JXEA 1HYVA 1C0UA 2YHYA 4DV7K 5CYMA 3O4WA 1QVGM 1BUPA 4KO0A 3CCLN 4FJ5A 4IOXA 4CEBA 3KD1E 3QBXA 3RMAA 1QQCA 3P83D 4FZXC 4A59A 4JK7A 1GLFO 2UU9K 3L2UA 3SV4A 2PY5A 2D5RA 4IKFA 4OGEA 3B6PA 5C2DA 3CCQN 2AA4A 3WNEA 4FLZA 3U6FA 2O8FB 5HOOA 3TAFA 3WUHA 3MEEA 1OH8A 2E1YA 3H3NO 4CJVA 1CZBA 4GVMA 4DQ8A 1L3SA 4FJMA 1U2VB 3ATUA 3VQ8A 5J2MA 3MN9A 3HTVA 1RT3A 3Q7BA 4FW2A 4QOZB 1NGGA 1FK9A 3ZT2A 4B9TA 5KPRA 3B6OA 3OBWA 4CHZA 3PIOL 3WNFA 2HVHA 3AVKA 1NGDA 4X66K 3NF8A 4O0JA 2W42A 1K8AO 3FZHA 1U45A 1C0GA 4K41A 1YVNA 1KCFA 3WXLA 2EHGA 2I5JA 1NJYA 4DU3A 1YAGA 5D3GA 1QTMA 2D0OA 5M1KA 4WE1A 2O8FA 1Q18A 3IRXA 5SWMA 4OKKA 1Q81O 3BZKA 1VHXA 3HP9A 3KLFA 1U2VA 2I7NA 3ZT1A 3SUQA 3J7ZO 4DSJA 1EO1A 3E01A 1UA1A 1RDAA 4I2PA 5GAGP 2E2QA 4O5BA 5C42A 2UUAK 4W5RA 4PKGA 1KQSM 5AQJA 5ADXH 1BOTO 4H0VB 2ZQBA 2CH6A 3NH1A 1RDDA 4OPAA 1M90O 4GKJK 4DU1A 4LF5K 3VPZA 3SJHA 2HOEA 2Q3SA 4NLBA 1EX4A 1RTJA 4EHTA 3CCRN 4JKBA 3ZX2A 3SUPA 1NG9A 1C6VA 3P1GA 1L3TA 2QWQA 3OTOK 1HKCA 1U04A 5CYQA 5AQTA 2GUPA 5TKWA 4BRAA 3D2FB 2G8IA 3HRGA 4FJXA 1W2BM 3NHGA 3T1AA 1TYQB 4H0OA 3ZT0A 3SAFA 2UXDK 2G8UA 3SAHA 2X78A 4CEAA 5LJVA 4QS7A 1S1TA 2P9KB 2EX3A 3K5OA 4OPKA 1NKCA 4GKKK 4O8UA 4CJ4A 2EWSA 4Y1DA 4C23A 2FF6A 2D0AA 3TABA 4N41A 4JNEA 4FM0A 2Q2RA 3RMCA 4RCHA 4FJ8A 3K58A 3VQ7A 1TVRA 3QNNA 4DS4A 2BGGA 4B9UA 1QHAA 1E4GT 1X3MA 3VGMA 1XNQK 4JI7K 4DR5K 3MXIA 1Q82O 1FW6A 1NK9A 4FYDA 1MWKA 3DLKA 4DTJA 3D2FA 4B3MK 2KFZA 2OANA 2WTUA 3HPHA 4HTUA 4DTXA 4GMJB 1TYQA 2V7ZA 3RR8A 4BRMA 1LW0A 5AQVA 3DAWA 4ELTA 2VGMA 2E2PA 2DY4A 4CZJA 2P9KA 1OVYA 4KPYA 3TR8A 3ZCMA 4LF9K 2HHTA 2JLEA 2GEMA 4DQSA 2FC0A 4ZTFA 2UXCK 3ZSYA 4ISGA 4H0YB 4KTQA 4H5RA 4K8ZA 3ZSQA 1N32K 3WT0A 1EQYA 3DRRA 3CMAN 4PA1A 1RT7A 3N4QA 4KHUA 3ID8A 3T1HK 1F21A 5BREA 2YX6A 3SQ1A 3CCMN 1ITGA 2Y1IA 1IJJA 2FLOA 5JMVA 4M3XA 3A5LC 5B8HA 1IG9A 4UY8O 4OX9K 2ZD1A 3SLCA 4H03B 4DR2K 3C94A 1B9FA 4KV8A 2NRTA 1W9HA 1NBWA 4ZHRA 5M1OA 3LM9A 1P8ZA 4FO0A 1S9GA 3LAKA 3QETA 4B1YB 1J54A 2O8EB 4CVNE 3VA0A 4JK9A 2KZZA 2CGJA 1EXQA 2Q0UA 2KQ2A 4CJ5A 5J2NA 1BWFO 4LSNA 3CPEA 3MN5A 1NLVA 2P9PB 1QQNA 1EETA 1WOQA 3AGKA 3VGKA 3QEVA 4CBWA 2FSKA 4IOCL 2O4IA 3JXUA 3EY1A 5HROA 3S3NA 4KH5A 4M42A 3NVMA 5AQXA 4AHUA 3M8SA 2F9TA 2FBVA 1YIJN 4BC5A 3CI5A 1HYZA 2P9SB 4MO5A 4RG8A 5BRHA 4FJGA 1GLBG 1S72N 2ETJA 1D9FA 3S9HA 5AJ3K 2O8EA 4CHNA 3MMVA 1XHZA 2FXUA 1QQOA 4DCHA 2ZGZA 3VQ9A 3CETA 1G99A 3T19A 4K25A 2KTQA 1HJRA 4EAHD 4BR4A 2PZSA 4E1NA 2CGKA 1VQMN 4ILGB 1HJOA 1KAZA 5JLHA 4DQQA 2HHSA 5GAHP 1NJWA 3VEYA 4J2DA 3C65A 3MDQA 1ZXOA 3Q7CA 3C6HA 4NYFA 4CJLA 1VAZA 2G8KA 5AR0A 3TSPA 2P9SA 3OYJA 4CJPA 1NWKA 1IKXA 4E3SA 4PUOA 2RN2A 4JKCA 4H0XB 2HHXA 3KJVA 2WONA 1TL1A 1BDGA 3OYKA 1QE1A 3DLEA 5BN9A 3WQTA 4BRCA 4BWMA 2R7YA 3VF4A 2JWLA 1S22A 4WYBA 1LOTB 3M8RA 1JJ2M 1NGAA 3WXKA 4N47A 3GE1A 2XY5A 2JGUA 4FLXA 2HSTA 3MWTA 1CLQA 4E1MA 4BQZA 4UQGA 4IFVA 4ILJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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