4FWQA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with gtp
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 135
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwqA02
4GNIA 2YHYA 3ENHA 4BC5A 3L4IA 5BRFA 3H45C 3CJBA 5AQUA 1NGEA 3D7EO 4BGBA 1BWFO 2E2NA 3H3OB 1GLJO 1R59O 2GWKA 4MO4A 1QQNA 4JHDA 3O1WA 1ESVA 2IIRA 3AARA 3EL2A 3LDOA 5AFUA 5F2RA 4ISGA 4BRHA 1XC3A 3QBXA 1QHAA 2P9UA 3L0QA 3O4WA 2V51B 3O5BA 2D0OA 3S41A 2QWPA 4QS8A 3A5LC 2P9IB 2P9KA 5FPMA 2V7YA 3FZLA 2YHWA 3FFKB 3AY9A 3WQTA 3WEEB 2IVNA 4IXCA 2PBDA 3A0IX 2QM1A 3SK3A 1RFQA 3GDQA 2CGLA 3A5OC 5I9EB 4CZKA 2V52B 2D0PA 3CJCA 4IO8A 3SJHA 4ISFA 3SMPA 2E88A 5BPNA 2BUPA 3CETA 4EIAA 3BF1A 3CIPA 5KQDA 3OHRA 2Q0RA 4CJ7A 3VENA 3H1VX 4B1ZA 1HKBA 1U2VA 3A5NC 1DKGD 4QS9A 2A40A 3FR0A 2QWMA 3UB5A 3L6QA 5JICA 2F9WA 3O08A 4XH4A 3QBWA 2QWNA 2I7NA 4BR7A 4NB4A 5AQSA 2DPNA 3HBTA 3HM8A 1YVNA 5FPNA 4WQ5A 4CD3A 4BREA 3MN9A 5AQVA 2QW9A 3D2FB 3IMXA 4H0PA 3G25A 1HKCA 5AQRA 1DEJA 1QQMA 3W0LA 3RSEB 3UKRA 4BRGA 3DXMA 2HMPA 4E1JA 1JCEA 3VEVA 5AQKA 3F9MA 4M63C 1X3MA 3H46O 1SQKA 2A3ZA 1KXPA 1GLAG 5KPZA 2EWSA 1CZAN 2ITMA 4BRNA 3VETA 3D2EA 2VCPA 2FF3B 3GE1A 3B8AX 3GOIA 5JLHA 4B1WB 3DXKB 5F0XA 3KHYA 5AZIB 5E26A 2FXUA 4BRKA 4CBUA 1Y64A 4FWPA 4B1VA 3UKUA 1MWMA 1T6CA 1Z6RA 2E20A 4CD1A 2YI1A 2QWOA 3QFUA 1GLEG 3FZKA 3H6EA 3ZETB 1EQYA 2CH6A 4FL9A 4CZGA 1S22A 4ISEA 4PKGA 4EFHA 3ATUA 3VPZA 3KVGA 3QFPA 1NGCA 2NRHA 2HF4A 4I6MA 2AP1A 2PAVA 3A5MC 3LDQA 2P9NB 3UE5A 3U9DA 2CGJA 3JS6A 3WXLA 3CQYA 2P9PB 1GLCG 2IVPA 2WUSA 2I7PA 2OANA 4BRQA 1NGIA 2GEMA 2VYPA 4BQLA 3I33A 3WXJA 1J6ZA 1QQOA 2GUPA 3LM9A 3FZMA 1X3NA 3WQUA 2V7ZA 4CZFA 5AQPA 4BR4A 3EKSA 4CZEA 3O8MA 4KBOA 4M7XA 4H0YB 4BR5A 1BO5O 1YUWA 4K42A 4DHYA 4CBWA 4DQ8A 5KPTA 4LC9B 3C7NB 4JD2B 4B1UB 3A8YA 5E84A 2P9SA 3DWLA 1V4SA 3VEWA 5KPRA 1TUUA 3VOVA 2P9KB 3DAWA 3IDHA 1Z05A 2E2PA 4BRFA 1JCGA 4WQ5C 5EVZA 3SLCA 1MDUB 1ZC6A 4HTLA 2Q0UA 2Q97A 5BR9A 4MO5A 4FO0A 2P9IA 3M1FA 1BOTO 1RGIA 3MMVA 3WEEA 3ZX3A 2YHXA 5BPLA 4K41A 3ULEB 4NO7A 3TU5A 3VF6A 4BQZA 1BUPA 4CI6A 1WOQA 4K25A 4FWQA 3VGMA 4H0VB 1T6DA 4FPBA 3CJAA 1LOTB 1ATSA 4FWLA 4JAXA 4BRLA 1U2VB 1QZ5A 5TKYA 4A2AA 3ENOA 4WYBA 2ZWHA 3M3ZA 4EAHD 2Q2RA 4EHTA 1K8KB 4H5NA 5AQHA 1H1VA 5AZJB 4DB3A 3AAPA 3H1QA 4BC3A 4O5FA 1NGJA 4WQ4C 3MN6A 1XQSC 1NGBA 4A2BA 1KAYA 3GG4A 2QWQA 5AQOA 4O8KA 2ZGYA 3U9ZA 2QXLA 3GBTA 4MLEA 4IWVA 3O80A 4FWOA 1U6ZA 4FPAA 4PKIA 1X9JA 3IFRA 4B1YB 2HF3A 4H03B 3AAQA 1HPMA 2H3GX 1MA9B 5JLFA 3DXMB 1HLUA 1NM1A 4CZLA 3M6GA 1JCFA 4AM6A 3R6MA 5ADXA 5AQYA 3VF4A 3MN5A 1GLDG 3D2FA 1NGHA 3I8BA 4RTFD 2Q1NA 5FPDA 4A61A 3WXKA 4CBXA 5EXWA 1RDWX 4IJNA 4B1XB 3LDPA 2IVOA 1ZBSA 2FF6A 4K43A 3CJ1A 2ASOA 2Q36A 4DCHA 4BVOA 2HOEA 1TYQB 2CGKA 2ZF5O 2E1YA 2FSKA 4F9OA 1E4FT 2YCHA 4WQ4A 5AQZA 1E4GT 2KHOA 4H0OA 1HJOA 4QS7A 5BRDA 4H5TA 1OKJA 3UKUB 4BG8A 2GELA 3MCPA 2P9LB 4J8FA 1GLBG 1KAZA 5BN8A 3DXKA 5AZIA 5AFUH 1SZ2A 1ZXOA 1Q18A 3GL1A 5KQ8A 3BEXA 3IUCA 4H0TB 4Y0WA 1S3XA 3VERA 3ZX2A 4I6MB 3CERA 4A62A 1ATRA 4JNEA 4FOIA 5BREA 4PL8A 3WUHA 3ZEUA 3CI5A 3CHWA 4XH1A 2ASPA 3HTVA 4BRCA 2W40A 3QB0A 2P9NA 2CH5A 5AQTA 5AR0A 3VEXA 3VGKA 4JHDB 2YJFA 3U4LA 3HZ6A 4B9QA 2P9PA 3FZFA 2P9UB 4H0XB 4BVPA 3CJ9A 4PL7A 4H5RA 5ELZA 4CZMA 2FLOA 1BG3A 4BRMA 2A6AA 3EN9A 3MN7A 5EY4A 1IG8A 3BP8A 4BC2A 5F1XA 1NLVA 5FPEA 3SMSA 3BF3A 2P9SB 1IJJA 1QZ6A 3C7NA 4BRAA 3ID8A 1NGFA 4YDUC 4XH5A 3J8AA 1BDGA 3QDKA 4JD2A 4MLHA 3W3DA 4BR2A 5EX5A 3LM2A 2A42A 4CZJA 3R8EA 1MWKA 4FWNA 4BGAA 2D1KA 3P4IA 4FWKA 3FE1A 5B8HA 3H3NO 3ZX0A 5LY3A 3O1BA 3HI0A 4FWRA 5BRHA 2ZGZA 4CZIA 1P8ZA 3QMLA 4BG9A 1WUAA 2FSJA 3ULEA 2E8AA 4H5WA 4FWSA 3CJ7A 2BTFA 1BA1A 5CE3A 3U8XA 1YAGA 5ADXH 2Q31A 1HX1A 3VESA 4BROA 2QWLA 3FZHA 3C0BA 1DGKN 1YXQA 2NLXA 3CQXA 4AM7A 3LL3A 3KZBA 4YDUA 4HWIA 3EO3A 3VF2A 5AQWA 2NZTA 4L3QA 1K8KA 4BR9A 2E1ZA 5AZJA 3TPQA 1BU6O 3LDNA 4BRIA 2GWJA 4XEIA 2YJEA 3UKRB 4FWMA 2E2OA 2A41A 4H5VA 5EOYA 3JXUA 4BRPA 4IJAA 2GTDA 5LJVA 3VGLA 2E2QA 1NGGA 1ATNA 1HUXA 3EKUA 3RSEA 5AQGA 4CZHA 4FSVA 3VEOA 5BN9A 4EHUA 2A5XA 4M7YA 5JMVA 1SAZA 1HKGA 3HSCA 3D2EB 3MK6A 1GLFO 3QICA 3LDLA 5AQLA 1NBWA 1TUYA 5AQQA 1T44A 3BUZB 1C0FA 1G99A 1KAXA 4C23A 2ASMA 1NMDA 3WT0A 5BPMA 4BC4A 5AQNA 1XUPO 5AQJA 3VEYA 1NWKA 4RCHA 5AQXA 1LCUA 4BR0A 3EZWA 3MDQA 1GLLO 1TYQA 3FLCO 1D4XA 2FSNA 4RWTA 2D4WA 3ATVA 4GY2B 5AQIA 3R9PA 3ZETA 1NGAA 2VWBA 4IZ9A 1NGDA 4Z94A 2P9LA 3O6WA 5AQMA 5AQFA 2F9TA 4PKHA 3DJCA 1C0GA 2AA4A 3WXIA 3FGUA 2J4RA 2UYTA 2W41A 4BRDA 1BA0A 4FOEA 4JN4A 3VEZA 5LJWA 2QWRA 1V4TA 3ZEUB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GNIA 3AVBA 3OTOK 2YHYA 3ENHA 4A5BA 4C1NK 1RTHA 1NJWA 3H45C 4JV5K 2WTUA 4KO0A 1SL1A 5LMUK 5AQUA 3K9KA 4OKKA 2YV0X 1S1TA 1S5JA 2E2NA 1TGOA 1WLJA 4MO4A 4I9LA 5JS2A 1VQPN 2IIRA 3AARA 3LDOA 4DF8A 2HVHA 5F2RA 4BRHA 3ZSVA 4WCEL 3CCSN 3V6DA 1TK0A 1KVAA 1TV6A 2V51B 3NHGA 3S41A 4QS8A 4Z4EA 3V9WA 3FZLA 5T7BA 1YIJN 3SK3A 1RFQA 4CJ5A 5I9EB 3AGKA 3J80O 3KWIA 4JI6K 3SJHA 4CJRA 4C8LA 1BI4B 3CXCM 3DLGA 5KQDA 3SJJA 3OHRA 3E9OA 1HKBA 1DKGD 3LZIA 2D0CA 4QS9A 1EO1A 3OBYA 3FR0A 3O08A 2QWNA 4YOXA 2RKIA 3LP2A 3NGYA 4DV1K 1YVNA 4O4GA 4DU3A 4AHVA 4CK1A 1CZBA 3L2RA 3RTVA 4BREA 3IAYA 3D2FB 4DTJA 2XY7A 4IO9L 1NK0A 3DXMA 2HMPA 3F9KA 2RN2A 3ZCMA 1U4BA 1HYVA 1L5UA 2YNFA 4FLWA 1QVFM 3EE8A 2HNDA 1ZBFA 4M63C 1JLQA 1KXPA 2A3ZA 1Q86O 3MXIA 3MX5A 1HQEA 2EWSA 2NUBA 4JI3K 1CZAN 2ITMA 1SS6A 3O3GA 3VETA 3D2EA 2FF3B 3QEVA 1T8EA 3K0SA 3GE1A 3KTQA 4YOVA 1ITGA 3G0ZA 3GOIA 3OYHA 3DXKB 5DK5A 5AZIB 2O8DA 3O9QA 1T6CA 4CD1A 4M3WA 4E0DA 1GLEG 4AF1A 1EQYA 4E7LA 4JKFA 4CZGA 3CFRA 3ATUA 1HYSA 1U49A 2B6AA 1OH8A 1RT7A 4DKWA 2HF4A 3AO1A 4DUZK 1S9GA 2RPIA 1J5EK 3QESA 4LF9K 3WNGA 5C2FA 1X9MA 4B3TK 2F8TA 3WXLA 1EP4A 4BRQA 2KZZA 4Z4IA 4K8XA 1C0MA 3SAHA 4KRFA 1YJ9N 4FLYA 2QK9A 1LW2A 2O4GA 4B08A 4BY9C 3EKSA 4JS4A 4M7XA 3PX6A 3LP3A 4M3XA 3OYJA 4K42A 3VMFB 4DQ8A 4FJIA 4O5BA 2Z1IA 5SZTA 3A8YA 1YVUA 2P9SA 2PZSA 3DWLA 3B6PA 3VQDA 4OX9K 2W6LA 1BCMA 3VOVA 3KD5E 4BRFA 3FFIA 5EVZA 5DMRA 5LL6Z 4GVEA 2O4IA 1B92A 1MDUB 1ZC6A 5CZ1A 4FVUA 3DLHA 1RDUA 1TKTA 3KIOA 4DV7K 2OTLN 3C95A 3R1XA 4NXMK 3VQPA 1RGIA 3ZT2A 3WEEA 3ZX3A 5BPLA 4BQZA 3TU5A 1LWCA 3DLEA 4XIUA 3RRHA 1T6DA 1KQSM 4C8OA 1JXBA 4Z4GA 4JAXA 3AA2A 1U2VB 3HPGA 5TKYA 1NNEA 1EWRA 3F2KA 1IBLK 5K14A 3ZT4A 2ZWHA 1W9HA 5IWAK 2Q2RA 3THWA 2IAJA 4BC3A 4O5FA 4JRPA 1O1WA 4E7KA 4WQ4C 4KREA 4OVLA 1XQSC 1NGBA 3NGZA 1KAYA 1N6QA 2G8FA 2VQFK 2OPQA 4FZYA 3C6TA 3U9ZA 2QXLA 1RBTA 3I0SA 3AV9A 2QA4N 4CK3A 1JL1A 1NMNA 1U6ZA 1X9JA 4FYDA 5FRMA 2HF3A 3AVCA 3SPYA 5JLFA 2HHVA 1JCFA 3R6MA 5ADXA 3C65A 1VK0A 4HCCA 2Q1NA 4YOWA 2YKMA 3G71N 1UA0A 2QXFA 4FM0A 4B1XB 2A1SA 1RBRA 1T7PA 4ILJA 2ASOA 3K2PA 3VQ5A 2FSKA 4F9OA 4WQ4A 4H0OA 1HJOA 1HNVA 1OKJA 4H5TA 3UKUB 4J2AA 3O3HA 2P9LB 3EEQA 3KJVA 3VQEA 1GLBG 3BY5A 5AFUH 3V1RA 1Q18A 4CGIA 1TKXA 4H4MA 3BEXA 3VQQA 5M1FA 4H0TB 3VQ8A 2WBNA 4A5AA 3SAFA 3ZX2A 3VERA 3L2WA 1JLGA 3CERA 3CFOA 5KRTA 4RW8A 3NVMA 4ELTA 3CHWA 4C8NA 3SUQA 4OKJA 4CHOA 3RVCA 4BRCA 1RT1A 2W40A 4CHPA 2HMIA 4JK9A 5AQTA 3QETA 4AHRA 4GVMA 3ALYA 4AH9A 4H0XB 3KKRA 3NF8A 1Q7YO 5CYMA 2VGMA 1DT9A 4BRMA 5J2QA 3MEEA 5EY4A 4BC2A 3QNNA 2Z1HA 3NVKA 3ISNC 1BISA 3C7NA 1NJZA 1ZBHA 4XH5A 3BZCA 5EX5A 4JI8K 2HNZA 5CHIA 3EZ5A 2E6LA 5J2NA 1MWKA 4FWNA 4DTMA 1WSFA 5D3GA 3P4IA 2W42A 4CJKA 3T1HK 4W5NA 4RW9A 4B3SK 4B9UA 2HBMA 1VRTA 4O0JA 4YOTA 1VQ7N 3LP1A 5EU7A 3QMLA 4BG9A 4Y1DA 1DTQA 2FSJA 4DV4K 4CJVA 3CJ7A 1BA1A 5CE3A 1B9FA 5M1QA 1YAGA 2Z1JA 3VESA 5TKWA 5HP1A 3SAGA 1K73O 3KZBA 2F4VK 1J5OA 3EO3A 4OJRA 5AQWA 1K8KA 1QQCA 1VQ9N 4BR9A 2W6KA 3P31A 4JRQA 3LDNA 3L2UA 3VTHA 2HHUA 1HJRA 2E6MA 2A41A 4BRPA 3HO1A 3VA0A 3P38A 4IJAA 2GTDA 5C25A 2KFNA 3JSMA 1ATNA 2KKZA 3ZSQA 4FSVA 2VG5A 3AVKA 4PUOA 1O13A 3LWMA 4M7YA 1YHQN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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