4FWRA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with cmp
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 129
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwrA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwrA02
3TU5A 3F9MA 5AQIA 2HMPA 3U8XA 3D2EA 3O1BA 3MDQA 4EIAA 4WQ4A 2F9WA 4H0YB 1K8KA 3VGMA 4QS9A 4FWSA 4IXCA 4FPBA 3A5LC 2P9IA 1V4SA 5EX5A 3D2FA 4BVPA 3BUZB 4FPAA 5EVZA 4DCHA 2FLOA 3CIPA 1ATNA 3IUCA 3HM8A 5AQFA 5JMVA 3W3DA 1HUXA 3D7EO 3VETA 1V4TA 4M7XA 1BUPA 3I8BA 2ITMA 4IO8A 4F9OA 2P9KA 2ZF5O 1YXQA 5AQWA 5FPMA 5AR0A 2YI1A 1NGHA 3CI5A 1KAXA 3AARA 4B9QA 4BRMA 2QWOA 1ZXOA 1TUYA 3WXJA 4JAXA 4H5VA 4BRKA 4GY2B 3QBWA 5AQZA 1ESVA 1JCEA 1DGKN 3WXKA 3ZEUB 3ATUA 4M63C 4BR5A 3ATVA 3VEXA 2D1KA 4H5RA 4H0VB 3VF2A 4FWLA 3ZX3A 2P9LA 3DAWA 4IJNA 4FOIA 1MWMA 3CJ1A 4BRCA 3BEXA 2YHXA 3CJAA 1EQYA 3FFKB 5AQNA 5AQJA 5JICA 4B1VA 4JD2A 3UKUB 2P9NA 4FOEA 4RTFD 2ZWHA 3I33A 4BC2A 4BGBA 2E1ZA 4BROA 1Z6RA 3DXMA 2KHOA 2NZTA 1ATRA 1Z05A 5AQLA 3UKRB 2I7NA 5FPNA 2V7ZA 3L4IA 1BU6O 4BRLA 4XH1A 2VCPA 2A3ZA 2GWKA 3SMPA 3WQUA 4CZLA 3C7NA 4CZGA 3FZKA 3HBTA 1GLLO 3VF4A 3WT0A 1NGGA 1XUPO 2GELA 2P9SB 4LC9B 4J8FA 1GLEG 3CJ7A 2IVPA 4BC4A 2A5XA 1T44A 3M6GA 4FWPA 3EZWA 4BG9A 4H0PA 4B1YB 3MCPA 2IVOA 2Q31A 2AP1A 2ASPA 5BRDA 1NLVA 1GLAG 3J8AA 3UB5A 1NMDA 2YCHA 1GLDG 2YJEA 2GUPA 2QM1A 2P9UB 4BGAA 2QW9A 5AQPA 4YDUA 4A61A 1NGDA 4KBOA 3TPQA 3QBXA 2HF3A 2ZGYA 3HI0A 2OANA 5AZJB 1TYQB 3VEOA 5AQTA 1ZC6A 4I6MA 3C0BA 2QWNA 3O5BA 5AQUA 3LDNA 1JCGA 1ZBSA 2FXUA 3H1QA 4BC5A 4O8KA 4C23A 4CD3A 5AFUA 1BDGA 1P8ZA 5AQSA 3DWLA 5AQVA 2E88A 3WXLA 4BRPA 5E26A 2IIRA 1QHAA 3LDQA 3M1FA 3ZETB 4DQ8A 1HPMA 4FSVA 5BREA 1LOTB 3KHYA 4IZ9A 3AY9A 1NM1A 2VYPA 4BC3A 1NGFA 1KAZA 3VENA 3H3NO 3R8EA 1GLJO 5EY4A 4CI6A 2FSJA 5B8HA 4CZKA 5BRFA 5AQHA 4IWVA 5AFUH 5BPMA 5JLHA 2EWSA 1ATSA 2NLXA 3DXKA 4H5WA 2A42A 2CH5A 2ASMA 1OKJA 1E4GT 1MWKA 2CGKA 4EHTA 4BRNA 2ZGZA 2GEMA 4CZEA 2PBDA 2VWBA 4BR2A 4CZJA 4BRAA 3IMXA 4QS7A 2J4RA 1XQSC 3U4LA 1SZ2A 3FZHA 3G25A 1U6ZA 4HTLA 4ISFA 3VEZA 4B1ZA 4BR4A 2W40A 3LDPA 1NWKA 3A5OC 3FLCO 2A41A 1DEJA 3B8AX 1RFQA 3M3ZA 5LY3A 3A0IX 3FZLA 5AZIA 3WEEB 3O1WA 2P9PA 4WQ5C 5AQMA 3A8YA 2QWRA 1IG8A 4A62A 1WOQA 3LM9A 5LJWA 5JLFA 1XC3A 1DKGD 3D2EB 3ZX0A 3EKSA 1QQMA 4HWIA 1KAYA 2CGJA 3O6WA 4H03B 3GG4A 3VEYA 5F0XA 4AM6A 1K8KB 3EKUA 4MLHA 5AQGA 3U9ZA 3CJCA 3GBTA 2A6AA 3VF6A 2P9IB 3D2FB 2PAVA 3R9PA 3MN9A 1NGCA 4WQ4C 1TYQA 4JHDB 4BR9A 3LDLA 3VERA 4BRDA 3QFUA 3AAPA 3CJ9A 4BRQA 1SAZA 4H5TA 1NGAA 1Q18A 4H0TB 2DPNA 2P9KB 2FF6A 2H3GX 5CE3A 3VPZA 4RCHA 5ELZA 1BOTO 3CETA 1IJJA 5BRHA 5FPEA 3QFPA 4RWTA 5I9EB 1C0GA 1NGBA 4ISEA 1WUAA 1NBWA 1QQNA 2AA4A 1S22A 3LL3A 2QXLA 3VEWA 2BUPA 5TKYA 1CZAN 4MLEA 1GLFO 4K41A 4K43A 2E2PA 2HOEA 4Y0WA 3U9DA 1HLUA 4CD1A 4BR7A 3HTVA 3MN6A 4BREA 4FL9A 4FWKA 2P9LB 3HZ6A 3SLCA 5LJVA 2D4WA 3ZEUA 1JCFA 2GWJA 4K42A 5EXWA 4BRGA 4PL7A 3WQTA 1S3XA 1G99A 4JD2B 2Q0UA 2P9NB 1RGIA 2D0PA 1NGIA 3LDOA 3W0LA 4WQ5A 5BPLA 4Z94A 3VEVA 3ENHA 1BG3A 4BQLA 1U2VB 2QWQA 3VGLA 1BA1A 4CZFA 1BWFO 3BF1A 3DXMB 3OHRA 3EN9A 3UKUA 3WEEA 3MN7A 3ZX2A 2E1YA 4H5NA 4CBUA 2Q1NA 2WUSA 1GLCG 2Q2RA 3RSEB 3JXUA 5KQDA 3VOVA 3P4IA 4GNIA 2FF3B 3FZMA 3C7NB 3UKRA 3ULEB 3H6EA 4DHYA 4FWOA 3L0QA 4A2AA 3UE5A 3CQYA 2FSKA 4BRIA 2UYTA 5EOYA 5BN8A 4XEIA 2E20A 4JHDA 5AQQA 1RDWX 3GOIA 4CZHA 1HX1A 4JNEA 3O4WA 4FWRA 2CH6A 3QMLA 3KZBA 4K25A 4EFHA 4CZMA 4FWQA 1YAGA 4CZIA 2P9SA 4L3QA 2E2OA 4ISGA 1QZ5A 3BP8A 4IJAA 3O80A 1X3MA 3O08A 3DJCA 4JN4A 4DB3A 3ID8A 4FO0A 2E8AA 4PKIA 4BG8A 2F9TA 4XH5A 3SJHA 1X3NA 3L6QA 4O5FA 3CQXA 3VGKA 1BO5O 5KPRA 4A2BA 4PKGA 3H46O 4EAHD 2D0OA 2GTDA 4H0XB 5F1XA 2A40A 2ASOA 3LM2A 3CERA 2HF4A 2P9UA 1E4FT 3FR0A 4B1XB 4YDUC 4I6MB 4XH4A 2Q36A 3MK6A 3WUHA 3BF3A 3SK3A 3GDQA 4QS8A 1HKGA 5F2RA 3EO3A 1GLBG 5AZJA 2YHWA 5KQ8A 2QWLA 4EHUA 5ADXA 1NGEA 1HKCA 1U2VA 4B1UB 1LCUA 2YHYA 3QICA 3MMVA 3SMSA 3CHWA 4E1JA 3JS6A 2FSNA 1HJOA 1QZ6A 1TUUA 3IDHA 1J6ZA 4BRHA 5AQYA 1Y64A 2W41A 2Q0RA 1HKBA 2QWPA 2V51B 3HSCA 3GL1A 3ZETA 2YJFA 5AQKA 3DXKB 3RSEA 5AQRA 3FE1A 1BA0A 5ADXH 1D4XA 3ENOA 1YVNA 2E2NA 4BR0A 1KXPA 3KVGA 5BPNA 5BR9A 3R6MA 3ULEA 2BTFA 4B1WB 4MO4A 4BRFA 3O8MA 5KPTA 1H1VA 3EL2A 5E84A 3MN5A 3WXIA 2CGLA 3H3OB 1T6DA 3CJBA 3QB0A 5AQOA 2Q97A 3A5MC 4PKHA 2QWMA 1YUWA 1MDUB 1T6CA 3H1VX 3H45C 3S41A 5KPZA 4CJ7A 3A5NC 3FGUA 4CBWA 3VESA 4NB4A 4PL8A 2I7PA 1C0FA 3AAQA 4NO7A 3FZFA 1MA9B 4WYBA 5AQXA 5AZIB 4BQZA 2P9PB 1R59O 1SQKA 4MO5A 2NRHA 2E2QA 1QQOA 1X9JA 2V52B 2V7YA 3GE1A 2IVNA 3QDKA 4FWNA 4BVOA 5BN9A 5FPDA 4M7YA 4H0OA 4CBXA 1NGJA 4FWMA 3IFRA 4AM7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK0A 3QO9A 1NK7A 3VTIA 1OH5A 3TTFA 4OKJA 1YI2N 2KKZA 3VQCA 1YJNN 1K8KA 4DV3K 1TL1A 4FWSA 4FLTA 2UU9K 4M42A 4FK2A 4FPBA 5CY4A 1KD1O 2G8UA 4LFBK 3F5TA 4EP4A 2GUIA 1L3TA 2F4VK 4DCHA 4B3MK 3ZT1A 3AO3A 1ATNA 3IUCA 5AQFA 2O8EA 5JMVA 3W3DA 1BIZA 1V4TA 4F9OA 4IO8A 2P9KA 3C95A 3P38A 4I2PA 4CIGA 1C1AA 2QTDA 5FPMA 2YI1A 4OKEA 2JWLA 4DQPA 4JAXA 3CC2N 4CGDA 3TABA 1LW2A 4H5VA 5DMRA 3QBWA 3SUQA 3WNHA 2OZMA 1S9EA 1EXQA 5KGWA 2YKNA 3EEQA 2HHTA 1DGKN 3WXKA 3ATUA 4F3TA 1JJ2M 1WNSA 3I56N 4CK3A 4H5RA 4FWLA 3ZX3A 2RF2A 2F7TA 1BISA 3CJ1A 4CF2A 1WLJA 1U04A 3NH2A 2NRRA 3G0ZA 3CJAA 1EQYA 4NXNK 3V9WA 2OYQA 1S9GA 1LW0A 3UKUB 2P9NA 4DV1K 1NU0A 4CJPA 3NVMA 4NLBA 3I33A 4BGBA 5C15A 5CHIA 2NZTA 2XHBA 2KFZA 3AVNA 1KFSA 3KK3A 5AQLA 5FPNA 1BU6O 4J2AA 4HHTA 4CGIA 3T1HK 1T05A 2GWKA 4GV9A 1ZBUA 3C7NA 4CZLA 3DLLL 4FXDA 1ZBIA 5HP1A 1NK9A 3LP3A 4N56A 4FM1A 3MXJA 2B4JA 1NGGA 4Y1DA 3CPEA 4J2BA 2FBTA 2RKIA 3CJ7A 1NG9A 5C24A 4DS4A 4DFJA 1T44A 5CZ2A 3SQ0A 2G8KA 1JLCA 3CC4N 1O13A 1S72N 4C8OA 1IBLK 1N33K 3MCPA 2IVOA 1TV6A 4CK1A 2AP1A 2QKBA 3UB5A 4FVMA 4E7JA 3OVNA 3CMEN 3LZJA 3CG7A 3DYAA 3THWA 2HW3A 2E6MA 3CFOA 3QBXA 2HF3A 1EETA 3ZSZA 3LWLA 3VEOA 4FJXA 3C0BA 5AQUA 4X64K 3LDNA 3RR8A 1D8YA 3O9SA 4H4OA 2HBMA 1RBVA 3LALA 4O8KA 4X65K 4CD3A 3K0SA 5JVHL 2UUBK 2UUCK 1P8ZA 1NKCA 3DWLA 2E6LA 5E26A 3VQ5A 3TAPA 1WSIA 1L3VA 1KSPA 1A5VA 1UWBA 4FSVA 5GAHP 3ZSRA 1VSIA 3KHYA 4IZ9A 3AY9A 4O0IA 2VYPA 4BC3A 3L3VA 1KAZA 5M1FA 3SPZA 1RBTA 4CI6A 2FSJA 1Y97A 3AVCA 5B8HA 3VA0A 2GBZA 4DFPA 4J2EA 4KREA 2I5JA 1ATSA 4H5WA 4B3RK 1SKWA 1OKJA 1QSSA 1U47A 2HB5A 1RCHA 1OVQA 3TR8A 4K8XA 4O55A 1HPZA 1KTQA 4BRNA 3NGIA 1WBDA 3RMBA 4LD0A 2J4RA 2FBVA 4DR5K 4HTLA 4DTXA 1IKXA 3HRGA 1ZYQA 1NWKA 4BACA 4WE1A 3AVJA 4DV6K 1RFQA 2KLAA 4ZHRA 4ELVA 3FZLA 2Z1IA 3WEEB 3O1WA 5GAGP 4WQ5C 1J53A 3AGKA 2QWRA 4A62A 2QEXN 3LM9A 3OYEA 3N4PA 2OPPA 1DT9A 3VQ4A 1XC3A 1DKGD 1VHXA 3EE9A 1WAJA 1EO1A 4HWIA 2CGJA 3GG4A 1RDBA 5F0XA 1Q7YO 1I3AA 4KTZA 4AM6A 1K8KB 3SBGA 4MLHA 3WNFA 4R5PA 4YOWA 4FJJA 3VF6A 3J7ZO 2D0BA 1TYQA 3L3UA 2O8EB 2DFFA 4BRDA 3AAPA 4CF1A 1Q82O 3OS0A 2HNYA 1NGAA 2XY8A 4CJUA 2HMIA 2P9KB 3ISNC 4UQGA 5ELZA 5BRHA 1A5XA 5FPEA 3QFPA 4O8UA 1C0GA 1NGBA 1E3MA 1NBWA 4LF9K 2AA4A 3T1YK 4CEDA 5IWAK 1DTQA 4GVEA 1IKYA 3O3GA 4Y0WA 4CEFA 1U4BA 5HRPA 3I0RA 2Z1GA 3HPOA 4E7LA 5LMNK 3HZ6A 5LJVA 2YNIA 3ZEUA 2QXFA 1YVUA 4ILJA 4CW7B 4ICLA 4JS4A 2P9NB 2D0PA 4BWJA 2WOMA 3LPUA 2YHBA 5BPLA 3ZT3A 3ENHA 1U2VB 4M3RA 3CCMN 2F96A 3NAEA 2YKMA 1REVA 2WUSA 2Q2RA 3KWGA 3QINA 1S1WA 3ULDA 4GNIA 2AJQA 4DSEA 3C7NB 4OPJA 2G8VA 2IOCA 4LY7A 3OYDA 3H6EA 5C0YA 4ZTJA 1IBMK 3CQYA 2FSKA 2UXBK 2UYTA 3ZSWA 1CZ9A 4CHYA 3HPGA 1RDWX 1C0TA 3MXMA 4CZHA 1HX1A 3OYGA 2ETJA 2KZZA 4JNEA 4F3OA 3SUNA 3KZBA 4CZMA 4FWQA 1YAGA 4FM0A 3OBWA 3O08A 4JN4A 3DJCA 5HBMA 4DB3A 1T03A 3M5RA 3TTDA 3ID8A 1LAWA 4DQQA 3NF6A 3DRPA 1HMVA 4B3OA 2BDPA 4CJLA 3PIOL 4AHCA 4TSXA 1OH7A 3KKRA 1K8AO 4FJGA 4I7FA 2GX9A 3L6QA 4IBNA 3I0SA 1BO5O 5KPRA 4BE1A 4A2BA 4F2RA 5F1XA 4W5OA 4H0XB 4FJNA 1QHTA 3CCUN 3M8SA 4LF5K 1BQNA 1E4FT 3MK6A 2B5JA 3SK3A 3GDQA 2HVHA 1T3VA 5F2RA 1CZBA 1S1XA 2YHWA 2QWLA 5ADXA 1HKCA 1RBUA 1TKDA 4CJ5A 1LCUA 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3TANA 1IKWA 1BCMA 2A3ZA 3SAGA 3SJJA 3SMPA 2ZJQL 2O4GA 1WSFA 4DTJA 4MQ3A 3V81A 3VF4A 4YHHK 3TWHA 3E1YA 5M1NA 4JRQA 4LC9B 3P31A 1S5JA 2IVPA 4A5BA 3B6OA 3AGRA 4OKKA 3OTOK 3OYKA 4H0PA 4KI6A 3VN5A 3MEDA 3E9LA 4L8RB 3L2QA 4E7KA 2O8FA 3E66A 4Q5VA 4DV7K 2Q31A 4CJWA 4DV2K 2YCHA 1GLDG 4B8CA 1S6PA 5I42A 2GUPA 2QM1A 4GMJB 1X9SA 4JK7A 4BGAA 2QW9A 2O8BA 4JKCA 1NGDA 4KBOA 1LWEA 3K9JA 2ZGYA 5D3GA 5LMUK 2OANA 3L2UA 3J7AP 4FJMA 1NJYA 1KFDA 2DTUA 5JS1A 5DM7L 1QQCA 4IEIA 4CJSA 1BL3A 1VQ7N 5FLXO 5GIPA 4CJKA 1JCGA 1ZBSA 2FXUA 3H1QA 4C23A 5MLCQ 2ZM6K 4FLUA 5AQSA 3DRSA 2E88A 3FFIA 4CGHA 2IIRA 3LDQA 3M1FA 1HPMA 1NM1A 3PY8A 4DSLA 2HHVA 3HP9A 4Q0BA 4JKGA 4IWVA 4NYNA 4B9TA 3UIQA 2A42A 2CH5A 3TI0A 4KH6A 1SUQA 3HOSA 5C2DA 1E4GT 3CF5L 1MWKA 1BHLA 3NH1A 4EHTA 3NVKA 2GEMA 3ZSQA 3B6PA 2GV9A 2UXDK 4BRAA 3CCQN 1C1CA 3G25A 4M3YA 1U6ZA 4JI6K 3LDPA 2WTUA 4LF7K 2Q3SA 3R1XA 1W0HA 4JYAK 4KB0A 3A5OC 4UY8O 1CXQA 1DEJA 3B8AX 2UUAK 5AZIA 3NHGA 4DV4K 4RG8A 3A8YA 3RMCA 5C25A 4IFVA 1WOQA 5LJWA 4KH4A 5E41A 3IRXA 1N34K 3ZX0A 4OPHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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