4FWRA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with cmp
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 129
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwrA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwrA02
3GG4A 4M7XA 1T6DA 2QW9A 5ELZA 3CIPA 1U2VB 2P9KA 4B1WB 3UE5A 1D4XA 4H03B 3VF4A 1GLCG 1MDUB 3MN5A 4BRDA 4FSVA 5AQTA 2Q0RA 5I9EB 4RWTA 3MMVA 4K41A 3WXJA 4BRCA 1HLUA 2GELA 1TYQB 1C0FA 4HTLA 2Q36A 3ULEB 4J8FA 1KXPA 2QWOA 3FFKB 4CZIA 1HPMA 2IVNA 2CH6A 1KAXA 3ENHA 4JAXA 3FR0A 3A0IX 4I6MB 3VF2A 4JD2B 5AQVA 1HKGA 1BUPA 2VYPA 1QZ6A 2HF3A 3FZKA 1NBWA 2UYTA 3WQUA 3O1WA 1KAYA 3QFUA 2CGKA 2A41A 5AZJA 4XH4A 5F1XA 2ASMA 4MLHA 3IFRA 2NZTA 4PKGA 4C23A 2V7YA 3D2FB 2GEMA 5FPEA 3QB0A 2GWKA 4JN4A 3W3DA 2P9NB 4CBWA 3VGLA 4WQ4A 4Z94A 2Q1NA 5BN8A 1ATNA 2FSJA 4O8KA 1NGCA 4BRKA 3WEEA 2YHXA 3GE1A 3BEXA 1BWFO 2PAVA 3FZMA 1BA0A 3VOVA 3HBTA 3O1BA 2P9LB 1GLDG 4JHDB 1QQOA 1NGFA 4LC9B 1Z05A 2YCHA 3ID8A 3EN9A 1MWMA 2P9PA 4H5TA 4RTFD 2I7NA 5JMVA 4BR2A 2HF4A 1GLAG 3ATUA 3FLCO 2E1YA 2ZWHA 2IIRA 5EX5A 2VWBA 1H1VA 2A5XA 2AP1A 5AQZA 4MO5A 4CZLA 3D2EB 3RSEA 3FZHA 4XEIA 4CZGA 3UKRB 5KPTA 3VGMA 1T44A 1HX1A 4WQ5A 1GLJO 5ADXH 5BRHA 5BREA 3O5BA 1X9JA 1Q18A 4EHTA 4EAHD 3QICA 4YDUC 2D4WA 1TUYA 1RDWX 4BGAA 3IMXA 3BP8A 1HJOA 2IVOA 3CJAA 1BOTO 3O80A 4DB3A 3M6GA 3ZEUB 4QS9A 2PBDA 5AQNA 4PL7A 3MN9A 3M3ZA 2ITMA 4B9QA 3LDLA 1IJJA 4BQZA 3KZBA 3R6MA 4BR5A 5F0XA 2FF3B 4AM6A 3QFPA 2A42A 4BR7A 4IWVA 4A2BA 1MA9B 2E88A 3UKUB 2GUPA 3WXKA 5AZIB 1YVNA 4FO0A 3VPZA 3IDHA 2A40A 2FSKA 2YI1A 4H0YB 3GDQA 4IJNA 3C0BA 4BG9A 4CBUA 4BRPA 2QWMA 1TUUA 2BTFA 3VENA 4A62A 1Z6RA 4BQLA 1GLLO 1S3XA 2D0OA 3BF1A 2W41A 1U2VA 3U4LA 5LJVA 4DHYA 4PL8A 3AAPA 1XUPO 1BU6O 2FLOA 4H0TB 2FF6A 4WQ4C 5ADXA 5E84A 4BRQA 2A6AA 4FWKA 3H45C 1TYQA 3ZX3A 3WUHA 3ULEA 2DPNA 4EHUA 1NWKA 4DQ8A 1NGHA 2F9TA 3MN6A 1QZ5A 2VCPA 2QWPA 4QS8A 3UB5A 4JD2A 3KVGA 3AY9A 3SMSA 1NGAA 2A3ZA 4IO8A 2D1KA 3CERA 3VEYA 2E20A 3DXMB 3D2FA 3CJCA 1E4GT 3AAQA 4BREA 4NB4A 3GL1A 5AQWA 4H5NA 2QWNA 2E2OA 4B1XB 4CZEA 2P9NA 5AQSA 3LDPA 4F9OA 4GY2B 3SLCA 5AQOA 4BRNA 3MK6A 5AQLA 1MWKA 4BRFA 5B8HA 3HTVA 1U6ZA 2V51B 3OHRA 4CBXA 1K8KA 5EXWA 3H1VX 4WQ5C 2P9SB 3FGUA 2QWRA 2CH5A 2D0PA 5AQMA 5KQ8A 4H5WA 4ISFA 1KAZA 2P9LA 1RGIA 4JHDA 1OKJA 4Y0WA 5AQRA 1SZ2A 5F2RA 3LM2A 3ZETB 4BVOA 4O5FA 1R59O 3FZLA 1XQSC 4FWOA 3QBXA 3BF3A 3G25A 2KHOA 2P9IB 2EWSA 2Q97A 4BRHA 2YJEA 4CD3A 5AFUA 5FPMA 3GBTA 3W0LA 3HZ6A 3D2EA 2CGJA 4WYBA 3EKSA 1P8ZA 3UKRA 5AQKA 1YUWA 2HMPA 4CZMA 1ZC6A 5AQIA 3LDNA 2AA4A 4CZHA 3CJBA 4B1UB 3A5LC 3L0QA 1DGKN 1NGGA 4B1ZA 4XH1A 5AQUA 4FL9A 4A61A 3I8BA 3HSCA 2Q0UA 3ZEUA 3CJ9A 4HWIA 4IJAA 1ATSA 5TKYA 3HI0A 1ESVA 1QQNA 4CD1A 1S22A 3VGKA 4EFHA 3SK3A 5FPDA 1DKGD 2J4RA 3C7NB 3VESA 3JXUA 2W40A 3R8EA 5BRDA 3UKUA 4FOEA 5JLFA 1CZAN 5AZIA 1NGIA 1T6CA 4H0PA 3VEWA 1RFQA 4K43A 2P9UB 3A8YA 5AQGA 4BC2A 3QMLA 4MO4A 3SMPA 4IXCA 1Y64A 4BC4A 5EOYA 4CZKA 1J6ZA 1GLEG 2ZF5O 3P4IA 4BR4A 1G99A 3GOIA 4K25A 4DCHA 4H5RA 3DAWA 1NGEA 3DXKB 2FXUA 1NGBA 2IVPA 4BGBA 2QXLA 3O08A 1NLVA 2F9WA 3HM8A 4CZFA 5AFUH 3ZX0A 2E2NA 2Q31A 4BR0A 3L6QA 4YDUA 2Q2RA 4PKHA 4ISGA 4L3QA 4BRLA 4BRIA 2I7PA 5KQDA 1JCFA 3CQYA 3WXIA 2OANA 1X3NA 3VERA 4FWSA 4CJ7A 2GWJA 5AQPA 4I6MA 3O6WA 5E26A 3TU5A 3TPQA 2P9KB 3CJ7A 2HOEA 1GLBG 3WT0A 1V4SA 2ASPA 3DXMA 1SQKA 3LDOA 4ISEA 2V7ZA 2YJFA 4KBOA 5AQFA 5AQXA 4IZ9A 4H0OA 2H3GX 5FPNA 4B1VA 3S41A 5BR9A 1NGDA 4EIAA 2P9SA 3J8AA 3M1FA 3CETA 1NMDA 4RCHA 4H5VA 1GLFO 3A5MC 3H6EA 3I33A 3SJHA 3D7EO 5EVZA 3H3NO 4FWNA 3ZETA 5BRFA 1ZXOA 3MCPA 5AZJB 4H0XB 3VETA 4BG8A 3FE1A 1JCEA 5KPZA 5LY3A 1EQYA 3L4IA 3EKUA 2P9IA 2BUPA 4MLEA 5BPMA 3H3OB 2E2PA 3BUZB 1K8KB 3LDQA 2ZGZA 2ASOA 5AQJA 3VEVA 3WQTA 4E1JA 4H0VB 3B8AX 3KHYA 3WEEB 5JLHA 4BC5A 4FOIA 2E2QA 2YHYA 4FWRA 3U8XA 3H1QA 2GTDA 3VEZA 1DEJA 2NRHA 2FSNA 3DJCA 1HKCA 1QQMA 4BVPA 2WUSA 5KPRA 2P9PB 3A5NC 3AARA 3ATVA 4FWLA 4GNIA 5AQYA 5BPNA 4CZJA 2QWLA 3A5OC 5AR0A 3ZX2A 4FWMA 2YHWA 3WXLA 1C0GA 3FZFA 3QDKA 3RSEB 1WOQA 3O4WA 5BPLA 3C7NA 3H46O 2E8AA 3EZWA 3ENOA 3VF6A 4BC3A 4FWPA 1V4TA 1YXQA 4JNEA 3DWLA 1XC3A 4XH5A 1BG3A 1X3MA 1LCUA 1ZBSA 1IG8A 3U9ZA 1NM1A 2E1ZA 4B1YB 4BR9A 2P9UA 2QWQA 4FPAA 3MDQA 4M63C 3LL3A 3VEXA 4PKIA 1WUAA 3MN7A 5JICA 2V52B 3JS6A 3IUCA 1E4FT 1JCGA 1YAGA 5AQQA 4CI6A 2NLXA 3EL2A 3LM9A 3R9PA 3CJ1A 4K42A 3DXKA 1BO5O 3CQXA 4BROA 2ZGYA 2QM1A 3U9DA 5LJWA 3O8MA 5EY4A 4FWQA 5CE3A 1QHAA 3VEOA 1NGJA 1BA1A 3QBWA 4NO7A 1BDGA 1LOTB 1ATRA 3F9MA 4M7YA 5BN9A 1HKBA 4A2AA 4BRGA 4FPBA 4QS7A 3CHWA 1HUXA 1SAZA 5AQHA 4AM7A 3CI5A 4BRAA 2CGLA 4BRMA 3EO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVKA 4M7XA 1YTUA 2QW9A 3EYZA 3P38A 3TAMA 2E6MA 3TAPA 4KAZA 1D4XA 2G8IA 1GLCG 4FJLA 1L3TA 4EP4A 4ID1A 4FSVA 2Q0RA 4CJRA 3AVHA 3WXJA 5GINA 3S9HA 2GELA 1TYQB 2XRIA 1NKBA 1FW6A 1KXPA 5C12A 1EWQA 3VF2A 3A0IX 2DFHA 4DQIA 1JLAA 4EZ9A 4DV7K 1NBWA 2UYTA 1JLQA 3QFUA 2A41A 3OTOK 2ASMA 3KLHA 4DTOA 5FPEA 2GEMA 4CW7B 3IAYA 4OLBA 2GWKA 3L2UA 1IKWA 4DLEA 1OH6A 4Z94A 4RW9A 1LWEA 1NGCA 4BRKA 2OPQA 4NYNA 3GE1A 3QIOA 4ZHRA 3VOVA 4OPJA 1HNWK 1VQLN 4LC9B 1Z05A 1BGXT 2HVIA 3NH1A 1SUQA 3DOKA 5KGWA 3SUQA 2QKBA 2HHVA 4E19A 4H5TA 4RTFD 2I7NA 1TKDA 5CYMA 4CGDA 5T7BA 2KQ2A 1TKXA 2X78A 1I39A 2QA4N 5IT9O 5AQZA 3AVIA 2A1RA 5HOOA 3RSEA 3HP9A 1G15A 1HNZK 1TVRA 1RNHA 1ITGA 2KLAA 4TSXA 4ILJA 5ADXH 3O5BA 2XY7A 1WAJA 1RDAA 1RDWX 4I9QA 1VSMA 3BP8A 1IBKK 3O80A 4JS5A 3M6GA 5AQNA 4X64K 3ZSXA 4CJUA 3CPEA 3L2VA 4B9QA 4B9VA 1IJJA 4BR5A 3SBTA 1ZBUA 3S3MA 4AM6A 4PQUA 1X1PA 4YORA 3CM5A 1NK7A 2E88A 1WSIA 1T8EA 4B3RK 3WXKA 5AZIB 3VPZA 4BY9C 5KGXA 3KK7A 3GDQA 3O9TA 3WNEA 1IBMK 3TSUA 2BTFA 3VENA 2VG7A 3AVBA 3R1XA 3LP0A 3J7ZO 4YFUA 2D0OA 1QSSA 3OYJA 2UXBK 2B4JA 4B9MA 3P31A 4YNQA 1KCFA 2DFEA 5ADXA 3HSTB 5E84A 4BRQA 4E7JA 2A6AA 4FWKA 3H45C 3PUFA 3ZX3A 3HL8A 4M3RA 4FJIA 5D3GA 2D0CA 3EE8A 4A59A 1EXQA 3CQ8A 1QHTA 5M1FA 2RF2A 2QWPA 3WNGA 2G8UA 4PWDA 4BACA 4JD2A 3S3OA 4YOYA 4KV8A 3AY9A 4IO8A 1Q82O 2FBTA 1RT5A 3QERA 3KKRA 4FLXA 1WSFA 3CCRN 5SWMA 3S3NA 4CHQA 1HRHA 3B6PA 3BZCA 4H5NA 3L2RA 5AQSA 4F9OA 1KC8O 4GY2B 1Q9XA 5AQOA 2YKMA 1MWKA 4BRFA 2Y1IA 1U6ZA 2V51B 4X65K 1YJNN 2G8HA 3V81A 3FGUA 2CH5A 2D0PA 1VQ8N 3ZSRA 1BHLA 1VK0A 3L3UA 4FJ7A 2P9LA 1YJWN 3LM2A 4KHPK 5M1PA 5DM7L 1HYVA 3QBXA 3G25A 5A2QO 4CD3A 2Q97A 3WNHA 4KH4A 3EKSA 1P8ZA 4LSLA 4LF6K 1L3UA 3MWPA 1TAUA 4CZMA 1JL1A 3OVNA 3DLLL 2AA4A 2PZSA 3CJBA 3RRGA 1EP4A 3AGKA 1TL3A 1NGGA 2D5RA 4XH1A 4B9UA 4I7FA 3RTVA 3NF6A 2YNFA 2Q0UA 4GMJB 4RW7A 3THXB 3MX2A 4HWIA 4IJAA 1ATSA 3V4IA 3HI0A 1C1AA 1ESVA 3AA5X 3BY5A 1VQ6N 3SK3A 1J53A 3QNOA 3V9XA 4DR7K 4B9SA 3O3GA 4FZXC 3LALA 3UKUA 4FOEA 5JLFA 4JRPA 1EO1A 3PSFA 3C6HA 1XHZA 1RFQA 1O13A 4DMNA 1VRUA 3TI0A 3D0PA 4IXCA 1JLEA 1Q86O 4EP5A 1HPZA 3P4IA 3ZSQA 1DTTA 3GOIA 4H5RA 3CFRA 5LMNK 1NGEA 1NJZA 4BGBA 2QXLA 1NLVA 3Q7CA 2DFFA 3MECA 2E6LA 5AFUH 2E2NA 3ZX0A 1NK0A 3QEVA 2O8CA 3TAGA 3SQ1A 4CIFA 4N56A 4BRIA 4K8ZA 2I7PA 4HCCA 4JKEA 1C6VA 3OYDA 2OANA 3MXMA 3VERA 4CJ7A 2GWJA 4E7KA 1XMQK 4CFCA 4F2RA 3O6WA 3CCJN 1J5OA 2W6LA 1WB9A 2XO7A 4JEPA 2P9KB 1SV5A 2HOEA 1S6QA 4FJNA 3J7YP 5JVHL 4M3UA 3HP6A 2YJFA 1N33K 5C25A 3SAGA 5SZTA 4H0OA 1S72N 3CPWM 3VQ5A 4CJPA 1JXBA 4OO1J 4CEOA 3PO5A 2F96A 4AH9A 4MDAA 1SL0A 4X62K 3A5MC 5EVZA 3H3NO 3ZETA 4CJSA 3OYHA 1VHXA 2NRXA 3KLEA 2NUBA 1YT3A 3FE1A 1JCEA 3V9WA 3L4IA 3EKUA 1Q7YO 4IOAL 4H4OA 3DRPA 3ZLJA 5CZ2A 4MLEA 5HRNA 3K2PA 3H3OB 5M1QA 1B9FA 1YJ9N 3I55N 1NKCA 3I56N 3VEVA 3WQTA 4H0VB 3WEEB 4BC5A 5MLCQ 2O4GA 3U8XA 1N32K 3QINA 1K9MO 1LAVA 1UAXA 2O8EB 1HKCA 4CECA 3C95A 5KPRA 3F73A 2P9PB 3A5NC 3AARA 3ATVA 4GNIA 4OLAA 5AQYA 1YVUA 2QWLA 1B92A 2X6NA 3FFIA 4FJ5A 3FZFA 5BPLA 4O0JA 3QNNA 3C7NA 4YOXA 4CEBA 4M41A 1S9GA 3PSIA 1W2BM 2HBJA 3HPHA 1W7AA 2Z1IA 2QK9A 3CFOA 4KHSA 4IDHA 2UXCK 4M63C 4JKDA 4DTJA 2ZE2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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