4FWSA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with ctp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwsA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwsA02
3A0IX 5ELZA 2ZF5O 2P9IB 3O4WA 4IJNA 4WYBA 5AZIB 5LY3A 3UB5A 1LOTB 4I6MB 3CJ1A 3CQXA 3DJCA 3RSEA 5AQSA 1KAZA 1U2VB 1ZC6A 1JCEA 3FGUA 5JICA 4BC3A 2E2QA 3LDQA 4BR4A 1BO5O 4JD2A 5JMVA 4JHDB 1KAYA 3WT0A 3DWLA 3SJHA 5E26A 2A41A 3MN6A 4DB3A 4BC5A 2GWJA 1U6ZA 2ASOA 3VENA 4EFHA 4BRLA 3EKUA 3CJCA 3MMVA 4PKHA 1HKBA 4BRDA 5KPZA 5BRDA 1NWKA 3H1VX 2FXUA 2Q2RA 4IWVA 4I6MA 3GBTA 2VCPA 3AAPA 4Z94A 3O80A 1U2VA 3ENOA 3MN5A 1NLVA 4H0XB 2QW9A 4ISEA 5BPLA 1HKCA 1JCGA 3FLCO 2KHOA 3KVGA 4JHDA 5FPDA 4B1UB 3CJAA 4CZMA 1BA1A 2OANA 2IVOA 2HF4A 1ESVA 4QS8A 1HPMA 2GEMA 2ZGYA 3DXMA 1TYQA 1HKGA 2Q0RA 3QBWA 3WXIA 2IVNA 1NGGA 2CGLA 1V4TA 4IXCA 4CZFA 2FF6A 2YHWA 3G25A 3ATUA 2P9PB 3L6QA 3I33A 4FL9A 3QFPA 2E2PA 4CZEA 4BR0A 4YDUA 4J8FA 4FWKA 4ISFA 3H6EA 3UE5A 3WUHA 1ZXOA 3CI5A 4BVOA 3ENHA 4RTFD 5AFUH 5AZJB 2QWMA 4H5VA 3VF2A 2E8AA 3CJ7A 3IMXA 1BDGA 4BRFA 3UKUA 2W40A 4H03B 3SMPA 4CBXA 2GWKA 4A61A 4FWSA 2D1KA 3M1FA 3H3NO 1RGIA 1X3NA 2HOEA 3GG4A 1IJJA 2F9TA 1HLUA 3O1BA 3ID8A 2P9PA 3FE1A 1GLCG 3W3DA 2YCHA 4MLHA 3UKRB 2P9LB 4NO7A 2E1ZA 3HBTA 3F9MA 4O8KA 3VGLA 3VOVA 3ZEUA 3H46O 2V51B 5AQUA 4FWLA 4BRHA 2E2NA 3VERA 5F2RA 2A42A 4ISGA 2Q1NA 1GLLO 1QHAA 3GOIA 5AZJA 3JXUA 2YI1A 3QFUA 4E1JA 3O1WA 2D0OA 3O6WA 3EN9A 3QB0A 4LC9B 4CZKA 4FPAA 1BU6O 3WXLA 3CHWA 1SZ2A 4DQ8A 4BRAA 3A5LC 1QQOA 3ULEA 4BGBA 1S22A 5BR9A 3FR0A 3VGMA 3H1QA 5AQHA 5LJVA 4CZGA 5F0XA 2A3ZA 2YHYA 3CIPA 5KQ8A 3UKRA 2AP1A 5B8HA 2QWNA 4KBOA 2NRHA 3W0LA 1NGIA 1JCFA 1Z6RA 5AQNA 5ADXA 1X9JA 3DAWA 2BTFA 4PL8A 3HI0A 4FOIA 1T44A 4H0YB 1NM1A 1KXPA 1WUAA 4A2BA 4WQ4A 3WEEB 1EQYA 2F9WA 2FSJA 3VEYA 3ZETB 2A40A 3KHYA 1QZ6A 3D2FA 1DGKN 1HX1A 4Y0WA 3CERA 2FLOA 3U4LA 1RDWX 4XH5A 4JNEA 3CJ9A 1HJOA 1S3XA 3OHRA 1K8KB 2P9IA 4BG8A 1XUPO 3EO3A 1NGDA 1ATSA 1J6ZA 5AZIA 4H5TA 4IJAA 4H0PA 3LM2A 2GELA 2D0PA 3BEXA 3ZX3A 3M6GA 1R59O 4BR7A 4BREA 3LM9A 2E20A 4BR5A 2EWSA 4AM6A 2WUSA 3LDNA 3DXKB 4RCHA 3C0BA 3R8EA 2CH5A 4H5WA 5AQXA 2DPNA 4FWQA 1G99A 3AARA 1YXQA 4XH1A 4BGAA 5TKYA 5FPNA 3ZX2A 5EVZA 3BP8A 4AM7A 4DCHA 2E2OA 2QWPA 2ZGZA 3TU5A 4K41A 1BA0A 3IDHA 4FWPA 4EIAA 3MN7A 4FO0A 1C0FA 2P9UB 1YAGA 3LDOA 3U8XA 2PAVA 1T6DA 1QQMA 4H0OA 3A5NC 5KPTA 1WOQA 4JAXA 4B1VA 1D4XA 2YJFA 1E4FT 1SAZA 4IZ9A 4H0VB 3C7NB 3WXKA 3KZBA 3DXKA 4CJ7A 2FF3B 1SQKA 5KQDA 5AQLA 3GE1A 4K25A 1DEJA 1NGCA 2CGKA 3HM8A 3VESA 4CD1A 4BRCA 3HTVA 4WQ5A 5AQWA 3O5BA 3WXJA 1LCUA 1GLJO 4K42A 5BPNA 3VEVA 4MO5A 2P9KB 3CJBA 2P9UA 3L4IA 2V7YA 1NMDA 1BOTO 4YDUC 2CH6A 4BRQA 5BRFA 2ASPA 4M7XA 4CZIA 1KAXA 1GLDG 1NGEA 3M3ZA 3AAQA 2V52B 4BG9A 5AQPA 4H5NA 1Q18A 2I7PA 5KPRA 3C7NA 3O8MA 3LL3A 1RFQA 3JS6A 2J4RA 4O5FA 5BRHA 3D2EB 3B8AX 4BRKA 1GLFO 3EKSA 5ADXH 5AQGA 3D7EO 3IFRA 3RSEB 3HSCA 1OKJA 2Q0UA 2YHXA 3U9ZA 3SLCA 4BRGA 3P4IA 4FPBA 3VPZA 2AA4A 3FZMA 3MCPA 4QS9A 2FSNA 4A62A 4B1XB 4JD2B 2P9LA 5BN9A 3S41A 4FWRA 4BQZA 5FPEA 2VWBA 3LDLA 3ZX0A 1NGAA 2YJEA 3R6MA 3WQUA 3MN9A 4BR9A 2IIRA 1MWKA 3QMLA 1DKGD 3FZHA 3VF4A 4JN4A 5AQIA 5F1XA 3MDQA 3BF3A 3VEOA 5AQRA 2NLXA 3D2EA 4FWMA 1IG8A 3GDQA 1CZAN 3VF6A 4BC2A 1GLEG 1Y64A 3VEZA 4H0TB 3BUZB 1NBWA 4H5RA 1NGHA 4HWIA 5EX5A 2ASMA 4PKGA 4CI6A 4L3QA 4FOEA 2P9SB 3WQTA 2ZWHA 3A5MC 1QZ5A 2GUPA 1Z05A 5EOYA 2NZTA 2QWOA 4IO8A 4CBWA 4EHUA 2QXLA 2FSKA 3DXMB 5AQKA 1TYQB 4CZLA 2Q36A 2QWQA 1QQNA 4CBUA 1MA9B 3VEXA 4BVPA 3WEEA 4BR2A 1H1VA 4QS7A 4FWOA 1TUYA 1X3MA 4WQ4C 3AY9A 3I8BA 1YVNA 3ZETA 4BRNA 4DHYA 2H3GX 2HMPA 3O08A 5AQTA 4B1YB 1NGBA 1GLAG 4BROA 2I7NA 5E84A 2V7ZA 4F9OA 1YUWA 1K8KA 3QDKA 1P8ZA 2P9SA 3L0QA 5JLFA 3QICA 1NGFA 5JLHA 1BWFO 1C0GA 3FFKB 5AQJA 1XQSC 1MWMA 2P9NB 5AQFA 5AQQA 3UKUB 3SK3A 5BPMA 3SMSA 4PL7A 2QWRA 1XC3A 5AQYA 2D4WA 3CQYA 4GNIA 5AQOA 3LDPA 2IVPA 2W41A 4PKIA 4BRMA 3BF1A 4NB4A 4A2AA 5AQZA 3FZLA 4FWNA 3ZEUB 4BQLA 2E88A 4EAHD 2E1YA 5FPMA 3EZWA 3EL2A 2CGJA 1NGJA 4BC4A 3HZ6A 2A5XA 1E4GT 2GTDA 1ATRA 3TPQA 5BREA 3QBXA 4XH4A 3VGKA 3H45C 5I9EB 2P9NA 1ATNA 2QM1A 1ZBSA 4B1WB 4M63C 2QWLA 5AQMA 4CZJA 3ATVA 2HF3A 4FSVA 3ULEB 4BRPA 3VEWA 2VYPA 5EXWA 4RWTA 4B9QA 1BUPA 2PBDA 4CD3A 4HTLA 5EY4A 3GL1A 3A8YA 2ITMA 5AFUA 5BN8A 3VETA 3IUCA 4M7YA 2Q31A 5LJWA 1BG3A 3H3OB 5AR0A 3U9DA 1HUXA 2BUPA 3FZKA 4K43A 4WQ5C 4XEIA 2P9KA 2A6AA 5AQVA 4B1ZA 4EHTA 1TUUA 3R9PA 1T6CA 3CETA 4MO4A 3D2FB 3A5OC 3MK6A 2Q97A 4BRIA 1MDUB 1V4SA 1GLBG 2UYTA 4C23A 5CE3A 3J8AA 4MLEA 3FZFA 4GY2B 4CZHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UQGA 1HPZA 2O4IA 3VQ4A 1UAXA 1W0HA 3CCJN 4K8XA 1WAJA 1BQNA 1O1WA 1VAZA 1LOTB 4I6MB 3CJ1A 1DTTA 3CQXA 3ZSRA 1U2VB 1JCEA 1HNIA 4CEEA 3HRGA 1KD1O 2E2QA 4ELTA 1JL1A 2P51A 5JMVA 2FBYA 1RBUA 4LD0A 4WFBL 2NRTA 3SJHA 3V1OA 4O5BA 4Z4CA 2HHXA 3CPWM 3MN6A 4E19A 3LANA 4FLZA 5M1NA 4WCEL 3VENA 1C1BA 4BRLA 4IFEA 4B9NA 1HKBA 2XY6A 5KPZA 1EX4A 2HHWA 4V19S 2OTLN 3O80A 3ZT0A 4KHQA 3HK2A 4CCHA 5BPLA 3AV9A 3QO9A 2KHOA 3SBTA 3BZCA 3KVGA 4KH6A 4KHWA 4JHDA 4IEEA 4CFDA 3J80O 4CZMA 2ETJA 1S6QA 1M1KO 2OANA 4EP5A 4QS8A 1HPMA 3DXMA 1TYQA 1HKGA 2Q0RA 3MEEA 4CJSA 4OX9K 1B92A 4C8KA 4FJKA 1V4TA 2FF6A 1HYZA 3G25A 3ATUA 2P9PB 3L6QA 4FL9A 5FRNA 4BR0A 3SUOA 2UU9K 3UE5A 1U47A 3VQ7A 3CI5A 1RDCA 4CJKA 5AFUH 4H5VA 1WSIA 2E8AA 1S1XA 3CJ7A 4NCGA 3IRXA 3CC7N 3SMPA 2E6MA 4CBXA 4B3MK 1O13A 4DTSA 3PSIA 4ICLA 1NOYA 3M1FA 1RGIA 1X3NA 1IJJA 3E9PA 1LV5A 3ID8A 2E6LA 2G8IA 2YNFA 1TKDA 3AVNA 5KGWA 2G8HA 3ZEUA 4DSKA 2V51B 4DUYK 4OJRA 2E2NA 3VERA 3SV4A 4ISGA 2Q1NA 1J5OA 2HNYA 3AO1A 3JXUA 1TAQA 3QEPA 4E1JA 5GAEP 2D0OA 2NRRA 3EN9A 3QB0A 4CZKA 3THXA 3CHWA 1C0UA 3BZKA 3CC2N 4DQ8A 2HBLA 3J7ZO 4NLBA 3V4IA 4BRAA 1QQOA 3ULEA 5BR9A 3FR0A 3VGMA 3KTQA 1I94K 3TTDA 4CHNA 3HOSA 3PV8A 1KVAA 1W9HA 4IO9L 2NNWA 3CIPA 1I39A 2NRXA 1ZBIA 4FVUA 2AP1A 3VQ5A 4KBOA 2HMIA 1N34K 4JI7K 5ADXA 3TAMA 2BTFA 2WONA 4FOIA 4ELUA 1NM1A 3BDPA 1KXPA 4DQQA 4WQ4A 4PA1A 4B9LA 4F8RA 1HX1A 4Y0WA 3O3FA 4N56A 2OZSA 4F3TA 4B3SK 3AO2A 2WFBA 3OBWA 3OJSA 1K8KB 3K58A 1RBRA 4DSFA 5AZIA 3HVTA 1KSPA 4CGDA 3OTOK 3K0SA 2G8WA 4H0PA 4UY8O 4WFAL 3OYEA 1Q7YO 1ASUA 2YNGA 3BEXA 3K59A 1RT4A 4RW7A 1R59O 2KW4A 4BR5A 3T7ZA 3OYNA 3QNOA 3EYZA 2P5OA 2UUCK 3TSPA 4AM6A 4DR1K 3TAPA 3LDNA 4JKAA 2NRVA 3O3HA 1VRUA 4FJNA 1R0AA 4JYAK 2JWLA 3R8EA 2CH5A 4E7IA 2DPNA 3AVHA 1G99A 2RPIA 3ZLJA 3DYAA 4DTJA 3O4NA 4AM7A 1CZBA 3EE8A 3TU5A 2A1RA 4FWPA 3VQDA 4EIAA 3NBPA 2PAVA 4HHTA 3MX2A 4H0OA 3NF9A 4DSIA 1YF5L 4IZ9A 4H8KA 3LPTA 5JVHL 3AVIA 1RT3A 1ASWA 3AA2A 4DTMA 4DTRA 2BANA 3GE1A 1K9MO 4H4MA 3K5LA 2CGKA 3WXJA 1LCUA 4DKWA 4KHSA 3DOLA 3VEVA 3WXMB 2Z1IA 2P9UA 2V7YA 4CGFA 1BOTO 4A5BA 2G8VA 3HP9A 1TKZA 3AAQA 4BG9A 3TR8A 1ZYQA 5KPRA 3C7NA 2J4RA 2D0AA 3MEGA 3B8AX 3BY5A 1IBKK 3U3GA 5ADXH 5C12A 3AVCA 1Q81O 3G71N 4KHUA 2YHXA 3S3OA 4FJ5A 1JLGA 3KIOA 3SLCA 4BRGA 4FPBA 2O8CA 5EU7A 3MCPA 4CJQA 1N36K 1S5JA 3PLAA 2P9LA 5BN9A 1N8RO 2A1SA 1BQMA 3G10A 3AVMA 4GW6A 5KTQA 2IDOA 4BR9A 3TTCA 4JLHA 2OPPA 1QVFM 1S1WA 4JN4A 4DV4K 5AQIA 3MDQA 3S3MA 4DU1A 4NXNK 3I0RA 5DMRA 1IG8A 1CZAN 3VF6A 1GLEG 2G8UA 1RBVA 3BUZB 4LY7A 3QLHA 1B9FA 1NGHA 2WC9A 5EX5A 4PKGA 3WQTA 2ZWHA 1TK0A 4U67L 2GUPA 1Z05A 4RG8A 2NZTA 3VA0A 4CBWA 4FK4A 1WSHA 3VQPA 4U7BA 3DXMB 4C1NI 1TYQB 3L2QA 5C10A 4BR2A 3T19A 5C42A 1X3MA 4WQ4C 3AY9A 3ZETA 1JLQA 1YVNA 3R3LA 3OYFA 1W7AA 4I9QA 3VQ6A 4DS4A 3LP3A 3HL8A 5TKWA 2O8DA 4FJMA 2YHBA 1YUWA 4OGCA 1IG9A 3G0ZA 4CIFA 1P8ZA 2P9SA 2D0CA 3QICA 1NGFA 1SL1A 5JLHA 5CYMA 3OYHA 4M3ZA 2RHKA 2O8EB 5AQQA 2HVHA 4Z4HA 2QI2A 4RW9A 4DQSA 1XC3A 3CQYA 4GNIA 2IVPA 4BDPA 5JVGL 4OLAA 2NUBA 1HYVA 3ZEUB 5KGXA 4DLGA 2E88A 5SZTA 4FZZA 5LL6Z 2F8TA 1C0TA 4YHHK 1JLAA 1NGJA 5HRPA 3V9UA 2DFFA 4HUFA 4KPYA 1J53A 5BREA 3QBXA 3DLEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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