4FWSA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with ctp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwsA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwsA02
3C7NB 3CHWA 5AQTA 2QWLA 2UYTA 3IUCA 2IVOA 4A62A 1YUWA 1P8ZA 4BVPA 2P9PB 4WQ5A 3EL2A 2ZGZA 4BGAA 4FWQA 4CZFA 4BQZA 3FGUA 5AQHA 1QHAA 3FZMA 1ATNA 2PAVA 3ID8A 3O5BA 5AZJB 3A5MC 4BRDA 5BPNA 4B1XB 4CZHA 3WXLA 2E20A 1QZ6A 3RSEB 1U2VB 2Q0UA 4CBXA 4CD1A 4K42A 1NWKA 3DXKB 4JD2B 3HZ6A 4AM7A 3KVGA 3R6MA 4BR0A 4DQ8A 1HKGA 2QW9A 3SMSA 3VEZA 1JCEA 3BF1A 3QBWA 1LCUA 2VYPA 5FPMA 4CZGA 3O08A 3IDHA 3LDLA 3D2EB 1CZAN 5F0XA 3P4IA 1IG8A 3MN9A 5JLFA 2CH5A 2VWBA 1Z6RA 2IIRA 2YHYA 2E2PA 3MK6A 3U9ZA 3EKUA 4BR4A 3S41A 3EZWA 2GUPA 1NGAA 1KAYA 5I9EB 1V4TA 1TUUA 5ELZA 4ISEA 3JS6A 3WXKA 2BUPA 2P9IA 3G25A 4B1VA 4CZEA 4L3QA 1ZBSA 3GBTA 2KHOA 3ATUA 3IFRA 1JCFA 1ZC6A 4H5RA 2FSKA 3M6GA 1HPMA 2OANA 1MWKA 1ESVA 3MN7A 4WYBA 4PKIA 3FFKB 4EAHD 2EWSA 4A2BA 4BVOA 3H3OB 5CE3A 5AQUA 3FZLA 3LM2A 4O5FA 5EOYA 4H03B 1T6DA 1HKBA 3D2FA 1QZ5A 2P9SA 2QWQA 3UKUB 1LOTB 2HMPA 1HKCA 1Q18A 2IVPA 3LDOA 4ISGA 2NLXA 3O1BA 4FWRA 4EIAA 3VGMA 4K41A 3GDQA 2E1YA 1C0GA 3VEOA 3ULEA 2YHWA 4BRCA 3ZX3A 3UKRB 3QB0A 2ZGYA 4BC3A 2AA4A 4MO4A 3A5NC 3CIPA 4XH4A 1NGIA 4GY2B 1D4XA 4BR5A 5LY3A 3WXJA 2P9IB 3VESA 1GLCG 1DKGD 2E2NA 2HF3A 3BEXA 1NGGA 1YVNA 2Q2RA 2YI1A 4FOIA 5AZIA 5F1XA 1BDGA 1QQOA 1U6ZA 3VEVA 4MLHA 3H1VX 4Y0WA 4BRGA 2GWKA 3QBXA 4FWOA 4BQLA 2V7ZA 3AAQA 4BG9A 3A5OC 3ZEUB 4DCHA 3D2FB 1YXQA 4QS7A 4K43A 4XH5A 4F9OA 4JHDA 1NGBA 3A8YA 1MDUB 3VERA 3VF4A 4H0TB 2A41A 1OKJA 3H6EA 2QWMA 3UB5A 5JLHA 2YHXA 2GTDA 2I7PA 2FF3B 3VGLA 2ZF5O 1NMDA 1E4GT 3ULEB 5BPMA 1TUYA 4FOEA 1DGKN 3CQXA 1J6ZA 3SK3A 2H3GX 5KPZA 5BN9A 3ZX2A 1KAXA 3O4WA 3B8AX 3CJ9A 1EQYA 2A3ZA 2VCPA 3GOIA 3KZBA 1TYQB 4B1WB 3O80A 4CJ7A 4Z94A 1X3MA 3WQTA 5AZIB 4I6MA 4EHUA 3DAWA 3SJHA 3L0QA 2HOEA 4PKGA 4BRNA 4QS8A 2P9LA 1BG3A 3MN6A 3GL1A 5E26A 2ZWHA 4RCHA 3DJCA 1SZ2A 5FPNA 1RGIA 3FE1A 5AQLA 4IWVA 3SLCA 5AQXA 1KXPA 5EY4A 3QICA 3O8MA 3FR0A 4JHDB 4CZIA 1NGHA 1SQKA 3GE1A 4H5VA 3CQYA 3VEWA 2PBDA 2D0PA 2YCHA 1V4SA 2FF6A 5JICA 4CZJA 4BRIA 4H0XB 2HF4A 5AQYA 4IZ9A 4ISFA 2P9NA 4CZLA 1S22A 3I8BA 4BGBA 5BRFA 2I7NA 4CZKA 2A40A 3KHYA 1NM1A 2E88A 5AQRA 1XQSC 4AM6A 4JAXA 2P9UA 3EKSA 5AR0A 5AQFA 5BPLA 4I6MB 2E2OA 1GLLO 2CH6A 3HSCA 4H5WA 3CJ7A 2W41A 3MCPA 3QMLA 2P9LB 1WOQA 4JN4A 3U9DA 4WQ4A 1GLBG 4EHTA 4FWNA 3VF2A 2BTFA 4O8KA 2E8AA 3ENHA 2V52B 3FZHA 5KPTA 4MO5A 2NZTA 2V51B 1BA1A 4YDUA 3W0LA 1HUXA 4WQ5C 5AQOA 2QM1A 3HM8A 3R8EA 3BP8A 1JCGA 3FZKA 4B1ZA 3LL3A 2ITMA 2Q1NA 1HX1A 5EVZA 2A5XA 2Q0RA 2YJEA 4H5TA 5AQQA 2P9NB 2ASOA 4IJAA 5AQKA 3MMVA 2P9KA 4XEIA 3WEEA 3CJCA 4NO7A 3R9PA 3LM9A 1BWFO 3GG4A 3F9MA 1MWMA 4IXCA 5BRHA 2D4WA 1BU6O 2CGJA 4HWIA 2IVNA 4BRPA 2W40A 3VGKA 5AQNA 3RSEA 2P9SB 2YJFA 1U2VA 4FWKA 4NB4A 1X9JA 2J4RA 1T6CA 3JXUA 4FWMA 4BG8A 4JD2A 2NRHA 2FXUA 3OHRA 4H0OA 4H0YB 1NGJA 3TU5A 1NBWA 3VENA 3A5LC 3A0IX 2CGKA 4M7YA 4MLEA 4BR2A 4FO0A 3HI0A 5AFUA 2D0OA 1E4FT 5EX5A 4BRHA 2DPNA 1DEJA 4BRKA 5ADXA 1QQNA 3EO3A 5AQJA 2Q36A 1RFQA 4WQ4C 4B1YB 2P9KB 1XUPO 2FSNA 2GEMA 3WEEB 3VF6A 5AQZA 2QWPA 4BRLA 4BC5A 4CBUA 4QS9A 4YDUC 1K8KA 3U4LA 4BRQA 3C0BA 5AQPA 3CI5A 4CI6A 5BREA 1Y64A 2QWOA 2Q31A 3D7EO 3DXMA 3HTVA 1ATRA 5KQDA 3ZETA 4IJNA 1X3NA 1WUAA 1H1VA 1RDWX 4GNIA 5TKYA 3EN9A 4CD3A 1GLDG 2D1KA 3FLCO 1NGFA 3SMPA 3VETA 3IMXA 3AARA 3BF3A 3CETA 3UKUA 4FL9A 2E2QA 5KQ8A 1R59O 3L4IA 3ZX0A 3ATVA 3H1QA 5F2RA 4B1UB 4CBWA 5BR9A 1BO5O 1HLUA 4M7XA 3WXIA 5LJWA 1MA9B 1NGEA 3WQUA 5AQWA 3UKRA 3AY9A 2ASMA 4H5NA 4RWTA 4FWPA 2AP1A 4FPBA 4PKHA 2WUSA 4A61A 4BR7A 3CERA 1GLFO 1BA0A 1GLEG 2F9WA 4HTLA 1K8KB 5B8HA 1BOTO 2GELA 4FPAA 3BUZB 1G99A 3H45C 1YAGA 3LDPA 4H0PA 1KAZA 3O6WA 3DXMB 5FPDA 4A2AA 3M3ZA 5AFUH 3ZETB 4H0VB 3HBTA 3ZEUA 5BN8A 2A6AA 1HJOA 3CJBA 3VOVA 1NGCA 5ADXH 3UE5A 4BROA 3FZFA 1Z05A 3C7NA 2QWNA 4FWLA 4IO8A 3H3NO 4FSVA 4K25A 3WT0A 2CGLA 3QDKA 5AQIA 4BRAA 5AQSA 3H46O 1ZXOA 1GLJO 2E1ZA 1XC3A 2P9UB 5JMVA 2P9PA 3ENOA 5E84A 3O1WA 4M63C 1SAZA 3LDNA 4BC2A 3J8AA 4BC4A 3VEYA 4PL8A 1S3XA 3CJ1A 4BRFA 2Q97A 5AQMA 5AZJA 1ATSA 4KBOA 5AQVA 4BR9A 4E1JA 4C23A 3LDQA 5AQGA 3AAPA 4CZMA 1TYQA 2F9TA 5KPRA 4BREA 2FSJA 4JNEA 3DXKA 4J8FA 2V7YA 1IJJA 3M1FA 2A42A 1C0FA 4FWSA 1QQMA 2QXLA 4B9QA 3L6QA 3QFPA 1GLAG 2QWRA 3CJAA 4RTFD 3QFUA 5LJVA 2GWJA 4DB3A 4PL7A 5BRDA 3W3DA 1NGDA 5EXWA 1NLVA 2FLOA 2ASPA 3TPQA 3U8XA 3VPZA 3DWLA 1BUPA 3MN5A 3I33A 4XH1A 1T44A 3D2EA 4LC9B 3VEXA 4DHYA 4EFHA 3MDQA 5FPEA 3WUHA 4BRMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJZA 5AQTA 1BCMA 3VQAA 2IVOA 4OPJA 3OYIA 1YUWA 3S3OA 5IWAK 1VQKN 3QLHA 4OLBA 5KGWA 1Z26A 2ZGZA 3KWGA 3E9PA 3T1HK 3QNOA 3FZMA 3G71N 2O8DB 1S9GA 3LP1A 4CEOA 3RSEB 1VQ7N 3ASMA 2HB5A 3KTQA 2O8CA 4DFJA 4CBXA 3TTDA 3VQ6A 4JD2B 3HZ6A 4AM7A 3G6EN 1UAXA 1FW6A 4BR0A 1N5YA 4IFEA 4DTJA 3AVJA 1VHXA 4E7HA 3SMSA 3DRPA 4DKWA 5FPMA 3QEIA 1VQ4N 4CZGA 2B6AA 3ZSXA 3C65A 3TAGA 3O08A 4LF6K 4LH4A 1KLMA 3LDLA 2UXBK 1CZAN 1TL1A 1IG8A 2VWBA 3MK6A 2FC0A 1KSPA 4M3YA 3HSTB 3S41A 2O8EA 4LY7A 3DLRA 4DV5K 1EXQA 2KZZA 5C0YA 1TUUA 3JYTA 4ISEA 4CJ3A 3QNNA 3WNHA 4DS5A 3SCXA 4B1VA 3G25A 2GV9A 3ATUA 3CCJN 1VQ8N 2FSKA 1TVRA 2QEXN 4KTZA 1NK6A 4DSJA 3FFKB 4A2BA 5EOYA 3V9XA 3CPWM 1NJXA 1RT1A 1C1AA 1D5AA 3DOLA 2KLAA 2ZE2A 2IVPA 3AA3A 3CYMA 2ATQA 1VSIA 3V1RA 4K41A 3VA3A 4ILJA 3HVRA 3AA5X 3L2QA 1YJ9N 3ULEA 5HRPA 2WC9A 2OPQA 4E1MA 3QB0A 1Q9YA 3OYAA 1Q82O 3TSQA 1EETA 3O3GA 3VQBA 1D4XA 1XHXA 2EHGA 4B9VA 2P9IB 3TAEA 4KV8A 1YVNA 2Q2RA 1JLAA 5AZIA 4DTPA 3OW2M 1BDGA 2KKZA 1D9FA 3HXMA 3VEVA 1WSHA 3ZSOA 2WONA 3H1VX 2G8UA 4DTOA 3DM2A 1N32K 1VSFA 3HT3A 1QVGM 4LF8K 3Q7BA 3VQEA 4KHYA 3D2FB 1YXQA 3AVHA 3PUFA 3T19A 3VERA 2A41A 4JEPA 1KQSM 3UB5A 1WBBA 5FRNA 2YHXA 3NVMA 2I7PA 4UY8O 4KI6A 1NMDA 1E4GT 5FLXO 1VSJA 4FM1A 4JKHA 2H3GX 4J2AA 5BN9A 3ZX2A 1R0AA 4KRFA 1BQNA 2A3ZA 4CW7B 4RW4A 1NKEA 3THWB 1UWBA 4CF0A 3O80A 4DU3A 3WQTA 3V9ZA 3SZ2A 4EP5A 1W97L 4FJ5A 4CHYA 3SJHA 2YNHA 4A57A 4F3OA 4J2DA 3MN6A 4FJGA 4YOWA 3DJCA 3P5JA 2Y1JA 2YHBA 5AQLA 4CGGA 2NRRA 1RT7A 1SS6A 5AQXA 1KXPA 3QICA 3O8MA 3FR0A 4JYAK 4DSIA 5J2QA 2YCHA 3ZT0A 1B9FA 3V81A 4KB0A 5JICA 4JKAA 4Z4GA 4IZ9A 4JKDA 3I56N 4KKOA 4W5QA 4LFCK 4NLCA 2E88A 4ID5A 1LW0A 4JAXA 3EKSA 4JI5K 1A5XA 3K2PA 2E2OA 2CH6A 3HSCA 3CJ7A 3U9DA 3SQ1A 4KH6A 3TAMA 4FWNA 1J5OA 1T03A 3E1YA 3MEEA 2BTFA 4A59A 3ENHA 4ZTJA 5KPTA 4MO5A 2NZTA 5GAHP 1VQNN 3J7AP 3J80O 3U3GA 5CZ2A 2HVHA 4DTUA 4DUYK 5FRMA 2ITMA 3LDSA 2Q1NA 1XC9A 2Q0RA 1JL2A 4ILHA 4YHHK 1IKWA 1QSLA 4CK3A 2FBYA 2G8FA 1VAZA 4NO7A 3CC4N 3R1XA 3R9PA 4LF4K 4M42A 3KLFA 5HRNA 2O8FA 3F9MA 4IXCA 4KTWA 3O9UA 5BRHA 2D4WA 4X64K 3SAGA 2HSTA 4HWIA 2XRIA 3VGKA 4W5RA 1ZBIA 4FWKA 1X9JA 3QETA 2J4RA 1WB9A 3L2WA 2NRHA 4E1NA 5J2PA 4CJSA 1KC8O 2HMIA 1NBWA 4NXNK 1OH5A 3QIPA 1BI4A 3OYLA 3SPZA 4M7YA 5AFUA 3KLIA 2A1RA 3OJSA 1E4FT 5EX5A 2DPNA 1QTMA 1DEJA 1N36K 1SUQA 2QTDA 1Q7YO 4KB1A 1UA1A 1OH8A 2Q36A 2RF2A 1RFQA 4O8UA 2P9KB 4CESA 4E7IA 3WEEB 4B3RK 3VQ9A 5AQZA 3IS9A 3VN5A 2RPIA 4B8AB 1C1CA 3ZSQA 2IC3A 3U3YA 5AQPA 2HHUA 1HYSA 4CI6A 3LWLA 1DT9A 4IEEA 1YITN 5KQDA 3TABA 1I39A 1RCHA 5JVGL 4DR3K 1WUAA 3DLKA 3EN9A 4Z4EA 2D1KA 1WSGA 3VETA 4CGHA 4Z4IA 1C6VA 3AARA 5FDLA 3UKUA 4FL9A 3L4IA 3ZX0A 4IG0A 4BDPA 2JWKA 3SUNA 1W7AA 1RDAA 1RTJA 4U67L 1S1XA 3ZSYA 3KK2A 3SAHA 3CM6A 1VSMA 4IOCL 1TKXA 3LPTA 3R3LA 3T3FA 3T7ZA 4A61A 4B9NA 4FVMA 1BA0A 2F7TA 1D8YA 2F9WA 1K8KB 5CZ1A 1BOTO 4FPAA 1G99A 4FJ8A 1HPZA 1YAGA 4B9TA 4C8KA 3BGRA 1KAZA 3VQ8A 2I5JA 5M1PA 1D9DA 1QQCA 4DSKA 4AQYK 1LV5A 3ZEUA 4DSFA 4ICLA 4FZXC 3VOVA 2HHTA 5ADXH 1JXBA 1N33K 4JK8A 3AVAA 4BROA 4E89A 3O9SA 1Q9XA 1GOBA 1QS4A 1JLGA 3WT0A 2DTUA 3G4SN 4BRAA 4WCEL 2P51A 4JKGB 1XC3A 3OBWA 4JKEA 4KI4A 4CF1A 4IDKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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