4FWSA

Crystal structure of salmonella typhimurium propionate kinase (tdcd) in complex with ctp
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanistic features of Salmonella typhimurium propionate kinase (TdcD): insights from kinetic and crystallographic studies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords Propionate kinase
total genus 133
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2012-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwsA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4fwsA02
2I7PA 3CI5A 3D2FA 1BG3A 4RWTA 3FLCO 4MO4A 1BWFO 4CZGA 5BRHA 3D2EB 4CBUA 2W40A 2CGJA 1RGIA 3TU5A 1BA1A 1TYQA 4K25A 4PKGA 2D4WA 4WQ5C 2VYPA 1ATNA 4WYBA 3SJHA 4XH1A 4BRLA 5BRFA 3HBTA 2P9PB 3FR0A 3M1FA 3ZETB 2D0PA 3W3DA 2ZGZA 1ZBSA 3LDPA 3LM2A 4K42A 3QDKA 2VWBA 1YUWA 3UB5A 1HKGA 2A5XA 4IO8A 3ULEA 5AQOA 4QS9A 1ATSA 3QMLA 3L0QA 1NGIA 3CQXA 2PBDA 5AQUA 4FSVA 5ADXH 2AP1A 2W41A 3EKUA 3BEXA 3QICA 4FWSA 3WQTA 1BOTO 3H46O 3FFKB 5KPRA 4H5RA 2E1ZA 2FSNA 3MN9A 4XH4A 5AQPA 3O80A 5BRDA 1MDUB 4DHYA 2YCHA 3GG4A 1HX1A 5FPDA 2P9LB 2P9UB 3U8XA 3EKSA 4H0PA 4BR0A 3LL3A 2IVOA 1CZAN 4KBOA 4CD1A 2YJFA 2GTDA 3M6GA 4WQ4C 4CBWA 4BR7A 3ATVA 4FWOA 4FOEA 5KPZA 5AQGA 3VF4A 2QWLA 3RSEA 5AQZA 1NGDA 4L3QA 5BREA 1KAXA 4BROA 3AY9A 3BUZB 4FWLA 4DCHA 1GLFO 1U6ZA 3CERA 3DAWA 2DPNA 3EN9A 1NBWA 1QQNA 1U2VA 1ESVA 2P9KA 2NZTA 5LJVA 4CZLA 4B1WB 3L4IA 5EOYA 4H5VA 4XH5A 1QQMA 2E2NA 2ASPA 3WUHA 2A6AA 3HTVA 1QQOA 1YAGA 3A5NC 4BQLA 1T6DA 3WQUA 3FE1A 3DXMB 4GY2B 4IWVA 4BRAA 3MDQA 5FPEA 4BRIA 3MN5A 2UYTA 4CBXA 2P9NA 1LOTB 5E26A 5AFUH 1HJOA 2D1KA 5AQMA 4BQZA 4BRDA 3CJ7A 4PL8A 3DXKB 3VEZA 3JS6A 3ENHA 2E2OA 1XUPO 3DWLA 1NGBA 3ZX3A 3OHRA 4FWNA 4O8KA 3M3ZA 4DB3A 1S3XA 2GWJA 5F0XA 1Z6RA 3UKUB 3RSEB 1NWKA 4JD2B 4EIAA 2BTFA 3O8MA 4I6MA 4AM6A 3CETA 4JNEA 3FZHA 2IIRA 3A8YA 5ADXA 3C7NA 1E4GT 2ASMA 4CZIA 5BR9A 5AQHA 5AZJB 4BG8A 4PL7A 1GLDG 5JLHA 3U9DA 1MA9B 5AQRA 2Q36A 2CGKA 4M63C 1ZXOA 5CE3A 4B1UB 2J4RA 1K8KA 4FL9A 3B8AX 3VEYA 3CQYA 4YDUA 2FXUA 2P9SA 4O5FA 5F2RA 4BC4A 3EZWA 5AQKA 1ATRA 5AQXA 2FF6A 2QWNA 5BN9A 3BP8A 1Z05A 5BPNA 1NGAA 1QZ5A 3ZEUA 1WOQA 4LC9B 4CZFA 4B1XB 4B1VA 4JN4A 2QW9A 3A5MC 1WUAA 1KAYA 4FPBA 1J6ZA 1DKGD 2AA4A 3HSCA 3LDNA 2V7YA 4DQ8A 4BR4A 1JCEA 1NMDA 4BRPA 4A2AA 4MO5A 4BRKA 2F9WA 4RTFD 3VF2A 3WEEB 3VESA 3FZKA 2ITMA 2HF4A 2P9IB 4CZJA 3HZ6A 4BGBA 2QWOA 1SAZA 4JHDB 4BGAA 4HTLA 3UKRA 4FWQA 2ZGYA 4CZEA 4Z94A 2CGLA 3VGMA 3ENOA 3TPQA 3A5LC 3D2FB 3VENA 3D7EO 5I9EB 5KPTA 5AFUA 5BPMA 1TUYA 3KZBA 1BUPA 1LCUA 4HWIA 3CJAA 1DEJA 1HLUA 2KHOA 2A3ZA 1TYQB 4WQ5A 4BRMA 5B8HA 4A62A 1GLBG 3H1VX 2FSKA 3R8EA 4CI6A 1QHAA 2HOEA 5AQNA 2YHWA 1NLVA 1X3MA 3U4LA 5LY3A 2Q1NA 1YXQA 1NM1A 4BRGA 1TUUA 3WXIA 5EX5A 2E88A 3SMPA 4ISEA 4BRCA 1BDGA 3ULEB 2E1YA 5KQ8A 1SZ2A 4ISGA 3A5OC 4BRNA 5E84A 4H0TB 1XC3A 3R6MA 4BVOA 2IVPA 1IG8A 3L6QA 4IJNA 3P4IA 3AARA 1Q18A 3FZMA 5ELZA 3KHYA 4BR9A 3H3OB 2YHXA 4H5TA 3VF6A 3KVGA 4NB4A 1MWKA 2Q2RA 1JCGA 2QWMA 3EO3A 1EQYA 2ZF5O 5AZIA 5AQIA 2E2PA 3DJCA 1IJJA 2VCPA 1HKBA 1KXPA 3H3NO 5AQFA 3WXLA 5AQLA 2A41A 3VGKA 3VEOA 3IMXA 3S41A 2Q0RA 4EAHD 2BUPA 1HPMA 3MN6A 4K41A 3CJ9A 3D2EA 1NGCA 4H0OA 1HKCA 3LDOA 4IZ9A 4PKHA 5LJWA 1NGEA 3ID8A 4H0XB 2E2QA 3IFRA 3MK6A 3ATUA 3QBWA 1Y64A 5FPMA 2CH5A 2V7ZA 4F9OA 5AQTA 3EL2A 3SK3A 4A61A 4CD3A 4FWKA 4CZMA 3CJBA 2P9PA 4H0VB 3VEXA 2ASOA 4C23A 2Q0UA 3ZETA 1U2VB 2P9KB 3MCPA 3VEVA 3WT0A 3VOVA 2OANA 5AQQA 5AQSA 4FWRA 4B1YB 2YI1A 2A42A 1NGGA 3BF1A 1NGFA 3LM9A 4BC2A 2P9NB 5AR0A 5AQJA 4BR2A 4H0YB 1V4SA 4PKIA 4CZHA 3CHWA 4FWPA 3LDLA 4MLEA 1XQSC 2GELA 2P9UA 2P9LA 4IJAA 4FO0A 4M7XA 1E4FT 1SQKA 2V51B 2GWKA 4H5NA 3CIPA 1KAZA 3MN7A 3A0IX 2QWRA 2H3GX 1GLJO 4FOIA 4I6MB 3W0LA 1C0FA 3WXKA 3J8AA 3QBXA 5AQYA 3C7NB 3I33A 3QFPA 4RCHA 2CH6A 3GOIA 3R9PA 4FWMA 2WUSA 3QFUA 3C0BA 3FGUA 3UE5A 4BG9A 3I8BA 1NGHA 3O4WA 3O1WA 4B9QA 3HI0A 4GNIA 1RFQA 1G99A 2E8AA 1K8KB 5BPLA 1BU6O 2P9SB 1D4XA 3CJ1A 2YHYA 3DXMA 3ZEUB 1RDWX 4BC3A 4QS8A 1X9JA 3LDQA 1P8ZA 4JAXA 4EFHA 3O6WA 3GBTA 4AM7A 3O1BA 4MLHA 5EXWA 5KQDA 3H1QA 3DXKA 4ISFA 4M7YA 1GLLO 2FLOA 1R59O 4BC5A 3FZFA 4CZKA 2GUPA 3UKUA 1GLAG 1H1VA 4JD2A 1QZ6A 5F1XA 1GLCG 3ZX0A 3JXUA 3GL1A 1DGKN 5TKYA 5EVZA 3BF3A 3VGLA 5EY4A 2E20A 2EWSA 3H6EA 2FSJA 3UKRB 2Q31A 1JCFA 4K43A 2I7NA 1T44A 3VERA 4EHUA 5JLFA 5AZJA 4BRHA 3FZLA 1GLEG 2D0OA 3AAPA 1T6CA 1OKJA 2PAVA 4BREA 4E1JA 3VEWA 2NLXA 4J8FA 3MMVA 4BRFA 3VPZA 4WQ4A 3ZX2A 3IUCA 4BR5A 2Q97A 3GE1A 4YDUC 2YJEA 4H03B 2IVNA 2ZWHA 4IXCA 1NGJA 3G25A 5JMVA 4H5WA 3U9ZA 3WXJA 4CJ7A 3HM8A 4A2BA 1S22A 2A40A 3GDQA 3O08A 3H45C 5FPNA 1X3NA 4EHTA 1C0GA 1BA0A 1ZC6A 4QS7A 1V4TA 3SMSA 3F9MA 2F9TA 4B1ZA 4BVPA 2QWQA 2NRHA 3QB0A 5JICA 3O5BA 3CJCA 1HUXA 2FF3B 4NO7A 3WEEA 4Y0WA 1MWMA 5BN8A 3SLCA 4XEIA 3VETA 5AQVA 2GEMA 4FPAA 5AQWA 2P9IA 2QM1A 2V52B 1YVNA 2QWPA 4JHDA 2QXLA 5AZIB 1BO5O 4BRQA 2HF3A 3IDHA 2HMPA 3AAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CI5A 3ZT3A 3D2FA 4NLCA 3O9RA 2F7TA 1TV6A 2GV9A 4E7IA 4FYDA 1CXUA 3KLEA 4CJUA 4DTOA 1GOCA 2D4WA 2VYPA 1ATNA 3QEPA 4WYBA 1WN7A 1U47A 3HBTA 3FR0A 3LZJA 3M1FA 3LDPA 2X6SA 3C6UA 2VWBA 2D0BA 3UB5A 2XY8A 4IO8A 5HOOA 3CD6N 3V4IA 3ULEA 1L3SA 3ZT4A 3QMLA 5M1NA 4FSVA 1EO1A 2W41A 1KVBA 3BEXA 1BOTO 4JI4K 1Z26A 2VQFK 1WSJA 1BI4A 3O9SA 3WNFA 3MN9A 4CEFA 1NK4A 2HHQA 3EE9A 3TANA 3HOTA 1RT1A 1MDUB 4DHYA 2YCHA 4JI6K 4Y1CA 2P9LB 3U8XA 2KZZA 3RR8A 3CM6A 3THXA 1UAXA 3VQBA 4DSLA 1VQNN 1GOBA 3M6GA 4CBWA 3PY8A 4FOEA 1Y97A 4CEBA 1JLQA 3TI0A 3AGKA 3RSEA 1IO2A 3VQAA 3NHGA 4FCYA 4CIFA 1KAXA 2G8WA 1NMNA 3K5LA 3KK7A 4X64K 2F8SA 4FWLA 4DWIA 2HNZA 4A5AA 4Z4IA 2DPNA 1DTTA 3D45A 1MU2A 1QQNA 3BGRA 3K5MA 3L4IA 3DRRA 4M45A 3L2RA 1YF5L 3WUHA 5J2MA 3RR7A 2NRZA 4CW7B 3FE1A 3PSFA 4E1MA 3BDPA 3DXMB 4E89A 3AV9A 2OTLN 4BRIA 2UUBK 1S72N 4RG8A 4CIEA 5CY4A 2B6AA 2B4JA 1CZBA 2D1KA 4RW6A 5AQMA 1TK5A 1SL2A 4DSIA 3CJ7A 4JKHA 4PL8A 3ENHA 3TSUA 1KVCA 1UOCA 1QS4A 4HVJA 5F0XA 4KO0A 3UKUB 2ZJQL 1HJRA 4NXNK 4WFAL 4FLTA 1HYVA 3CETA 4FJGA 3A8YA 4KB0A 5BR9A 4CZIA 4J2EA 4FJNA 1MA9B 2Q36A 3V9SA 1SS6A 5CE3A 3VEYA 3CQYA 2P9SA 1SUQA 3ZT2A 5AQKA 5AQXA 5BN9A 4B8CA 3P83D 3CF5L 3OW2M 3AA5X 4KI6A 3U6FA 1D5AA 4OLBA 1VRTA 1WSEA 5JS1A 4JS5A 4CHOA 1IKYA 3MECA 2OA8A 4DQ8A 1JL1A 2V7YA 1NMDA 4JKGA 2XY7A 4C8NA 1NK8A 5DM6L 3DLRA 1QSSA 1BGXT 3VTIA 2P9IB 3DLEA 3SQ0A 4H8KA 3ZYYX 3M8RA 3RRGA 3VGMA 4H4OA 3ENOA 3TPQA 3TSQA 3QIPA 3D2FB 3LP3A 5BPMA 1QVFM 4ELTA 2D5RA 3EZ5A 2YHBA 1TUYA 1LCUA 3CJAA 3I0SA 2KHOA 3A2FA 4BRMA 4DS4A 5B8HA 2WC9A 4A62A 2RKIA 3L8BA 2HOEA 5FROA 3OTOK 1E3MA 5KTQA 1TGOA 1Q9XA 3MXJA 2ZQBA 3WXIA 4IEEA 2E88A 3SMPA 4ISEA 4Y1DA 3ULEB 2IDOA 4DV0K 1SZ2A 4M3WA 4H0TB 3R6MA 4BVOA 1IG8A 2OZSA 1T7PA 4E0DA 5JS2A 1BI4B 4FK2A 1C0TA 3KVGA 4EP4A 4OPHA 2Q2RA 2QWMA 3TAQA 3VQ5A 1EQYA 1VAZA 3AO3A 1ASUA 2Z1JA 3DJCA 4FJJA 1JXEA 5AQFA 4CHPA 2PYJA 2A41A 1I3AA 3THXB 2Q0RA 2QKKA 3MXIA 1NGCA 4H0OA 4PKHA 4KHWA 5LJWA 2OZMA 5H1SQ 3T19A 4RW4A 3ATUA 1Y64A 3VQPA 1HR0K 3VMFB 4FW1A 4F9OA 1T3VA 2P9PA 2BE2A 2ASOA 3ZETA 3HOSA 3T7ZA 3VOVA 2OANA 4O0JA 3NF9A 4FWRA 2LSNA 3P39A 3AO5A 3ENBA 3PSIA 5CYQA 3BF1A 1LAVA 1J54A 3LM9A 3FFIA 4BC2A 4LF8K 5AQJA 3LPTA 3HP9A 3AVHA 3SZ2A 1W97L 3TTCA 2QK9A 3QINA 2GELA 2D0CA 5GAHP 2IS3A 2V51B 4MDAA 3CIPA 3SBTA 4X65K 2VWKA 4HUFA 4EZ9A 2QWRA 2X78A 5CZ2A 1RCHA 3J8AA 3P38A 2CH6A 2WUSA 2G8HA 1Q7YO 3F73A 2OPPA 1P90A 4I9LA 4FVMA 3T1AA 2E8AA 2P9SB 4KTZA 4LF4K 1BCMA 3CJ1A 3OYGA 4B9MA 3J80O 2YKNA 1VSFA 3HPOA 1K9MO 3J7AP 5HRPA 4CE9A 1S1XA 3AVIA 3MXMA 4EFHA 1LWFA 3O6WA 3NGIA 3NE6A 1N5YA 4F8RA 3K9KA 4KFBA 3HP6A 3CCEN 4JKGB 2O8FA 1GLLO 4KTWA 1FW6A 1R59O 1RBVA 3OS1A 3FZFA 2GUPA 2OYQA 2W6LA 4J2BA 2YNHA 3O3HA 3RWUA 3VQ9A 2O4GA 3JXUA 3GL1A 2FSJA 4JK7A 2ZJRL 2Q31A 3E01A 1VRUA 1JCFA 3LDSA 1S6QA 4K43A 2Y1JA 2I7NA 3VERA 3NVKA 1B9FA 3FZLA 3AAPA 1T6CA 4IOAL 2PAVA 3KLGA 1S5JA 3VQ4A 3NCIA 4B3OA 3CPWM 1VQON 2WONA 3HVRA 2KLAA 4NCGA 2Q97A 5C12A 4IG0A 4Q5VA 3ZSZA 2RE2A 2IVNA 3ZSVA 3G25A 5JMVA 1QSYA 1QTMA 3PIPL 4K8ZA 1WSFA 1KCFA 2A40A 4NYNA 4LD0A 4QAGA 4EHTA 1BA0A 1EWRA 3F5TA 1XMOK 3AA3A 3CCRN 1HUXA 3DOLA 3DI6A 3AVCA 4FZYA 4XEIA 3CXCM 2GEMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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