4FZXC

Exonuclease x in complex with 3' overhanging duplex dna
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 38
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzxC00
4E89A 4QOZB 5HBMA 3VQBA 3MXIA 3ZSQA 1HYSA 2DFEA 3QIOA 4GVMA 2W42A 1ZBHA 3KKRA 4XIUA 3NGIA 4Y1DA 4FLWA 1NKEA 3VA0A 1Z26A 1L3TA 3ZSWA 3LP3A 3OYFA 3NCIA 4ZTFA 4ZTJA 3I0SA 4DTPA 4DFJA 1RBTA 4JS5A 1SV5A 2YKMA 1RT1A 5KRTA 4RW6A 4DLEA 1FKOA 1RT5A 2Q3SA 2X74A 3RR7A 4B9UA 4H4MA 1GOBA 3HVRA 2BDPA 1LW0A 4FLVA 3QESA 4NYFA 1D5AA 4JLHA 1HJRA 1UA0A 4EZ6A 2YNFA 3V1OA 4KB1A 4CHNA 3FFIA 4E1MA 3IAYA 4FJ9A 3V1RA 3QETA 1CLQA 1YTAA 2E6LA 3KIOA 5KGWA 1KSPA 2QKKA 3UIQA 4CFCA 2IS3A 3BDPA 3ZSVA 4DS4A 1DTQA 1WNSA 2D0BA 1BI4A 1RT3A 4CFDA 2AJQA 2KW4A 1REVA 4IG3A 2WOMA 3THVA 3TANA 4GMJB 1K6YA 1U04A 4C8NA 2XY6A 5FRMA 2P51A 3B6PA 4I7FA 3OYLA 1SKRA 3TWHA 1X9MA 4IG0A 3CFOA 1JLBA 4Y1CA 4CGDA 3TI0A 3OYHA 4F3OA 2JGUA 4CHQA 4Z4IA 4OKKA 4FW2A 3L3UA 4HVJA 3QINA 3CQ8A 3BGRA 4CGIA 4BE1A 4DQRA 3TABA 4DFMA 1KRPA 1JLGA 4M3UA 4CJ4A 3VQ8A 3V6DA 5HRPA 2PYLA 3DLKA 3KLGA 3ZT2A 3KLHA 4J2BA 4N41A 1X9WA 1YTUA 2HHSA 2R7YA 3KD5E 1TAQA 5C25A 2OPPA 5D3GA 3NF9A 4M3RA 2ZD1A 4ICLA 3JYTA 4CJ5A 3PUFA 2PYJA 4DSJA 4KAZA 4DTMA 3VA3A 2HHUA 1GOAA 3AVLA 3U3GA 1WSFA 3HJFA 3NF8A 1WSIA 5CYMA 1UA1A 2XO7A 4I2PA 3VQPA 1TKXA 1SKSA 4CK1A 3MEDA 3HYFA 2PZSA 4CJQA 1RDCA 4DG1A 3MAQA 4PUOA 1RCHA 4CEZA 2YNHA 3HP9A 3O4QA 4IFYA 4FLUA 3OYDA 3OYEA 3SUPA 2OYQA 2P1JA 4TSXA 4CGJA 1NK9A 2EHGA 4IFVA 4AHTA 3NGZA 2HMIA 3MEGA 1HYVA 1CZBA 3S3NA 4NCAA 1RDAA 4W5TA 3QO9A 1VK0A 5J2PA 3PV8A 1IG9A 3DLBA 4K8ZA 1FK9A 2XY7A 2HHVA 2QXFA 3JSMA 2ATQA 3K57A 3ZT0A 4HCBA 3ALYA 4DTNA 1TVRA 4CJFA 1JLCA 4B9SA 4KHWA 4FJ7A 4O44A 4DSEA 1KVAA 3V1QA 3ASMA 4CJ3A 3OYCA 3LPTA 4E7KA 4FJNA 4FYDA 1HQEA 3QNNA 4M3XA 3QERA 3NF6A 3VQ6A 4HTUA 4NCBA 1DTTA 3HT3A 3QNOA 3AVFA 4N47A 4CEBA 3OYKA 3PX6A 2X6NA 4DTRA 3OYAA 1RTIA 3RMBA 4FJXA 4Z4EA 3T1AA 4I9QA 2KZZA 2HNZA 3D45A 1LAVA 1RBUA 3MECA 1NK7A 3IRXA 3RRHA 3NH0A 2PY5A 2D5RA 4KHNA 3DYAA 4ZHRA 5KI6A 4BACA 3KKSA 2LSNA 1BIZA 3P83D 1TK8A 4B08A 4DF8A 4AHCA 1J53A 3QEWA 2E6MA 3MXJA 4FM2A 3V4IA 4H4OA 4CJWA 1T7PA 3KK1A 2XRIA 1C1CA 4YNQA 3LAMA 4FLXA 3I0RA 4KB0A 2JLEA 4H8KA 1FXXA 4FJIA 4OKJA 1Z25A 3LP2A 4OPKA 4ID1A 4Z4CA 1IKWA 1WAJA 4OJRA 3CM6A 4CESA 2KQ2A 3U3YA 2DFFA 2WONA 3AV9A 1ITGA 2YNIA 4W5QA 4N5SA 2G8FA 1S1UA 1S5JA 4PQUA 2G8KA 2G8VA 3NF7A 3SCXA 3M8PA 4CF8A 1BQNA 1RNHA 3AO5A 3C94A 1ASVA 3L2RA 3EY1A 4PY5A 4CIFA 1XC9A 1S9GA 2BE2A 3RMDA 3WNEA 3OYJA 1NJXA 4FK4A 3ZSYA 3ISNC 3ZSZA 1TL1A 3IG1A 3NHGA 5JS1A 1GOCA 2G8IA 5CZ1A 4KRFA 2OPSA 1U45A 2G8WA 4F8RA 4HUEA 4AHSA 3OY9A 5KTQA 1WSGA 4N76A 3TAGA 3SQ0A 5DK5A 5FRNA 3HSTB 5CZ2A 2VWKA 3EZ5A 1QE1A 1ZBFA 1XI1A 3K5LA 3AVCA 4CE9A 1I3AA 4NYNA 4DQIA 1KTQA 4C8LA 1BQMA 4BWJA 3RTVA 2ETJA 3AO1A 3WNHA 3QEIA 3MXMA 1NJYA 2HHQA 3V9UA 4FXDA 3ITHA 3TARA 1RBSA 1VSIA 4W5RA 2X78A 2ITGA 3AVAA 4PWDA 2Z1IA 1JL2A 3HL8A 1XHZA 2KFZA 3OS2A 4KV8A 1LWEA 2RF2A 3QEXA 4RW7A 2Z1JA 3PX0A 3ZSXA 3AO4A 3AVIA 1BCOA 3LWLA 5EU7A 4CJRA 4FLTA 4DFKA 1EKEA 2A1RA 3O3FA 4E7IA 1LWFA 1R0AA 5KGXA 1RT2A 4DU3A 4DSIA 1BHLA 3U6FA 3OYGA 1XHXA 2IC3A 5DMRA 2G8UA 3L2WA 4IDKA 3RRGA 1NKBA 3AVMA 3ZT1A 2YNGA 3OS1A 4KTZA 1WLJA 3PY8A 3AA5X 4LH5A 2VG5A 4CEEA 1ZBIA 2Z1HA 1UWBA 1JLAA 4CJVA 4DFPA 3TAQA 4ELVA 4IKFA 1SL0A 4F2SA 4DTOA 4B9MA 1B9DA 3AA2A 4O0IA 4KREA 2OA8A 1NOZA 4FM0A 3S9HA 4DSKA 4CJLA 3NE6A 3S3OA 1VSJA 2ZQBA 1J54A 1QQCA 1VSEA 3DOKA 5J2MA 3F9KA 4DF4A 3SJJA 2IOCA 4CFBA 1D9FA 4UQGA 4DWIA 4CJTA 1QTMA 1TK0A 4CF1A 4FLZA 5T7BA 4O5BA 4FCYA 4DS5A 3SPZA 4QCLA 3CYMA 3AA4A 2D0CA 4FM1A 1SKWA 1VSMA 4WE1A 3VQDA 2HHXA 4FJJA 4N56A 3AVBA 4Z4HA 4FZYA 1JXEA 4B8CA 4EP5A 2FBVA 3HVTA 2QKBA 2HNYA 3KLFA 3K5MA 4CIGA 4O55A 1X1PA 4AHUA 3OYNA 3OYBA 1KFSA 5HLFA 1QSLA 2HNDA 2GV9A 4FVMA 4BDZA 3DLEA 3ZT4A 4CHOA 1HPZA 1JXBA 2GBZA 3G0ZA 1HNVA 3K58A 5J2NA 4CK3A 2Y1IA 1T03A 1NJZA 3PX4A 4L8RB 2G8HA 1RBRA 4CJSA 2RN2A 2DTUA 2GUIA 2IAJA 3RMAA 1RILA 3OYMA 3VQQA 4E1NA 1TKDA 4B9VA 1VSKA 4FJGA 5FDLA 2P5OA 3LP0A 2BGGA 1QS4A 1ZYQA 4BE2A 4DTXA 5KRSA 3D0PA 3AA3A 1IO2A 3P5JA 3L8BA 3TAPA 4DQPA 2RKIA 3M8RA 3SNNA 1L3VA 5CY4A 3AVHA 3NFAA 5HRRA 3LZIA 2FBYA 4GW6A 4FJ8A 1LV5A 4LD0A 4BDYA 3K5NA 4K8XA 3KTQA 3S3MA 4AHRA 4LY7A 1BIUA 1WAFA 3NAEA 1CXUA 2B6AA 1RTHA 4G1QA 4LSLA 2VG6A 1S1XA 4O0JA 2Y1JA 4DSLA 1L5UA 2KZMA 1SUQA 3KLIA 1HYZA 3M8QA 4E7LA 2IGIA 1KVBA 1S9EA 3EYZA 3SZ2A 4FK2A 3C6TA 4KPYA 1B9FA 1KLMA 1LAWA 1S1WA 4C8MA 4OGEA 1S1TA 1T05A 4DQSA 4KTWA 4M3YA 3L3VA 1RT6A 4OLBA 1G15A 4CHPA 4BE0A 1IKVA 3H08A 1UOCA 3VQCA 1JLEA 2YHAA 3SI6A 5HRSA 4R5PA 1N5YA 4C8OA 3SPYA 3DRSA 4LH4A 3K2PA 1LW2A 2KFNA 1J9AA 1VSDA 2OZSA 1RDDA 1WN7A 4FJKA 2DFHA 4OGCA 4CGHA 1JLFA 3LWMA 3VQAA 4I2QA 3QEVA 3TAFA 3HPOA 5HROA 1U4BA 2YV0X 4O4GA 3IS9A 3O3HA 3DMJA 4KHSA 4RW9A 4DLGA 1RT4A 4CHYA 1WSEA 3TAMA 3O4NA 4DSFA 3CFRA 3V81A 3AVKA 2P5GA 4KI4A 2HHWA 1S6QA 4AH9A 2HHTA 4M41A 3V9XA 4J2AA 3SYZA 5HRNA 1ZBUA 1J5OA 4I9LA 3AO2A 4CEQA 3CM5A 5SZTA 1BL3A 3DM2A 2D0AA 4CEFA 3SV3A 4IBNA 4CJEA 3L2QA 3B6OA 3LP1A 1Q8IA 3DI6A 1W0HA 3ULDA 3AO3A 3V9WA 1U49A 3G10A 1LWCA 2I5JA 3KK2A 1X9SA 1QSSA 3DOLA 3AVGA 4B9TA 4KTQA 4EZ9A 3AVJA 4CF0A 3HP6A 4JRQA 1EX4A 4OVLA 3SQ2A 5J1EA 4KFBA 4CEAA 1NK0A 1L3UA 4FZXC 4KO0A 1IKXA 4CJKA 4AILC 4RW8A 1Q9XA 2Z1GA 3SQ4A 3VQ4A 4OLAA 4MQ3A 3ZCMA 3KLEA 3E01A 4B9LA 1QHTA 4HUFA 3RWUA 1Y97A 1NK8A 3VN5A 1L3SA 4CERA 4M3ZA 4F2RA 3TR8A 4CGGA 3F73A 1JKHA 4DTSA 3DLHA 4DTJA 1TKZA 1JL1A 1IH7A 3OJSA 2OPRA 4HUGA 4M42A 2FBTA 1IKYA 1C6VA 3RR8A 4QAGA 4Q5VA 3QEPA 3LALA 1T8EA 3SUNA 4FZZA 3VQ5A 1RDBA 1KVCA 3A2FA 1WSJA 1B92A 3HK2A 1TAUA 4MFBA 3L2UA 4DMNA 1BCMA 1RBVA 4M45A 1TL3A 5J2QA 3CFPA 4E3SA 1NK6A 2A1SA 5I42A 3VQEA 5K14A 1ASUA 5CYQA 1U47A 4CCHA 2KTQA 2OZMA 4Q0BA 2XY8A 1KCFA 1VSFA 2XHBA 3SUOA 3K5OA 3P1GA 1C1BA 4FW1A 2NUBA 3V9SA 2F96A 2BANA 4BWMA 5SWMA 1NK5A 3OVNA 4B3OA 3NGYA 4BDPA 4YFUA 1N6QA 1C0MA 4CIEA 1YVUA 1ASWA 2B5JA 4J2EA 2YKNA 4HHTA 4CJPA 5C42A 3LAKA 3OJUA 4FK0A 1EETA 4Z0UA 4B8AB 3QIPA 2IDOA 1S6PA 3OYIA 2QK9A 4W5OA 4B9NA 3T3FA 4CEDA 3DRPA 4PA1A 5JS2A 4CHZA 3C6UA 1VSHA 3NBPA 1TV6A 5FROA 4OPJA 4W5NA 4CK2A 5I3UA 4LSNA 4ELUA 1HRHA 2FC0A 3T19A 3DLGA 4CECA 3KJVA 4KHQA 1TGOA 4JS4A 4ELTA 3ZSRA 2FBXA 4CFAA 3HXMA 3TAEA 1EP4A 4F4KA 4FJHA 4CF9A 4HCCA 1UAXA 2B4JA 3ZT3A 4AHVA 4DQQA 4DTUA 3NDKA 1HQUA 4KI6A 2HW3A 4Z4FA 3SQ1A 4EP4A 1WSHA 5E41A 2EX3A 3M8SA 3SV4A 3DLRA 3SUQA 1NK4A 1SL2A 3HPGA 4FJMA 3HPHA 1O1WA 3C95A 1NJWA 4DU4A 2XY5A 1VSLA 4JRPA 3VQ9A 2DY4A 1C0TA 3LANA 1KLNA 1F21A 3MEEA 3LZJA 2YHBA 1RTDA 1HNIA 1JLQA 3NH2A 1YT3A 1VRTA 3LDSA 4J2DA 3RMCA 2VG7A 1FKPA 4E7HA 3DRRA 4NCGA 3K59A 1D9DA 4KHUA 1S1VA 1W9HA 4E19A 4E7JA 2HVHA 2X6SA 1HMVA 4CEOA 4F3TA 1C0UA 1KFDA 4CJUA 4KHYA 1EXQA 4M3TA 1A5VA 1RT7A 2O4GA 3PO4A 1ZBLA 1VRUA 1BISA 3L2VA 3WNGA 3NH1A 3HM9A 3V9ZA 3O3GA 1QSYA 3KK3A 3PO5A 5HP1A 1MU2A 4CGFA 4RW4A 1NOYA 4FJLA 2VWJA 3WNFA 3OS0A 4DU1A 1SL1A 1NKCA 4ID5A 2F8TA 2HVIA 1RTJA 3AVNA 4FLYA 4OKEA 1TK5A 3ZSOA 2F8SA 3LPUA 1D8YA 4RG8A 1BGXT 1DLOA 3I8DA 4Z4GA 1A5XA 2RPIA 1Q9YA 3KD1E 2O4IA 1C1AA 1BI4B 3VQ7A 4FJ5A 3QLHA 4KKOA 1XWLA 3HO1A 1CXQA 1A5WA 1I39A 3CG7A 1TKTA 5C24A 4CF2A 2E4LA 2HB5A 4C8KA 4M3WA 2ZE2A 4E0DA 2OPQA 1CZ9A 1U48A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MXIA 1GLFO 4GVMA 1I94K 4FLWA 3KVGA 3VA0A 1NKEA 4BR5A 3ZSWA 1BDGA 1KXPA 3OYFA 3NCIA 3CC4N 3I0SA 1RBTA 4B1XB 5ELZA 4GKKK 1RT1A 1ATRA 4RW6A 1FKOA 1RT5A 2Q3SA 2X74A 3HVRA 1VQ9N 2BDPA 4JLHA 1P90A 4CHNA 3FFIA 4FJ9A 3IAYA 1CLQA 3V1RA 4DV3K 2E6LA 2QKKA 1VQ6N 4DS4A 1NG9A 2AA4A 1DTQA 5FPMA 3TANA 2P51A 3FE1A 2A42A 1BG3A 1X9MA 1JLBA 5LY3A 3OYHA 3VGMA 2JGUA 4CHQA 4HVJA 3CQ8A 1KRPA 4BE1A 4CGIA 1HLUA 4DFMA 1JLGA 3V6DA 2PYLA 5HRPA 4J2BA 3DLKA 3KLGA 3KLHA 3S41A 3QBWA 2R7YA 4IZ9A 4I6MB 3UKRA 4M3RA 1BOTO 4ICLA 4CJ5A 4CZIA 3VA3A 2HHUA 2HOEA 3AVLA 5CYMA 1WSIA 5EVZA 4KH5A 1UA1A 3LL3A 4IOCL 4YOTA 4B3RK 4IWVA 1XQSC 2YNHA 3HP9A 4FLUA 3SUPA 4IFVA 4AHTA 4BRKA 3MEGA 4AQYK 1FK9A 2HHVA 1VQMN 3ZT0A 1N8RO 1JLCA 4B9SA 1NMDA 4O44A 4DSEA 1GLEG 1KVAA 3OYCA 2ZWHA 3NF6A 5C12A 1DTTA 3H46O 3PX6A 4CEBA 3DWLA 4FJXA 2X6NA 1T6CA 4I9QA 2HNZA 4AM7A 2CGJA 2P9UB 3D45A 4PKGA 4EFHA 1NK7A 5EX5A 3VEVA 5M1FA 2JWLA 4BACA 3P83D 3VGLA 4B08A 4AHCA 2XRIA 4YNQA 4GY2B 2FLOA 4KB0A 4NLCA 4BC4A 1Z25A 1H1VA 3CCSN 3CM6A 1HKCA 3WXLA 2DFFA 3U3YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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