4FZXC

Exonuclease x in complex with 3' overhanging duplex dna
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 38
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzxC00
2OZMA 1YT3A 3KD5E 1HRHA 4KHUA 1NK8A 2KTQA 1XWLA 1RBUA 3DYAA 5JS1A 4B8AB 4K8ZA 4FYDA 1C1BA 2ITGA 2KQ2A 3LANA 4O55A 3V1RA 4AHSA 4CIFA 1RDAA 3LP1A 4CHPA 4OKEA 1RDBA 3DRSA 3AO5A 4XIUA 4FCYA 3CFOA 4H4OA 1G15A 4JLHA 4ICLA 3HPOA 3JYTA 4FJGA 2VG6A 2HHWA 1DLOA 1IKXA 4CGGA 1RT5A 2XY6A 1SL0A 4M3UA 1KVAA 4FK4A 1A5VA 5J2MA 2XY7A 2GBZA 4ZTJA 1HQUA 3ZSOA 4CFDA 5HRSA 3QEIA 4BDPA 2ETJA 2IAJA 3NFAA 3LDSA 3TARA 1NOZA 1WSHA 4FLTA 2G8FA 2D0CA 4DQIA 4R5PA 4H4MA 1WAJA 4AH9A 4DQQA 3QO9A 1CLQA 1QTMA 4KB0A 5HRNA 2X74A 3NF9A 2PY5A 4B9TA 4GW6A 5C25A 2XHBA 4N5SA 3AO2A 1S5JA 2QXFA 4O0JA 1VRUA 3CM6A 3P5JA 3V81A 1HMVA 4FW1A 3UIQA 1GOAA 4N76A 1W0HA 2HNDA 3OS1A 3RMAA 2HNYA 1LWFA 2DFHA 4HHTA 4DSEA 1S1VA 2A1RA 4KHSA 4CE9A 4DFMA 4DTSA 3M8RA 3QERA 1QHTA 2FBXA 3OYCA 3AVAA 1VSMA 3C6UA 4RW9A 2Q3SA 4IFVA 3VQPA 4Q5VA 4DTJA 2P5GA 4DFKA 4DS4A 1LW0A 4W5OA 1RDDA 3AVGA 3V1OA 4B8CA 3KLHA 1FKPA 1UA1A 4FK0A 3RR7A 2XY8A 2LSNA 1JLBA 3TAEA 1RCHA 3OYMA 3OJSA 1NJWA 1NK9A 3IAYA 2ZD1A 3F9KA 1LAWA 2JGUA 3AVCA 3LP3A 3OYJA 3SUPA 1R0AA 1IKVA 3TAFA 3ULDA 4JRQA 1SL1A 4KHQA 2YHBA 2DFFA 4CJWA 1KRPA 1IO2A 1BIUA 3AVBA 3HPGA 2Y1IA 1KLMA 1U47A 3RRGA 2YNIA 1CZBA 1JLFA 3V1QA 3SCXA 1J53A 1N5YA 4DQPA 1RBRA 4CJ5A 4FJJA 1DTTA 2XRIA 2E4LA 3RR8A 1ITGA 2KW4A 2OYQA 3K5NA 2DY4A 2VG7A 3NCIA 1VRTA 3TR8A 4DSFA 4N56A 2WONA 1DTQA 3P83D 5DK5A 3OYDA 2ZE2A 4GVMA 1U48A 4FZXC 4ID1A 3VQQA 4CF1A 4BDYA 4QOZB 1RTHA 4FJNA 4BWMA 1T8EA 1UA0A 1B92A 2OPRA 3VQ8A 3VA0A 3DM2A 1TK8A 2AJQA 4WE1A 4CF8A 4DSKA 3L2WA 2KFZA 3SNNA 2B4JA 4E7IA 2B5JA 4CGJA 3AA5X 1Z25A 1HQEA 3IRXA 4FXDA 3SQ2A 1KCFA 3CFRA 4OLBA 4CFBA 1JL1A 4RW6A 3U3GA 4F3OA 2KFNA 4CJRA 2HNZA 2G8KA 1Y97A 3K5MA 1D5AA 2RPIA 4AILC 3L3UA 3VQ6A 3L2RA 5KRSA 4BDZA 1S9GA 3TWHA 4W5QA 3VQ7A 2DFEA 4RW8A 1S9EA 3L3VA 5HP1A 1L3SA 1HYZA 3PY8A 4B9NA 4NCAA 3VQCA 4HUFA 1NK5A 4DU3A 1TV6A 1TKZA 2HHXA 4FJXA 1JXEA 3NF8A 4YFUA 4DTPA 4KHWA 2IGIA 1JKHA 3QNOA 1RILA 4CJVA 1SKSA 1SL2A 3OYBA 1VSEA 4C8LA 1ZBUA 4FJ7A 4CFCA 4LSLA 3VQ5A 3OYIA 3TAQA 4B9UA 3QEVA 3QESA 1RT7A 4CHYA 3RTVA 3PV8A 5K14A 1N6QA 3L2VA 4LH5A 2IS3A 3G0ZA 4C8MA 3AVIA 3SV4A 3OS0A 1SKWA 5KGWA 4F2SA 3M8PA 3HP6A 3P1GA 3KD1E 4CESA 2KZZA 4HCCA 2EHGA 4KTZA 5CY4A 3SUOA 4FJ5A 4CJ4A 4B9VA 2HHUA 4M3XA 4CJUA 4Z4CA 4DU4A 4O0IA 1TKDA 1WLJA 1NK0A 3KKRA 1ASUA 1C0UA 4DTMA 4QCLA 4NYNA 1WN7A 4E7HA 1RT3A 4CEBA 4B9SA 1K6YA 1ZBFA 1HJRA 3EYZA 3HSTB 1RBVA 3LPUA 3HXMA 3K58A 3L2UA 4KB1A 2W42A 4OGCA 1QSLA 2FBVA 3H08A 1WSEA 2PZSA 3OYLA 3ZSXA 4B9LA 2X78A 3QIPA 1LW2A 2YNHA 1BIZA 3ITHA 4HUEA 1TK5A 4GMJB 3OYAA 1L5UA 3HJFA 3A2FA 4CEFA 1SKRA 1NK7A 2DTUA 3C95A 4CEEA 1NK4A 2KZMA 3AA3A 4CJEA 4FLVA 3M8SA 1S1XA 2ATQA 4FLYA 1RTDA 2HHQA 1ZYQA 4FVMA 4MFBA 1B9DA 5JS2A 4KO0A 3IG1A 4CEZA 1HNVA 3WNFA 4J2DA 5J2NA 3ZSZA 4CJKA 1LV5A 1Z26A 4RW7A 4M3WA 4HUGA 1WSGA 3DLKA 4O5BA 4DTOA 4DF4A 1Q8IA 2BE2A 5KGXA 3KLEA 3QNNA 4F4KA 3QLHA 3IS9A 5CYQA 1O1WA 2G8HA 4B08A 3U6FA 4CF0A 3VQ9A 1A5WA 4E19A 1BHLA 3KLGA 3SZ2A 4Z4EA 4DTUA 1TGOA 3OYFA 3OYGA 3O3FA 3OJUA 1QSSA 4Z4HA 5FRNA 1QS4A 3C94A 1EP4A 3MXJA 4FJIA 2HHVA 2VWKA 3SUQA 3RMDA 4EZ9A 4FW2A 4FZYA 4L8RB 4CEQA 5FRMA 1U49A 1GOBA 3QIOA 1X9MA 4O4GA 4EP5A 4OLAA 1S1WA 2VG5A 1YVUA 3LALA 4CJSA 3NAEA 4UQGA 1NJZA 4DSJA 4W5TA 3PX0A 4CHNA 3DOKA 4DU1A 3PX4A 3CG7A 5KRTA 3MAQA 4CEOA 4FM1A 4ELVA 4OGEA 3PUFA 4CGIA 5SZTA 4CK1A 3THVA 2BDPA 4C8OA 1TL1A 3T19A 3T3FA 4IBNA 4CJFA 4KTWA 3V9SA 2D0BA 3SQ1A 4FJHA 4KV8A 3MXMA 3DMJA 1NOYA 3O3HA 3DLGA 3B6PA 4QAGA 4KAZA 3KKSA 3ASMA 2OZSA 1JLAA 1J9AA 1X9WA 3OVNA 2B6AA 1L3VA 2F8TA 1ASVA 2NUBA 4HVJA 3KLFA 3RRHA 1S1TA 2G8UA 4M42A 1C0MA 3MEEA 4I9LA 2R7YA 4JRPA 3PO4A 4I9QA 4CJ3A 3V9ZA 1L3TA 1D8YA 3OY9A 4O44A 3F73A 4KHNA 1JLGA 2IOCA 1KSPA 3LPTA 1A5XA 3ZT4A 4CECA 4E1NA 3V9XA 4PQUA 5D3GA 3LZIA 2HHTA 1IKYA 1NJYA 3CQ8A 4DF8A 4FK2A 3V6DA 4NCBA 4JS5A 4OKJA 4FLZA 4F2RA 4KKOA 1RT2A 3I0SA 1W9HA 1WSIA 3DLRA 1U45A 2IC3A 1RT1A 4PUOA 5HRPA 1JLCA 1BISA 1YTAA 3MECA 3RMBA 4LD0A 2ZQBA 5I42A 3VQAA 1BQMA 2GUIA 3AVKA 3O4NA 3V4IA 4FJLA 3KK1A 1Q9YA 2HW3A 4OKKA 4DMNA 4DTRA 3BGRA 3I8DA 3TI0A 1UAXA 4I2PA 3AA2A 3KTQA 2Z1IA 1KTQA 4DG1A 3WNGA 2D5RA 1EETA 1U4BA 1XHXA 5DMRA 1T7PA 1IG9A 3MEGA 2PYLA 4DSIA 4FJ9A 4M3TA 1FXXA 4BE1A 3S3NA 4F8RA 4H8KA 4DWIA 4DFPA 4M41A 1XC9A 3I0RA 3OS2A 4BE0A 3G10A 2Y1JA 3B6OA 4M3YA 3JSMA 3KK2A 3SPZA 4Y1DA 2O4GA 1KFDA 1EKEA 2WOMA 3SUNA 3ALYA 1RNHA 4CGHA 4KHYA 4AHTA 4M3ZA 4NCGA 1VK0A 3AVMA 4FLUA 4FJKA 3WNHA 1TAQA 3CYMA 2OPSA 4CIEA 1X9SA 1NKCA 1TVRA 2JLEA 4M3RA 4FJ8A 4DLEA 3HO1A 3KK3A 3TAMA 3HK2A 4PA1A 2QK9A 4IFYA 4FLXA 3ZT2A 4HCBA 4KFBA 3NDKA 5E41A 1BQNA 3SV3A 3HP9A 1SV5A 3QEXA 4CJLA 3LWMA 1QE1A 2XO7A 4IG3A 1S1UA 4CFAA 1IKWA 4FM0A 4OPJA 1NKEA 3K5OA 1UWBA 4CJPA 4W5RA 4Y1CA 3SPYA 1BI4B 4E7JA 3C6TA 4JS4A 4NYFA 3PX6A 1WSFA 4CF2A 4Z4GA 2HVIA 1FK9A 1VSIA 1QQCA 2RN2A 3BDPA 4ID5A 3HYFA 4IDKA 3RMCA 3QINA 3VN5A 4F3TA 3ISNC 3ZT3A 1T05A 3QETA 3NHGA 3AVFA 4CGDA 3ZSQA 3SQ0A 3AO3A 4LY7A 3ZT1A 3HVRA 3NF6A 4ZTFA 4KI6A 4ZHRA 2FBTA 3TANA 3NGIA 1TKTA 1F21A 4AHRA 2E6MA 4OPKA 1BI4A 1TKXA 1HNIA 3HVTA 4BACA 4RW4A 3EZ5A 3VA3A 3NGYA 4CHQA 4PWDA 3NF7A 3LZJA 1D9DA 1TAUA 2BANA 2QKKA 1WNSA 4PY5A 1VSDA 3VQDA 5HROA 4OVLA 3EY1A 5EU7A 1QSYA 3DI6A 2RKIA 3NBPA 4IKFA 3MEDA 3NH1A 4J2AA 2VWJA 1XI1A 1X1PA 4OJRA 3LAMA 3AO1A 4YNQA 4DLGA 3SYZA 3AA4A 1ASWA 4AHVA 2Z1JA 2FC0A 1KVBA 2YKNA 2YV0X 3FFIA 3HM9A 4HTUA 1KFSA 4Q0BA 3WNEA 3SJJA 5C42A 4LH4A 4W5NA 1EXQA 2YHAA 5FDLA 1WSJA 2OA8A 4Z4IA 1JLEA 2P5OA 4EP4A 1J5OA 1BCOA 3OYHA 4CCHA 4E7LA 2HVHA 2X6NA 1B9FA 1LWCA 1BCMA 1C0TA 1VSLA 3NH0A 3L2QA 2PYJA 4MQ3A 3CFPA 4FM2A 3VQBA 4C8KA 4K8XA 5KTQA 1C1CA 3E01A 1HYSA 3DRPA 4CK3A 3NE6A 1Q9XA 4N47A 2HB5A 1NK6A 1RT6A 3OYKA 4DS5A 3HPHA 1WAFA 2YKMA 4E7KA 1CZ9A 4KPYA 4E3SA 3K5LA 1L3UA 5J1EA 2YNGA 3DLEA 1IH7A 4FLWA 3ZSRA 1NJXA 1ZBHA 3CM5A 4DQSA 3L8BA 1RT4A 5T7BA 2A1SA 3RWUA 3ZSVA 2HMIA 4N41A 2P1JA 1HYVA 1MU2A 4DSLA 1VSJA 3O3GA 1LAVA 3AV9A 3OYEA 3TAPA 4I2QA 3VQEA 3ZSYA 3DRRA 1S6QA 4DTNA 5CZ1A 4ELUA 4DTXA 4I7FA 3ZT0A 3QEPA 1SUQA 2HHSA 4CJQA 4CEAA 4CK2A 3KLIA 2QKBA 2F8SA 4EZ6A 3AVNA 3U3YA 1ZBLA 1D9FA 2BGGA 4AHUA 3D0PA 2RF2A 4E89A 4CHZA 1REVA 1RBTA 4E0DA 5C24A 4C8NA 5J2PA 3DLHA 4KREA 2FBYA 4LSNA 4Z0UA 3VQ4A 3PO5A 4CERA 1FKOA 2Z1GA 4FZZA 4B3OA 2IDOA 4DQRA 3LWLA 1T03A 1BGXT 1VSHA 3LAKA 1JXBA 3K59A 4B9MA 5I3UA 1C1AA 5HLFA 2OPPA 3ZSWA 4J2EA 5J2QA 3SI6A 4DFJA 2I5JA 3HT3A 2GV9A 4M45A 3LP0A 3MXIA 4J2BA 4BE2A 4CJTA 3AO4A 4CGFA 3K2PA 1I3AA 3AVHA 2Z1HA 3M8QA 1UOCA 5CYMA 4BWJA 3T1AA 3S3MA 4KI4A 2G8IA 1GOCA 1S6PA 3KJVA 4Z4FA 1TK0A 4IG0A 3AVLA 3TAGA 1JL2A 1VSFA 4RG8A 5HBMA 1RDCA 1TL3A 3O4QA 4TSXA 3AVJA 3V9WA 3QEWA 1RTJA 2YNFA 1KLNA 4CEDA 1NKBA 1LWEA 1U04A 3SQ4A 1I39A 4KRFA 1JLQA 1CXQA 3OYNA 2EX3A 3LP2A 4KTQA 3DOLA 1RTIA 4CF9A 4E1MA 3DLBA 1C6VA 1RBSA 1ZBIA 2O4IA 3S9HA 2XY5A 3NGZA 4G1QA 4FJMA 1EX4A 5HRRA 3HL8A 5KI6A 4CHOA 1VSKA 3V9UA 4ELTA 4AHCA 2G8WA 2F96A 1YTUA 3K57A 2OPQA 5FROA 3ZCMA 4CIGA 1J54A 1HPZA 2D0AA 3NH2A 3TABA 1CXUA 2E6LA 1XHZA 5SWMA 3KIOA 1KVCA 2P51A 1BL3A 3S3OA 5CZ2A 2X6SA 3D45A 2G8VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RBUA 5JS1A 1T6CA 3EE8A 1C1BA 4AHSA 3VPZA 4DSJA 1IBMK 1GLLO 3DRSA 4O5FA 3TSUA 4XIUA 3CFOA 4H4OA 1G15A 4KH6A 4DB3A 2VG6A 4FJGA 3GG4A 1IKXA 4JK7A 1DKGD 4YOVA 4MDAA 2GBZA 1HQUA 1GLCG 4CFDA 3PSIA 5HRSA 4BDPA 2IAJA 3TARA 1NOZA 1HNZK 3VEOA 2JWLA 4R5PA 2E1ZA 3C6AA 4JI7K 3EEQA 4DQQA 1CLQA 4KB0A 2ZGYA 4DV3K 4B3RK 4PL8A 5C25A 4FPBA 2XHBA 4JHDB 4IJNA 2QXFA 5MLCQ 4O0JA 1HMVA 4FW1A 1GOAA 3OHRA 1W0HA 2HNDA 3OS1A 3RMAA 4HHTA 4CE9A 3QERA 3C6UA 4RW9A 4CZKA 4IFVA 4DTJA 2P5GA 4DFKA 4DS4A 4W5OA 1Q82O 3V1OA 1VQLN 1BWFO 1FKPA 1UA1A 4FK0A 2P9SB 3RR7A 3BY5A 1E4GT 5JVGL 2LSNA 3MWTA 5CR4A 1NJWA 1LAWA 3AVCA 3LP3A 5C2FA 3SUPA 2QWLA 4G9ZA 2IIRA 2YHBA 3TTFA 1KAXA 4BVOA 3HPGA 3RRGA 3SBGA 1BDGA 1CZBA 3V1QA 1N5YA 3SJHA 4DQPA 3OW2M 1NLVA 5BR9A 2GELA 1DTTA 2XRIA 3LM2A 4K43A 2DY4A 3I55N 3FZMA 3NCIA 3J8AA 4N56A 1DTQA 4CZGA 5JICA 4GVMA 3GBTA 4BRLA 4CF1A 4K41A 1S72N 2P9IB 2KFZA 3AA5X 3JAMO 1Z25A 4BRQA 3G71N 3CFRA 1E4FT 4OLBA 4CFBA 1JL1A 2Q2RA 1KXPA 2P9PB 2F9TA 2RPIA 3ZETB 4AILC 5BR8K 3D2FA 3MWPA 4IDHA 5H1SQ 3L3VA 1HYZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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