4FZXC

Exonuclease x in complex with 3' overhanging duplex dna
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 38
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzxC00
1WSGA 2OZSA 3CFPA 4KB0A 3WNFA 4DMNA 1EXQA 4ICLA 3D0PA 3KLGA 1QE1A 3AVCA 4DS4A 1CXQA 4CJ5A 2ZE2A 4LH5A 3HP6A 3NDKA 5I42A 3HJFA 2HHTA 1L5UA 3K5OA 2E6LA 3HT3A 4YNQA 3QEPA 4HHTA 1JLQA 3OS1A 2XY6A 1NOYA 4CF0A 4CF8A 3AA2A 1NK7A 1WAJA 4B08A 1JXEA 3T19A 4CHZA 1ZBLA 3T1AA 3JSMA 1NK9A 2ITGA 3IS9A 3T3FA 3V1RA 4CJSA 3ZSQA 3DRSA 4LY7A 4Y1DA 3SPZA 3ZT0A 4NCAA 4E7KA 1BQMA 2P5OA 1UWBA 3TAQA 4FM1A 3KLIA 4C8OA 1HMVA 1Q9YA 4KREA 3VA0A 1MU2A 2AJQA 2Z1JA 4F4KA 3CM5A 3MEDA 2HNDA 5FRMA 3O4QA 4CJLA 2G8IA 4KAZA 2IC3A 3ZCMA 2HHSA 2ZD1A 2P5GA 2OA8A 4Z4FA 4F2RA 4W5QA 4J2EA 1JLFA 3V81A 4B9MA 4CEDA 2LSNA 3WNGA 3DMJA 4CJTA 1SKRA 3E01A 1T8EA 2E4LA 4NYNA 3L3UA 5FROA 1QSSA 4B9LA 2G8VA 3LPUA 2DFFA 5J2NA 2IOCA 4KI4A 1BCOA 5HLFA 1SV5A 1XHXA 3M8RA 3AVIA 2A1SA 1RDCA 2VWKA 2IAJA 3DRPA 4FLVA 4FJ9A 3ASMA 3SI6A 3TWHA 3VQCA 3OYCA 1BI4B 1FKOA 1SKSA 3TAPA 4OPKA 1N5YA 3PX4A 2FBXA 1BHLA 1RDBA 3NF6A 3I0SA 1U48A 3OS2A 1RBRA 1RBTA 4CJFA 3RMCA 1RILA 4JLHA 1L3TA 1EP4A 4IFVA 3VQ5A 5C42A 3S9HA 3AO5A 3AVHA 3D45A 3DLRA 3DOLA 4OVLA 5C24A 2VWJA 4DTXA 2QKKA 3QEIA 2B5JA 4GW6A 4KTQA 5KI6A 3TAGA 2HHWA 3ISNC 3TI0A 4BDPA 3ZSWA 3HP9A 1LAWA 4L8RB 3LP0A 1BGXT 4BACA 3LWMA 3NH2A 4AH9A 2QK9A 1KTQA 1S1XA 4OJRA 4CHNA 4FJIA 1ZBHA 2HMIA 4FLUA 4RW7A 2OPRA 1NK8A 1RDAA 3OYBA 3C6TA 4CHYA 3TABA 2Z1IA 3NF8A 3MXJA 4CJQA 5SWMA 1LV5A 4B9UA 1KCFA 3L2RA 1T03A 3ZSZA 1I39A 1A5XA 3OYAA 3V6DA 2RKIA 4KTWA 4RG8A 3WNHA 4CIGA 4E19A 3RMDA 3HXMA 5C25A 3SQ4A 2YV0X 4DFPA 2PYLA 3G10A 4HUGA 4H4MA 3P83D 4WE1A 5J2QA 3PY8A 4OGEA 2OPSA 3RWUA 4FZZA 3DLHA 4FK4A 3K57A 3ZSRA 1VRUA 1FXXA 4CHOA 4FLTA 4RW6A 1D5AA 1U04A 4KV8A 4O0IA 4FJ7A 4CGJA 3PX0A 4ELTA 1ZYQA 4CK2A 1NOZA 4BE0A 3RRHA 1TAUA 4F3OA 1RBUA 2G8FA 3AVJA 3HM9A 1QSLA 1UAXA 3M8PA 3EYZA 4KRFA 3QIOA 1HYSA 3HK2A 2OYQA 4Z4CA 3ZSVA 4HUFA 2YKNA 5DK5A 4CJKA 3SPYA 1ASVA 4CF9A 3RMAA 3S3OA 3V1OA 3VQ7A 1BI4A 4CEZA 4CFBA 3V4IA 2XHBA 2X78A 1L3SA 4F3TA 4CJUA 2XY8A 1JLGA 3ALYA 4FLWA 1X9WA 4CJPA 3MEEA 4DU4A 1FK9A 1HQEA 3SUQA 4KHYA 3QERA 3H08A 2P1JA 1IO2A 1RT6A 3AA5X 1DTTA 4KTZA 4DQRA 3U3YA 2GBZA 3S3MA 3V9SA 1WSEA 1K6YA 4M3WA 2ATQA 2KW4A 3VQPA 1A5WA 1NJWA 4FJMA 4N5SA 3OYMA 3OYNA 3L2QA 1WSHA 3QLHA 5CYMA 4FJ5A 4FJGA 3AO4A 1RT1A 3SCXA 1QSYA 1NK0A 4JRPA 4KI6A 4FYDA 4CGFA 4OPJA 1IKVA 1LWCA 2BE2A 4M45A 5KRSA 3CFOA 4ID1A 5E41A 2BGGA 5CZ1A 3ZSOA 2YHBA 1TVRA 1TK8A 2KZZA 1TKZA 5JS2A 1SKWA 2OPQA 1X1PA 4XIUA 4B3OA 3ZT3A 4E7IA 4B9NA 1UOCA 1RT7A 3K58A 1NK5A 1NJZA 1NK4A 4DU1A 4DFMA 4CF2A 3AO3A 3PV8A 3S3NA 4FJHA 1IH7A 4FM0A 4Z0UA 4LSNA 2G8UA 4LD0A 4CECA 4CJ4A 3DRRA 3KKSA 3OS0A 4JRQA 1RT4A 3MECA 4QCLA 1DLOA 1G15A 1O1WA 1U45A 1KSPA 4RW4A 5T7BA 4Z4HA 3VQ8A 1BIZA 1S1WA 2KQ2A 3NGIA 5J2MA 2GV9A 3AA4A 2JGUA 3BGRA 2G8HA 1WSFA 3HVRA 3TAEA 1D9FA 2HVIA 4H8KA 3DOKA 4CJ3A 4DTMA 3AVKA 4KHNA 1B92A 2IDOA 4KHUA 3OYGA 1RDDA 1RBSA 1VSKA 4CGDA 4YFUA 3QEXA 4M42A 4ZTFA 3V1QA 5HROA 3RR8A 4E7LA 4CCHA 3QIPA 3AVFA 2WONA 4J2AA 1XWLA 4DFJA 2BANA 2D5RA 4Z4IA 2FBYA 1I3AA 2VG7A 2Y1JA 3SQ1A 1R0AA 2HNYA 1TL3A 4FW2A 1VSIA 4CESA 5HP1A 2HVHA 3QEWA 1RTDA 3BDPA 2F96A 2BDPA 4CHQA 4ELVA 4OKKA 2KFZA 4G1QA 1VSJA 3V9XA 1WLJA 3L8BA 2DFHA 3DYAA 1S9EA 1CZ9A 3KKRA 5HRRA 3O4NA 3K5NA 4EZ9A 3NH1A 4O4GA 2E6MA 4FJKA 4AHCA 3K5MA 3HO1A 2KFNA 3QINA 1A5VA 1XC9A 1KRPA 3IRXA 2HB5A 1QHTA 4OKEA 1KVCA 1VSMA 3L2WA 4FK0A 3KLEA 3IG1A 4E89A 2ZQBA 1B9DA 2HNZA 4KHSA 2YNHA 4CGGA 3ZT1A 4H4OA 1VK0A 1EKEA 2I5JA 2QXFA 3HVTA 1NKBA 1RNHA 3NCIA 1VSEA 3F73A 3SQ0A 4CE9A 1X9SA 5DMRA 3K59A 2EX3A 2D0AA 3ZSYA 2YKMA 4CGIA 1HJRA 4CK3A 3OJUA 1KLNA 3NFAA 5FDLA 3KD5E 3LALA 4MFBA 4IFYA 3NHGA 1VRTA 4OGCA 4DSIA 1D8YA 3F9KA 4E7JA 1Z25A 3OYEA 3V9UA 2GUIA 5KTQA 4DLGA 4PWDA 4K8XA 4CEAA 1KVBA 3TR8A 4J2DA 3LWLA 4KKOA 3HPGA 3O3HA 1T05A 3OY9A 3DLBA 4IKFA 4DQQA 3LDSA 1CXUA 3HPOA 1VSHA 4CJEA 3AVMA 3O3GA 4CJRA 4FJJA 1HNIA 1CZBA 1Q8IA 3ZSXA 4CIFA 1KVAA 4B9TA 3VQAA 3AA3A 4UQGA 1U47A 1NKEA 1S5JA 3I0RA 3CG7A 4FJXA 4IG0A 4BWJA 3K5LA 3AVNA 4E1MA 4BE1A 1SL0A 4NCBA 3EY1A 2RF2A 1LAVA 2YNGA 1UA1A 2HW3A 4M3UA 3TANA 1IKXA 3LP1A 1RT3A 1LW2A 1ASWA 1S1UA 2RPIA 3CYMA 3HYFA 3NF9A 4O55A 4AHUA 1YVUA 4DSKA 5D3GA 2F8SA 4B8CA 2HHQA 1C1BA 4PUOA 4KO0A 4DFKA 5HRPA 3ZT4A 3IAYA 4BWMA 1S1TA 3HPHA 4EP5A 4HCBA 2HHVA 4IG3A 2KZMA 3AVLA 1C0MA 4CEOA 2G8WA 1JXBA 3UIQA 4JS4A 2B4JA 1JLEA 2O4IA 3VQDA 4GVMA 4DTRA 2G8KA 1J54A 4ELUA 3P5JA 1F21A 3OYJA 3VQ9A 3WNEA 3NE6A 3EZ5A 3CFRA 4FM2A 3QNOA 3SQ2A 4QOZB 1HNVA 2DTUA 3I8DA 4Q5VA 3HSTB 3NBPA 2KTQA 5JS1A 2EHGA 3OYHA 3M8SA 3KTQA 1JKHA 4Q0BA 4DTJA 4PY5A 2X74A 1D9DA 4CEBA 4FZXC 4N47A 4DQIA 4N76A 3C94A 4CHPA 3RR7A 4FLYA 3OYDA 1WSIA 3DLKA 4FLZA 2QKBA 1TKTA 1JLAA 4DTPA 4C8KA 5SZTA 3MAQA 3AVAA 4FJLA 5I3UA 2A1RA 5HBMA 4HCCA 3K2PA 1RBVA 3QEVA 3SUOA 5EU7A 3B6PA 3P1GA 2FBVA 5FRNA 4JS5A 4B9SA 3TAMA 1KFSA 1L3UA 3PUFA 1RCHA 2FC0A 3SUPA 1KFDA 1BISA 2YNIA 4AHRA 1VSFA 4CFAA 1RT2A 3U3GA 1RTIA 2PYJA 1TAQA 2OPPA 5J2PA 1RT5A 3DI6A 2YHAA 4LH4A 4DG1A 3NGYA 3L2VA 4DSJA 4W5NA 1WN7A 3TAFA 1T7PA 1Z26A 4FW1A 4DS5A 2IGIA 4C8LA 4DTOA 4HVJA 5KGXA 4CJVA 3LZIA 2PY5A 1KLMA 1S9GA 2D0BA 4FLXA 2HHXA 1LWFA 3KD1E 1ASUA 3VQBA 3OYLA 2DFEA 3KLHA 4OLAA 4C8MA 1RTJA 1LW0A 3LPTA 4DTSA 1SL1A 3L2UA 5CY4A 4ID5A 4KHQA 4I2PA 4M3YA 4RW9A 2WOMA 2NUBA 3V9WA 3SUNA 4BDZA 2OZMA 3KJVA 3VQ4A 4CERA 2RN2A 3V9ZA 4EZ6A 4AHTA 1QQCA 3L3VA 1LWEA 1SUQA 2X6NA 3C95A 4DSEA 4NCGA 4HTUA 4BDYA 4O5BA 4CIEA 1WAFA 1TKXA 4IDKA 2ETJA 2IS3A 1BCMA 1C1CA 2XO7A 3QETA 4AILC 5CYQA 1TK5A 1XI1A 4F2SA 4CF1A 4DQPA 4FZYA 4FXDA 4ZTJA 1EX4A 1SL2A 1FKPA 4B8AB 4CK1A 3KK2A 4AHSA 1C1AA 3LP3A 3QNNA 4DQSA 5KRTA 2XRIA 4BE2A 1VSLA 1S6QA 4DWIA 4E0DA 4CFDA 4GMJB 1NKCA 4N41A 3LP2A 5K14A 4CEEA 4W5OA 3OYKA 4M41A 3MXMA 4FCYA 1U4BA 1IG9A 5HRSA 4Y1CA 3ULDA 4PQUA 1RTHA 3LZJA 3PO5A 3RMBA 1DTQA 5CZ2A 4CGHA 1X9MA 3KLFA 3RRGA 3TARA 4KB1A 2DY4A 4DTUA 1GOBA 3THVA 4FVMA 4CEQA 4R5PA 1YT3A 4ZHRA 2Z1GA 4E3SA 3AVBA 3A2FA 3CM6A 3QESA 4F8RA 1S6PA 3JYTA 3VA3A 3AVGA 3OYFA 3OJSA 1JL1A 2VG5A 3C6UA 3G0ZA 2Y1IA 1CLQA 2D0CA 2P51A 3DLGA 1HPZA 2JLEA 3AO1A 1BL3A 4I9LA 4O44A 4QAGA 1J5OA 2W42A 1W0HA 4CEFA 1C0UA 1JLCA 4Z4GA 3VQQA 2R7YA 4I7FA 4DSFA 1J53A 4KHWA 3O3FA 4CJWA 1L3VA 1W9HA 1BIUA 4MQ3A 3FFIA 4PA1A 1WNSA 1WSJA 4CFCA 3PO4A 3M8QA 3OVNA 1TL1A 1TK0A 4AHVA 1GOCA 1REVA 4HUEA 1HQUA 1N6QA 3NF7A 1J9AA 1TKDA 1NJXA 4C8NA 4OLBA 4NYFA 1IKWA 2VG6A 1NK6A 4KPYA 4FJ8A 3RTVA 2O4GA 1U49A 2B6AA 1VSDA 4RW8A 4KFBA 2XY5A 4OKJA 3DLEA 4W5TA 1ZBUA 4W5RA 1GOAA 3SZ2A 3MXIA 4N56A 2Q3SA 3SJJA 1ITGA 1YTAA 4FK2A 1C0TA 1JLBA 3B6OA 3KIOA 3AO2A 4DLEA 4K8ZA 3U6FA 1C6VA 3NGZA 3LANA 4IBNA 4TSXA 3ZT2A 5HRNA 3AV9A 1HYZA 1HYVA 3MEGA 5KGWA 1TV6A 1ZBIA 4I9QA 4M3XA 4M3RA 1UA0A 4M3ZA 2X6SA 2XY7A 1QTMA 3NAEA 3NH0A 1YTUA 4I2QA 4Z4EA 4LSLA 4E1NA 4DF4A 4O0JA 4EP4A 3SV4A 1JL2A 3LAKA 2HHUA 3KK1A 3SYZA 1Y97A 1XHZA 1QS4A 4B9VA 4FJNA 1TGOA 3CQ8A 3SV3A 1NJYA 1B9FA 1S1VA 3PX6A 2FBTA 1BQNA 2PZSA 4DSLA 3VN5A 3LAMA 3VQEA 3SNNA 5J1EA 4E7HA 3VQ6A 3ITHA 4J2BA 4DF8A 4DU3A 1IKYA 3DM2A 3KK3A 3HL8A 2Z1HA 1EETA 1HRHA 2YNFA 3QO9A 3OYIA 4DTNA 4M3TA 1Q9XA 1ZBFA 2F8TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OH6A 3MDQA 1BG3A 2VGMA 4ICLA 3D0PA 1LOTB 4DS4A 1CXQA 2ZE2A 4JKCA 5I42A 3K5OA 4B1WB 2P9IB 4FWRA 4YNQA 3QEPA 1WB9A 4HHTA 2NRXA 1NOYA 3O1BA 4B08A 2P9LA 3THXA 2ITGA 3IS9A 3O1WA 4DV4K 3DRSA 3SPZA 1N36K 4BGAA 3TAQA 1NWKA 5M1NA 1MU2A 4JKFA 2NRWA 2HNDA 3O4QA 4KAZA 3ULEA 3ZCMA 5GAGP 2P5GA 4BR0A 4J2EA 3R6MA 1JLFA 1NMNA 4EFHA 4B3TK 3E01A 3L3UA 5AQRA 4KI4A 3J81O 1BCOA 1SV5A 4FOEA 1TYQA 3VMFB 2UUAK 2A1SA 3AVIA 2VWKA 1BI4B 1N5YA 3A8YA 1BHLA 3I0SA 1J5EK 4CJFA 1IBMK 1EP4A 3HZ6A 2F9TA 1JCFA 3VQ5A 2A6AA 2QKKA 3DOLA 2VWJA 4DTXA 3L4QA 4L3QA 3RVCA 3QEIA 4M7XA 1I94K 4BDPA 3ZSWA 3HP9A 3R9PA 4L8RB 4DUYK 4BACA 3NH2A 2QK9A 3EKUA 4JHDB 4BR7A 3OW2M 4RW7A 2FSJA 3C6TA 3NF8A 4GV9A 3MXJA 1LV5A 4CZKA 4B9UA 3D2EB 3OYAA 5TKWA 4A57A 1Y64A 5M1OA 4HUGA 4H4MA 3P83D 3RWUA 4QS7A 5BPLA 4FLTA 1U04A 4O0IA 4KV8A 1XMQK 4FJ7A 5LMNK 1NOZA 3RRHA 3LL3A 4KRFA 4JD2B 3VF4A 3HK2A 3MCAB 1BA1A 5EOYA 1NM1A 1BI4A 4CEZA 3V4IA 1YAGA 1GLCG 3QERA 4KTZA 2GBZA 4FJMA 3QLHA 3D7EO 4FJGA 1JCGA 1RT1A 3SCXA 4OPJA 2QWQA 4MDBA 4XH5A 1IKVA 5E41A 4ID1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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