4FZYA

Exonuclease x in complex with 12bp blunt-ended dsdna
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*G)-3')
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzyA00
4DTMA 1HJRA 4FJNA 4IFYA 1HYVA 3AVMA 1HNVA 4N56A 4EZ9A 4FLVA 4Z4HA 1Q9YA 4W5RA 4CFDA 3V6DA 2QKBA 1S1UA 4PUOA 4BDYA 1FK9A 5HRRA 3L3VA 1S5JA 3VA3A 5KTQA 1VSHA 1S1WA 3KKSA 4M3RA 2G8UA 4CGIA 2W42A 1T8EA 1BQNA 3AA5X 3SUOA 4DSKA 1TKZA 1SL2A 4DSEA 1C0MA 1RBRA 1RDAA 3P1GA 2DY4A 4ELVA 4C8LA 3S3OA 3LAKA 1IKXA 1RTHA 3BDPA 4M41A 3TAGA 3V9UA 5K14A 1HNIA 1CXQA 1IKVA 3QEXA 4FJKA 1C1AA 3G10A 3VQ9A 2G8KA 4IKFA 4O0JA 2Z1HA 4CIGA 3O3HA 4B9LA 1C6VA 1TV6A 1BCMA 1VK0A 2GUIA 3TR8A 3S9HA 1LWEA 1LW2A 4KKOA 3NAEA 1N6QA 1RT1A 3V1QA 1RDCA 4FLUA 3E01A 3AVAA 3ZT4A 4CF9A 4Z4FA 3OYKA 4F4KA 3OYAA 4KHUA 4CEOA 3I0RA 3IG1A 3DYAA 2ITGA 2Z1IA 4FW1A 3RMBA 3QETA 1FKOA 1L3TA 4KPYA 2YHBA 3NH0A 5C25A 2D0AA 4OKKA 3QESA 3DI6A 3SQ4A 3SPYA 4CGGA 3D45A 1ZYQA 5HRPA 3M8PA 3MAQA 1RTDA 2P1JA 3U3YA 1RT4A 1HYSA 1VSIA 1IH7A 4M3WA 4CJ5A 2BGGA 2YNHA 3CYMA 4FVMA 1JKHA 4CK1A 1C0TA 3T3FA 1EETA 1JXEA 2OPQA 3H08A 4LH5A 3ITHA 4CJPA 3SZ2A 1TVRA 3LAMA 3EZ5A 4KHNA 3CFOA 1XI1A 3VQDA 1VSJA 3CM5A 2XO7A 1A5XA 1S6QA 1JLEA 3SV4A 3VA0A 3ZT2A 4M3XA 1NK0A 2Z1JA 4CEZA 1TK8A 4C8KA 2IGIA 4AH9A 1TK0A 1BIZA 3JYTA 4DSFA 2IS3A 2X78A 4FK0A 2ETJA 3HPGA 2VWJA 5CYQA 2VG7A 4M3YA 4QAGA 3V1RA 2XY8A 1LWFA 3O4QA 4HHTA 2XY6A 1Q9XA 2PYJA 1TKDA 3IAYA 2PZSA 4HVJA 4BDZA 3SPZA 3AO4A 4CJFA 1UWBA 1C1CA 2YHAA 3MECA 3HVRA 4KI6A 2PY5A 3HL8A 2WONA 4FJJA 3SNNA 3AVIA 4BE0A 4BE1A 4DTRA 1U4BA 1QE1A 1ZBFA 3LWLA 3ZSVA 2Y1IA 4G1QA 4CJSA 3NH1A 4BE2A 4DQRA 1D9FA 1S1TA 3DLHA 3FFIA 3ZSQA 4IBNA 1SL0A 4FLXA 2KW4A 4W5NA 5T7BA 4XIUA 1NK5A 3DLBA 3AVGA 3U3GA 2OYQA 2HHTA 5HROA 2G8FA 3KD5E 2A1SA 1WSHA 2KQ2A 3V81A 1ZBLA 3EYZA 1DLOA 2B4JA 2XRIA 3QIOA 3L8BA 4FLWA 2IC3A 4JLHA 3QEIA 2YNIA 2QKKA 2P5GA 4EP5A 4Y1CA 1NOYA 3S3NA 2OA8A 4TSXA 2Y1JA 4EZ6A 2Q3SA 3AVJA 4CGFA 1VRTA 4DF4A 3PV8A 3RWUA 1NK4A 5D3GA 5J1EA 1RT5A 3SQ2A 1W9HA 4CGHA 4DS4A 2XY5A 1TL1A 1RBUA 2XHBA 4FJ5A 4IG0A 2DTUA 3ISNC 4CEQA 3HK2A 1IKWA 4FJLA 2DFFA 1RBTA 2RN2A 5SZTA 3THVA 5CZ2A 3HPOA 4GMJB 3RR7A 2F8SA 2HHSA 3P5JA 3VQ6A 4Z4EA 2ZD1A 1BI4A 1JLGA 4CEFA 2OPSA 4OVLA 2GV9A 4CFAA 3QNOA 3AVCA 3NGYA 5I3UA 4CERA 4I7FA 1GOBA 4E3SA 3HJFA 3KIOA 4H4MA 3T1AA 4DMNA 4JRPA 1QS4A 4KB0A 4DFJA 3OYBA 3L2UA 3ZSOA 2G8HA 1S1XA 4O44A 3SUQA 3RMCA 3LP0A 4KHSA 2F96A 4B3OA 4ICLA 2HNZA 2G8WA 4J2EA 2KFNA 1C1BA 3B6PA 3AA2A 1S9EA 4AHRA 3MXJA 4E7KA 3AVBA 4DTUA 2IAJA 4W5QA 1HPZA 4E1MA 2YNFA 3VQ7A 4ZTJA 1L3UA 4FZXC 4DQSA 4CGDA 3HXMA 3O4NA 3CG7A 3JSMA 1D9DA 4JS5A 1CZ9A 1A5VA 4K8XA 3NFAA 4O5BA 2ZQBA 2YKNA 1Q8IA 2X74A 4M45A 2HVHA 4FK2A 3CFPA 1ZBIA 2KZZA 4FK4A 4BACA 2RKIA 4C8MA 3NDKA 1X9MA 3BGRA 2RPIA 3KK3A 3NF6A 4KO0A 3TWHA 3KD1E 4B9MA 4DFPA 4IG3A 4AHVA 1DTTA 1VSFA 1L3SA 3CFRA 2HHVA 1R0AA 4C8NA 3QEVA 1TAQA 1JLCA 4FM1A 1B9DA 1J54A 1LW0A 1CZBA 3DLEA 4CJUA 1SL1A 2FC0A 2YKMA 1HYZA 3LZIA 1UAXA 1JLBA 1VSEA 1WSGA 2DFHA 4DTOA 4DLEA 3K57A 4ELUA 4FJXA 1TAUA 4CECA 4R5PA 3M8RA 3AA3A 3ZSWA 4CEAA 3KKRA 2HHUA 2FBYA 3ZSXA 1BGXT 1NK9A 4OLBA 3L2VA 1S6PA 4OKJA 1QTMA 4KREA 4M42A 5KRSA 4UQGA 1WSEA 1JLFA 2EHGA 3MEDA 4AHUA 4CEBA 3F73A 2XY7A 1XC9A 3OJUA 4DTXA 3QEWA 1X1PA 3L2RA 4KTZA 4CCHA 5JS2A 3PY8A 1KTQA 3HPHA 4CJWA 3K5MA 3OS0A 1J53A 1WSIA 3VQCA 1CXUA 3DRSA 4CESA 1NJXA 5EU7A 3TI0A 3NF8A 4W5OA 2HNYA 4DU4A 4Y1DA 3I0SA 1HQEA 4OKEA 4AILC 3OS2A 4FLZA 4F2RA 4ELTA 1BCOA 3WNEA 5E41A 4FJ9A 4PWDA 3SUPA 3LP1A 2HW3A 4DSJA 1EX4A 2HHWA 2D0BA 4DFMA 1EP4A 4DSLA 1JL1A 4J2AA 3HM9A 3IS9A 4CJRA 4F3OA 1S9GA 1SKRA 3U6FA 1B92A 4DWIA 1X9SA 4OJRA 5FDLA 3LP3A 1IO2A 4OLAA 1WLJA 4NCGA 2E4LA 3KLHA 3VQ8A 3OS1A 1RDBA 1XHZA 4ID1A 1WNSA 4DSIA 1HRHA 4YNQA 4F3TA 1KFSA 4DG1A 2IDOA 3NCIA 1NKEA 3O3FA 5KI6A 3OYIA 3DM2A 4M3ZA 4Q0BA 1TL3A 1YTAA 4CIFA 2OZMA 3A2FA 3HVTA 4JS4A 1JLQA 1QHTA 5FROA 4HUFA 3SUNA 4OPKA 4CHNA 4MFBA 2G8VA 1KSPA 2OZSA 2X6NA 3PX6A 1RDDA 1YVUA 2EX3A 4KTWA 4ZHRA 3ZT1A 2B6AA 4FJ7A 1Z26A 1BQMA 4J2BA 1WAFA 4DLGA 1NJZA 2HVIA 1RNHA 1RT2A 1B9FA 3HSTB 4LSNA 4B08A 4E7HA 3RMAA 4DTJA 1LWCA 3EY1A 3TAQA 5FRNA 3TAMA 3NBPA 1BHLA 5HRSA 5C42A 2P51A 3OYHA 1NKBA 3C94A 3ZCMA 4CF2A 3KLIA 4RW4A 1QSYA 4CJEA 1ASVA 2Z1GA 5HBMA 3VQEA 1I3AA 4O4GA 4B9TA 3V4IA 2P5OA 4QOZB 1QQCA 3T19A 4E1NA 3V9XA 4KHYA 3VQ4A 3V9ZA 4KRFA 3KTQA 3QLHA 4FLYA 1NK7A 5HP1A 4B9UA 4ZTFA 4CIEA 2YNGA 1YT3A 4B9VA 1TKXA 4E19A 4HUGA 4B8CA 4E0DA 2IOCA 3OYNA 1KLMA 1L5UA 1VSDA 1QSSA 5J2MA 1REVA 1ITGA 3MXMA 5HLFA 3NH2A 1MU2A 2KFZA 4I2PA 4NCBA 3PX4A 3SQ1A 1U49A 1IG9A 4FJHA 1WAJA 1O1WA 4DTSA 5CYMA 2R7YA 4M3UA 2HHXA 3QINA 2HMIA 2B5JA 4I9LA 4C8OA 3DOLA 3AV9A 4MQ3A 5KGWA 4CK3A 3L3UA 4LSLA 4CF1A 3OYMA 3UIQA 3CM6A 4RW6A 3VQBA 4WE1A 1KFDA 1Z25A 1UA1A 5C24A 1CLQA 1BL3A 3HYFA 3ZT3A 1Y97A 4CHOA 3K5LA 5I42A 4FM0A 4GVMA 4FJMA 1YTUA 1EKEA 1JL2A 4FLTA 4AHSA 4H8KA 5DMRA 3ZSZA 1GOCA 3KLEA 4E7LA 3TABA 1T03A 1LAVA 2FBVA 3G0ZA 2X6SA 3VN5A 3NE6A 4CJ4A 2HNDA 4RW9A 4O55A 4JRQA 4CHQA 3MEEA 4CHPA 1VSLA 4HTUA 4DTPA 2KTQA 1L3VA 4CJTA 2A1RA 3LANA 3V9SA 1KLNA 4CFBA 4LH4A 3C6UA 1KVBA 4FW2A 1RTIA 4FJ8A 5J2NA 3WNGA 3DRRA 4J2DA 2VG6A 1RCHA 1RT6A 4BWMA 4CE9A 3OYGA 3L2QA 1SUQA 1N5YA 2KZMA 3K2PA 3AA4A 5SWMA 4IDKA 3OYLA 1VSKA 4HCCA 4FZZA 4KTQA 2OPRA 2JLEA 3TANA 4Z4IA 3HP6A 3AVFA 4FCYA 3KK1A 2QK9A 3K5OA 4GW6A 3ZT0A 3K58A 2HB5A 3LZJA 1HMVA 5HRNA 4CHYA 3HT3A 1BIUA 1KCFA 1UOCA 2NUBA 3V1OA 3D0PA 3PUFA 1SKWA 1F21A 2ZE2A 2QXFA 3SV3A 3PX0A 4H4OA 3F9KA 4B9SA 4LY7A 3VQAA 1NJWA 3SYZA 1ASWA 3HP9A 3VQPA 1RBSA 1BI4B 4CEEA 2BE2A 4KI4A 4DQIA 1DTQA 4BDPA 3P83D 1G15A 3VQQA 3WNFA 4Z0UA 2O4IA 1VSMA 4K8ZA 3TARA 2GBZA 3QERA 4I2QA 4DTNA 2VWKA 3NF7A 1RT3A 3DOKA 3LP2A 1S1VA 3ZSRA 4CJVA 4CFCA 1TKTA 4KHWA 1RT7A 4Q5VA 3PO4A 3B6OA 1XHXA 2ATQA 4PA1A 3NGZA 1U48A 2E6LA 2OPPA 4Z4CA 3AO3A 1C0UA 3OYDA 4CEDA 3RMDA 4E7IA 3OY9A 5KRTA 2LSNA 1WSJA 3S3MA 4AHTA 2WOMA 1NOZA 4OGEA 1UA0A 5J2PA 1VRUA 3L2WA 3IRXA 1KVCA 4F8RA 4N41A 2BDPA 3SCXA 1IKYA 4ID5A 4IFVA 5CZ1A 4O0IA 4FJGA 4FZYA 4PY5A 3KLFA 3C95A 1NK8A 4E7JA 2RF2A 2E6MA 3C6TA 3SJJA 3SI6A 4CHZA 2PYLA 4YFUA 4FXDA 3AVNA 5KGXA 1XWLA 4HUEA 5CY4A 3OYCA 1U04A 3ULDA 4AHCA 4M3TA 1BISA 1RILA 3OVNA 3QIPA 2G8IA 3MXIA 3NF9A 1NKCA 3KLGA 1D5AA 4RW7A 4KFBA 4E89A 3TAEA 3SQ0A 5JS1A 2JGUA 3ASMA 3AVLA 4KHQA 2BANA 3AO5A 1RBVA 4KV8A 4N5SA 3TAPA 3QNNA 1ZBHA 4NCAA 4CF8A 1T05A 1KRPA 4I9QA 3DMJA 4F2SA 1WN7A 4NYNA 3DLGA 3K5NA 4KAZA 2I5JA 4B8AB 5DK5A 4CJ3A 4DS5A 4FM2A 1J5OA 4W5TA 4HCBA 4DU3A 4RW8A 3OYFA 3K59A 3RRGA 4DU1A 3I8DA 1TGOA 4QCLA 3M8QA 3OYJA 2VG5A 3M8SA 3LWMA 1NK6A 4N76A 2AJQA 4EP4A 1I39A 3LPTA 1GOAA 4OGCA 4CF0A 3WNHA 2F8TA 3V9WA 4Z4GA 3OYEA 3O3GA 1QSLA 5FRMA 1U45A 2FBTA 5J2QA 4N47A 3TAFA 2FBXA 4DF8A 4KB1A 1A5WA 4L8RB 1WSFA 3ZSYA 1LV5A 1U47A 3DRPA 1SKSA 2HHQA 4CK2A 2D5RA 1FKPA 1LAWA 3KK2A 3RTVA 1NJYA 3VQ5A 1JXBA 1EXQA 3DLRA 2DFEA 3ALYA 4LD0A 4CJKA 3LALA 3QO9A 3AVHA 4NYFA 3RRHA 4B9NA 2YV0X 4RG8A 3HO1A 4OPJA 1HQUA 4CJLA 3OJSA 3AVKA 3NHGA 4DQPA 4BWJA 1FXXA 3RR8A 3QEPA 3NGIA 2O4GA 2D0CA 1ASUA 1J9AA 3KJVA 1JLAA 4DQQA 1X9WA 1D8YA 4DFKA 4FYDA 4CJQA 3LPUA 3CQ8A 1TK5A 3PO5A 4FJIA 1SV5A 3DLKA 1K6YA 1ZBUA 3MEGA 1RTJA 1W0HA 3LDSA 1T7PA 1KVAA 3AO2A 4PQUA 3AO1A 4CGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KZBA 4FJNA 4IFYA 1HYVA 1HKGA 4DKWA 2O8DB 1T3VA 3UKRA 4EZ9A 5AQFA 4FLVA 3V6DA 2QKBA 1TYQA 4OPAA 4BDYA 1TUYA 4JI3K 1WBDA 5CE3A 4M3RA 2W42A 4IWVA 3TSQA 1TKZA 1SL2A 4DSEA 3ZYYX 1RDAA 1IKXA 2OCEA 4M41A 3TAGA 2E5LK 3V9UA 5K14A 1QVGM 3H6EA 3E9OA 1HNIA 1CXQA 3QEXA 3EN9A 3ZEUB 4DV6K 2HHHK 4IKFA 4O0JA 2Z1HA 3O3HA 1K8AO 5CHIA 1VK0A 1LWEA 1RT1A 3E01A 4Z4FA 2JWKA 4CEOA 4E1JA 4CZLA 2Z1IA 3QETA 2F8SA 3NH0A 2D0AA 4OKKA 3SQ4A 3DI6A 3J7AP 2V52B 1XNQK 2BGGA 4BRDA 2I7NA 3CYMA 4FVMA 1JKHA 4ISFA 4CJPA 3SZ2A 3EZ5A 4BC4A 3CFOA 3VQDA 3CM5A 2XO7A 1K8KA 1A5XA 3SV4A 5C0YA 2Z1JA 4CEZA 4C8KA 1TK0A 1Q81O 4DSFA 2ETJA 3SAGA 4M3YA 4QAGA 2QWMA 3AO4A 4B3TK 1UWBA 3HVRA 4PL7A 4YDUC 1U4BA 3LDPA 3HM8A 4YHHK 1ZBFA 3ZSVA 4CJSA 4GVEA 1D9FA 4IBNA 3DLBA 2OYQA 3U3GA 2E20A 5AQQA 2ZWHA 5HROA 3KD5E 2IC3A 4JLHA 5JLFA 2QKKA 4TSXA 4EZ6A 2GWJA 1MWMA 3RWUA 1NK4A 5D3GA 5BN9A 1RT5A 3DJCA 3SQ2A 2I7PA 5M1FA 3FGUA 5AQZA 4PKGA 4CEQA 3U4LA 3THVA 4NLBA 3HPOA 3RR7A 3P5JA 3VQ6A 4Z4EA 2ZD1A 4CEFA 1OKJA 1YIJN 2UU9K 3EE8A 2GV9A 4CFAA 3AVCA 5E84A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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