4FZZA

Exonuclease x in complex with 5' overhanging duplex dna
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MLRIIDTETCGLQGGIVEIASVDVIDGKIVNPMSHLVRPDRPISPQAMAIHRITEAMVADKPWIEDVIPHYYGSEWYVAHNASFDRRVLPEMPGEWICTMKLARRLWPGIKYSNMALYKTRKLNVQTPPGLHHHRALYDCYITAALLIDIMNTSGWTAEQMADITG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Recognition and processing of double-stranded DNA by ExoX, a distributive 3'-5' exonuclease
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*GP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*GP*AP*G
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 44
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.-:
pdb deposition date 2012-07-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fzzA00
4OPJA 3ALYA 4DSIA 1RTHA 2XY8A 4KI4A 1RBVA 4J2BA 3VQ6A 4O0JA 4FM2A 4FVMA 4CJQA 4FM1A 3SV4A 4N47A 3TAEA 2OPSA 4CHQA 4CIGA 3HP6A 1UOCA 4BWMA 3MXIA 1T05A 5J2QA 2VWKA 4RW8A 4EP4A 3OYKA 2D0BA 1FXXA 3SQ0A 1QS4A 4DS5A 2A1RA 4CEDA 3V9UA 1RNHA 4CJUA 3OYLA 4NCBA 3TABA 1D9DA 3TR8A 4B9LA 3AA5X 3MEGA 4FJGA 3SQ4A 2E4LA 1NKCA 3O4NA 3TANA 1BIUA 5EU7A 2YNIA 3EYZA 4DFKA 3U3YA 1JLGA 3S3MA 3CQ8A 2RN2A 2HHTA 1I3AA 1LWCA 2YHBA 4JRQA 4E7JA 4E3SA 3ZSRA 3OYMA 2D0CA 4BE2A 3PX4A 4B9VA 3PO5A 4KFBA 4FLXA 1XC9A 1WLJA 4PY5A 4I9LA 4FW1A 5CZ1A 1UAXA 4CE9A 3HYFA 4H4MA 4Z4HA 4DSLA 4DQSA 4CESA 4O5BA 4CK1A 1NJWA 3K58A 3EZ5A 1LV5A 1G15A 4M3WA 4OKKA 1U4BA 3KLHA 1JLEA 4BE0A 3OYJA 1WSJA 2HW3A 3ITHA 4Y1CA 3VQEA 3HL8A 3ZSXA 4DF8A 2OZMA 1DTTA 1C0TA 3QNNA 4ELTA 2A1SA 4KB0A 1HNIA 4KHSA 4FLUA 2F8SA 2QK9A 1J53A 4AH9A 3OYEA 4KTQA 4XIUA 2FBTA 3L3VA 1RBUA 4B8AB 5E41A 3G0ZA 1LWFA 2G8WA 1CLQA 3VQDA 4FLTA 1BGXT 1TGOA 2IS3A 4BDZA 4M3YA 4C8KA 2P51A 3ZSWA 2BE2A 1Q9YA 4F8RA 4FZZA 1RILA 4C8MA 4DTNA 3CM6A 3VN5A 4BDYA 4J2EA 3HPHA 2VG7A 2DFHA 2P5OA 4FJJA 4IFVA 1GOAA 1VSEA 3DLHA 1TV6A 1R0AA 4FXDA 3ZSOA 2G8VA 1WAFA 4OVLA 2Z1JA 3ZSQA 4CGHA 1SL0A 2O4IA 4FK4A 2VWJA 1RTJA 1U47A 1IKXA 3T1AA 3V4IA 1RT7A 4LD0A 3VQ5A 3C95A 3V1OA 4CHPA 5SZTA 1C0MA 1X1PA 4IKFA 2X6NA 3C6TA 1NJZA 3NGYA 4KV8A 3M8QA 3P1GA 2NUBA 1BI4A 3L2QA 3NGZA 1L5UA 1JXBA 3KK3A 4Z4FA 1JLBA 2AJQA 3DYAA 4PA1A 4DQIA 2RKIA 1VRTA 4Z0UA 4HUEA 3WNHA 4IG0A 4CK2A 1D8YA 1RT2A 2VG5A 4KHNA 2G8IA 1BQMA 5KTQA 1KVAA 2G8FA 2X74A 4LH4A 5DMRA 2QXFA 1HYVA 3VQAA 1L3UA 1D9FA 3O4QA 3ZT3A 1NJYA 3I0RA 5HRNA 1XI1A 2HHWA 1QSLA 3V9XA 1GOCA 3M8PA 4F3OA 1C1AA 1FK9A 3NHGA 4Z4EA 2OZSA 2ETJA 2KZZA 4F3TA 3SCXA 2OPQA 3VQQA 3KD1E 1RBSA 1RDDA 3DRSA 3THVA 1TKDA 5J2PA 2GUIA 4BWJA 2HB5A 1SL2A 3L2VA 1S1TA 4F2SA 4W5TA 3PX6A 4FLVA 4NYFA 1Q8IA 1WSEA 3FFIA 4ZTJA 4QOZB 4KTWA 5CYMA 3VQCA 4CHYA 4CGFA 1KLNA 1LW2A 1KSPA 4E89A 3CFPA 3KJVA 2OA8A 3AO1A 1NOYA 1KVCA 1IKYA 4HCBA 4M3RA 4KKOA 1RT3A 1J54A 4MFBA 3KK1A 4IBNA 1LWEA 3KKRA 4OKEA 1O1WA 3KLEA 3HVRA 4ELVA 4FJIA 5HRRA 1VSHA 1ZBIA 5FDLA 1Q9XA 1VSKA 1CXQA 1VSMA 3AVHA 3HPGA 5HRPA 1A5XA 1LAVA 4E7LA 1YTUA 1S6PA 3LDSA 4AHRA 3RMAA 4HVJA 3AVFA 4EZ9A 4DMNA 3RR8A 2QKBA 4B8CA 1VSFA 3ZSZA 4DU3A 3AO5A 2IGIA 1RDAA 2F96A 4C8OA 2ZE2A 4IDKA 1CZBA 5C24A 3OYDA 4QCLA 3QO9A 4FJLA 1SUQA 2XRIA 3SZ2A 5J2MA 5K14A 4DF4A 4IG3A 3A2FA 1T03A 1SKWA 4CJFA 4EZ6A 1L3VA 1RBRA 2YNGA 3ISNC 4DFPA 1IG9A 3IAYA 4ZTFA 4B9NA 3BGRA 3K5OA 4R5PA 4FLZA 1D5AA 3KLIA 4DTMA 3AA3A 2EHGA 4DFJA 4FZYA 3K59A 4AILC 1TAUA 3NF6A 3TAMA 1EETA 4CK3A 4ID1A 4JS4A 5HLFA 1WAJA 3DOLA 1UA0A 1WSGA 5FRMA 3QEWA 4CCHA 1JL2A 3AVLA 4FW2A 2KQ2A 1Z26A 4CGDA 4FZXC 3ZSYA 3L2RA 3TI0A 5D3GA 3ZT4A 3OYHA 2XY5A 3AVGA 4DTOA 3S3NA 1HQEA 2DFFA 1B92A 4L8RB 1EKEA 2OPRA 3VQ8A 3LZIA 1FKPA 4CJ3A 1BCMA 4CF9A 3PX0A 4FJ7A 3QLHA 4O55A 2EX3A 2IOCA 4OLAA 3OYGA 1TK5A 3CYMA 2GBZA 1HPZA 1Y97A 1FKOA 3KK2A 5T7BA 4JLHA 2RF2A 3CFOA 3ZCMA 4LH5A 4M3TA 1IKVA 1KVBA 2IDOA 3NE6A 2OYQA 3DM2A 2JLEA 2YKNA 1NK5A 3P83D 4B9SA 5DK5A 1SKRA 1EX4A 3NH0A 3V1RA 3LAKA 3OVNA 3AVIA 3L8BA 4KHYA 2KZMA 2W42A 3F73A 5J2NA 2F8TA 1YTAA 1RDCA 4FJ5A 4FJKA 2ZD1A 4Y1DA 4B08A 1RTDA 3QEIA 3QEVA 4O4GA 2ZQBA 4PUOA 3I8DA 3V9ZA 2YHAA 4B9TA 1BCOA 3SUQA 1B9FA 2FBVA 2E6MA 4AHVA 4OKJA 3QEXA 3V6DA 1IKWA 1VSJA 1HYSA 5JS1A 3QERA 4KHQA 3HP9A 4GVMA 1J9AA 3K57A 1SL1A 4DQPA 2HVHA 1QSSA 4FJHA 1WNSA 3CM5A 3AO4A 3NH2A 1ASUA 4FLWA 3RMBA 1BQNA 1X9SA 4CJEA 1NK0A 1S1WA 1T8EA 1HQUA 3K5MA 2HNDA 1J5OA 2PYLA 4CJ5A 3SQ2A 4DSFA 4IFYA 4CJ4A 4Z4IA 1EP4A 3HT3A 1UA1A 4KPYA 3SPZA 4KRFA 2YNFA 2D5RA 1U49A 1RCHA 3RMCA 5KRSA 3SUOA 1C6VA 1QTMA 5KI6A 3NCIA 1HMVA 1U48A 4FYDA 1TKTA 4N56A 1S9EA 4M41A 3AVAA 1JLQA 3G10A 1BIZA 1NJXA 1HYZA 5CY4A 2Z1IA 4CF8A 3V81A 2KFZA 1NK8A 1ITGA 3F9KA 4KTZA 4ZHRA 4NCGA 4HUFA 2BDPA 3QETA 4W5OA 1WSHA 4KAZA 4NCAA 1W0HA 1S1XA 3ZT1A 4DSEA 4FLYA 2I5JA 5HP1A 3VA3A 4KI6A 3NAEA 4FJ8A 3TAGA 3AVCA 1ZBUA 2X6SA 1KTQA 4YNQA 1L3TA 2OPPA 4E0DA 4PQUA 2KFNA 5HROA 3PO4A 3M8RA 4K8XA 4OGCA 4TSXA 4CIEA 3TAPA 3PUFA 3QIPA 1TAQA 4N5SA 4BACA 1NK7A 3RWUA 4DU1A 4ID5A 3LAMA 2E6LA 4CHZA 3NGIA 4F2RA 1RT4A 3IG1A 3NF7A 4RW9A 4CEBA 2PYJA 3DLBA 1S5JA 4W5NA 4JS5A 3K2PA 4CFBA 4E1MA 4FCYA 3NDKA 4KB1A 3HJFA 4DFMA 1NK6A 4DQRA 1RT5A 4CJVA 3S3OA 4KREA 4ICLA 4E7IA 3CG7A 4I9QA 4KO0A 4CFDA 1TKXA 4FJNA 2YKMA 5FROA 5KRTA 3OYBA 2YNHA 3ULDA 1NK4A 2HHXA 1XWLA 2DFEA 3VQBA 4E19A 3AVMA 5I42A 1VSIA 4DTJA 1X9MA 4B9UA 1VRUA 4CJLA 3OJSA 2LSNA 3E01A 2B6AA 4CF1A 4CJRA 3SJJA 2YV0X 2XHBA 3ASMA 2O4GA 1KRPA 4M3UA 3AVBA 4DTUA 2HVIA 3O3FA 1Z25A 4W5QA 4J2AA 4E7HA 4FM0A 4AHTA 2R7YA 1ZYQA 3L2UA 5KGWA 1TK0A 1K6YA 3HPOA 5HBMA 3D0PA 4CHNA 4DTRA 3O3HA 3SPYA 2HHSA 1C1BA 3QINA 4CEZA 1ASVA 2DY4A 3SUNA 4DLGA 4Z4GA 1VSLA 3DRPA 4CGGA 3K5LA 3NF9A 4PWDA 3CFRA 2RPIA 2WOMA 3LWLA 4FJ9A 1N6QA 1SV5A 2Z1HA 1JKHA 4O0IA 3LWMA 5HRSA 3D45A 4CEFA 2IC3A 1NK9A 4M42A 4Z4CA 3NF8A 4DQQA 4LSLA 3UIQA 4E7KA 4C8LA 3OYIA 1A5VA 4HCCA 1KCFA 1MU2A 1C1CA 4M3ZA 1S9GA 1LAWA 1IO2A 4CGIA 3OYFA 3HM9A 3MXJA 3LP2A 3T19A 3QNOA 3DLGA 3AV9A 3OS1A 1QSYA 3LALA 4DS4A 2KW4A 1BI4B 2FBXA 2XY7A 3VQ7A 4DSKA 1IH7A 4AHSA 3DLRA 3VQ4A 3NH1A 1S1UA 5SWMA 4CEOA 3V9WA 1DLOA 2B5JA 1X9WA 1TL3A 4W5RA 3KTQA 1S1VA 5C42A 3LPUA 3DOKA 5JS2A 4RW7A 4J2DA 4EP5A 3SI6A 3U6FA 3BDPA 2BANA 4FJMA 4M3XA 4GMJB 4FK0A 1TKZA 4HUGA 3LP0A 3TAQA 4H8KA 2G8HA 3PY8A 3SUPA 2VG6A 2XY6A 2Y1JA 1UWBA 3KLGA 4DTPA 4I2PA 5J1EA 1U45A 3LZJA 1CZ9A 3RMDA 4FK2A 1TK8A 1JL1A 3MEEA 3ZT0A 3H08A 4WE1A 3VA0A 4N41A 2HNYA 3TAFA 3MAQA 3B6PA 3VQPA 3RR7A 3TWHA 1N5YA 3RRHA 1QHTA 1QE1A 4DU4A 4CHOA 3O3GA 4DTXA 3ZSVA 4CJPA 5FRNA 4KHUA 3DI6A 1JLFA 4RW6A 3V1QA 2ITGA 1LW0A 1RDBA 1S6QA 3AA4A 3OS0A 3OYNA 3WNEA 4JRPA 3SYZA 4OJRA 4CJTA 2Y1IA 2HHVA 4E1NA 1NKBA 1VSDA 2Z1GA 3IRXA 1BL3A 3VQ9A 1ZBHA 4QAGA 3QESA 4LSNA 1TVRA 1VK0A 2B4JA 4RW4A 1WSIA 3OY9A 1TL1A 1WSFA 1YT3A 3QIOA 3T3FA 4LY7A 1JLCA 2D0AA 1CXUA 4CGJA 4Q0BA 1A5WA 2DTUA 5KGXA 3NFAA 2P1JA 1I39A 3AVNA 2FC0A 4Q5VA 3OYAA 4HTUA 1BHLA 3AVJA 1RT6A 4CECA 4CF2A 2G8UA 2HHUA 1U04A 2Q3SA 4C8NA 2XO7A 4N76A 3M8SA 4OPKA 3LANA 5C25A 2G8KA 1KFDA 1QQCA 4YFUA 4DTSA 3QEPA 1NOZA 4CJWA 2KTQA 3B6OA 5I3UA 3SNNA 3RTVA 3HSTB 1RTIA 4I2QA 4I7FA 2HMIA 3LP3A 1C0UA 4AHCA 4CEAA 1NKEA 1JLAA 3MEDA 3NBPA 3SQ1A 3LP1A 3ZT2A 3KD5E 4CIFA 3V9SA 2HHQA 2X78A 3MECA 1XHZA 4CFCA 3WNFA 4DSJA 3L3UA 4B9MA 4F4KA 3HO1A 4K8ZA 3KIOA 2WONA 1BISA 4CERA 3RRGA 2ATQA 1ZBFA 1HNVA 3DRRA 3OYCA 3HVTA 3JYTA 4GW6A 1W9HA 3AO2A 3LPTA 2BGGA 4FJXA 1SKSA 4RG8A 3C94A 1B9DA 3L2WA 2FBYA 1KLMA 4B3OA 4M45A 3OS2A 4DG1A 1EXQA 3HXMA 4BE1A 4O44A 1WN7A 3P5JA 3PV8A 3OJUA 3AO3A 5CZ2A 4G1QA 1F21A 3WNGA 4BDPA 1T7PA 1JXEA 4OGEA 4CJKA 4NYNA 2PY5A 3TARA 3IS9A 4CF0A 2PZSA 2P5GA 1L3SA 4CEEA 1GOBA 3C6UA 4DLEA 4CJSA 1DTQA 3EY1A 3U3GA 4DWIA 3MXMA 4ELUA 4H4OA 4CEQA 4KHWA 2QKKA 3SV3A 4AHUA 1KFSA 1HRHA 3AA2A 2JGUA 3KLFA 3HK2A 3K5NA 3S9HA 5CYQA 3KKSA 3AVKA 1YVUA 1ZBLA 1XHXA 3DMJA 2HNZA 1RT1A 4OLBA 3DLKA 4CFAA 4MQ3A 4UQGA 3JSMA 2IAJA 2GV9A 3I0SA 1HJRA 1RBTA 4HHTA 1ASWA 3DLEA 1REVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QS8A 4OPJA 2GWJA 4J2BA 1ATRA 5AQMA 3VEWA 4FVMA 4CJQA 1MDUB 3JAMO 3C6HA 5LJWA 1FW6A 4K25A 4WFAL 4WCEL 1X9JA 4H03B 3VETA 1QS4A 4DS5A 2A1RA 4JI1K 4BC5A 5KPRA 3OYLA 1D9DA 4FJGA 3SQ4A 3O4NA 3TANA 3LDPA 2RN2A 4JRQA 4E3SA 4B9VA 4BE2A 2D0CA 1WLJA 3T1HK 4I9LA 3G6EN 4CE9A 3HYFA 4DQSA 5C2FA 5E84A 3K58A 3H45C 5AZJB 4OKKA 4DV0K 1JLEA 1YJ9N 3OYJA 4Y1CA 5BREA 3GE1A 2HHHK 3UB5A 4ELTA 3TTCA 3QNNA 4KB0A 4KHSA 1HNIA 1J53A 3OYEA 3AAQA 4K0KK 3ENHA 4XIUA 4B8AB 1VQKN 2G8WA 4JKGA 3VQDA 1V4SA 1BGXT 1TGOA 3VF4A 4K43A 2P51A 4PKGA 1U2VA 2BE2A 4FWOA 4LFAK 4FZZA 4DTNA 2NRHA 2QXLA 4BDYA 3ZX0A 2ZJQL 2A3ZA 1R0AA 4FXDA 1SS6A 3ZSOA 2BUPA 1WAFA 2F9WA 3CPEA 4OVLA 2Z1JA 3ZSQA 3CCJN 1YAGA 2VWJA 4LD0A 3C95A 4B1UB 4IKFA 4BC3A 3J8AA 2NUBA 1BI4A 1M90O 1XNRK 4PA1A 4DQIA 2Q0RA 3ENOA 4CK2A 5MLCQ 4KHNA 3UKUA 2G8IA 3CJBA 5KTQA 1KVAA 3IUCA 1WOQA 4LH4A 5DMRA 1HYVA 2E20A 3ZT3A 3I0RA 5FPMA 1C1AA 1FK9A 2OZSA 2KZZA 4F3TA 3SCXA 1TKDA 4YOTA 1Q8IA 1WSEA 4ZTJA 5CYMA 4CHYA 1Z05A 1KQSM 3MCPA 1KSPA 3KJVA 4YHHK 3SK3A 2A5XA 1J54A 3KK1A 4IBNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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