The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR3 K; 2UUA K; 4OX9 K; 5IT9 O; 1HNW K; 4JI0 K; 4JI3 K; 3JAM O; 1XMQ K; 3J81 O; 1HR0 K; 4DR6 K; 4LF4 K; 2UXD K; 5AJ3 K; 4B3S K; 1IBL K; 2VQF K; 4DV4 K; 4NXM K; 4X64 K; 1N33 K; 4DR4 K; 5FLX O; 4LFB K; 2ZM6 K; 4JI4 K; 1N34 K; 4GKK K; 5A2Q O; 1XNQ K; 1J5E K; 2HHH K; 4JI1 K; 4KHP K; 4JI2 K; 4LF5 K; 5LMU K; 4CW7 B; 3T1H K; 3J80 O; 4LFA K; 4DV2 K; 4JI5 K; 4JV5 K; 4JYA K; 4B3R K; 1I94 K; 4B3M K; 4DV1 K; 2F4V K; 2UU9 K; 4NXN K; 4JI7 K; 1HNX K; 4DV0 K; 5LMN K; 4YY3 K; 3OTO K; 2UUB K; 1FJG K; 3J7A P; 4B3T K; 4DR2 K; 4K0K K; 4JI8 K; 1XMO K; 4GKJ K; 4DUZ K; 1IBK K; 4X65 K; 4DV7 K; 2E5L K; 4LF8 K; 1HNZ K; 1N36 K; 4DR1 K; 5BR8 K; 4YHH K; 4JI6 K; 5LL6 Z; 4CVN E; 4DUY K; 4V19 S; 4X62 K; 1IBM K; 4AQY K; 4DV6 K; 5IWA K; 4X66 K; 4LF7 K; 3J7Y P; 4LF6 K; 4DV5 K; 3T1Y K; 1N32 K; 2UXC K; 4DR7 K; 4DR5 K; 2UXB K; 4DV3 K; 2VQE K; 4LF9 K; 1XNR K; 2UUC K; 4LFC K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3B6O A; 1HYS A; 3SQ1 A; 3SYZ A; 1TV6 A; 3RSE B; 4KHW A; 4M63 C; 2DY4 A; 2FSK A; 2KW4 A; 4KHN A; 4FWK A; 3AVL A; 1HMV A; 3WNG A; 2HMI A; 3BZC A; 1ZBH A; 4I7F A; 1GLF O; 3OYK A; 4LY7 A; 2FXU A; 3ZT0 A; 1ASW A; 1I3A A; 1XQS C; 3NH2 A; 2X78 A; 3AVN A; 4DR4 K; 3I33 A; 1HRH A; 3G6E N; 5JMV A; 5AQN A; 4JS4 A; 4PL7 A; 3MWT A; 3VMF B; 3CCM N; 3C6A A; 2HHT A; 2ZJQ L; 4FXD A; 1X3M A; 1WSE A; 3THY B; 4DFM A; 3PO5 A; 4M3Y A; 1OH8 A; 4BDZ A; 2F8S A; 4Z4I A; 3VEW A; 4TSX A; 4YFU A; 4KH4 A; 3T1H K; 2QM1 A; 1TAU A; 3E9O A; 5AZJ A; 4B3M K; 4HUF A; 4CGI A; 3OS0 A; 4KAZ A; 2BGG A; 4FCY A; 4CE9 A; 2P9L B; 2UUB K; 3PO4 A; 3NF7 A; 3O08 A; 2O8E A; 1IJJ A; 3VQP A; 1NGG A; 1YIT N; 5DM6 L; 1N5Y A; 2E5L K; 1TUY A; 1IKV A; 4DFP A; 1HNZ K; 3D2F A; 5AQF A; 3UKR B; 2ATQ A; 3V1Q A; 4F8R A; 4YHH K; 5BPM A; 4MQ3 A; 5LL6 Z; 1BU6 O; 4DTN A; 2Z1J A; 5BRE A; 1YAG A; 2OYQ A; 1MU2 A; 5HLF A; 3MN6 A; 1D4X A; 4K43 A; 3S3O A; 1HYV A; 3F9M A; 2A41 A; 4O8K A; 1RIL A; 5C2F A; 3HPH A; 4Z4H A; 2Q36 A; 3AA3 A; 3BGR A; 4FK2 A; 4JRP A; 3TR8 A; 1UA0 A; 3A5M C; 4KH5 A; 4A2A A; 3B8A X; 1Z25 A; 5AQP A; 4HUG A; 3JAM O; 3H46 O; 3VF2 A; 1RTD A; 1QQN A; 4BDP A; 2A42 A; 4CGJ A; 5JS2 A; 4ILJ A; 2UXD K; 3AVI A; 2QK9 A; 4DSL A; 1IBL K; 2DFH A; 1KTQ A; 4O44 A; 3AO5 A; 4YDU A; 3DMJ A; 3E01 A; 4JI4 K; 3VET A; 3NGZ A; 3BF1 A; 3R6M A; 5EVZ A; 3LAK A; 5GAD P; 4DTP A; 1K8K A; 3I8D A; 3DLH A; 3OJS A; 4FL9 A; 5AQW A; 4C8N A; 1ZC6 A; 4KHP K; 2NUB A; 4LF5 K; 3SMS A; 5LMU K; 5HL7 L; 3ZET A; 4FJL A; 5KRS A; 4A57 A; 1I94 K; 1GLJ O; 3QNO A; 5AQO A; 4KBO A; 4NYN A; 5FDL A; 4C23 A; 4RW8 A; 2UU9 K; 1EWQ A; 4CZK A; 3D6R A; 2Z1H A; 2P9K B; 4CBU A; 3L8B A; 4AHT A; 1Q86 O; 4CK3 A; 2NZT A; 4LD0 A; 4CGF A; 2HNZ A; 1YJ9 N; 2QWQ A; 3QER A; 5FPN A; 4FWO A; 2NRW A; 5E26 A; 4CJ5 A; 1WBB A; 2PZS A; 2W40 A; 4PA1 A; 3ZT2 A; 5BRD A; 2D1K A; 2KKZ A; 1S72 N; 1GLD G; 1SKS A; 3C94 A; 4GV6 A; 3K5O A; 1BA0 A; 3LDL A; 2OZS A; 4PKI A; 4O8U A; 1KXP A; 2Q97 A; 3L2U A; 2E88 A; 5C12 A; 2HHX A; 4CFB A; 3DXK B; 4CBW A; 3CFP A; 2P9N B; 4BE1 A; 3NH1 A; 2ZGZ A; 1RDA A; 3L3U A; 2FLO A; 3EE9 A; 3IDH A; 2UXC K; 5EXW A; 4KB1 A; 1IG9 A; 3U9Z A; 2OPQ A; 1NGC A; 1WSG A; 2HND A; 5AQV A; 3O9T A; 4B9S A; 3FZL A; 1SL2 A; 4IEI A; 3HOT A; 4E7L A; 3SQ2 A; 1SL1 A; 1KCF A; 1Y97 A; 4RW6 A; 3IG1 A; 1EKE A; 2VWB A; 3O6W A; 4YOW A; 4ELT A; 2HHW A; 3L6Q A; 1D9D A; 3E9P A; 1D9F A; 4OLA A; 1DTT A; 4J2E A; 1QZ5 A; 3CD6 N; 2HHU A; 1NGA A; 4WCE L; 1XNQ K; 5AFU H; 4OKK A; 3MAQ A; 1U47 A; 1YXQ A; 4M3T A; 3RMA A; 2VGM A; 4ZTF A; 3ULE B; 1EXQ A; 5C15 A; 4PUO A; 1TKX A; 4IO9 L; 3VGM A; 1G99 A; 4QOZ B; 4M7Y A; 5GIP A; 1KLM A; 2IAJ A; 1Z6R A; 4DTO A; 2P51 A; 2G8V A; 4FM0 A; 3R9P A; 3QNN A; 2Q31 A; 2KLA A; 5AQJ A; 3SK3 A; 2E2O A; 1RCH A; 4CJF A; 5LMN K; 1CXQ A; 4BRI A; 1HYZ A; 4JKB A; 3O9Q A; 4B3T K; 4CEC A; 3P83 D; 1ITG A; 4GY2 B; 2QKK A; 3FR0 A; 2Y1J A; 3LDP A; 1C1B A; 1RTJ A; 4ELU A; 2FSN A; 2YNH A; 3L2W A; 3QEV A; 3SPZ A; 1Q81 O; 4DLE A; 4B8A B; 4MFB A; 3KZB A; 2FBT A; 3ULD A; 3O1W A; 5F1X A; 3L3V A; 2FBY A; 4FJ9 A; 2FF6 A; 4M42 A; 4CFC A; 4CVN E; 3P39 A; 1T05 A; 1Q82 O; 1IBM K; 4BGA A; 4O0I A; 4UY8 O; 2FF3 B; 1OVY A; 3FZF A; 1NGB A; 4FWQ A; 2JGU A; 3F73 A; 1OVQ A; 1RT7 A; 2QI2 A; 1KAY A; 4N5S A; 3HOS A; 3ZT3 A; 3AO2 A; 5M1F A; 1YIJ N; 3AVB A; 3O3G A; 1HLU A; 4H0P A; 4CJQ A; 5J2N A; 3DLB A; 2O8F B; 3VQ9 A; 5CZ2 A; 4K8X A; 3I8B A; 5J2M A; 4BRN A; 5KRT A; 4OKJ A; 3WNH A; 4I2Q A; 1YVU A; 2OPR A; 1XMQ K; 3CC4 N; 1XC9 A; 1XC3 A; 4JAX A; 4W5Q A; 4YOR A; 5HRO A; 4KHQ A; 3CET A; 3ENB A; 2JWL A; 4MDA A; 1Z05 A; 3HI0 A; 3SZ2 A; 2O8B A; 1X9J A; 2CGL A; 3C0B A; 1P8Z A; 2P9P A; 1ZXO A; 5HRS A; 4HTU A; 3SV3 A; 2F9W A; 4DTS A; 3LM9 A; 1VQ4 N; 1NGH A; 2OA8 A; 3DOL A; 1BQN A; 5KQ8 A; 3KLE A; 1NK8 A; 4WQ5 A; 1NJZ A; 4C8L A; 1U48 A; 4E0D A; 3WEE A; 3ZYY X; 5ADX H; 1YTU A; 2KFZ A; 1JL1 A; 3CYM A; 4C1N K; 1T44 A; 4O0J A; 2XY7 A; 1WLJ A; 3KLG A; 3LDN A; 2OTL N; 2VG5 A; 4CW7 B; 4BRF A; 4YOT A; 3V9Z A; 2HOE A; 2PFU A; 4BVO A; 4JV5 K; 4JYA K; 4M3U A; 1JKH A; 1RDB A; 1JLG A; 2ZJP L; 4CK2 A; 4ILG B; 3VEV A; 1NK6 A; 1YVN A; 2XY5 A; 1WSJ A; 3BZK A; 4JK7 A; 1RDC A; 3LWM A; 3C6U A; 1NK4 A; 2W6K A; 1NK5 A; 3HM9 A; 1VSI A; 2KQ2 A; 4CEE A; 3M8R A; 3CPE A; 1SZ2 A; 5T7B A; 2YHB A; 4MLH A; 4AHS A; 4H8K A; 2P1J A; 4K42 A; 4LF8 K; 1C0T A; 4OKE A; 3JXU A; 4ELV A; 4CES A; 2G8U A; 3RWU A; 1KVB A; 4BRE A; 2E2Q A; 4BWM A; 2OAN A; 5BPN A; 4AHC A; 3A5O C; 1REV A; 3U9D A; 3SAG A; 4JI6 K; 4A59 A; 4AQY K; 2Q0U A; 2O8D A; 3VQ4 A; 3EKS A; 1BA1 A; 3PY8 A; 3IRX A; 3HVR A; 4CI6 A; 3MXM A; 3WQT A; 4M3Z A; 3N4P A; 3T1Y K; 1KLN A; 4QCL A; 4FZZ A; 4DR7 K; 3RRH A; 4H5N A; 4YOU A; 3CIP A; 3OYL A; 2F7T A; 3VQA A; 3CFO A; 4AHV A; 3IUC A; 3SMP A; 5DM7 L; 2EHG A; 3ID8 A; 2VG6 A; 2GEL A; 4Y1C A; 1FW6 A; 4CJE A; 3E9L A; 4CGH A; 1RGI A; 4CZG A; 3LZI A; 1D8Y A; 4Z4E A; 1IV0 A; 4LH5 A; 5M1P A; 4EZ9 A; 3J81 O; 4FPB A; 2QWL A; 3CCS N; 4KHU A; 5AQI A; 3CJ9 A; 4B9N A; 1ASV A; 3I0S A; 1JLB A; 4DTR A; 2XY8 A; 2CGK A; 1C6V A; 3HXM A; 4MLE A; 4NXM K; 2E20 A; 1QHA A; 1NOZ A; 2YX6 A; 4LSL A; 4PWD A; 1GLB G; 1NKC A; 1XUP O; 1S1V A; 3VEX A; 2QXL A; 1YI2 N; 4OVL A; 3O9R A; 3K9J A; 4DS5 A; 3TAE A; 1BO5 O; 1U45 A; 4Z4F A; 2CH6 A; 3MEC A; 4WE1 A; 3HM8 A; 5AZJ B; 4CK1 A; 2YV0 X; 2HHH K; 1RBR A; 2ASP A; 1F21 A; 2NRX A; 3SV4 A; 4FJJ A; 3UE5 A; 4DCH A; 4CJT A; 4O55 A; 1NK9 A; 4B3R K; 4B1X B; 2RF2 A; 4BE0 A; 1C0U A; 2F4V K; 3P4I A; 4KRF A; 4NXN K; 1HNX K; 1EO1 A; 5LJW A; 2ITG A; 5EY4 A; 5BRF A; 1NK0 A; 3D2F B; 5KTQ A; 4E7K A; 3S41 A; 2QWP A; 1QZ6 A; 3AVH A; 4CFD A; 1VQL N; 2BUP A; 5E41 A; 3SAH A; 4IFV A; 3WXL A; 1L3U A; 3W3D A; 5AFU A; 1IH7 A; 4NO7 A; 2XHB A; 1KVA A; 5DK5 A; 3CXC M; 3VQ6 A; 4M3X A; 3PSI A; 5TKY A; 3CFR A; 3VA0 A; 4CJK A; 3V1R A; 2VCP A; 5C24 A; 3S3M A; 2IOC A; 4E89 A; 3ZT1 A; 1QS4 A; 3VQ8 A; 4DHY A; 2Y1I A; 4DSF A; 3QEP A; 1RDD A; 4CIG A; 5HRN A; 2YHW A; 1HQU A; 4A62 A; 1S22 A; 3HPG A; 1C0G A; 3AO1 A; 1L5U A; 5AQM A; 2GV9 A; 3AVC A; 4Z4C A; 1O1W A; 1TK0 A; 1KFS A; 5BN9 A; 4DWI A; 5I42 A; 3AVJ A; 1W7A A; 3VQQ A; 3CI5 A; 4WF9 L; 1RDW X; 1K8K B; 1JLF A; 3UKU A; 4HVJ A; 1EWR A; 2W6L A; 4DFJ A; 3KIO A; 3QIN A; 1VRT A; 4O4G A; 1BQM A; 3QEX A; 3ZET B; 1D5A A; 4B9L A; 3CCE N; 4FSV A; 1RBV A; 1J9A A; 4H0T B; 3A0I X; 4OGE A; 4RTF D; 4FLZ A; 2HNY A; 4FVU A; 4JLH A; 3PV8 A; 1QSY A; 2BTF A; 4KFB A; 4KTQ A; 3QIO A; 3FZH A; 4BC5 A; 5JIC A; 3OYF A; 4FLX A; 2YI1 A; 5AQZ A; 4E7I A; 4CEO A; 4DKW A; 3V9X A; 4A5B A; 4JHD A; 5JLF A; 3M1F A; 4A61 A; 3VA3 A; 4NLB A; 4OLB A; 3NMU A; 1KAX A; 5F0X A; 1JLA A; 5AZI A; 2V7Z A; 1V4S A; 5GAH P; 5ADX A; 2D5R A; 3F5T A; 4YOY A; 3CM5 A; 1ATN A; 3O4Q A; 2ETJ A; 1Q7Y O; 3THX A; 4Q5V A; 3WXJ A; 4CF2 A; 4RW7 A; 5AQH A; 4V19 S; 1BHL A; 1JLC A; 4X62 K; 4OPK A; 1E3M A; 2YNG A; 4BC2 A; 4IEE A; 5AQQ A; 3EL2 A; 2YHY A; 4DTU A; 1Q9Y A; 3H6E A; 1N32 K; 3MXJ A; 2AP1 A; 3H3O B; 1W0H A; 5LJV A; 2B6A A; 4NLC A; 2WTU A; 2I7N A; 2NNW A; 1TL3 A; 3M8Q A; 3ZSV A; 3IS9 A; 1JCE A; 4CHP A; 2A40 A; 4ID1 A; 5CE3 A; 4CGG A; 4H0V B; 3TAM A; 3KLH A; 4FWL A; 4CHY A; 2QTD A; 4MDB A; 1RT4 A; 4AHU A; 4JNE A; 4DSK A; 3DRP A; 4Z4G A; 2OPP A; 4BRA A; 3SQ0 A; 2GX9 A; 2HST A; 1RT3 A; 3GL1 A; 4FJX A; 5C2D A; 2RHK A; 2E6M A; 4ICL A; 3PIO L; 4PKH A; 1K9M O; 5MLC Q; 1VK0 A; 2Z1G A; 1MA9 B; 3FZM A; 3AAR A; 1KD1 O; 5GAG P; 2I7P A; 5JLH A; 1FKO A; 2VYP A; 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4XEI A; 1NMN A; 3WEE B; 4NCG A; 3VEY A; 3SAF A; 3THV A; 4CHO A; 4PY5 A; 2X6S A; 2ZM6 K; 2HHQ A; 4FM1 A; 1LCU A; 3RVC A; 4GNI A; 4DU1 A; 3RR8 A; 4IBN A; 5A2Q O; 3OYH A; 3K2P A; 1CZB A; 1RT2 A; 1BWF O; 3H1Q A; 3VQ5 A; 5I3U A; 4FJK A; 1NGF A; 4H5W A; 4B1V A; 2EWS A; 4OPH A; 3MEG A; 4JI2 K; 4BY9 C; 4WFA L; 4JI5 K; 3QET A; 3D2E A; 4CF0 A; 3TAN A; 1B92 A; 4XH4 A; 1J6Z A; 3TAB A; 2Q3S A; 2E1Z A; 2QW9 A; 4N47 A; 4QS9 A; 3Q7C A; 3DLE A; 4M41 A; 4F3T A; 1DLO A; 1R59 O; 2BDP A; 3QIP A; 3LDQ A; 4GMJ B; 4MO5 A; 3IAY A; 3MCP A; 4CER A; 1TYQ B; 1HKB A; 1B9F A; 3CQX A; 3KD1 E; 3LPU A; 2O8D B; 3R8E A; 5C0Y A; 2YJE A; 4FOI A; 1QQO A; 1L3T A; 2YKN A; 4AM7 A; 3D0P A; 4JKA A; 5GAE P; 1BGX T; 3R1X A; 1DTQ A; 3QB0 A; 2PBD A; 2HF3 A; 3NF6 A; 3CCR N; 1TKZ A; 4BGB A; 4KHS A; 1T3V A; 3C7N A; 3C6T A; 3UB5 A; 4BRC A; 2QEX N; 1IO2 A; 3J7Y P; 3CJC A; 1NBW A; 3OBW A; 3JS6 A; 1VQ5 N; 1WN7 A; 3SLC A; 4DV3 K; 3HBT A; 4WQ4 C; 2NLX A; 3AGR A; 4JS5 A; 2IDO A; 1VQ8 N; 3CJ1 A; 3QEW A; 3KLF A; 2O8C A; 3CCL N; 4DS4 A; 2NRV A; 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