4GMJB

Structure of human not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
271
structure length
264
Chain Sequence
QRICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGLGSGSGNAYEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structural basis for the interaction between the CAF1 nuclease and the NOT1 scaffold of the human CCR4-NOT deadenylase complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 1
total genus 83
structure length 264
sequence length 271
chains with identical sequence D, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gmjB00
3D45A 3I8DA 3U6FA 4H8KA 2G8HA 4FJLA 1W0HA 3PUFA 4B9UA 4FJIA 4DTPA 3UIQA 1HRHA 1CXQA 4J2BA 3NE6A 1KVBA 5J2PA 3S3MA 2R7YA 1LV5A 4BE1A 2FBTA 3HT3A 4CHPA 3NAEA 4DU1A 1VSJA 3F9KA 5I42A 4Z4GA 4KI6A 5KI6A 3KD5E 1ASUA 3PV8A 4CJ4A 1QE1A 2QXFA 1YTUA 4Q5VA 2EHGA 1RBSA 3NDKA 4E7IA 4KO0A 3OYKA 4DLGA 3V1QA 3AO4A 4O5BA 3AVNA 1BQMA 2OPQA 3L2WA 3AA4A 1WNSA 4HUGA 4LD0A 2XY7A 1U49A 4CGGA 1QSLA 3LWMA 3P83D 4F8RA 2DY4A 4FM2A 3DRRA 3NBPA 5J2NA 3AVLA 3OYAA 3F73A 4FW2A 4NCBA 3T3FA 3SCXA 1UA1A 2YNIA 4CERA 4FM1A 1QHTA 4AHVA 3AVGA 2D0CA 3OY9A 4YFUA 3WNEA 4F2SA 1ZBIA 2YV0X 1HPZA 2G8KA 1KSPA 4ZTFA 2BGGA 4FK4A 3ZSXA 3MEEA 4FXDA 4DSEA 3HVRA 3L3VA 1LAWA 4AHUA 4F4KA 3K59A 1J5OA 1SUQA 3LP1A 4DTJA 5CZ1A 1ZBLA 3PY8A 1REVA 4OPKA 3OYCA 4DF8A 3PO5A 4FJHA 1JXBA 3QO9A 4I2QA 1JLQA 1S1XA 3DLRA 3CQ8A 2KQ2A 1X1PA 2BE2A 4FM0A 1KVAA 2G8FA 2HMIA 1HYVA 1Y97A 4ID1A 1FXXA 3AVAA 3L3UA 5CYMA 3ZSYA 1RTHA 2RKIA 4CJRA 1S9EA 4M3TA 3LALA 1XWLA 1WLJA 2YHBA 4E7KA 4NYFA 4DFMA 3VQDA 4CK3A 3HYFA 4DQPA 4L8RB 1TKXA 4AHSA 5KTQA 1NJZA 2G8UA 1U04A 3OYDA 5HROA 4PA1A 4DTXA 4B08A 1YT3A 4OKJA 5J2QA 3TABA 3SPZA 1DTQA 5HRPA 3S3NA 4CGHA 4AHCA 4CEQA 1SL2A 3VN5A 3IRXA 3C95A 1B9DA 4C8KA 2QK9A 4HVJA 1WSHA 4RW8A 3VQQA 3RR7A 4K8ZA 4CJFA 5DMRA 4FK0A 1S6PA 3TAMA 1SL0A 2KZMA 2KZZA 2E6MA 3QNNA 1SL1A 2I5JA 2VG6A 2X78A 3H08A 3ZSQA 2XRIA 2P5GA 1HYSA 3TWHA 3ISNC 4Y1DA 3OS0A 2VWJA 3RMBA 1SV5A 1TVRA 3L2VA 1WSJA 1XHZA 3VQ5A 3SQ1A 1NOYA 1KCFA 1JLEA 4Z4FA 4H4MA 3AVIA 2HW3A 1S9GA 3SUQA 4FZYA 1BI4A 1IKVA 4J2AA 4KB1A 3KTQA 4CFAA 3M8PA 1KFSA 2JLEA 3HL8A 4IG3A 3VQAA 1JLAA 1WAJA 3KKRA 3O3GA 2OPRA 3OYJA 2KW4A 5KRTA 3AVCA 3ZT1A 2ATQA 1J9AA 1U48A 1CZ9A 4RW6A 1GOCA 3A2FA 2XY5A 4O44A 3DM2A 1IKYA 1Q9YA 1Q9XA 4CJSA 4ID5A 4FJGA 2IOCA 1BIUA 1ASVA 1EETA 1RDAA 1WSIA 1TKZA 3HPOA 3MXJA 3QEPA 4CEEA 3BDPA 3LP0A 3KLEA 4CHOA 3T1AA 1ASWA 1WAFA 4ICLA 4B9VA 3HO1A 3V4IA 3WNFA 3MAQA 3SJJA 3D0PA 4CJUA 3KKSA 1NK7A 1IH7A 3ZT2A 3TANA 1NJWA 1T7PA 1EX4A 3E01A 4CK1A 3AVMA 4FLTA 1BI4B 3AO2A 5J1EA 2HHVA 1R0AA 3MXMA 3NGYA 3DLEA 4AHTA 1LWCA 4E89A 3HXMA 3PX6A 2Z1IA 3KLGA 4DFKA 4Y1CA 3V9WA 3NH2A 3LAKA 3IG1A 4E0DA 4GW6A 4YNQA 1T8EA 3NGZA 4KPYA 2DFFA 3ASMA 3L8BA 2BDPA 3VQ8A 1HNIA 5C25A 3DI6A 4BDZA 1NK8A 4M45A 3QEWA 3EYZA 1NKEA 1TKDA 1UOCA 3SUOA 3SQ2A 4M3WA 4KHUA 3OS2A 3VQPA 1NJYA 3HJFA 1C1CA 1VSIA 1QSYA 1L3SA 3QLHA 1X9SA 1VSDA 2F96A 2X6NA 3ALYA 1JKHA 1QS4A 3VQ6A 1LW2A 3VQEA 1VSMA 5HBMA 1QSSA 3SUPA 5KGWA 3AVBA 3O4QA 3AO3A 4DWIA 4AHRA 4OLBA 2IS3A 1L3TA 4I2PA 1XHXA 5FROA 3AA2A 3OYNA 2FBVA 3CM5A 3P5JA 1S1WA 1C0TA 2IGIA 4FYDA 1GOBA 2B4JA 3QERA 2OZMA 1Z26A 2RPIA 1A5XA 1D5AA 1BCOA 2HNYA 3OYEA 1NK9A 3CFRA 1N6QA 3EY1A 4B9SA 3WNGA 1VK0A 3HM9A 1BHLA 1VSLA 3ZT4A 4CJVA 5HRSA 1RT1A 1BCMA 4C8LA 2HHUA 2PYJA 1ZBFA 4Q0BA 4CJ5A 4E1MA 4DQSA 4N5SA 4DQRA 3AO5A 5I3UA 2RN2A 4EP4A 1GOAA 1N5YA 3KJVA 4F2RA 1U45A 1ZBUA 3S3OA 4R5PA 2Z1GA 4CHNA 4CF1A 1BGXT 4C8NA 4DMNA 2IAJA 4BWJA 4CK2A 5CZ2A 1NOZA 4LY7A 2B6AA 3V9SA 3SV3A 4DS4A 4M3RA 1FKPA 4CHYA 1RT7A 1JL2A 3RMAA 4RW9A 5KRSA 4BE2A 3VQBA 4FJJA 1KLMA 4FW1A 3OVNA 1RDCA 2PYLA 4I7FA 3NF7A 4M41A 2E6LA 3B6OA 3DMJA 3JYTA 1TK5A 4FJMA 2DFHA 2GV9A 4BDYA 2IDOA 3DYAA 3DRSA 3HP6A 1NK4A 1J54A 4KV8A 2HNDA 1MU2A 1XI1A 2PY5A 4N47A 1Z25A 3OYIA 4FJNA 4CJKA 1JLCA 2XHBA 3K5MA 3PX0A 4BE0A 3G10A 4CJWA 3WNHA 3TARA 1T05A 3KLIA 4Z4IA 4LH5A 4O4GA 4CCHA 3M8SA 3TAQA 4OGCA 4BDPA 2DTUA 4DTRA 5CYQA 3ULDA 3AVJA 3AVKA 2E4LA 2ITGA 2YKMA 4IFYA 3V9ZA 4F3TA 1RDBA 1SKRA 1EKEA 4EZ6A 1TL1A 5DK5A 4W5RA 4I9QA 4HUEA 2FBXA 1S6QA 2QKKA 2IC3A 4O0IA 4FLVA 4B3OA 3C6TA 4B9LA 2XO7A 1Q8IA 3O3HA 3KK3A 2HHQA 3K58A 5C24A 5HRNA 3RRGA 2Z1HA 4W5TA 4CEAA 3TR8A 4FZXC 4FJ8A 4QCLA 4O0JA 3RWUA 2FC0A 3VQ4A 3G0ZA 3O3FA 3LZJA 4FJXA 3OYGA 2KFZA 3AA3A 3THVA 1TL3A 2F8SA 3OYBA 4MQ3A 4DFPA 4J2EA 4DTSA 4DTOA 2F8TA 4G1QA 4DS5A 2OPSA 1KRPA 1HQEA 4DFJA 2JGUA 1RT2A 3DLBA 4LSLA 2P1JA 4BWMA 3OYLA 4FZZA 1LAVA 4CJTA 2X74A 4DU3A 1F21A 1NK6A 4CIEA 4EZ9A 3RMDA 4PY5A 2Z1JA 1ZYQA 4KHNA 3AA5X 3LPTA 1VSKA 4CEBA 1VSFA 4MFBA 4CE9A 4ELVA 1C0MA 1L5UA 1RBVA 1S1TA 3O4NA 3RR8A 1O1WA 1FK9A 3S9HA 3OYFA 4Z0UA 2OA8A 1KVCA 3OJUA 5HLFA 3ZSVA 2FBYA 1NKCA 3TI0A 2HHSA 3K5OA 4Z4EA 4CHZA 1B9FA 1YVUA 1JLFA 4JRQA 3K5LA 3DRPA 1WSFA 1U4BA 1IO2A 2NUBA 4FJ9A 1C0UA 4FJKA 3OYHA 1RILA 1HNVA 5C42A 1UAXA 1K6YA 3B6PA 1SKWA 4CECA 3LP2A 4CF0A 3V81A 4CFCA 3KK2A 3DLHA 3P1GA 3LWLA 4CGJA 4M3UA 3I0RA 3V9XA 3DLKA 4FLWA 2XY6A 4CEOA 3SUNA 4B8CA 1CLQA 3HPHA 4B8AB 5SZTA 4ELUA 4NYNA 1KFDA 3LP3A 2G8IA 4IG0A 3IS9A 1VSEA 3NF9A 3LDSA 1T03A 1RBRA 3NF8A 4KHQA 2P5OA 4FJ7A 1RBTA 3HP9A 3FFIA 3RRHA 4DSKA 5EU7A 5K14A 4C8MA 3NF6A 4UQGA 4QAGA 3EZ5A 3SI6A 1ZBHA 4KTZA 4FLXA 4FVMA 4I9LA 4CJLA 3C94A 3PO4A 4M3YA 1CZBA 4DLEA 4CGFA 5KGXA 5D3GA 3SYZA 1RT3A 1UWBA 4HUFA 3KLHA 4CEFA 3QIPA 3NGIA 4RW4A 4HCCA 1LWEA 1HJRA 1HMVA 3QNOA 3U3GA 1BIZA 2O4IA 3AVHA 4DQIA 3C6UA 3L2UA 2VG5A 2G8VA 1TK8A 2ZQBA 1U47A 3NH0A 2LSNA 1TAUA 4DTUA 3L2QA 4EP5A 3VQ9A 2Y1JA 4N56A 4DSLA 1G15A 5FDLA 1D9DA 4XIUA 4ELTA 1KTQA 4KAZA 1DLOA 3KLFA 1NJXA 4FK2A 4CHQA 1EP4A 4W5OA 3SQ4A 1EXQA 4OGEA 1SKSA 1S1VA 3K2PA 2YNHA 4PUOA 1LW0A 3AVFA 3QINA 4DSFA 3TAFA 1XC9A 4IKFA 5HP1A 1TV6A 4DSJA 4FJ5A 4E7JA 1JL1A 1BQNA 2GUIA 3KIOA 1RTJA 3HSTB 2DFEA 1TGOA 4O55A 4RW7A 3NCIA 4M3XA 1S5JA 4DQQA 3DLGA 4M42A 2D5RA 4K8XA 1DTTA 3ZSOA 4CIGA 4KHSA 2HB5A 4Z4CA 3ZSZA 4FLYA 3VA0A 3MEGA 1JXEA 4KRFA 1HQUA 4DU4A 4KTQA 1RT4A 3I0SA 5SWMA 4CJEA 3U3YA 4FLZA 1X9MA 3KD1E 1WSGA 4CJ3A 4E7HA 2QKBA 3QEIA 1J53A 4M3ZA 4OLAA 1I39A 4DSIA 4W5NA 1D8YA 5FRNA 2YHAA 4FLUA 4DF4A 1RDDA 4DG1A 4CF2A 2Y1IA 4KHWA 3NFAA 4KKOA 4CEDA 4E1NA 1L3UA 1RCHA 1RT5A 1W9HA 3L2RA 1IKXA 3V9UA 3NH1A 3CYMA 5FRMA 1RBUA 2ZE2A 3BGRA 4JRPA 1KLNA 3JSMA 2X6SA 3OJSA 1D9FA 3QEXA 3RMCA 2WOMA 3ITHA 3T19A 3QETA 4OPJA 1UA0A 4N76A 1BISA 3VQCA 3CFPA 3MXIA 2O4GA 3V1OA 2BANA 2P51A 4PQUA 4GVMA 2YNFA 4W5QA 4KI4A 4H4OA 2W42A 4NCAA 5J2MA 1RTDA 1VSHA 5HRRA 1C1BA 3HVTA 4QOZB 4CGIA 2OZSA 3K5NA 3VA3A 4KREA 4BACA 2OYQA 2YKNA 3RTVA 2ETJA 3LZIA 4KFBA 4RG8A 3LAMA 1NK5A 4J2DA 3DOKA 2B5JA 2XY8A 3V1RA 4E19A 4GMJB 3ZSWA 3SNNA 4ZHRA 1CXUA 4OJRA 4FCYA 1JLBA 3SQ0A 4B9NA 4B9MA 2HHXA 1RNHA 1TAQA 4OKKA 3QEVA 4B9TA 4LH4A 3TAPA 1LWFA 2Q3SA 4CIFA 1C1AA 4IFVA 3HPGA 1WN7A 1YTAA 4OKEA 4IBNA 4WE1A 4AILC 3MEDA 4JLHA 3OS1A 1VRUA 2OPPA 1HYZA 4DTNA 4E7LA 2G8WA 1L3VA 4CFDA 1A5WA 2ZD1A 4OVLA 1B92A 4DTMA 4ZTJA 5E41A 4C8OA 1BL3A 4TSXA 1IG9A 2HVIA 4CEZA 3SV4A 4PWDA 4AH9A 1ITGA 1A5VA 3QESA 5T7BA 4CESA 4HCBA 4KHYA 3NHGA 4HTUA 2WONA 3DOLA 2HVHA 1IKWA 3CM6A 4JS5A 2AJQA 3TAGA 1FKOA 1C6VA 3K57A 2KTQA 5JS1A 2RF2A 2HNZA 1X9WA 5JS2A 3CFOA 2PZSA 1NKBA 4JS4A 3V6DA 4HHTA 4F3OA 1TK0A 1JLGA 1TKTA 3KK1A 3TAEA 1WSEA 2YNGA 3ZCMA 2VG7A 3PX4A 4CJQA 1RTIA 1VRTA 3M8QA 3ZT0A 4CFBA 1S1UA 2D0BA 2GBZA 3LPUA 2VWKA 2EX3A 2A1SA 4CJPA 3SPYA 2HHTA 3QIOA 4LSNA 3VQ7A 3IAYA 4KTWA 3ZT3A 4NCGA 4IDKA 4KB0A 2D0AA 4CF9A 1RT6A 4CF8A 5CY4A 4N41A 2KFNA 1QTMA 3AV9A 3SZ2A 3HK2A 2HHWA 2A1RA 3AO1A 3ZSRA 3MECA 4E3SA 4CGDA 1I3AA 3M8RA 1NK0A 3CG7A 1QQCA 3LANA 4Z4HA 3OYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JCGA 3WEEB 4FJLA 4B9UA 4K25A 4DTPA 4JD2B 3UIQA 3FLCO 1NMDA 1KVBA 3CJCA 2OTLN 4BE1A 1T44A 4CHPA 2F9WA 3IKMA 1X9JA 4KI6A 1R59O 1YTUA 2VGMA 4CJ4A 2QXFA 4LF6K 1ATNA 1BQMA 4I6MB 3L2WA 2A5XA 2I7NA 1WNSA 3PLAA 4LD0A 3LM2A 1VQLN 3R3LA 3P83D 1K8KA 4EHTA 3NBPA 3CCQN 3SK3A 2E5LK 3AVLA 3F73A 3R1XA 4JI0K 3SCXA 3AVGA 4FWKA 2YV0X 2G8KA 1KSPA 4FK4A 2Q2RA 3L4QA 3I8BA 4AHUA 3K59A 1K8AO 5CZ1A 1RFQA 2HMIA 2KQ2A 2G8FA 2NRHA 3ZSYA 1VQ9N 2RKIA 3O9SA 3I56N 3A5LC 5HOOA 1XWLA 1WLJA 4JNEA 3VQDA 4FWSA 4CK3A 4L8RB 4A5BA 2G8UA 4JKHA 1Q82O 4BVPA 4B08A 5J2QA 3SPZA 3S3NA 4CGHA 2QK9A 1WSHA 2OCEA 3AAQA 3P38A 5DMRA 1S6PA 2XRIA 2VWJA 3RMBA 1SV5A 4QS8A 1XHZA 1KCFA 1MWMA 4FWPA 4IOCL 3M8PA 1KFSA 3ID6A 3VQAA 3HL8A 3MDQA 2WBNA 2NNWA 5M1QA 4NXNK 1LCUA 2KW4A 5GIOA 3MN7A 2UXBK 1V4SA 3RVCA 1YUWA 3VF4A 1OH8A 1Q9XA 3DM2A 4DV5K 3R9PA 4ID5A 1HNXK 4CEEA 1ESVA 3WNFA 4CZGA 1QQMA 3SJJA 4EAHD 1T3VA 3CI5A 4JYAK 1NK7A 3DXKA 1W97L 1T7PA 3AO2A 5J1EA 3SJHA 2HHVA 3NGYA 1G99A 4AHTA 1LWCA 4E89A 5LMNK 2Z1IA 4Y1CA 3J81O 3NH2A 3LAKA 4BRNA 4GW6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JCG A;  3WEE B;  4FJL A;  4B9U A;  4K25 A;  4DTP A;  4JD2 B;  3UIQ A;  3FLC O;  1NMD A;  1KVB A;  3CJC A;  2OTL N;  4BE1 A;  1T44 A;  4CHP A;  2F9W A;  3IKM A;  1X9J A;  4KI6 A;  1R59 O;  1YTU A;  2VGM A;  4CJ4 A;  2QXF A;  4LF6 K;  1ATN A;  1BQM A;  4I6M B;  3L2W A;  2A5X A;  2I7N A;  1WNS A;  3PLA A;  4LD0 A;  3LM2 A;  1VQL N;  3R3L A;  3P83 D;  1K8K A;  4EHT A;  3NBP A;  3CCQ N;  3SK3 A;  2E5L K;  3AVL A;  3F73 A;  3R1X A;  4JI0 K;  3SCX A;  3AVG A;  4FWK A;  2YV0 X;  2G8K A;  1KSP A;  4FK4 A;  2Q2R A;  3L4Q A;  3I8B A;  4AHU A;  3K59 A;  1K8A O;  5CZ1 A;  1RFQ A;  2HMI A;  2KQ2 A;  2G8F A;  2NRH A;  3ZSY A;  1VQ9 N;  2RKI A;  3O9S A;  3I56 N;  3A5L C;  5HOO A;  1XWL A;  1WLJ A;  4JNE A;  3VQD A;  4FWS A;  4CK3 A;  4L8R B;  4A5B A;  2G8U A;  4JKH A;  1Q82 O;  4BVP A;  4B08 A;  5J2Q A;  3SPZ A;  3S3N A;  4CGH A;  2QK9 A;  1WSH A;  2OCE A;  3AAQ A;  3P38 A;  5DMR A;  1S6P A;  2XRI A;  2VWJ A;  3RMB A;  1SV5 A;  4QS8 A;  1XHZ A;  1KCF A;  1MWM A;  4FWP A;  4IOC L;  3M8P A;  1KFS A;  3ID6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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