4GMJB

Structure of human not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
271
structure length
264
Chain Sequence
QRICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGLGSGSGNAYEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title The structural basis for the interaction between the CAF1 nuclease and the NOT1 scaffold of the human CCR4-NOT deadenylase complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 1
total genus 83
structure length 264
sequence length 271
chains with identical sequence D, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gmjB00
3DYAA 3VQCA 3HP9A 2A1SA 4I9LA 3JYTA 2RN2A 2Z1IA 4N5SA 2ATQA 4CFDA 3LAKA 1TAUA 1IKVA 3E01A 3S3OA 2P5OA 3RR8A 2QK9A 4MQ3A 2QXFA 3PY8A 5D3GA 3SUOA 1NK0A 1B9FA 3I0RA 2X6SA 3VQ8A 1ASVA 1A5VA 1U04A 3NF7A 4KO0A 4CJWA 3TANA 4E19A 2XY8A 4GW6A 3RR7A 4K8ZA 4Z4EA 3HVRA 3OYJA 3NHGA 2BDPA 4KTZA 1DLOA 2YNHA 3HPOA 3QEIA 4PA1A 3T3FA 1EKEA 5KTQA 3KTQA 1T03A 3MXJA 4KV8A 1KSPA 3IAYA 1REVA 3TARA 1RTDA 3QEWA 5JS1A 2IC3A 4Q0BA 3AVHA 1NKCA 3DMJA 4O5BA 2Y1JA 4ELTA 3VA0A 2D5RA 1DTTA 4DQRA 4CJPA 4W5NA 5CY4A 4F2SA 3AVIA 4GVMA 4LSLA 4JRQA 1JLBA 1C1AA 3TWHA 1X1PA 2DFHA 2VG7A 1ZBHA 3OYNA 3U3GA 4N41A 5HP1A 3OYLA 3LAMA 1NJZA 3LP3A 4FXDA 4DQIA 3AA3A 3CFPA 1T8EA 4FJGA 4CHZA 4KHYA 1X9WA 2X74A 4CFAA 3O3FA 2I5JA 3U3YA 1S9EA 3SI6A 4CFBA 1SKWA 4M3TA 3NFAA 4KI6A 3ZSQA 3AA4A 3F9KA 4LD0A 3K5MA 4KHUA 1S1XA 2AJQA 1ITGA 4OPJA 3L2VA 2OA8A 3I8DA 1RT3A 5DK5A 4HUGA 4C8NA 3NF8A 1GOAA 5DMRA 4CJEA 4RW9A 4ID1A 1GOCA 1YTUA 4RG8A 1JLCA 1RDCA 3LPTA 4CJQA 1RT2A 3LPUA 4IG3A 3AVKA 4DSJA 3DOLA 1A5XA 4B08A 4XIUA 1ZBLA 5FDLA 2R7YA 1NKEA 4CEZA 1BISA 1Q9YA 4HUFA 3OYDA 2HNYA 3A2FA 1YT3A 4DSFA 2F8SA 1CZ9A 3LDSA 4DU1A 4N56A 4FZYA 1X9MA 3QNOA 1S1VA 2HNZA 2IAJA 1MU2A 3QNNA 1LWEA 4J2BA 3KK3A 1B9DA 2IGIA 1NK5A 3CM5A 1LWFA 1ZBIA 4CERA 5C25A 3NGIA 4PWDA 1DTQA 4JLHA 2HHTA 1RDDA 1TKXA 1JLEA 4OVLA 4CCHA 3HVTA 3I0SA 2VWKA 3AO1A 1CLQA 3PX4A 2D0CA 3LP0A 4B9LA 1F21A 2PY5A 3CQ8A 1TV6A 4Q5VA 3THVA 3DRPA 4ZTFA 1KRPA 1RBRA 3OYCA 4I9QA 5EU7A 3WNHA 4B3OA 1VSDA 1ZBUA 1RDBA 1U45A 3K58A 4JRPA 4W5QA 4M3XA 4OJRA 3RMAA 3AVBA 3VA3A 3NF9A 1BCMA 4AHSA 3HXMA 3RMDA 3ASMA 2HNDA 4Z4IA 4OGEA 1JXBA 1CXUA 4M45A 2OYQA 1TKDA 1EXQA 1SL2A 3AA5X 3AO4A 4M3WA 1CXQA 2Z1HA 2XY7A 3VQBA 1LAVA 4CEFA 5K14A 5HRNA 4FLVA 4CJFA 3SUNA 3LWMA 3MECA 1ZYQA 1VSIA 1XHXA 3C6TA 1WSJA 2XY5A 3VQ9A 4NCGA 5FRNA 1RT5A 1D5AA 5HLFA 1T7PA 3V1OA 5J2NA 1R0AA 4KB1A 4Y1CA 2B5JA 3O4QA 2RKIA 1RBUA 4YFUA 3NBPA 3OYAA 4B9VA 3NAEA 3NCIA 4CEEA 3RMCA 2IS3A 4ELUA 3ZT1A 4DG1A 3CYMA 4G1QA 3V9XA 2X78A 2ETJA 1BIUA 4OLAA 2RF2A 3DLHA 2DFEA 3KLGA 1RTHA 3DRSA 4DF4A 1TK0A 1UOCA 4KFBA 1QS4A 4CJ4A 3K5LA 5E41A 1VRUA 3ZSZA 1TL3A 3KK1A 5J2QA 1WNSA 5HRRA 3P5JA 4O4GA 1NKBA 4CF9A 2EHGA 3CFOA 4ZTJA 1XHZA 1VSJA 3HPHA 4H4OA 1NK7A 1D8YA 4AHTA 3LP2A 5J1EA 3V9UA 3SUQA 4CF1A 2IDOA 3KD1E 1SKSA 4DU4A 1J53A 4CJVA 2HVHA 1BI4B 1Q8IA 1KFDA 3P83D 2G8UA 4DMNA 4DQSA 3DI6A 3K59A 3JSMA 1KVCA 1VSEA 4CGDA 3VQ4A 3SV3A 3PO4A 1HPZA 3K2PA 3S9HA 3IRXA 3NE6A 3SZ2A 1WSEA 4BDYA 1T05A 3P1GA 2B4JA 4IFYA 3DLGA 4RW4A 4PY5A 2P1JA 3AVGA 1RT7A 3QLHA 4Z4FA 1S6QA 3TI0A 4FVMA 1SV5A 2OZSA 3FFIA 4M3ZA 3HK2A 1VRTA 3IS9A 1S6PA 1LWCA 4IFVA 4M3RA 3VQ5A 1TL1A 4CGHA 4DLEA 4FJMA 2G8WA 4FJIA 5HBMA 4FK0A 2G8KA 1HMVA 4KHNA 4NCAA 1QSSA 4FYDA 4FJXA 4HTUA 1C1BA 2PZSA 3BDPA 4CK2A 2E4LA 3AVMA 5FROA 2FBTA 2YV0X 1BGXT 4B9MA 1NJXA 2O4IA 3AVJA 4C8LA 3SYZA 2OPSA 3V9WA 1RTIA 3MXMA 1HYZA 1FXXA 4R5PA 4FM1A 3HPGA 4F4KA 4UQGA 1ASWA 5KGWA 3OJSA 1S1WA 3MAQA 4FJJA 1KLMA 3WNFA 1C1CA 1VSKA 1SL0A 1NK6A 3OYEA 1NOYA 1QSYA 4CEAA 1BI4A 3SJJA 1WSGA 1QSLA 4F8RA 5KGXA 3SCXA 4DFMA 3KLHA 4ID5A 2GBZA 3LP1A 4FLXA 4E7LA 4DQQA 2KTQA 1RILA 3OYGA 4DF8A 2D0BA 4HVJA 4NYNA 1WN7A 2JGUA 5KI6A 1W0HA 3V9ZA 1U4BA 4FZZA 4CIGA 1HYSA 4KAZA 3AO3A 4KHSA 3DLKA 2HHSA 3AA2A 3M8SA 4FCYA 1JLFA 5J2MA 1QE1A 4ICLA 3TAQA 4DTSA 4HCCA 1EX4A 4EZ9A 4EZ6A 1JXEA 3V1RA 4FJLA 2HHUA 4IG0A 1GOBA 2XHBA 4PQUA 4J2AA 1RBTA 4CHPA 1JLAA 1I3AA 2WONA 3ZSYA 1KVAA 1IH7A 3DM2A 3QERA 3QESA 1IKYA 3V1QA 4CEOA 1L3SA 1J54A 3KLEA 1XI1A 3OS2A 3VN5A 3QINA 4Z0UA 4FJ9A 3K57A 4FJHA 1RBVA 3KLFA 4KTWA 2QKBA 4CF0A 1TKTA 3OYMA 3ZSWA 3T1AA 1EETA 4AILC 1O1WA 4F3OA 4L8RB 2EX3A 3WNGA 4CIEA 4YNQA 4BDZA 1TAQA 2DY4A 4RW7A 1S9GA 2ZE2A 2LSNA 5HRPA 3KKSA 4BE2A 3LALA 3QEXA 1IKWA 3SQ1A 1N6QA 4FJ8A 1BHLA 3PUFA 3NGZA 1Z25A 1D9DA 3AVLA 2FBYA 3K5OA 3OJUA 1FKOA 4OLBA 4HUEA 3SQ4A 2VWJA 1RT6A 4DTNA 3NDKA 4M3UA 3M8PA 4M41A 1KFSA 3KIOA 3HYFA 3V9SA 5I3UA 4CJ3A 2YKNA 4FM0A 4FK4A 2BE2A 1A5WA 3VQ7A 2E6LA 4KI4A 3DOKA 2Z1GA 3VQDA 4CHYA 4BE1A 2O4GA 4CGIA 4AHRA 3BGRA 3U6FA 1C0UA 1RBSA 3L3VA 4I2QA 1TK8A 3HL8A 4KKOA 3AO5A 3ZT2A 4OGCA 4DFPA 1Z26A 4DTUA 3QO9A 4RW8A 3ZT0A 1VSLA 3DLBA 3UIQA 4O0IA 3HSTB 3ZSRA 4RW6A 1UA0A 3ZSVA 4E1MA 2GV9A 4DTOA 1QTMA 3PO5A 1S5JA 4FJ5A 2F8TA 2HB5A 1JL1A 3L2RA 2QKKA 4DU3A 3NH1A 3NF6A 1SKRA 2G8IA 2G8VA 1C0MA 1U48A 5C24A 2NUBA 3KJVA 3EYZA 3AO2A 3OVNA 3QIPA 2KFNA 4B8CA 3ZSXA 4E89A 3D0PA 2VG5A 1QHTA 1RNHA 3O3HA 3TAFA 4CHQA 3V6DA 1LW0A 1BL3A 2RPIA 4ZHRA 4B9TA 2HHXA 3OS0A 4BACA 1HJRA 2YKMA 1WSHA 2ZD1A 4HHTA 4W5OA 4I7FA 4AH9A 1VSMA 1HQUA 2DFFA 4EP4A 2XO7A 3EY1A 3TR8A 1C6VA 4BWJA 1XC9A 4N76A 2IOCA 3OYBA 4CIFA 2XY6A 4NCBA 4CHOA 3O3GA 3SPZA 4DQPA 3OYKA 4W5TA 1ASUA 1FK9A 1Y97A 4LH4A 3RMBA 4C8KA 1UAXA 4F3TA 2HHVA 4KHWA 4DSLA 3TABA 5HRSA 4CJRA 5CZ2A 3L2UA 3K5NA 3L8BA 3SQ0A 1JKHA 1SL1A 1U47A 3V4IA 4FLYA 1IO2A 1BQMA 4ELVA 4CK3A 4C8MA 1NK4A 2D0AA 4BDPA 1TGOA 4E0DA 4WE1A 1L3VA 4CGGA 1YVUA 3AVAA 3HP6A 2W42A 2WOMA 1VSHA 3ALYA 1RTJA 2FBVA 5KRTA 4FM2A 2YHBA 4DSKA 3LANA 3F73A 1BIZA 4DS4A 5JS2A 1KTQA 1I39A 1J9AA 4FJKA 3ULDA 4CEBA 1C0TA 3AV9A 3ITHA 4DTPA 2DTUA 5SZTA 4CGJA 4F2RA 1L3TA 1TVRA 2YNFA 4DFKA 1K6YA 2KZZA 4JS4A 2KZMA 4CEDA 1RT4A 4CJKA 3DLEA 1YTAA 2HW3A 5T7BA 4I2PA 4DSEA 1IG9A 2HVIA 4O55A 3LZJA 4Z4HA 3CG7A 4CE9A 4CK1A 4FLTA 1QQCA 4DTMA 3OS1A 4C8OA 4W5RA 1NK8A 3S3MA 3VQPA 2HMIA 1B92A 1WSFA 3KLIA 3B6OA 4Z4CA 2KQ2A 1D9FA 2OZMA 1W9HA 4CJLA 4FLZA 4B9SA 5CZ1A 4AHUA 1HQEA 4O0JA 4OPKA 1L3UA 4DTRA 2HHQA 1KLNA 4KRFA 1CZBA 1TK5A 4K8XA 3T19A 3OYFA 4KHQA 3VQEA 4CJUA 5I42A 3IG1A 2OPPA 4O44A 3VQ6A 3OYIA 2BGGA 3HT3A 4BE0A 1ZBFA 2X6NA 3AVNA 1X9SA 4TSXA 3EZ5A 2YNGA 3CFRA 1JLQA 3PX6A 4MFBA 1RT1A 4CECA 2XRIA 2YHAA 3SUPA 3OYHA 1HYVA 2G8FA 3L3UA 3M8RA 1JL2A 5J2PA 1Q9XA 3MXIA 4E7IA 4E7KA 4LH5A 3QEVA 3CM6A 4IBNA 1L5UA 4PUOA 3MEDA 4JS5A 1VSFA 2F96A 2FC0A 4QAGA 3LWLA 5HROA 4FJ7A 3SNNA 4QOZB 4CEQA 4H4MA 1JLGA 1HRHA 2B6AA 4E7JA 4DTXA 3TAEA 1RCHA 3QEPA 4GMJB 4LY7A 4FJNA 2P5GA 1S1UA 1EP4A 3LZIA 3C95A 4B8AB 2E6MA 3TAPA 1WLJA 4AHCA 4EP5A 4DFJA 4CFCA 4B9NA 4KPYA 4FZXC 3QIOA 1FKPA 4IDKA 1U49A 2JLEA 4J2DA 4QCLA 4CJ5A 3V81A 3NH0A 2G8HA 2A1RA 2ZQBA 3KKRA 1NK9A 4E1NA 5CYQA 1KCFA 2BANA 3C6UA 2HHWA 3NH2A 1J5OA 4DSIA 1LAWA 1UA1A 4KTQA 3DRRA 4OKKA 4CHNA 3VQQA 3ZT4A 3D45A 3OY9A 3SPYA 4DLGA 4CF2A 3ZCMA 1LV5A 4DWIA 1NJWA 1N5YA 5KRSA 3MEEA 1BQNA 4FK2A 2Z1JA 1WAJA 2FBXA 1IKXA 4CGFA 3PV8A 2KFZA 4KB0A 4FLUA 2OPRA 4FLWA 4OKEA 3G10A 2PYLA 4Y1DA 2Y1IA 3TAMA 2Q3SA 2VG6A 3KK2A 2KW4A 4DTJA 1G15A 3SQ2A 4M3YA 1S1TA 4OKJA 3L2QA 3HO1A 3RTVA 4DS5A 4NYFA 3PX0A 4CJSA 4Z4GA 3MEGA 5CYMA 3WNEA 3L2WA 2P51A 4E3SA 3TAGA 2YNIA 3C94A 3DLRA 3RWUA 3B6PA 3RRHA 4KREA 3HM9A 4E7HA 3ISNC 4FW2A 3VQAA 3ZT3A 1NJYA 3KD5E 3M8QA 3H08A 5C42A 5FRMA 1HNIA 4CESA 1WSIA 1LW2A 2GUIA 1SUQA 3AVCA 4IKFA 4J2EA 4H8KA 3S3NA 4AHVA 1NOZA 4B9UA 1HNVA 3RRGA 4HCBA 3HJFA 3AVFA 4N47A 4M42A 3G0ZA 4CF8A 2ITGA 3QETA 4LSNA 1RDAA 1KVBA 4BWMA 1XWLA 2OPQA 5SWMA 1TKZA 1WAFA 1VK0A 3NGYA 3SV4A 2PYJA 4FW1A 3O4NA 4CJTA 3ZSOA 1UWBA 1BCOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BRDA 3VQCA 4I9LA 2RN2A 4LF4K 1IKVA 3TTFA 1C0FA 3ENBA 3I0RA 5AQFA 1ASVA 4KO0A 1U04A 4CJWA 3TSQA 3CC7N 4BRAA 2YX6A 2BDPA 4KTZA 3HPOA 5KTQA 4JKGB 3MXJA 1EWQA 3T69A 1BA0A 3UE5A 4DB3A 1VQ4N 5JS1A 5GIOA 4ELTA 2D5RA 5AQSA 5AQUA 1LCUA 4DQRA 5CY4A 4B1VA 4GVMA 4LSLA 3TWHA 1ZBHA 4NLCA 3OYNA 3ZEUB 3OYLA 4FXDA 3O3FA 4CFAA 2I5JA 4H0PA 3ZX0A 3CQXA 3ZSQA 4LD0A 5JICA 2AJQA 4OPJA 3I8DA 5DK5A 3NF8A 5DMRA 4LF6K 1GOCA 1NU0A 2P9LA 5C12A 1JLCA 1D4XA 1BG3A 3CPWM 1RT2A 3DOLA 4B08A 5JLFA 4PL7A 4HUFA 3EN9A 4PL8A 2FF3B 1S1VA 2IAJA 1B9DA 5C25A 3NGIA 4PWDA 2HHTA 1JLEA 3C6HA 1NBWA 3SMPA 3HVTA 3AO1A 2D0CA 4B9LA 1BA1A 2P9IA 3THVA 3F9MA 3GOIA 1EO1A 4B3OA 4JI2K 4CZKA 4CZHA 3RMDA 3VPZA 2HNDA 4Z4IA 4OGEA 4JI6K 3ZYYX 1CXQA 2IVOA 2WC9A 3VQBA 1LAVA 4CEFA 2QWQA 5AQXA 1ZYQA 1VSIA 3SAHA 1VQPN 1IJJA 3VQ9A 4NCGA 3ZETB 1RT5A 5C2DA 4B3TK 5C15A 4Y1CA 1HKGA 3NBPA 4BRNA 3NCIA 3WXMB 4CEEA 2IS3A 4JI5K 2WFBA 2X78A 4OLAA 3VTHA 2DFEA 3KLGA 1RTHA 3DRSA 4LFAK 3E1YA 2P9KA 3LDPA 5HRRA 1N8RO 4A5AA 2D4WA 1YJWN 1NKBA 1XHZA 1NK7A 3HPHA 4AHTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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