4GMJB

Structure of human not1 mif4g domain co-crystallized with caf1
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
271
structure length
264
Chain Sequence
QRICEVWACNLDEEMKKIRQVIRKYNYVAMDTEFPGVVARPIGEFRSNADYQYQLLRCNVDLLKIIQLGLTFMNEQGEYPPGTSTWQFNFKFNLTEDMYAQDSIELLTTSGIQFKKHEEEGIETQYFAELLMTSGVVLCEGVKWLSFHSGYDFGYLIKILTNSNLPEEELDFFEILRLFFPVIYDVKYLMKSCKNLKGGLQEVAEQLELERIGPQHQAGSDSLLTGMAFFKMREMFFEDHIDDAKYCGHLYGLGSGSGNAYEEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structural basis for the interaction between the CAF1 nuclease and the NOT1 scaffold of the human CCR4-NOT deadenylase complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords CCR4-NOT transcription complex subunit 1
total genus 83
structure length 264
sequence length 271
chains with identical sequence D, F
ec nomenclature ec 3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF04857 CAF1 CAF1 family ribonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gmjB00
4ZTFA 1TKXA 2O4GA 4CHYA 2RPIA 4FJ9A 3AA3A 2VG6A 2W42A 4PUOA 1C6VA 1EP4A 1HQEA 3KLIA 3T3FA 4DTPA 2D0AA 3KKRA 4OGEA 4CJSA 1SKRA 1IG9A 3RWUA 4CF0A 4FJNA 2F8TA 3OJSA 4CK3A 3LALA 4CFAA 5HRSA 3RMDA 2OYQA 4FM2A 4QOZB 1JLBA 1RDCA 4G1QA 4DSEA 4ID5A 4DQPA 3AVHA 3P1GA 4Y1DA 3V9SA 1S1XA 2IS3A 4BWJA 3QINA 4Z4CA 2HHXA 4F2RA 4CK1A 1B9FA 2B4JA 3TAPA 2HVHA 2VG7A 2HVIA 3H08A 1C0UA 4BE2A 4KKOA 2G8HA 4MFBA 4FZXC 3VQAA 4B9MA 3DYAA 3OYDA 4YFUA 4FYDA 3V9XA 3AO5A 3QETA 4ZTJA 4DMNA 1BQMA 1RDBA 3E01A 2XY6A 4CIGA 1XC9A 3ZSRA 4PWDA 2HNZA 1SUQA 2FBVA 3RR7A 4IG0A 1KFDA 3DM2A 1A5VA 1L3TA 3MEDA 2DFFA 3RRGA 1HNIA 1C1BA 2P5GA 2LSNA 1VSIA 2BANA 4JLHA 2HHSA 4KB1A 4FZYA 1BHLA 4FW2A 3NH0A 1MU2A 1TL1A 1EXQA 1HNVA 4B9SA 1WSHA 3ZT3A 1UAXA 3CG7A 1HJRA 4LH5A 3T1AA 1Q8IA 4OJRA 3VQ4A 4N41A 1U45A 1RNHA 3O3GA 3TWHA 1QTMA 2QKBA 3L2VA 1C1CA 1NK9A 4DTJA 1QHTA 2HMIA 4CJPA 1KLMA 2KQ2A 4KTQA 4NYNA 3WNFA 3DLKA 3NDKA 4DSFA 2OZMA 2G8IA 3C6TA 4LSNA 1JLEA 2B6AA 3O4QA 2B5JA 4B3OA 3AVKA 4W5NA 1S1TA 3D0PA 1F21A 5K14A 3ZCMA 1DTTA 3L2RA 3C94A 1FKOA 3MXMA 1LV5A 4KI6A 3V1QA 1LWFA 1FKPA 3ZSXA 4BE1A 4E7JA 4DSIA 3HXMA 1WSEA 2FC0A 2PY5A 4FM1A 3SUOA 3MAQA 3ZT0A 4CHQA 4Y1CA 4M41A 3AVJA 4HHTA 4N76A 4E3SA 1HPZA 4N5SA 3VQ5A 2GUIA 4FZZA 3VQ6A 4B9UA 2XO7A 1WSIA 3AVGA 4OPJA 3SCXA 2ZD1A 1J9AA 1SKWA 4DSJA 5KRTA 1S1VA 3SPZA 2Y1IA 1LAVA 1VSLA 2OPQA 4CHPA 3JYTA 4JRQA 3U3GA 3DOKA 3QLHA 4Z4IA 4FJJA 1NOZA 2ETJA 3ULDA 1RDAA 3WNHA 3KLGA 3L8BA 2EHGA 4MQ3A 4HUGA 3CM6A 1N6QA 5C25A 1VSHA 4CCHA 2YHAA 2X6SA 1HMVA 1LW0A 4CF2A 3ALYA 4B9VA 2HHTA 1L5UA 1RTJA 4OKEA 3TAMA 4FW1A 1B9DA 1W0HA 4LH4A 3SQ2A 1X9WA 3CM5A 3SJJA 2QKKA 1S1WA 4J2BA 3OYLA 3RMCA 2HW3A 1S1UA 3SUNA 4CK2A 4Z4FA 1NK6A 4KHYA 2BGGA 4FM0A 1VSJA 4RG8A 4CGIA 4GVMA 4KHSA 1WSGA 1EX4A 3QO9A 2XY5A 1BI4A 4DTRA 4KREA 4BDPA 4KRFA 3IG1A 4WE1A 4IFYA 4FLWA 1ZBIA 1YVUA 2RF2A 3V1RA 4CGDA 4I2QA 3O3HA 4O4GA 3TABA 1RT6A 2XY8A 3V81A 3P5JA 1RILA 3AA4A 3QESA 2RKIA 5HRRA 5J1EA 4E7HA 3DLEA 5CZ2A 2GV9A 1Q9XA 5KI6A 4PA1A 3VQDA 1XHXA 3NF9A 1NK4A 4HUEA 1T7PA 2NUBA 4DLEA 3AA2A 1WLJA 3TAQA 3THVA 1TGOA 1TKDA 1EKEA 1JXBA 1JLQA 3MXJA 5HBMA 1D9DA 2ZE2A 2D0CA 1ZYQA 3V6DA 3TAFA 4CFDA 4E1MA 3ASMA 3K2PA 4BDZA 3P83D 1T8EA 4M42A 2ZQBA 4DQQA 5HLFA 4F8RA 3HVTA 3NCIA 4CJLA 1UA1A 3I0RA 4C8KA 3VQBA 4M3ZA 3PX6A 4R5PA 3CYMA 1KVBA 4CEOA 2GBZA 4DTXA 3MEEA 2HNYA 4E19A 3KKSA 3TI0A 5T7BA 3KK3A 1QSYA 3I0SA 4PY5A 1KVAA 3D45A 3NGZA 3EYZA 3AVBA 1BI4B 3ZT4A 1SL1A 4CJRA 4KHNA 1UA0A 3O3FA 3KD5E 3NH2A 3DLGA 3L2QA 1TKTA 3VQ8A 1L3VA 4OVLA 4E7KA 4Z4GA 4C8LA 2DFEA 1U47A 2G8VA 5KRSA 2HB5A 3M8PA 4CECA 5SZTA 2DY4A 4CJKA 1NK5A 4Z4EA 3SQ4A 4FK2A 4CJ3A 2XHBA 1X1PA 2P1JA 3ISNC 4FJHA 1HYSA 3HT3A 3HL8A 4HVJA 1B92A 4W5TA 4O5BA 3ZT2A 3L2WA 1XI1A 4FK4A 3LP2A 2XY7A 3PX4A 4EZ9A 1XWLA 4AHVA 1BGXT 4H4MA 3B6OA 1XHZA 3BDPA 3OYGA 4FJMA 3S9HA 5CYMA 3OYHA 4DU1A 4K8XA 4NCBA 3SPYA 4AH9A 3DLBA 5HRNA 3HPOA 4M3WA 3G10A 3L3UA 3NF7A 4OKJA 1KSPA 1SKSA 3QERA 1TVRA 1UWBA 2ATQA 3AV9A 5EU7A 1S9GA 2IDOA 1IKXA 1FXXA 1BIZA 3LANA 2X78A 3S3MA 3KLHA 3DRRA 2R7YA 2QK9A 4E89A 1TK5A 2JGUA 1U48A 3NGYA 2KTQA 3OY9A 4CJEA 3HVRA 2XRIA 5FRMA 2OPPA 3VQCA 1JXEA 2QXFA 2YKNA 3PO4A 4OKKA 2E4LA 3IS9A 3VQ7A 4BACA 3ZSVA 1ZBHA 3K5MA 4FLTA 1GOAA 4M3RA 4KTZA 4CGGA 4DTNA 4RW6A 1S6QA 1NKCA 4M3XA 5FROA 1UOCA 5FDLA 4CEBA 5J2PA 2G8KA 4CGFA 1VSFA 2Z1HA 4ICLA 4CF8A 4FLUA 4CJFA 1CZBA 4GW6A 1TL3A 3NF8A 2HHUA 4CJQA 3S3NA 3UIQA 1JL2A 3OYAA 3CQ8A 3RMAA 1QE1A 4DFPA 1Z25A 1BQNA 4F3OA 5CZ1A 4KFBA 4CF9A 2Z1JA 3HYFA 4W5OA 2E6LA 3NFAA 1WAFA 1HYVA 2E6MA 1D5AA 2Q3SA 3AVMA 3OS0A 4IKFA 2HHQA 4JRPA 3RTVA 1VRTA 4E0DA 4DTSA 1RDDA 1TKZA 1EETA 4FLVA 3V1OA 1HYZA 3SI6A 3TARA 3M8SA 1YTUA 4O44A 2BDPA 3S3OA 4F4KA 3G0ZA 3TAEA 3F9KA 4FLXA 3VQ9A 4FLZA 1BISA 3OYMA 1U4BA 3KTQA 4DQIA 1SL0A 1NJWA 3RR8A 4KTWA 1J53A 3QEWA 3SV3A 4E7IA 3IAYA 2G8FA 1RBRA 1ZBFA 2PYLA 1IKVA 3ZSQA 3AO1A 4N56A 3DRSA 4CEZA 5HRPA 3LDSA 1J5OA 4CIFA 1IKWA 1BCMA 1ZBUA 4M45A 2VWJA 2YNIA 1VRUA 4HUFA 1YT3A 2KW4A 3AVFA 3DRPA 4AHUA 4CIEA 3AVAA 4O0JA 3AO3A 1I39A 5I3UA 5HROA 3AA5X 3CFPA 1NK7A 4FJIA 4KHWA 4J2EA 4BWMA 3K57A 2HHWA 3SYZA 5J2MA 1RT4A 4ZHRA 2IC3A 3AVNA 4CF1A 2FBXA 3OYJA 1W9HA 4B9NA 3RMBA 4PQUA 4AILC 4N47A 4Q0BA 4B9TA 1WNSA 3KIOA 4I7FA 1BCOA 3DLRA 3OS2A 3V9UA 3V4IA 2KZMA 3SQ0A 3AO2A 1KRPA 5KTQA 2BE2A 2O4IA 2Y1JA 3IRXA 4HCCA 3LZIA 4CE9A 3QEIA 1SL2A 3VA3A 1S5JA 4O0IA 3PX0A 2PYJA 4JS5A 4EP5A 2Z1GA 3T19A 1WAJA 5KGWA 3B6PA 3HPHA 3QEPA 2OPRA 1RT7A 2OA8A 5D3GA 4AHSA 4FJ7A 2D0BA 2YNHA 3DOLA 3HJFA 3PY8A 4FXDA 1I3AA 4CFBA 4YNQA 3KK2A 3K5OA 4DFKA 3EZ5A 3EY1A 2Z1IA 4L8RB 4IG3A 2KFNA 3VQEA 1RTIA 1WSFA 1Y97A 2IGIA 1DLOA 4RW8A 2DFHA 3L2UA 3LP0A 1RT2A 1JLAA 4KO0A 4DTUA 5DK5A 1BL3A 3QEVA 1NJYA 1NKBA 2OZSA 4I9LA 5HP1A 3DLHA 1K6YA 3OYIA 2YV0X 4HCBA 4C8OA 1X9MA 4FJ5A 5FRNA 1KVCA 4J2DA 1HQUA 1IKYA 1RTHA 2RN2A 3A2FA 4CEFA 4DSLA 1G15A 3WNGA 1QQCA 4NYFA 3VN5A 4DFJA 5E41A 4OPKA 3LWLA 2VG5A 3SV4A 3NGIA 1TK0A 3OVNA 4KPYA 2HHVA 4DG1A 4CEEA 3QIPA 4IDKA 4TSXA 1LAWA 3AVCA 4C8NA 5J2NA 5SWMA 2IAJA 3SZ2A 2FBYA 4AHTA 3QNOA 1T05A 1Q9YA 2G8UA 3ZSYA 1BIUA 1RT3A 2YNGA 3OJUA 4CHNA 4FJLA 4E7LA 4FJXA 4EP4A 3JSMA 3LAMA 3ZSWA 1T03A 1RT1A 1S6PA 4ID1A 4C8MA 3HSTB 3OYFA 1TV6A 2WOMA 3DMJA 4CJVA 4LD0A 1JL1A 4KV8A 2OPSA 1JLGA 2JLEA 1CZ9A 1ASUA 3LP3A 4OGCA 4CEQA 1R0AA 3V9WA 1JKHA 4KHUA 5J2QA 2X74A 4AHCA 1D9FA 2G8WA 1NJXA 4Q5VA 1QS4A 4LY7A 1CXUA 3TR8A 3LZJA 1KFSA 1LWCA 4CEAA 4HTUA 2I5JA 3LPUA 3VQQA 1NOYA 3LP1A 2KFZA 3U6FA 1X9SA 2FBTA 3OYCA 3HP6A 1RT5A 2A1SA 3DI6A 3OYKA 3LWMA 4DF4A 2YKMA 2F96A 4W5QA 4RW4A 4KI4A 4CJUA 4UQGA 5CYQA 3KLEA 3HM9A 4KAZA 4DS5A 1A5XA 4JS4A 4DFMA 1NK0A 4CFCA 3C95A 3NAEA 4IFVA 3K59A 4QAGA 4BE0A 3PV8A 3V9ZA 4DU4A 1IO2A 1YTAA 1RBTA 4XIUA 3K5LA 4FJ8A 4DWIA 1TK8A 2AJQA 1JLCA 3HO1A 4FCYA 3KD1E 3NBPA 3RRHA 2DTUA 1ITGA 5CY4A 1QSSA 1C0TA 1WSJA 3KJVA 3QIOA 3M8QA 3QEXA 3QNNA 1NKEA 3CFRA 3M8RA 1L3SA 1CXQA 3AVIA 4I2PA 4CHZA 3K58A 1TAUA 3NH1A 3VA0A 3U3YA 2VWKA 4M3YA 4B8AB 5DMRA 4W5RA 3SUPA 5JS1A 4RW7A 1Z26A 4O55A 2A1RA 4DSKA 4B08A 1ZBLA 4FJKA 3HPGA 3SNNA 2WONA 3PUFA 2X6NA 4CEDA 3HP9A 4LSLA 4DLGA 4DQRA 4DF8A 3TAGA 1N5YA 4FVMA 5I42A 3MEGA 4RW9A 3TANA 4EZ6A 3OS1A 3SUQA 4DU3A 2ITGA 4CGJA 1RBSA 2YNFA 1S9EA 1QSLA 4M3UA 3F73A 1LW2A 3NHGA 4FK0A 1D8YA 1NK8A 4CGHA 3HK2A 2HNDA 1IH7A 1VSMA 4AHRA 4FLYA 1VK0A 3PO5A 1VSEA 4ELVA 1ASWA 1J54A 3AO4A 4GMJB 4H4OA 1A5WA 3OYBA 3OYNA 3C6UA 4M3TA 4F2SA 1O1WA 1VSKA 2F8SA 1TAQA 3SQ1A 3CFOA 4H8KA 4Z0UA 3ZT1A 1KLNA 1U49A 5JS2A 1CLQA 3I8DA 4DQSA 1VSDA 1ASVA 1REVA 4Z4HA 4CESA 3KK1A 4ELTA 1KTQA 1RBUA 3MECA 1DTQA 1GOBA 1SV5A 4F3TA 1L3UA 1RCHA 5C42A 4CHOA 1FK9A 4KHQA 4J2AA 1C1AA 3KLFA 4OLBA 2YHBA 3LAKA 3NF6A 4NCAA 4CJ5A 3ZSZA 4CERA 3K5NA 2P51A 1RTDA 1U04A 2D5RA 4B8CA 4BDYA 1GOCA 3ITHA 3FFIA 4FJGA 3LPTA 3BGRA 2KZZA 4DTMA 3NE6A 4ELUA 2PZSA 5KGXA 3L3VA 4K8ZA 4CJTA 5C24A 4CJWA 2P5OA 1NJZA 1JLFA 1HRHA 4NCGA 4CJ4A 1C0MA 3OYEA 4B9LA 4OLAA 4E1NA 2EX3A 1LWEA 4IBNA 2IOCA 3MXIA 1KCFA 3VQPA 3WNEA 3ZSOA 4QCLA 4DTOA 3AVLA 4DS4A 4KB0A 3O4NA 1RBVA 1WN7A 4I9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0OA 3MDQA 3O9RA 1C6VA 3FGUA 3PSIA 2D0AA 1SS6A 2E2OA 4CF0A 4CK3A 2OYQA 4FM2A 1XMOK 1JLBA 1RDCA 3P1GA 1S1XA 4BWJA 5ADXA 1MA9B 3CD6N 4U7BA 1B9FA 2ZWHA 3TAPA 1IV0A 4GVEA 2PAVA 2BH1A 3QETA 3OHRA 4JK8A 4ZTJA 1RDBA 2WTUA 4OX9K 2A41A 2Q31A 3FFKB 1TYQA 3CCUN 3DM2A 5TKYA 1HNIA 4QS9A 1VSIA 4JLHA 4X65K 1NMNA 2HHSA 3QB0A 4X62K 3NH0A 1MU2A 1EXQA 1HNVA 1NU0A 1YITN 4M63C 1QQNA 4KTQA 3KZBA 2YHXA 1MDUB 3C6TA 4FOIA 5M1OA 4W5NA 3D0PA 2NNWA 4JD2B 4IJNA 3HXMA 2FC0A 2PY5A 4HTLA 3TSQA 3OTOK 2FSKA 4E3SA 5AJ3K 2AP1A 2XO7A 1WSIA 3WEEA 2ZD1A 4FJJA 3KLGA 1N6QA 3QICA 1WOQA 4CI6A 2HBJA 2FSJA 5HL7L 1HMVA 4CF2A 1KD1O 3TAMA 4IO9L 1B9DA 5AQSA 2QKKA 1S1WA 3OYLA 2P9UA 5AQJA 4WQ4A 1YF5L 1VSJA 2ZJPL 2QW9A 5B8HA 1WSGA 1X3NA 2A6AA 3QO9A 3JXUA 4DTRA 4KREA 3G25A 3IG1A 3SBGA 4BRDA 4WE1A 3WXLA 1GLEG 3V1RA 1ZC6A 4NO7A 3FZMA 3TABA 3W3DA 3H46O 5AFUA 3AA4A 3CERA 1NWKA 1ESVA 2NRXA 2GV9A 4PA1A 3VQDA 3VGKA 3F9MA 5H1SQ 2NLXA 4DLEA 1IBKK 1K8KA 3OBYA 1TGOA 1EKEA 3ATVA 5HBMA 3CJ1A 4E1MA 4YOUA 3CIPA 5HLFA 3TTDA 1UA1A 4ISGA 3I0RA 4M3ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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