The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
214
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structure length |
207
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Chain Sequence |
GAMDHVEFGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRTSPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| source organism |
Lassa virus
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| total genus |
58
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| structure length |
207
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| sequence length |
214
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3Q7C A; 3Q7B A; 3MX5 A; 3MX2 A; 4GVE A; 4GV6 A; 4G9Z A; 3R3L A; 3MWP A; 3MWT A; 4GV9 A; 4FVU A; 4GV3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RVC A; 1HNV A; 4PKH A; 3OA9 A; 4E0D A; 4DV7 K; 2FXU A; 1S1X A; 4FJG A; 4NYF A; 4M3X A; 2UUC K; 3VF6 A; 1L5U A; 4I7F A; 3AVL A; 3E9P A; 4H0V B; 2VCP A; 3DMJ A; 4BRA A; 1RFQ A; 4JNE A; 3KLI A; 4DR5 K; 3LP2 A; 5F2R A; 3MCA B; 1YJ9 N; 3VQ4 A; 5M1F A; 3OYN A; 1GLJ O; 4IDH A; 2HHH K; 3IS9 A; 4JK7 A; 1RDD A; 4HWI A; 4CJ3 A; 5AQG A; 1L3U A; 2QTD A; 2HMP A; 1S5J A; 4CFD A; 1J9A A; 5AQM A; 1ZC6 A; 2QWQ A; 3EN9 A; 3CC4 N; 2P1J A; 4FWR A; 2G8W A; 2Y1J A; 1T44 A; 1QVG M; 2EX3 A; 5BR8 K; 3QNN A; 3HPH A; 3W3D A; 5F0X A; 3JXU A; 3RMA A; 4DSJ A; 3L0Q A; 4KHQ A; 2IOC A; 1TYQ B; 1YAG A; 3U9D A; 2HHU A; 2DFF A; 1TKT A; 2X6S A; 4KFB A; 2PFU A; 3AO1 A; 1YT3 A; 1GOB A; 2ZGY A; 3L2R A; 4JKD A; 3EZW A; 4CGJ A; 4AIL C; 3L2Q A; 4BQL A; 4BR7 A; 2YHY A; 2V52 B; 1WSI A; 4M3W A; 1Q9Y A; 4Z4C A; 4Q0B A; 4B9V A; 3CCL N; 2GTD A; 4WE1 A; 1XQS C; 1NMD A; 1FKO A; 4X64 K; 4WQ5 A; 3S9H A; 1ASU A; 2B4J A; 4I2Q A; 3H46 O; 2KLA A; 4Z0U A; 4CBX A; 1RIL A; 2P9N B; 4RW7 A; 1REV A; 5I9E B; 2OPP A; 2KTQ A; 2PY5 A; 3O4Q A; 1QQM A; 2F9T A; 3KLH A; 3KHY A; 3I8B A; 1XMQ K; 1UA0 A; 3K58 A; 3WXI A; 4AHS A; 2CGK A; 4FWM A; 1K6Y A; 4NO7 A; 2X74 A; 2A42 A; 3ZCM A; 2UUB K; 3K5O A; 4B9S A; 4FJ9 A; 1SS6 A; 4KTW A; 4I6M B; 1BA0 A; 1J53 A; 3VN5 A; 2FBV A; 4DQQ A; 3CQX A; 3ID6 A; 1C0M A; 1S3X A; 3QLH A; 3RRH A; 4BRG A; 1C6V A; 3R1X A; 3WQU A; 5AQR A; 3BDP A; 3UKU A; 4KHU A; 5C42 A; 3DXK A; 3D2F A; 1SKR A; 2UXD K; 3CG7 A; 4NLB A; 5AQY A; 3FGU A; 2O8B A; 3T69 A; 4CF0 A; 1NBW A; 2X6N A; 1I94 K; 3HT3 A; 2QWP A; 2D0A A; 4K8Z A; 1U2V B; 3VQQ A; 4BRD A; 3DLG A; 2JWL A; 3NVM A; 2KFN A; 5FPE A; 2OZM A; 5JS1 A; 4C8L A; 1GOC A; 1UA1 A; 4FJJ A; 1VSF A; 4JI6 K; 3LDS A; 4DLE A; 3U9Z A; 2O8F A; 1VQN N; 4JI4 K; 5BRE A; 1XMO K; 1NJW A; 3SPZ A; 1S9E A; 4DR7 K; 4LF9 K; 1WN7 A; 5BR9 A; 4RW8 A; 4OLA A; 4FYD A; 1VQM N; 4XIU A; 4CEC A; 2X78 A; 1C1B A; 4DTN A; 3SAF A; 3CC2 N; 4DQI A; 3ZX3 A; 2OZS A; 4JYA K; 4IG0 A; 3CMA N; 2Q2R A; 4FJM A; 3EZ5 A; 3QML A; 4CEZ A; 3LAK A; 3BY5 A; 4YOV A; 2HVH A; 4AH9 A; 1TGO A; 3E1Y A; 4CGG A; 1HNZ K; 3D6R A; 2Z1I A; 4KRE A; 3A5L C; 3S41 A; 4IZ9 A; 1XC3 A; 4LH4 A; 3SBT A; 3KKR A; 1TK8 A; 4FVU A; 1NK7 A; 3MDQ A; 4CEB A; 4M63 C; 3AA3 A; 4H4M A; 3RSE A; 3PY8 A; 3D7E O; 1GLL O; 1DGK N; 1JLC A; 2YNI A; 3V1Q A; 2G8V A; 4CGF A; 2NRR A; 4H03 B; 2Q0R A; 3ZT3 A; 1BCM A; 3LDL A; 3A5M C; 4N41 A; 3M6G A; 3GG4 A; 4BC4 A; 4F9O A; 1HNI A; 4CHQ A; 4GV6 A; 4L3Q A; 1M90 O; 4EP4 A; 5IT9 O; 2P9I B; 3O8M A; 3Q7C A; 4CD1 A; 3EL2 A; 1VQ7 N; 4Z4H A; 3IMX A; 4IO8 A; 3H45 C; 4U7B A; 2ZE2 A; 4DV4 K; 4AHC A; 2YHW A; 4FZZ A; 3U6F A; 3LDP A; 4DFM A; 3VTH A; 4DQR A; 1IKV A; 1N8R O; 3WNH A; 3J7A P; 4KTZ A; 1FW6 A; 3GBT A; 1LWC A; 4GY2 B; 4G1Q A; 2XY5 A; 3ULE A; 2WON A; 3SYZ A; 1IBM K; 4B9Q A; 2YNF A; 2V7Y A; 4BAC A; 1NGC A; 2VWB A; 3AVF A; 4H5R A; 2ITM A; 4CEA A; 4DCH A; 4CFB A; 1W9H A; 4W5T A; 4DUZ K; 1V4T A; 2XY6 A; 3SUQ A; 4BRK A; 5BPL A; 3C7N B; 3P1G A; 1T6C A; 3NCI A; 4BRO A; 5KPZ A; 3VGM A; 3MAQ A; 4CZL A; 1OKJ A; 3MN6 A; 4CIG A; 4DMN A; 1L3S A; 3LPT A; 1TUY A; 1ITG A; 4OKJ A; 4KBO A; 1X9W A; 4PUO A; 2IDO A; 3DWL A; 1VQK N; 3WXJ A; 4JHD A; 3SUN A; 3MN7 A; 4JI8 K; 5C25 A; 1YVN A; 3VEZ A; 1K73 O; 1S22 A; 1WOQ A; 3HPG A; 1RT1 A; 4JD2 A; 2QW9 A; 4FZX C; 1YXQ A; 2O4G A; 3AAP A; 4O8K A; 5M1O A; 3O9U A; 1BA1 A; 4BC2 A; 4CFA A; 3T7Z A; 1TK5 A; 5EVZ A; 3VQ5 A; 4V19 S; 4K41 A; 1RBR A; 3KTQ A; 1JL2 A; 4CHO A; 4M7X A; 4CJ7 A; 2IS3 A; 4ISG A; 1K8K B; 4DV0 K; 2O8D B; 3D2E B; 1HQU A; 5AQV A; 2E6L A; 1NOY A; 1EXQ A; 2RE2 A; 3DJC A; 4Y0W A; 4FZY A; 2D5R A; 1RBU A; 3VET A; 4E1M A; 3SV4 A; 4IOC L; 3LZJ A; 5HBM A; 1ASV A; 3CCQ N; 3LP0 A; 3ZSO A; 4FPB A; 1X3M A; 1T03 A; 3L4I A; 2D0B A; 4AHV A; 2HNY A; 3ULD A; 4NCB A; 1P90 A; 4FJX A; 5HOO A; 2VQE K; 2VWK A; 4CGH A; 1RBS A; 4BRN A; 5D3G A; 2DY4 A; 4ZHR A; 1BIS A; 2ITG A; 2NRZ A; 3I56 N; 1N32 K; 2P9S A; 1VQ9 N; 4A57 A; 1W7A A; 3S3M A; 3HBT A; 3CME N; 1YJW N; 3EKS A; 5KPT A; 3SK3 A; 3K5L A; 1N34 K; 4OGC A; 3VES A; 1LWE A; 4DU4 A; 3UKR B; 3GDQ A; 3IUC A; 1H1V A; 1WB9 A; 4B1V A; 4JEP A; 3DM2 A; 1RBV A; 1UAX A; 3JSM A; 4JI3 K; 3NF7 A; 2GV9 A; 2YCH A; 5A2Q O; 4LD0 A; 3CF5 L; 1RDU A; 3VEO A; 3ZEU B; 4CES A; 1NK0 A; 2NNW A; 4HCB A; 3AAR A; 1OH5 A; 3DRS A; 5AZI A; 5LJV A; 4B3R K; 4LF5 K; 4NCA A; 1KQS M; 1S1U A; 1NGH A; 4IKF A; 1KVB A; 2HHX A; 4DTJ A; 4K0K K; 2QXL A; 4NCG A; 4WQ5 C; 2YHA A; 2WC9 A; 2D0C A; 4DLG A; 4UQG A; 1TKZ A; 3E01 A; 2ASP A; 1JKH A; 3HM9 A; 3QFP A; 3J8A A; 4IDK A; 1VAZ A; 4N47 A; 2QWN A; 1D8Y A; 3QEI A; 1BIU A; 2ASM A; 3E9O A; 3MN5 A; 3NGY A; 3TSQ A; 4M3Y A; 4RG8 A; 3G4S N; 4DSE A; 4CJ4 A; 1HR0 K; 1WAJ A; 1M1K O; 3PO5 A; 1VSD A; 3R3L A; 5EU7 A; 4B8A B; 3KD1 E; 2HND A; 2HHS A; 4DR6 K; 3MED A; 2UYT A; 3CXC M; 1NGD A; 3T1H K; 4ZTJ A; 3AGK A; 3WEE A; 4CED A; 3VA3 A; 1IG8 A; 1YI2 N; 2VYP A; 4NXM K; 4B3M K; 1FJG K; 5HRS A; 4WCE L; 3NHG A; 4JLH A; 5FRN A; 3OYA A; 4FJK A; 4E7I A; 4QCL A; 3THX A; 3EE9 A; 1JCE A; 3T3F A; 4BWJ A; 4JN4 A; 4DQ8 A; 3HK2 A; 3ZSV A; 4FM1 A; 4KPY A; 1BGX T; 4CF9 A; 1Z26 A; 3HOT A; 4ZTF A; 4JI2 K; 2W6L A; 3O80 A; 4FWQ A; 4BDY A; 4DSL A; 4R5P A; 3OBY A; 3I0R A; 1Q7Y O; 3HVT A; 3OJU A; 3RWU A; 1LW2 A; 2E2P A; 4EZ6 A; 4HUF A; 2D0P A; 2F8S A; 4KH4 A; 3P83 D; 4YOW A; 3OYC A; 5AQI A; 3I8D A; 2EHG A; 3UB5 A; 3HM8 A; 4YOR A; 4DKW A; 1ZBH A; 1LAV A; 4B9M A; 4YOY A; 4LF8 K; 4YY3 K; 3RRG A; 2HVI A; 3L2W A; 1ATN A; 5DMR A; 4MLE A; 4EFH A; 3OTO K; 3AVN A; 2GUP A; 3ZX2 A; 1B9D A; 5AQK A; 4XH4 A; 1J5O A; 4IEE A; 5K14 A; 1SUQ A; 3BGR A; 1HJO A; 4FOE A; 2E1Y A; 4KRF A; 1SL2 A; 4KKO A; 3SV3 A; 3DYA A; 1U49 A; 3KLG A; 3OYI A; 2NUB A; 1OH7 A; 3GOI A; 2F96 A; 4O55 A; 3CCR N; 3HVR A; 1LCU A; 1XUP O; 1UWB A; 3CPE A; 3O3F A; 1XWL A; 4FLY A; 2G8F A; 4F2S A; 3U3Y A; 1CZB A; 3ZT2 A; 2PZS A; 4JKC A; 4EP5 A; 3QET A; 3NVK A; 2P9K B; 3ZX0 A; 2YHB A; 2FBX A; 4JKH A; 1SKS A; 4YNQ A; 3H3O B; 2E20 A; 4BGA A; 5KGX A; 1BHL A; 3THW B; 3OS2 A; 1BCO A; 4KHW A; 4MO4 A; 1D9D A; 3QES A; 5BRD A; 1ASW A; 4L8R B; 3UKU B; 3D2F B; 2QM1 A; 5AQX A; 2O8B B; 4BDZ A; 1EKE A; 2A41 A; 3PSI A; 4IXC A; 3KJV A; 2HOE A; 4WQ4 A; 3CYM A; 4HUG A; 3HOS A; 1NKE A; 4FK0 A; 4JI0 K; 5AJ3 K; 4MO5 A; 1B92 A; 4F3O A; 2F4V K; 4LFB K; 4DSI A; 1KD1 O; 3L8B A; 4BRL A; 2D0O A; 3R8E A; 3FZH A; 1WNS A; 2FBT A; 3KWI A; 4QOZ B; 1DTT A; 4FJI A; 5HP1 A; 2VWJ A; 1G99 A; 1NLV A; 1JJ2 M; 4J2B A; 3PX4 A; 4RW9 A; 1N5Y A; 1A5X A; 3CQY A; 3O9T A; 5HRR A; 3J7Z O; 1NJI O; 1NOZ A; 1ZXO A; 4YOX A; 3CJ9 A; 1IKY A; 2W40 A; 2RKI A; 3MX2 A; 4X66 K; 4CGI A; 2ZJP L; 2KZZ A; 3FZF A; 1Q81 O; 3I33 A; 5AQO A; 5T7B A; 4BE1 A; 4Y1D A; 1EWR A; 1VSK A; 5FPN A; 4X62 K; 3S3O A; 4OO1 J; 5AR0 A; 4LH5 A; 1S9G A; 5EX5 A; 1W97 L; 4M3U A; 1I39 A; 1KVC A; 1Y64 A; 5AQT A; 3V81 A; 4LY7 A; 4QS8 A; 2P51 A; 4FM2 A; 3MXI A; 5J2N A; 4BR0 A; 3AVH A; 1KLN A; 4GMJ B; 2AJQ A; 4OVL A; 2GBZ A; 4W5R A; 4CEF A; 4KB0 A; 4I2P A; 1IKW A; 1OVQ A; 2QKK A; 5LMN K; 3O4N A; 1HRH A; 3RSE B; 3HO1 A; 3RMC A; 4CJR A; 3VPZ A; 1NG9 A; 3B6O A; 5AQJ A; 1MA9 B; 3VQA A; 2FLO A; 3C65 A; 2O8E A; 4OPA A; 4KB1 A; 4HTL A; 5C24 A; 2PYJ A; 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3OYF A; 3SQ2 A; 3DOK A; 5FRO A; 1JLA A; 1T6D A; 3AVI A; 4FJN A; 4N56 A; 1IH7 A; 3KWG A; 4CEE A; 3SUP A; 1WAF A; 3VA0 A; 4BE2 A; 3LAN A; 1FXX A; 1NGA A; 4YHH K; 1NK5 A; 4C1N K; 4O8U A; 1VQP N; 2P9S B; 5B8H A; 3N4P A; 3HL8 A; 1KAZ A; 4KV8 A; 4BR9 A; 4DS5 A; 3M1F A; 4AM7 A; 2R7Y A; 4ID1 A; 3CFO A; 3VF4 A; 2AP1 A; 1JXE A; 3P38 A; 1C1A A; 3V9W A; 3O1W A; 3VGK A; 3L2V A; 3RMB A; 3IRX A; 4DF4 A; 3QDK A; 2RF2 A; 3PO4 A; 4FL9 A; 4FSV A; 4FWK A; 2IIR A; 1OH6 A; 2HHT A; 4EIA A; 4IJA A; 4AHR A; 4JKG A; 4DV3 K; 1IG9 A; 2ATQ A; 4FO0 A; 3G25 A; 4RCH A; 2VG5 A; 2P9N A; 3V9Z A; 4B9T A; 1X3N A; 3ZSZ A; 1NGI A; 1RDC A; 1RNH A; 2E2N A; 3EY1 A; 3CJC A; 3MX5 A; 3TAQ A; 3ENO A; 2BAN A; 4JK8 A; 1GLE G; 1VSH A; 3CJ7 A; 1DTQ A; 1S6P A; 3KK7 A; 3F9K A; 4FOI A; 5KQD A; 2DFE A; 4A5B A; 5JLH A; 1Z25 A; 2VG7 A; 2QWM A; 5CYM A; 1RTI A; 3AVB A; 4DTU A; 1HYZ A; 3THY B; 3ZT1 A; 2FSK A; 1E4F T; 4BE0 A; 1LW0 A; 1QZ6 A; 3M8Q A; 3DI6 A; 3ITH A; 1JLE A; 3J7Y P; 3CHW A; 5CY4 A; 4O5B A; 2GUI A; 5AFU A; 1XNR K; 5H1S Q; 1DLO A; 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