The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
207
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structure length |
198
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Chain Sequence |
FGLTYSQLMTLKDAMLQLDPNAKTWMDIEGRPEDPVEIALYQPSSGCYIHFFREPTDLKQFKQDAKYSHGIDVTDLFATQPGLTSAVIDALPRNMVITCQGSDDIRKLLESQGRKDIKLIDIALSKTDSRKYENAVWDQYKDLCHMHTGVVVEKEEITPHCALMDCIMFDAAVSGGLNTSVLRAVLPRDMVFRPRVVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Arenaviral Nucleoproteins with Triphosphate dsRNA Reveal a Unique Mechanism of Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| source organism |
Lassa virus
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| molecule keywords |
RNA (5'-R(*(GTP)P*GP*GP*C)-3')
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| total genus |
51
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| structure length |
198
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| sequence length |
207
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FVU A; 3MWT A; 4GV6 A; 4GV9 A; 3R3L A; 4GVE A; 4GV3 A; 3MX2 A; 3MX5 A; 3MWP A; 3Q7B A; 4G9Z A; 3Q7C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FJN A; 3CPE A; 4H0X B; 3R9P A; 3WXK A; 4DV0 K; 3OS0 A; 4DKW A; 1K6Y A; 4CK3 A; 1YVN A; 1NGA A; 4M45 A; 1WB9 A; 2G8U A; 4WYB A; 4B1W B; 4OX9 K; 2Y1J A; 3C6T A; 3C65 A; 4OKE A; 4ELV A; 4DS5 A; 2D0C A; 1KCF A; 4CZM A; 2FSJ A; 5AQL A; 1YIT N; 4DUY K; 4PA1 A; 3O9S A; 4FK2 A; 2W42 A; 5BN8 A; 5SWM A; 1BIZ A; 1HPM A; 4JKD A; 4M3T A; 2HF4 A; 5FPE A; 4AM7 A; 4DR4 K; 3NAE A; 3S3M A; 4IDH A; 1ZC6 A; 5MLC Q; 1TK5 A; 3RWU A; 4GV3 A; 4AH9 A; 4CGF A; 2NRZ A; 4DR2 K; 4J2E A; 4IOC L; 1SKR A; 5C2F A; 1O13 A; 4FWQ A; 3U6F A; 3SQ1 A; 2RHK A; 1KRP A; 4JKE A; 3ULE A; 5KRT A; 1RTD A; 3VQ5 A; 1XNR K; 1NGH A; 1C0T A; 3HXM A; 4PKG A; 1GOA A; 1W0H A; 1E4G T; 3AO3 A; 3OYG A; 3IUC A; 4DF8 A; 2P9S B; 3HPG A; 3VES A; 4C8K A; 1WBD A; 5JS1 A; 1VQL N; 2YX6 A; 2NRV A; 3THW A; 3CD6 N; 3ATV A; 1UAX A; 3UKR B; 3R1X A; 4OGE A; 1HPZ A; 4X66 K; 1W9H A; 3ZT3 A; 4C8M A; 1RDB A; 4FPA A; 4GVM A; 4F9O A; 4A5B A; 4WFA L; 1NOY A; 1TL1 A; 4JI4 K; 4IKF A; 4ID1 A; 2A40 A; 2P9S A; 2HBL A; 4BWJ A; 3HP9 A; 1IG9 A; 3RMC A; 3KK3 A; 3CFO A; 3UKR A; 1J6Z A; 3V9W A; 5FDL A; 3U9Z A; 4B9S A; 2IC3 A; 5TKY A; 4M3R A; 2B6A A; 3IDH A; 1QHT A; 3CJB A; 4HVJ A; 3TAE A; 4CIG A; 5EU7 A; 4M7Y A; 1JXB A; 1BU6 O; 1DTT A; 1I3A A; 4CEB A; 4B8C A; 3SAF A; 2UUB K; 3J80 O; 1ZBU A; 3L2R A; 2HHW A; 1JKH A; 3MN6 A; 3QEV A; 2E2O A; 2P9K B; 4FSV A; 3ZT4 A; 3CCU N; 3SZ2 A; 4AIL C; 4O8U A; 2G8I A; 1C0G A; 2YV0 X; 3QDK A; 4H4O A; 5DM6 L; 4ID5 A; 3O80 A; 1QVF M; 1GLF O; 1Q8I A; 3V9Z A; 4O55 A; 4CJL A; 4CHO A; 1KC8 O; 3PV8 A; 4IG3 A; 5HRR A; 4B9U A; 3AAP A; 5AQX A; 4IEI A; 2HBM A; 3AVL A; 1W2B M; 1KQS M; 3TPQ A; 3ZT1 A; 3O9Q A; 4CVN E; 1HJR A; 2ATQ A; 2P9K A; 5C15 A; 3V4I A; 1RT2 A; 2IVP A; 5BPM A; 3JSM A; 4M3U A; 3CC2 N; 3G0Z A; 1KFD A; 1YVU A; 5CE3 A; 4DV1 K; 4DQS A; 3LAL A; 3BZC A; 3VQC A; 3C0B A; 4PHT X; 2KQ2 A; 4F8R A; 4JKG A; 3FZF A; 4J2D A; 4LF8 K; 1IKX A; 4YOU A; 3EE8 A; 2YNF A; 4JV5 K; 3PY8 A; 3O9T A; 4HUF A; 1UA0 A; 4B9V A; 5KPR A; 2A41 A; 4BRH A; 2P9P B; 4DR5 K; 4Z94 A; 4GMJ B; 3OYM A; 3NH1 A; 2FF3 B; 3UKU A; 4JK8 A; 1U04 A; 4KTZ A; 2E2Q A; 5KGW A; 5M1K A; 1VQ9 N; 1XQS C; 4FVU A; 5BR8 K; 3E9O A; 2ITM A; 4WCE L; 3G6E N; 5B8H A; 4CGG A; 1GLB G; 3DYA A; 3ULD A; 3D7E O; 4UY8 O; 1N8R O; 3QEX A; 3SUQ A; 4OO1 J; 3VGM A; 4B3R K; 3AVG A; 4W5T A; 3SJJ A; 1C1A A; 3N4P A; 2YHW A; 5BRE A; 3ZX0 A; 4DV4 K; 5F0X A; 1IKY A; 4CIF A; 1D4X A; 1SQK A; 1ATR A; 3HK2 A; 2Q97 A; 1XHX A; 2HND A; 2E6L A; 4FLU A; 4NB4 A; 4BVP A; 2WUS A; 4EP5 A; 1BWF O; 2WFB A; 1TUY A; 4CK2 A; 4NCA A; 3CQY A; 1TKX A; 3V1R A; 2ZM6 K; 3NBP A; 5AQG A; 1JCF A; 1FK9 A; 2E2P A; 3SJH A; 2PZS A; 4DUZ K; 1NGE A; 5FPD A; 5M1Q A; 4UQG A; 4B3S K; 3DLK A; 1MWM A; 1RT6 A; 2VG7 A; 3J7Y P; 4B1Z A; 3AO2 A; 1QSL A; 3HI0 A; 4EHU A; 1REV A; 1GOB A; 4B3M K; 1VQ4 N; 5BN9 A; 2IOC A; 4DLG A; 4DF4 A; 1ASU A; 2RKI A; 4JI3 K; 1IKW A; 2D4W A; 3G25 A; 3T19 A; 1S22 A; 1T6D A; 3OY9 A; 4V19 S; 3NF9 A; 4DR6 K; 4KO0 A; 1U47 A; 3O3F A; 3CCS N; 2DFF A; 3DM2 A; 5FRM A; 3ID6 A; 4A57 A; 1RDC A; 1S6P A; 1DTQ A; 2NNW A; 2D0B A; 3E1Y A; 4CBX A; 4BRE A; 4FWK A; 1K9M O; 1GLC G; 4F3T A; 2BAN A; 4JKH A; 1ESV A; 1QZ6 A; 2WTU A; 2F8T A; 3DLR A; 1S1T A; 3OJS A; 4KHU A; 1J9A A; 4FJM A; 1RDW X; 3MCA B; 2QWM A; 3QLH A; 1KLN A; 4IJN A; 1A5V A; 3K0S A; 3FE1 A; 3VQP A; 3LDQ A; 2YNI A; 1P90 A; 4N76 A; 3A5N C; 1R59 O; 4HUE A; 1XWL A; 1WSH A; 2XY8 A; 4DSI A; 4JI7 K; 3RRH A; 3I55 N; 1K8K B; 3K59 A; 2UUA K; 3MED A; 1HUX A; 2NRR A; 4FJ9 A; 2IVO A; 3CHW A; 4OPJ A; 4EAH D; 1D5A A; 4DR1 K; 2QTD A; 4JS4 A; 1DT9 A; 3CQ8 A; 4CD3 A; 4JI8 K; 4BRL A; 3PO5 A; 1SAZ A; 5CYM A; 4FK4 A; 4FJX A; 1WUA A; 3O9U A; 3VEY A; 5LJV A; 4KI4 A; 1K8K A; 1U49 A; 4YOT A; 2KFZ A; 1TL3 A; 1VSK A; 3U3G A; 4O5F A; 4H5R A; 2E88 A; 3F5T A; 3KVG A; 2Q3S A; 4FJ7 A; 4BRO A; 4CCH A; 5JLF A; 2Q31 A; 4RW4 A; 3S9H A; 2P9L B; 4M41 A; 4JD2 B; 1EKE A; 2ZWH A; 3HYF A; 4FOI A; 1SKS A; 2B5J A; 5KTQ A; 5AQO A; 5AR0 A; 3ZSV A; 3BDP A; 1Z6R A; 3CER A; 2VWJ A; 4FJK A; 2P9L A; 4JD2 A; 1D8Y A; 1L5U A; 4CEF A; 4IOX A; 3G4S N; 3OYA A; 4EFH A; 3ZSX A; 3F73 A; 3OYC A; 2FSK A; 1RBR A; 3GOI A; 2JWL A; 1NGI A; 3OYB A; 1HQE A; 4IFY A; 3LZJ A; 3TSU A; 2G8W A; 2VCP A; 1BL3 A; 4OPA A; 3ZEU B; 1BHL A; 3OJU A; 4BDY A; 3J81 O; 2Z1H A; 3EKS A; 3DXK B; 1RIL A; 4FLW A; 3F9K A; 3M8P A; 1VQ5 N; 3LP2 A; 2A6A A; 3K58 A; 1CZ9 A; 5I9E B; 5DK5 A; 1WN7 A; 4CZL A; 4FOE A; 5AQW A; 1NK6 A; 4IXC A; 3NGZ A; 3CJA A; 2QXL A; 3ISN C; 1Z26 A; 3BP8 A; 3HJF A; 2E2N A; 4CF0 A; 4CJE A; 4H5T A; 2ASM A; 2XY6 A; 1C6V A; 1EO1 A; 4LD0 A; 3DXK A; 1U2V A; 4E7J A; 3TAN A; 3QEI A; 4FXD A; 3HL8 A; 4CEC A; 3QNN A; 2AA4 A; 3L4Q A; 5M1P A; 1IO2 A; 3IMX A; 4YY3 K; 1WLJ A; 2QKK A; 1OVY A; 1XC3 A; 1FJG K; 1GLA G; 2Y1I A; 1QS4 A; 3MWP A; 3BF3 A; 1TUU A; 4B1V A; 4CFA A; 2I7P A; 3JYT A; 3FZM A; 4DV2 K; 3D2E A; 3LM9 A; 4FYD A; 3TSP A; 3PX4 A; 1YHQ N; 1MDU B; 1H1V A; 4XH4 A; 3LPT A; 1LWC A; 3A2F A; 3SPY A; 3T69 A; 1HQU A; 3A5O C; 4HTL A; 3KK2 A; 2Q1N A; 3QES A; 1HYS A; 1S9G A; 4CHY A; 4FJJ A; 5LMU K; 4DTP A; 2F96 A; 3O08 A; 4E1N A; 2HHS A; 1ZXO A; 4CIE A; 3CC7 N; 1NKC A; 4IO8 A; 3CME N; 1NU0 A; 1RBT A; 2OPS A; 1M1K O; 4CF1 A; 1NK7 A; 3AVN A; 1A5W A; 5GAG P; 4YFU A; 4B9L A; 3K9K A; 3QEP A; 1EET A; 4CZF A; 4Z4C A; 4BG9 A; 2FBY A; 3WNE A; 1VSI A; 3CJ1 A; 2P9I A; 3IS9 A; 1BA1 A; 4FW1 A; 2OYQ A; 4RW6 A; 1SL2 A; 4H0V B; 4I7F A; 3DMJ A; 4CJW A; 4FWP A; 1KTQ A; 3VQE A; 4BR4 A; 5ELZ A; 3THV A; 1CXQ A; 2FC0 A; 3PX6 A; 3O4W A; 4CFB A; 3LAM A; 3NF8 A; 5EVZ A; 3W3D A; 2GEL A; 1HKB A; 4OGC A; 3QIC A; 2X78 A; 4CGH A; 1TKZ A; 1HKC A; 4H5N A; 4KFB A; 3P83 D; 1IH7 A; 5EXW A; 5EOY A; 2P9U A; 2WBN A; 5AJ3 K; 3OBW A; 4RW9 A; 4DU4 A; 4O4G A; 4CJU A; 4FK0 A; 2X6S A; 1KLM A; 1NGD A; 3CCR N; 3RVC A; 4BRP A; 3L2Q A; 2YJE A; 1CXU A; 4H8K A; 3EYZ A; 3QNO A; 5E84 A; 3VQD A; 4WFB L; 2GWK A; 1HX1 A; 4LF5 K; 4HCB A; 4DFJ A; 2VG5 A; 2BH1 A; 3T7Z A; 3VTI A; 4O0J A; 1KSP A; 4JRQ A; 1VQ6 N; 2HBJ A; 2E20 A; 3FLC O; 5KGX A; 2A42 A; 2VG6 A; 1R0A A; 5FLX O; 2GEM A; 3FR0 A; 5AQP A; 3L2U A; 4CJ3 A; 1K8A O; 2P5G A; 1LAW A; 4FW2 A; 4M3W A; 4DTJ A; 4DFK A; 4KI6 A; 4PQU A; 3K5O A; 2W6K A; 4JN4 A; 1RT3 A; 1OH8 A; 5AZJ B; 2Q0U A; 2VGN A; 3P39 A; 3AGK A; 3NCI A; 3QER A; 3VEZ A; 4EHT A; 4BG8 A; 4BGB A; 4R79 A; 3S3N A; 2ZD1 A; 3THX B; 2PBD A; 4DQP A; 4QOZ B; 3BZK A; 1SV5 A; 1YTU A; 3AVF A; 1RDD A; 5AQS A; 3TSQ A; 3TU5 A; 1WOQ A; 3U8X A; 2GBZ A; 3SYZ A; 4IJA A; 2O8D B; 2UXC K; 3KK7 A; 2VWB A; 3MXJ A; 2Z1J A; 3DLE A; 3SAH A; 1ITG A; 1C0M A; 3P1G A; 3LZI A; 3THX A; 1SKW A; 1KAY A; 1KFS A; 4EZ9 A; 3ZSW A; 4LH4 A; 3VEV A; 4PWD A; 1C1B A; 5BPN A; 3KLH A; 4E3S A; 3H6E A; 4KHQ A; 3OYH A; 4WQ5 C; 3LDP A; 3LDO A; 1BIU A; 1NJX A; 2O8D A; 3B6O A; 4JLH A; 1IV0 A; 2BGG A; 1T44 A; 3CCM N; 4FPB A; 2XO7 A; 3I8B A; 3NH0 A; 1XC9 A; 4LFA K; 3NF6 A; 3DLH A; 3BUZ B; 3H08 A; 3ATU A; 1RTI A; 4MLE A; 4EP4 A; 4AHV A; 2YHY A; 2YHA A; 1TYQ B; 4NLC A; 2QW9 A; 2HB5 A; 1S72 N; 1TV6 A; 3PSI A; 1Q82 O; 3DXM B; 4CES A; 3RTV A; 4JI0 K; 1MWK A; 3MEG A; 5C24 A; 3NGY A; 5J1E A; 3ZCM A; 4PL8 A; 1VSL A; 2IS3 A; 4FLX A; 3CFR A; 1QSS A; 2KZZ A; 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2V51 B; 1BGX T; 2P9P A; 2ZQB A; 1VQK N; 5GAH P; 3RR8 A; 3CET A; 4AHU A; 3QBX A; 3D2F B; 4B1U B; 3CF5 L; 1U48 A; 3EL2 A; 3VEN A; 1FKP A; 2J4R A; 4CK1 A; 3KLG A; 2A1S A; 1BCM A; 3KD1 E; 3PSF A; 3VQB A; 4E7L A; 1NWK A; 3EE9 A; 3NE6 A; 1S6Q A; 3LDS A; 2AJQ A; 5DMR A; 3AAQ A; 3L2W A; 4JHD B; 2Q36 A; 3CJ9 A; 3LAK A; 4AHT A; 4BE1 A; 1WSJ A; 4Z4E A; 1Q86 O; 3OHR A; 1IBM K; 3PIP L; 4KH5 A; 4JI2 K; 3WNH A; 1HNV A; 2NUB A; 3D2F A; 1RT7 A; 3FFI A; 4KV8 A; 1K73 O; 2KZM A; 3TTF A; 3R3L A; 3C6H A; 3GBT A; 4A2A A; 3CPW M; 3AAR A; 1VSF A; 4CJT A; 1D9F A; 1ZBL A; 3EZW A; 4KPY A; 1S3X A; 3U3Y A; 4TSX A; 3GL1 A; 2PYL A; 3SBG A; 2LSN A; 3Q7C A; 3WQU A; 4BRA A; 1JJ2 M; 3AVJ A; 2BDP A; 3H1V X; 4H0P A; 1HNW K; 1EXQ A; 1S1W A; 4H03 B; 1JLF A; 4JHD A; 5AQR A; 4X65 K; 3QEW A; 4AQY K; 5AQN A; 3V9X A; 1BUP A; 2ZGZ A; 1RT4 A; 3K9J A; 3WXI A; 2HVH A; 1IBK K; 2D0O A; 3IKM A; 1QQM A; 2VQE K; 1V4S A; 1BOT O; 2ITG A; 4FLY A; 4A2B A; 1TAU A; 5JS2 A; 1ZYQ A; 4GNI A; 1XI1 A; 4RW7 A; 3FZH A; 5AQH A; 2G8V A; 4KKO A; 3RRG A; 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