4GVMA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
148
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTACWWAGIKQEFGIPYNPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
total genus 44
structure length 148
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gvmA00
3OJSA 3DOLA 3NGYA 4Q5VA 1S1UA 1KVAA 2XY5A 1KLMA 4FLZA 2OPPA 1MU2A 4FJJA 4CCHA 3DM2A 4KO0A 2B4JA 3WNGA 4CECA 3OYDA 1UA1A 3QIOA 3U6FA 4PUOA 1LW2A 1SL0A 3AVBA 3V9SA 3RMDA 4E7JA 1CLQA 4O55A 1Z25A 1LWEA 2Y1JA 1SKRA 4ELTA 4FJXA 4CGJA 4DMNA 3KK1A 3AVAA 3HP6A 3P1GA 4Y1CA 5HLFA 1NKBA 1VSEA 3SV3A 4JLHA 1RT7A 4FLVA 5J2QA 1KRPA 4FJ7A 3I0SA 1D5AA 1B9DA 4DG1A 3HM9A 4FLWA 4DTOA 3RR8A 1RTIA 1X9MA 1S9GA 3ZSWA 4DTSA 1YTUA 5J1EA 3I8DA 4CJRA 4Z4CA 5HRPA 3SQ2A 4M41A 4HUGA 4OKJA 4CIFA 4Z4HA 4DSFA 1C0MA 4OVLA 2ETJA 4B9SA 1RBUA 2DY4A 4R5PA 5KRTA 1R0AA 4O5BA 5J2PA 1YVUA 3WNEA 3VQ8A 4TSXA 4FLUA 4OGEA 2VG7A 4CEDA 4RW6A 4DQRA 1BHLA 4B9UA 4ID5A 2G8WA 4WE1A 4N56A 1HNIA 1LAVA 1T8EA 4OLBA 1VSLA 1WSJA 3PV8A 3NGZA 3MECA 4CJWA 5FROA 4CJTA 1N5YA 5I3UA 3SQ0A 2HNDA 3CM6A 3QO9A 3OYNA 1NK9A 4FCYA 2G8KA 3AVGA 4DS5A 3QEWA 4KHUA 2Q3SA 4CJLA 1RCHA 1X9WA 3OS1A 1KFSA 1ZBUA 3SUPA 3S9HA 2QK9A 2VG6A 2YNGA 4OGCA 3KK3A 3RRHA 3V81A 3HK2A 4PY5A 4KTQA 1C1AA 4KTZA 3KTQA 4CJ4A 2I5JA 4CF0A 3CQ8A 2GUIA 2OPSA 3AVIA 3M8PA 4IG3A 3V9WA 3VQ7A 3KLFA 3QERA 2HMIA 1TKZA 2VG5A 3DRRA 4DTMA 3CG7A 4F4KA 2F8TA 3LPUA 3QETA 3AVMA 4N41A 2DFHA 4DFPA 3AA2A 4CF2A 3L8BA 3KKRA 2ZE2A 4CEEA 3AA5X 3IRXA 3PX4A 3I0RA 4E19A 1TK0A 1REVA 3K2PA 4CF9A 2B6AA 3NAEA 4CK1A 5J2MA 1RDCA 3O4QA 3RWUA 3ITHA 4B8CA 3ZT3A 3HYFA 1BGXT 1Y97A 3AV9A 3HSTB 3LP1A 3O3FA 3CFPA 3SCXA 1NJZA 4C8LA 1NK4A 3C95A 1I3AA 4LH4A 2F8SA 3NF8A 3O3HA 2Z1HA 1DTTA 3DOKA 2R7YA 2ZD1A 1KFDA 3LALA 4RG8A 3LWLA 4FVMA 4HUEA 4DF8A 3VQDA 2BDPA 4F3TA 3LWMA 3VQQA 1JLCA 3V1QA 4DU1A 3VQ9A 4KHWA 4KAZA 3D0PA 5HP1A 2KW4A 2X6NA 4E1MA 4OKEA 3ZT4A 2XY7A 2DFEA 2PZSA 1WAFA 2G8UA 4DSKA 4F3OA 3KKSA 2P5OA 3K5OA 3SPZA 1BISA 4KTWA 3SUQA 1BI4A 3LAMA 1TAQA 4H4OA 4KRFA 3TAEA 3VQCA 1C0UA 1HMVA 3PX6A 3OYCA 4N76A 3TAGA 1NOYA 4QCLA 3DLKA 3K57A 1A5XA 4LD0A 1UOCA 3ZSVA 5CZ2A 3E01A 3VQ6A 1VSKA 2FBYA 1SL1A 4EZ6A 2OPRA 3AO4A 4ELUA 5D3GA 4ZTJA 3U3YA 1QTMA 4FZYA 3M8RA 4AHRA 1RBRA 4CHOA 4EP4A 2YV0X 1UAXA 1S1XA 1ASUA 2XO7A 1D9FA 1S1VA 3NFAA 5KGWA 4BWMA 1IO2A 2LSNA 3L3UA 4E89A 1RTHA 3V9UA 4KHSA 2Z1GA 4FM2A 3SYZA 4CJFA 4YFUA 3QEIA 1K6YA 1RDDA 3ASMA 1JL2A 1HNVA 3NF7A 4CJQA 4BDPA 1LAWA 2OZSA 4NCAA 1RTDA 4B9VA 3KD5E 3QEXA 4B3OA 3TI0A 4IKFA 1W0HA 4AHSA 3V9ZA 4DTNA 1HYZA 1JKHA 4UQGA 1TK5A 1WSFA 4CHQA 4B9TA 1WSGA 3LPTA 4NYFA 3AO2A 1VSIA 3DYAA 1RDBA 4DU3A 4FJ9A 4M3XA 2HNZA 1J54A 1LV5A 3VQPA 3ZT2A 3LP3A 4DTPA 4DFKA 4FZZA 1ZBHA 2Z1IA 4CFBA 4N5SA 1IG9A 2D5RA 1NJXA 5T7BA 2P51A 4O0IA 4HUFA 3AVHA 3OVNA 4J2DA 1S9EA 1L5UA 4NCGA 4AHTA 4C8KA 1HRHA 2X74A 2YHBA 2YKMA 3VN5A 1G15A 4DFJA 1L3SA 2OA8A 2VWKA 1D9DA 4ZHRA 1JLEA 1EXQA 4HTUA 1KSPA 2EHGA 4O4GA 3HPHA 1U04A 2D0AA 3HXMA 4AHCA 4KPYA 3EZ5A 1ZBIA 3TAQA 3AVJA 1QE1A 2KTQA 4C8NA 1S6PA 3L2UA 1SV5A 1B92A 1TL3A 3HP9A 3NH0A 4DLEA 3TAFA 3CYMA 4N47A 5SWMA 1RT3A 4E1NA 3M8QA 1YTAA 1RT2A 4CK3A 2JLEA 2IS3A 4BACA 1SKWA 5C25A 3RMBA 3AVLA 3CFOA 4KREA 4FM1A 3HVTA 2EX3A 3DI6A 1BQMA 2YHAA 4FZXC 1X9SA 4JRQA 5CZ1A 3VQBA 4B9NA 3HPOA 1CXUA 1I39A 1DLOA 2RN2A 1Q9YA 1L3UA 3DLRA 1XI1A 3PO4A 1RT4A 1TV6A 1ZBFA 4PA1A 2KZMA 3K59A 3NH1A 2WONA 5HBMA 2HVHA 1GOAA 4CK2A 3NGIA 3SJJA 1L3TA 4LY7A 3ZSQA 5FRMA 1CZBA 2E6MA 2RPIA 3MXJA 2JGUA 3MAQA 3OS0A 2X6SA 4E3SA 1NJWA 2QKBA 4CJVA 4DSJA 4CEBA 4CEQA 2G8VA 3QESA 3AO5A 3ISNC 4RW9A 4CIEA 1VSJA 4DF4A 4B9MA 3MXMA 2HW3A 1CZ9A 2IOCA 4IFYA 3AO1A 1JL1A 3K5NA 1B9FA 4HCBA 4CFCA 2BGGA 2YNFA 4M3UA 4FJMA 4Y1DA 2W42A 4M3YA 2VWJA 1J53A 4DTUA 4Z4IA 3A2FA 3AO3A 2XHBA 4O44A 3K5LA 4JRPA 1WAJA 3MEEA 4I9LA 5KI6A 4F2SA 3CFRA 1TAUA 2YNIA 4M3WA 4B8AB 3PY8A 3L2WA 3P5JA 4BWJA 3LZJA 3L2QA 1X1PA 4IDKA 4AHUA 3L2RA 1NK7A 4CHYA 4CEAA 1HYSA 1IKVA 3VQ4A 3THVA 2PYJA 3ZSXA 3OYEA 3IS9A 3ZSOA 4CF8A 2G8FA 1TKXA 4DSLA 1SL2A 1XC9A 1A5VA 2WOMA 2O4IA 3V1OA 2YNHA 3DRPA 1JXEA 3C6UA 3F9KA 3K5MA 3LZIA 4NCBA 1YT3A 3DLEA 1EX4A 2B5JA 3KIOA 4E7IA 4GW6A 3RTVA 4E7KA 4K8XA 3OYIA 1KVCA 4CGFA 1BQNA 1KLNA 3B6OA 1XWLA 3QINA 4KKOA 5DMRA 4W5OA 2BANA 3QNNA 3OYHA 3TAPA 4M3RA 2HHUA 2XY8A 2FBTA 3V9XA 2KZZA 3MEDA 1VK0A 1Q9XA 3C94A 4EZ9A 1BIZA 3TARA 2O4GA 3OJUA 3RRGA 4RW8A 4OPJA 4KHNA 3HJFA 4H4MA 5JS1A 4IG0A 1BCOA 4CE9A 4CIGA 3T19A 2PY5A 4LSLA 3QNOA 4W5NA 5FDLA 1U49A 4FJ8A 4BE0A 3H08A 4KB0A 2DTUA 3CM5A 1IH7A 4FK0A 1ITGA 4AILC 1CXQA 3RMCA 1QSYA 4CERA 1TK8A 3AA3A 4ELVA 1U48A 1IKYA 3TABA 1O1WA 2ITGA 3M8SA 3T3FA 3DLGA 1LW0A 4K8ZA 3G0ZA 3RR7A 1KVBA 2AJQA 3V4IA 4FJ5A 1S5JA 1C1CA 4CEFA 2A1RA 1XHZA 4GMJB 4LH5A 3KK2A 4KFBA 3DLBA 3QEPA 1Z26A 1Q8IA 2FBXA 3NDKA 3SNNA 5CY4A 3VQEA 2Z1JA 5KRSA 2GBZA 3ALYA 4E0DA 2RF2A 3P83D 1NKEA 4KV8A 4CGIA 2IDOA 3VA3A 1GOCA 4CJ5A 1F21A 1VSHA 3OYGA 4CJUA 4CJEA 4Z4GA 4FLYA 1RT5A 4CGDA 2HB5A 4CHPA 5I42A 3S3MA 1TL1A 1EKEA 3AVNA 4LSNA 3DLHA 3LANA 4KI6A 1QS4A 1WSIA 5E41A 5K14A 3KD1E 1S1TA 4BDYA 3ZT1A 3O3GA 3HT3A 1VRTA 3DMJA 1L3VA 1N6QA 4W5TA 4FJHA 2OPQA 4L8RB 4DLGA 1ASVA 1FKPA 4RW4A 4FW2A 1RT1A 1D8YA 1HPZA 1GOBA 4BE2A 1TGOA 3NHGA 4YNQA 4OLAA 4W5QA 4FJKA 5EU7A 4DTXA 4Q0BA 4CF1A 2D0CA 4DS4A 1NKCA 1QSSA 1ZYQA 3KLEA 4FJGA 1JLGA 2ZQBA 4CHZA 4W5RA 3RMAA 1RBVA 4M3ZA 2E4LA 1DTQA 3HO1A 5CYMA 3OYBA 1W9HA 1JLBA 3KLGA 1EP4A 2P5GA 2G8HA 3SUNA 3HL8A 3AVFA 4HVJA 2HHWA 3FFIA 1WSEA 4C8MA 4DFMA 4BDZA 4PQUA 1IKWA 1XHXA 3NCIA 1HJRA 1BI4B 3NE6A 3K58A 3ULDA 3SUOA 4FW1A 3B6PA 4IBNA 3TR8A 4C8OA 4ICLA 4XIUA 4FJIA 4DQPA 4B08A 3SPYA 4JS5A 3OYMA 3TANA 3UIQA 4I9QA 1NOZA 4AHVA 1RILA 1WLJA 3OYFA 2IAJA 4QAGA 4DU4A 2HVIA 4KHQA 4G1QA 4AH9A 1QHTA 3NF6A 2F96A 3G10A 4DQSA 4I7FA 1SKSA 1C0TA 3EY1A 2HHSA 3ZCMA 1VSMA 1RBSA 3PX0A 2HHVA 4CESA 2Y1IA 3U3GA 4FLTA 3LAKA 3NBPA 2YKNA 3HVRA 1RNHA 4CFDA 4JS4A 3SQ4A 1NK6A 4DSEA 2HHXA 4CJSA 4FK4A 4KB1A 1NK5A 3AVKA 4FLXA 3WNFA 4E7LA 1T7PA 1VSFA 4RW7A 3OYAA 4MQ3A 3JYTA 3BGRA 1FXXA 1TKTA 4GVMA 4CEOA 1KCFA 3V6DA 4KI4A 4DSIA 1T03A 2A1SA 5KTQA 3SV4A 3OS2A 1JLFA 1NK0A 3LDSA 2RKIA 2X78A 1WN7A 3PUFA 4FK2A 5C42A 4PWDA 2KFNA 3AA4A 4CGGA 1J5OA 2DFFA 3S3NA 4B9LA 4M42A 4CJ3A 4CHNA 1U4BA 2XRIA 4DWIA 4KHYA 1JXBA 3NH2A 2E6LA 1S1WA 3AVCA 2BE2A 4MFBA 3ZSRA 3F73A 4NYNA 1NJYA 3OYJA 3S3OA 2D0BA 4I2QA 1UA0A 4F8RA 4J2EA 1WSHA 3HPGA 1WNSA 2KFZA 3BDPA 4ID1A 4DTJA 1IKXA 3LP2A 3MXIA 4J2BA 1A5WA 2QXFA 3LP0A 1BIUA 3L3VA 2FC0A 5SZTA 2NUBA 5HRRA 4E7HA 2OZMA 1HQEA 4M45A 3WNHA 2HHTA 3QIPA 1J9AA 3MEGA 1KTQA 4OJRA 1VSDA 4DQQA 4F2RA 4BE1A 3T1AA 1U45A 3SQ1A 4OKKA 5CYQA 3QLHA 4Z4FA 1ASWA 3SI6A 1LWFA 1QQCA 3ZT0A 1FKOA 3TWHA 4CFAA 4CEZA 3VA0A 4QOZB 3VQAA 2GV9A 3D45A 4HHTA 5HROA 3KJVA 1RTJA 4Z0UA 2IC3A 2P1JA 5J2NA 5KGXA 3KLHA 3ZSYA 4OPKA 1QSLA 1HYVA 3JSMA 1T05A 2HNYA 1NK8A 2G8IA 1TKDA 1VRUA 4Z4EA 5HRSA 1BCMA 4HCCA 2ATQA 1HQUA 5C24A 2FBVA 1EETA 3OYKA 1SUQA 4CGHA 5JS2A 1TVRA 3NF9A 4EP5A 4DTRA 3QEVA 4CJPA 1U47A 2PYLA 2OYQA 3IAYA 2IGIA 2KQ2A 3O4NA 4H8KA 3VQ5A 3PO5A 4FXDA 5DK5A 1BL3A 4J2AA 5FRNA 1UWBA 3IG1A 2XY6A 4DQIA 4FM0A 2HHQA 4FJNA 1LWCA 1ZBLA 4M3TA 1RT6A 1JLAA 4I2PA 4CJKA 1C6VA 3TAMA 3OYLA 1C1BA 4O0JA 4ZTFA 3DRSA 3V1RA 4FJLA 3C6TA 3EYZA 5HRNA 1RDAA 1S6QA 3KLIA 1RBTA 4IFVA 3L2VA 2QKKA 4FYDA 1JLQA 1FK9A 3ZSZA 3SZ2A 3OY9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OJSA 3DOLA 5KQDA 3DAWA 1KLMA 4FLZA 1MU2A 4NO7A 4CECA 3OYDA 1XQSC 3U6FA 1LW2A 5AZIA 3RMDA 1YIJN 5E26A 1Z25A 3TSPA 1SKRA 4ELTA 2V7YA 3KK1A 3AVAA 4BRHA 3HP6A 5HLFA 4M3ZA 1V4TA 1K9MO 3WT0A 1YI2N 4FLWA 1P8ZA 3RR8A 1S9GA 1VQKN 4PHTX 2W6LA 5AQVA 5LJWA 2VQEK 4DSFA 4OVLA 2ETJA 4B9SA 1YF5L 3UE5A 4R5PA 1YVUA 3M5RA 3VQ8A 4OGEA 4CEDA 1BHLA 4IEEA 1N34K 3C7NA 3WQTA 1T44A 4DHYA 4N56A 1LAVA 1T8EA 3TU5A 4U67L 3TSQA 3MECA 4CJTA 5AQUA 4JI7K 2HNDA 2E2NA 3QFUA 3H1QA 4CJLA 3OS1A 2QK9A 2VG6A 2YNGA 3G6EN 1QQNA 2YX6A 3V81A 4WFAL 5AQOA 1R59O 2GUIA 4IJNA 3V9WA 4BR4A 3IUCA 5LL6Z 4DTMA 4F4KA 3AVMA 4N41A 1VQON 2A6AA 3FZMA 3AA5X 3PX4A 1REVA 4CF9A 3O4QA 4H0VB 2NRRA 4A59A 4DV7K 3AV9A 2A40A 1J5EK 4K42A 1I3AA 4LH4A 3NF8A 2Z1HA 1DTTA 3CCQN 2BDPA 3VQDA 4B1UB 2HBKA 4V19S 2F9TA 4DU1A 3VQ9A 3D0PA 2QM1A 3ZT4A 2XY7A 3SBTA 3C65A 3K5OA 4CZGA 1BISA 2Q97A 1TAQA 3J81O 4ILJA 3AARA 4LD0A 1UOCA 3ZSVA 3R3LA 4BROA 4BRDA 2FBYA 1SL1A 4EZ6A 4BRPA 4DB3A 2D1KA 2VYPA 4FZYA 3M8RA 4AHRA 4CHOA 4BWMA 1SS6A 4FWOA 3QEIA 3C7NB 1RDDA 3NF7A 4CJQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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