4GVMA

Hiv-1 integrase catalytic core domain a128t mutant complexed with allosteric inhibitor
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
148
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTACWWAGIKQEFGIPYNPESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The A128T Resistance Mutation Reveals Aberrant Protein Multimerization as the Primary Mechanism of Action of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (new york-5 isolate)
total genus 44
structure length 148
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4gvmA00
3DOKA 3ZCMA 3TAMA 4W5QA 2HMIA 4CEEA 4FZYA 4DTXA 3K5LA 3QLHA 1WAJA 4FLXA 3IG1A 4FJIA 3LZJA 2XY6A 4CF9A 1GOCA 4L8RB 4LSNA 3QETA 4FM0A 4Q0BA 1QS4A 3B6PA 5I42A 4O0IA 4ZTJA 4B9UA 3AVCA 4MFBA 3VQPA 2X74A 3KIOA 5CY4A 4M3RA 4CFAA 1C0TA 2D0BA 2OYQA 3I0RA 3UIQA 4FW1A 3VQCA 4N56A 1JXEA 1QQCA 4Z4HA 3SV4A 2HHWA 2KTQA 1B92A 4CEBA 1T7PA 4DSFA 1SL2A 1FXXA 2OPSA 3QIPA 3PO4A 3AA4A 4DFMA 2VWKA 3DLRA 3KK1A 4KI4A 4CGGA 3L8BA 4CF1A 3OYJA 3QERA 3OYGA 1ZBLA 1TL3A 3OJUA 3CFOA 1J5OA 4PQUA 2Y1IA 1U4BA 1U48A 2HVIA 4FLZA 5C42A 1S5JA 1C6VA 3O4QA 1TK5A 3ZSYA 1SKSA 4ELTA 3OYAA 4H8KA 2Y1JA 2LSNA 1ZBHA 1TAUA 3NF9A 4J2EA 3SUOA 4Y1DA 4BWJA 2IDOA 4O44A 1KVCA 3G0ZA 4CHNA 2DFFA 4FJHA 1NK6A 2GBZA 4B9MA 4W5OA 4FJXA 3HPHA 3AVKA 4FYDA 3QINA 3NH2A 4N41A 1TKZA 1VSIA 3V9WA 2IC3A 4M3XA 4IFVA 4CJSA 3T3FA 4F2RA 5E41A 3RR8A 4KTQA 1EP4A 2BDPA 4AHRA 4FW2A 1BGXT 4CIFA 5J2NA 2R7YA 3OYHA 3A2FA 4DMNA 1RT1A 3EZ5A 1JL2A 1CXQA 3QNOA 1HYVA 1S1TA 1RTIA 3DLKA 3LANA 4Z4GA 5KRTA 2HNYA 4I9LA 4AH9A 3QEVA 4B9LA 4HHTA 1JLGA 1IH7A 4F3TA 5EU7A 4CFDA 3V9UA 3OS0A 4KFBA 1S9EA 4DLEA 3QIOA 4FZZA 1RDBA 2ITGA 3SI6A 3VQEA 1D9DA 4FJ9A 3OS1A 1NKEA 1YTUA 3G10A 4KO0A 4Y1CA 1VSLA 4LH5A 1D5AA 4N47A 4ELUA 3LALA 5J2PA 3C6UA 1SV5A 3K57A 3M8QA 4E3SA 2A1SA 3TAFA 2G8FA 4Z4CA 1REVA 4CJ3A 3M8SA 3PX4A 4OKJA 4BACA 1KSPA 4CJEA 2PYJA 4CGJA 3PO5A 3QEXA 4KPYA 2HHUA 2P51A 3QESA 4C8KA 1RCHA 3P83D 1RBRA 2IS3A 4RW8A 3WNGA 3AVHA 3PX6A 2KQ2A 4E7KA 1WSEA 3NGZA 3OYMA 4C8LA 3L2QA 3L3VA 4CFBA 4E7LA 3AVFA 3DLEA 1T05A 4CERA 4FLVA 4CIGA 4W5RA 1RT3A 2XY8A 4Q5VA 3HT3A 4C8NA 3V9XA 2YNGA 1S6QA 2OPRA 1N6QA 3ZSQA 1LAWA 3KK3A 1KRPA 1RNHA 1BIUA 1Y97A 4E7JA 4EZ9A 4CJ5A 4OJRA 4KV8A 3L3UA 3V4IA 3AO5A 2P1JA 4W5NA 4CF0A 2KFNA 4CEQA 3QEIA 3SJJA 2G8VA 4B9VA 1Z26A 3PUFA 2HHTA 2HHXA 3SZ2A 3P1GA 3L2WA 2P5OA 2DY4A 3PY8A 1BHLA 3K5NA 1X9MA 3D0PA 4DQIA 1A5XA 1WNSA 1U47A 4FJKA 4FM2A 3KLIA 1QSYA 3ZSVA 1JLCA 2X6NA 1EETA 3H08A 4G1QA 1BI4B 2GUIA 1BI4A 1HJRA 2ATQA 1UAXA 1J53A 1HQEA 4QAGA 3ULDA 4FLYA 4NCGA 4ICLA 4GVMA 3SQ1A 4OLBA 1RTDA 4HVJA 2X6SA 2RPIA 1KVAA 5KTQA 1JLQA 4B9NA 3MEEA 3NBPA 4I7FA 4JRQA 3DRPA 3SQ0A 1BQMA 3HPOA 5J2MA 4ZTFA 4CJQA 3ZSRA 4M3ZA 1X9SA 4E0DA 4DU4A 1S1XA 1JLBA 1NK9A 1MU2A 1JXBA 2YKNA 4DS5A 4I9QA 4W5TA 3WNEA 1C1CA 4CECA 3VQ9A 3RMBA 4YNQA 3OYFA 3MEGA 1VSHA 2IOCA 3NF8A 3V9ZA 3S3NA 4DTNA 1KFDA 3S3MA 3TABA 2O4GA 4AHVA 4DLGA 4DFPA 3ITHA 4FZXC 4CJKA 4IKFA 4RW7A 3AVGA 3K59A 2KZZA 3KLHA 2XY5A 4FCYA 3S9HA 4LY7A 3NGIA 3THVA 4KI6A 4NYFA 3U3GA 3U6FA 3VQ6A 4PWDA 4FK0A 4OGCA 1IKWA 1JLAA 1WLJA 3ISNC 3O4NA 4NCAA 4FK4A 4F4KA 5C25A 3AO3A 4H4MA 3C95A 1VSDA 4DTPA 2DFEA 1QTMA 4BE2A 1ASUA 1HMVA 5DK5A 4CGHA 1YT3A 4FJMA 4CJLA 1B9DA 1SKRA 2OA8A 1KLNA 4FJ5A 4J2AA 4AHSA 1ZBUA 3PX0A 4I2QA 3LWLA 4K8XA 3TARA 3AVAA 4C8OA 1VRTA 2JLEA 1BQNA 4DSEA 4DF4A 1KTQA 3NHGA 5CZ2A 3VA3A 3QEPA 1TK0A 2G8HA 4BDPA 2WOMA 2QKBA 1RDDA 2QXFA 5FRMA 4BE0A 4DTMA 3NDKA 4CK3A 1L3UA 1HPZA 5C24A 3O3FA 1EX4A 3QO9A 1JLEA 3AO1A 1RBSA 3LPUA 1ASWA 3OYIA 4N5SA 3MAQA 1SL1A 1KCFA 4CHZA 1I39A 4ELVA 3LP1A 4CEZA 1R0AA 3LPTA 3TAPA 2EX3A 4DQQA 1FK9A 4M3YA 3V1QA 4FJ7A 2D5RA 1NKBA 1U49A 1NJXA 4CJWA 2X78A 4CHPA 3KLEA 1VSFA 5CZ1A 4R5PA 4FJGA 5FDLA 3AA3A 2E6LA 3T19A 2HHSA 4E19A 3C6TA 3OYNA 3SQ2A 4C8MA 1ZYQA 1EXQA 4WE1A 2VG6A 4HCCA 4CK1A 2ZQBA 3PV8A 1S1VA 1UA1A 3NE6A 1X1PA 1N5YA 3OS2A 3SPZA 1Q9YA 1C0MA 4KKOA 3AO4A 4DF8A 3OVNA 4CHOA 2A1RA 1C1BA 3LAKA 2XO7A 4BE1A 1BISA 3O3GA 3CM6A 3V6DA 1SUQA 4FK2A 4E1MA 3HJFA 4CK2A 3HO1A 4CE9A 3V81A 1TL1A 1RT5A 3V1RA 4CGFA 1IKVA 3NH0A 3RRHA 4GMJB 1EKEA 3L2UA 1GOAA 1RDCA 1VSMA 3DI6A 2RN2A 3BGRA 4KB0A 1CXUA 1RT4A 3K5OA 4KRFA 4F3OA 5HRNA 5SZTA 3P5JA 3NF7A 4AHCA 1S9GA 1WSHA 1S1UA 2RKIA 5SWMA 3OYCA 2YNIA 4FXDA 4BWMA 2KW4A 3HVTA 2YNHA 3KKSA 3KD1E 3AVBA 4KHNA 4OPKA 3AVJA 3E01A 5HRRA 4DTSA 3MXIA 4Z4IA 4M3TA 2PZSA 2FC0A 2OZSA 4CJ4A 3RRGA 1VSEA 4KTWA 2FBYA 4QCLA 1JLFA 1RBTA 3MXJA 1S6PA 1NK4A 4DSKA 4FJ8A 1FKPA 3VQQA 4HUEA 3AA2A 4DWIA 4B8AB 3KLGA 3VQBA 3LZIA 5I3UA 4DSJA 3OJSA 4JS5A 3LDSA 1HYSA 1K6YA 1WSJA 2IAJA 3ZSOA 2HNDA 5JS2A 3U3YA 4IFYA 4CHYA 3HK2A 4OLAA 4GW6A 3AVIA 3SUPA 2HHVA 1DTTA 1W9HA 3TI0A 1TK8A 3NH1A 1NJWA 1RT6A 2PYLA 4DSIA 1Q9XA 2AJQA 1LWFA 3AV9A 3VQ8A 2ETJA 4M3UA 2DTUA 4Z4FA 2D0AA 3V9SA 5K14A 3LWMA 4KB1A 1LWCA 4ZHRA 2KZMA 1JKHA 3AO2A 3DLGA 4OVLA 4RW6A 4E1NA 3HSTB 1XI1A 2B4JA 3VQ7A 1RTJA 1X9WA 4CEFA 2RF2A 1WSGA 1RTHA 4DU3A 4RW9A 2Z1HA 2QK9A 4KAZA 3DRRA 1SKWA 2PY5A 3OYDA 1J54A 1DLOA 1TAQA 3KK2A 2B6AA 1F21A 4FLUA 1ZBFA 4OPJA 2ZD1A 3SNNA 1JL1A 3LP0A 5HLFA 4ID1A 3TANA 2YNFA 1G15A 3I0SA 4AHUA 1IKYA 3ASMA 4Z4EA 3HVRA 4HUGA 1W0HA 1C0UA 1YVUA 4FJNA 1TKXA 3TAQA 1UA0A 4UQGA 2F8TA 4JS4A 1U45A 3WNFA 1IKXA 3ZSWA 3JSMA 4K8ZA 3ZT1A 2B5JA 3MECA 3NFAA 4N76A 1BIZA 1WSIA 2OPPA 1ASVA 3DOLA 1LW2A 4BDYA 4CESA 4FM1A 5JS1A 1BCMA 4B9SA 2Z1GA 4EP5A 1NK5A 3F9KA 3CFRA 1HNVA 4O5BA 4CJRA 2XRIA 4CF8A 3RMAA 2OZMA 2JGUA 3ZT3A 1I3AA 4XIUA 3K58A 2I5JA 1TGOA 4HTUA 4CHQA 4YFUA 3TAGA 1QSLA 3MXMA 3KTQA 1YTAA 3F73A 4DU1A 4IG3A 2P5GA 3M8PA 3AVMA 4PA1A 3IAYA 1LW0A 1Z25A 3AA5X 3B6OA 1O1WA 1QHTA 2OPQA 3HPGA 2ZE2A 4O0JA 3VQAA 4FLTA 4B9TA 4CFCA 1Q8IA 1RT2A 4CJUA 3AVLA 3KLFA 4B08A 4CIEA 3VN5A 4NCBA 4F2SA 2HVHA 1NOZA 3ALYA 1NJYA 4CJTA 2G8UA 3QNNA 2YHBA 2WONA 1VSJA 1KLMA 2VG7A 1ITGA 4KHQA 4KREA 4RG8A 4J2BA 3NCIA 4LSLA 1UOCA 4CJPA 4F8RA 1U04A 1UWBA 3OYEA 5HRPA 3C94A 5CYMA 1RBVA 4DQSA 4DTRA 2G8IA 2NUBA 4RW4A 2XHBA 2VWJA 4DTOA 3ZT0A 5DMRA 4M42A 2Z1JA 4CF2A 2VG5A 3JYTA 3DM2A 2E4LA 4DQRA 3MEDA 2EHGA 4MQ3A 4DFJA 4HCBA 4DG1A 4KTZA 5CYQA 5HP1A 3OY9A 4CJVA 4M45A 3OYLA 3SCXA 2HW3A 4H4OA 1BL3A 3ZT4A 4LH4A 4DTJA 1CZBA 3CG7A 1BCOA 3S3OA 4TSXA 3BDPA 4O4GA 1HYZA 5FRNA 4PY5A 1WN7A 4AHTA 1L3VA 4CGDA 4ID5A 4PUOA 4IG0A 2Q3SA 1L3TA 1DTQA 1D8YA 2HB5A 1RT7A 3VA0A 3K5MA 1QSSA 1RILA 1VSKA 4LD0A 3SV3A 4KHSA 1B9FA 1T8EA 1VK0A 4M41A 1XWLA 3FFIA 2F8SA 1HNIA 1RBUA 2FBTA 4CEOA 1LAVA 3ZSZA 3HXMA 2QKKA 4M3WA 2O4IA 1XHXA 3HYFA 4B8CA 1XC9A 1NKCA 4EZ6A 2W42A 4I2PA 3SQ4A 1TKDA 1A5VA 4FVMA 3VQ5A 3QEWA 4JRPA 3D45A 3TAEA 3L2RA 1GOBA 2G8WA 4CGIA 3HM9A 5HRSA 2BANA 4E89A 2YV0X 3TWHA 3LP2A 3ZT2A 4E7IA 5HROA 1LV5A 1L5UA 5D3GA 3RWUA 3WNHA 2KFZA 4DTUA 3HP9A 3SPYA 3M8RA 2YKMA 3T1AA 2DFHA 3LP3A 4QOZB 1L3SA 2HNZA 1TV6A 1IG9A 1C1AA 2E6MA 4AILC 2F96A 4KHUA 1CLQA 2D0CA 4O55A 3L2VA 3CM5A 2BGGA 2FBVA 3OYKA 2XY7A 1NK0A 1KFSA 1CZ9A 3SUNA 1D9FA 4FJJA 4J2DA 4DS4A 3NF6A 1NOYA 5HBMA 1FKOA 3KD5E 1S1WA 3DYAA 4FLWA 4DQPA 4NYNA 4B3OA 5J1EA 1TKTA 1KVBA 3HL8A 4BDZA 3EYZA 3EY1A 1NJZA 5J2QA 1J9AA 1QE1A 4JLHA 5KI6A 3I8DA 4OKKA 1TVRA 3DLBA 1NK7A 3HP6A 4CCHA 1SL0A 1HQUA 2BE2A 3NAEA 1A5WA 3KJVA 5KGWA 3SYZA 3KKRA 1ZBIA 2GV9A 1NK8A 5T7BA 3O3HA 1VRUA 3DMJA 4CJFA 4HUFA 1WSFA 3RTVA 3NGYA 4KHWA 2HHQA 5FROA 1XHZA 4IBNA 4DSLA 2FBXA 4FJLA 3CYMA 4IDKA 3AVNA 3VQDA 5KGXA 3RMDA 1IO2A 4CEAA 3DLHA 4KHYA 1RDAA 3OYBA 1WAFA 3TR8A 4OGEA 5KRSA 1HRHA 4OKEA 3VQ4A 3CQ8A 3K2PA 2IGIA 3LAMA 3DRSA 3IS9A 3IRXA 3CFPA 3ZSXA 3SUQA 2G8KA 1T03A 3V1OA 4CEDA 4EP4A 3RMCA 3RR7A 1LWEA 4DFKA 2YHAA 4Z0UA 4E7HA 2Z1IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DOKA 3U9ZA 5E84A 4FZYA 4FLXA 2YI1A 4CF9A 4LSNA 4FM0A 1QS4A 2P9SB 4MFBA 4I6MA 4CFAA 3T1YK 2OYQA 2QWRA 3VQCA 1JXEA 2ASOA 3SV4A 4CD1A 2KTQA 1B92A 3ZEUB 3QIPA 3GBTA 3DLRA 3KK1A 4CGGA 2Q36A 4CF1A 4DV5K 3O9QA 3OYJA 1ZBLA 3O6WA 3THXB 1J5OA 3HOSA 1U48A 3ZSYA 4ELTA 1TAUA 2Y1JA 3NF9A 4J2EA 4IJAA 4BWJA 1FJGK 3DJCA 3G0ZA 2DFFA 4LF6K 3THYA 3EZWA 3HPHA 4X64K 3V9WA 5BPLA 1WBBA 3T3FA 3DXKA 1EP4A 2GTDA 3R9PA 4AHRA 4CIFA 3OYHA 1NGHA 3EZ5A 3GOIA 4LF7K 1JL2A 1HYVA 3DLKA 3LANA 4Z4GA 3QEVA 4AH9A 3CD6N 4R79A 1VQ9N 1EWRA 4DR3K 3T1HK 1S9EA 3F9MA 3HOTA 4FJ9A 2E1YA 4KO0A 3OTOK 4N47A 3LALA 5C2FA 3I33A 3K57A 5LL6Z 3VGLA 2I7PA 4CJEA 4CGJA 2PYJA 2D0OA 4KPYA 2FF6A 2KQ2A 3VTIA 5AQLA 1WSEA 3NGZA 3L3VA 1QQNA 5E26A 1ATRA 1GLLO 3G4SN 1RT3A 3P39A 4AF1A 4CI6A 2OTJN 2OPRA 3ZSQA 3KK3A 1BIUA 5EVZA 4EZ9A 3J7AP 2HF3A 3DAWA 2UXDK 4BGBA 1YUWA 4CF0A 3SJJA 3IMXA 2G8VA 1Z26A 3ENOA 4IZ9A 3SZ2A 2DY4A 3PY8A 3K5NA 5AQMA 3GE1A 3SAHA 1QSYA 2X6NA 1EETA 3H08A 1BI4A 1J53A 4BQZA 4QAGA 2P9IA 4JI4K 4IOXA 4GV6A 2X6SA 2RPIA 1KVAA 1VQ8N 3NBPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4FLU A;  1FW6 A;  5HLF A;  1VQP N;  3VEX A;  1BUP A;  3TAN A;  4GKK K;  1G15 A;  4GV9 A;  4IJN A;  4JEP A;  1C0U A;  1YVU A;  4NLC A;  4BC3 A;  4JS4 A;  3CCU N;  5AQN A;  3JSM A;  5M1K A;  2B5J A;  5HOO A;  1BWF O;  3DXM A;  1XQS C;  2OPP A;  1ASV A;  3HI0 A;  3J7Z O;  3SAG A;  2Z1G A;  4EP5 A;  1HNV A;  4IO8 A;  4O5B A;  1M1K O;  2JGU A;  2PFU A;  1I3A A;  4CHQ A;  4YFU A;  1QSL A;  4BC4 A;  3KTQ A;  1YTA A;  3F73 A;  4DR2 K;  5BPN A;  4PA1 A;  1Z25 A;  3B6O A;  3HPG A;  4FLT A;  3EKU A;  3KLF A;  4BRM A;  4CIE A;  1IV0 A;  2HVH A;  1X3N A;  2WON A;  3O80 A;  4U7B A;  1V4T A;  4CJP A;  1UWB A;  3OYE A;  5CYM A;  1RBV A;  4B9Q A;  2VWJ A;  2VG5 A;  3MDQ A;  4ISE A;  1VQM N;  3MED A;  4KBO A;  2QWO A;  4DG1 A;  5AZJ A;  1K9M O;  4CJV A;  3OYL A;  3C7N A;  3SCX A;  4H4O A;  1BL3 A;  5KQ8 A;  1YHQ N;  4LH4 A;  3CG7 A;  5FRN A;  4AHT A;  4JHD A;  1HX1 A;  4IG0 A;  1D8Y A;  2HB5 A;  3VA0 A;  1QSS A;  3CCL N;  1RIL A;  1VSK A;  3RSE A;  3GG4 A;  4M41 A;  4JI2 K;  3QFP A;  4M3W A;  2O4I A;  4RCH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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