4H0OA

Crystal structure of acetate kinase from entamoeba histolytica
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
391
structure length
383
Chain Sequence
SNVLIFNVGSSSLTYKVFCSDNIVCSGKSNKPFIEHHLNGQIIKIETPILNHPQAAKLIIQFLKENHISIAFVGHRFVHGGSYFKKSAVIDEVVLKELKECLPLAPIHNPSSFGVIEISMKELPTTRQYVAIDTAFHSTISQAERTYAIPQPYQSQYLKFGFHGLSYEYVINSLKNVIDVSHSKIIACHLGTGGSSCCGIVNGKSFDTSMGNSTLAGLVMSTRCGDIDPTIPIDMIQQVGIEKVVDILNKKSGLLGVSELSSDMRDILHEIETRGPKAKTCQLAFDVYIKQLAKTIGGLMVEIGGLDLLVFTDQMGLEVWQVRKAICDKMKFLGIELDDSLNEKSMGKKIEFLTMPSSKVQVCVAPNDEELVILQKGKELFQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of acetate kinases from the eukaryotic pathogens Entamoeba histolytica and Cryptococcus neoformans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Entamoeba histolytica
total genus 126
structure length 383
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.12: Acetate kinase (diphosphate).
pdb deposition date 2012-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4h0oA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4h0oA02
2PAVA 3UKUB 1YVNA 2VYPA 3O08A 4NO7A 3FGUA 2D0OA 4MLHA 5AZIB 4PKGA 4BQZA 3HBTA 4JD2B 4CZLA 3C7NA 4FWRA 1GLDG 3D2EA 3CQXA 3C0BA 1H1VA 5BR9A 4CJ7A 3WXLA 1NM1A 1YXQA 2P9UA 2GEMA 5AQZA 2A6AA 4E1JA 3BF1A 1X3MA 2P9NB 4ISGA 3FZFA 3TPQA 4BR5A 1ATNA 2PBDA 2W40A 3WT0A 3ULEA 2NLXA 4CZGA 2NRHA 1GLEG 4DQ8A 4BRCA 5JLFA 2Q0RA 3ATVA 3H3NO 3M6GA 1ATSA 2IIRA 3HI0A 3MCPA 5BN8A 5KPRA 4QS7A 2GWKA 1BO5O 3IMXA 4IZ9A 1GLAG 3LDQA 2QWLA 1HPMA 2CGLA 5BPNA 2UYTA 4H0YB 4XH5A 1QQOA 2CGJA 3SMSA 4BREA 3A5MC 4YDUA 3DJCA 4BVOA 1Q18A 4BRMA 4CI6A 4PL7A 1RGIA 3ATUA 3U4LA 3CETA 3M3ZA 4CZEA 1K8KA 4BC3A 1HKBA 3H45C 2IVNA 3GL1A 1NGIA 3IFRA 2I7NA 2E88A 4O5FA 4FWPA 5BRDA 1NGAA 4B1WB 1T6CA 4BR2A 1NGGA 1V4SA 2BUPA 3QFPA 5AQHA 4BQLA 1QQMA 2E2OA 3F9MA 1HKCA 4IWVA 3WUHA 2VCPA 1U6ZA 3O1WA 4WQ5C 1Z05A 3O6WA 1HLUA 4BRQA 1Y64A 1BA0A 3FR0A 3ZEUA 1ZBSA 5AQWA 4AM7A 4CZJA 4A62A 3KVGA 2E1ZA 5AQRA 1SZ2A 3CHWA 2P9PA 3HSCA 3QMLA 1IJJA 3KZBA 3O1BA 5AQQA 4M7YA 2ZGYA 4FSVA 4H5VA 3VEXA 3WXKA 3LL3A 1ZXOA 3SK3A 2E2NA 3CJCA 4QS9A 3WQUA 1P8ZA 2GELA 2ASMA 3R8EA 3VENA 4FOEA 4GNIA 5AZJA 1NGDA 5E84A 4MLEA 2D4WA 4Z94A 3ZETA 4A2AA 1YAGA 4B1YB 4WQ4A 2E1YA 4C23A 3MN9A 4BR7A 4B1VA 3UE5A 2IVPA 2V7ZA 4K42A 4BROA 1RFQA 2Q36A 3I33A 3ZX2A 2AA4A 3VESA 2GWJA 5AQFA 5AQLA 3SLCA 2QXLA 4BRIA 2E20A 4BC5A 4BR4A 4XEIA 1U2VB 4Y0WA 2P9KA 3DXMA 4LC9B 4H5WA 1TYQA 1X9JA 2P9SB 1GLFO 1LOTB 2ZWHA 3VEOA 4JHDB 4BC4A 3QBWA 3U8XA 3AAPA 3MMVA 4H5TA 5BPLA 3LDNA 3VF4A 1KXPA 3BEXA 2HF3A 3R9PA 3HZ6A 5AQVA 1NGEA 3WEEA 3LDOA 3O4WA 2A3ZA 2EWSA 1GLLO 1NWKA 3H3OB 5F1XA 4FL9A 3D2FB 3G25A 4HTLA 2QM1A 2WUSA 1BDGA 4BG9A 4H0OA 2YJEA 2P9UB 4ISEA 4K41A 5F2RA 3EL2A 3R6MA 2V52B 4EIAA 4BRHA 3UB5A 4PKHA 4BRGA 4FOIA 4H0VB 3AAQA 4JNEA 4B9QA 3BF3A 3U9DA 1NGBA 4HWIA 2V7YA 2A5XA 2P9IB 3VF6A 4M63C 2E2QA 3CQYA 4BR9A 4H5RA 1G99A 3MDQA 2YHXA 5AZIA 3MN5A 1KAXA 1HKGA 1NGCA 4JD2A 4EAHD 2E8AA 5JLHA 3HTVA 4QS8A 4BGBA 2P9LB 4NB4A 5FPNA 3H6EA 2FF3B 3DXKA 3H46O 2ZF5O 4RTFD 2CH6A 2P9NA 1NGFA 4K25A 5AQJA 3CIPA 4IJAA 2Q0UA 4BRFA 3CJBA 1C0FA 1BUPA 2ASOA 3S41A 4MO4A 5AFUA 3GG4A 3LDPA 2FSNA 3VGLA 5EY4A 3MN7A 2F9TA 4AM6A 3UKRB 1LCUA 1EQYA 3EZWA 2KHOA 3RSEB 4BVPA 3WXJA 1KAZA 2A41A 2YI1A 3WQTA 5TKYA 4CBXA 4IO8A 2P9PB 4B1XB 4FWMA 4ISFA 4B1ZA 4FWSA 5ADXA 3CJ9A 2QW9A 2V51B 3VETA 3A8YA 4H0PA 3LM9A 4RWTA 5KPTA 1D4XA 1QZ5A 2QWPA 3QFUA 4BGAA 4O8KA 4XH1A 5LJWA 1WUAA 1BG3A 3CJAA 4I6MB 3JS6A 5E26A 4FPAA 5BRFA 1DGKN 3CJ1A 1R59O 1MA9B 2FF6A 1NBWA 3AARA 2FSJA 2VWBA 1Z6RA 3CJ7A 4YDUC 4EHTA 5I9EB 1X3NA 2ITMA 4FO0A 1J6ZA 4FWLA 3ENHA 1TUUA 1T44A 1ATRA 3TU5A 1ESVA 3CI5A 5AFUH 2Q2RA 3OHRA 5EVZA 1T6DA 2NZTA 1NGJA 3QDKA 1QQNA 4GY2B 3H1QA 4CBWA 3A5NC 2HMPA 1MWKA 1C0GA 3P4IA 2FSKA 2Q1NA 4BRDA 3L4IA 2J4RA 4CD1A 3KHYA 5AQMA 3HM8A 1HUXA 5ADXH 1E4FT 3DWLA 3LDLA 1ZC6A 3GBTA 3EO3A 3FZHA 5LJVA 2AP1A 2YCHA 3SJHA 5EXWA 2ASPA 4FPBA 4IXCA 3B8AX 1YUWA 5KPZA 3FE1A 5AQOA 1OKJA 4B1UB 1JCGA 3GOIA 5AQNA 5LY3A 3C7NB 1XUPO 3D2EB 4RCHA 4CZKA 1U2VA 5AQSA 3FLCO 3VGKA 4H0XB 1RDWX 1GLCG 2P9SA 2D1KA 1IG8A 2IVOA 2I7PA 4A2BA 4BR0A 1BU6O 4JHDA 1JCFA 5ELZA 4BRAA 3BP8A 5EX5A 3ULEB 2FXUA 4WQ4C 1DKGD 2HF4A 2YJFA 3DAWA 3UKUA 4XH4A 2FLOA 4WQ5A 1NGHA 5JMVA 2Q97A 2DPNA 1S22A 4BG8A 3VF2A 4DCHA 3D2FA 3O80A 3VOVA 3M1FA 4DHYA 5EOYA 3DXKB 1MWMA 4CZFA 4FWNA 3CERA 2BTFA 4PL8A 2QWQA 1E4GT 3GE1A 4M7XA 1CZAN 3W3DA 1K8KB 4EHUA 3MK6A 4H0TB 5AR0A 3BUZB 2P9IA 5FPMA 4DB3A 3A0IX 3VEYA 5CE3A 1DEJA 1NMDA 1MDUB 2H3GX 3D7EO 3ZX3A 5AQIA 1GLBG 2OANA 4CBUA 3EN9A 3QICA 2P9LA 4FWOA 2QWRA 3ZEUB 5FPDA 4BRLA 3VGMA 3H1VX 2ZGZA 3J8AA 2A40A 5AQYA 1WOQA 5FPEA 4PKIA 3I8BA 2W41A 1SQKA 4EFHA 3VEZA 5BREA 4BRKA 4IJNA 5KQ8A 4BRPA 1GLJO 4CZHA 4CD3A 4L3QA 4CZMA 3U9ZA 3EKUA 1NLVA 5F0XA 5AZJB 3UKRA 3RSEA 2YHWA 1XQSC 3EKSA 2QWNA 3ZETB 3A5OC 3ID8A 2F9WA 1BA1A 2CH5A 1HX1A 3LM2A 4KBOA 5AQXA 3L0QA 3AY9A 4JN4A 3SMPA 1HJOA 2HOEA 5BN9A 5AQTA 3VEVA 3FZLA 3VPZA 4BRNA 1QHAA 2E2PA 1BOTO 2A42A 3WXIA 3A5LC 4I6MA 3MN6A 1SAZA 5B8HA 3VERA 1TUYA 2P9KB 1BWFO 3DXMB 3VEWA 1TYQB 3O8MA 4BC2A 4FWKA 5BRHA 2YHYA 4JAXA 4CZIA 3JXUA 5AQPA 4H03B 4MO5A 3QBXA 1JCEA 4J8FA 5KQDA 4A61A 4F9OA 4FWQA 2D0PA 2QWMA 3IUCA 5AQGA 3WEEB 3GDQA 1KAYA 3FFKB 2Q31A 4K43A 3IDHA 1XC3A 3ZX0A 3QB0A 1S3XA 2GUPA 2QWOA 3FZMA 3ENOA 5BPMA 3O5BA 1V4TA 3FZKA 4H5NA 3W0LA 1QZ6A 2GTDA 4WYBA 5AQUA 2CGKA 5AQKA 3L6QA 5JICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QETA 3UKUB 3TAEA 2IOCA 1NK8A 4NO7A 1T8EA 3FGUA 3PUFA 4E1MA 4AHVA 4JD2B 1LWEA 4FWRA 2D0AA 5FDLA 4B8AB 1P90A 4CK1A 1H1VA 2YKMA 1NM1A 4DR5K 3E1YA 4OPAA 4J2AA 4W5NA 2QKKA 1DTTA 3D0PA 3VTIA 2P9NB 4E3SA 2RF2A 1JLFA 3AA2A 3G6EN 1GLEG 5KRTA 5JLFA 2Q0RA 3MCPA 2IIRA 5KPRA 4QS7A 4FJGA 1RDBA 4B9VA 3ZSQA 4JI8K 3KLIA 2UYTA 1KVAA 4LF9K 2NRRA 5SZTA 4BVOA 4BRMA 3M8RA 4M3YA 3CETA 3DM2A 4CIGA 3O9TA 4HCCA 2O8FA 3V1QA 4CEBA 1NJIO 3H45C 3THWB 1JLEA 3IFRA 1X9WA 3VQ7A 1WN7A 1T6CA 3UIQA 1NGGA 2BUPA 3SPZA 3QFPA 1HRHA 1QQMA 3SCXA 3F9MA 4IWVA 4BY9C 1U6ZA 3QIPA 1DT9A 1HLUA 4DU1A 2Y1JA 1VQ7N 3V9UA 3OYKA 5CR4A 5AQWA 4CJEA 1RT7A 2EX3A 1JXEA 3AVMA 3B6PA 3ZSXA 4CZJA 4KV8A 4EP5A 2ATQA 1NOYA 4FK2A 1JLGA 1TV6A 3O1BA 2R7YA 1M1KO 3O3GA 3VEXA 3LL3A 2OZMA 4BWMA 3AVCA 2YNFA 3CPWM 4DTRA 1K6YA 3LP1A 5HROA 4DSJA 1NGDA 2NNWA 3WNGA 3NGYA 2DFHA 1YJNN 5GAEP 3WXMB 3MN9A 4BR7A 4B1VA 3UE5A 5IT9O 3JSMA 4EZ9A 3DOKA 1BQMA 3N4PA 1BQNA 2E6LA 2AA4A 3VESA 3HP9A 2GWJA 3TARA 5AQLA 2QXLA 1HR0K 1HYZA 2E20A 4BR4A 4FW1A 3L2UA 4F8RA 3CC7N 1RT5A 2QTDA 1TYQA 4FLUA 1L3VA 3MMVA 4OJRA 2O8EB 2HVIA 4ELVA 3CCRN 3QERA 2HF3A 3OYHA 1Q81O 5HL7L 3LWLA 4DUYK 1L3SA 3ZT3A 3O4WA 1NWKA 4CK2A 2UXBK 2B5JA 4DFKA 4N5SA 4FXDA 4JEPA 4DSLA 5F2RA 1L5UA 2O4GA 4EIAA 3O9SA 2YNHA 4BRGA 4PY5A 1KQSM 4NYNA 3BF3A 3U9DA 1TAQA 1HQUA 2P9IB 4E7KA 4LFCK 3CQYA 3K5NA 1BL3A 1T03A 4O44A 1G99A 4JKHA 3HPOA 2YHXA 5AZIA 3K5MA 1HKGA 5JLHA 3HTVA 1KFDA 4BGBA 4NB4A 5FPNA 1YJWN 4E0DA 3H46O 4FLZA 2ZF5O 4O55A 4Z4HA 2VQEK 3DRPA 1S1UA 3LPTA 2Q0UA 1U4BA 4O5BA 1U47A 2HHWA 3CM5A 1BUPA 5E41A 1HPZA 4OKEA 2FSNA 3VGLA 2I5JA 3S9HA 1Z26A 5M1OA 3UKRB 4QCLA 3EZWA 4BVPA 4UQGA 1KAZA 2G8VA 4E7HA 3NAEA 4DKWA 3DMJA 4Y1DA 3CMAN 3T7ZA 4FWSA 3CJ9A 1D9FA 1S9GA 2HHTA 4H0PA 3LM9A 5KPTA 3F5TA 1OVQA 3VQCA 1XWLA 4JKBA 4NXMK 1W2BM 1BG3A 5GAGP 3G4SN 4FPAA 3K9JA 5BRFA 3ZCMA 3IRXA 3HYFA 4LSNA 1MA9B 1LAVA 3AGRA 4JKDA 4YDUC 2NRVA 2LSNA 4FO0A 1J5OA 1T44A 4FJHA 4CK3A 3QIOA 1T6DA 4CGHA 1NGJA 4JYAK 3QDKA 4BACA 3PX0A 3JYTA 1Q86O 3H1QA 3HPGA 3A5NC 4DTOA 4JI0K 3L4QA 1RBVA 2FSKA 4UY8O 4BRDA 3L4IA 2J4RA 2UXCK 4CJPA 2OTJN 4OX9K 5FRNA 3EO3A 3MWTA 1U45A 3SJHA 1TKZA 4OLAA 4RW8A 4FPBA 3AV9A 3FE1A 3RRHA 1NK0A 5LY3A 4KHNA 2HBKA 5I3UA 4CZKA 4W5QA 2PYJA 4R79A 5KI6A 3NF7A 1RDWX 4OPHA 1GLCG 2P9SA 2OPRA 4WFAL 4JHDA 3QEPA 5ELZA 4JI1K 1ZBHA 3DLRA 3WNFA 4JS4A 3UKUA 2HF4A 3DAWA 4XH4A 4FM1A 4WQ5A 3MEEA 3ENBA 1KVCA 1VHXA 1JL1A 1S22A 4DCHA 4KHPK 3D2FA 3OA9A 3M1FA 4HUGA 3KWGA 1YF5L 4E7JA 3DXKB 3C6HA 2KZZA 1MWMA 5C12A 3K58A 2QWQA 3VQAA 3GE1A 4JI6K 4DG1A 2O8FB 1BCOA 1A5WA 3AO5A 2YHBA 4B08A 5AR0A 2O8CA 3MEDA 1TGOA 3A0IX 1UOCA 4Z4CA 1NMDA 1JLCA 1I3AA 3DRRA 4ID1A 3D7EO 1SS6A 3H08A 3EN9A 5FPDA 1ASVA 4JK8A 4DS5A 3H1VX 2ZGZA 2A40A 3IKMA 1C1BA 3J7YP 4V19S 1ZBUA 3I8BA 3DLGA 3TTCA 3NGIA 4JRPA 2GBZA 4EFHA 2UU9K 3C6UA 5KQ8A 1WBDA 3KWIA 4CF9A 3Q7BA 1KTQA 4YY3K 4DFMA 4G1QA 3EKUA 1Q8IA 3D45A 4JKAA 1MU2A 2IC3A 5DK5A 3TSPA 3AVKA 5JS2A 2YHWA 4CF1A 5SWMA 3EKSA 4DSIA 2QWNA 4KH5A 3LWMA 4DTNA 3ID8A 4I9LA 4DQPA 1BA1A 4LFAK 1HX1A 5CYMA 2HOEA 5BN9A 4DSKA 3VPZA 3KLEA 4BDYA 5CYQA 1HNZK 4CGFA 1QHAA 5I42A 2E2PA 3WXIA 3EY1A 3A5LC 4H4MA 1S6QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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