4H0OA

Crystal structure of acetate kinase from entamoeba histolytica
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
391
structure length
383
Chain Sequence
SNVLIFNVGSSSLTYKVFCSDNIVCSGKSNKPFIEHHLNGQIIKIETPILNHPQAAKLIIQFLKENHISIAFVGHRFVHGGSYFKKSAVIDEVVLKELKECLPLAPIHNPSSFGVIEISMKELPTTRQYVAIDTAFHSTISQAERTYAIPQPYQSQYLKFGFHGLSYEYVINSLKNVIDVSHSKIIACHLGTGGSSCCGIVNGKSFDTSMGNSTLAGLVMSTRCGDIDPTIPIDMIQQVGIEKVVDILNKKSGLLGVSELSSDMRDILHEIETRGPKAKTCQLAFDVYIKQLAKTIGGLMVEIGGLDLLVFTDQMGLEVWQVRKAICDKMKFLGIELDDSLNEKSMGKKIEFLTMPSSKVQVCVAPNDEELVILQKGKELFQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of acetate kinases from the eukaryotic pathogens Entamoeba histolytica and Cryptococcus neoformans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
molecule tags Transferase
source organism Entamoeba histolytica
total genus 126
structure length 383
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.12: Acetate kinase (diphosphate).
pdb deposition date 2012-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4h0oA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4h0oA02
1U6ZA 4BRGA 4BR7A 1XQSC 1ZXOA 5ADXA 2AA4A 3CJCA 4FWPA 3JS6A 4YDUA 1BU6O 1V4TA 4BRCA 4BVOA 1J6ZA 2E8AA 3ZX3A 3EO3A 3VF4A 2QWOA 4CD3A 1G99A 5AQJA 1KAZA 3UKUA 4B1YB 3AAPA 3ID8A 3WEEA 1HUXA 2ITMA 3CIPA 4BRDA 3VEWA 3FLCO 2BUPA 2YHYA 3C7NB 1ZBSA 3VGKA 4DB3A 3VEVA 2P9LA 3W3DA 2A42A 1YVNA 2E2NA 2H3GX 3D2FB 4FSVA 5AZJA 2V51B 2WUSA 4FWNA 3WXJA 1BWFO 4QS8A 4BC3A 5KQ8A 4H5WA 4NO7A 1Z6RA 1X3NA 5EY4A 3VESA 3VEZA 2E1ZA 4PKHA 5EX5A 3VOVA 3DWLA 2P9SB 3SJHA 1GLBG 2QWQA 3A5LC 3A5MC 1SQKA 3A5OC 3CJ1A 3H1VX 3VEYA 4ISGA 1NM1A 5AQPA 3MN5A 4HTLA 4BGAA 4B1WB 1DGKN 4H5VA 1NLVA 1T6CA 5BR9A 2YI1A 3M6GA 4K42A 3J8AA 1JCGA 4BRIA 3GBTA 4O5FA 4IJNA 4FWOA 1HKBA 1HKGA 4AM6A 2Q1NA 3CETA 4B9QA 3FE1A 4BRFA 3GOIA 1BDGA 3VETA 2QWLA 2W41A 1IJJA 1TUYA 3SK3A 1X3MA 1HLUA 2D4WA 1NGJA 2YHXA 3OHRA 3I8BA 3VF6A 4EFHA 3VEXA 1S22A 3IDHA 4A2BA 1H1VA 2E2OA 2PAVA 3C7NA 4JAXA 4IO8A 5KPZA 4FL9A 3BF3A 2Q36A 5LJVA 4BG9A 1YAGA 3D2FA 5EXWA 3RSEB 4FO0A 5AQSA 5AQZA 3HBTA 4RWTA 2P9IA 3A8YA 2QWNA 4RCHA 4BR5A 4BRQA 5BRFA 3CJAA 1QHAA 3ULEB 1XC3A 2A40A 3FZKA 4BR4A 4WQ4C 4BRMA 3VF2A 2F9TA 2UYTA 3ZEUA 1TYQA 1QQOA 2P9SA 3U8XA 3IFRA 3CJBA 3LDOA 3VENA 3TU5A 1BUPA 1E4GT 4GY2B 3EL2A 4IZ9A 1GLLO 3AAQA 2Q0UA 1ATRA 2W40A 4BRHA 4B1VA 3MK6A 1GLEG 5KPRA 2YJFA 4FPBA 1T44A 1NGEA 2QXLA 3ZX2A 3TPQA 2CH5A 2P9UB 2VWBA 4YDUC 5BN8A 1K8KA 4CZJA 3CJ7A 3VEOA 3H1QA 1RFQA 3ZX0A 5EVZA 4BRPA 3QBXA 2V7ZA 3CJ9A 4C23A 3LM2A 4H0XB 1ESVA 1GLJO 1WUAA 2CGLA 4BC4A 4PL8A 1NGCA 2PBDA 3IUCA 2GELA 4B1ZA 1X9JA 3FZFA 1BO5O 1U2VA 1QQNA 3EZWA 4RTFD 4JHDA 1ZC6A 3QBWA 1BOTO 4H0VB 4XH5A 4CBWA 5B8HA 3WXLA 2P9KA 3R8EA 1GLFO 2VCPA 4PL7A 5BRDA 3LDQA 3F9MA 2E88A 3DXMA 1KAXA 5I9EB 3ENOA 4PKGA 4BQLA 3KVGA 3D2EA 4BG8A 3CERA 3W0LA 4FPAA 3O8MA 2P9PA 1HKCA 2GUPA 4E1JA 4A62A 2YCHA 4K43A 1NGAA 1BA1A 4MLEA 4H5NA 3HSCA 3O5BA 5JICA 2QW9A 4CJ7A 4XH1A 1MA9B 3P4IA 4ISEA 2P9UA 1YXQA 4CZGA 2Q0RA 3BUZB 1NGBA 5AQOA 1KAYA 2J4RA 1LCUA 2NLXA 4FWKA 3VPZA 3UKRB 4CZFA 4H0OA 3O80A 5AQYA 5AQFA 5F2RA 3I33A 4CI6A 4A2AA 3ENHA 5AQXA 2HOEA 1NGGA 2QWPA 3R9PA 4I6MB 5BPNA 2IVNA 1NGDA 2Q2RA 4MO4A 3EN9A 3WT0A 2IIRA 4JNEA 5FPEA 2A6AA 2VYPA 3AARA 3DXKB 3ZETB 3VGLA 3UB5A 4BGBA 2ZGZA 5FPDA 5AFUH 4CBUA 5AQIA 3MDQA 4JN4A 2GWKA 4XH4A 3FZMA 4DCHA 2Q31A 2QWMA 3O1WA 4JD2B 4BREA 3A0IX 3O08A 4FOIA 1XUPO 3A5NC 1Y64A 3GE1A 3SMSA 4LC9B 3UE5A 1NMDA 4H03B 4AM7A 4BR0A 1DEJA 3LDLA 3WEEB 3L6QA 4HWIA 1MDUB 5KPTA 2ASMA 4BC5A 3BEXA 4FWRA 2P9LB 1Z05A 3WQTA 3WXIA 2FF6A 3ATVA 5JLHA 2FLOA 2ASOA 3EKUA 3DAWA 4J8FA 2HMPA 2D0PA 4BRLA 3EKSA 4Z94A 3H3NO 3UKRA 1MWMA 3H6EA 3MMVA 1KXPA 2FSKA 1BA0A 5CE3A 1SAZA 4H0TB 3GG4A 1C0GA 4M7XA 3SLCA 2FXUA 4XEIA 5AZIB 3U4LA 5AQHA 4CBXA 5F1XA 1JCEA 4BQZA 1GLDG 2CGKA 1HJOA 2NZTA 3FGUA 2KHOA 4L3QA 4WQ4A 5AFUA 1BG3A 2QM1A 3VGMA 3IMXA 4WQ5A 5FPNA 3WQUA 3M3ZA 3MCPA 3QB0A 4WYBA 3RSEA 1E4FT 3L4IA 2A5XA 1DKGD 2IVOA 2ZF5O 4BRNA 2NRHA 1NGFA 3O1BA 4JD2A 3ULEA 4GNIA 5E84A 1P8ZA 1GLCG 3LM9A 3QFPA 5LJWA 4IJAA 1ATSA 5ELZA 5AQGA 4MLHA 4EHTA 2P9NB 3GDQA 4H5TA 4MO5A 3GL1A 1QQMA 3LDPA 2BTFA 4IXCA 4BR2A 3BF1A 4K25A 4F9OA 2E1YA 4FOEA 1NBWA 4EAHD 4ISFA 2A3ZA 4CZMA 4CZLA 1MWKA 2GWJA 3QMLA 5BN9A 3CQXA 4H0PA 2E2PA 2P9IB 4FWSA 3S41A 3FZLA 5BPLA 1C0FA 4CZKA 2GTDA 4K41A 4FWLA 2ASPA 5EOYA 3CHWA 5AQQA 3H3OB 4EIAA 4BR9A 3DJCA 3MN7A 3AY9A 4BROA 2F9WA 2Q97A 2YHWA 1NWKA 4KBOA 1TYQB 1WOQA 5AZIA 3ZEUB 4B1UB 1TUUA 3HZ6A 4BRAA 1QZ5A 3O4WA 2AP1A 4H5RA 4CD1A 5BRHA 2ZGYA 3HTVA 1YUWA 5JMVA 3HI0A 3C0BA 3KZBA 3KHYA 2CGJA 2V52B 1OKJA 5FPMA 5AQRA 1HPMA 1K8KB 3CQYA 1V4SA 5AQUA 1GLAG 3WXKA 1HX1A 5F0XA 3LDNA 5AQMA 5AQTA 4FWMA 5AQNA 4PKIA 3MN6A 1RDWX 3FZHA 3JXUA 4CZIA 1S3XA 3QDKA 5BREA 4M63C 2D0OA 2IVPA 1SZ2A 2P9NA 3D7EO 5KQDA 1U2VB 4JHDB 3U9DA 3BP8A 4BC2A 2OANA 1R59O 2I7NA 3SMPA 1NGHA 5ADXH 5LY3A 5AR0A 1QZ6A 3UKUB 5AQLA 2GEMA 4FWQA 5AQKA 2E2QA 2P9KB 4QS9A 5AQWA 2FSJA 3LL3A 1LOTB 3DXMB 4BVPA 3CI5A 3WUHA 3FR0A 2E20A 5AZJB 2V7YA 2A41A 2ZWHA 1IG8A 3D2EB 5E26A 1ATNA 3O6WA 3U9ZA 4Y0WA 4DHYA 1RGIA 4BRKA 4CZEA 3H45C 2I7PA 4QS7A 4IWVA 5BPMA 2P9PB 1Q18A 2HF3A 4DQ8A 4A61A 3MN9A 3G25A 3H46O 2YJEA 4WQ5C 2EWSA 2CH6A 1T6DA 2QWRA 3FFKB 4H0YB 4O8KA 3R6MA 1EQYA 3HM8A 3M1FA 2FSNA 4I6MA 1D4XA 4M7YA 5TKYA 2DPNA 3B8AX 3VERA 4EHUA 2HF4A 3L0QA 5AQVA 2D1KA 4B1XB 1NGIA 1JCFA 3QICA 4NB4A 3DXKA 3QFUA 2FF3B 1CZAN 3ZETA 5JLFA 3ATUA 4CZHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTOA 4NCBA 4ELUA 2VG5A 1XQSC 1ZXOA 3CJCA 4B9SA 1BU6O 1V4TA 4BVOA 1S9EA 1J6ZA 2QWOA 4YY3K 3SYZA 3CFRA 2KW4A 3KKRA 2VGNA 1TK5A 4LFCK 2YHYA 4PHTX 2BDPA 3DRSA 3W3DA 1IBLK 4WF9L 4CJ3A 4PY5A 3ZSRA 4QS8A 1S72N 5KQ8A 1T05A 4K8XA 4DV2K 4DR7K 5C10A 4F3OA 4DFJA 1Z6RA 1VQ6N 5EY4A 1J53A 1JLBA 3VESA 4B3SK 4C8OA 3VEZA 3LZIA 4DSIA 5TKWA 2UUCK 1UA0A 4CHPA 1TKDA 3I0RA 3O4QA 1GLBG 1W2BM 3TAMA 1RT5A 1SQKA 3WNFA 4ILHA 4ISGA 4U7BA 4BGAA 1NLVA 1T6CA 3C94A 3S9HA 4DQPA 4CJRA 2WTUA 4NCGA 4JK9A 5FDLA 5DM7L 5C15A 1HKGA 2E5LK 3GOIA 2E6LA 3SV3A 1GOCA 4OPKA 4M3RA 3SUPA 1HLUA 3VF6A 3ZT2A 4BDYA 1S1WA 1XI1A 2GBZA 3C7NA 4IEIA 3KLGA 4TSXA 2Q36A 4KV8A 3QEWA 1YJ9N 1YAGA 1EKEA 1U4BA 2FBVA 5AQZA 5DK5A 3A8YA 4RCHA 4BRQA 5BRFA 3ULEB 3NHGA 1HYZA 4IOAL 4YOVA 1NJYA 3AO1A 1XWLA 3L2WA 2EHGA 3OYHA 1D8YA 1T03A 3FZKA 4F8RA 1Z25A 2D0CA 1ZBLA 2UYTA 1QQOA 3IFRA 1E4GT 4G9ZA 1TAQA 4IZ9A 4KHWA 3AAQA 2Q0UA 2WOMA 5C12A 2W40A 3QNNA 2UUBK 3MK6A 2HHQA 1HR0K 2IDOA 4YOWA 3SQ1A 3VMFB 4DR4K 4B8CA 4J2EA 2CH5A 4YDUC 3H1QA 2VG6A 4BRPA 3QBXA 1M90O 4FLXA 4H0XB 1ESVA 1GLJO 1WUAA 3MX2A 3M8RA 3NH0A 2GELA 1X9JA 2G8WA 2XY6A 4FK4A 1WSGA 3EZWA 1U2VA 1QQNA 3K58A 1NK9A 4JHDA 3QEVA 2HHUA 1T3VA 4KH6A 5GIOA 4CBWA 2YHBA 5B8HA 3WXLA 2KTQA 1EETA 3NH1A 1GLFO 2VCPA 3LDQA 1BQMA 4JI8K 4CFDA 1KAXA 5I9EB 4FK0A 2IOCA 4PKGA 4BQLA 3D2EA 3K57A 1BIUA 3CERA 1KFSA 2O8CA 3K5LA 3O8MA 1KCFA 5J2MA 4KTZA 4E1JA 4A62A 5J1EA 3F73A 1C6VA 2YKNA 4MLEA 1RT3A 3RMAA 5JICA 1CZBA 2G8HA 1RDBA 4KTWA 2P9UA 1YXQA 3LWLA 5FROA 1YTAA 1QHTA 2O8DB 3BUZB 4Q5VA 5AQOA 4DQSA 3QERA 1KAYA 4AHTA 2NLXA 3E9LA 3VPZA 1BIZA 3PIPL 1LW2A 4WFAL 4HTUA 3SBGA 4LD0A 4DTUA 4CJPA 4A2AA 1A5WA 2HOEA 1NGGA 2QWPA 4KI4A 3AGKA 2O4GA 3AVBA 1JLCA 4AILC 3HT3A 3MWTA 4RW7A 3SQ2A 4KHUA 3WT0A 1HYSA 3S3NA 1IKVA 2FBTA 3S3MA 2VYPA 3DXKB 4BGBA 4X65K 2XY8A 5SWMA 3L3UA 3HYFA 5AQIA 2XO7A 3SAHA 4ILJA 4JD2B 1YHQN 5GAEP 3A0IX 3O08A 3RRHA 2B6AA 1WB9A 1XUPO 2ATQA 4DF8A 3UE5A 5HRPA 4QAGA 4CEEA 4AM7A 3G6EN 4CEQA 3AV9A 4FJ8A 5CYQA 5H1SQ 2OPQA 4ZTFA 2FLOA 1ASVA 2KZZA 3DAWA 3EKSA 4Z94A 3VQ4A 4KB0A 3UKRA 4KPYA 3V1OA 1MWMA 4OLBA 5KI6A 4CW7B 4E0DA 3IAYA 4DSJA 1EWQA 3SPYA 5KTQA 1Q7YO 3O9TA 3GG4A 3CFOA 3U4LA 1KRPA 1TVRA 3KD5E 2IGIA 4BQZA 1EXQA 4Z4CA 3AO5A 3KK7A 4C8MA 4DF4A 4Z4EA 1BG3A 3DLRA 3T19A 1D9DA 3CCEN 3MCPA 3HSTB 3RSEA 4WYBA 4IDKA 4E7JA 1SKWA 2ZF5O 4BRNA 4CJVA 4FZXC 4OLAA 3B6PA 5E84A 1GLCG 1NK4A 3LM9A 3QFPA 4CK1A 1HNZK 3PSIA 4LSNA 4A5BA 2P9NB 3GDQA 4MO5A 1VQ9N 3PIOL 1E3MA 3LDPA 4DU1A 4IXCA 4B08A 5FLXO 4DUYK 3OYFA 3BF1A 4F9OA 4UQGA 3RMBA 5IT9O 3KTQA 4JEPA 3HPGA 4E89A 3AVLA 4CF0A 5LMNK 2XHBA 4CHZA 1KQSM 2E2PA 3S41A 4GV6A 3FZLA 4JI6K 5BPLA 2XY5A 3L2UA 4FCYA 3OY9A 3H3OB 3QIOA 4BR9A 1J54A 3MN7A 3ENBA 2WONA 1OH5A 2F9WA 3MWPA 2UXCK 3OYBA 4GKKK 1TKZA 5AZIA 1VHXA 1NWKA 2HNDA 4JI7K 3HZ6A 5J2NA 4BRAA 1QZ5A 1RDCA 5KRTA 4CD1A 4O44A 2ZGYA 1YUWA 4JKEA 5JMVA 1VRUA 5GAHP 4NLBA 4Q0BA 5DM6L 1L5UA 3KZBA 3IKMA 5JS2A 2CGJA 1GOAA 1OKJA 2BGGA 3B6OA 1D5AA 3DLLL 4AH9A 4JLHA 2RF2A 4I7FA 3WXKA 1RTJA 1RDWX 4CZIA 3JXUA 1S3XA 3QDKA 4OJRA 3D7EO 3LP2A 2ZE2A 1U2VB 4JHDB 3NF7A 5ADXH 1Q81O 1YIJN 5AR0A 5AQLA 2HHSA 4KO0A 4QS9A 1TK8A 4HCCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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