4H8KA

Crystal structure of lc11-rnase h1 in complex with rna/dna hybrid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
KIIIYTDGGARGNPGPAGIGVVITDEKGNTLHESSAYIGETTNNVAEYEALIRALEDLQMFGDKLVDMEVEVRMNSELIVRQMQGVYKVKEPTLKEKFAKIAHIKMERVPNLVFVHIPREKNARADELVNEAIDKALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC11-RNase H1 in complex with RNA/DNA hybrid
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna/rna
source organism Uncultured organism
total genus 45
structure length 138
sequence length 138
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4h8kA00
4KI4A 1WAJA 3IS9A 4C8MA 4ZHRA 1Q8IA 1JL1A 1TKZA 3AO2A 4BWMA 3SUPA 1RDBA 4FCYA 4L8RB 4MQ3A 1NK5A 2KZMA 4AHVA 4GVMA 1CXQA 3LWMA 3DLHA 2HHVA 3V4IA 3O4QA 2XY8A 3TABA 4CHYA 4Z4EA 3OYFA 4ID5A 1HPZA 2G8KA 3KLGA 3P1GA 4F3TA 4IG0A 3JSMA 4FLWA 4O0JA 1JLEA 3T1AA 1EETA 3HVTA 4OKKA 4DG1A 1VSKA 4CFCA 3ZT2A 4BWJA 4IDKA 3D0PA 4E7HA 1UAXA 4CEBA 4Z4CA 2HW3A 4CGFA 1BCOA 2XRIA 3HL8A 4LY7A 3I0SA 3WNEA 4CJQA 4DTSA 3LWLA 4DSEA 5KRTA 4CJWA 4HUEA 2KTQA 1WAFA 4M3ZA 1O1WA 2ETJA 4CK3A 2YNHA 4W5NA 3F9KA 4PWDA 1VSEA 2EHGA 4CHNA 4FJ7A 1WSIA 3KK2A 5I42A 2RN2A 3AVHA 3L8BA 4BE2A 1D9DA 2ITGA 3TAMA 1RILA 2ZD1A 2KFZA 4KO0A 3JYTA 4DSLA 3VQ9A 4KB1A 1EKEA 1TKTA 1HYSA 4CIGA 3RR8A 2P1JA 5KGXA 1XC9A 4BE0A 3VQ6A 2GV9A 3U3GA 3EZ5A 3AO5A 4Z4IA 1HQUA 2YNFA 1QSSA 3AVJA 3CYMA 4EP5A 4FLUA 3O3FA 4KI6A 1ZYQA 4KHWA 3QIPA 4PA1A 3MECA 1JL2A 1TV6A 3LDSA 1U4BA 2OPQA 2B6AA 1RT3A 1KFSA 1EP4A 2OPSA 2G8UA 1JLQA 4DMNA 3K59A 4DFPA 2OPPA 3OYGA 4C8KA 2G8FA 4MFBA 1S1VA 4AHUA 3QLHA 1L3VA 1DTTA 3CFOA 1Q9YA 4KTWA 4M3UA 2Z1IA 3ALYA 1RNHA 3AA3A 4CHOA 4EP4A 3PX0A 3RRGA 4O44A 3C6UA 4FJKA 5K14A 3L2UA 2HVHA 3SI6A 2VG7A 2WOMA 4FYDA 3DI6A 3ZT0A 2HHQA 2G8HA 3HO1A 3NCIA 1FK9A 3S9HA 3AA2A 4WE1A 3ZSOA 3MAQA 3NE6A 3TAFA 4N5SA 1VSJA 4CE9A 4CGIA 4J2DA 1A5XA 1T7PA 3KTQA 5KRSA 5SZTA 3T3FA 4AHTA 3AVIA 5J2NA 4UQGA 1T05A 3NHGA 3CM6A 3RR7A 1S1TA 1J9AA 1RDDA 1NJZA 4PY5A 3OYCA 3V1RA 3OVNA 4FXDA 1HQEA 1QHTA 4IG3A 1JKHA 1CLQA 2Z1HA 3DLEA 4FJNA 4E19A 2YKMA 5HRRA 2HHSA 1YT3A 1WNSA 5HRPA 1C1BA 2D0AA 2G8WA 1NJXA 1EXQA 1VSFA 1LWFA 4ICLA 3LZJA 4HUFA 1L3SA 5FRNA 2VG5A 2DFHA 4IFYA 3OYLA 1HYVA 1ASVA 3ISNC 5EU7A 1LAWA 3ZT3A 3NAEA 2FBXA 3K5MA 4DFJA 2Y1IA 3RMAA 4C8LA 1RT4A 1VSDA 4M3TA 4FZZA 1SL1A 2DFEA 4CJLA 3KKRA 2IOCA 3OYIA 1T03A 4DQPA 3RTVA 3NH1A 3OYAA 3P5JA 5I3UA 1X9SA 3VQ7A 1J53A 5JS2A 4CHPA 4W5QA 4DTXA 3PV8A 4CEZA 3QEPA 4B9NA 5CZ1A 2BANA 2D0BA 2WONA 4OKEA 1T8EA 4DQQA 2Q3SA 3HM9A 1B9FA 1CXUA 3TAPA 3U3YA 1RT5A 1GOCA 5CYMA 4W5OA 1RBSA 3S3MA 3TANA 3V9SA 1S1WA 3ZCMA 3L2RA 4ELVA 1RCHA 1RTIA 1RT6A 4CF9A 4CFDA 3AA4A 1A5WA 2ZQBA 4FJJA 4CGGA 3A2FA 4AHSA 2FBVA 3LALA 1RTHA 1C1AA 2RPIA 3NGYA 5SWMA 4E0DA 3AO3A 1VK0A 3RMCA 3KD5E 4I2PA 2HB5A 4O0IA 5HRSA 3K57A 1LW2A 4CJPA 1TVRA 1GOBA 3L2VA 3DLBA 3HK2A 3D45A 3VQQA 4M3WA 3LP1A 1J54A 4GW6A 1KLNA 3I8DA 3SUNA 2RF2A 3DOLA 2R7YA 2PZSA 4I9QA 2EX3A 4M3YA 3DMJA 3V9UA 3SZ2A 4DTOA 3CFPA 4Z4FA 1JLBA 3VQ4A 3QNOA 1ZBFA 1FKOA 3VQEA 4CFBA 4OPJA 4OLBA 3SV3A 1RTDA 3C6TA 1S1XA 2OZSA 3ASMA 3ZSQA 4F2SA 2E6LA 3QETA 4E7JA 2XY5A 4RG8A 3TI0A 1TL1A 2A1RA 3NF6A 3VA3A 1NKCA 1TAUA 3NGIA 4B3OA 4B08A 3NDKA 4J2EA 4HCCA 4B9LA 3C95A 2QXFA 4M41A 3TAGA 5E41A 1ASUA 3HVRA 4DSIA 3QNNA 1JXBA 4KHYA 1S9GA 1XHXA 4F8RA 4FZYA 3OS2A 4HTUA 1TK8A 1QTMA 4E89A 3OYBA 4DLGA 3SJJA 2X74A 2YHBA 3FFIA 4LH4A 2VG6A 4ID1A 2VWJA 3VQAA 2OYQA 4CJEA 2BE2A 1TAQA 1HMVA 1NOZA 1WN7A 3HSTB 1TL3A 3OYEA 3U6FA 3KK1A 4ELUA 4CFAA 3WNGA 4DSFA 3WNFA 1B92A 1RT1A 4RW7A 2IC3A 4CJSA 1Z25A 4E1NA 4M3RA 3NFAA 4JRPA 4E3SA 3QIOA 1NK0A 4Z4GA 3NF7A 4DFMA 2BDPA 4AH9A 3QO9A 3V9ZA 3O4NA 2GUIA 4CEQA 4XIUA 3OYHA 4CHZA 1SKRA 3V6DA 2A1SA 5KI6A 1TK5A 4DWIA 1RBVA 1KRPA 3V9WA 2HVIA 4Y1DA 2IS3A 4IKFA 4RW8A 4PQUA 5CYQA 4FLTA 4KHUA 1U48A 3ZSXA 4DF4A 3IAYA 1HYZA 1ASWA 3KD1E 4KHNA 2O4IA 2XHBA 3QEXA 4CIFA 4RW4A 4OGCA 1Q9XA 3AVKA 4H8KA 3O3GA 4JS4A 2XY7A 4CJ3A 3VA0A 3NF8A 2Z1GA 3KK3A 2O4GA 1VSMA 3AVLA 1KVBA 1UA0A 4CJ5A 4YNQA 1LW0A 2B4JA 3K2PA 1A5VA 3VQBA 3NH2A 4DSKA 4HCBA 5KGWA 1BQNA 4BDYA 4E7LA 4QCLA 2XY6A 1BGXT 5FROA 4DTRA 3ULDA 4NYNA 3AA5X 5DK5A 1GOAA 3LPTA 1Y97A 1Z26A 1JLGA 3RMDA 2VWKA 5J2MA 3TAQA 4KREA 2Z1JA 4DTMA 3QERA 1R0AA 2PY5A 3WNHA 4CEEA 3F73A 4BE1A 4M42A 4NYFA 1IKXA 4DLEA 2LSNA 4I2QA 1TKDA 1YTAA 2IAJA 1C0TA 4FLZA 4AHRA 3SQ4A 2HNZA 2RKIA 1LWCA 3ZSVA 3HJFA 3AVGA 4DU3A 3M8SA 2PYJA 4HUGA 4CEFA 4LSLA 4C8NA 4CK2A 1KFDA 3PUFA 2F8TA 2KFNA 4FW2A 1QQCA 4R5PA 3L2WA 2KW4A 3QEVA 2QKKA 3HYFA 3K58A 4FJMA 3LP0A 4CESA 4K8XA 1SUQA 4NCGA 4H4OA 3MXMA 1J5OA 3AV9A 4B9VA 4NCAA 3H08A 2X6SA 4FK4A 3O3HA 4YFUA 3L3VA 3VN5A 1WSEA 4C8OA 1VRTA 1IH7A 2Y1JA 3DLGA 3G0ZA 4CGHA 4DU1A 4K8ZA 1CZ9A 4EZ6A 2ZE2A 4FLVA 1G15A 4CGDA 3OYDA 1KCFA 1DTQA 4B9SA 4DSJA 1IO2A 3VQDA 4KV8A 1S6QA 1RTJA 4CJFA 1VSHA 2P51A 4CEDA 1F21A 4DFKA 4KHSA 2ATQA 4O4GA 4CK1A 3B6PA 4HVJA 5HRNA 2P5GA 4FJXA 1JXEA 5FRMA 1HRHA 4OJRA 2HMIA 1BHLA 3TAEA 2JGUA 1C0UA 1SV5A 2FC0A 3M8PA 2P5OA 5C24A 3DM2A 4DQRA 4B8CA 4CERA 4I7FA 5C25A 1KVCA 1BIUA 5DMRA 5HP1A 4N41A 4OLAA 4ELTA 4CECA 1RT2A 2HHUA 1WSJA 3SQ0A 1RBRA 4CJUA 1TKXA 4DQSA 2DTUA 3KLEA 1NK9A 1XWLA 4FJ9A 1FXXA 1UOCA 1FKPA 2OA8A 4PUOA 1LWEA 2D0CA 1UWBA 2YHAA 3HXMA 1S6PA 3BDPA 4FJ8A 3KLHA 3AVCA 2DFFA 4KAZA 1NK7A 2HHTA 1U47A 5CZ2A 3G10A 2X6NA 1B9DA 1BI4A 3L3UA 3HP6A 4ZTJA 4EZ9A 1BL3A 3IRXA 1SL0A 3SQ1A 3MXIA 4QAGA 3OS1A 4FK2A 1TGOA 2YNGA 4M45A 3M8QA 4E1MA 4HHTA 1ZBLA 1HNVA 4CEAA 1N6QA 5T7BA 2G8VA 4CIEA 4FJLA 2HHXA 3DYAA 4FM0A 1I39A 4LSNA 1ITGA 3HT3A 5HROA 3B6OA 3ITHA 5HBMA 3EYZA 1QSYA 1JLAA 2F96A 1LAVA 3LP2A 3MEGA 4OKJA 1NK4A 4KB0A 4BACA 4FLXA 3QEWA 5D3GA 3CFRA 1WLJA 1RBTA 4IFVA 4F2RA 4DF8A 4F3OA 1BISA 3V1QA 3AVFA 3K5NA 1W0HA 4CJTA 3K5LA 4CEOA 4CJRA 2QKBA 1WSHA 1SKWA 3KLFA 4BDZA 4DQIA 4AHCA 3UIQA 2F8SA 1BI4B 1S1UA 2W42A 1U45A 2OZMA 3LAKA 1NK6A 4E7KA 3AO4A 1C1CA 3SPZA 3RWUA 3MEDA 4Q0BA 2DY4A 1X1PA 4Z4HA 3ZSWA 3HPGA 3DOKA 4E7IA 4FJ5A 3PX6A 3LAMA 3L2QA 3VQCA 4Q5VA 2KQ2A 2FBTA 1RDCA 3VQ8A 1NOYA 3P83D 3SV4A 3TARA 4FZXC 3NF9A 4O55A 4TSXA 3TWHA 3ZSZA 4CF2A 4FLYA 3K5OA 4G1QA 3LPUA 4FVMA 3VQPA 1NK8A 5JS1A 4FM2A 4QOZB 3HPHA 3LANA 4DS4A 3MXJA 3OS0A 1WSFA 1WSGA 5C42A 4CGJA 4CHQA 1QSLA 1KSPA 1JLCA 2AJQA 1BCMA 3OJSA 3AVNA 3NGZA 4F4KA 3M8RA 3KJVA 4JRQA 1W9HA 1DLOA 3CM5A 3V9XA 4FM1A 1ZBHA 1IKYA 1S5JA 3S3NA 4DTNA 3ZSYA 3SUOA 1NJWA 4O5BA 4CF0A 1C6VA 2X78A 3NH0A 4CCHA 3LP3A 4ZTFA 3KLIA 5J1EA 4DTJA 1SKSA 3PO4A 1RT7A 1HNIA 4JLHA 3OYKA 1IKVA 4GMJB 4CJ4A 3DLRA 1UA1A 1TK0A 4KPYA 1K6YA 3QINA 1L3TA 1VSIA 3AVMA 3SQ2A 4FJHA 1X9WA 1IG9A 5KTQA 3PY8A 1RBUA 4FJGA 2D5RA 3E01A 3AO1A 3KIOA 3VQ5A 3QESA 4Z0UA 3ZT1A 1S9EA 1D8YA 4OPKA 4KFBA 4BDPA 1NKEA 4AILC 2PYLA 1YTUA 2XO7A 2YNIA 2NUBA 4W5TA 1BIZA 3AVAA 4RW9A 2KZZA 2HNYA 4I9LA 3OYJA 5HLFA 3IG1A 1MU2A 3DRSA 3ZSRA 1KTQA 3HPOA 2HHWA 3OJUA 2BGGA 1XHZA 1ZBIA 4IBNA 1IKWA 2HNDA 2I5JA 4LD0A 4W5RA 4DS5A 1X9MA 3PO5A 1VSLA 4B8AB 1QE1A 4CJKA 3CQ8A 1KLMA 4N56A 1NJYA 2FBYA 4KTQA 3DRRA 3LZIA 4N76A 1U04A 4CJVA 4NCBA 4B9MA 4JS5A 1I3AA 4FW1A 3CG7A 1NKBA 3SCXA 2G8IA 1YVUA 4N47A 4KTZA 1D5AA 1EX4A 4OGEA 5J2PA 4J2BA 4KHQA 3OYMA 4DU4A 2E6MA 3OY9A 3SYZA 4DTUA 3V81A 4J2AA 1U49A 1C0MA 3AVBA 3QEIA 3SUQA 3SNNA 4FJIA 3C94A 1ZBUA 3OYNA 3DLKA 1N5YA 5CY4A 3PX4A 1L3UA 3HP9A 3THVA 4B9TA 4KRFA 4RW6A 2YKNA 5FDLA 3DRPA 3RMBA 2JLEA 3T19A 2IGIA 1XI1A 1HJRA 4OVLA 3ZT4A 4CF1A 1RDAA 3I0RA 3RRHA 1D9FA 4KKOA 3MEEA 1SL2A 4M3XA 1LV5A 2IDOA 2YV0X 1L5UA 2B5JA 1KVAA 3EY1A 2OPRA 4FK0A 4CF8A 3SPYA 3NBPA 2QK9A 3BGRA 1JLFA 5J2QA 4H4MA 1BQMA 3V1OA 1QS4A 3KKSA 4LH5A 3S3OA 2GBZA 4B9UA 4Y1CA 1VRUA 4DTPA 3TR8A 1REVA 2E4LA 1CZBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KI4A 4ZHRA 1JL1A 4CZKA 4Z94A 4B1YB 4L8RB 4MQ3A 1NK5A 4AHVA 4GVMA 1NGHA 3DLHA 4FSVA 1P8ZA 2E20A 1N8RO 2G8KA 3P1GA 3CMAN 4FLWA 3D2EA 3HVTA 3SAGA 1KQSM 3W3DA 2O8BA 2HW3A 4E7HA 1XQSC 3VETA 3P4IA 1J5EK 3HL8A 4CJQA 4DSEA 4JI6K 1NBWA 4CJWA 3L6QA 3R1XA 5AQGA 1O1WA 4KBOA 3F9KA 1HNWK 4PWDA 1Q86O 4DV2K 5AQVA 4BE2A 1D9DA 1QHAA 4U67L 2FXUA 3FGUA 3VQ9A 1EKEA 1TKTA 3ZYYX 2PFUA 5KGXA 3AARA 4BE0A 2GV9A 4FOIA 3VEOA 1NLVA 1DKGD 4EP5A 4GNIA 4CZJA 1GLBG 3AY9A 1JL2A 1LCUA 3VTHA 3MX2A 3VPZA 3K59A 2OPPA 4MFBA 3ZX3A 4AHUA 3QLHA 4FWMA 4DR4K 2Z1IA 4PL8A 4CHOA 1NMNA 4O44A 1QZ6A 1IJJA 2HVHA 1SQKA 4JN4A 4WE1A 3ZSOA 3CCRN 3TAFA 4CE9A 4AF1A 4H5TA 4BRCA 1T7PA 5SZTA 4AHTA 3THXA 1EWRA 1S1TA 4JKAA 3OVNA 2ZJRL 3FFKB 4IG3A 2P9LB 1G99A 1NGEA 2YHYA 5ADXH 1V4TA 3THYB 5HRRA 1YT3A 2D0AA 4CD3A 2VWBA 1NJXA 5C0YA 4IFYA 2NNWA 3RMAA 4M3TA 4JYAK 3L0QA 1BO5O 2DFEA 4CJLA 4H5WA 2IOCA 2NRRA 3NH1A 3OYAA 1K8KB 5KPZA 3P5JA 2Q97A 1X9SA 1OH8A 1J53A 5JS2A 2ZGZA 4CEZA 4B9NA 4JI1K 4DQQA 3BUZB 3U3YA 1Z6RA 5CYMA 5A2QO 4E1JA 3TANA 3V9SA 1EO1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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