4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Thermotoga maritima
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
3SQ2A 1L3TA 5J2PA 2IGIA 4CJ4A 2XY7A 1G15A 4N41A 3VQPA 1NK5A 1EXQA 1VSLA 3VQCA 3PO4A 4LH5A 1JL1A 1J5OA 1J54A 4KHWA 2VG7A 5DK5A 3ZT1A 4DQIA 1BIUA 2HHQA 1NJZA 3QEVA 1GOAA 3ALYA 4CEBA 5J2MA 4NYFA 4OLBA 2A1SA 5I3UA 4O0JA 4B9SA 4AILC 1SUQA 4I7FA 4Y1DA 3K5LA 3THVA 3QEWA 2ETJA 5E41A 1KFSA 1TKZA 1I39A 1RT3A 3P5JA 3MAQA 3AO3A 1RBSA 4RW4A 4AHCA 1TAUA 4KI4A 4M3TA 3AVHA 1T8EA 2QK9A 5KI6A 5CZ1A 1VRUA 4M3WA 2XO7A 2VWJA 3HO1A 3V9ZA 4JRQA 3KLFA 3ULDA 3L2QA 1NOYA 4CEEA 2ATQA 1N5YA 4FJ8A 4EP5A 3D0PA 3QETA 4J2AA 2X6NA 4DTSA 4PQUA 2YHAA 3KK3A 1LAVA 4DLGA 1NJXA 1YT3A 1VSEA 3NE6A 4DS4A 4FJNA 3I0RA 3OYDA 3LZIA 3LALA 4CHYA 1YVUA 3L2VA 4DFKA 3SPYA 4DTOA 2F96A 1D5AA 4NCGA 3ZSQA 4N5SA 1EKEA 2I5JA 4NCAA 3V9WA 1L3VA 4CIEA 3MXMA 2HHUA 4XIUA 3DI6A 1I3AA 4OKKA 3NGZA 4FZXC 4CJ5A 4CJQA 1KLNA 4Z0UA 4ICLA 3V1QA 2G8VA 2PYJA 1VSMA 4AHRA 4OPJA 3AVGA 3JSMA 3K59A 3QEIA 3KD5E 4FLTA 2D0AA 3AVKA 1UA0A 3LPTA 3NBPA 5HRSA 1SL0A 4B9TA 1GOCA 1U48A 4FM1A 3TR8A 1BISA 3AVBA 3DMJA 3NF9A 3SUOA 1TKTA 4RW6A 4CERA 3ZT3A 4CHQA 4E7LA 1A5VA 4KV8A 4KREA 4DWIA 3QNOA 4CF2A 4DQRA 3LAMA 2B5JA 4FJ7A 3TAEA 4CK2A 3TANA 4LSNA 1C0MA 4CFBA 3K5OA 1T05A 2YNFA 4TSXA 3ZSYA 4DSIA 4GVMA 4PUOA 4J2EA 1C1CA 1RT5A 1U4BA 1GOBA 3WNFA 2GV9A 4E1NA 4CJVA 4OVLA 3VN5A 3SQ4A 1QTMA 4IFYA 1BCOA 1RT4A 4PY5A 1RBRA 3HVRA 3O4QA 4FZZA 2XY6A 1RBVA 2P51A 1TAQA 3OYFA 3KLEA 3SI6A 1XI1A 2YNGA 1BI4B 3MEDA 4KAZA 1QE1A 3L2RA 4FW2A 5CY4A 4CGHA 3RR7A 4W5RA 1IO2A 4IG0A 4R5PA 3EYZA 4E7JA 2KTQA 1TKDA 4YNQA 1VSFA 2DFHA 4AHUA 1DLOA 4CJTA 5FDLA 5KRSA 2WONA 1FKOA 3OYCA 2ITGA 3CM6A 2LSNA 3LANA 3WNGA 1C6VA 3LPUA 2VG6A 4ZHRA 3RRHA 3PO5A 3OS0A 1EETA 4CJRA 1HQUA 2XRIA 1VSKA 4KPYA 3KIOA 1X9WA 3KLGA 1S1XA 3NHGA 4JS4A 1VRTA 3IRXA 3ZSOA 4DU4A 1W9HA 3PX0A 3SJJA 2HHSA 4LH4A 3AVAA 2G8KA 3S3OA 1RTHA 4FJXA 4KTZA 1QS4A 1HPZA 3P1GA 3L8BA 4DSLA 3PUFA 3HJFA 5SWMA 3I0SA 3OS2A 2P5GA 4FJKA 1RDCA 4BWJA 2VG5A 4E1MA 4CF1A 2IOCA 3LP1A 4DF4A 2OPSA 3G0ZA 3KKSA 2EX3A 4CIFA 4E0DA 1KFDA 5J1EA 1WN7A 4DG1A 4OJRA 3RR8A 2EHGA 4MQ3A 4E3SA 3HP9A 1CLQA 1TL3A 2HNDA 3DLEA 3SV4A 4FYDA 2E4LA 3QEXA 5KRTA 4AHSA 4B08A 1RCHA 4KTWA 1S5JA 1NK6A 1WSJA 3C95A 4BDPA 1XC9A 3JYTA 3CM5A 1KVAA 3TAMA 3DLRA 1LW0A 2B4JA 3KKRA 4B8CA 1U49A 1RILA 4FW1A 4FLWA 1JLEA 3V9XA 4ELTA 3V1OA 3C94A 4Q5VA 1NK7A 3WNEA 4CEOA 2HHWA 2QKKA 1TK0A 4KO0A 2D0BA 4CGDA 2KQ2A 3SUQA 3VQ8A 2YNHA 4JS5A 1SL2A 1C0UA 3DM2A 3RMDA 4ZTJA 1N6QA 2GUIA 1Q9YA 3OYKA 4DFMA 4DQPA 3UIQA 4BE1A 2HNYA 2A1RA 4K8XA 4CCHA 4EZ9A 4CECA 3AO1A 1JLGA 3AA2A 3DOLA 3PX4A 1KVCA 3NAEA 1JLQA 3MXIA 4CE9A 2R7YA 4DU3A 4DSKA 1S1UA 3LP3A 3D45A 1HRHA 3DLGA 4AHVA 4CF8A 5FRNA 2P5OA 4CF9A 2IS3A 4C8OA 4FJGA 1X9MA 2IC3A 2DFFA 1HJRA 4CFAA 5T7BA 4DTPA 3TAGA 4F3TA 4AH9A 3CQ8A 4ZTFA 1TVRA 1HYZA 2OZSA 2X78A 2IAJA 4B9LA 2BDPA 4Z4GA 2GBZA 3ZSZA 1LV5A 4CGIA 1CZBA 4CHNA 4FCYA 4FLVA 1KTQA 3ZT4A 1TKXA 3HM9A 3RTVA 4N56A 4CF0A 3S9HA 1FXXA 3L2WA 1WSEA 4IBNA 2XHBA 1K6YA 1UOCA 3AO2A 4I2PA 1U45A 1WNSA 1BL3A 2Z1JA 3HL8A 4LD0A 3SUNA 4FLZA 1U04A 2NUBA 1Z26A 2G8UA 4FJHA 3SUPA 4CJLA 4GW6A 1A5XA 1J53A 1RT6A 3DRRA 1HQEA 1RNHA 3AV9A 2HNZA 1ASVA 4CHZA 1JLAA 3VQBA 2YV0X 4KFBA 1JLFA 3L2UA 4DTNA 4F4KA 4IKFA 4NCBA 3HK2A 4B9VA 2RF2A 4Z4CA 1RDDA 2Y1IA 3AO4A 3AVJA 3VQ4A 1C0TA 4FLUA 1XHZA 1NKCA 2KFZA 1WAJA 4O55A 4CHPA 1LWCA 3LZJA 1WSIA 4J2DA 1DTQA 1RT7A 1LWFA 3SZ2A 3TARA 3HYFA 3NF7A 4Z4EA 4DMNA 1QQCA 1ASUA 4RW8A 4C8MA 4F2SA 2G8IA 3AVFA 3AVIA 4OKEA 4FK2A 4KTQA 4JLHA 4KHQA 2FC0A 2BANA 4E7HA 4KHSA 4CJPA 3K5NA 1IKYA 1JKHA 4BDZA 2QXFA 3S3NA 2HW3A 3OYNA 2D5RA 3AA4A 4O4GA 1D9DA 3AO5A 1S1TA 3QO9A 4WE1A 5HBMA 4DFJA 3OJSA 3SPZA 2O4IA 3OYLA 4UQGA 2ZQBA 4CJKA 4HUGA 4FLYA 2DTUA 1TK8A 5FROA 3NDKA 4I9QA 3BDPA 3OYIA 3NFAA 1WSGA 1ZBHA 1UWBA 3CFPA 2DY4A 4CK1A 4OKJA 1J9AA 3VQAA 4DF8A 4ID5A 4H4OA 1NJWA 3NF6A 2PY5A 4BACA 4F2RA 4KI6A 1KCFA 2OPPA 4O5BA 4CEQA 1SKWA 3OYGA 4EZ6A 1W0HA 3IS9A 2Q3SA 4K8ZA 2XY5A 5KTQA 4BE2A 1JLBA 2FBYA 3C6TA 4N76A 5FRMA 3MECA 1S6PA 1KSPA 4B9NA 2KZZA 1BHLA 1ASWA 3AVMA 4I2QA 3ZSWA 3SCXA 2HHTA 4LY7A 1RTJA 4CK3A 4QOZB 1S9EA 3ASMA 1C1BA 3LWLA 1U47A 1LWEA 4KHNA 5CYQA 4KB0A 4HHTA 1SKRA 3VQDA 1QSLA 3ZT0A 3T19A 4DS5A 1ZBFA 3HXMA 2G8WA 2B6AA 3PX6A 4HUEA 5HROA 4CGFA 4DLEA 1VSIA 1B92A 3HPHA 3QIPA 5J2NA 2BGGA 4CFDA 3H08A 1FK9A 4IFVA 3CYMA 2IDOA 1TL1A 1QHTA 3ZSVA 5SZTA 3LP2A 4CJ3A 1UA1A 2KW4A 3AA3A 4RG8A 1TGOA 4CGJA 1T7PA 2F8SA 4E19A 2AJQA 3VQ7A 3O4NA 1MU2A 5C24A 4J2BA 3TAFA 4FJMA 3QESA 2FBXA 4DQSA 3LAKA 3VQ6A 3A2FA 3OYBA 4OLAA 4FVMA 1O1WA 2G8FA 3NF8A 3OYAA 2KZMA 2FBVA 2HB5A 1RDBA 3SV3A 3HPGA 1L3SA 3AA5X 4HUFA 3F9KA 1JXBA 1IKWA 3OJUA 3RWUA 4PA1A 1UAXA 3KLIA 5EU7A 3ZT2A 4FLXA 2OZMA 3O3GA 3O3HA 4Z4FA 3M8SA 1VK0A 1BCMA 4ELUA 3AVNA 1YTUA 4KB1A 4FK0A 4M3ZA 3MEGA 3M8RA 1RTIA 3V9SA 1QSYA 4ELVA 5CYMA 3ITHA 4H8KA 4OPKA 4FZYA 4B9MA 3RMCA 4B9UA 4HTUA 4E7IA 4CJUA 3NH2A 5HP1A 1EX4A 1NKEA 3VQEA 1HYSA 3K58A 4F8RA 3DRPA 5C42A 1SV5A 2HVIA 3VA0A 4E7KA 4C8NA 3SQ1A 4AHTA 1NK9A 4FJIA 3V9UA 4CESA 1F21A 3V6DA 3RMBA 1IKXA 3NCIA 2PYLA 3DLBA 4KHUA 3CFOA 3HPOA 2OYQA 3QNNA 3CFRA 3QLHA 4QAGA 1QSSA 3HP6A 3G10A 4JRPA 4DTXA 3NGYA 3OS1A 1KLMA 3KLHA 4CEFA 2OA8A 3ZCMA 4DQQA 4HCBA 4I9LA 3MXJA 4CJFA 4Z4HA 1JXEA 4CEAA 3NH1A 4FK4A 3OYMA 4FM0A 3K5MA 4W5NA 5D3GA 1VSHA 4BE0A 1NK4A 2Z1IA 4IG3A 1BGXT 2YHBA 3OYHA 4CEDA 1IG9A 1RTDA 1X1PA 3C6UA 4M3RA 1DTTA 5C25A 1WSHA 1EP4A 4C8LA 2BE2A 4M45A 2WOMA 4FJ9A 3LWMA 1RBUA 1SKSA 4MFBA 3ISNC 1L5UA 3LDSA 3OVNA 3OYJA 1LW2A 4Q0BA 2HMIA 1HNVA 1SL1A 3L3VA 2DFEA 3VA3A 4ID1A 1ZBIA 1ITGA 4W5OA 3EY1A 3KTQA 4Y1CA 3DOKA 4FXDA 3DYAA 2RKIA 3T1AA 1NJYA 3ZSXA 4CHOA 1XHXA 1Y97A 2PZSA 5DMRA 4BWMA 3OY9A 1BIZA 4KRFA 1WAFA 3V1RA 1RT2A 4H4MA 2YNIA 3NH0A 4FJ5A 3SQ0A 5HRRA 4O44A 1D9FA 1RT1A 2D0CA 3HT3A 5HLFA 4CFCA 4HVJA 1ZBLA 3QINA 2KFNA 4NYNA 1YTAA 4DTMA 5KGXA 1X9SA 3WNHA 3MEEA 1T03A 1HMVA 4C8KA 4OGEA 3M8PA 2YKNA 4M3XA 3AVLA 3K57A 2HHXA 1A5WA 4W5QA 2Z1HA 3KJVA 1L3UA 4DU1A 3KK1A 1BQMA 4B8AB 3K2PA 4KKOA 2P1JA 1RBTA 4CJSA 4W5TA 2ZE2A 2ZD1A 4KHYA 4DTRA 4M41A 1IKVA 1IH7A 3VQ5A 3QIOA 3LP0A 1WSFA 4DTJA 3EZ5A 3DLHA 1NKBA 2OPRA 1Z25A 3TWHA 1S6QA 3DRSA 5J2QA 2W42A 4CJEA 4M3YA 2Y1JA 2JLEA 1ZYQA 2OPQA 3TAQA 3TI0A 4YFUA 2X74A 1S1WA 4CGGA 3BGRA 3P83D 3E01A 1VSJA 4RW7A 1TV6A 3U3GA 3U6FA 4M42A 3FFIA 4CIGA 3RMAA 1S1VA 5CZ2A 3V4IA 3B6OA 1HYVA 4M3UA 4CEZA 4FJLA 4OGCA 3SYZA 1B9FA 1KVBA 3HSTB 3VQ9A 2E6LA 2RN2A 2XY8A 3KK2A 4DSFA 3I8DA 4L8RB 1R0AA 3V81A 3ZSRA 5KGWA 3O3FA 4DSEA 2X6SA 4RW9A 3PY8A 3KD1E 4FM2A 4PWDA 3VQQA 5JS2A 4LSLA 2QKBA 3T3FA 1NK0A 3S3MA 1RDAA 3CG7A 3B6PA 1KRPA 3AVCA 5HRNA 3TABA 1CXQA 4B3OA 5JS1A 1S9GA 3NGIA 1XWLA 3IAYA 4F3OA 3DLKA 1JL2A 4DTUA 5K14A 4G1QA 3OYEA 4QCLA 2VWKA 3QEPA 4Z4IA 3RRGA 1Q9XA 3TAPA 2HHVA 3L3UA 3SNNA 1NOZA 4EP4A 4GMJB 4N47A 1CZ9A 5HRPA 4CJWA 1NK8A 5I42A 3IG1A 1D8YA 4FJJA 1WLJA 4BDYA 1B9DA 2RPIA 4E89A 1C1AA 2F8TA 1CXUA 3M8QA 4IDKA 4DFPA 1VSDA 2E6MA 3QERA 3U3YA 3HVTA 2G8HA 1JLCA 1Q8IA 1REVA 1ZBUA 4HCCA 3PV8A 2HVHA 1HNIA 2O4GA 4DSJA 3F73A 1TK5A 1BI4A 1FKPA 2JGUA 2Z1GA 2FBTA 1LAWA 1BQNA 2YKMA 4O0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C10A 1U2VA 1QQOA 1L3TA 3CCJN 4KHPK 3MMVA 3WXKA 4CJ4A 1NNEA 3MN9A 1HNZK 1EXQA 1FW6A 1JL1A 4B1YB 1J54A 5HOOA 1BIUA 4BGAA 3THYA 5J2MA 4OLBA 4K41A 3EO3A 1W7AA 3I56N 5GAHP 1BA1A 3T1YK 3THVA 3QEWA 5AZJB 5E41A 1V4SA 4PL8A 1TAUA 2QK9A 5CZ1A 4DR3K 2XO7A 2VWJA 3HO1A 3KLFA 1N5YA 2O8FB 4OPHA 4J2AA 4BC2A 2X6NA 4PQUA 3KK3A 4DLGA 3AGRA 1NJXA 1YT3A 1VSEA 3D2EB 2NRHA 3NE6A 4FJNA 3I0RA 4PKIA 2GWKA 3LZIA 4MO5A 4NCGA 3ZSQA 4BREA 2I5JA 1XC3A 4FWOA 5C0YA 3DI6A 3NGZA 4CJ5A 4CJQA 3O08A 3A5OC 3TTFA 2G8VA 1VSMA 3WXMB 3AVGA 1BO5O 2D0AA 3PIPL 1U48A 2YX6A 4ILJA 1BISA 3AVBA 3DMJA 3NF9A 1TKTA 4RW6A 3BZKA 4CERA 3ZT3A 4PL7A 4FJ7A 2GELA 4CK2A 3CJ7A 3K5OA 3ZSYA 4DSIA 1C1CA 2GV9A 4NXMK 3DLLL 1RT4A 3O4QA 5LJWA 2XY6A 4FZZA 1RBVA 3KLEA 4JYAK 2BUPA 4NO7A 4FW2A 5HL7L 4CGHA 4DUZK 3VTHA 4W5RA 1IO2A 2KLAA 2HHHK 4R5PA 4E7JA 1W97L 1DLOA 5FDLA 2ITGA 4H5TA 4ZHRA 4O5FA 1EETA 4CJRA 4KPYA 3ZSOA 3SJJA 4DU4A 3O9SA 2HHSA 3T7ZA 4MO4A 1NMDA 1HPZA 3P1GA 3O9RA 3HJFA 5SWMA 4FJKA 1RDCA 2QW9A 3U4LA 4CIFA 1WN7A 1N34K 4KH5A 4B1UB 2HNDA 3DLEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5C10 A;  1U2V A;  1QQO A;  1L3T A;  3CCJ N;  4KHP K;  3MMV A;  3WXK A;  4CJ4 A;  1NNE A;  3MN9 A;  1HNZ K;  1EXQ A;  1FW6 A;  1JL1 A;  4B1Y B;  1J54 A;  5HOO A;  1BIU A;  4BGA A;  3THY A;  5J2M A;  4OLB A;  4K41 A;  3EO3 A;  1W7A A;  3I56 N;  5GAH P;  1BA1 A;  3T1Y K;  3THV A;  3QEW A;  5AZJ B;  5E41 A;  1V4S A;  4PL8 A;  1TAU A;  2QK9 A;  5CZ1 A;  4DR3 K;  2XO7 A;  2VWJ A;  3HO1 A;  3KLF A;  1N5Y A;  2O8F B;  4OPH A;  4J2A A;  4BC2 A;  2X6N A;  4PQU A;  3KK3 A;  4DLG A;  3AGR A;  1NJX A;  1YT3 A;  1VSE A;  3D2E B;  2NRH A;  3NE6 A;  4FJN A;  3I0R A;  4PKI A;  2GWK A;  3LZI A;  4MO5 A;  4NCG A;  3ZSQ A;  4BRE A;  2I5J A;  1XC3 A;  4FWO A;  5C0Y A;  3DI6 A;  3NGZ A;  4CJ5 A;  4CJQ A;  3O08 A;  3A5O C;  3TTF A;  2G8V A;  1VSM A;  3WXM B;  3AVG A;  1BO5 O;  2D0A A;  3PIP L;  1U48 A;  2YX6 A;  4ILJ A;  1BIS A;  3AVB A;  3DMJ A;  3NF9 A;  1TKT A;  4RW6 A;  3BZK A;  4CER A;  3ZT3 A;  4PL7 A;  4FJ7 A;  2GEL A;  4CK2 A;  3CJ7 A;  3K5O A;  3ZSY A;  4DSI A;  1C1C A;  2GV9 A;  4NXM K;  3DLL L;  1RT4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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