4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Thermotoga maritima
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
1TKTA 4PQUA 1ASWA 5SWMA 1U04A 4M3YA 4DFJA 1GOBA 4KAZA 1RBSA 2QKKA 2OPSA 3O4NA 2HHVA 1S1VA 4CCHA 3M8PA 3ZSZA 3ZSVA 4B9TA 5T7BA 3ZSXA 2D5RA 3KTQA 2YV0X 2G8HA 4CJUA 3K5MA 4EZ9A 4ID1A 3AVAA 2G8KA 3MXIA 4FVMA 4DSLA 1UA0A 2ITGA 4RW8A 4YFUA 3AA2A 1BISA 1HYVA 1ZBFA 1I3AA 3MEEA 4W5TA 1B92A 3DOLA 4DTNA 2HHWA 1NK4A 2VWKA 3K5NA 4FJ7A 2IDOA 3RWUA 1S9EA 3HM9A 1RBVA 4Z4EA 4F2RA 4DSIA 4RW9A 4WE1A 3VQQA 3VQPA 1D9DA 2JGUA 1HRHA 3JSMA 1NK5A 4CJLA 4DQPA 2AJQA 4PA1A 1D5AA 1RNHA 2X6SA 3NE6A 5J2NA 1YT3A 4DTXA 1KFSA 4ID5A 3LZJA 1KSPA 3UIQA 1HMVA 4J2AA 2RF2A 1SL1A 2O4IA 3CFOA 5I3UA 1WSHA 4CGJA 1F21A 1VK0A 1ZBIA 4HCCA 3QESA 1DTTA 2BE2A 3WNGA 3AVNA 3U3YA 4CF8A 3T1AA 3K2PA 5HRRA 2G8VA 3HP9A 4IFVA 1T7PA 5HRNA 4M45A 1N5YA 5EU7A 1C6VA 4KHNA 1IKXA 1S1UA 3MEDA 4H8KA 3D0PA 1WLJA 3NBPA 3ZSRA 3KK3A 4DTOA 4FZYA 1S5JA 4O44A 3TAGA 2JLEA 4CGHA 4BACA 3T3FA 1Q9XA 4QAGA 1J53A 3I8DA 4W5QA 1ZBHA 4B3OA 3TI0A 1RT7A 4O55A 3VQ8A 1EKEA 3NH1A 1B9FA 3V9ZA 4BWJA 1B9DA 4CJ3A 4CEBA 1BIUA 2Y1IA 2KTQA 1X9WA 2HNYA 2XRIA 4Y1CA 1TGOA 3LWLA 1SKSA 1HYZA 1G15A 3L8BA 4DLGA 1LV5A 5CY4A 1QE1A 3QINA 3OYCA 3DOKA 4IG0A 1NOYA 4KTZA 2OZSA 1L3VA 1RT2A 1RDBA 4O5BA 4FLWA 3VA0A 4E19A 1NK9A 3SNNA 4Z4GA 3RMBA 3KJVA 5DMRA 4B9UA 3NFAA 4E0DA 2FC0A 4LH4A 3NAEA 3EY1A 4KHSA 2HVIA 3C95A 2HHTA 4I2QA 4B9VA 4B08A 4PUOA 4C8MA 2EHGA 4FM1A 3V9SA 1C0UA 1VSFA 4RG8A 3ZT4A 1LWFA 4CJRA 1FKPA 2OPQA 4XIUA 1UWBA 4KFBA 4FM0A 5I42A 3LPUA 1Z25A 5K14A 2HHQA 4HHTA 3THVA 4Z4FA 4FJMA 3OYNA 4AHSA 4E1MA 3DM2A 2ZE2A 1J9AA 1R0AA 4FJ9A 2G8IA 3OYKA 3K57A 5C24A 4BWMA 3PX0A 3QEWA 2KZMA 1NJYA 1IH7A 1TAQA 1L5UA 4J2EA 2VG6A 1VRUA 1Z26A 4DMNA 3S3MA 4L8RB 5CYQA 4OGEA 3DLHA 3D45A 3VQEA 1DLOA 3ZT1A 4LSLA 4CFAA 3PY8A 4FJJA 4FK4A 1S6QA 3V1QA 3V9WA 2BANA 4GVMA 4IKFA 3E01A 3IS9A 3OYLA 1MU2A 3O4QA 4I2PA 1REVA 3NDKA 4DQSA 1Y97A 3ZSOA 3TAEA 3OJSA 4CFCA 3RRHA 4KTQA 2DFFA 2VG5A 3QNOA 3PUFA 2XY6A 1Q8IA 4CE9A 3V6DA 2PYLA 3DLEA 2OZMA 2YHBA 3DLGA 4CJKA 3OYAA 4Z0UA 1CZBA 3AA3A 3LAMA 3L2VA 1C0TA 4N76A 3ZT0A 1X1PA 2IAJA 3OYJA 4DTSA 3KD1E 4FW1A 4AHVA 3AA4A 1U47A 3H08A 3BGRA 1BCOA 3ASMA 3C6TA 3HO1A 3SQ4A 3SPYA 4CFBA 3HT3A 3QO9A 4KRFA 1HNIA 1TKZA 3NF6A 3KKRA 3AO4A 4OKJA 3SQ0A 4Z4CA 4LD0A 2KFNA 3NH2A 4Z4IA 1RBTA 4MFBA 1IKWA 3OVNA 1JLAA 3MAQA 1JLCA 3S3OA 1XWLA 1ZYQA 4FJXA 5KRTA 3VQCA 3HPOA 4FW2A 1TK8A 1XHXA 1NKBA 1NJZA 4JS4A 4F4KA 1BL3A 4DQIA 4CEAA 2EX3A 1ASUA 3PO4A 3CM6A 1VSKA 3OS0A 4LSNA 3OYFA 2E6LA 2D0AA 3F9KA 4DS5A 5FROA 3K5LA 1RTJA 1IKVA 2RPIA 5KTQA 3QIOA 4ZHRA 4OLBA 4FLXA 3RR8A 4E3SA 4CEDA 4BDZA 3B6PA 3VQBA 4JS5A 5J1EA 4DFMA 3AVBA 4I7FA 2F8TA 3CQ8A 3SYZA 1CZ9A 4CIFA 4B9MA 4CF2A 1RDDA 3SI6A 4B9NA 4O0JA 3RTVA 1GOCA 3RRGA 4IG3A 1W9HA 4Q5VA 3L2WA 3RMCA 4CEQA 1RT4A 3RR7A 1RT5A 4CESA 4EP4A 4CJFA 3LPTA 4LY7A 3QEXA 4FJGA 1WSJA 3DYAA 2B4JA 3HVTA 4CGIA 2DFHA 4C8OA 4KI4A 2YNIA 1JL2A 4H4OA 4CGDA 4FJHA 1LAWA 4PWDA 4FCYA 4NYNA 4CK1A 3S3NA 4CHZA 3VQ9A 3TAQA 2OYQA 1S9GA 4HUEA 1UA1A 3VN5A 1U45A 1D9FA 1YTAA 1VSIA 3AVCA 1WSGA 1A5VA 4DTRA 1LWEA 3WNFA 5JS2A 3OYEA 2XO7A 1KFDA 3KLHA 1TK0A 1CXQA 1QTMA 2G8UA 3SUQA 1RDCA 4DQQA 2HHSA 1LWCA 4NCGA 3A2FA 5KRSA 3K59A 3I0RA 2P51A 3OJUA 2OPPA 3OYHA 2Q3SA 3DRPA 4CIGA 4B9SA 4H4MA 2HVHA 3VA3A 4B8CA 1VSLA 4HVJA 3PV8A 1S6PA 3OS2A 3AVIA 2O4GA 1ITGA 3NHGA 4KI6A 1BHLA 3HSTB 3KLFA 3AV9A 3T19A 4FJNA 3OYBA 4Y1DA 3LDSA 4CF0A 4E89A 1EX4A 3RMDA 1UAXA 3O3HA 1KLNA 2HNZA 3DRSA 2QK9A 4B8AB 1VRTA 3L2UA 1SL2A 4UQGA 3K58A 1RILA 4ELVA 3AVGA 4CIEA 4CHQA 4DF8A 2HB5A 2XHBA 4DTPA 1NOZA 1IG9A 5CZ1A 1KTQA 1YVUA 3LP1A 3SCXA 1D8YA 1JLFA 3DLKA 4RW4A 1LW0A 3KLIA 1RTIA 4YNQA 2P5GA 3HPHA 4N47A 3VQ4A 3V9UA 3V4IA 2RKIA 3HP6A 3AA5X 3PX4A 4ZTFA 5JS1A 1BQNA 2FBVA 4RW6A 3LP0A 1QS4A 4KHUA 4FLVA 4HTUA 1T05A 3CYMA 1HYSA 4F2SA 1WSIA 3KLGA 1KVAA 4CEEA 3L2RA 3O3FA 3V81A 4CERA 4BDPA 4FK2A 4W5NA 1TAUA 1S1TA 4AHRA 1U4BA 3TR8A 3VQ5A 5HP1A 4K8XA 3P83D 4J2DA 3WNEA 1HQEA 4CHOA 1TK5A 1JXBA 4FK0A 4NCBA 3U3GA 1WAFA 5KI6A 4E7IA 4HUGA 4CJTA 3QERA 3OYGA 2YNGA 1JKHA 3QEPA 2BGGA 1RT3A 3K5OA 1NK6A 1WAJA 2X6NA 4AHCA 1RT6A 1JLQA 5D3GA 3O3GA 1KCFA 1SKWA 5C42A 4QCLA 2F8SA 2HW3A 1FK9A 5HBMA 1TV6A 3U6FA 3DLRA 3HJFA 3HXMA 3HK2A 1WSEA 4FJ8A 3QETA 3OYIA 1XC9A 2YKNA 3V9XA 3M8SA 3ALYA 4CK3A 3L3VA 3VQ7A 2WOMA 1L3TA 4E7LA 3LP2A 4AHTA 3AVFA 1HJRA 1J54A 1RT1A 4IDKA 4OKEA 1VSEA 4BE2A 1ZBLA 1JLGA 1RCHA 2X74A 2OPRA 3M8RA 1FXXA 3JYTA 3B6OA 1IKYA 4KHYA 4FJKA 4CJ4A 1X9SA 3OS1A 5J2PA 1WN7A 4JLHA 4I9LA 4M3RA 4CJPA 4O0IA 3ULDA 3V1RA 3ZSYA 4CF9A 3AVMA 5J2MA 1C1AA 1XI1A 4DSJA 3DI6A 3I0SA 3LZIA 3F73A 1SL0A 3TABA 5J2QA 3QNNA 4OPKA 2P1JA 3MECA 2FBXA 3TAPA 4M3ZA 2YNFA 4LH5A 5HRPA 5FDLA 2X78A 5C25A 4C8NA 3OYMA 4ZTJA 3MXMA 1A5WA 1LW2A 2FBYA 3MEGA 3CG7A 3LANA 5SZTA 1J5OA 4FJIA 1C1CA 2HNDA 2G8FA 4KV8A 4DTUA 2PY5A 4FLTA 4N5SA 1VSMA 2Z1HA 4EZ6A 5FRMA 1SUQA 4AILC 4M42A 3TARA 3NF8A 4W5OA 3QIPA 3HL8A 4FLZA 4DFPA 4KB1A 1BCMA 1RBRA 3AO2A 3P1GA 4M3TA 5HRSA 4N41A 2I5JA 4KO0A 3SZ2A 4BDYA 4MQ3A 3NGZA 3CM5A 4Z4HA 1TKXA 1U49A 3KLEA 4FM2A 2KW4A 2ZD1A 3SQ1A 4OJRA 2VG7A 3KKSA 3AVKA 4JRPA 1T03A 4ICLA 2PYJA 1RTDA 4FJ5A 2R7YA 2IC3A 4FZZA 3HVRA 4B9LA 3SUPA 1QSLA 3ISNC 4N56A 3TWHA 4E7JA 3SUOA 4OGCA 1L3SA 4CJQA 1KRPA 1LAVA 3NCIA 4DSEA 1I39A 4E1NA 1TKDA 2ZQBA 4CFDA 1NK7A 3NGYA 1DTQA 3KD5E 2BDPA 3L2QA 3OY9A 4Q0BA 2QXFA 4BE1A 4W5RA 1HQUA 1RTHA 4CHYA 5FRNA 2KFZA 2HHUA 4EP5A 3QEIA 3NH0A 4ELTA 4IFYA 1BI4B 4OPJA 3LALA 3DRRA 3AVLA 3ZT3A 4KPYA 2DTUA 3FFIA 3WNHA 3VQ6A 3SV3A 1TVRA 4HCBA 3HYFA 3MXJA 1L3UA 2KZZA 5KGWA 3BDPA 5HLFA 3AVHA 3ZCMA 4BE0A 4FLUA 3SQ2A 1N6QA 4KB0A 2QKBA 1W0HA 2HMIA 5CYMA 3IRXA 1NKEA 3PO5A 1JL1A 3KIOA 4RW7A 4AHUA 1NJXA 1KVBA 2Z1IA 3L3UA 2PZSA 1HPZA 3ZSWA 1BGXT 4C8KA 1U48A 4CJ5A 1QHTA 3SUNA 3QEVA 4DG1A 2A1SA 4OKKA 2HHXA 4NYFA 4FXDA 1TL1A 3CFRA 1KVCA 4CGFA 3IG1A 3HPGA 2FBTA 5E41A 4CEFA 3NGIA 1SV5A 2Z1JA 1HNVA 4DFKA 4HUFA 3LP3A 4QOZB 1BQMA 4TSXA 4CJVA 3AO1A 4DU4A 1T8EA 4CF1A 2IGIA 4DTJA 1SKRA 3C6UA 2DY4A 2WONA 1CLQA 3V1OA 1NKCA 3TAFA 2NUBA 4OLAA 2Z1GA 4FYDA 5DK5A 3S9HA 4F8RA 4CECA 4DF4A 3AO3A 2B6AA 2RN2A 2YKMA 1S1WA 4R5PA 2A1RA 4M3WA 1IO2A 3AO5A 4KTWA 3NF9A 1JXEA 4E7KA 3C94A 1QQCA 1CXUA 1X9MA 4CJSA 4DSFA 3G10A 4M41A 4JRQA 1RDAA 2OA8A 3CFPA 4DU1A 2KQ2A 4KKOA 2IS3A 3OYDA 4KHQA 4CJWA 1BI4A 1ZBUA 4DU3A 2D0BA 4O4GA 3RMAA 4CEZA 4J2BA 2IOCA 4F3OA 4IBNA 3M8QA 1RBUA 4NCAA 1NK8A 4F3TA 3SV4A 2E6MA 1C1BA 1EXQA 1GOAA 1K6YA 4KHWA 4CHNA 4DWIA 1YTUA 3EZ5A 1VSJA 1WSFA 2F96A 3LAKA 2ETJA 4CK2A 4FZXC 1UOCA 2B5JA 3ZT2A 4CGGA 1NJWA 3NF7A 1A5XA 1FKOA 1KLMA 1VSHA 2XY8A 4E7HA 2Y1JA 3SPZA 3DLBA 4G1QA 4PY5A 5CZ2A 2W42A 2VWJA 1Q9YA 1EETA 5KGXA 2XY5A 3AVJA 4KREA 3QLHA 3TANA 3VQDA 3LWMA 1S1XA 2DFEA 2P5OA 3DMJA 3P5JA 4DSKA 1C0MA 4DTMA 1XHZA 4FLYA 1JLBA 4DLEA 4CEOA 2G8WA 1BIZA 4C8LA 3ZSQA 2LSNA 3PX6A 2GBZA 3ITHA 3VQAA 3SJJA 2E4LA 5HROA 2D0CA 4OVLA 4GW6A 4AH9A 4DS4A 1JLEA 2GV9A 4CJEA 4DQRA 1ASVA 1VSDA 1WNSA 4M3XA 4FJLA 4ELUA 2YNHA 1TL3A 3KK1A 1EP4A 2ATQA 1QSSA 4M3UA 2YHAA 3IAYA 3G0ZA 4I9QA 1NK0A 2GUIA 4K8ZA 1O1WA 4CHPA 4GMJB 3TAMA 3EYZA 1QSYA 2XY7A 3KK2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TKTA 4PQUA 1Z05A 3TTCA 3WXLA 4O8UA 1BU6O 3CCVN 2OPSA 3G4SN 4CCHA 2P9IB 2GX9A 2D5RA 4CJUA 4ID1A 2E1ZA 4DV0K 4RW8A 3AA2A 1NGIA 1ZBFA 1TUUA 3O1WA 3DOLA 1NK4A 3K9JA 3K5NA 4QS7A 3M6GA 3JSMA 1NK5A 4CJLA 4IEIA 2X6SA 5J2NA 3KVGA 4E1JA 4ID5A 3UIQA 4J2AA 2GEMA 3E9PA 2RF2A 1BDGA 5I3UA 1WSHA 3QESA 3EO3A 3AVNA 3K2PA 4B1XB 5HRNA 2W41A 3BF1A 5C10A 3D0PA 4FZYA 3ZSRA 1S5JA 4O44A 2JLEA 2FSNA 4QAGA 1J53A 2P9NA 3TI0A 1RT7A 4O55A 3VQ8A 3SBGA 2UYTA 5GAHP 1QZ6A 1ATRA 1X9WA 5E26A 2XRIA 1HYZA 1LV5A 3G25A 4FWRA 4JI3K 4FLWA 1NK9A 3D6RA 1D4XA 3IMXA 5AQZA 4BRHA 3KJVA 3NFAA 4LH4A 4KHSA 3N4QA 2HVIA 1VQ6N 4B9VA 3ZYYX 1C0UA 1VSFA 1FKPA 5M1QA 4KFBA 1NJIO 1Z25A 4GY2B 5K14A 4HHTA 2J4RA 4Z4FA 4FJMA 4AHSA 4KBOA 2G8IA 4JKCA 4H5RA 3CJ9A 1NJYA 3AGRA 4ILHA 1RGIA 1VRUA 3ZX3A 3DLHA 3VQEA 1DLOA 4LSLA 4CFAA 3PY8A 4FK4A 1S6QA 3E01A 1MU2A 1V4TA 3ZSOA 4KTQA 4CFCA 4H5TA 5TKWA 3QNOA 2FLOA 1Q8IA 3MX5A 3LAMA 4YOYA 2GUPA 4N76A 3ZT0A 2IAJA 3LDPA 1OVQA 3AA4A 3P31A 1U47A 3ATUA 2KLAA 4IJAA 3C6TA 3CJCA 3SQ4A 3HT3A 3NF6A 4Z4CA 3M1FA 3LL3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TKT A;  4PQU A;  1Z05 A;  3TTC A;  3WXL A;  4O8U A;  1BU6 O;  3CCV N;  2OPS A;  3G4S N;  4CCH A;  2P9I B;  2GX9 A;  2D5R A;  4CJU A;  4ID1 A;  2E1Z A;  4DV0 K;  4RW8 A;  3AA2 A;  1NGI A;  1ZBF A;  1TUU A;  3O1W A;  3DOL A;  1NK4 A;  3K9J A;  3K5N A;  4QS7 A;  3M6G A;  3JSM A;  1NK5 A;  4CJL A;  4IEI A;  2X6S A;  5J2N A;  3KVG A;  4E1J A;  4ID5 A;  3UIQ A;  4J2A A;  2GEM A;  3E9P A;  2RF2 A;  1BDG A;  5I3U A;  1WSH A;  3QES A;  3EO3 A;  3AVN A;  3K2P A;  4B1X B;  5HRN A;  2W41 A;  3BF1 A;  5C10 A;  3D0P A;  4FZY A;  3ZSR A;  1S5J A;  4O44 A;  2JLE A;  2FSN A;  4QAG A;  1J53 A;  2P9N A;  3TI0 A;  1RT7 A;  4O55 A;  3VQ8 A;  3SBG A;  2UYT A;  5GAH P;  1QZ6 A;  1ATR A;  1X9W A;  5E26 A;  2XRI A;  1HYZ A;  1LV5 A;  3G25 A;  4FWR A;  4JI3 K;  4FLW A;  1NK9 A;  3D6R A;  1D4X A;  3IMX A;  5AQZ A;  4BRH A;  3KJV A;  3NFA A;  4LH4 A;  4KHS A;  3N4Q A;  2HVI A;  1VQ6 N;  4B9V A;  3ZYY X;  1C0U A;  1VSF A;  1FKP A;  5M1Q A;  4KFB A;  1NJI O;  1Z25 A;  4GY2 B;  5K14 A;  4HHT A;  2J4R A;  4Z4F A;  4FJM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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