4HHTA

T. maritima rnase h2 g21s in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
229
structure length
220
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEASRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSRLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKSVVFRKER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNase H2 roles in genome integrity revealed by unlinking its activities.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Thermotoga maritima
total genus 75
structure length 220
sequence length 229
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hhtA00
1HNVA 2ATQA 1U45A 4FZYA 1KFDA 4KRFA 3V81A 5SWMA 3LALA 3NBPA 1NOYA 3HL8A 2XY8A 4DS4A 4BE0A 1HNIA 4YFUA 4KKOA 3TAMA 3LAKA 4G1QA 4F8RA 2HMIA 4IG3A 2F8SA 1HYZA 1D8YA 2KTQA 3RMAA 2OZMA 2HW3A 1IO2A 3O4QA 3VQQA 4CJWA 3V9SA 3SV4A 3IRXA 5D3GA 2KW4A 2Z1IA 2VG5A 3CFOA 4EP5A 2OYQA 3C94A 3VQPA 3HPGA 4O55A 1S9EA 3U3GA 4DU4A 3VQ8A 1UA0A 3ALYA 1JLAA 4CCHA 5HROA 4JS5A 5J2MA 1KFSA 2ITGA 4DTSA 3G0ZA 3O3HA 2QXFA 1KSPA 3V9UA 3HK2A 2PYJA 4C8MA 2YKNA 4Y1CA 4DSEA 3QETA 2E6MA 1SKRA 3ZT0A 3L8BA 2G8HA 4B9NA 1S6QA 3NH1A 3NHGA 5HRSA 4DWIA 1RT2A 1RT6A 2E6LA 3AVLA 4BDYA 1RILA 3LPUA 3QEWA 3HVTA 1S5JA 4JLHA 1IKVA 3C6UA 4LH5A 3AO1A 4IFVA 4CEBA 5KTQA 2OPPA 1SKSA 1TK5A 1D9FA 4HCCA 3RRGA 1HRHA 2R7YA 2YKMA 3K5OA 4BWMA 4CGHA 4O0JA 4AH9A 1BQNA 3ZT4A 3OYMA 3QNOA 3RMCA 4IKFA 3TABA 1KVAA 1LAWA 1BCMA 4HUEA 4W5RA 2VG6A 1TV6A 1VRUA 2FBTA 3NGYA 3OYFA 2ZE2A 1TK0A 1JL2A 1S6PA 2B4JA 3OYJA 2QKBA 1HYSA 2HNZA 4H4OA 1HPZA 3VA0A 4KI6A 4FLUA 4TSXA 2G8FA 2FBXA 2ZD1A 4ICLA 4DQSA 2LSNA 2G8UA 4FJXA 4DU3A 1YT3A 1VSKA 4CK2A 3T1AA 4HUFA 1A5VA 3P5JA 3HO1A 4M45A 4DSFA 3ZSYA 1DTTA 1N5YA 3OS1A 3OYDA 1LWFA 2KQ2A 1S1TA 3U6FA 1CZBA 3KD1E 3HPHA 1BL3A 1S1VA 1ASVA 1W9HA 4MFBA 4NYNA 1CLQA 3AA3A 4CHZA 3CM6A 4CHQA 4FJ9A 1C1AA 3V6DA 4ELVA 4M3TA 4IG0A 5HRRA 4B8CA 4OGEA 5I42A 3VQAA 1VSIA 4E0DA 1TKZA 4HCBA 2W42A 3QEIA 5J2PA 1VSLA 1A5XA 4O0IA 2YNHA 4UQGA 1KVBA 1S9GA 1U04A 1XHZA 1QSLA 2HNDA 4FLYA 4FM2A 4HTUA 4FJMA 1JKHA 3LP2A 4OPKA 3KK1A 3M8PA 1J5OA 1ITGA 1NKEA 3FFIA 1JLGA 3AVKA 2Z1JA 3A2FA 1NK7A 1LWCA 1T7PA 1RNHA 3DM2A 3TARA 3THVA 4DTMA 4FJNA 4DTRA 1NK4A 4KHWA 3NF9A 2PY5A 1J54A 1KRPA 4KI4A 4FJKA 4H8KA 1NKCA 2IOCA 4CJLA 3AVNA 1NK9A 2HHWA 4GW6A 4CF1A 1I3AA 3TAGA 2KFZA 1RTHA 2GV9A 4CJQA 4KB1A 1B9DA 4F3TA 1SKWA 4GMJB 4OLAA 4BE2A 2D0BA 4C8OA 2XRIA 1W0HA 4B8AB 3HSTB 4B08A 3MAQA 4B9TA 2P5GA 1SL1A 4B9UA 4KTZA 3V1RA 4CJ3A 1CXQA 3K5MA 3MXMA 2YNFA 3G10A 3OVNA 4RW6A 3WNHA 4FLZA 4DQRA 1TKDA 1L3VA 4ELUA 3TI0A 3AVGA 3DLEA 4CEEA 3KLFA 2HVIA 2YNGA 4M3UA 1RBVA 4FM0A 3TANA 1UAXA 1QQCA 2IGIA 3LP0A 1BIZA 3UIQA 2FBYA 1VSDA 1QSYA 4OLBA 3MEGA 2XY5A 3AA2A 3U3YA 1UOCA 4WE1A 3MXJA 3ZT1A 2DFEA 1T03A 4AHUA 3TAQA 2EX3A 1L3SA 1RT5A 2VWJA 3OYHA 1S1XA 4E7IA 3SQ1A 3MXIA 2Q3SA 5KRSA 3ULDA 3S3NA 1YVUA 4C8KA 1C0MA 3KD5E 1EP4A 1I39A 4CFBA 5C25A 4Q0BA 1EXQA 1IG9A 4DFKA 2WONA 4JRPA 3V9ZA 4CK3A 1VSEA 3RMDA 4NCBA 3SUOA 4OVLA 3T3FA 5HRNA 4QCLA 2A1SA 1A5WA 4PQUA 4CEAA 3LPTA 4DTOA 3AVIA 4CGFA 4O44A 3JYTA 1KTQA 4DTJA 1D9DA 4B9MA 4FJLA 1S1UA 1X1PA 4XIUA 3TWHA 3SQ4A 1Q9XA 3V4IA 3LZJA 1TKXA 4CJPA 2BE2A 2G8KA 1GOCA 2Z1GA 4CERA 4Z4CA 1JLFA 3SJJA 4FJJA 2E4LA 4CEZA 1NJXA 3HP9A 3O3GA 2QKKA 3PO5A 1WLJA 1JXEA 1TL1A 3D45A 3PV8A 4ZTFA 4N41A 4M3ZA 1ZBFA 2I5JA 3NGIA 3WNGA 3BGRA 4Q5VA 1JL1A 4OGCA 4B9LA 4OPJA 4W5NA 2HHSA 3ZSZA 1RBUA 3QNNA 4KTQA 1QHTA 3HYFA 4PUOA 4KO0A 4FCYA 3TAPA 1RDBA 2OPQA 4C8NA 4CJ4A 3K59A 1XI1A 3OYIA 1LWEA 1RDCA 3AVFA 4AHVA 3SUPA 4ELTA 3L3VA 5FROA 3SUNA 1ZBLA 3QO9A 4AHSA 3NDKA 3VQEA 4ID1A 4DQPA 3AVMA 1NK0A 2GUIA 3S3OA 1X9WA 4DSIA 3ZSQA 1SUQA 2NUBA 3F9KA 2G8IA 1ZBUA 3DRRA 4LSLA 3SQ2A 2JLEA 5DK5A 4K8XA 2Y1IA 3LAMA 2RPIA 2AJQA 2BANA 4B9SA 3L2VA 4DQQA 3QEPA 3OYKA 1WSGA 2XO7A 2KZMA 2JGUA 1L5UA 3CFPA 4CF0A 2F8TA 1C0UA 1RT1A 3I8DA 2GBZA 3AO3A 1L3TA 1RBSA 1JXBA 4KFBA 1X9SA 4CF2A 1YTAA 1JLQA 1KCFA 5K14A 1HQEA 2RF2A 3LP1A 2XHBA 3KLIA 4F3OA 4M3YA 1J9AA 3OJUA 3MEDA 4KHSA 4I9LA 3SNNA 1FKPA 3VQ7A 2F96A 4FLWA 1WSJA 1C1BA 1KLMA 4CE9A 3EY1A 4DFJA 3OS0A 3SPYA 4FJ8A 1S1WA 1RCHA 3NFAA 3I0RA 5I3UA 3QINA 1NK5A 3K2PA 3VQ9A 4E89A 4KV8A 3HXMA 5C24A 2OA8A 1VK0A 3CG7A 1QSSA 2D5RA 3JSMA 2B5JA 4RW7A 3O3FA 3AV9A 1T05A 3AA4A 3SYZA 2FBVA 2O4GA 2OPRA 4AILC 3IAYA 2YNIA 1FXXA 1HJRA 3KK3A 3V1OA 4FW2A 3LDSA 4FW1A 2VWKA 4ID5A 4DTXA 1U49A 4CK1A 4DF4A 2HB5A 1ASWA 3QLHA 3KJVA 3I0SA 4DSLA 2RN2A 2HHQA 3ITHA 1WN7A 1XWLA 5SZTA 4B9VA 4E7LA 4BDPA 4M3XA 5CYQA 3M8QA 5FRNA 1X9MA 4IDKA 4J2DA 4E1NA 1ZBHA 4E3SA 2BDPA 4DSJA 5J2QA 3L2QA 1KVCA 2EHGA 3RMBA 4F2RA 3L2UA 3KK2A 2HNYA 4ZHRA 3NF7A 4K8ZA 1R0AA 4CGIA 3EYZA 3P1GA 3K5LA 2DY4A 1UA1A 1BI4B 1RT7A 3OYEA 4CFCA 1BIUA 4DMNA 1TVRA 3LZIA 1BGXT 2VG7A 4BDZA 4CECA 4Z4GA 5EU7A 3HJFA 4QOZB 4M41A 1N6QA 2HHVA 3VQCA 4I2QA 4CHPA 1YTUA 1QE1A 2XY6A 3OYBA 4PY5A 4HVJA 2A1RA 4KB0A 1DTQA 4RG8A 4CEDA 1JLEA 4ZTJA 2P51A 3DOLA 3OS2A 3VQDA 3PX0A 4J2EA 1REVA 5JS1A 4H4MA 2OPSA 3QERA 3RWUA 4FJ7A 1RBRA 3NF6A 3KTQA 1D5AA 4CF9A 2HHUA 1VSMA 4BWJA 2IC3A 3HT3A 4CIGA 1QTMA 2PYLA 4M3RA 5CZ1A 4FJ5A 1IKYA 1NKBA 5HP1A 4FXDA 3D0PA 2KZZA 4B3OA 4DS5A 1WAFA 4DTUA 2Y1JA 4FLVA 4N76A 5J1EA 4DU1A 4CHNA 3V9WA 5DMRA 3DRPA 1LV5A 4DSKA 4DLGA 1IKXA 4EZ9A 1Q9YA 4E1MA 1WSHA 4CF8A 3HVRA 3K5NA 2DFHA 3QEVA 1UWBA 3ZSRA 3PX4A 2X74A 3DLHA 1XC9A 4CJEA 3SQ0A 1NJWA 2KFNA 1HMVA 2IDOA 5CYMA 4CEOA 5J2NA 5E41A 3ISNC 1VSJA 5T7BA 3DLGA 4CJKA 1WSIA 4I7FA 5CY4A 3TAFA 1TL3A 4C8LA 3RR8A 3WNEA 3LP3A 3SI6A 1C6VA 1BISA 3QESA 1NJZA 4N56A 4PA1A 4W5QA 1U4BA 2P5OA 4M3WA 3ZSXA 1EX4A 4FJIA 2HHXA 1O1WA 4W5TA 3CYMA 3ZT2A 3KLGA 3ASMA 4RW9A 3SUQA 1JLBA 4I2PA 1FKOA 2XY7A 3VA3A 3LANA 1EKEA 3MEEA 1NOZA 3AO5A 4RW4A 1BHLA 4E7HA 2D0AA 1Z25A 3OYLA 4NCAA 1U48A 4DTPA 5HLFA 1SV5A 1FK9A 4DFMA 1ZYQA 4CFAA 4DQIA 3RR7A 3BDPA 4DLEA 4MQ3A 3NH2A 3ZSWA 3DYAA 1L3UA 4BACA 4NCGA 1WSEA 2DFFA 3PO4A 1WSFA 2YHAA 5HBMA 4F2SA 2X6NA 4Z4IA 1WAJA 4CIEA 3B6PA 1IKWA 4JS4A 5KGWA 4FLXA 3V9XA 1WNSA 1EETA 1G15A 3QIOA 3OYGA 3SPZA 3VQ4A 3T19A 4F4KA 4FYDA 2B6AA 4O5BA 3VQBA 4OKEA 3L2WA 1HYVA 1LW2A 1NK6A 3DRSA 2Z1HA 1Q8IA 1MU2A 1NJYA 4Z4EA 2RKIA 4FK2A 3SV3A 1B92A 3NH0A 1VSHA 1TAQA 2YHBA 4LD0A 4CJUA 4E19A 1C1CA 5CZ2A 5KI6A 3PX6A 4HHTA 3M8RA 1U47A 1TK8A 3NGZA 3HP6A 4J2BA 3DLRA 4CGJA 4OKKA 2D0CA 3EZ5A 1TGOA 3DLKA 1TKTA 4CFDA 3OYCA 3HM9A 4Z4FA 4KTWA 4Z0UA 4E7KA 2WOMA 1C0TA 1LW0A 3KKRA 4AHTA 3KKSA 4IBNA 4FM1A 5FRMA 1NK8A 2HVHA 3LWLA 4KHQA 3B6OA 4CJFA 3QIPA 4DG1A 3CQ8A 4Z4HA 2OZSA 4FZXC 4E7JA 4DF8A 3IG1A 3O4NA 1RBTA 3DMJA 4LY7A 3CFRA 1RT3A 1GOBA 1BI4A 1KLNA 1RDDA 3E01A 3M8SA 3S9HA 4KHNA 3AVJA 4FK0A 4KAZA 2QK9A 2DTUA 3AVBA 4N47A 3VQ5A 3KIOA 4CJTA 2YV0X 4LH4A 1IH7A 3H08A 3RRHA 1RT4A 3AA5X 2IAJA 3ZSVA 4IFYA 3MECA 2X6SA 3NE6A 3OYNA 1SL2A 4M42A 4CJ5A 1CXUA 5KRTA 4DFPA 3P83D 4OJRA 3L3UA 2ZQBA 3ZCMA 4YNQA 3K58A 1TAUA 1K6YA 2IS3A 1Z26A 3C6TA 3KLHA 3DLBA 1RDAA 4PWDA 4RW8A 3VN5A 5HRPA 3L2RA 4KPYA 1VRTA 3PUFA 2P1JA 4CGGA 4NYFA 3KLEA 4KHUA 2G8VA 4KHYA 5C42A 2O4IA 1RTIA 4CHOA 3VQ6A 2ETJA 3AO4A 3OJSA 3DOKA 3F73A 3WNFA 4I9QA 4JRQA 4J2AA 1DLOA 5FDLA 1BQMA 3ZSOA 4DTNA 4KREA 3AVCA 3NAEA 3SCXA 3K57A 4R5PA 1SL0A 3AO2A 4L8RB 4AHCA 3QEXA 3TAEA 4CHYA 3AVHA 1ASUA 3C95A 3IS9A 4W5OA 4FK4A 4OKJA 3AVAA 1RTDA 3OYAA 2X78A 4QAGA 4CIFA 3SZ2A 3HPOA 1T8EA 1JLCA 1QS4A 1XHXA 4FZZA 4HUGA 4AHRA 4FJGA 5JS2A 1HQUA 4CEFA 1GOAA 4CESA 4BE1A 1J53A 1VSFA 2HHTA 1BCOA 4O4GA 4CJVA 4CJRA 4N5SA 3NCIA 1LAVA 2G8WA 3PY8A 4CGDA 3DI6A 4EP4A 4EZ6A 1ZBIA 4GVMA 5KGXA 1RTJA 1F21A 2PZSA 4FVMA 4FLTA 4LSNA 4CJSA 3LWMA 3OY9A 3CM5A 4Y1DA 3V1QA 4CEQA 2BGGA 1Y97A 3TR8A 3S3MA 3RTVA 1CZ9A 3NF8A 1B9FA 4FJHA 3ZT3A 2FC0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEOA 3MX5A 5LMNK 1HNVA 3V81A 5JVHL 5SWMA 1BG3A 4YFUA 3VTHA 3TAMA 4G1QA 2HMIA 2F8SA 4K42A 1D8YA 3RMAA 2OZMA 1IO2A 3O4QA 4FOIA 5AQUA 3HPGA 5BPLA 5HROA 1ATNA 2P9NA 5GIPA 4CW7B 4C8MA 3QETA 3L4IA 3M3ZA 5AQSA 3ZEUB 3CJ9A 2FSJA 1N8RO 5TKYA 5HRSA 1RT6A 3AVLA 2KFZA 1RILA 3HVTA 3FR0A 4LH5A 1MDUB 3C6UA 4CEBA 4HCCA 3RRGA 4BG9A 2Q31A 2NRTA 4O0JA 3ZT4A 1KVAA 1BCMA 4H5VA 5AQZA 1TK0A 1GLJO 3AAPA 3O4WA 2QKBA 2HNZA 2P9IA 1KQSM 1HPZA 4M7XA 2KLAA 4NO7A 4DHYA 2FBXA 2V7YA 2ZD1A 4ICLA 2E2PA 4DU3A 4DSFA 3ULEA 1N5YA 3U4LA 4B1UB 3L0QA 4BRDA 1RDWX 4H0VB 1YJNN 1CLQA 4CHZA 2ZGYA 4ELVA 4IG0A 5HRRA 5I42A 4HCBA 4FWLA 4UQGA 1XMOK 2HNDA 1MWMA 4FM2A 1JKHA 3LP2A 3C6HA 4BR4A 4PKIA 1OVYA 1E4GT 5BRDA 4LF8K 2FXUA 3TARA 4KHWA 3NF9A 4KI4A 1XMQK 1NKCA 4JK7A 3MMVA 2KKZA 1NK9A 2Q2RA 4GW6A 1I3AA 4CJQA 4BE2A 1S22A 2W41A 2XRIA 3HSTB 4B9TA 4KTZA 3V1RA 4IXCA 2YNFA 4RW6A 4ELUA 2HSTA 3EL2A 3DLEA 3KLFA 1ESVA 2CGJA 4M3UA 3U8XA 3LP0A 3WXMB 3RVCA 3UIQA 1NMNA 1VSDA 4MO5A 3AA2A 1UOCA 4FWPA 3THYB 3MXJA 3CQXA 1RT5A 2VGMA 4JD2B 5BRHA 2Q3SA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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