4HUGA

Structure of 5-chlorouracil modified a:u base pairs
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability and function of 5-chlorouracil modified A:U and G:U base pairs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-11-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hugA00
1RBSA 2BGGA 1O1WA 2HHTA 3RMCA 1RT3A 2OPQA 1QHTA 3PX6A 3SQ4A 3VQ9A 1A5WA 1KFSA 1D8YA 2F8TA 3CFOA 4BDYA 3O3GA 1HPZA 5EU7A 4KHQA 4TSXA 1UOCA 1SV5A 3RTVA 3SV3A 2VG7A 2X74A 4H4MA 3KLGA 4M3UA 4K8ZA 1IH7A 4KKOA 1C0MA 3PO4A 2D5RA 2RPIA 1RDDA 3RWUA 1JLGA 3LPTA 2I5JA 4W5NA 3SPZA 4DQIA 2E4LA 2DFFA 4GW6A 1DTTA 1ITGA 1L5UA 4M42A 2X78A 3IRXA 3NGYA 4CF0A 4AILC 2HHXA 1SKSA 3L2UA 1U04A 4IBNA 1X1PA 1Q9XA 4CESA 4KHWA 4KB1A 4DQSA 2B4JA 4Q0BA 3K5LA 5FRNA 3LAMA 3NH2A 3BGRA 4CIEA 3O3HA 1TKTA 3WNEA 1X9WA 4Y1DA 2BDPA 1S9EA 3AA4A 4O0IA 3PV8A 1S6PA 1ZBUA 2G8IA 1KVBA 1VSMA 3D45A 4DSKA 3SZ2A 4E3SA 1QSSA 4FJ7A 1RT4A 4CEBA 2Z1GA 1QSLA 2HHVA 1CXQA 1DLOA 2OPPA 3B6OA 4IFYA 4OJRA 4WE1A 3SYZA 1EP4A 4UQGA 3HYFA 3TAMA 3AVIA 4CEEA 4CJVA 4CK3A 3SI6A 1RBRA 2YHBA 4IG0A 2FBVA 4FW2A 4C8NA 4M3YA 3ITHA 5JS1A 4ZHRA 4F2SA 4J2AA 3O4QA 4B8AB 3LP2A 1FXXA 1LAVA 2HHWA 1WLJA 1JXBA 4MFBA 2QK9A 4HUFA 4KV8A 2FBYA 3C6UA 3AA3A 3T19A 3VQCA 2A1RA 1BQMA 1JLQA 3ZSRA 4BE2A 3TAPA 4N76A 2DY4A 3KKRA 4GVMA 1HMVA 4ELTA 4E7KA 4E1MA 4JS4A 3NFAA 3HT3A 1VSFA 3SUOA 1ZBLA 1XI1A 4F4KA 1Y97A 3LP3A 4BWMA 4DU4A 5KRTA 2PY5A 3OS2A 1VSLA 2HB5A 3VQ5A 1BCMA 5D3GA 1TL3A 3LZJA 1KTQA 2WONA 1NK0A 3VA3A 4DF8A 4N41A 1MU2A 4DQQA 3DRSA 3L8BA 1J9AA 4HVJA 1QTMA 3QNOA 1U48A 1JL1A 3VQQA 2XY6A 4CF8A 3NDKA 1TK5A 4FLYA 3U3GA 4DSIA 3P1GA 1Q8IA 3NGZA 1RDAA 3QO9A 4CJQA 4FJJA 4KI6A 3KK1A 4KHYA 3HP6A 3SJJA 1RNHA 2PZSA 4E7HA 1L3VA 3ZSVA 3CFRA 3V9ZA 3SQ2A 2HVIA 1J54A 4CHQA 5HRNA 1C0TA 3MXMA 2HW3A 3NF6A 3PUFA 3T1AA 4AH9A 4JRQA 4M3RA 3ZSQA 3ZSZA 5C25A 2YNFA 3NAEA 2P51A 3LWMA 4B9TA 4Z0UA 1S1XA 2W42A 2FBTA 4Z4CA 3KK3A 1J53A 3THVA 4DTNA 1JLBA 4BDZA 2FC0A 4ELVA 4QOZB 2JLEA 1D9DA 2JGUA 3KIOA 1N5YA 3S3NA 1HQUA 3K5MA 3VQAA 3LDSA 4KAZA 3QIOA 3DLHA 3CQ8A 1KSPA 3DM2A 3SNNA 1N6QA 2IC3A 1LW0A 4CHYA 3D0PA 4DLGA 3OJUA 1QQCA 1X9MA 3SCXA 1UA1A 4RG8A 1CXUA 4FLTA 4ICLA 3S3OA 4F2RA 4FJLA 1WAFA 3L3VA 4KTQA 4KRFA 4FJKA 4DWIA 2RKIA 4PWDA 5HRPA 3CYMA 3MXJA 1RBTA 4B3OA 3LAKA 1LW2A 3OS1A 3OYMA 1LAWA 3SV4A 4Q5VA 4JLHA 2XO7A 1HRHA 1ASWA 3T3FA 1YTAA 4CHZA 2OPSA 4NYFA 3KK2A 4FLZA 4FLVA 1JLAA 4NYNA 3VQDA 3NH1A 4DU1A 3QEPA 1NK9A 1KLNA 5CY4A 4FZZA 4DQPA 3U3YA 1REVA 5HBMA 1SKWA 4LSNA 3MEEA 3V9XA 2HHUA 3C6TA 3AA5X 4E1NA 1VSDA 3M8RA 4E89A 5CYQA 4DU3A 1NJZA 1BI4A 2DTUA 4KHNA 4KTWA 3ULDA 4FJNA 4R5PA 4CHPA 3I0SA 3RR8A 2ZE2A 3PX4A 4FJXA 3MEDA 1JL2A 1JXEA 1RTDA 4CJPA 4M3WA 1S1WA 3HJFA 3RR7A 3SQ1A 3QINA 1NJWA 3VQEA 1FKOA 3VQ6A 2E6LA 3DRRA 2PYLA 3DRPA 2KFNA 4CF9A 4M45A 2GV9A 2XRIA 3ZT0A 2KZMA 4OKKA 4LH4A 4KREA 3L2WA 4CIFA 4EZ9A 4CJ3A 2O4GA 2HMIA 4ID1A 1XHXA 3V9SA 2YHAA 3AVKA 4NCGA 3V1QA 2VG5A 4B8CA 1BIZA 2X6SA 1BISA 4CJ4A 3OYEA 3SUQA 1BI4B 3OYJA 2KQ2A 4OKEA 4LY7A 1WSJA 2XHBA 1KCFA 1U47A 2F8SA 3RMBA 1JLFA 3HVTA 4RW8A 3K5NA 1RCHA 1FKPA 1UAXA 4CFCA 1NK6A 1U49A 3OVNA 4OKJA 4OLBA 2QXFA 4DQRA 4Z4EA 2IGIA 3ZT1A 1DTQA 4DSLA 3ZSOA 1SL1A 1L3SA 3ZSXA 1KVCA 3V9WA 2AJQA 4E7JA 1FK9A 4JS5A 3QEIA 2XY8A 1S1UA 5C24A 5JS2A 4CK2A 5J2NA 1J5OA 1UWBA 4LSLA 3KLFA 4HUEA 3AVFA 1SL0A 1KFDA 3IAYA 4M3ZA 3K2PA 5KGWA 4FLWA 4DTOA 1CLQA 1GOBA 4RW9A 1RTHA 1UA0A 4FM0A 3CM5A 3F9KA 5HROA 3AVMA 4H8KA 4FLXA 4B9SA 4Y1CA 2Z1HA 4ID5A 3KLHA 1L3TA 1C1BA 3P83D 4C8LA 4E19A 3DLRA 5T7BA 3VA0A 1LWCA 3AVLA 3ZT4A 3RRHA 5J2MA 3QNNA 3L3UA 4CERA 1TAQA 1A5VA 4CJUA 4I7FA 4OPKA 4BWJA 1NKBA 2RN2A 1IO2A 1GOCA 1RT6A 1SL2A 1BQNA 1TGOA 1IKVA 5FDLA 1TKDA 1WN7A 2OZSA 3C95A 1EX4A 4KPYA 1ASVA 2YNGA 3G10A 4KFBA 1JLCA 5E41A 1RBUA 5KGXA 3LP0A 3ZT3A 3JSMA 2IAJA 2R7YA 4CEZA 3HSTB 3QEWA 1Q9YA 2G8WA 4FJIA 1HNVA 4C8OA 1BL3A 4ZTFA 2G8UA 4QAGA 3TR8A 3V4IA 1GOAA 5HRRA 3WNFA 3OYCA 5SZTA 3OYKA 4OPJA 2B6AA 2XY7A 1XHZA 3DLBA 3QESA 1VRTA 4FJ5A 4HTUA 3DYAA 4DFKA 3QIPA 3RMAA 1IKWA 4Z4HA 4F3OA 2A1SA 4CHOA 3HO1A 1KLMA 3TWHA 4FJMA 4FJ8A 4N5SA 3AVHA 3G0ZA 3SUPA 1BIUA 1TK0A 4HCBA 3TI0A 1A5XA 1LWEA 4PA1A 4F3TA 2RF2A 4AHUA 4XIUA 4FM2A 2GUIA 4DG1A 1U4BA 1YT3A 2YV0X 4B9VA 1NK4A 5C42A 1BCOA 3RMDA 1TKXA 1F21A 3K57A 3QETA 3AVAA 2D0BA 3NGIA 4FK2A 1RTIA 2P1JA 3AV9A 1WSGA 5J1EA 3VQBA 1B9FA 4PQUA 4HCCA 1NKCA 3PX0A 5CYMA 4M3XA 4QCLA 1ASUA 1WSFA 5KTQA 4DSJA 3I0RA 1CZBA 1B92A 4LH5A 3LZIA 2Q3SA 4JRPA 1SKRA 1EETA 3IS9A 3LALA 1BHLA 4CFBA 3TAFA 3AO4A 2XY5A 3SPYA 1NJXA 1S9GA 3PY8A 2D0CA 3TABA 3VQ7A 4CEQA 4HHTA 4DTSA 2KFZA 1IKYA 1S1VA 3HPHA 3AVBA 3OYNA 3DLEA 4L8RB 3ASMA 1I3AA 1XC9A 3TAEA 1IKXA 3HPGA 2OYQA 4CGFA 4FZXC 5DMRA 4ZTJA 2ITGA 3HK2A 3KJVA 2KW4A 2OPRA 3MAQA 3TAGA 3OYHA 1X9SA 1B9DA 4IG3A 4RW6A 2WOMA 3V1RA 4EZ6A 4NCAA 2F96A 2ZQBA 4IKFA 3ZCMA 1ZYQA 1T03A 1C0UA 3DMJA 5SWMA 4FCYA 4BE1A 4F8RA 4CEFA 3WNHA 4CE9A 1RDCA 1T7PA 3IG1A 3DOKA 4KHSA 4KI4A 2D0AA 2G8VA 4FK4A 4Z4FA 1ZBIA 2DFEA 3EY1A 4E7LA 2YNIA 5FROA 3O4NA 3HXMA 1JKHA 4DTRA 1RTJA 4I2PA 1G15A 4CFAA 4N56A 3AO2A 3EYZA 1S6QA 2KTQA 1C1CA 1RT2A 3SQ0A 1SUQA 3O3FA 1S1TA 1LWFA 3S9HA 1NOYA 4FYDA 4CIGA 4HUGA 2G8FA 4GMJB 3VQPA 3OJSA 4DTPA 4J2DA 4FXDA 3F73A 4CJ5A 4J2BA 3H08A 3ZSWA 1JLEA 1VRUA 1C6VA 2YKNA 3AA2A 4H4OA 2QKKA 4B08A 4YNQA 5J2QA 4RW7A 4CGHA 4E7IA 4FJGA 4FJ9A 1EXQA 3HL8A 3OYIA 1TAUA 2HHSA 1S5JA 3AO3A 4FZYA 5K14A 2OZMA 4RW4A 4CJRA 5HRSA 3K5OA 4PUOA 4DTMA 3LWLA 4I9QA 3HP9A 4O4GA 3S3MA 3QEXA 4OGCA 4DFPA 4CJEA 1TV6A 4CGGA 1YVUA 4EP4A 3I8DA 1IG9A 4O55A 4B9UA 3L2VA 4CGIA 1VSHA 1Z25A 4EP5A 2EX3A 4FVMA 3VN5A 3U6FA 1W0HA 4FJHA 4DS5A 3AVJA 4CJLA 1NK8A 1LV5A 3HVRA 4DFJA 1ZBHA 3NF9A 3V81A 3ZT2A 3HPOA 2O4IA 3LANA 4E0DA 2B5JA 4DTUA 3ALYA 1R0AA 3AVCA 4KB0A 1QS4A 1WSHA 3OYGA 2DFHA 2YNHA 4DF4A 4LD0A 3VQ8A 4OLAA 1HQEA 3OYAA 4FLUA 3DLGA 1RDBA 4I2QA 4CEDA 3NCIA 4J2EA 3K59A 4CGJA 4IFVA 4FM1A 3V1OA 3AO1A 3OY9A 2KZZA 5DK5A 1NK7A 1RT1A 2X6NA 4CJWA 5CZ1A 3NH0A 1RBVA 1ZBFA 4DTJA 1D9FA 4KTZA 4CFDA 2OA8A 3TAQA 2E6MA 4CJKA 1HJRA 4DS4A 3OS0A 4M41A 1TK8A 1VK0A 2VWKA 4KO0A 2P5GA 4Z4IA 4W5QA 1K6YA 1VSKA 4CJSA 3OYBA 4O5BA 4AHTA 1RT7A 3AVNA 3OYLA 2NUBA 1T05A 1NOZA 3C94A 4AHSA 1L3UA 1YTUA 5KRSA 3L2QA 2HNZA 4CK1A 3E01A 2BANA 2EHGA 2ZD1A 4AHRA 1Z26A 4DTXA 3KD1E 2BE2A 4DFMA 2ETJA 3DOLA 3JYTA 1NK5A 4OGEA 2G8HA 4BACA 1BGXT 1TVRA 1TL1A 4W5TA 4DSFA 4B9LA 4O0JA 1WSIA 2IS3A 4YFUA 4CHNA 1WNSA 5CZ2A 1D5AA 3MXIA 1VSEA 2VWJA 2LSNA 4G1QA 4NCBA 4CEAA 3VQ4A 3QLHA 1WAJA 3LP1A 5FRMA 1NKEA 4FW1A 1KVAA 3V6DA 3NF8A 4CJFA 2HNYA 3NE6A 4W5OA 4KHUA 1HYZA 2ATQA 3M8QA 4Z4GA 3KD5E 3MEGA 1KRPA 5I42A 4PY5A 4ELUA 2Z1JA 3AVGA 1U45A 3KLEA 4B9MA 4DSEA 3NHGA 5J2PA 1HNIA 3M8SA 3TANA 1VSIA 1T8EA 4CCHA 1NJYA 3ISNC 3V9UA 3DLKA 3QERA 3CM6A 4M3TA 1HYVA 4CF1A 3UIQA 1CZ9A 4C8KA 2HHQA 5HLFA 3WNGA 1W9HA 2GBZA 5HP1A 3CFPA 2IDOA 2PYJA 3KTQA 3PO5A 4CECA 4K8XA 3QEVA 3HM9A 1RILA 3CG7A 4CEOA 1I39A 3OYDA 3M8PA 4B9NA 2VG6A 4BDPA 4IDKA 1EKEA 3TARA 1C1AA 3NBPA 4I9LA 3BDPA 2P5OA 4MQ3A 3DI6A 3EZ5A 1VSJA 2YKMA 5KI6A 2Y1IA 3LPUA 2Y1JA 2Z1IA 3A2FA 3MECA 4O44A 4C8MA 4DMNA 2HVHA 4AHVA 4W5RA 1WSEA 5I3UA 2FBXA 1QE1A 3OYFA 1RT5A 3RRGA 3K58A 2IOCA 3KKSA 4CJTA 4BE0A 1QSYA 4CGDA 3B6PA 1XWLA 3AO5A 4OVLA 3ZSYA 4CF2A 2G8KA 2HNDA 4N47A 1HYSA 3L2RA 3KLIA 4DLEA 3P5JA 3FFIA 4FK0A 2QKBA 3SUNA 4AHCA 1TKZA 3NF7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOYA 1KFSA 1Z05A 4L3QA 4B1YB 3D2EB 4FPBA 4BROA 2X74A 4H4MA 5C12A 3KLGA 3J8AA 4K8ZA 4KKOA 1C0MA 3Q7CA 1IJJA 1JLGA 3DXMB 3LPTA 3SPZA 2NNWA 4DQIA 2NRRA 4M42A 1L5UA 4CF0A 4IBNA 1Q9XA 4GKJK 4FWLA 3CCJN 4KB1A 1W2BM 3K5LA 3NH2A 4BRAA 3TTDA 3O3HA 3WNEA 4JKGB 1S6PA 2YHYA 4E3SA 5AFUA 4LC9B 3B6OA 4OJRA 1VHXA 4UQGA 3TAMA 2FBVA 4M3YA 5JS1A 3A5MC 3KK7A 5LMNK 4B8AB 2GWJA 3LP2A 2HHWA 3VTIA 4MDBA 3P39A 2FBYA 2A1RA 3KKRA 4JI6K 3SUOA 1XI1A 3HT3A 1VSFA 1ZBLA 4KBOA 5KRTA 3LZJA 1NK0A 4N41A 4DQQA 3DJCA 3FFKB 4DV6K 4WYBA 1J9AA 5BN9A 1QTMA 1WUAA 1JL1A 1NLVA 3VETA 3P1GA 3THYB 3SBGA 4CJQA 3HP6A 3SJJA 3SQ2A 1J54A 1QQOA 2HW3A 4AH9A 3ZX0A 3O5BA 3ZSQA 3ZSZA 5HL7L 2E1YA 3NAEA 3LWMA 2P9UB 1S1XA 2W42A 4NXMK 3KK3A 2A5XA 3VERA 4ELVA 4QOZB 3M5RA 3O1BA 3KIOA 1MDUB 1JCGA 2I7NA 2UUBK 3DM2A 3EZWA 4BRKA 2IC3A 1LW0A 4C1NK 2OTLN 5AZIA 3CC7N 4FJLA 4ICLA 4KRFA 3L3VA 5LL6Z 3KWIA 2RKIA 5HRPA 1XMQK 2P9PB 3D2EA 3FZFA 4NLBA 4BRIA 2P9IA 2FSNA 3T3FA 1ASWA 4CHZA 4Y0WA 2O8EA 4FLZA 1JLAA 4NYNA 3NH1A 4DU1A 3LM9A 3QDKA 3U3YA 5GINA 2HHUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CJK A;  4DS4 A;  4A5B A;  3OS0 A;  2BTF A;  2ZWH A;  4O8U A;  1VK0 A;  3Q7B A;  4W5Q A;  3C65 A;  2IVO A;  4GY2 B;  4BRH A;  1L3U A;  3AAP A;  4CZK A;  4CZJ A;  4HTL A;  3C7N A;  3DOL A;  3THX A;  1NK5 A;  3EKU A;  4BAC A;  1TVR A;  4DHY A;  4W5T A;  4O0J A;  3UE5 A;  4CHN A;  3MXI A;  3UKR B;  5AZJ B;  3QLH A;  2IIR A;  5FRM A;  1KVA A;  5LJV A;  4CJF A;  4W5O A;  2O8B A;  1E4F T;  3M8Q A;  2NRV A;  1W97 L;  3AVG A;  2QWL A;  5J2P A;  3TAN A;  3T1H K;  1T8E A;  3ISN C;  3GBT A;  4CVN E;  3JS6 A;  5C15 A;  3MX5 A;  3CM6 A;  1VQ6 N;  4B1V A;  3PO5 A;  4K8X A;  3R1X A;  4LF7 K;  4FWS A;  3OYD A;  4IDK A;  2HBJ A;  3MK6 A;  4I9L A;  5AQF A;  1RGI A;  5EX5 A;  3WXK A;  4DB3 A;  4JKA A;  2Z1I A;  4DV4 K;  4JEP A;  4O44 A;  3MEC A;  4YOX A;  2HVH A;  1QE1 A;  3CCU N;  3K58 A;  4X64 K;  4CJT A;  1NGC A;  3AO5 A;  1T6C A;  4O8K A;  4DLE A;  3SUN A;  4FPA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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