4IBNA

Crystal structure of lc9-rnase h1, a type 1 rnase h with the type 2 active-site motif
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
SDIPTPLVAVYADESCLGNGREGENPGGAGVLVEYARPGGAGDIVRRDVWVSEPATTNNRMALRSVIEAFRAIGHKGTRFRVVFTTDSRYIVDGMTRWVHDWAQRGWKRKSGAIENLALWQEAVQAVNGHAVEWRWVRGHAGHAQNEYANHLAVTAAGGQTQSGGLVDSGYEEWAARVSTAASRMRLEPFPDAAAFRPSPALPVVAAGRPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC9-RNase H1 with atypical DEDN active site motif
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured organism
total genus 59
structure length 211
sequence length 211
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ibnA01
2XO7A 3H08A 2HHUA 4Z4HA 2OPRA 3NF9A 3V9XA 4DSJA 4LY7A 3VQ4A 3NGIA 3MAQA 3DLKA 4F3OA 3SUNA 3S3MA 1RCHA 4FJ8A 1HQEA 2QXFA 4CJWA 1ZBHA 3IS9A 1SKWA 5CYQA 1TV6A 4O55A 1JLAA 3U3YA 4DU3A 1T03A 1FKPA 3HPOA 4KHYA 3V1OA 3AVMA 1RT1A 4DSIA 4CK1A 1EETA 3QEVA 1RBVA 2Y1IA 4DU4A 3PX6A 1QQCA 3RMAA 1SL1A 2BANA 3LAMA 2B6AA 1X1PA 2HB5A 4I9LA 3EYZA 1L3VA 3KLGA 3PV8A 4FLWA 1YTAA 3ZT1A 4FLVA 1B9DA 3OYKA 2ETJA 1NOYA 4CIEA 3HPHA 2F96A 3SI6A 3DYAA 2KZZA 4C8NA 3QETA 1QE1A 3TI0A 1EKEA 3VQEA 4AHSA 4YNQA 3AO2A 1Q8IA 1REVA 1WAJA 4IFYA 2HW3A 3OY9A 3K5OA 1QS4A 4CEEA 5FDLA 3P1GA 3V6DA 4KI6A 1ZBIA 4DG1A 4E1NA 3C6TA 4HUGA 4KHWA 4RW7A 4ELUA 1RT4A 3T1AA 5KRSA 2DFFA 3MECA 1IKWA 3OJUA 3M8RA 4M3YA 5D3GA 2Z1HA 1VSKA 4CF0A 3DOKA 3O4QA 4OKJA 4B9SA 2OZMA 2OPPA 4CGHA 1I39A 3ZCMA 2OPSA 3HP6A 2G8HA 1ASVA 1S9EA 2G8KA 2RPIA 4KKOA 3CFRA 5KI6A 3ZT2A 3L2UA 3V9ZA 1JL1A 3THVA 3DLBA 4N47A 1RBTA 4KV8A 1NK4A 3AV9A 4OKKA 1RTHA 1KSPA 5DK5A 2D0BA 4CE9A 4DTXA 1Q9XA 2BE2A 3E01A 1J9AA 4FVMA 1S6QA 4M45A 4B08A 4HUEA 3QNNA 2XRIA 2D0CA 4CJQA 1VSFA 1S9GA 1XWLA 4GMJB 4RW9A 1CZ9A 1FXXA 3DLRA 4OPKA 4W5NA 3HJFA 1YT3A 1RNHA 3U3GA 4KHQA 3L2WA 3OYCA 1U49A 1HNIA 3IG1A 3B6PA 1VSMA 1DTTA 3O3FA 4E19A 1IKYA 3AVHA 4Z0UA 2GV9A 5KGWA 5EU7A 3LANA 4FM0A 1A5XA 2KQ2A 2HHXA 2JLEA 2XY6A 3I0RA 1CZBA 1ITGA 1RT5A 3RMDA 3L3UA 1ZYQA 3LZIA 2GBZA 5E41A 3OYMA 4B3OA 3S3OA 3L2QA 4CGIA 4FK4A 4DFMA 4DF4A 3C94A 5J2NA 4O0JA 4PA1A 2EHGA 1GOCA 1NKBA 4QAGA 1I3AA 1KVAA 4IBNA 3V4IA 5I42A 3TAEA 2PYJA 1UA1A 3TR8A 4F2RA 3CFPA 1ASWA 4BWJA 3O4NA 4KI4A 4E3SA 4DTJA 3MXJA 3VQ9A 3HVRA 3LDSA 4W5OA 4FM2A 3DOLA 5HLFA 2BDPA 1FK9A 2O4GA 2FBXA 2FBVA 4JS5A 4YFUA 3T3FA 3RMBA 3CG7A 1T05A 2QKBA 2G8FA 4CJ3A 4HVJA 4FZYA 3NDKA 3K2PA 4KO0A 2G8IA 3V1RA 2P5OA 4I7FA 2X78A 4IG3A 3AA5X 2KTQA 2P5GA 4CHQA 3SJJA 1HQUA 1X9WA 5KGXA 4E7IA 4CHYA 3AVBA 4CERA 4DSFA 5JS1A 3DI6A 4DFJA 4ID5A 1D5AA 3MEDA 4KHSA 5JS2A 1S1TA 2IAJA 3LPTA 4C8KA 2ATQA 4B8AB 3VQPA 2P51A 3VQDA 4CF2A 3HPGA 3OYAA 2A1RA 3P5JA 3QESA 4M3XA 3KTQA 3DRSA 1IKXA 4CEFA 4E89A 1D9FA 3M8PA 3TABA 3MEGA 4BE2A 3NF6A 2I5JA 3WNGA 1WN7A 4FLZA 1TKXA 4Q5VA 2GUIA 3CFOA 2QK9A 1GOAA 3AA2A 3KD5E 1UA0A 3NCIA 5C24A 3SV4A 4Z4FA 4O44A 1XHZA 3VQQA 3AVJA 4DFKA 3SPYA 1EXQA 2HMIA 3PO4A 4DQPA 4KTZA 3VQ6A 4CEOA 3UIQA 1RDCA 2VG5A 3KLFA 3CQ8A 1Y97A 1B92A 4FJNA 1UAXA 3AVAA 3I0SA 1K6YA 4RW4A 4FJ7A 1LWFA 4FW2A 4JS4A 1IG9A 1VSLA 3KIOA 3OYJA 3NH0A 4DLGA 3VQ5A 2X6NA 2YV0X 5HROA 4FJIA 2HVIA 1TKTA 4KFBA 4KHUA 4FJJA 3LWLA 3QIOA 4FJMA 4CJRA 3VN5A 4AH9A 4AHVA 2XHBA 2G8WA 3L2RA 4ELTA 3VA0A 2RN2A 4CJVA 3O3GA 4Z4GA 3M8SA 1QSYA 4DLEA 1EP4A 1HNVA 4LH4A 4CIGA 3DM2A 4EP5A 1NK5A 1N5YA 3AVGA 4CEQA 1KFSA 3LP1A 3P83D 4NYFA 3VQ8A 3NGZA 4N76A 2ZD1A 4FJKA 1A5VA 1NJZA 2F8TA 3F73A 4PY5A 4CJFA 1LV5A 1JLFA 2RF2A 3EY1A 4B9VA 1KLMA 4OGEA 2XY5A 4CGFA 1WSEA 1ZBUA 1JLEA 3SV3A 4GVMA 3S3NA 1QSLA 5C42A 3QEIA 1O1WA 3NF8A 1IH7A 4JLHA 4CECA 4W5RA 3FFIA 2HHWA 1XI1A 3PX0A 4K8ZA 3L8BA 3ALYA 1U45A 5SWMA 1S1WA 2G8VA 2KFNA 3AA4A 4NCGA 5J1EA 3OYHA 1W9HA 4DQQA 1L3SA 1GOBA 3F9KA 1YTUA 4DFPA 1JLBA 2ITGA 5FRNA 2VG6A 4J2EA 2WOMA 3HL8A 3KK1A 3WNFA 1JLQA 3WNHA 2OA8A 3TARA 4OKEA 4CJKA 4EZ9A 2XY8A 4WE1A 4FJ9A 1NJWA 2VWKA 1C1CA 3SUQA 1LWEA 3OVNA 4JRQA 1NJXA 3PO5A 2AJQA 3V9UA 3VA3A 3HO1A 4CEDA 2VG7A 4OJRA 4CJLA 3LP3A 3K5MA 3SUPA 4NYNA 5J2QA 3LWMA 4IFVA 3V1QA 3MXIA 1RILA 4DQRA 1W0HA 1HYSA 4H4OA 4CGJA 4DWIA 3TAPA 4E0DA 4EZ6A 4KPYA 1BCMA 4DTOA 1D8YA 1UWBA 3DLHA 1KFDA 3LPUA 1R0AA 1C0TA 4OLBA 4DQIA 4HCBA 2RKIA 2D0AA 4BWMA 1BI4B 2QKKA 2Q3SA 1Q9YA 3L2VA 3OYIA 1C0UA 4E1MA 1BIZA 1JL2A 3ZSOA 4CK3A 4F4KA 1LW2A 1RT3A 2HHSA 4KHNA 2YKMA 1SKSA 1TAUA 4E7JA 2KW4A 3HYFA 3RR8A 4KAZA 3ZSRA 3OS0A 4N41A 1CLQA 3KKSA 2P1JA 2X74A 1C6VA 4N56A 1LAVA 1HRHA 2X6SA 4PUOA 1C1BA 4H4MA 1XHXA 4CF9A 2G8UA 1RTDA 4I9QA 1A5WA 4FJXA 4DSEA 1WSHA 4Z4IA 2IC3A 2FC0A 4BE0A 1U47A 3EZ5A 1RT2A 2YHBA 1MU2A 1UOCA 3NGYA 3RMCA 1WSIA 3WNEA 1NKCA 3ASMA 2PY5A 2NUBA 4CHNA 4E7HA 4ZTFA 4BDZA 1VSJA 3KLHA 1NK8A 3NFAA 4HCCA 4RW6A 2VWJA 3S9HA 3AO5A 4IKFA 4CESA 1TK5A 1WSGA 3V81A 1NKEA 3HM9A 4M3WA 1CXUA 4ICLA 2DTUA 5FRMA 1RDDA 3K57A 1SL2A 3OYFA 3OS2A 1BI4A 1IKVA 4CFAA 3MEEA 4M3UA 2HHVA 1VSDA 4JRPA 3U6FA 3DRPA 5HBMA 1TAQA 2Z1GA 3OJSA 2O4IA 3DRRA 3LALA 4KRFA 4CHPA 1BGXT 4C8LA 4H8KA 2FBYA 4MFBA 3VQAA 3G10A 4AHCA 2EX3A 4LH5A 4FK0A 4CFCA 4NCBA 1U04A 3ZSYA 1LWCA 1WNSA 4FJHA 4DSLA 3IRXA 3CM5A 4CHOA 1U4BA 3ZT3A 4IDKA 2YNGA 4XIUA 3OYBA 1JXBA 1JKHA 2Z1IA 3SPZA 1BISA 3OYNA 2IOCA 1HMVA 1LAWA 3KD1E 4B9NA 1VK0A 5DMRA 2HVHA 4CGGA 1BCOA 2D5RA 2WONA 3HP9A 4OGCA 3AVIA 2ZQBA 3L3VA 2R7YA 2BGGA 4B8CA 2IDOA 1RBUA 2YNIA 3ZT4A 1KVBA 3SUOA 1VRTA 4OVLA 1WLJA 5HRNA 3RTVA 3M8QA 4R5PA 3SZ2A 1TGOA 3OYEA 1SUQA 1DLOA 1RDAA 3A2FA 1WSFA 2IS3A 4LD0A 3TAMA 3NH2A 3QIPA 3OS1A 2XY7A 3RR7A 1JLCA 3OYLA 4FYDA 3ZSZA 3T19A 4J2AA 1SV5A 3OYDA 3BDPA 2HNYA 1KVCA 1WAFA 4Z4CA 3VQBA 1N6QA 4CJ5A 1CXQA 1S1VA 2B5JA 4CK2A 3QLHA 4B9UA 4M41A 1TL3A 1KTQA 5T7BA 4ZHRA 3VQ7A 4FJ5A 4LSLA 4LSNA 1F21A 1VRUA 3JYTA 4FJGA 4Y1DA 1J5OA 4FK2A 1RBSA 3AO1A 4CF8A 4PQUA 1HPZA 3ZSVA 1BHLA 1S6PA 3AVCA 4O5BA 4AHTA 3CYMA 4CEZA 5FROA 5CYMA 1HJRA 1NK9A 2PZSA 4OLAA 4FM1A 1BIUA 4CCHA 4C8MA 4CJSA 4UQGA 3TAFA 1VSIA 4Q0BA 4KREA 4CFBA 3SQ4A 4DTSA 1KLNA 4IG0A 4DTMA 1ASUA 5SZTA 3PX4A 4ZTJA 4K8XA 4KB1A 3AVNA 1TL1A 1KCFA 4FLYA 4DMNA 1BQNA 3KJVA 4CFDA 4B9MA 4BACA 1L3UA 4QOZB 3HK2A 4FZZA 3QNOA 3NHGA 4OPJA 2Y1JA 4QCLA 3PUFA 3KK3A 1Z25A 4CJPA 1QHTA 4I2QA 3SQ1A 2FBTA 5I3UA 3HT3A 5HP1A 3HSTB 4DTNA 3AA3A 4AHRA 2DFEA 4O4GA 4MQ3A 4CGDA 4CJTA 1RDBA 3JSMA 4KB0A 1VSEA 1YVUA 1EX4A 4CJ4A 3ZSXA 1NOZA 4FLTA 3SQ0A 1TK8A 4F2SA 4M3TA 3TAQA 3QEXA 3LAKA 4C8OA 3NAEA 4FXDA 4HHTA 2B4JA 4HTUA 1D9DA 3O3HA 4AHUA 3KK2A 4EP4A 4CEBA 1JXEA 2E6MA 3NF7A 2HHQA 4M3ZA 4FJLA 3SQ2A 4L8RB 4M42A 2E6LA 2E4LA 4DS5A 3SNNA 1RTIA 5J2MA 3C95A 2DFHA 3D45A 2IGIA 3TANA 2JGUA 1S1UA 3G0ZA 1S5JA 3IAYA 3DLEA 3K59A 4CJUA 2KFZA 3SCXA 1BL3A 3RRHA 4DTPA 1QTMA 3PY8A 2HNZA 4J2DA 2YNHA 3AO4A 5CZ2A 1RTJA 1Z26A 4Y1CA 3VQCA 1J53A 4CJEA 4M3RA 3K5LA 2OYQA 2A1SA 5KRTA 5K14A 1G15A 3AVKA 3B6OA 1RT6A 3HVTA 3TWHA 3QEPA 3NBPA 3MXMA 1NK0A 4ELVA 4J2BA 4ID1A 4DU1A 4DTUA 3BGRA 4RG8A 3AVFA 4FLUA 3ISNC 1ZBFA 1WSJA 2YHAA 3KLIA 3LP2A 3LP0A 3ZT0A 5C25A 3ZSWA 4E7KA 3KKRA 1L5UA 3RWUA 1HYVA 1C0MA 4FW1A 4N5SA 1DTQA 2OPQA 3C6UA 4O0IA 3NH1A 3SYZA 4E7LA 5HRRA 4W5QA 1ZBLA 4CHZA 2W42A 3QERA 4CF1A 3AO3A 1NJYA 5KTQA 5HRSA 3QINA 4DF8A 1XC9A 1S1XA 1X9MA 4Z4EA 1X9SA 5CZ1A 1BQMA 1TKZA 3QO9A 4GW6A 4RW8A 3OYGA 3TAGA 2OZSA 1SL0A 1JLGA 2KZMA 1C1AA 4CIFA 3KLEA 3K5NA 1NK7A 1TK0A 4FCYA 4B9LA 1TVRA 1TKDA 1T8EA 1L3TA 3RRGA 4G1QA 4FZXC 2HNDA 2ZE2A 3DLGA 3NE6A 3LZJA 3V9WA 4DS4A 1KRPA 1SKRA 4KTWA 3D0PA 1LW0A 1T7PA 4BDPA 1J54A 4B9TA 2YKNA 4TSXA 3ZSQA 4HUFA 2F8SA 1QSSA 4DTRA 5HRPA 4CEAA 3V9SA 3QEWA 2PYLA 2LSNA 4NCAA 3CM6A 3ITHA 1VSHA 1U48A 1RBRA 4F3TA 5CY4A 3I8DA 4DQSA 5J2PA 3ULDA 2Z1JA 4FLXA 4AILC 1IO2A 1NK6A 4PWDA 2YNFA 4I2PA 4DSKA 4KTQA 1FKOA 4BE1A 1B9FA 2DY4A 1HYZA 4W5TA 3HXMA 4BDYA 2HHTA 3AVLA 3K58A 3DMJA 1RT7A 4F8RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4HA 1MA9B 3NF9A 4AM7A 3VQ4A 3CCRN 3MAQA 3DLKA 1ZBHA 1TV6A 1JLAA 3THYB 4LF5K 2O8CB 1HNZK 1XC3A 3VF6A 4H0YB 1KC8O 1RT1A 3AGKA 1EETA 4LFBK 4DU4A 3D2FA 3LAMA 1HR0K 2B6AA 4CBXA 1X1PA 4XH4A 3EYZA 3KLGA 2CGKA 4FLVA 4JEPA 2ASOA 3G71N 1TYQA 3RSEA 1NWKA 2O8DB 5ADXA 3DYAA 5BRFA 4YNQA 5AQYA 3AO2A 2F7TA 1REVA 1WAJA 2VGNA 1YITN 5FDLA 2A41A 4DG1A 4DV2K 4ELUA 1RT4A 3T1AA 5KRSA 3MECA 1VQ5N 5D3GA 1VSKA 3M1FA 4CF0A 4YOYA 3DOKA 2OPPA 4WQ4A 5EXWA 4BC3A 3HP6A 2OPSA 4H5NA 4B3RK 5AQGA 2AP1A 3AAQA 4DHYA 2RE2A 3CJ9A 1IBMK 2VYPA 1RBTA 2IVNA 1NK4A 3CERA 1RTHA 5LL6Z 4DTXA 4M45A 4IOXA 1VSFA 1S9GA 5H1SQ 3SBGA 3A8YA 4CZEA 4OPKA 3HJFA 4KHQA 4GV3A 1HNIA 3B6PA 2P9PA 1P8ZA 3G25A 3MX2A 2GV9A 2HHXA 5EU7A 1N34K 2KQ2A 3D6RA 3I0RA 1ITGA 1RT5A 3H46O 3L3UA 3OYMA 3S3OA 3L2QA 4A62A 4FK4A 4DFMA 4PA1A 3C6HA 4QAGA 3HSCA 3BF1A 5IT9O 4NXMK 2D1KA 5FPEA 4KH6A 4BQZA 5F2RA 3MXJA 3HVRA 4FO0A 4W5OA 4BC2A 4CZLA 2BDPA 4JK8A 1KQSM 2G8FA 3AY9A 3DAWA 4HVJA 4DV1K 3M3ZA 3V1RA 5C2DA 4IG3A 2KTQA 2P5GA 4LFCK 5KGXA 4A5AA 2UXCK 3DLLL 2V52B 2WC9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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