4IBNA

Crystal structure of lc9-rnase h1, a type 1 rnase h with the type 2 active-site motif
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
SDIPTPLVAVYADESCLGNGREGENPGGAGVLVEYARPGGAGDIVRRDVWVSEPATTNNRMALRSVIEAFRAIGHKGTRFRVVFTTDSRYIVDGMTRWVHDWAQRGWKRKSGAIENLALWQEAVQAVNGHAVEWRWVRGHAGHAQNEYANHLAVTAAGGQTQSGGLVDSGYEEWAARVSTAASRMRLEPFPDAAAFRPSPALPVVAAGRPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of metagenome-derived LC9-RNase H1 with atypical DEDN active site motif
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured organism
total genus 59
structure length 211
sequence length 211
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2012-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ibnA01
2G8KA 4TSXA 3IG1A 1CZ9A 4OLBA 4KHWA 1BGXT 1NKCA 3AO1A 1KLMA 3DLBA 3MXMA 4E7LA 3JSMA 1RCHA 4O55A 3KLEA 2BE2A 1FXXA 3ZSXA 4E1NA 4CE9A 3OYMA 4BE0A 3V81A 4CJPA 1YVUA 4HTUA 3K58A 1GOBA 1SKRA 4NCBA 2ATQA 3HO1A 3EYZA 1D9DA 4N47A 2F96A 1VSJA 4M3XA 4EP4A 2ITGA 5CZ1A 1NK9A 4DMNA 3VQ6A 3KIOA 2Z1JA 3LP0A 3DYAA 2A1SA 5CYQA 4CK3A 2D0AA 3HP9A 3AVKA 5C24A 1B92A 4OGEA 4OPKA 3K5MA 2XRIA 3VQ9A 1NK0A 2QKBA 4KHQA 2Z1GA 1ZBIA 4DLGA 5J2MA 4CJVA 4FXDA 3AVIA 1BI4B 1TVRA 4IFVA 5HLFA 1QS4A 2A1RA 4FLYA 4QAGA 4DQQA 1NKEA 3UIQA 1SKWA 4NCAA 2I5JA 3K2PA 1RBRA 3OS1A 4B3OA 4KV8A 4FLTA 3O4QA 1TL1A 2DFFA 4IFYA 2OPPA 4B9LA 2VG7A 1X1PA 3ZSYA 3PY8A 4FK0A 3MECA 1VSIA 4KKOA 3WNFA 4CEBA 4CEEA 3AVCA 1C6VA 5KRTA 4IBNA 3LWLA 3CFPA 4JS5A 1FKOA 4KO0A 4CHQA 3K57A 4PA1A 3PUFA 4W5OA 4K8ZA 4M3TA 5D3GA 4CEQA 4JRQA 4FZZA 4HUEA 4DTOA 4FW2A 1LWEA 3QINA 3OYBA 3OYEA 3ZT1A 4Y1DA 1B9DA 3HYFA 3RMCA 5FRNA 4BDYA 3SCXA 1HYZA 1UAXA 3AV9A 1L3TA 1C1AA 4ID5A 4OPJA 3A2FA 4GMJB 4O0JA 3AA4A 1NOYA 3OYNA 4Z4EA 4CESA 4DTRA 1BISA 3NH2A 4CGFA 4CGJA 1S9GA 4AHCA 3VQBA 4CK1A 1TKZA 3U6FA 1RDCA 3NHGA 5JS1A 3SV3A 3SNNA 4C8MA 3RMDA 3VQDA 4DQPA 1JKHA 4FJJA 1TK5A 4J2EA 3TAMA 4CIFA 3TAFA 4Z0UA 3ZSVA 4CGHA 1C1BA 1KSPA 2YHBA 2X74A 1CXUA 1HNVA 3DMJA 4OKJA 3ALYA 3SQ4A 3V1OA 2HHXA 1VSMA 2E6MA 4CFCA 1NJZA 2D5RA 3HJFA 4F3OA 1KVBA 3AVJA 4W5QA 1WAJA 3QEVA 2RN2A 1RDBA 4BWJA 5KTQA 3NF7A 1FK9A 1RT1A 1SKSA 3IAYA 4HCCA 4AHSA 4FJ5A 2HNDA 3AA5X 1BCOA 1KCFA 3TAPA 3DM2A 3DLEA 5HBMA 1S1WA 3LWMA 1N6QA 3CM6A 4Y1CA 3FFIA 1I39A 1L5UA 1QQCA 1Q9XA 3PO5A 5C42A 3DLGA 3IS9A 1LW0A 1RBUA 1U04A 3QESA 3OJUA 3NCIA 2G8FA 3LAMA 4M3YA 3HVTA 3DRPA 4CEDA 1NJXA 1NJYA 2X6NA 5J2QA 3ZSRA 1RT7A 3EZ5A 3RR7A 4B9TA 4E7HA 3OYFA 4EZ9A 2OA8A 1IKYA 1J9AA 2O4GA 3ZCMA 3LPTA 3OYLA 3KLHA 4DTPA 4HHTA 4H8KA 3ZT2A 1ASWA 4E1MA 4JLHA 3V9UA 4KB1A 4M3RA 3NH1A 3RRHA 3VQPA 1CLQA 4CJLA 4OGCA 4KHSA 4J2BA 3DRSA 4QOZB 4CFDA 1F21A 1VSFA 5J2NA 3NBPA 3LP2A 5HRPA 2W42A 4DSFA 4QCLA 1QE1A 1VK0A 1VSDA 2HHVA 1C0TA 1WLJA 1TK8A 3DLHA 2OYQA 2KZZA 1WSFA 1CZBA 1JLEA 3KLIA 1JL2A 4CHPA 4DTMA 1WN7A 1EETA 4IDKA 2YKMA 1K6YA 4EP5A 3T3FA 3F9KA 5KGWA 3L3VA 1LAWA 1RT3A 4KI4A 3SUQA 4F3TA 4ZTJA 3I0SA 3LP1A 1ITGA 1IH7A 3WNEA 2YNIA 2IAJA 2JLEA 4B8AB 2HVIA 3ZSZA 4FLVA 4F2RA 4FJ7A 3NAEA 3V1RA 3AO4A 2VG6A 1NK5A 4CJFA 4DF8A 2AJQA 2OZMA 3TABA 4LD0A 4E7KA 4I9QA 3HM9A 4AHRA 4DWIA 1UWBA 5CZ2A 4B9UA 3S3NA 1ZBHA 3C95A 3TI0A 2R7YA 4B9NA 1TGOA 3L2VA 3SI6A 3V9SA 3K59A 1RTHA 1J5OA 4KPYA 2F8TA 1LWCA 3C6UA 3E01A 3DOLA 3NF8A 4DQSA 4CHZA 4ELTA 4KRFA 1VRUA 1GOAA 1ASVA 3TR8A 3HPOA 2BDPA 4E89A 5KRSA 3V6DA 2VWJA 1X9SA 1BIZA 2GBZA 4DU3A 4NYFA 3LP3A 4B08A 3M8PA 3NDKA 3KD5E 1DTQA 4DF4A 1YTUA 4RW8A 3V9ZA 4Q0BA 4PWDA 3ZT4A 2OPSA 4CEAA 4CEOA 1C0UA 1RBVA 2B5JA 2FBXA 2IS3A 2YNFA 1KFSA 2JGUA 3DLRA 4CJEA 3OYKA 2PYLA 1XHZA 2E6LA 1HRHA 1WNSA 3M8RA 3L2RA 3HVRA 4YFUA 3ULDA 4E0DA 4F2SA 2P5OA 1X9WA 1JLGA 2NUBA 1HQUA 4CHYA 1SUQA 4I2QA 1BI4A 4E7IA 1JL1A 4EZ6A 3VQEA 4KAZA 4KTQA 2HW3A 4CECA 4CJ3A 1RBTA 1RT4A 4BWMA 4CGDA 5JS2A 1R0AA 3NF6A 3VQQA 3QIOA 2IDOA 4FJHA 3ZT3A 1YT3A 4KREA 4G1QA 4AHUA 3VA3A 2Q3SA 3TARA 4CEZA 4HCBA 1B9FA 4CJTA 1U45A 1HYSA 1WSJA 2HNZA 3RMBA 5HROA 4OLAA 3K5LA 3SQ1A 4KB0A 4M3WA 4KTWA 1NKBA 4C8KA 4FLWA 3HPHA 2GUIA 3MEGA 1LAVA 1EKEA 4LH4A 4FW1A 3AVBA 4O4GA 1J54A 2FBTA 2Z1IA 4LY7A 3VQ7A 3VQAA 2IC3A 2XHBA 1XC9A 4L8RB 2HHQA 2F8SA 4NYNA 1Z26A 3QEXA 3PO4A 4FJKA 1BL3A 4LSNA 1IG9A 4BE2A 5DMRA 1LW2A 2XY8A 3CG7A 4KHYA 4MFBA 1IO2A 2KW4A 2HNYA 3C94A 3OYJA 2YNHA 4DFKA 4PQUA 4CJKA 4DSJA 1G15A 1QSYA 2BGGA 4CJ5A 3S3OA 4LH5A 1L3VA 3IRXA 1VSEA 4ICLA 3QERA 4FLUA 1UA1A 4B9VA 2XY7A 3O3GA 4AILC 4H4MA 1VSLA 3ZSOA 4KI6A 4FVMA 2B4JA 3S9HA 3VN5A 4IKFA 3K5NA 4DG1A 4DU1A 4BACA 5FRMA 2G8UA 4CGIA 2X78A 1IKWA 4CJWA 4E19A 4OKKA 4F4KA 5E41A 2G8VA 3SUPA 4RW4A 2OPQA 1Z25A 4W5NA 4DFPA 3QNNA 2XO7A 3THVA 1ZBUA 3P1GA 4DSIA 2ZD1A 3BDPA 1Q9YA 4FCYA 3O4NA 1QSSA 1BHLA 2HHWA 3CQ8A 3LZIA 3AO5A 4O5BA 3NGYA 1FKPA 3QO9A 2PYJA 1W9HA 1BQNA 4ID1A 4M41A 1S1XA 2B6AA 5EU7A 4DQIA 4HVJA 3JYTA 1T03A 2KZMA 3PX0A 3S3MA 1NK8A 4M3UA 3TWHA 1UOCA 3LAKA 4DQRA 1L3UA 2HMIA 3SQ0A 4HUFA 3OJSA 5SWMA 3G0ZA 1QTMA 4DSLA 1ZBLA 4FLXA 3RMAA 3AVMA 2Y1IA 1L3SA 4XIUA 1RT5A 1U47A 4CJQA 1U4BA 2D0CA 4E3SA 1WSIA 5FDLA 1T7PA 2VWKA 2YKNA 5I42A 1KRPA 1BQMA 5CY4A 1VSHA 1LV5A 2YV0X 3AVGA 3NE6A 5J2PA 1XWLA 4C8LA 4KTZA 3PV8A 4W5TA 3HPGA 3L2WA 1TK0A 1TAQA 4ELVA 3VQ5A 4FM2A 3PX6A 2XY5A 2DY4A 3SUNA 2IOCA 3O3FA 4DTXA 3VA0A 3L2UA 3KK1A 1S1UA 1ASUA 1HJRA 1NK6A 4B9MA 1QHTA 4IG0A 4CHNA 1C1CA 3V4IA 1SL2A 4B9SA 4M42A 4O0IA 4AHVA 4GW6A 3WNHA 2YNGA 4Z4HA 3VQ4A 1XHXA 4FJGA 1JLAA 3G10A 4MQ3A 1QSLA 3RWUA 3D0PA 2O4IA 5KGXA 1S9EA 4UQGA 5KI6A 1S5JA 3LALA 1JLCA 4M3ZA 4RG8A 1EXQA 3SYZA 1D9FA 1TKDA 1VRTA 4F8RA 1KVAA 2GV9A 1HQEA 4JRPA 4FK4A 4PUOA 1TV6A 4GVMA 1JLQA 2DFHA 3L3UA 1KFDA 3P5JA 1JXEA 3TAGA 3KKSA 2ETJA 3OYAA 4DU4A 3QIPA 1S6PA 3U3YA 4DS5A 4J2DA 1Q8IA 4CFAA 2OPRA 4CJRA 4I9LA 4FZYA 3QNOA 5C25A 1A5VA 4C8NA 4CIEA 4LSLA 2FBVA 4CCHA 4BE1A 4ELUA 4J2AA 1JLBA 1RBSA 2HVHA 3V9XA 4JS4A 1X9MA 3RR8A 5HRRA 1T05A 4CGGA 3QEPA 4CJUA 1S1VA 1ZYQA 1RTJA 3SQ2A 4FM1A 3AVFA 1Y97A 4W5RA 1WSGA 2VG5A 4N56A 4RW7A 3HXMA 3MXIA 2RKIA 2IGIA 4CJSA 2KFNA 3C6TA 3ZT0A 1TKXA 4CF0A 1REVA 3DLKA 2EX3A 3V1QA 4HUGA 3TAQA 4AHTA 1YTAA 1MU2A 2LSNA 4I7FA 1NK4A 1TAUA 4FM0A 4DTNA 1D5AA 4ZTFA 1RNHA 3NGZA 4OVLA 1LWFA 5SZTA 3KJVA 4FLZA 4AH9A 1HNIA 3MEDA 4H4OA 3AO2A 3LDSA 3M8SA 3NF9A 1HMVA 2HHUA 3AVLA 3VQCA 4DTUA 4CF8A 3NH0A 3PX4A 4N5SA 4FJNA 1RT6A 2HB5A 3CYMA 4CK2A 4Z4FA 1JLFA 3RTVA 3AVAA 4Z4CA 3SZ2A 2Y1JA 5FROA 3ISNC 1CXQA 4FZXC 2X6SA 3OY9A 4BDPA 1NOZA 1SV5A 1WSEA 3ITHA 5I3UA 4CJ4A 4KHUA 1VSKA 3SUOA 4B8CA 3VQ8A 2P51A 2FBYA 3I0RA 1BIUA 5DK5A 4FJXA 3EY1A 1RDAA 2D0BA 3LPUA 2XY6A 3QEWA 4PY5A 1ZBFA 2HHSA 4Z4IA 1S6QA 3KLFA 1WSHA 4RW9A 2G8WA 3KTQA 3U3GA 4DTJA 1T8EA 1N5YA 4DLEA 3V9WA 3AA2A 1IKXA 3I8DA 4O44A 3ZSQA 1U48A 1SL0A 2Z1HA 4FJ9A 3SPYA 1JXBA 4CF1A 4OKEA 4IG3A 2PZSA 3KK2A 4CHOA 4KFBA 3QEIA 3HL8A 3HK2A 3NGIA 1A5WA 4K8XA 2HHTA 1TL3A 4Z4GA 1HPZA 3SPZA 3HSTB 4E7JA 3OVNA 4DSEA 4DFJA 4CEFA 2PY5A 5HRSA 3OS0A 1DTTA 3F73A 2RF2A 1BCMA 3B6PA 3AVNA 3T1AA 1O1WA 3MEEA 2QXFA 1GOCA 1RDDA 2BANA 3CM5A 4DTSA 2KFZA 1A5XA 4FJMA 1EX4A 2WOMA 4KHNA 3T19A 4NCGA 3ASMA 1DLOA 2QKKA 3OYHA 5HRNA 4OJRA 3SJJA 1J53A 3OYIA 3LANA 2KTQA 2KQ2A 3D45A 3OYDA 2P1JA 3MXJA 4CERA 4DS4A 4YNQA 1W0HA 2ZQBA 1UA0A 1XI1A 1RTDA 3H08A 1WAFA 3P83D 1KTQA 2DFEA 1C0MA 3O3HA 3TAEA 3KKRA 3WNGA 3K5OA 1HYVA 4ZHRA 3CFRA 3AVHA 3RRGA 4WE1A 5K14A 2G8HA 3KLGA 5HP1A 2P5GA 1D8YA 4BDZA 3B6OA 4FJLA 3SV4A 2ZE2A 3NFAA 4CFBA 3L2QA 3LZJA 4FYDA 3AO3A 3QLHA 2QK9A 4CF2A 5CYMA 4DSKA 1I3AA 1KVCA 3AA3A 4CF9A 3DOKA 3OS2A 4FK2A 4RW6A 3KK3A 1EP4A 3M8QA 1RTIA 1TKTA 1RILA 3OYGA 3CFOA 3L8BA 5J1EA 5T7BA 4CIGA 4R5PA 1U49A 2YHAA 1S1TA 3DRRA 1IKVA 3HP6A 2WONA 4N76A 2DTUA 1NK7A 2FC0A 3KD1E 1NJWA 4C8OA 2E4LA 3ZSWA 1SL1A 3HT3A 4FJIA 4FJ8A 3TANA 1RT2A 4N41A 3BGRA 2OZSA 4Q5VA 3DI6A 3QETA 1KLNA 2EHGA 4I2PA 3OYCA 4M45A 2G8IA 4DFMA 2RPIA 3MAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATSA 4LF6K 4OLBA 4ILJA 4KHWA 2ZGYA 4BRNA 2QXLA 5M1KA 2ATQA 4CZHA 4IOAL 4N47A 2F96A 5DM7L 1VSJA 3QFUA 2Z1JA 2A1SA 4CK3A 3HP9A 4DR5K 3K5MA 2Q0RA 2QKBA 2KHOA 4KHQA 3VEOA 4A62A 4FXDA 4CJVA 3AVIA 1SS6A 4FLYA 4H0TB 1M90O 1YF5L 3K2PA 2P9IA 3O4QA 4EHTA 3ZSYA 1VSIA 4KKOA 3LWLA 3CCUN 3DLLL 3D2FB 5BPMA 3PUFA 1Q81O 4M3TA 5D3GA 5AQJA 4JRQA 1LWEA 3ZT1A 3RMCA 1HYZA 5C0YA 3AV9A 5C12A 4OPJA 4V19S 3AA4A 2IVPA 2D0OA 4BR4A 3NH2A 4CGFA 4CGJA 1S9GA 5KQDA 4AHCA 4BR2A 3NHGA 3RMDA 1RFQA 3CETA 4LF4K 3TAFA 4Z0UA 2FSKA 1FW6A 4ISGA 1HNVA 4OKJA 3VGLA 1N33K 4M7YA 4PKIA 3AARA 4W5QA 4BWJA 1HLUA 3IAYA 1FK9A 1SKSA 4AHSA 4CVNE 5LMUK 1KCFA 4JAXA 3LWMA 1S1WA 2HBKA 2GWJA 5C42A 3UKRA 3QESA 1NMNA 3VESA 3O8MA 2RHKA 1YHQN 3DRPA 4BG9A 3HRGA 3RR7A 4H5VA 4B9TA 4PL7A 1NGGA 3H6EA 4EZ9A 4NXMK 4FOEA 1IKYA 2ITMA 5GINA 4DTPA 3ZT2A 5AQGA 4M3RA 3VF2A 3RRHA 3VQPA 4JKFA 5AQUA 3O1BA 2QA4N 4J2BA 3CD6N 1F21A 5LL6Z 2W42A 2AA4A 1QE1A 4QCLA 4K43A 1C0TA 2KZZA 1NM1A 1Q18A 1CZBA 1JLEA 3C7NB 4A61A 1WN7A 1K6YA 4IZ9A 1HKBA 3L3VA 1RT3A 4IJNA 4ZTJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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