4IBN | Genus

Total Genus 59

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	59
sequence length	211
structure length	211
Chain Sequence	SDIPTPLVAVYADESCLGNGREGENPGGAGVLVEYARPGGAGDIVRRDVWVSEPATTNNRMALRSVIEAFRAIGHKGTRFRVVFTTDSRYIVDGMTRWVHDWAQRGWKRKSGAIENLALWQEAVQAVNGHAVEWRWVRGHAGHAQNEYANHLAVTAAGGQTQSGGLVDSGYEEWAARVSTAASRMRLEPFPDAAAFRPSPALPVVAAGRPS

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__104904162247431__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__104904162247431__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4IBN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__104904162247431__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"104904162247431","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4IBN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__104904162247431__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Uncultured organism
publication title	Crystal structure of metagenome-derived LC9-RNase H1 with atypical DEDN active site motif pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ribonuclease H
total genus	59
structure length	211
sequence length	211
ec nomenclature	ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date	2012-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00075	RNase_H	RNase H

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4ibnA01

4CEBA 2JLEA 3D45A 3AV9A 3NCIA 4KO0A 4E1MA 1NKEA 3KIOA 3AVNA 5CYMA 3AVAA 3TAQA 1VSIA 3NF6A 1EP4A 3M8PA 4G1QA 4CJVA 1X9MA 3RR7A 3T1AA 4ID5A 3ZSOA 3MXJA 3SV4A 1LV5A 3MAQA 4DTMA 2RF2A 4GMJB 4DQRA 1ZBHA 2VG5A 2VG7A 2IOCA 1Y97A 4FJGA 4KHUA 4Y1CA 3AO5A 1XHXA 2RPIA 1VRTA 4R5PA 3AVGA 3V9XA 4DU1A 5D3GA 2E4LA 4DMNA 1RTDA 1C1CA 3OYFA 2HHXA 4B9NA 1KLNA 3ALYA 5I3UA 3HPGA 4CEOA 3C6TA 1J9AA 3AO3A 3AVKA 1KRPA 3RMCA 1RDBA 4I9QA 1JLBA 4DTUA 4DU3A 3QNOA 1LW2A 1VSLA 3AVLA 1I39A 2Z1GA 3DMJA 5KGWA 4CJTA 4C8LA 4W5OA 3C95A 1Z25A 1LW0A 1FXXA 2GBZA 3AO2A 3HYFA 1BHLA 4FW1A 3WNHA 3NH2A 2KW4A 4FM1A 4FM2A 4FJIA 2VWKA 4CIFA 3D0PA 1BIZA 5CY4A 3ZSXA 3HVTA 3B6OA 3V81A 4FJXA 4RW8A 4CF2A 1LWEA 1W0HA 1LAVA 2VG6A 4H8KA 1Z26A 1O1WA 3AVBA 1C6VA 1BCOA 2OZSA 3CFPA 3ZCMA 1RDAA 3KKSA 4N56A 1KFSA 4CJFA 1TKDA 4CHOA 2NUBA 1WLJA 1U49A 3OYDA 4BDPA 3QEPA 3O3HA 3ZSRA 4FJKA 4WE1A 1DTQA 3VQ8A 2RKIA 3E01A 4CGDA 1REVA 1U47A 1X1PA 2XRIA 5HRRA 4W5NA 2WOMA 4IFVA 1RBTA 1TKTA 4M3UA 3VA3A 3OY9A 4F3OA 1ZYQA 5C24A 4JRQA 3HK2A 4F2SA 4MQ3A 1GOAA 4Q5VA 4E89A 3L2VA 1L5UA 4KHWA 3DLBA 3RMDA 1TK8A 3KLHA 4ICLA 2B5JA 3IS9A 5SZTA 1WSEA 4CGFA 4W5RA 4JRPA 1DTTA 3L3VA 3O3GA 3L2UA 2I5JA 3DM2A 1QTMA 2P5OA 4BWJA 4FJNA 4AHSA 1XWLA 3TWHA 2A1SA 2ATQA 1VSJA 4FJLA 3L8BA 3I0SA 1D5AA 1SL0A 1RDDA 2PZSA 4O44A 4B8CA 4CGJA 1C1BA 3V9ZA 4FXDA 1NJZA 1C0MA 1JLCA 4LD0A 3C6UA 3LALA 1G15A 4CJWA 4KI4A 1F21A 3I0RA 4CF9A 4N5SA 1RT4A 3ZSVA 5J2PA 4CJ3A 1L3TA 4O0JA 2G8UA 1KTQA 3QESA 1JLGA 3LP0A 3SZ2A 3DLEA 4ZTJA 4KHQA 5CZ1A 1TV6A 3M8SA 4OPKA 2PY5A 4DQPA 1KFDA 1ZBFA 4CEDA 3KLGA 2YNGA 4CERA 3AVCA 3VQ4A 2LSNA 1HYZA 3O4NA 3QNNA 4OLBA 2HHUA 4MFBA 3ZSZA 3TARA 4FLXA 3OS2A 4Y1DA 1RILA 3HPHA 1D9FA 3OYNA 4HUFA 2GUIA 4CJLA 3RRHA 2Y1JA 2D5RA 4IG0A 3RTVA 3LZJA 3SYZA 3VQPA 1KVAA 4BE1A 4FK4A 3HSTB 1RTIA 3ZT3A 3NGYA 3SPZA 4FJ5A 4DTRA 3C94A 3KD5E 2G8HA 1IKXA 3HP6A 1GOCA 4FW2A 4CIGA 1T03A 4KTWA 3H08A 3OYCA 3QIOA 1N5YA 4NYFA 4FLZA 1S1VA 3O3FA 3SV3A 3LWMA 3QETA 2A1RA 3ZT2A 3MEDA 1S5JA 4DLEA 3ASMA 4Z4GA 2XY6A 2G8IA 4Q0BA 3V6DA 3M8QA 3U3GA 3K59A 3I8DA 5J2QA 1U4BA 3RRGA 4OPJA 4NYNA 4CGIA 1BGXT 2KZMA 1JKHA 1HYVA 4KHYA 4FYDA 4CJUA 2D0BA 2F96A 1T7PA 5FRMA 2HVHA 4DFKA 3AVFA 3K5LA 2ZD1A 1C0TA 4W5TA 4DWIA 5JS1A 4Z4EA 2DFEA 4Z4HA 5HLFA 1FKOA 3DLGA 1A5XA 1RBUA 1D9DA 1J5OA 2R7YA 4FJ7A 3TAFA 3LPTA 3CG7A 4LH5A 4I7FA 1TGOA 3V9SA 3TAEA 2G8WA 3RR8A 1HYSA 2KTQA 3IRXA 1NKCA 4O0IA 4KRFA 1BQMA 3FFIA 4EZ9A 1ASVA 1SUQA 3L2QA 2BDPA 2P5GA 3LZIA 1VSHA 2Q3SA 5J2MA 4NCGA 2HNYA 4DSJA 3OYIA 4RW6A 3K57A 1T05A 3HJFA 3QEXA 4I2PA 3OS0A 4E3SA 3QINA 1LWFA 3VQ7A 1T8EA 1YVUA 2KFZA 3EYZA 4OGCA 2HB5A 3ZSYA 4CCHA 4E7LA 3SQ0A 3K5OA 1VSDA 5KTQA 4DTXA 4PY5A 2HHSA 2O4GA 3CFOA 3LWLA 3A2FA 2OYQA 1S9GA 3QLHA 3G10A 1KVCA 3PV8A 2QK9A 1CXUA 3AVJA 2YKNA 3KLFA 2G8VA 1KVBA 2YNFA 4ID1A 1LWCA 3UIQA 4N76A 1IKYA 4NCAA 4KV8A 4DTPA 1UAXA 2BANA 1DLOA 4CJRA 2FBTA 2XHBA 3IG1A 4DU4A 5J2NA 3VQ5A 4OJRA 3NBPA 2HVIA 1C1AA 4CK3A 1VRUA 4Z0UA 2DFFA 2IGIA 2X6SA 3OYLA 1RT2A 4PA1A 4HHTA 4FK0A 4JS4A 4YFUA 4DS5A 2HHWA 1JXEA 1X9WA 4OKJA 1TK0A 4KTQA 3K5NA 1VSFA 4PUOA 1MU2A 3NDKA 4BACA 4B3OA 2DY4A 1ASUA 3DRPA 3NFAA 1N6QA 1JLQA 4IKFA 4Z4IA 1L3SA 3SUOA 4ELVA 3S3OA 4AHTA 3V9WA 3O4QA 4C8MA 1B92A 4CE9A 2B4JA 2YNIA 1SL2A 4E7HA 2KZZA 1XI1A 2D0AA 3PX0A 4FZYA 1UOCA 2KQ2A 3ZT4A 4CHQA 1QS4A 3RWUA 4RG8A 4B9TA 3HP9A 3MEGA 1UA1A 1FK9A 1RBSA 3ITHA 2O4IA 4FLVA 2OZMA 3SUPA 4TSXA 1XHZA 1TAUA 4E19A 3K2PA 3KJVA 3HVRA 4F4KA 1RT5A 2X78A 2HW3A 3PO5A 4F2RA 3SQ1A 1TK5A 1NJYA 3OYMA 3K58A 3QEVA 4I2QA 4FLUA 4M3ZA 4B08A 1TKXA 1A5WA 3KKRA 3IAYA 4J2BA 4CFBA 3T19A 3U6FA 3VQ6A 3NF9A 4AHVA 1QSYA 1RT6A 2FC0A 2HNZA 1BI4A 2ZQBA 4OGEA 2YNHA 5J1EA 3OYKA 1CLQA 3DI6A 4CEQA 4KI6A 1BL3A 1XC9A 4DTJA 3LAMA 3CYMA 4CFDA 1K6YA 1J53A 3VQEA 3U3YA 4C8NA 3NH1A 1SKRA 1CXQA 3SUQA 2EX3A 5CZ2A 4CHYA 3OVNA 4O4GA 3TABA 1ITGA 4DTSA 3F73A 3WNGA 1TL1A 2E6MA 3AA3A 3DYAA 3VQCA 2X74A 3L2WA 3SI6A 3MECA 1R0AA 1IKWA 4J2AA 1SL1A 2F8SA 4KFBA 3OYAA 1HQUA 4L8RB 1NKBA 4CIEA 4B9MA 4LSLA 1HRHA 3P5JA 1WSFA 4M41A 2GV9A 4K8ZA 4F8RA 3NGIA 4CF1A 5KRSA 3L3UA 3WNFA 1RCHA 3MXIA 1NK4A 4B9SA 4LSNA 1BIUA 3RMAA 4FZXC 4I9LA 5HRPA 4GVMA 4HUEA 4ELUA 4E7JA 1JLEA 3HO1A 4AHCA 1NK0A 4RW9A 3VQDA 4DTOA 1D8YA 4CEEA 4CFCA 1RT3A 4CF8A 3JYTA 1IO2A 4FLYA 1JLFA 1CZBA 4CK2A 3QO9A 4CECA 4M3YA 1IG9A 4Z4FA 1HMVA 4QCLA 5KI6A 3VQBA 3V9UA 3KTQA 2X6NA 4LH4A 4DQQA 4CJ4A 5K14A 3OYBA 3PX6A 1L3UA 3JSMA 3QEWA 1NJWA 4CHNA 5CYQA 1L3VA 1UA0A 4E1NA 4JLHA 1BI4B 2FBXA 4CF0A 3S9HA 3DOLA 1UWBA 5KGXA 3KK3A 4NCBA 4HCCA 4CJPA 1HPZA 3MXMA 2JGUA 2OPSA 3TAMA 3WNEA 4CFAA 4FCYA 4DFPA 3HL8A 3AVIA 2YV0X 4DS4A 1ZBLA 1NK7A 1RT1A 1B9DA 4DFJA 2Z1IA 3NE6A 2FBVA 3VQ9A 4KPYA 1U45A 5C25A 5HBMA 3ULDA 2OPQA 3EY1A 5HRSA 3T3FA 3PUFA 3SPYA 4Z4CA 3DRSA 3SNNA 1RBVA 3OS1A 5T7BA 2HMIA 5E41A 3NGZA 1S1UA 4BDZA 1EX4A 4M3RA 3HXMA 4FJ9A 1WNSA 4OKEA 1U48A 5DK5A 3ZT0A 1TVRA 5EU7A 4J2EA 4E0DA 1WSIA 2P51A 1W9HA 3SQ4A 4KREA 4EP5A 1S6PA 1HNIA 2XO7A 2QKKA 3TAPA 4HCBA 2ZE2A 4AHRA 4KKOA 3LDSA 2G8KA 4FK2A 1EETA 1NOYA 2XY8A 1QSLA 4C8OA 4BE0A 3TANA 4CHPA 4B9VA 1Q9YA 1HJRA 1B9FA 4B9UA 3V1OA 3CM6A 2WONA 3AVMA 4K8XA 1S9EA 3AA4A 4DLGA 1RTHA 4FJJA 3LPUA 4CJ5A 4J2DA 3OYJA 2D0CA 3HM9A 1EXQA 1HNVA 3NAEA 4B9LA 4H4OA 5KRTA 3HPOA 2QKBA 1JL1A 3LAKA 3OJSA 2G8FA 1RDCA 4BE2A 1I3AA 3BGRA 3NF7A 4AHUA 4DSKA 1S1TA 1ZBIA 4RW7A 5JS2A 1TAQA 1QQCA 4N47A 3V1QA 1WAFA 3F9KA 2QXFA 3AA5X 2OA8A 4KHSA 4OLAA 3S3NA 4KB0A 4GW6A 5HROA 2IAJA 2ITGA 3S3MA 3MEEA 1CZ9A 4FJHA 1TL3A 1WSJA 2OPRA 3EZ5A 3PX4A 3KD1E 2OPPA 1S6QA 4KTZA 3CQ8A 4DSIA 3OJUA 3DLHA 4PQUA 4DSEA 1IKVA 3THVA 4KAZA 5FRNA 4OVLA 3QERA 4KB1A 4DF8A 3VA0A 3VN5A 1YT3A 3LP1A 2Z1JA 5HP1A 3OYGA 2HHQA 4HTUA 2HHVA 1C0UA 2E6LA 3OYHA 3L2RA 2FBYA 4CJEA 1KLMA 3NF8A 3TR8A 2HNDA 4XIUA 1SKWA 4YNQA 1IH7A 1BQNA 4ZHRA 1QSSA 3AA2A 3OYEA 1A5VA 3DOKA 4FZZA 2RN2A 1NOZA 2PYJA 1YTAA 3DLRA 4OKKA 4FLWA 1S1XA 1Q9XA 1ASWA 4BDYA 1ZBUA 3SJJA 4CGHA 4FLTA 4EZ6A 4CJQA 1VSKA 1RT7A 4IG3A 1NK8A 5SWMA 3SCXA 3M8RA 2Z1HA 1LAWA 2Y1IA 3QIPA 3P83D 1VK0A 1VSEA 3LANA 2YKMA 4RW4A 4E7KA 5DMRA 4DTNA 4FM0A 2B6AA 1JL2A 1Q8IA 1JXBA 4IDKA 2P1JA 4DSLA 1TKZA 4QAGA 3ISNC 3AO4A 2YHAA 4IFYA 4AILC 4M45A 2ETJA 4DFMA 2BE2A 4DF4A 4M3XA 3B6PA 3RMBA 1WAJA 3SUNA 2EHGA 4UQGA 1J54A 4QOZB 2PYLA 1GOBA 1SV5A 2IDOA 1YTUA 3ZSWA 2BGGA 1VSMA 4O5BA 2HHTA 4CJKA 2KFNA 3PO4A 5C42A 1X9SA 3KLEA 3LP2A 3V1RA 1NK5A 1SKSA 4PWDA 2IS3A 4HUGA 5I42A 3LP3A 3SQ2A 1EKEA 3AO1A 3CFRA 5HRNA 4H4MA 4W5QA 4AH9A 4CEAA 4CESA 3VQQA 3NHGA 2YHBA 1FKPA 3QEIA 4N41A 4DG1A 2AJQA 1BCMA 1RNHA 2XY7A 5FROA 3DRRA 4EP4A 3NH0A 4ZTFA 2IC3A 3K5MA 3DLKA 4LY7A 4C8KA 5FDLA 4DQSA 4CJSA 4KHNA 4E7IA 3AVHA 4M3TA 1NK9A 4F3TA 4BWMA 1QHTA 4CEZA 3V4IA 4DQIA 1KCFA 3G0ZA 4FVMA 2W42A 3KK2A 2DTUA 3ZT1A 3VQAA 3TI0A 1HQEA 3BDPA 1U04A 4M42A 1WSGA 3CM5A 3KK1A 1RTJA 1S1WA 4CGGA 4HVJA 3TAGA 4ELTA 1JLAA 4CK1A 4JS5A 4FJMA 4M3WA 4CHZA 1BISA 2VWJA 4B8AB 3PY8A 1WSHA 4DSFA 4O55A 3KLIA 1RBRA 1QE1A 2DFHA 1NJXA 4IBNA 1KSPA 2F8TA 4FJ8A 3ZSQA 3P1GA 4CEFA 3HT3A 2XY5A 1WN7A 1NK6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4IBNA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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