4IOAL

Crystal structure of compound 4e bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
total genus 16
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ioaL01
4WF9L 3CCJN 1YITN 4WFNL 1VQ5N 3CC2N 5GAEP 5HL7L 2OTLN 4U67L 3PIPL 1S72N 4IOAL 2QEXN 1YJ9N 1KQSM 2ZJQL 1JJ2M 1VQON 4IOCL 1OVYA 1VQ7N 3CMAN 3CCSN 3CCVN 3CC4N 1VQMN 1YIJN 1VQKN 3CC7N 1YI2N 5JVGL 3CPWM 1Q81O 3CCEN 1M1KO 5JVHL 2QA4N 1QVFM 3G71N 5GADP 3CCQN 3G4SN 1N8RO 1K73O 1KC8O 5DM7L 4WCEL 1QVGM 1Q82O 1M90O 1YJWN 3CCUN 1YHQN 3J7ZO 1ILYA 1W2BM 3CD6N 1Q86O 3CMEN 3CXCM 1VQ9N 4WFAL 3I56N 1VQ6N 3CCRN 3PIOL 4IO9L 3CCLN 5GAHP 3OW2M 1VQPN 1K8AO 1YJNN 5GAGP 1VQ8N 3G6EN 4WFBL 1VQ4N 1KD1O 3CCMN 4UY8O 5MLCQ 1VQLN 5DM6L 3CF5L 1NJIO 2ZJPL 2ZJRL 1K9MO 2OTJN 1Q7YO 1VQNN 3DLLL 3I55N 5H1SQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AH9A 5AQPA 3K57A 3G25A 2F9WA 3K5LA 2VWBA 4DUZK 5M1NA 3DLKA 2OTLN 1TK5A 1MWKA 1QQOA 4M3RA 3KD5E 4CBWA 4BR4A 1IKVA 3ATVA 2FSNA 2ZE2A 1VQON 2DPNA 4Y0WA 4H4OA 4DKWA 4ISEA 4CFDA 4DMNA 1RGIA 3M8SA 3LM9A 1RTJA 3ZSVA 3DWLA 4GV6A 2VG6A 2YV0X 1LV5A 3A0IX 1DTTA 3C6HA 4W5QA 2QK9A 2FSKA 2W40A 3MWTA 1Q81O 3HJFA 2OPRA 5HLFA 1XNQK 2IOCA 2Z1GA 1BDGA 1BQNA 4EFHA 3JYTA 2UXDK 5KGXA 1QVFM 1J5EK 3SCXA 3LDLA 5KI6A 4H5WA 1CXUA 2ZD1A 3T7ZA 1N32K 2OPQA 1RNHA 1M90O 2KZMA 1VSMA 5GIOA 4JS4A 1TKDA 1JXEA 4B9TA 3QEPA 2EWSA 4DR5K 2E20A 1HYVA 2WTUA 4CGHA 1D8YA 3O4QA 3O8MA 4LH5A 3OYFA 4CZKA 1U49A 4DV0K 4CW7B 1DLOA 4FK4A 4AQYK 3S3NA 3L3VA 2UUAK 4KH6A 2QW9A 3VA3A 1HNXK 4BRKA 4KHNA 1C0FA 1RCHA 1FKOA 3AA4A 1TUUA 1XMQK 3QFPA 3IFRA 3O9TA 5BR8K 3KK2A 4EZ9A 1L3VA 3DI6A 2IDOA 4JKGB 2KFNA 3RMCA 1VQ4N 3WT0A 3GG4A 3AO4A 5DM6L 1JL1A 3LP0A 4DQ8A 4DSKA 3BDPA 4NO7A 4RW8A 5KPRA 4IKFA 2RE2A 4GVEA 2PAVA 3SQ4A 1XC3A 4TSXA 3TAMA 4X65K 4H0PA 1L5UA 3L2VA 3TAGA 2ZGZA 1YTAA 4FM2A 2ITGA 2UYTA 1S5JA 5KGWA 4PA1A 5AQHA 3IRXA 5HRSA 2WFBA 1J54A 4BG8A 3DXKA 1D5AA 3K9KA 2HW3A 1Z05A 3HYFA 5BRHA 2P9NA 2HF3A 2E1YA 4AHVA 1NGHA 3K5NA 3THXB 1YI2N 4CEBA 1HYZA 4LF6K 5F1XA 1C0UA 2NRZA 3IUCA 1MA9B 1NOYA 4IFVA 1CZAN 3PY8A 1Y64A 2FSJA 3O9SA 4BR7A 3HTVA 2W42A 4O8UA 1K73O 4LFCK 1DT9A 4CJ4A 3MEGA 4WCEL 3G0ZA 2YNIA 4E7IA 1Q82O 4FWPA 4KHQA 1WBDA 1HJRA 3SQ2A 4BDPA 1WUAA 2YKNA 1J5OA 4MQ3A 3CJCA 3VQ4A 4IO8A 1VK0A 1S3XA 4EIAA 1IV0A 4AHCA 4WQ4C 3DJCA 2YI1A 3F9MA 3B6OA 5DMRA 3CCRN 3U3YA 3VTIA 1X3NA 4KTWA 3GL1A 3CHWA 3HPOA 2QXLA 3CCLN 3R3LA 1HRHA 4DR2K 4NLBA 1GLFO 1NBWA 3SAFA 4ICLA 1FJGK 4BREA 3JXUA 3QETA 4M63C 4DU4A 3CCMN 4UY8O 1RBSA 4FM0A 1HYSA 4CHYA 3OJSA 3V9ZA 4WYBA 2ZJRL 5CHIA 3ULEB 3OHRA 4B3OA 4ZTJA 2LSNA 1JLAA 4IFEA 1S9GA 3KZBA 1E4GT 3CERA 4LSNA 4CF9A 1C1CA 1TKXA 3VTHA 5FRMA 5C10A 4DHYA 5E84A 2E8AA 4PKIA 5JMVA 4HWIA 3RRGA 1VSDA 4JI0K 2E2NA 1S6QA 2P9LB 2QWPA 4LF7K 5K14A 4JNEA 4DSIA 2P9KB 3HM8A 3AVLA 3OTOK 1T05A 1U47A 2X74A 4OPJA 5IT9O 1T6DA 4FWRA 3QLHA 3CPWM 5AQUA 4R5PA 4JKGA 2FBXA 4KFBA 3NMUA 4OKEA 3O1WA 1CLQA 5M1PA 3NAEA 1Q18A 2XHBA 3EZWA 3VQ7A 1QVGM 2HHSA 3SBGA 1W97L 4JK9A 3VF6A 4FOIA 4BWMA 3WXKA 3BZKA 5D3GA 3KKRA 4ISFA 3CQXA 4W5OA 3OS1A 3F2KA 1HQEA 5FPDA 4CJVA 1JKHA 1UOCA 4FL9A 4CEEA 4IFYA 1ZBFA 3ENOA 4JKCA 4E7JA 3HP9A 2HNYA 4KHYA 3H45C 3WXIA 3H46O 1RDAA 4JI1K 4MFBA 1T3VA 4F3OA 3RMAA 3THXA 3DLBA 1C0GA 3ZX2A 3PX6A 1WLJA 4NXNK 3RSEB 4GV3A 2ETJA 3VESA 3VQQA 2YKMA 1RBVA 3PX0A 4DQIA 3HZ6A 3AO2A 2QWRA 3CJBA 2ZJPL 3QICA 2NZTA 4A5AA 3LM2A 2OTJN 1VQNN 3FZFA 5H1SQ 4QOZB 3OYBA 1KRPA 3O3FA 4FYDA 4F2RA 5DK5A 5F0XA 4J2BA 2V52B 3NH1A 3TI0A 4B9VA 2GWKA 3WQTA 4RG8A 3KWIA 3QDKA 3CJAA 4IZ9A 3VQ6A 4EP4A 2ASOA 1RT3A 2QWNA 5EX5A 2D0AA 3FLCO 1XHZA 1Z26A 3OYIA 3CYMA 1VQMN 1HNVA 3RWUA 4KI4A 3TR8A 4FJMA 1T44A 1B9DA 3T1YK 5AQJA 4H5NA 5EY4A 1T7PA 1YF5L 1YUWA 3NGYA 2PZSA 1NGFA 1QSLA 4N76A 2FF6A 1S1XA 1OH8A 4BC5A 4FJLA 3ULEA 4ILHA 1Q8IA 1TGOA 4UQGA 2DY4A 4Q0BA 1N34K 4Z4EA 1ASVA 3AVIA 3LL3A 3L8BA 1HKGA 5FPNA 2O4GA 3ID6A 1OKJA 3CCUN 1HQUA 4FPAA 4HVJA 3WXJA 4M3ZA 4FJJA 4LF8K 2P9LA 3E9PA 1NK8A 2JGUA 2P9SB 4E7KA 1NG9A 2UXCK 1BO5O 4I2QA 2P9KA 1QQNA 1GOCA 2EHGA 1WN7A 2FBTA 3V9XA 4WE1A 3J7AP 2AP1A 4FWLA 1VSIA 1SKRA 4LY7A 4E0DA 5LMUK 4BVOA 5GAGP 3CM5A 4PWDA 3MEDA 3W3DA 4MDBA 1NKBA 3VQCA 4CIEA 4CFBA 1N6QA 3AA2A 3DLRA 4B1ZA 4ZTFA 4X64K 3CF5L 1NJIO 1JLBA 4K43A 3LDQA 1NGAA 4OX9K 2OYQA 3ID8A 2Y1JA 4CD1A 3GE1A 4Q5VA 4FJXA 3DLLL 1HPMA 5AQXA 4YY3K 2NRTA 3SBTA 4KREA 4FK0A 1P8ZA 4BE2A 4PKGA 2PY5A 3LDSA 2FLOA 3DRPA 3ENHA 1NGJA 3O9QA 3U4LA 1NGEA 3BGRA 3AA5X 3CETA 4BRAA 4U67L 1GOAA 4ZHRA 3HOTA 4CERA 2ZJQL 2FXUA 4BGBA 4FM1A 3IMXA 1X1PA 1U48A 5KRSA 1FW6A 1UA1A 1QSYA 1NK0A 5JICA 1FXXA 2P1JA 4FWKA 5EVZA 4FOEA 5C2DA 2HHXA 3QMLA 2CH5A 3VGLA 5HP1A 3OYDA 3WNHA 3D45A 5AQRA 4BR0A 2Q97A 2QKBA 4FO0A 4EHTA 4NYNA 4QAGA 5KTQA 4CHZA 5AQKA 1L3UA 3KK7A 2VQEK 2ITMA 2CGLA 5SWMA 4XIUA 4JS5A 1RDBA 4FJNA 1RBUA 2Q2RA 3THYA 4GKKK 4JI7K 3HOSA 4N56A 4H0VB 2YJEA 1HJOA 1TV6A 3KLEA 5ADXA 4DTJA 1D9FA 1TYQB 4B9SA 5JLHA 1WB9A 4DUYK 3MCAB 4JKFA 3VGMA 4BRCA 1ZBIA 4FJKA 4IDHA 1JCGA 4Z94A 5IWAK 4KO0A 4DWIA 3O80A 4CIGA 4B3RK 1QE1A 2YHYA 4KTZA 3ZSRA 1XC9A 2E6LA 3MN7A 3VN5A 1I94K 1KLNA 2A1RA 3UKRB 4MO5A 5ADXH 1RT2A 3M8QA 2F9TA 4NXMK 4H0TB 4GW6A 4CGIA 1Q7YO 4KHSA 1TAUA 3QNOA 4Y1DA 3ITHA 1QHAA 2P9PB 4B9MA 2XY5A 2UU9K 2BH1A 1VQ5N 3EY1A 2R7YA 2E2QA 1NK5A 5LJWA 1ITGA 1KLMA 1GLDG 4AILC 4X62K 1X9JA 3NVKA 3CQ8A 5J1EA 4ELTA 2DFHA 1GLCG 1KXPA 2P9SA 3R6MA 4H0OA 3JAMO 5M1KA 3SAHA 3KKSA 2D0PA 3VMFB 1WSIA 3FZMA 3FE1A 5CYQA 3WXMB 1BUPA 4DFMA 1B92A 3U9DA 3I8BA 1NM1A 1BWFO 3AVMA 3IAYA 2UUCK 4CGFA 2IS3A 3J7YP 4ELUA 4PL8A 2B6AA 1A5XA 3VERA 2F4VK 3SAGA 3MDQA 2RPIA 4DU1A 3ZT2A 4DG1A 3L6QA 3FZKA 2HBMA 2YX6A 2O8FB 1W9HA 3U6FA 3O4WA 4M7XA 3LP2A 4OO1J 4B3MK 1SS6A 3CJ1A 3OS0A 3KLFA 5LMNK 1C1AA 1HMVA 4LD0A 3D0PA 3C95A 1D4XA 2HF4A 1RT4A 1YXQA 1S1TA 1BOTO 1G15A 1UWBA 2HMIA 3C7NB 4H03B 1K8AO 2CGKA 1BCMA 3RTVA 4O5FA 1LOTB 4OJRA 4JI6K 1NJYA 2I7PA 3C6TA 1P90A 2HOEA 3P4IA 3VQ5A 3BF3A 3HRGA 1K9MO 2E88A 2P9IB 3OA9A 4IDKA 4HHTA 4C8LA 3RVCA 3HI0A 5C15A 3ZT4A 5AQNA 1C0TA 2HHUA 2Z1HA 3T69A 4FLTA 3FFKB 3DYAA 5AQMA 1LWFA 4NYFA 4J2DA 1TYQA 3CQYA 3DOKA 3KK1A 1J9AA 3O9RA 5AQSA 4JK8A 3SPZA 1NOZA 3RMDA 3VF2A 3M6GA 4BC3A 3H08A 2YHBA 1ATSA 1I3AA 4J8FA 4IOXA 5HROA 3H1QA 1MWMA 3SQ0A 1NJZA 3TSPA 1HR0K 1HUXA 4M3TA 4CFAA 3UKRA 4YFUA 3CPEA 3E9LA 5C42A 1KCFA 3FR0A 4JLHA 2G8FA 5GADP 1IBLK 1IBMK 3VQDA 4B3SK 4KHPK 5BREA 2GBZA 4BDZA 4RTFD 2P9PA 2D5RA 4CZIA 4OGEA 1X9MA 4BC2A 3PSIA 2B5JA 3IS9A 1K6YA 4PQUA 2EX3A 4KRFA 2O8CB 4FXDA 4FLXA 2OCEA 1NGIA 5BR9A 1HNIA 3HP6A 3SUNA 3EL2A 2YNHA 4IG0A 3ZT0A 1DGKN 1WAJA 3B8AX 4W5TA 3SI6A 2GTDA 3PIOL 4NCBA 3AV9A 1TL1A 4BR2A 4BRIA 3SLCA 1ASWA 3OW2M 2X6NA 1Z6RA 4C1NI 1IKXA 1QQCA 5HOOA 3L2QA 4DTSA 3GOIA 4V19S 3SUQA 4FVMA 3UB5A 3L0QA 1DTQA 5BRDA 4CZHA 3P1GA 3AVGA 3U8XA 3TAPA 1NGGA 4A59A 4DF4A 3LWMA 3I33A 2Q1NA 3D2FB 3CCJN 4CIFA 3LP3A 4BGAA 2O8FA 4FJHA 4DB3A 1BA0A 2F7TA 3D2EB 1W7AA 1JXBA 3LAKA 1TKZA 3TWHA 5FLXO 4Z4FA 4DTMA 1EX4A 1O1WA 3C65A 4DU3A 3K59A 4ID5A 4IOAL 5CR4A 4CJ3A 1YJ9N 3SK3A 3VEYA 3H1VX 3H3NO 3KIOA 4LH4A 3P38A 1EQYA 3LANA 5I3UA 3TSQA 3HPGA 3C7NA 3E01A 4BE1A 2YJFA 3TPQA 2HNZA 2BE2A 2KLAA 3WNGA 2WBNA 4DSEA 2FC0A 4IBNA 5AZJB 3S9HA 2CGJA 4O5BA 3RR8A 4CGDA 1CXQA 4DQPA 3O08A 3E66A 2P9IA 3DRSA 1TL3A 2NRHA 3M8RA 2HBJA 3NHGA 3I8DA 3DOLA 2G8HA 4XH1A 4RW4A 1ATNA 5J2PA 2E1ZA 2PYLA 3Q7CA 4DQSA 3RR7A 1ILYA 4M3YA 3VOVA 4CEOA 1BI4B 4JV5K 4C8NA 3LZJA 3NFAA 4OLBA 1VQ9N 3K5MA 4YNQA 4A61A 2HMPA 1VSLA 4JKBA 4FJIA 3E1YA 1QSSA 1KFDA 3VETA 3PSFA 3GBTA 1IKWA 3VQ8A 3SMSA 3G10A 4CECA 4OLAA 3O6WA 4M42A 3I0SA 4LF4K 5AQFA 4A5BA 5AQQA 3V9SA 3OYMA 3JS6A 4CJKA 3VQAA 4NCGA 2HB5A 3P5JA 4BR5A 4DQRA 4DF8A 5BN8A 1ZYQA 2VGMA 1U04A 2X78A 3A8YA 4IEEA 1YITN 2IAJA 4Y1CA 4CD3A 4ILJA 1TUYA 1WSEA 4CK3A 2Y1IA 1RT5A 3OYEA 4YOVA 3V9UA 3I0RA 1MDUB 2O8CA 4JYAK 4YORA 1XHXA 2KZZA 1KAYA 4BRGA 4FWMA 3A5LC 1SL1A 1Z25A 2F8SA 2QWMA 4JD2B 5AQWA 3AVFA 4JI5K 3MX5A 3MN5A 4CJ7A 1NK9A 3LP1A 2Z1JA 4CJPA 3THYB 1BQMA 3NVMA 3T3FA 3Q7BA 1VRUA 3TAFA 3VQBA 4DTXA 4FVUA 5JVHL 3ASMA 4F9OA 1N5YA 2GWJA 3CG7A 1S6PA 3G4SN 3P39A 1A5WA 4NCAA 3QINA 4CGGA 2NRWA 1ZBHA 4CZFA 3D2FA 3MXMA 4B1WB 1TK8A 4QCLA 4K25A 4HTLA 3KLGA 3HT3A 3NCIA 4B1XB 3D2EA 4N47A 3TTFA 1K8KB 4O0JA 4MO4A 3OJUA 4HTUA 2KQ2A 4W5RA 3DMJA 2AA4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4A2B A;  3A5M C;  3AO3 A;  3UE5 A;  4JK7 A;  3ZEU A;  3TAE A;  4B9N A;  4JRQ A;  2QA4 N;  2G8V A;  4BQZ A;  4G9Z A;  4HUE A;  1SV5 A;  3P31 A;  4PY5 A;  2UXB K;  2ATQ A;  2WC9 A;  4CF8 A;  5AR0 A;  5E26 A;  1N8R O;  4K41 A;  5CY4 A;  4M3U A;  1LCU A;  4K8X A;  1X3M A;  2VCP A;  3DM2 A;  3NE6 A;  4GKJ K;  1RDD A;  1NMN A;  3EKS A;  3CFP A;  4CZL A;  2A41 A;  3W0L A;  1RT6 A;  3AVK A;  3MK6 A;  4CJF A;  3A5O C;  3TTC A;  3MEC A;  3CD6 N;  2JWK A;  5LL6 Z;  3CME N;  1WSG A;  4DV6 K;  4CEQ A;  1LAW A;  1YT3 A;  1RIL A;  4CZE A;  2OZS A;  4W5N A;  1VQ6 N;  4JKE A;  3J80 O;  2JLE A;  2G8K A;  1XQS C;  2PBD A;  4HCC A;  1JLQ A;  1UA0 A;  3DXK B;  4B08 A;  4DV3 K;  2P9N B;  4WQ5 C;  3JSM A;  2RF2 A;  2XY8 A;  4KHW A;  5EU7 A;  1EP4 A;  4KH5 A;  2BUP A;  5JS2 A;  3S3O A;  3EE9 A;  1QQM A;  4I6M A;  4OKK A;  1Q9Y A;  4KTQ A;  3ZSW A;  3HPH A;  2A5X A;  5TKY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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