4IOCL

Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iocL01
3CCEN 3G6EN 1N8RO 2OTJN 1Q81O 2ZJPL 5MLCQ 1K8AO 5DM7L 4WF9L 3CF5L 1VQ4N 1VQMN 3CCVN 5JVHL 1ILYA 5HL7L 1Q7YO 4IOAL 1VQPN 1VQ6N 3CPWM 5H1SQ 3CCRN 3CCMN 1YIJN 1VQ7N 1JJ2M 1K9MO 3OW2M 1VQNN 3PIOL 5DM6L 3CCUN 1VQKN 1YHQN 5GAGP 3I55N 4IOCL 1VQ8N 4WFAL 4U67L 2ZJRL 1OVYA 2QA4N 1Q82O 2QEXN 1S72N 1YITN 4WFBL 1YJ9N 5GAEP 1YJNN 5JVGL 2OTLN 5GADP 3CCJN 1KQSM 3G71N 3G4SN 1VQ9N 1NJIO 1VQON 3CC2N 3CC7N 3CCQN 5GAHP 3CXCM 3CCLN 3I56N 4IO9L 1K73O 1M1KO 4UY8O 3CCSN 1QVFM 1YJWN 4WCEL 3DLLL 3CMEN 4WFNL 3CMAN 1VQLN 1Q86O 3CC4N 1YI2N 2ZJQL 1QVGM 1KC8O 1KD1O 3PIPL 3CD6N 1W2BM 3J7ZO 1VQ5N 1M90O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WAJA 1VSEA 4OKKA 3AAQA 3ZEUA 1JL1A 3MMVA 2HW3A 5MLCQ 3J81O 4FL9A 3HZ6A 4IBNA 1TKTA 3ASMA 4CHQA 2WTUA 3BF3A 3EYZA 4AILC 4IOAL 1VQPN 4KO0A 4O55A 5B8HA 1ZC6A 4DFMA 4KI6A 4RTFD 1JLGA 4ZTJA 1VQ7N 2QXLA 1BI4A 4DQIA 3HTVA 4FZYA 4CF9A 3AVLA 3NH0A 5KQDA 3O1BA 5D3GA 2P5OA 1NKCA 4BY9C 4CZKA 4BVPA 4CFAA 3LAKA 1GOAA 4DV5K 4K43A 4ELUA 5IWAK 5BPMA 2ZJRL 1KAXA 3L4IA 3QFPA 3KKSA 3GE1A 3OJSA 2KTQA 3ALYA 2X6SA 4IZ9A 1ASVA 4LH5A 3SBTA 5CYQA 2D0AA 4DR7K 3TSUA 4BDYA 3OYLA 3VA0A 4FLUA 4KTWA 1NMDA 5C42A 4JK9A 2BUPA 4A2AA 1ASUA 1NJIO 4KFBA 4B9QA 3RMDA 3IS9A 3KTQA 1IKWA 3EE8A 3WNGA 3BP8A 3IRXA 3NF7A 4V19S 3LWLA 2VYPA 5C10A 2Q2RA 1D4XA 4ELVA 1ESVA 4DUYK 1JCEA 3ENBA 2E6LA 4FJMA 4J8FA 4KHYA 1TK0A 2PBDA 4N5SA 4Z4GA 1JLFA 3VESA 3AVJA 3LDSA 5AQHA 2HHTA 3NAEA 3DYAA 3VN5A 4JRPA 4HUEA 5LJWA 3ZCMA 3O3HA 3AGRA 3L0QA 3OS1A 3P1GA 2ETJA 1BI4B 1WSIA 4JKBA 1N5YA 2OCEA 1VQ5N 3CPEA 1NJWA 3EO3A 5CZ2A 5TKWA 1ZBSA 3CM6A 3FZHA 4H5VA 1RDCA 3WEEA 4B3MK 3AVNA 3L8BA 3CF5L 5BRHA 5M1NA 3CQYA 3CCVN 3W3DA 5AQGA 3TU5A 4NYFA 3KLHA 4W5TA 4YORA 2GUPA 1KRPA 2WOMA 4BRMA 4DV1K 4FM2A 1DTQA 4H5NA 3OYBA 1HQUA 3NHGA 1UOCA 4KH4A 1VQKN 4CEDA 4W5RA 4CK1A 3HPHA 3THYA 4A61A 4DLEA 5M1QA 5ADXA 3NH1A 5C0YA 3VENA 1C0FA 3KVGA 3PV8A 2EHGA 2YNIA 5AQVA 4BRKA 3OHRA 5GAEP 4HCBA 2FC0A 4GNIA 2LSNA 4YDUA 3E9PA 2RE2A 3EN9A 4B3SK 3O4QA 4DV0K 2W41A 4FWNA 5AR0A 4GKJK 4DFJA 1Q18A 4B1UB 4DQ8A 3L3UA 2O8BA 3ZETA 2KHOA 3SUQA 1G15A 5KQ8A 4CF0A 2I5JA 4KH5A 2VCPA 5HROA 4ZHRA 3CCLN 4JS4A 1H1VA 2QWOA 3O9SA 1NGCA 4BACA 4M3TA 3V9SA 3SJHA 1HR0K 3T7ZA 1RBUA 1KVAA 3LPUA 4JKEA 4BR4A 3J7YP 2D0BA 4DTSA 4KHSA 1ZBIA 4FSVA 4Y1DA 3WEEB 3CMAN 4M7YA 4DV6K 4PUOA 4EP5A 2ITMA 3ULDA 3DRPA 3PX4A 4F2RA 1HNVA 1HMVA 3H45C 4LF7K 2KZMA 3NCIA 3O9TA 4N41A 3N4QA 4KTQA 3FFIA 5HRRA 4FJKA 4DWIA 4Z4IA 1YVNA 3HXMA 1HPZA 2OANA 3P31A 3THYB 3SUNA 4JV5K 3MECA 2OTJN 4BRDA 3KIOA 3HOTA 4M3YA 3NVMA 3AA3A 5AFUA 3WXMB 4BVOA 4W5OA 1VQMN 3AY9A 3N4PA 3ZX0A 4FJ7A 1LWFA 1HNIA 4IKFA 3NGYA 3NF8A 4DMNA 3R3LA 4Z0UA 1X9SA 1EWRA 4CHYA 1ZBUA 3EKUA 3M6GA 4E3SA 3ZETB 5BRDA 2O8BB 2X78A 3DLKA 4HUFA 4CIFA 4B1ZA 2BH1A 4PKGA 1GLAG 4QS8A 5CY4A 1JLQA 3DLHA 1VSHA 4LY7A 5KPRA 3WUHA 1WSHA 3O9QA 4KHNA 2E4LA 4RW8A 3AO3A 1YVUA 1VHXA 4DR5K 4C8NA 1HYSA 4H8KA 2ZF5O 3HO1A 1REVA 4B3RK 3LM9A 4PL7A 3V9WA 2I7PA 3QNOA 4B1XB 2O8CB 2BTFA 2A5XA 2Q1NA 3FZMA 3O9RA 2HSTA 4FWLA 2G8UA 4DR6K 4GW6A 1KVBA 3MAQA 3D0PA 3AVMA 2P9NB 3BGRA 4DFPA 3SLCA 1SZ2A 2P9KB 1C1CA 4JHDA 3WNEA 4KPYA 4JN4A 3CERA 4H0YB 4O0JA 1JKHA 3MN6A 1MDUB 3ZT0A 1U2VA 1X3NA 3QDKA 3P39A 3DLLL 3FE1A 2OZSA 1TV6A 4CHOA 2V7ZA 1TYQB 4XH5A 4CEEA 1W97L 2DFFA 5DMRA 2Q3SA 1VSLA 3M8SA 4AF1A 4CZHA 3KJVA 4Q0BA 4CBWA 4G1QA 4E1JA 3T1YK 4NLCA 1ZBFA 1NBWA 1KC8O 2UXBK 3QEXA 2F9WA 3G10A 2OZMA 4KHUA 5M1PA 4X65K 2J4RA 4NCGA 3UKUA 2VGMA 3HJFA 1EWQA 3SQ2A 4O8KA 5KPTA 5KTQA 1ZBLA 2IIRA 1U49A 2O8EB 1HKCA 4JI1K 3BEXA 5BN9A 5EY4A 4FWPA 3DLGA 1IJJA 5AQZA 3L4QA 1VQ4N 2O4GA 1WNSA 2W42A 1XNQK 4Z94A 4AHSA 3OYKA 3FZLA 2PYJA 4DSLA 4CJPA 4CW7B 4AHUA 1JLBA 4MLEA 2QTDA 4JKHA 1R59O 2A3ZA 1WB9A 3C6TA 3TTDA 1LWCA 3MWPA 3SAGA 3HL8A 1I94K 1RDDA 2P51A 1GLFO 4BRCA 3E9OA 3QICA 1KSPA 3THWA 3D2FA 1L5UA 1SV5A 2D4WA 4IXCA 1NK9A 3AV9A 4XH4A 3JYTA 3UB5A 4E1NA 3HI0A 3CQ8A 1U2VB 3PUFA 4JS5A 3F2KA 3LDNA 1SS6A 4ID5A 5GADP 4ISEA 3QFUA 3PO5A 4FJ8A 4O44A 2CGKA 1HKBA 3DXKA 1ATNA 3FZFA 5AZIA 2W40A 4LF8K 3MCPA 2E5LK 4LF5K 4LF9K 4YOYA 4YDUC 4PWDA 3KLEA 4PY5A 1DKGD 3DLRA 2P9SB 5F2RA 1NU0A 3K9KA 1DGKN 4A5AA 3U9DA 4M3RA 3KK2A 4DQPA 1HYZA 4LSLA 1UA1A 4KTZA 4OLAA 4KREA 4M3XA 1IV0A 3PIPL 4DTJA 2UXDK 4B1WB 1S9GA 4DTMA 1IKVA 3THWB 3MK6A 3ZSQA 1J6ZA 4GVEA 4CE9A 4DR2K 1HQEA 2BE2A 4I7FA 4CEOA 4C1NI 1NK5A 4CGHA 3LZJA 1SL2A 1C6VA 1TL3A 4ICLA 2Q97A 4CJ4A 1ZXOA 5SWMA 4CHNA 5KRSA 4B9VA 1D9FA 4A62A 4NCBA 1NGEA 3ZT2A 3O1WA 5ELZA 3ZT3A 4E19A 5ADXH 1NGJA 4PKHA 3QESA 5HRSA 1MWKA 2HHSA 5GAGP 3RMCA 3DXKB 4C8KA 2QWMA 4JI7K 3AVIA 4U67L 1W9HA 4NXMK 3SYZA 1WBDA 2A40A 1YJ9N 3VTIA 2YX6A 4F3OA 1NK0A 3HYFA 3ID8A 1WAFA 3BUZB 1NGFA 2GBZA 3SCXA 1QSLA 3MX5A 2WONA 4I2QA 5K14A 2UUAK 1YTAA 4O8UA 3SPZA 1QHAA 1EP4A 1VQ9N 2VWBA 4EP4A 1LAVA 3CQXA 3LP0A 3A5LC 4A5BA 3CCQN 3VF2A 3SMSA 4CF2A 4MDBA 3OYCA 1X9WA 5FROA 4J2AA 4DUZK 3ISNC 2YJEA 1NWKA 2G8WA 4B9SA 3L2VA 4M3UA 3V9UA 5AQUA 1ZBHA 3AAPA 3LP3A 1A5WA 2IAJA 3EEQA 3V1OA 4H03B 1Z25A 5AZJA 3QBXA 2F8SA 4EZ6A 5FLXO 1NKEA 1J5OA 2R7YA 1T8EA 1VK0A 1KTQA 1TGOA 4BC3A 3NF9A 3GG4A 4GVMA 1IO2A 5FPNA 2FLOA 4JKAA 3MXJA 1KLMA 4IFEA 4BC5A 1VSDA 5AFUH 4GV9A 3NF6A 4E7IA 1S1VA 3VQQA 4CIGA 4BROA 1BU6O 4WF9L 3QINA 4OKJA 4KI4A 1RDBA 1C1BA 4RW7A 5JS1A 3VETA 4K8XA 2W6KA 1Q7YO 2ASOA 3IUCA 4FJ5A 3VEWA 3FZKA 3K2PA 4BREA 4TSXA 1L3UA 5C12A 2IC3A 2ASMA 3AVBA 5CE3A 4IJNA 2F7TA 2WFBA 3JXUA 1U45A 2V52B 3AVAA 3CJCA 1RTJA 3KK1A 5FRMA 5DK5A 4BE2A 3R9PA 1VRUA 1FJGK 4JI0K 5C2DA 1NGHA 4BC4A 5KGXA 2QEXN 2GWJA 4RW9A 4LD0A 5BR9A 3O3FA 3LDQA 5CYMA 1Y97A 4ILGB 4DLGA 4JK7A 4M3ZA 3VQDA 4AM7A 2JLEA 5AQJA 1BG3A 1RTIA 3AO2A 3PLAA 4DR1K 1MA9B 5AZJB 4GKKK 2YJFA 3QEIA 2Y1JA 4L8RB 1T7PA 4CF1A 2NRZA 3DLBA 3VF6A 2UU9K 3ZT1A 3ENOA 4BRIA 4FLTA 4YOWA 3TARA 4CK2A 4CECA 3SAFA 3OYIA 3THXB 4CFDA 1GLJO 4DU4A 3LDOA 3L2QA 1GLEG 3CG7A 3MEEA 5AQOA 1NK4A 4QAGA 1L3VA 1CXUA 3V81A 1UA0A 3U8XA 2FBTA 5EX5A 3VQAA 4FWQA 1SUQA 3R8EA 3SUPA 3HP6A 1WBBA 4DSIA 3AGKA 1YUWA 1K6YA 2YHYA 3W0LA 3H46O 3VTHA 4FZZA 3DRSA 2QKKA 1B9FA 1RT4A 2X6NA 3A5OC 4NYNA 4CHPA 3VA3A 3AVGA 4IOXA 4MLHA 2KW4A 3ZYYX 3J7ZO 5TKYA 4FW2A 3ZEUB 1XC3A 4FLYA 4MQ3A 1RDUA 3H3NO 1WN7A 4CBXA 4H0VB 1NGAA 1C0MA 1IBMK 1Q9XA 4CZFA 1BO5O 1RCHA 4BRLA 4CJ3A 2Z1IA 3VQBA 2ATQA 5JVHL 5F0XA 3S3NA 3OY9A 2F9TA 3VGMA 3B8AX 5T7BA 2KFNA 1BISA 1BCMA 3MEGA 4DV3K 3KWGA 4DQRA 3HT3A 1QSYA 2HHXA 2YKNA 4HCCA 2DPNA 1V4TA 4AHVA 3HPOA 4CERA 3I55N 1D8YA 4B9TA 2OPRA 3KD5E 1NOZA 2RN2A 4BE0A 1YTUA 1QTMA 5AQRA 5AQNA 4EAHD 1BCOA 2PAVA 4HTLA 3THVA 4DSKA 2Q31A 4CJLA 4JEPA 1Q82O 1BHLA 3D2EA 2JWLA 3OS0A 4RWTA 2XY5A 1NM1A 3O5BA 4FJJA 1S1TA 2OTLN 1NG9A 4CGIA 4B8AB 4BRFA 4CVNE 3G71N 2IDOA 1RBVA 3EL2A 1IG9A 2PFUA 1RT5A 3CXCM 3ID6A 4JI4K 2VGNA 3I56N 5JS2A 3NVKA 4YOTA 4CJWA 3RMAA 2OPQA 3E1YA 3LDLA 1NGGA 1O13A 2YNGA 1LOTB 5A2QO 4CJFA 1TKDA 4E0DA 5AQLA 4F8RA 1NGIA 4IEIA 5BN8A 2G8KA 3HVTA 2Z1GA 1Q86O 3AA5X 2UUCK 3RMBA 3SQ0A 3ZSWA 5M1OA 1BL3A 3G0ZA 1G99A 1IH7A 4CZEA 4RW4A 2HF3A 3BDPA 4ILJA 4OLBA 2G8VA 1RT3A 1S22A 3LALA 3SMPA 1WSGA 1GLBG 3MN5A 1KD1O 1TKXA 4IWVA 2D5RA 1KXPA 1HX1A 2P9PA 1M90O 4DR4K 4IDHA 1QQNA 5FPEA 3A8YA 1Q81O 3HBTA 2HOEA 1D9DA 5DM7L 3VEXA 4BG8A 2UXCK 1N34K 2PYLA 5EVZA 3D2EB 2CH6A 3ZT4A 4K25A 4E7JA 2VG5A 2NNWA 5C15A 3KK7A 5H1SQ 2NRVA 2OYQA 3NGZA 2D0OA 5JLFA 1RDAA 2P9IA 3VPZA 1CXQA 1HKGA 2OPSA 3RSEA 4BDZA 3AVKA 3IG1A 2VWJA 3TAGA 3DOKA 4XEIA 1P90A 3A2FA 4NO7A 3HSTB 1W7AA 3VF4A 3HK2A 1HNXK 3WT0A 3C6HA 1QHTA 2X74A 2DY4A 3NH2A 2W6LA 4DHYA 4DS4A 4FWOA 4BRNA 4FVUA 4GV6A 4B9NA 3EE9A 4CEAA 2VG6A 3K5OA 2ASPA 5CR4A 4Z4EA 1TK5A 3ZSXA 3G4SN 1LCUA 4E7HA 1TAUA 1XQSC 2GX9A 3F5TA 3WNFA 3TAMA 3CC2N 4MO5A 1T3VA 5GAHP 3SBGA 3SZ2A 1BQMA 1FKPA 3Q7CA 3VERA 3GDQA 2P9PB 4G9ZA 5HLFA 1S5JA 3OYEA 1J54A 4OPKA 2NLXA 1YJWN 4OPAA 4H4MA 4BRHA 1HJRA 3PSIA 2YHWA 4I9QA 3DAWA 4X62K 3KWIA 4WYBA 3H1VX 1P8ZA 1V4SA 3ZLJA 4CZGA 4X64K 3KHYA 3PSFA 1WOQA 4OO1J 1JXEA 2GUIA 4WQ5A 3RSEB 3O80A 4O5FA 2V7YA 4FPAA 2G8HA 1MWMA 4DF8A 4C1NK 3G6EN 3ZSZA 2WBNA 4CESA 2P9LA 4FYDA 4BDPA 4Q5VA 3L2UA 4IG3A 1FKOA 4FJNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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