4IOCL

Crystal structure of compound 4f bound to large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Novel 3-O-carbamoyl erythromycin A derivatives (carbamolides) with activity against resistant staphylococcal and streptococcal isolates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome/ribosome inhibitor
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iocL01
3CPWM 3CCRN 5MLCQ 1VQON 1K9MO 1VQNN 4UY8O 1K8AO 1KQSM 1NJIO 1N8RO 1S72N 3CC7N 1Q86O 1VQ6N 3DLLL 4WCEL 3I56N 1QVFM 4WFNL 4U67L 1Q7YO 5DM7L 2OTLN 3I55N 4IOAL 3CCQN 2ZJRL 5HL7L 3G4SN 1VQ5N 2ZJPL 1M1KO 2QA4N 4IO9L 2ZJQL 1M90O 4WF9L 3OW2M 1VQKN 2QEXN 3PIOL 1VQLN 1VQPN 1Q82O 3CC4N 3CCVN 1KD1O 3CC2N 5H1SQ 1OVYA 5GAHP 1YHQN 3CMAN 1YITN 3PIPL 3G6EN 3J7ZO 1ILYA 1VQMN 3CXCM 1VQ7N 3CMEN 4WFBL 3CF5L 1VQ4N 5GAGP 3CCUN 5GAEP 1VQ8N 1YJ9N 3CCLN 5GADP 1QVGM 5DM6L 1YJNN 1JJ2M 1YJWN 4WFAL 2OTJN 3CCSN 1K73O 1KC8O 1VQ9N 1W2BM 1YIJN 1Q81O 4IOCL 5JVHL 3CD6N 1YI2N 3CCMN 5JVGL 3CCEN 3G71N 3CCJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGFA 3OYGA 3CPWM 3UB5A 4CI6A 4M63C 2E6MA 1W0HA 3ZT0A 4F3TA 2Z1GA 2VG6A 4JK8A 3R1XA 1S1VA 4AHUA 5FLXO 1FW6A 1NGGA 3THYB 3J7YP 3FFKB 4BRFA 3OY9A 1KAZA 2NRTA 4CZKA 3ATVA 1KVAA 4JD2A 4YORA 4FLYA 1YTAA 4IJNA 3WQTA 3I55N 3LAKA 2ZJPL 1YF5L 1L3VA 4CHNA 4WQ5A 3ZT2A 4HTUA 4BWMA 4M7YA 2P9KA 4W5RA 3D6RA 4MFBA 4M3RA 4HCCA 4RWTA 1GLAG 3LL3A 2NUBA 4IDKA 1XC9A 2X74A 3I0RA 2O8EA 1RDDA 4EFHA 1KAXA 3S3MA 2CGKA 4C8MA 2O4IA 2HHWA 4YNQA 4E7LA 3DLEA 3O3HA 3RMDA 4O0IA 3PY8A 2WBNA 4B3RK 1OVQA 1X9SA 4FPBA 1J5OA 3AGRA 1JLEA 4I7FA 4CF1A 3ZSYA 4JI0K 2W40A 2IAJA 5GAEP 3DXKA 4DV4K 3O9UA 3ID8A 4J2BA 2AJQA 2ZD1A 1BO5O 2HNZA 3ZSVA 4ZTJA 3T19A 4JS5A 2NZTA 3LDQA 1JJ2M 4DWIA 4B3SK 4KAZA 5K14A 5M1NA 4B9LA 4Z4FA 3HK2A 3TTCA 4NLBA 3NMUA 3O4NA 2X6SA 4IEEA 1XI1A 1B9DA 1Q9YA 2BH1A 2P9PB 3HL8A 3L4QA 4AH9A 1U45A 4DR2K 4CESA 4DFJA 1U6ZA 1YAGA 3LALA 4H5RA 3ENHA 1U4BA 1ASVA 4B9VA 3IRXA 1LOTB 4I6MB 2UUAK 4RG8A 2HNDA 1HNXK 2D4WA 1RT5A 3IDHA 4JKHA 3PX4A 1G99A 3V4IA 2O8FB 2Y1JA 1SQKA 1ZBUA 4O8UA 5BPNA 1ZC6A 2B4JA 4WFNL 3KLHA 2E2PA 4IG3A 3VGMA 4CEOA 3VERA 2P9UA 1JLBA 3A8YA 4GKKK 4KB0A 3EO3A 3QICA 4HHTA 3V1OA 3WEEB 4WF9L 4XH4A 3V1RA 2XY8A 2ATQA 3OYFA 3HJFA 3U3YA 3O9TA 2WONA 4DCHA 1NK7A 1C0UA 4DSIA 4KI6A 2NRVA 1NGIA 4GVEA 5DK5A 1L5UA 4CFAA 3QO9A 3QLHA 3CC2N 2YHYA 4O5FA 4BC5A 5CZ2A 4BR2A 4EP4A 1YHQN 1SAZA 3VA0A 3PIPL 1XHXA 3FZHA 1NK8A 4H0TB 3ZSOA 3SUQA 4M45A 3VEOA 1NNEA 3CF5L 4BG9A 3MEDA 4DTJA 3IUCA 4BRIA 3FLCO 4LH4A 4DSFA 3WXJA 1HPZA 1KVBA 5AZIB 3OS2A 2XY5A 2ZGZA 3IFRA 4CGIA 4H4MA 3T1HK 3GL1A 2HHXA 3O9QA 1HNZK 3MMVA 1YUWA 4FJMA 4YHHK 3U8XA 3NF7A 2A42A 5BN8A 4F2RA 4NLCA 1LAWA 2E2QA 4BRCA 3C0BA 4DV2K 3VQPA 2DPNA 3LP1A 4IZ9A 3HSCA 4YY3K 4CIFA 2O4GA 4JS4A 3VEXA 3CCRN 4AQYK 1TK8A 4BRKA 3NFAA 3AAQA 4CFBA 2KLAA 3VQ8A 4M3XA 3SBTA 1RT1A 1LAVA 4JV5K 1DGKN 3DM2A 3PV8A 4GNIA 3LDNA 2W42A 1SUQA 2BANA 3L2WA 2JWLA 2OPRA 4CJVA 4WYBA 3OBYA 3E66A 2G8FA 4ELUA 1CLQA 1LWFA 4CBXA 4E19A 3F73A 4F4KA 1RTDA 5JLHA 4OX9K 5IWAK 5F2RA 4BRDA 4RW6A 4LF6K 3OYBA 4FJ5A 4FJXA 3A5OC 4JRQA 3VN5A 4MLEA 1BI4B 4H5TA 2ASMA 5AFUA 4K41A 4B1YB 4DV3K 5JLFA 3OYJA 3RRGA 4B9MA 2V51B 1RFQA 3BZCA 1ZBHA 3BF1A 3MN5A 3SQ1A 1RBRA 4JHDB 4JKGA 3KHYA 3RSEB 3QEVA 1KRPA 4DTXA 5FRNA 3A5NC 4A2BA 3L3VA 4WFBL 1DEJA 4DTOA 4BDZA 4KO0A 1ZBLA 3AVHA 4W5TA 3VESA 1LCUA 2E2OA 4AILC 4UQGA 3M8SA 3B6OA 4Q5VA 4LSLA 3BUZB 3D45A 3DXMB 4DV7K 1U2VB 3DRSA 1BA1A 3SMSA 4PHTX 1Z25A 3SPZA 3WNEA 4GMJB 4CJRA 2HOEA 4HUFA 4WFAL 3O80A 4H0OA 4A5AA 4JLHA 1JXBA 3RR8A 3VQ6A 3HPOA 3EE9A 2YNHA 4EZ9A 2VG5A 3FZLA 2B5JA 2CGJA 5C15A 3OYMA 3IG1A 3CCEN 2ZF5O 2P9NB 2BUPA 4HUGA 1Z6RA 3K0SA 4UY8O 4DS5A 1K8AO 4YDUC 3AA2A 1EQYA 5C42A 3F9MA 4JKAA 1VQ6N 3VTHA 4M3TA 2NRRA 3V1QA 4OLAA 4OPAA 4AHCA 3R8EA 3P5JA 3PX6A 1NGJA 4DSJA 5DM7L 3VQAA 4LF7K 5TKYA 1RNHA 1WOQA 3G4SN 1ATSA 1RBSA 4B8AB 1LV5A 3MWPA 2DFEA 4EHUA 4FW2A 1HYSA 3QIOA 2F4VK 2HW3A 3ZX3A 2OZSA 3P38A 3WXKA 3VEWA 2FSKA 3QERA 3B8AX 3LDLA 1WB9A 2BTFA 3SAGA 1QZ6A 3ULEA 1KLNA 4FWOA 3UE5A 3J7ZO 4OVLA 5M1KA 1K8KA 3OBWA 4ELVA 1TV6A 2QW9A 1GLLO 5FPMA 3D2EA 2W6KA 1RTHA 4IFEA 3KK1A 1JL1A 3AVNA 2QI2A 2QK9A 5BREA 1QVGM 1S1XA 5DM6L 4DSEA 4GW6A 1I39A 3HO1A 3H08A 3VEZA 2ITGA 1ESVA 2HBKA 2UUBK 4FW1A 4NCBA 4CBUA 3NVKA 3BZKA 3HVTA 5AZJA 3KTQA 3KJVA 2Q97A 1MA9B 1QSSA 4H0YB 1KFDA 2O8BA 1Z05A 3MK6A 4DF4A 3K9JA 3VQBA 3E1YA 1XC3A 2UU9K 5KGXA 5LY3A 2QWMA 5MLCQ 4FLUA 1VQNN 2HB5A 4FLVA 2ASOA 1S72N 4B9SA 3HZ6A 4H5WA 5EVZA 3GG4A 5AQVA 2QXFA 3UKRB 4LSNA 4FLWA 1TUYA 5AQTA 5C12A 4BG8A 3NAEA 3DLLL 4N47A 4O8KA 3VQDA 3ZSXA 2X6NA 3TI0A 4KH6A 1OH6A 3WXMB 3DJCA 4BRMA 3I33A 4LH5A 2YV0X 2HHUA 1U48A 1D9DA 1MWMA 3AGKA 3ZT4A 3NGYA 4KTQA 4MQ3A 4MDBA 3ZSZA 4E89A 1DTQA 5AQLA 2ZJQL 1C1BA 4CZMA 4IXCA 3L0QA 4DB3A 3QNOA 1XMOK 4B3OA 5BRDA 3SI6A 4IJAA 3PLAA 2Z1HA 2RF2A 1C6VA 2HBJA 4H0PA 2GWKA 4E7HA 2HHSA 4Z4HA 3LM2A 4N76A 2G8KA 3CC4N 1WSGA 1KD1O 3OYIA 1XMQK 4WE1A 3NH0A 4JD2B 2IVOA 4FZZA 1B9FA 3THVA 3OYEA 1VSIA 1C0GA 1TUUA 2PAVA 3NDKA 1L3UA 3CMAN 1VQMN 4EZ6A 3CMEN 3TPQA 5J1EA 1DT9A 1VSFA 1REVA 2P9KB 3MX2A 4RCHA 3QFUA 1SL1A 3C6UA 5AQHA 1GLJO 3OJUA 1S22A 2OZMA 1BISA 2YNGA 4JI7K 3PSIA 1ASUA 1S9EA 3FFIA 1GLFO 4WQ5C 2RE2A 4BREA 2UYTA 3J80O 2E5LK 1W2BM 2DY4A 4B1WB 1HNIA 2JWKA 2P51A 3ENBA 3P83D 3TTFA 3LWMA 3O6WA 3D2FA 1ASWA 4PY5A 4L3QA 1WSIA 4M3WA 1NJIO 3H6EA 2QWLA 4CGGA 5BPMA 3WXIA 3VQCA 1IG8A 1TKTA 2GUIA 5C24A 4O5BA 1OH5A 5CYMA 3KK3A 1T3VA 3OVNA 5JS2A 1BQNA 2FSNA 4BGAA 1N5YA 4CE9A 1NMDA 4MLHA 3O5BA 1BG3A 3K59A 1BCMA 3OHRA 3S9HA 4BRNA 3VF4A 5KPZA 3THWA 3ZCMA 4FVUA 5LJVA 4YOVA 3EEQA 3ZSWA 5E84A 3O4QA 4DQIA 1NGHA 1TYQA 4CK1A 3QFPA 2YHAA 4DR3K 3J7AP 2Q36A 3VEYA 4C8NA 2YHWA 1VQPN 5GINA 4CJKA 4AHVA 3KWGA 4CZEA 4BR0A 5C0YA 4FJGA 3NH2A 1HQUA 2ASPA 4A57A 4JK7A 5AQRA 4WQ4A 4EP5A 5J2MA 4JEPA 4BRPA 5BPLA 1GLCG 1RT2A 3AAPA 1RILA 3K5OA 5KQ8A 3M8PA 1QQCA 4CJUA 2WC9A 5KI6A 3MXIA 2VQEK 3I8BA 5HROA 3IAYA 3AVIA 3G0ZA 4O55A 4GVMA 4JAXA 5KPTA 4JI4K 2QWNA 2RHKA 3G10A 4BR9A 3CFOA 4ICLA 3KVGA 3OS0A 3CFPA 1EKEA 2RKIA 3OYDA 3F9KA 4AHTA 3DLBA 3C7NB 4M3YA 1YI2N 1EWRA 1T44A 3FR0A 5T7BA 3H1QA 4KRFA 1BQMA 4DV0K 1S1UA 4C1NK 1QTMA 4C8LA 3AVKA 1P8ZA 4JKCA 3RRHA 4MO4A 3M8RA 3CJBA 4JK9A 4KHPK 2A1RA 2ETJA 2I5JA 1IBMK 1NK4A 4PL7A 1Y97A 3LM9A 1RBUA 4NCAA 4DF8A 3I56N 4F8RA 3BY5A 3THXA 4DR5K 1NJWA 1S3XA 3LP0A 1UWBA 2NRZA 3LWLA 4Q0BA 3H3NO 3EKUA 5EOYA 4B9TA 4CD1A 2HVHA 4GV3A 3DRRA 3O9RA 4JKEA 4K25A 5HOOA 1KXPA 3AVAA 3L2VA 4A62A 3G25A 3QDKA 2P5OA 4DMNA 4FM2A 5EX5A 4E1JA 3MN7A 4IDHA 4J2EA 2NLXA 2YCHA 4OJRA 4CJFA 3S3OA 3SQ0A 4XH5A 4KHQA 3SUOA 4W5NA 3WT0A 4CZJA 4DLGA 3PUFA 3CJCA 4OO1J 2PFUA 3K5NA 4C8OA 5SZTA 1VHXA 1D9FA 1BU6O 2IIRA 1VAZA 1JCEA 3G6EN 3THYA 3O3FA 3L2UA 5AQGA 2E8AA 2Q31A 2OCEA 3HVRA 1VSHA 3EZ5A 4FWKA 4FZYA 3OYHA 1U47A 1SL0A 5F1XA 3TTDA 5HRNA 3CG7A 3D7EO 3ISNC 5EXWA 1HLUA 3HBTA 1XQSC 1NJYA 1C0TA 3V81A 4CZIA 1CXQA 1RT6A 4GV9A 5CE3A 3J81O 4Z4EA 1SZ2A 4FWPA 4ZHRA 3JS6A 4JKDA 3DMJA 4CZLA 3QEWA 3C6HA 1WSEA 3LPTA 1O13A 4QS8A 3A5MC 3WNHA 4CHOA 3HOSA 2P9IB 2YNFA 1T05A 4JI5K 3EYZA 3AVMA 1WBBA 3H46O 4DUZK 4BRHA 2OA8A 3NH1A 3HM9A 3B6PA 4KI4A 3JXUA 4FJIA 1N8RO 3I0SA 3PO4A 2XHBA 3AA4A 4J2AA 1QQMA 4BGBA 1QQOA 3DAWA 4DG1A 2YI1A 3A0IX 2PYJA 3CQXA 4FJ8A 4YOTA 4JI3K 2D0CA 4ISFA 3GDQA 4M7XA 4DKWA 3C6AA 2E1ZA 4JI6K 3C6TA 2P9SA 5KGWA 1HYZA 4IWVA 4GKJK 3NGIA 3TARA 3KZBA 5J2PA 3M6GA 3MCAB 3KKRA 1RDAA 5AFUH 5AQMA 1HX1A 4KHSA 1M90O 4B08A 3TAQA 4BC3A 2FBVA 4ID1A 1HKBA 2YKNA 1HPMA 1LW2A 3H1VX 3KK7A 4DSKA 1WN7A 4DQPA 3MN6A 3V9WA 1QSYA 2E88A 1IV0A 5M1PA 1BA0A 2V7ZA 4OGCA 3S3NA 5AQKA 5BR8K 3VENA 4I9QA 4I6MA 3LZIA 5BR9A 5BRHA 2O8FA 3TAEA 3VQEA 3QMLA 5AQFA 2Q0RA 1XUPO 3HSTB 5IT9O 4CFCA 3WXLA 1IG9A 4PA1A 3RVCA 5AJ3K 3O4WA 5SWMA 5ELZA 1CZBA 5AQJA 4DHYA 3ZEUB 2YNIA 1HRHA 1RT3A 4KH5A 2BE2A 3ULEB 1NK6A 4CJPA 1WAFA 3JSMA 5JICA 3M5RA 4CEDA 1UA0A 4H0XB 3PO5A 1RCHA 5CR4A 3P1GA 1CZ9A 4NB4A 3K2PA 2G8HA 5B8HA 3D2EB 3E9LA 3I8DA 1CXUA 1RDBA 4TSXA 3UKUB 3PX0A 3TSUA 3P39A 5CHIA 1HMVA 1K9MO 1E3MA 4CGHA 1NU0A 3QBXA 4YOUA 4V19S 2B6AA 3DYAA 4M3ZA 4CF9A 4DQSA 3DI6A 3HOTA 3SYZA 3VGKA 3CC7N 1FJGK 1GOBA 4DFKA 5AQUA 4K8XA 2A3ZA 5CY4A 3T1YK 5AQXA 3KD1E 4LFBK 3LPUA 5AZJB 2HBLA 5HLFA 3LDPA 4KBOA 2RPIA 3MXMA 1NGBA 3MAQA 4FWQA 4CJEA 3CQYA 4ZTFA 1N34K 2VWBA 4FK4A 3CM5A 4HWIA 3MWTA 4CECA 1NBWA 4KHNA 5JMVA 3HPHA 5EY4A 1NM1A 2ZWHA 2QEXN 3V9XA 5FRMA 2Z1JA 4OPHA 4BACA 4CEQA 1Z26A 3LAMA 3KLFA 4ILGB 4K8ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CPW M;  3CCR N;  5MLC Q;  1VQO N;  1K9M O;  1VQN N;  4UY8 O;  1K8A O;  1KQS M;  1NJI O;  1N8R O;  1S72 N;  3CC7 N;  1Q86 O;  1VQ6 N;  3DLL L;  4WCE L;  3I56 N;  1QVF M;  4WFN L;  4U67 L;  1Q7Y O;  5DM7 L;  2OTL N;  3I55 N;  4IOA L;  3CCQ N;  2ZJR L;  5HL7 L;  3G4S N;  1VQ5 N;  2ZJP L;  1M1K O;  2QA4 N;  4IO9 L;  2ZJQ L;  1M90 O;  4WF9 L;  3OW2 M;  1VQK N;  2QEX N;  3PIO L;  1VQL N;  1VQP N;  1Q82 O;  3CC4 N;  3CCV N;  1KD1 O;  3CC2 N;  5H1S Q;  1OVY A;  5GAH P;  1YHQ N;  3CMA N;  1YIT N;  3PIP L;  3G6E N;  3J7Z O;  1ILY A;  1VQM N;  3CXC M;  1VQ7 N;  3CME N;  4WFB L;  3CF5 L;  1VQ4 N;  5GAG P;  3CCU N;  5GAE P;  1VQ8 N;  1YJ9 N;  3CCL N;  5GAD P;  1QVG M;  5DM6 L;  1YJN N;  1JJ2 M;  1YJW N;  4WFA L;  2OTJ N;  3CCS N;  1K73 O;  1KC8 O;  1VQ9 N;  1W2B M;  1YIJ N;  1Q81 O;  4IOC L;  5JVH L;  3CD6 N;  1YI2 N;  3CCM N;  5JVG L;  3CCE N;  3G71 N;  3CCJ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CGF A;  3OYG A;  3CPW M;  3UB5 A;  4CI6 A;  4M63 C;  2E6M A;  1W0H A;  3ZT0 A;  4F3T A;  2Z1G A;  2VG6 A;  4JK8 A;  3R1X A;  1S1V A;  4AHU A;  5FLX O;  1FW6 A;  1NGG A;  3THY B;  3J7Y P;  3FFK B;  4BRF A;  3OY9 A;  1KAZ A;  2NRT A;  4CZK A;  3ATV A;  1KVA A;  4JD2 A;  4YOR A;  4FLY A;  1YTA A;  4IJN A;  3WQT A;  3I55 N;  3LAK A;  2ZJP L;  1YF5 L;  1L3V A;  4CHN A;  4WQ5 A;  3ZT2 A;  4HTU A;  4BWM A;  4M7Y A;  2P9K A;  4W5R A;  3D6R A;  4MFB A;  4M3R A;  4HCC A;  4RWT A;  1GLA G;  3LL3 A;  2NUB A;  4IDK A;  1XC9 A;  2X74 A;  3I0R A;  2O8E A;  1RDD A;  4EFH A;  1KAX A;  3S3M A;  2CGK A;  4C8M A;  2O4I A;  2HHW A;  4YNQ A;  4E7L A;  3DLE A;  3O3H A;  3RMD A;  4O0I A;  3PY8 A;  2WBN A;  4B3R K;  1OVQ A;  1X9S A;  4FPB A;  1J5O A;  3AGR A;  1JLE A;  4I7F A;  4CF1 A;  3ZSY A;  4JI0 K;  2W40 A;  2IAJ A;  5GAE P;  3DXK A;  4DV4 K;  3O9U A;  3ID8 A;  4J2B A;  2AJQ A;  2ZD1 A;  1BO5 O;  2HNZ A;  3ZSV A;  4ZTJ A;  3T19 A;  4JS5 A;  2NZT A;  3LDQ A;  1JJ2 M;  4DWI A;  4B3S K;  4KAZ A;  5K14 A;  5M1N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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