4IZ9A

Crystal structure of an acetate kinase from mycobacterium avium bound to an unknown acid-apcpp conjugate and manganese
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
383
structure length
381
Chain Sequence
DGARRVLVINSGSSSLKFQLVDPESGVAASTGIVERIGESPVPDHDAALRRAFDMLAGDGVDLNTAGLVAVGHRVVHGGNTFYRPTVLDDAVIARLHELSELAPLHNPPALLGIEVARRLLPGIAHVAVFDTGFFHDLPPAAATYAIDRELADRWQIRRYGFHGTSHRYVSEQAAAFLDRPLRGLKQIVLHLGNGCSASAIAGTRPLDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPSVVSYLCHTAGMGVDDVESMLNHRSGVVGLSGVRDFRRLRELIESGDGAAQLAYSVFTHRLRKYIGAYLAVLGHTDVISFTAGIGENDAAVRRDAVSGMEELGIVLDERRNLPGAKGARQISADDSPITVLVVPTNEELAIARDCVRVLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Mycobacterium avium
publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Acetate kinase
total genus 135
structure length 381
sequence length 383
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2013-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iz9A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iz9A02
1NBWA 3DXMB 3O4WA 1RDWX 2E2QA 1HX1A 2YJEA 3GG4A 4HWIA 3LDPA 4MO5A 1T44A 1GLBG 2FF3B 3CQXA 4H0VB 5AQQA 1GLEG 3VF2A 2KHOA 2Q0UA 1XC3A 4B1WB 4CZLA 3J8AA 3M1FA 1T6CA 4PKIA 1X9JA 3MN5A 4BR9A 3H1VX 3VEZA 3FZKA 4Y0WA 4NO7A 4BRNA 3O80A 1K8KB 1XQSC 4B1XB 5JMVA 3MN6A 3CQYA 4M7YA 3LDOA 3MN9A 2CGKA 3QDKA 3MN7A 4CD3A 3I33A 2HF3A 4FWKA 4H0TB 1MWKA 2IVOA 1MA9B 2Q36A 3AAPA 4WYBA 3ENOA 4IZ9A 2A40A 3VGMA 3WXKA 2NRHA 1NGDA 4FSVA 4BRFA 4A61A 1C0FA 4DCHA 2IVPA 4CBXA 4FPAA 4K42A 3SK3A 2V52B 5ADXA 3JS6A 4GNIA 2QW9A 4BRPA 2H3GX 4JNEA 4JD2B 2ZGZA 3DJCA 4A2AA 1LOTB 2AP1A 3R9PA 2E2PA 3ATVA 1GLLO 3QFPA 4RWTA 4M7XA 5BREA 4PL8A 3D2EB 1JCGA 2P9UB 3VEOA 4BG8A 5AR0A 3R8EA 2VYPA 2QXLA 2YI1A 2QWRA 5FPEA 5AQMA 4CZJA 3O1BA 5JLFA 3IFRA 1BUPA 2ZF5O 3LL3A 4FWLA 2V7YA 4BG9A 5ADXH 1NGAA 3R6MA 5B8HA 2QWLA 3AAQA 1BOTO 3CJ1A 2ZGYA 5ELZA 4XH4A 4EHUA 3C7NB 3LDNA 4FWOA 4CBUA 3HZ6A 3VPZA 3WXJA 3A8YA 3MMVA 4LC9B 3ZEUA 5KPTA 4PKGA 4RCHA 1S22A 2Q1NA 2I7PA 3VOVA 1MDUB 3QICA 5EVZA 3I8BA 3M3ZA 5KQDA 3VGKA 5LJWA 4K43A 5EY4A 1NGFA 1YUWA 4FWQA 5AZJB 4H0XB 3U8XA 1D4XA 4H5TA 2ASPA 1ATNA 2GELA 3U9DA 3IDHA 3ULEB 3UKRB 3WXLA 5AQOA 3W0LA 4CZGA 2CH6A 3O8MA 4F9OA 1NGCA 3HBTA 1KAZA 3HSCA 3HTVA 1BG3A 3WQTA 3LDQA 5AQVA 3RSEB 2E20A 3ID8A 2P9IA 3BF3A 3H3NO 1NGHA 4QS8A 2CGLA 1YAGA 1TUYA 4BROA 3ZETA 3SMPA 1HKGA 2NZTA 3LDLA 2Q2RA 3UKUA 5AQLA 2D0OA 4CZEA 1NLVA 3SLCA 4JHDA 1U6ZA 5BRHA 1HLUA 4IXCA 5AQGA 2FSNA 3FLCO 4BC3A 1DEJA 2E88A 2IVNA 3VF6A 5AQZA 1XUPO 3H1QA 4XH5A 2FSKA 2DPNA 4WQ4C 5KPZA 2J4RA 3A5OC 3L0QA 1WUAA 2F9TA 3H6EA 3W3DA 2CH5A 4O5FA 1HKCA 5BR9A 4BR2A 3WUHA 3VEXA 4DB3A 2QWPA 4BR5A 5E84A 5BN9A 2NLXA 5TKYA 5I9EB 3ENHA 1GLAG 2P9NB 2P9LA 4ISEA 4NB4A 1SZ2A 2BTFA 5AQIA 1E4FT 2GTDA 4M63C 3VENA 2IIRA 4FO0A 5F1XA 2QWNA 2E1YA 4B9QA 4WQ5C 1ATRA 3DXKA 4BQLA 1WOQA 4IO8A 3CJ7A 4BRQA 2A41A 4Z94A 2FSJA 2P9SA 5EXWA 2PBDA 4BRHA 4PL7A 1SQKA 1ESVA 2P9PB 1GLFO 3D7EO 3U9ZA 4BRDA 3S41A 3A5LC 1QQMA 4A62A 1NGGA 4AM6A 3ZX3A 3D2FB 3QBWA 2HMPA 3M6GA 4FWRA 5KPRA 3VETA 2P9IB 5FPDA 3FZMA 3BF1A 3H3OB 1DGKN 2HF4A 5JLHA 1X3NA 4PKHA 4FWPA 3ZETB 1BA1A 4BR7A 4BRKA 4JN4A 4CBWA 2WUSA 1QQNA 4I6MA 1U2VA 1ZXOA 3DXMA 3DWLA 1IJJA 3EZWA 4BC4A 5LJVA 2GWJA 2FXUA 3CJBA 1KAXA 4KBOA 2E2OA 4ISFA 4FOIA 2ASMA 1KXPA 4IJNA 2W40A 2Q97A 5AQRA 3WEEA 4CZHA 3WQUA 4DHYA 1BDGA 1Z6RA 5AFUA 3L6QA 4BRLA 4GY2B 3O08A 4L3QA 4BRGA 4B1VA 4C23A 2FF6A 3ATUA 1QQOA 1ATSA 4QS9A 4MO4A 3CJCA 3QBXA 3GBTA 4CZMA 1QZ5A 2YHWA 4XEIA 4CZFA 4FOEA 3A5MC 5BPNA 5FPNA 4BVPA 4B1YB 4K41A 2E2NA 3QMLA 5KQ8A 1QHAA 2Q31A 2A6AA 4IWVA 5AQTA 2P9SB 1E4GT 2ZWHA 3SMSA 3CI5A 3MK6A 3GL1A 1GLCG 3UE5A 5AFUH 1Q18A 3C0BA 3CJAA 3QFUA 4BRIA 3EL2A 4YDUA 1NMDA 2VWBA 5CE3A 5LY3A 5AZIA 1HPMA 1NM1A 1C0GA 3H45C 2BUPA 4JD2A 3WXIA 5AQYA 1HKBA 4J8FA 4BRMA 3FZLA 3CIPA 4CZKA 2YCHA 3P4IA 1JCEA 1BWFO 3D2EA 5BRFA 1SAZA 4BR4A 1U2VB 4BREA 1RGIA 3FGUA 1BU6O 3AY9A 4FWSA 1CZAN 3VF4A 1GLDG 4O8KA 3O5BA 2F9WA 2YHXA 3O1WA 4BGBA 2P9KA 3WEEB 4EHTA 2CGJA 1LCUA 3HM8A 3L4IA 3EO3A 4H5VA 3ZEUB 3CHWA 1NWKA 4IJAA 4FL9A 3VERA 1GLJO 3C7NA 3CERA 5AQWA 5AQHA 4H0PA 1TYQA 5AQUA 1YVNA 4RTFD 1T6DA 1S3XA 5FPMA 4EIAA 3EN9A 4E1JA 1J6ZA 1ZBSA 4BVOA 3U4LA 2OANA 1EQYA 2ITMA 1V4TA 4JAXA 2GWKA 1KAYA 3O6WA 1TUUA 5EX5A 1JCFA 1NGBA 2V51B 3EKUA 3BP8A 4H5WA 4FWNA 3CETA 3GOIA 5AZJA 4A2BA 5F0XA 3ZX2A 3A5NC 4K25A 3KZBA 4B1UB 3BUZB 2I7NA 2UYTA 3B8AX 3VEYA 1H1VA 1BA0A 2FLOA 4AM7A 5BPMA 4YDUC 3ULEA 3UKRA 4H5NA 1BO5O 2Q0RA 5AQXA 5AZIB 1NGJA 3QB0A 1OKJA 3UKUB 2QWQA 3AARA 3EKSA 3RSEA 2GEMA 2VCPA 1RFQA 3FE1A 3GE1A 4JHDB 4B1ZA 2YHYA 3LM9A 4EAHD 2A42A 3KVGA 1Z05A 3VESA 3WT0A 4H03B 3BEXA 1G99A 2EWSA 3VGLA 4BRCA 2V7ZA 3VEVA 4BC2A 3F9MA 5AQKA 1HUXA 4XH1A 3LM2A 4H0OA 4FWMA 5AQPA 3IUCA 4HTLA 4QS7A 1ZC6A 4DQ8A 2YJFA 1V4SA 2P9KB 1Y64A 3DAWA 4WQ4A 5EOYA 3TPQA 3FZFA 4MLHA 3ZX0A 5AQSA 1K8KA 4MLEA 2P9LB 2W41A 4BQZA 5AQFA 1NGEA 1QZ6A 2E8AA 2PAVA 1TYQB 3H46O 5E26A 3HI0A 3SJHA 4CJ7A 4EFHA 3GDQA 2AA4A 3TU5A 2ASOA 3FR0A 4BGAA 5BN8A 2D1KA 3DXKB 4FPBA 1HJOA 4H0YB 3VEWA 1R59O 3G25A 4CD1A 2QWMA 1MWMA 4H5RA 2P9NA 2GUPA 3MCPA 2E1ZA 3FFKB 5AQNA 3MDQA 5AQJA 3A0IX 4WQ5A 1DKGD 2HOEA 4BRAA 5BRDA 3CJ9A 3OHRA 4ISGA 1X3MA 5JICA 4CZIA 2D4WA 4BC5A 2A3ZA 3JXUA 4CI6A 5BPLA 1IG8A 2QWOA 3UB5A 1P8ZA 3KHYA 2P9PA 5F2RA 2A5XA 2QM1A 3D2FA 1YXQA 1NGIA 3FZHA 4BR0A 3IMXA 2P9UA 4I6MB 2D0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBWA 1HYZA 1HX1A 2FBYA 2PFUA 4MO5A 1JLGA 4Y1DA 4B8CA 4CVNE 1RBTA 3BZCA 1UWBA 5C0YA 1FW6A 4F2RA 3K2PA 5J2NA 1WAFA 1JL2A 3LALA 4C8OA 4KI4A 3AVBA 3MCAB 3EE8A 3I0RA 1XQSC 5JMVA 1YJ9N 4HTUA 3ZSYA 2VGNA 3NVKA 3OYGA 3MN7A 1Z25A 3DM2A 4H0TB 4AHSA 4CEDA 1OH7A 2QI2A 4C8MA 2KFZA 1FXXA 3LWMA 2XY6A 2A40A 3VGMA 2OA8A 4DTJA 4DCHA 2IVPA 4NXMK 2WC9A 1LV5A 4NCBA 3MWTA 3O9SA 3TSQA 4DFPA 4FPAA 3SK3A 3JS6A 4B9LA 2QW9A 4BRPA 1RNHA 3CCMN 4LF7K 3CC2N 4RW7A 3R9PA 1QSYA 2QKKA 4RWTA 1GOBA 4CJEA 2QK9A 1I39A 5AR0A 2XRIA 4BWJA 3R8EA 3LZJA 2YI1A 2QWRA 4U7BA 4WFBL 1S1WA 4HCBA 3FFIA 4JKEA 4QCLA 2JLEA 2UUAK 4CEEA 4KB0A 3PUFA 3V9UA 3QNNA 2ZF5O 1ILYA 3VQPA 5ADXH 4DV2K 1OH6A 1ZBHA 3MXIA 4LF5K 4DMNA 5A2QO 3OS2A 4E89A 1KVCA 1S9GA 4XH4A 3HPGA 3C7NB 4ID1A 3G71N 1C0TA 3L3UA 3TSPA 3VPZA 4GW6A 4ILHA 1RT7A 1RBUA 3AGKA 1KFSA 4DV1K 1BISA 4CF8A 4HUGA 4PKGA 1KSPA 1S22A 3QICA 4DFMA 2PZSA 5LJWA 4DS4A 5KRTA 5EY4A 1NGFA 4H0XB 3M8QA 1K73O 4KH5A 2GELA 3VN5A 1VSMA 2G8WA 3IRXA 3ULEB 3UKRB 4CZGA 2CH6A 3HSCA 1VQMN 3VTIA 4XIUA 3LDQA 1W2BM 1NKCA 1NK0A 3DRPA 2O8CB 3H3NO 4GVEA 2DTUA 1NGHA 4DSJA 1O1WA 4QS8A 4IG0A 1JL1A 2FBVA 5CYQA 3ZETA 1HKGA 3LDLA 2Q2RA 3UKUA 3EEQA 2D0OA 3EY1A 2NNWA 1U6ZA 1HLUA 1UA1A 4CGHA 5AQGA 3LP2A 4KPYA 4BC3A 1BGXT 3HPHA 4XH5A 2DPNA 3VQ8A 4WQ4C 5KPZA 2J4RA 3A5OC 2NRXA 1WUAA 1T7PA 4DQPA 4EZ9A 4YOYA 1VQ5N 2CH5A 1HKCA 4CJUA 5DK5A 4BR2A 3TSUA 3VEXA 4JLHA 3ITHA 3HM9A 4AF1A 4A5AA 1TL1A 4NB4A 1SZ2A 5AQIA 3NDKA 3CM5A 4JKGB 3OJSA 4CF1A 2XO7A 1WOQA 3ISNC 1TK0A 3CJ7A 4BRQA 1SUQA 5GIOA 2HBLA 5EXWA 2W42A 1U47A 3AA4A 1ESVA 1G15A 3D7EO 3OW2M 1QQMA 1RT5A 4JI5K 1NGGA 3LAKA 2HMPA 1HYSA 2F8SA 3RRGA 5KPRA 1KFDA 4DTMA 4O44A 3VETA 1A5VA 5CYMA 3M5RA 1A5WA 3IS9A 4DUYK 2F4VK 4CJKA 4FLTA 4FJ9A 5E41A 2D0AA 3ZETB 4CBWA 3ZT0A 3QEVA 1ZXOA 4DF4A 1VSKA 3DWLA 2OPQA 3SPYA 3C94A 3MXJA 4BC4A 3TI0A 1WNSA 4NYNA 2FXUA 1Q9YA 5BR8K 3AO4A 1KXPA 4IJNA 2Q97A 4DHYA 1BIZA 2XY8A 4Z4CA 5M1FA 5HOOA 5HRPA 3SQ4A 1VHXA 3ZSWA 3ATUA 4W5RA 1QQOA 4MO4A 1C0UA 5HBMA 3QBXA 4CZMA 3GBTA 3K5LA 4B9NA 4CJWA 3O3HA 4FOEA 3A5MC 1J9AA 2G8VA 5AJ3K 4B1YB 4V19S 3ENBA 2Q31A 5J2PA 1JXBA 4DQRA 1EX4A 4CIGA 4BRIA 4KH6A 4YDUA 3C65A 3TABA 2G8IA 1Q8IA 4B9UA 1C0GA 3ZSXA 2BUPA 3NVMA 3WXIA 5AQYA 4O0IA 1Q86O 3L2VA 4J8FA 3CIPA 2OPPA 2RF2A 3VQDA 3HOTA 4BE2A 4FK4A 1BHLA 1TVRA 4DTNA 4N56A 4DV6K 4JK9A 4CJFA 1RDDA 1RT6A 4DTXA 2PY5A 1IO2A 3VQ4A 5KTQA 3EO3A 4H5VA 1S6PA 3CHWA 2VQFK 4FL9A 1WSGA 4JI1K 2KFNA 1WN7A 3DYAA 4H0PA 4R5PA 4N47A 4CJ3A 5HRRA 3SBTA 5FPMA 2KZMA 2B6AA 1LW2A 1RBVA 3OJUA 1J6ZA 4I9QA 4OPKA 1EQYA 1WLJA 3SI6A 4JKCA 2GWKA 1NKEA 2P51A 4LF9K 3PLAA 1NK9A 2O8FB 2V51B 3BGRA 4WFAL 5C15A 4ELUA 4N41A 2VG7A 1YJWN 5AZJA 1NKBA 3K9KA 3S3NA 3KZBA 3CCVN 4B1UB 2A1RA 3S9HA 3HVRA 3NF7A 3VEYA 3ZT3A 1H1VA 2HHVA 5BPMA 4IFEA 3CG7A 4F4KA 1LWEA 3KK3A 2Z1IA 3OA9A 3EKSA 3RSEA 4G9ZA 1RBRA 2VCPA 3GE1A 4KTQA 1Z05A 5CHIA 3BEXA 3VGLA 3A2FA 3HSTB 3T19A 4L8RB 3VEVA 3CQ8A 3C6HA 2OZSA 3OY9A 4AHRA 4AHUA 4E0DA 4DR7K 1YF5L 3I0SA 3NAEA 4DQ8A 3ZCMA 4F8RA 3QERA 2YNGA 4WQ4A 1WBBA 4A59A 3FZFA 4N5SA 4DR3K 3TAPA 5AQSA 4KHQA 3IG1A 3V1OA 4MLEA 2P9LB 4OPAA 1QZ6A 3H46O 2W6LA 3P83D 4CJ7A 4B3MK 2DFFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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