The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
116
|
structure length |
116
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
26
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IWA K; 2UXB K; 1IBL K; 4LF6 K; 4JI8 K; 5IT9 O; 2UUB K; 4B3M K; 4DV4 K; 4X65 K; 4X64 K; 4LF7 K; 4DV3 K; 1HNZ K; 1HNW K; 3J80 O; 2UXC K; 4B3R K; 4LF4 K; 4LFB K; 5LL6 Z; 4LFC K; 4DV7 K; 4JV5 K; 1N34 K; 1FJG K; 1HR0 K; 4KHP K; 4YHH K; 1IBK K; 4JI2 K; 3T1Y K; 4V19 S; 4JI4 K; 4JYA K; 1IBM K; 1N33 K; 5A2Q O; 4AQY K; 4DV2 K; 2E5L K; 3J7Y P; 5AJ3 K; 2VQF K; 3T1H K; 4LF8 K; 2UU9 K; 4DR1 K; 1I94 K; 4NXN K; 1N36 K; 2UUC K; 5BR8 K; 4CW7 B; 4DR7 K; 4DUZ K; 4CVN E; 1XMO K; 1XMQ K; 4LF5 K; 4JI6 K; 4JI3 K; 5LMN K; 4JI5 K; 3OTO K; 4K0K K; 4JI7 K; 1J5E K; 5LMU K; 4YY3 K; 4DR2 K; 4DV0 K; 2UXD K; 4GKJ K; 3J7A P; 4DV5 K; 3JAM O; 2VQE K; 4JI1 K; 1HNX K; 4LFA K; 4NXM K; 1XNR K; 5FLX O; 4X62 K; 4B3T K; 3J81 O; 4DR3 K; 4DV6 K; 4JI0 K; 4LF9 K; 4DUY K; 4GKK K; 2ZM6 K; 1XNQ K; 4DR5 K; 4DR6 K; 4X66 K; 2UUA K; 4DV1 K; 4OX9 K; 4B3S K; 2HHH K; 1N32 K; 2F4V K; 4DR4 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RCH A; 4B9U A; 3DXM B; 2G8U A; 3IAY A; 1C0U A; 3LAL A; 3NF7 A; 4CZL A; 3NVM A; 3PSF A; 1QHA A; 1O1W A; 4BRL A; 1JCE A; 4L3Q A; 4CHP A; 2Y1I A; 2RKI A; 3OYF A; 3T19 A; 4KV8 A; 2O8C B; 4YNQ A; 1OVQ A; 2HB5 A; 3UKU A; 1HNW K; 3TWH A; 2NRW A; 4BR7 A; 2E2Q A; 1TKD A; 2GX9 A; 5BRE A; 2W41 A; 1S1T A; 3SQ1 A; 3QIP A; 3M3Z A; 1FK9 A; 4KHP K; 5KRS A; 3L8B A; 2ZJP L; 3R3L A; 3MXI A; 3L2W A; 1N33 K; 4KAZ A; 2OZM A; 3OVN A; 5ELZ A; 1TKZ A; 1JLB A; 1NMD A; 5BPL A; 2YHA A; 1VQO N; 1NK5 A; 3U4L A; 3DRP A; 3RSE B; 3AO5 A; 1BA0 A; 4KI4 A; 3ALY A; 3DLR A; 1RTD A; 3ATV A; 1SKS A; 4JLH A; 3WXK A; 4NCA A; 2D0A A; 4KI6 A; 3P1G A; 3VF6 A; 2EWS A; 2QKK A; 1XC3 A; 1WNS A; 1HYS A; 4EHU A; 3IUC A; 1KVB A; 3OYD A; 3MAQ A; 2QM1 A; 1NMN A; 2P1J A; 3C7N A; 3CQX A; 1YIJ N; 4FOE A; 4QAG A; 3HM9 A; 4UQG A; 3WNF A; 1C1C A; 3HJF A; 4FJJ A; 2D0P A; 1V4S A; 2NRZ A; 3DXK A; 3ZSZ A; 1NLV A; 1NK4 A; 1B92 A; 5HOO A; 3G71 N; 4E7K A; 1QHT A; 4K25 A; 4CEQ A; 1SV5 A; 4B1Y B; 1HKG A; 4CIG A; 1CZ9 A; 2RE2 A; 4DUY K; 4DMN A; 3TR8 A; 1MU2 A; 4IG0 A; 2YJE A; 3QES A; 3AVL A; 3TU5 A; 3L2Q A; 3FZL A; 5AQS A; 3CC2 N; 3L4Q A; 3VQ4 A; 4OLA A; 1FKP A; 4FWL A; 4KHW A; 2O8B B; 4KKO A; 3HK2 A; 3PIP L; 1CXQ A; 3SV3 A; 3HL8 A; 2BDP A; 2E2P A; 3CYM A; 3J8A A; 1VRT A; 1ZBS A; 2O8D A; 2DFE A; 4LF6 K; 1ATN A; 2E1Z A; 5J2N A; 4CF9 A; 4CF1 A; 1QSL A; 3UIQ A; 4AF1 A; 4CEB A; 2HVI A; 3U9D A; 4N5S A; 1IKW A; 1QQM A; 4IEI A; 4AHT A; 3OYA A; 2NRR A; 3KLF A; 3CXC M; 1TYQ A; 1I39 A; 1VQ4 N; 4BE2 A; 1NK8 A; 2W6K A; 2P9U A; 1ZBF A; 1T6C A; 2P9L A; 4DV7 K; 3GE1 A; 4OGE A; 3CCL N; 4ILH A; 4H4M A; 2YNH A; 3DMJ A; 4RW6 A; 2YHB A; 4AHR A; 1Q9X A; 2YHX A; 3DJC A; 1LAW A; 3QFP A; 1LWC A; 5F0X A; 2QI2 A; 1LW2 A; 3E9P A; 3ZX3 A; 1RTI A; 3QEW A; 3LZJ A; 4B08 A; 1GLA G; 4BGB A; 4QS8 A; 5C24 A; 4YFU A; 1DTQ A; 2P9P A; 2VQF K; 1EX4 A; 1WN7 A; 3D2E B; 2UU9 K; 4ZTJ A; 3KWI A; 4BRC A; 2PAV A; 3C6A A; 4IJA A; 3RMD A; 3GBT A; 1VHX A; 3OYJ A; 5I9E B; 5AQR A; 1VQL N; 1VQ5 N; 5FPM A; 4LF5 K; 1JL1 A; 5M1O A; 2ZJR L; 4UY8 O; 1RTJ A; 3M6G A; 2DPN A; 3LAM A; 4BRD A; 4ZHR A; 1BG3 A; 1RT1 A; 3EZW A; 5TKW A; 3AVG A; 4ISE A; 4IBN A; 4FSV A; 3CER A; 3CM6 A; 4I6M A; 4E19 A; 3SCX A; 4K43 A; 3MMV A; 2JWL A; 4E3S A; 1YI2 N; 3C65 A; 4O5B A; 1C1B A; 4E7J A; 3L3U A; 5FLX O; 3OYL A; 4DV6 K; 4DTJ A; 3MXJ A; 2ZM6 K; 1KLN A; 4EP5 A; 1LW0 A; 1Y97 A; 3WQU A; 5EX5 A; 1M90 O; 4CZG A; 4XH4 A; 1K8K A; 1RDA A; 4CBW A; 4CJP A; 3SMS A; 4KTQ A; 4HUF A; 1C6V A; 1KVC A; 1ZC6 A; 2VWJ A; 5AQT A; 5KPT A; 4WCE L; 5J2Q A; 2ASP A; 3H08 A; 3QEX A; 1VSJ A; 3RTV A; 1UWB A; 4NCB A; 4B9L A; 3Q7B A; 1QS4 A; 2Q36 A; 2UXC K; 1JJ2 M; 5M1P A; 5HRS A; 3VQQ A; 4DSI A; 4LFC K; 3MN7 A; 5AQZ A; 4GY2 B; 3TPQ A; 1QE1 A; 4OKJ A; 3CJB A; 3SBG A; 1N34 K; 3CCE N; 3OYC A; 4DFM A; 1YJ9 N; 4Z4E A; 3BF1 A; 3B6O A; 3SUP A; 5F1X A; 1WSJ A; 4V19 S; 3H1V X; 1WSI A; 1JLC A; 1RDU A; 5HP1 A; 1E3M A; 1RBS A; 3QBX A; 2WBN A; 4H5T A; 5BR9 A; 4O5F A; 1I94 K; 3EEQ A; 2YKN A; 3C6U A; 4NXN K; 1LWF A; 3K57 A; 2UUC K; 3DRR A; 3KLI A; 3KK1 A; 3SJJ A; 4DS5 A; 4JD2 B; 3MCP A; 3DLG A; 3VEN A; 1KAZ A; 1X9M A; 5EVZ A; 2GWK A; 4ELV A; 1LV5 A; 3CPW M; 1WB9 A; 2HOE A; 3QEV A; 2X6S A; 3QIN A; 4CJ3 A; 4K0K K; 2ITM A; 3JXU A; 3NFA A; 1JKH A; 4DLG A; 4C8M A; 2I5J A; 5LMU K; 3ZT2 A; 1KFS A; 1NGJ A; 4FVM A; 4G9Z A; 1SKR A; 1OH8 A; 3CHW A; 3SV4 A; 1BI4 A; 3SPY A; 1R59 O; 1XWL A; 4JI1 K; 5AFU A; 3E01 A; 1K73 O; 4JKG A; 4X62 K; 3UKU B; 3I0R A; 2G8I A; 5KRT A; 1U49 A; 3ZEU B; 4B9S A; 3EKU A; 2OCE A; 4DR5 K; 4KTZ A; 5BRD A; 1KCF A; 4XIU A; 3VQ7 A; 1ATR A; 4BQL A; 4IXC A; 3HPH A; 4WQ4 A; 3O3G A; 5M1K A; 2ZF5 O; 2HHH K; 1W0H A; 2PYJ A; 4I7F A; 3OYB A; 1K8A O; 2YHY A; 4AIL C; 1JXB A; 4E7L A; 5DM7 L; 1TKT A; 4E1M A; 3U3Y A; 4FLY A; 1WSG A; 3AGR A; 4YOX A; 4B3M K; 5GAD P; 2AJQ A; 2HHT A; 1QZ5 A; 1EO1 A; 2JGU A; 4FLX A; 3P4I A; 1QQN A; 4WFA L; 3CF5 L; 3ZSX A; 2NNW A; 4H0P A; 3MN6 A; 1NKC A; 4LF4 K; 1DT9 A; 3PO5 A; 4CGJ A; 3CFO A; 4Z94 A; 3RMC A; 4Z4F A; 4FWM A; 3LP2 A; 4ID1 A; 4GMJ B; 5SZT A; 4O0I A; 3ZSY A; 1RGI A; 1HPZ A; 3EO3 A; 3IS9 A; 3DOK A; 4IDK A; 3LWM A; 4A5A A; 3KD1 E; 2V51 B; 4C23 A; 2HHQ A; 1GOB A; 2V7Z A; 2D5R A; 3WNG A; 3T1H K; 4OO1 J; 4DR1 K; 1KXP A; 2B5J A; 4B8A B; 5CE3 A; 1KSP A; 1IKX A; 4DU1 A; 4BY9 C; 4OKK A; 4JN4 A; 3L2U A; 4OKE A; 3RVC A; 2DFF A; 1GLL O; 1L3V A; 4DQP A; 2FSN A; 4FWQ A; 3QO9 A; 3V81 A; 4F2R A; 5JS2 A; 4CJR A; 4HWI A; 3VEV A; 4JI5 K; 3OTO K; 3TAR A; 3VQA A; 3NE6 A; 4IEE A; 1C1A A; 4MO4 A; 4FLV A; 2E20 A; 1VK0 A; 1YJN N; 4KPY A; 3SUQ A; 4KHN A; 1HX1 A; 2O8D B; 1NOY A; 4M3Y A; 3DWL A; 3T7Z A; 3L4I A; 2F96 A; 3K58 A; 1RIL A; 1Q86 O; 4Y1C A; 4JKA A; 2OPR A; 3UKR A; 4H8K A; 1YT3 A; 1ESV A; 4NXM K; 3LP1 A; 3F9M A; 1EXQ A; 1N8R O; 5AFU H; 3T3F A; 1GLF O; 3THW B; 3RMB A; 3DI6 A; 4JKH A; 2O8E A; 3TI0 A; 4BRF A; 3E9L A; 1KVA A; 3WEE A; 2P9L B; 3OBW A; 4B3S K; 2HW3 A; 5D3G A; 2ITG A; 3C6T A; 1NGA A; 4W5N A; 4CD3 A; 4C1N I; 4FM2 A; 3HP6 A; 4B1U B; 1YHQ N; 1MDU B; 4CI6 A; 2OPS A; 4F9O A; 4CJV A; 3HST B; 1MWK A; 1HJR A; 2YCH A; 5C25 A; 1ILY A; 3MN9 A; 3S3M A; 2IS3 A; 1NK9 A; 2VGM A; 3V1Q A; 4AHS A; 4GVM A; 4WE1 A; 4A2B A; 3FFK B; 1QQC A; 3UB5 A; 4BWM A; 5HRO A; 4BC5 A; 1IG8 A; 4H03 B; 5I42 A; 3GDQ A; 4CJL A; 3EE8 A; 4GW6 A; 1S1X A; 4JI2 K; 3T1Y K; 2ZD1 A; 3KIO A; 2B6A A; 3R8E A; 4FJ8 A; 4DKW A; 4KHS A; 1U4B A; 4M45 A; 2O4G A; 1QSS A; 4EAH D; 3OYM A; 2VCP A; 5HRP A; 1RBT A; 4OPK A; 1D9D A; 2IVO A; 2AA4 A; 2YKM A; 4KHQ A; 1Z05 A; 1VSH A; 4CZF A; 3FZH A; 3OYI A; 1TKX A; 4DG1 A; 2QWM A; 5JMV A; 4O8U A; 4CK3 A; 4M3U A; 4HTL A; 1B9D A; 3BUZ B; 3LAK A; 4H0Y B; 4J8F A; 3AAQ A; 4XEI A; 1YJW N; 1KQS M; 3M8S A; 1HKC A; 1WBD A; 4E7I A; 3RR7 A; 5FPE A; 4CEO A; 1JLE A; 4CJW A; 5AQV A; 3AAP A; 1J5E K; 1TUU A; 4RW8 A; 3LP3 A; 3MDQ A; 1X3M A; 1NGD A; 4CBX A; 4CEE A; 3J7A P; 2E88 A; 3TSQ A; 3R1X A; 1J5O A; 3THY A; 1YAG A; 3SUN A; 2Z1J A; 4E7H A; 2Q97 A; 3ENB A; 3QDK A; 5DM6 L; 4J2A A; 1Q8I A; 3MED A; 2WUS A; 3AO2 A; 5KGW A; 1YF5 L; 3KLE A; 3VQD A; 5CYQ A; 5IWA K; 3ZYY X; 4FO0 A; 2E6L A; 3NGI A; 3KHY A; 3VGK A; 3HPG A; 1DLO A; 1HNI A; 3VQC A; 3PO4 A; 4BRM A; 3VA3 A; 5KPZ A; 1HQU A; 5HBM A; 4B9T A; 4O4G A; 1P90 A; 3O08 A; 2HNY A; 2Q31 A; 4CHY A; 3A2F A; 3RRH A; 5FRO A; 1U2V A; 1GLC G; 5GAG P; 2XHB A; 3HM8 A; 3D2F B; 4E1N A; 3VF2 A; 3ZT0 A; 4J2E A; 1NGC A; 1BQN A; 3H1Q A; 2P9S A; 3C94 A; 3OA9 A; 1L3U A; 4C8O A; 3TAE A; 4B9Q A; 1YVU A; 4ICL A; 4Q0B A; 3G4S N; 3OW2 M; 4FLZ A; 2BE2 A; 1ATS A; 5CYM A; 3JS6 A; 4DHY A; 3I56 N; 1BI4 B; 1QQO A; 3S9H A; 1REV A; 3NH2 A; 2E1Y A; 4CFB A; 3EE9 A; 3O80 A; 3UE5 A; 4IJN A; 5AQH A; 2D0C A; 2R7Y A; 1XMQ K; 3PX6 A; 2DY4 A; 3VQE A; 3C95 A; 1NOZ A; 4BRN A; 3HT3 A; 4YDU C; 4PHT X; 4CZK A; 3HRG A; 3HOT A; 3E1Y A; 4GV6 A; 2IIR A; 4BC3 A; 1IKV A; 1S22 A; 5AQP A; 3RRG A; 4RCH A; 3FFI A; 4FZX C; 4IFY A; 4DTS A; 3PX4 A; 2J4R A; 2UXD K; 4ZTF A; 3ZT1 A; 3KK2 A; 1KC8 O; 3AO4 A; 3ZET A; 2OTJ N; 1IJJ A; 3CCQ N; 3E9O A; 4FJK A; 2Q1N A; 4EFH A; 4ID5 A; 1OH5 A; 1YIT N; 2XY7 A; 5AQQ A; 1QSY A; 1CZA N; 3U6F A; 4W5O A; 4FWK A; 4RW9 A; 2JLE A; 5HLF A; 3CET A; 2GV9 A; 1NWK A; 3OYH A; 2G8K A; 1HNV A; 1GOC A; 3LL3 A; 3CCR N; 4DU3 A; 2KKZ A; 3EYZ A; 3KD5 E; 1KFD A; 3FZF A; 1QVG M; 2Q0R A; 5ADX H; 3O4W A; 3P38 A; 3KKS A; 3TAM A; 1IH7 A; 1IV0 A; 4Q5V A; 4AHC A; 3VQ5 A; 5AQX A; 3D0P A; 1HMV A; 2EHG A; 4BGA A; 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1RDD A; 3FZM A; 5JVH L; 5AQW A; 3TSU A; 3ENO A; 3QNN A; 1WBB A; 1NKE A; 3LDO A; 4BRO A; 2OTL N; 3QIC A; 4WFN L; 4FJ7 A; 1RBR A; 1K9M O; 4CZE A; 4DTU A; 3VEX A; 2YX6 A; 3TTD A; 1S72 N; 3DLE A; 1RBU A; 1TL1 A; 3VQB A; 4YOW A; 3ZX2 A; 5TKY A; 3ENH A; 1NGG A; 4NLB A; 3DOL A; 1D4X A; 4DTM A; 2XY8 A; 3ATU A; 2QWR A; 1J53 A; 1BL3 A; 4JYA K; 5FDL A; 5DK5 A; 4H0X B; 1VQ9 N; 2OA8 A; 1VQ6 N; 2QKB A; 1G15 A; 3A5L C; 3QFU A; 2Q3S A; 3OYG A; 3VET A; 1BCO A; 1SKW A; 3OBY A; 1ZBI A; 1EWR A; 2CH6 A; 3GG4 A; 3SJH A; 1NK7 A; 3THY B; 3PLA A; 3M1F A; 3MX2 A; 3VGL A; 5AZI B; 2VGN A; 4M3T A; 3SPZ A; 2KZZ A; 5H1S Q; 3IDH A; 4C8K A; 3HOS A; 1BQM A; 3IFR A; 1SL0 A; 2D0B A; 1DEJ A; 2P9I B; 2HBL A; 2HHS A; 4JEP A; 1U47 A; 3FR0 A; 3CMA N; 4JI7 K; 2XRI A; 2DTU A; 4CHZ A; 4AM7 A; 5FPD A; 4B1Z A; 4G1Q A; 2P9K B; 4BRE A; 2NZT A; 2QXL A; 3OYN A; 3NH0 A; 4GKJ K; 3LPU A; 3NF9 A; 4CJT A; 2Z1G A; 1NGE A; 4DV5 K; 3JAM O; 4A57 A; 4LFA K; 2HF4 A; 4NB4 A; 1TL3 A; 4CF0 A; 1TVR A; 5HRN A; 1U2V B; 1X9W A; 1C0M A; 3MX5 A; 2BAN A; 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